src/jalview/io/FormatAdapter.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 /**\r
  24  * DOCUMENT ME!\r
  25  *\r
  26  * @author $author$\r
  27  * @version $Revision$\r
  28  */\r
  29 public class FormatAdapter\r
  30     extends AppletFormatAdapter\r
  31 {\r
  32 \r
  33   public String formatSequences(String format,\r
  34                                 SequenceI[] seqs,\r
  35                                 String[] omitHiddenColumns)\r
  36   {\r
  37     if (omitHiddenColumns != null)\r
  38     {\r
  39       SequenceI[] tmp = new SequenceI[seqs.length];\r
  40       for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
  41       {\r
  42         tmp[i] = new Sequence(\r
  43             seqs[i].getName(), omitHiddenColumns[i],\r
  44             seqs[i].getStart(), seqs[i].getEnd());\r
  45         tmp[i].setDescription(seqs[i].getDescription());\r
  46       }\r
  47       seqs = tmp;\r
  48     }\r
  49 \r
  50     return formatSequences(format, seqs);\r
  51   }\r
  52 \r
  53   /**\r
  54    * DOCUMENT ME!\r
  55    *\r
  56    * @param format DOCUMENT ME!\r
  57    * @param seqs DOCUMENT ME!\r
  58    *\r
  59    * @return DOCUMENT ME!\r
  60    */\r
  61   public String formatSequences(String format,\r
  62                                 SequenceI[] seqs)\r
  63   {\r
  64 \r
  65     try\r
  66     {\r
  67       AlignFile afile = null;\r
  68 \r
  69       if (format.equalsIgnoreCase("FASTA"))\r
  70       {\r
  71         afile = new FastaFile();\r
  72         afile.addJVSuffix(\r
  73             jalview.bin.Cache.getDefault("FASTA_JVSUFFIX", true));\r
  74       }\r
  75       else if (format.equalsIgnoreCase("MSF"))\r
  76       {\r
  77         afile = new MSFfile();\r
  78         afile.addJVSuffix(\r
  79             jalview.bin.Cache.getDefault("MSF_JVSUFFIX", true));\r
  80       }\r
  81       else if (format.equalsIgnoreCase("PileUp"))\r
  82       {\r
  83         afile = new PileUpfile();\r
  84         afile.addJVSuffix(\r
  85             jalview.bin.Cache.getDefault("PILEUP_JVSUFFIX", true));\r
  86       }\r
  87       else if (format.equalsIgnoreCase("CLUSTAL"))\r
  88       {\r
  89         afile = new ClustalFile();\r
  90         afile.addJVSuffix(\r
  91             jalview.bin.Cache.getDefault("CLUSTAL_JVSUFFIX", true));\r
  92       }\r
  93       else if (format.equalsIgnoreCase("BLC"))\r
  94       {\r
  95         afile = new BLCFile();\r
  96         afile.addJVSuffix(\r
  97             jalview.bin.Cache.getDefault("BLC_JVSUFFIX", true));\r
  98       }\r
  99       else if (format.equalsIgnoreCase("PIR"))\r
 100       {\r
 101         afile = new PIRFile();\r
 102         afile.addJVSuffix(\r
 103             jalview.bin.Cache.getDefault("PIR_JVSUFFIX", true));\r
 104       }\r
 105       else if (format.equalsIgnoreCase("PFAM"))\r
 106       {\r
 107         afile = new PfamFile();\r
 108         afile.addJVSuffix(\r
 109             jalview.bin.Cache.getDefault("PFAM_JVSUFFIX", true));\r
 110       }\r
 111 \r
 112       afile.setSeqs(seqs);\r
 113 \r
 114       return afile.print();\r
 115     }\r
 116     catch (Exception e)\r
 117     {\r
 118       System.err.println("Failed to write alignment as a '" + format +\r
 119                          "' file\n");\r
 120       e.printStackTrace();\r
 121     }\r
 122 \r
 123     return null;\r
 124   }\r
 125 }\r