src/jalview/io/IdentifyFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import java.io.IOException;
  24
  25 /**
  26  * DOCUMENT ME!
  27  *
  28  * @author $author$
  29  * @version $Revision$
  30  */
  31 public class IdentifyFile
  32 {
  33   public static final String GFF3File = "GFF v2 or v3";
  34
  35   /**
  36    * Identify a datasource's file content.
  37    *
  38    * @note Do not use this method for stream sources - create a FileParse object
  39    *       instead.
  40    *
  41    * @param file
  42    *          DOCUMENT ME!
  43    * @param protocol
  44    *          DOCUMENT ME!
  45    * @return ID String
  46    */
  47   public String Identify(String file, String protocol)
  48   {
  49     String emessage = "UNIDENTIFIED FILE PARSING ERROR";
  50     FileParse parser = null;
  51     try
  52     {
  53       parser = new FileParse(file, protocol);
  54       if (parser.isValid())
  55       {
  56         return Identify(parser);
  57       }
  58     } catch (Exception e)
  59     {
  60       System.err.println("Error whilst identifying");
  61       e.printStackTrace(System.err);
  62       emessage = e.getMessage();
  63     }
  64     if (parser != null)
  65     {
  66       return parser.errormessage;
  67     }
  68     return emessage;
  69   }
  70
  71   public String Identify(FileParse source)
  72   {
  73     return Identify(source, true); // preserves original behaviour prior to
  74     // version 2.3
  75   }
  76
  77   /**
  78    * Identify contents of source, closing it or resetting source to start
  79    * afterwards.
  80    *
  81    * @param source
  82    * @param closeSource
  83    * @return filetype string
  84    */
  85   public String Identify(FileParse source, boolean closeSource)
  86   {
  87     String reply = "PFAM";
  88     String data;
  89     int length = 0;
  90     boolean lineswereskipped = false;
  91     boolean isBinary = false; // true if length is non-zero and non-printable
  92     // characters are encountered
  93     try
  94     {
  95       if (!closeSource)
  96       {
  97         source.mark();
  98       }
  99       while ((data = source.nextLine()) != null)
 100       {
 101         length += data.trim().length();
 102         if (!lineswereskipped)
 103         {
 104           for (int i = 0; !isBinary && i < data.length(); i++)
 105           {
 106             char c = data.charAt(i);
 107             isBinary = (c < 32 && c != '\t' && c != '\n' && c != '\r'
 108                     && c != 5 && c != 27); // nominal binary character filter
 109             // excluding CR, LF, tab,DEL and ^E
 110             // for certain blast ids
 111           }
 112         }
 113         if (isBinary)
 114         {
 115           // jar files are special - since they contain all sorts of random
 116           // characters.
 117           if (source.inFile != null)
 118           {
 119             String fileStr = source.inFile.getName();
 120             // possibly a Jalview archive.
 121             if (fileStr.lastIndexOf(".jar") > -1
 122                     || fileStr.lastIndexOf(".zip") > -1)
 123             {
 124               reply = "Jalview";
 125             }
 126           }
 127           if (!lineswereskipped && data.startsWith("PK"))
 128           {
 129             reply = "Jalview"; // archive.
 130             break;
 131           }
 132         }
 133         data = data.toUpperCase();
 134
 135         if (data.startsWith("##GFF-VERSION"))
 136         {
 137           reply = GFF3File;
 138           break;
 139         }
 140         if (data.indexOf("# STOCKHOLM") > -1)
 141         {
 142           reply = "STH";
 143           break;
 144         }
 145
 146         if ((data.indexOf("<") > -1)) // possible Markup Language data i.e HTML,
 147                                       // RNAML, XML
 148         {
 149           boolean identified = false;
 150           do
 151           {
 152             if (data.matches("<(?i)html(\"[^\"]*\"|'[^']*'|[^'\">])*>"))
 153             {
 154               reply = HtmlFile.FILE_DESC;
 155               identified = true;
 156               break;
 157             }
 158
 159             if (data.matches("<(?i)rnaml (\"[^\"]*\"|'[^']*'|[^'\">])*>"))
 160             {
 161               reply = "RNAML";
 162               identified = true;
 163               break;
 164             }
 165           } while ((data = source.nextLine()) != null);
 166
 167           if (identified)
 168           {
 169             break;
 170           }
 171         }
 172
 173
 174          if (data.indexOf("{\"") > -1)
 175          {
 176          reply = JSONFile.FILE_DESC;
 177          break;
 178          }
 179         if ((data.length() < 1) || (data.indexOf("#") == 0))
 180         {
 181           lineswereskipped = true;
 182           continue;
 183         }
 184
 185         if (data.indexOf("PILEUP") > -1)
 186         {
 187           reply = "PileUp";
 188
 189           break;
 190         }
 191
 192         if ((data.indexOf("//") == 0)
 193                 || ((data.indexOf("!!") > -1) && (data.indexOf("!!") < data
 194                         .indexOf("_MULTIPLE_ALIGNMENT "))))
 195         {
 196           reply = "MSF";
 197
 198           break;
 199         }
 200         else if (data.indexOf("CLUSTAL") > -1)
 201         {
 202           reply = "CLUSTAL";
 203
 204           break;
 205         }
 206
 207         else if (data.indexOf(">") > -1)
 208         {
 209           // FASTA, PIR file or BLC file
 210           boolean checkPIR = false, starterm = false;
 211           if ((data.indexOf(">P1;") > -1) || (data.indexOf(">DL;") > -1))
 212           {
 213             // watch for PIR file attributes
 214             checkPIR = true;
 215             reply = "PIR";
 216           }
 217           // could also be BLC file, read next line to confirm
 218           data = source.nextLine();
 219
 220           if (data.indexOf(">") > -1)
 221           {
 222             reply = "BLC";
 223           }
 224           else
 225           {
 226             // Is this a single line BLC file?
