src/jalview/io/FormatAdapter.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.util.Vector;\r
  24 \r
  25 \r
  26 /**\r
  27  * DOCUMENT ME!\r
  28  *\r
  29  * @author $author$\r
  30  * @version $Revision$\r
  31  */\r
  32 public class FormatAdapter\r
  33 {\r
  34     /** DOCUMENT ME!! */\r
  35     public static Vector formats = new Vector();\r
  36 \r
  37     static\r
  38     {\r
  39         formats.addElement("FASTA");\r
  40         formats.addElement("MSF");\r
  41         formats.addElement("PileUp");\r
  42         formats.addElement("CLUSTAL");\r
  43         formats.addElement("BLC");\r
  44         formats.addElement("PIR");\r
  45         formats.addElement("PFAM");\r
  46     }\r
  47 \r
  48     /**\r
  49      * DOCUMENT ME!\r
  50      *\r
  51      * @param inFile DOCUMENT ME!\r
  52      * @param type DOCUMENT ME!\r
  53      * @param format DOCUMENT ME!\r
  54      *\r
  55      * @return DOCUMENT ME!\r
  56      */\r
  57     public static SequenceI[] readFile(String inFile, String type, String format)\r
  58     {\r
  59         try\r
  60         {\r
  61             AlignFile afile = null;\r
  62 \r
  63             if (format.equals("FASTA"))\r
  64             {\r
  65                 afile = new FastaFile(inFile, type);\r
  66             }\r
  67             else if (format.equals("MSF"))\r
  68             {\r
  69                 afile = new MSFfile(inFile, type);\r
  70             }\r
  71             else if (format.equals("PileUp"))\r
  72             {\r
  73                 afile = new PileUpfile(inFile, type);\r
  74             }\r
  75             else if (format.equals("CLUSTAL"))\r
  76             {\r
  77                 afile = new ClustalFile(inFile, type);\r
  78             }\r
  79             else if (format.equals("BLC"))\r
  80             {\r
  81                 afile = new BLCFile(inFile, type);\r
  82             }\r
  83             else if (format.equals("PIR"))\r
  84             {\r
  85                 afile = new PIRFile(inFile, type);\r
  86             }\r
  87             else if (format.equals("PFAM"))\r
  88             {\r
  89                 afile = new PfamFile(inFile, type);\r
  90             }\r
  91 \r
  92             return afile.getSeqsAsArray();\r
  93         }\r
  94         catch (Exception e)\r
  95         {\r
  96             System.err.println("Failed to read alignment using the '" + format +\r
  97                 "' reader.");\r
  98             e.printStackTrace();\r
  99         }\r
 100 \r
 101         return null;\r
 102     }\r
 103 \r
 104     /**\r
 105      * DOCUMENT ME!\r
 106      *\r
 107      * @param format DOCUMENT ME!\r
 108      * @param seqs DOCUMENT ME!\r
 109      *\r
 110      * @return DOCUMENT ME!\r
 111      */\r
 112     public static String formatSequences(String format, Vector seqs)\r
 113     {\r
 114         SequenceI[] s = new SequenceI[seqs.size()];\r
 115 \r
 116         for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
 117             s[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
 118 \r
 119         try\r
 120         {\r
 121             AlignFile afile = null;\r
 122 \r
 123             if (format.equalsIgnoreCase("FASTA"))\r
 124             {\r
 125                 afile = new FastaFile();\r
 126             }\r
 127             else if (format.equalsIgnoreCase("MSF"))\r
 128             {\r
 129                 afile = new MSFfile();\r
 130             }\r
 131             else if (format.equalsIgnoreCase("PileUp"))\r
 132             {\r
 133                 afile = new PileUpfile();\r
 134             }\r
 135             else if (format.equalsIgnoreCase("CLUSTAL"))\r
 136             {\r
 137                 afile = new ClustalFile();\r
 138             }\r
 139             else if (format.equalsIgnoreCase("BLC"))\r
 140             {\r
 141                 afile = new BLCFile();\r
 142             }\r
 143             else if (format.equalsIgnoreCase("PIR"))\r
 144             {\r
 145                 afile = new PIRFile();\r
 146             }\r
 147             else if (format.equalsIgnoreCase("PFAM"))\r
 148             {\r
 149                 afile = new PfamFile();\r
 150             }\r
 151 \r
 152             afile.setSeqs(s);\r
 153 \r
 154             return afile.print();\r
 155         }\r
 156         catch (Exception e)\r
 157         {\r
 158             System.err.println("Failed to write alignment as a '" + format +\r
 159                 "' file\n");\r
 160             e.printStackTrace();\r
 161         }\r
 162 \r
 163         return null;\r
 164     }\r
 165 }\r