src/jalview/io/JPredFile.java

   1 /*
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 *
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 * of the License, or (at your option) any later version.
   9 *
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 * GNU General Public License for more details.
  14 *
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18 */\r
  19 \r
  20 /**
  21  * PredFile.java
  22  * JalviewX / Vamsas Project
  23  * JPred.seq.concise reader
  24  */\r
  25 package jalview.io;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 \r
  29 import jalview.util.*;\r
  30 \r
  31 import java.io.*;\r
  32 \r
  33 import java.util.*;\r
  34 \r
  35 \r
  36 /**\r
  37  * DOCUMENT ME!\r
  38  *\r
  39  * @author $author$\r
  40  * @version $Revision$\r
  41  */\r
  42 public class JPredFile extends AlignFile\r
  43 {\r
  44     Vector ids;\r
  45     Vector conf;\r
  46     Hashtable Scores; // Hash of names and score vectors\r
  47     Hashtable Symscores; // indexes of symbol annotation properties in sequenceI vector\r
  48     private int QuerySeqPosition;\r
  49 \r
  50     /**\r
  51      * Creates a new JPredFile object.\r
  52      *\r
  53      * @param inStr DOCUMENT ME!\r
  54      */\r
  55     public JPredFile(String inStr)\r
  56     {\r
  57         super(inStr);\r
  58     }\r
  59 \r
  60     /**\r
  61      * Creates a new JPredFile object.\r
  62      *\r
  63      * @param inFile DOCUMENT ME!\r
  64      * @param type DOCUMENT ME!\r
  65      *\r
  66      * @throws IOException DOCUMENT ME!\r
  67      */\r
  68     public JPredFile(String inFile, String type) throws IOException\r
  69     {\r
  70         super(inFile, type);\r
  71     }\r
  72 \r
  73     /**\r
  74      * DOCUMENT ME!\r
  75      *\r
  76      * @param QuerySeqPosition DOCUMENT ME!\r
  77      */\r
  78     public void setQuerySeqPosition(int QuerySeqPosition)\r
  79     {\r
  80         this.QuerySeqPosition = QuerySeqPosition;\r
  81     }\r
  82 \r
  83     /**\r
  84      * DOCUMENT ME!\r
  85      *\r
  86      * @return DOCUMENT ME!\r
  87      */\r
  88     public int getQuerySeqPosition()\r
  89     {\r
  90         return QuerySeqPosition;\r
  91     }\r
  92 \r
  93     /**\r
  94      * DOCUMENT ME!\r
  95      *\r
  96      * @return DOCUMENT ME!\r
  97      */\r
  98     public Hashtable getScores()\r
  99     {\r
 100         return Scores;\r
 101     }\r
 102 \r
 103     /**\r
 104      * DOCUMENT ME!\r
 105      *\r
 106      * @return DOCUMENT ME!\r
 107      */\r
 108     public Hashtable getSymscores()\r
 109     {\r
 110         return Symscores;\r
 111     }\r
 112 \r
 113     /**\r
 114      * DOCUMENT ME!\r
 115      */\r
 116     public void initData()\r
 117     {\r
 118         super.initData();\r
 119         Scores = new Hashtable();\r
 120         ids = null;\r
 121         conf = null;\r
 122     }\r
 123 \r
 124     /**
 125  * parse a JPred concise file into a sequence-alignment like object.