 227             String data1 = source.nextLine();
 228             String data2 = source.nextLine();
 229             int c1;
 230             if (checkPIR)
 231             {
 232               starterm = (data1 != null && data1.indexOf("*") > -1)
 233                       || (data2 != null && data2.indexOf("*") > -1);
 234             }
 235             if (data2 != null && (c1 = data.indexOf("*")) > -1)
 236             {
 237               if (c1 == 0 && c1 == data2.indexOf("*"))
 238               {
 239                 reply = "BLC";
 240               }
 241               else
 242               {
 243                 reply = "FASTA"; // possibly a bad choice - may be recognised as
 244                 // PIR
 245               }
 246               // otherwise can still possibly be a PIR file
 247             }
 248             else
 249             {
 250               reply = "FASTA";
 251               // TODO : AMSA File is indicated if there is annotation in the
 252               // FASTA file - but FASTA will automatically generate this at the
 253               // mo.
 254               if (!checkPIR)
 255               {
 256                 break;
 257               }
 258             }
 259           }
 260           // final check for PIR content. require
 261           // >P1;title\n<blah>\nterminated sequence to occur at least once.
 262
 263           // TODO the PIR/fasta ambiguity may be the use case that is needed to
 264           // have
 265           // a 'Parse as type XXX' parameter for the applet/application.
 266           if (checkPIR)
 267           {
 268             String dta = null;
 269             if (!starterm)
 270             {
 271               do
 272               {
 273                 try
 274                 {
 275                   dta = source.nextLine();
 276                 } catch (IOException ex)
 277                 {
 278                 }
 279                 ;
 280                 if (dta != null && dta.indexOf("*") > -1)
 281                 {
 282                   starterm = true;
 283                 }
 284               } while (dta != null && !starterm);
 285             }
 286             if (starterm)
 287             {
 288               reply = "PIR";
 289               break;
 290             }
 291             else
 292             {
 293               reply = "FASTA"; // probably a bad choice!
 294             }
 295           }
 296           // read as a FASTA (probably)
 297           break;
 298         }
 299         else if (data.indexOf("HEADER") == 0 || data.indexOf("ATOM") == 0)
 300         {
 301           reply = "PDB";
 302           break;
 303         }
 304         else if (data.matches("\\s*\\d+\\s+\\d+\\s*"))
 305         {
 306           reply = PhylipFile.FILE_DESC;
 307           break;
 308         }
 309
 310
 311         /*
 312          * // TODO comment out SimpleBLAST identification for Jalview 2.4.1 else
 313          * if (!lineswereskipped && data.indexOf("BLAST")<4) { reply =
 314          * "SimpleBLAST"; break;
 315          *
 316          * } // end comments for Jalview 2.4.1
 317          */
 318         else if (!lineswereskipped && data.charAt(0) != '*'
 319                 && data.charAt(0) != ' '
 320                 && data.indexOf(":") < data.indexOf(",")) // &&
 321           // data.indexOf(",")<data.indexOf(",",
 322           // data.indexOf(",")))
 323         {
 324           // file looks like a concise JNet file
 325           reply = "JnetFile";
 326           break;
 327         }
 328
 329         lineswereskipped = true; // this means there was some junk before any
 330         // key file signature
 331       }
 332       if (closeSource)
 333       {
 334         source.close();
 335       }
 336       else
 337       {
 338         source.reset(); // so the file can be parsed from the beginning again.
 339       }
 340     } catch (Exception ex)
 341     {
 342       System.err.println("File Identification failed!\n" + ex);
 343       return source.errormessage;
 344     }
 345     if (length == 0)
 346     {
 347       System.err
 348       .println("File Identification failed! - Empty file was read.");
 349       return "EMPTY DATA FILE";
 350     }
 351     return reply;
 352   }
 353
 354   public static void main(String[] args)
 355   {
 356
 357     for (int i = 0; args != null && i < args.length; i++)
 358     {
 359       IdentifyFile ider = new IdentifyFile();
 360       String type = ider.Identify(args[i], AppletFormatAdapter.FILE);
 361       System.out.println("Type of " + args[i] + " is " + type);
 362     }
 363     if (args == null || args.length == 0)
 364     {
 365       System.err.println("Usage: <Filename> [<Filename> ...]");
 366     }
 367   }
 368 }