src/jalview/io/FormatAdapter.java

   1 package jalview.io;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import java.util.Vector;\r
   5 public class FormatAdapter\r
   6 {\r
   7 \r
   8   public static Vector formats = new Vector();\r
   9   static{\r
  10     formats.addElement("FASTA");\r
  11     formats.addElement("MSF");\r
  12     formats.addElement("CLUSTAL");\r
  13     formats.addElement("BLC");\r
  14     formats.addElement("PIR");\r
  15     formats.addElement("PFAM");\r
  16   }\r
  17 \r
  18   public static SequenceI[] readFile(String inFile, String type, String format)\r
  19   {\r
  20 \r
  21     try\r
  22     {\r
  23       AlignFile afile = null;\r
  24       if (format.equals("FASTA"))\r
  25         afile = new FastaFile(inFile, type);\r
  26       else if (format.equals("MSF"))\r
  27         afile = new MSFfile(inFile, type);\r
  28       else if (format.equals("CLUSTAL"))\r
  29         afile = new ClustalFile(inFile, type);\r
  30       else if (format.equals("BLC"))\r
  31         afile = new BLCFile(inFile, type);\r
  32       else if (format.equals("PIR"))\r
  33         afile = new PIRFile(inFile, type);\r
  34       else if (format.equals("PFAM"))\r
  35         afile = new PfamFile(inFile, type);\r
  36 \r
  37       return afile.getSeqsAsArray();\r
  38     }\r
  39     catch (Exception e)  {\r
  40     System.err.println("Failed to read alignment using the '"+format+"' reader.");\r
  41     e.printStackTrace();\r
  42     }\r
  43 \r
  44     return null;\r
  45   }\r
  46 \r
  47 \r
  48   public static String formatSequences(String format, Vector seqs)\r
  49   {\r
  50     SequenceI [] s = new SequenceI[seqs.size()];\r
  51 \r
  52     for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
  53       s[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
  54 \r
  55     try\r
  56     {\r
  57       AlignFile afile = null;\r
  58       if (format.equals("FASTA"))\r
  59         afile = new FastaFile();\r
  60       else if (format.equals("MSF"))\r
  61         afile = new MSFfile();\r
  62       else if (format.equals("CLUSTAL"))\r
  63         afile = new ClustalFile();\r
  64       else if (format.equals("BLC"))\r
  65         afile = new BLCFile();\r
  66       else if (format.equals("PIR"))\r
  67         afile = new PIRFile();\r
  68       else if (format.equals("PFAM"))\r
  69         afile = new PfamFile();\r
  70 \r
  71       afile.setSeqs(s);\r
  72       return afile.print();\r
  73     }\r
  74     catch (Exception e)  {\r
  75       System.err.println("Failed to write alignment as a '"+format+"' file\n");\r
  76       e.printStackTrace();\r
  77     }\r
  78 \r
  79     return null;\r
  80   }\r
  81 }\r