 126  */\r
 127     public void parse() throws IOException\r
 128     {\r
 129         // JBPNote log.System.out.println("all read in ");\r
 130         String line;\r
 131         QuerySeqPosition = -1;\r
 132         noSeqs = 0;\r
 133 \r
 134         Vector seq_entries = new Vector();\r
 135         Vector ids = new Vector();\r
 136         Hashtable Symscores = new Hashtable();\r
 137 \r
 138         while ((line = nextLine()) != null)\r
 139         {\r
 140             // Concise format allows no comments or non comma-formatted data\r
 141             StringTokenizer str = new StringTokenizer(line, ":");\r
 142             String id = "";\r
 143 \r
 144             if (!str.hasMoreTokens())\r
 145             {\r
 146                 continue;\r
 147             }\r
 148 \r
 149             id = str.nextToken();\r
 150 \r
 151             String seqsym = str.nextToken();\r
 152             StringTokenizer symbols = new StringTokenizer(seqsym, ",");\r
 153 \r
 154             // decide if we have more than just alphanumeric symbols\r
 155             int numSymbols = symbols.countTokens();\r
 156 \r
 157             if (numSymbols == 0)\r
 158             {\r
 159                 continue;\r
 160             }\r
 161 \r
 162             if (seqsym.length() != (2 * numSymbols))\r
 163             {\r
 164                 // Set of scalars for some property\r
 165                 if (Scores.containsKey(id))\r
 166                 {\r
 167                     int i = 1;\r
 168 \r
 169                     while (Scores.containsKey(id + "_" + i))\r
 170                     {\r
 171                         i++;\r
 172                     }\r
 173 \r
 174                     id = id + "_" + i;\r
 175                 }\r
 176 \r
 177                 Vector scores = new Vector();\r
 178 \r
 179                 // Typecheck from first entry\r
 180                 int i = 0;\r
 181                 String ascore = "dead";\r
 182 \r
 183                 try\r
 184                 {\r
 185                     // store elements as floats...\r
 186                     while (symbols.hasMoreTokens())\r
 187                     {\r
 188                         ascore = symbols.nextToken();\r
 189 \r
 190                         Float score = new Float(ascore);\r
 191                         scores.addElement((Object) score);\r
 192                     }\r
 193 \r
 194                     Scores.put(id, scores);\r
 195                 }\r
 196                 catch (Exception e)\r
 197                 {\r
 198                     // or just keep them as strings\r
 199                     i = scores.size();\r
 200 \r
 201                     for (int j = 0; j < i; j++)\r
 202                     {\r
 203                         scores.set(j,\r
 204                             (Object) ((Float) scores.get(j)).toString());\r
 205                     }\r
 206 \r
 207                     scores.addElement((Object) ascore);\r
 208 \r
 209                     while (symbols.hasMoreTokens())\r
 210                     {\r
 211                         ascore = symbols.nextToken();\r
 212                         scores.addElement((Object) ascore);\r
 213                     }\r
 214 \r
 215                     Scores.put(id, scores);\r
 216                 }\r
 217             }\r
 218             else if (id.equals("jnetconf"))\r
 219             {\r
 220                 // log.debug System.out.println("here");\r
 221                 id = "Prediction Confidence";\r
 222                 this.conf = new Vector(numSymbols);\r
 223 \r
 224                 for (int i = 0; i < numSymbols; i++)\r
 225                 {\r
 226                     conf.set(i, (Object) symbols.nextToken());\r
 227                 }\r
 228             }\r
 229             else\r
 230             {\r
 231                 // Sequence or a prediction string (rendered as sequence)\r
 232                 StringBuffer newseq = new StringBuffer();\r
 233 \r
 234                 for (int i = 0; i < numSymbols; i++)\r
 235                 {\r
 236                     newseq.append(symbols.nextToken());\r
 237                 }\r
 238 \r
 239                 if (id.indexOf(";") > -1)\r
 240                 {\r
 241                     seq_entries.addElement(newseq);\r
 242 \r
 243                     int i = 1;\r
 244                     String name = id.substring(id.indexOf(";") + 1);\r
 245 \r
 246                     while (ids.lastIndexOf(name) > -1)\r
 247                     {\r
 248                         name = id.substring(id.indexOf(";") + 1) + "_" + 1;\r
