src/jalview/io/FormatProperties.java

   1 /* Jalview - a java multiple alignment editor\r
   2  * Copyright (C) 1998  Michele Clamp\r
   3  *\r
   4  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   5  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   6  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   7  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   8  *\r
   9  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  10  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  11  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  12  * GNU General Public License for more details.\r
  13  *\r
  14  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  15  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  16  * Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA  02111-1307, USA.\r
  17  */\r
  18 \r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 public class FormatProperties {\r
  24 \r
  25   static final int FASTA   = 0;\r
  26   static final int MSF     = 1;\r
  27   static final int CLUSTAL = 2;\r
  28   static final int BLC     = 3;\r
  29   static final int PIR     = 4;\r
  30  //static final int MSP     = 5;\r
  31   static final int PFAM    = 5;\r
  32  // static final int POSTAL  = 7;\r
  33 //  static final int JNET    = 8;\r
  34 \r
  35   static FormatPropertyVector formats = new FormatPropertyVector();\r
  36 \r
  37   static {\r
  38     String prefix = getDefaultClassPrefix();\r
  39 \r
  40     formats.add("FASTA",  prefix + "FastaFile");\r
  41     formats.add("MSF",    prefix + "MSFfile");\r
  42     formats.add("CLUSTAL",prefix + "ClustalFile");\r
  43     formats.add("BLC",    prefix + "BLCFile");\r
  44     formats.add("PIR",    prefix + "PIRFile");\r
  45   //  formats.add("MSP",    prefix + "MSPFile");\r
  46     formats.add("PFAM",   prefix + "PfamFile");\r
  47    //formats.add("POSTAL", prefix + "PostalFile");\r
  48    // formats.add("JNET",   prefix + "JnetFile");\r
  49   }\r
  50 \r
  51   public static String getDefaultClassPrefix() {\r
  52     return "jalview.io.";\r
  53   }\r
  54 \r
  55   static int indexOf(String format) {\r
  56 \r
  57     if (format != null) {\r
  58        format.toUpperCase();\r
  59        if (formats.contains(format)) {\r
  60          return formats.indexOf(format);\r
  61        }\r
  62     }\r
  63     return -1;\r
  64   }\r
  65 \r
  66   public static String getClassName(int index) {\r
  67     return formats.getClassName(index);\r
  68   }\r
  69 \r
  70   public static boolean contains(String format) {\r
  71 \r
  72     if (format != null) {\r
  73       format.toUpperCase();\r
  74 \r
  75       if (formats.contains(format)) {\r
  76         return true;\r
  77       }\r
  78     }\r
  79     return false;\r
  80   }\r
  81 \r
  82   public static Vector getFormatNames() {\r
  83     return formats.getFormatNames();\r
  84   }\r
  85 \r
  86   public static Vector getFormats() {\r
  87     return formats.getFormatNames();\r
  88   }\r
  89 }\r