src/jalview/io/IdentifyFile.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import java.io.*;\r
  22 \r
  23 import java.net.*;\r
  24 \r
  25 \r
  26 public class IdentifyFile {\r
  27     public static String Identify(String file, String protocol) {\r
  28         String reply = "PFAM";\r
  29 \r
  30         try {\r
  31             BufferedReader reader = null;\r
  32 \r
  33             if (protocol.equals("File")) {\r
  34                 reader = new BufferedReader(new FileReader(file));\r
  35             }\r
  36             else if (protocol.equals("URL")) {\r
  37                 reply = "URL NOT FOUND";\r
  38 \r
  39                 URL url = new URL(file);\r
  40                 reader = new BufferedReader(new InputStreamReader(\r
  41                             url.openStream()));\r
  42                 reply = "error";\r
  43             } else if (protocol.equals("Paste")) {\r
  44                 reader = new BufferedReader(new StringReader(file));\r
  45             }\r
  46 \r
  47             String data;\r
  48 \r
  49             while ((data = reader.readLine()) != null) {\r
  50                 data = data.toUpperCase();\r
  51 \r
  52                 if ((data.indexOf("#") == 0) || (data.length() < 1)) {\r
  53                     continue;\r
  54                 }\r
  55 \r
  56                 if (data.indexOf("PILEUP") > -1) {\r
  57                     reply = "PileUp";\r
  58 \r
  59                     break;\r
  60                 }\r
  61 \r
  62                 if ((data.indexOf("//") == 0) ||\r
  63                         ((data.indexOf("!!") > -1) &&\r
  64                         (data.indexOf("!!") < data.indexOf(\r
  65                             "_MULTIPLE_ALIGNMENT ")))) {\r
  66                     reply = "MSF";\r
  67 \r
  68                     break;\r
  69                 } else if (data.indexOf("CLUSTAL") > -1) {\r
  70                     reply = "CLUSTAL";\r
  71 \r
  72                     break;\r
  73                 } else if ((data.indexOf(">P1;") > -1) ||\r
  74                         (data.indexOf(">DL;") > -1)) {\r
  75                     reply = "PIR";\r
  76 \r
  77                     break;\r
  78                 } else if (data.indexOf(">") > -1) {\r
  79                     // could be BLC file, read next line to confirm\r
  80                     data = reader.readLine();\r
  81 \r
  82                     if (data.indexOf(">") > -1) {\r
  83                         reply = "BLC";\r
  84                     } else {\r
  85                         reply = "FASTA";\r
  86                     }\r
  87 \r
  88                     break;\r
  89                 }\r
  90             }\r
  91 \r
  92             reader.close();\r
  93         } catch (Exception ex) {\r
  94             System.err.println("File Identification failed!\n" + ex);\r
  95         }\r
  96 \r
  97         return reply;\r
  98     }\r
  99 }\r