 249                     }\r
 250 \r
 251                     ids.addElement(name);\r
 252 \r
 253                     noSeqs++;\r
 254                 }\r
 255                 else\r
 256                 {\r
 257                     if (id.equals("JNETPRED"))\r
 258                     {\r
 259                         id = "Predicted Secondary Structure";\r
 260                     }\r
 261 \r
 262                     seq_entries.addElement(newseq.toString());\r
 263                     ids.addElement(id);\r
 264                     Symscores.put((Object) id,\r
 265                         (Object) new Integer(ids.size() - 1));\r
 266                 }\r
 267             }\r
 268         }\r
 269 \r
 270         if (noSeqs < 1)\r
 271         {\r
 272             throw new IOException(\r
 273                 "JpredFile Parser: No sequence in the prediction!");\r
 274         }\r
 275 \r
 276         maxLength = seq_entries.elementAt(0).toString().length();\r
 277 \r
 278         for (int i = 0; i < ids.size(); i++)\r
 279         {\r
 280             // Add all sequence like objects\r
 281             Sequence newSeq = new Sequence(ids.elementAt(i).toString(),\r
 282                     seq_entries.elementAt(i).toString(), 1,\r
 283                     seq_entries.elementAt(i).toString().length());\r
 284 \r
 285             if (!Symscores.containsKey(ids.elementAt(i)) &&\r
 286                     !isValidProteinSequence(newSeq.getSequence()))\r
 287             {\r
 288                 throw new IOException(\r
 289                     "JPredConcise: Not a valid protein sequence - (" +\r
 290                     ids.elementAt(i).toString() + ")");\r
 291             }\r
 292 \r
 293             if (maxLength != seq_entries.elementAt(i).toString().length())\r
 294             {\r
 295                 throw new IOException("JPredConcise: Entry (" +\r
 296                     ids.elementAt(i).toString() +\r
 297                     ") has an unexpected number of columns");\r
 298             }\r
 299 \r
 300             if (newSeq.getName().startsWith("QUERY") &&\r
 301                     (QuerySeqPosition == -1))\r
 302             {\r
 303                 QuerySeqPosition = seqs.size();\r
 304             }\r
 305 \r
 306             seqs.addElement(newSeq);\r
 307         }\r
 308     }\r
 309 \r
 310     /**
 311  * print
 312  *
 313  * @return String
 314    */\r
 315     public String print()\r
 316     {\r
 317         return "Not Supported";\r
 318     }\r
 319 \r
 320     /**\r
 321      * DOCUMENT ME!\r
 322      *\r
 323      * @param args DOCUMENT ME!\r
 324      */\r
 325     public static void main(String[] args)\r
 326     {\r
 327         try\r
 328         {\r
 329             JPredFile blc = new JPredFile(args[0], "File");\r
 330 \r
 331             for (int i = 0; i < blc.seqs.size(); i++)\r
 332             {\r
 333                 System.out.println(((Sequence) blc.seqs.elementAt(i)).getName() +\r
 334                     "\n" + ((Sequence) blc.seqs.elementAt(i)).getSequence() +\r
 335                     "\n");\r
 336             }\r
 337         }\r
 338         catch (java.io.IOException e)\r
 339         {\r
 340             System.err.println("Exception " + e);\r
 341             e.printStackTrace();\r
 342         }\r
 343     }\r
 344 }\r
 345 \r
 346 \r
 347 /*
 348  StringBuffer out = new StringBuffer();
 349
 350  out.append("START PRED\n");
 351  for (int i = 0; i < s[0].sequence.length(); i++)
 352  {
 353   out.append(s[0].sequence.substring(i, i + 1) + " ");
 354   out.append(s[1].sequence.substring(i, i + 1) + " ");
 355   out.append(s[1].score[0].elementAt(i) + " ");
 356   out.append(s[1].score[1].elementAt(i) + " ");
 357   out.append(s[1].score[2].elementAt(i) + " ");
 358   out.append(s[1].score[3].elementAt(i) + " ");
 359
 360   out.append("\n");
 361  }
 362  out.append("END PRED\n");
 363  return out.toString();
 364  }
 365
 366     public static void main(String[] args)
 367  {
 368   try
 369   {
 370     BLCFile blc = new BLCFile(args[0], "File");
 371     DrawableSequence[] s = new DrawableSequence[blc.seqs.size()];
 372     for (int i = 0; i < blc.seqs.size(); i++)
 373     {
 374       s[i] = new DrawableSequence( (Sequence) blc.seqs.elementAt(i));
 375     }
 376     String out = BLCFile.print(s);
 377
 378     AlignFrame af = new AlignFrame(null, s);
 379     af.resize(700, 500);
 380     af.show();
 381     System.out.println(out);
 382   }
 383   catch (java.io.IOException e)
 384   {
 385     System.out.println("Exception " + e);
 386   }
 387  }
 388
 389  }
 390  */\r