src/jalview/io/MSFfile.java

   1 package jalview.io;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import jalview.util.*;\r
   5 \r
   6 import java.io.*;\r
   7 import java.util.*;\r
   8 \r
   9 public class MSFfile extends AlignFile {\r
  10 \r
  11   public MSFfile()\r
  12   {}\r
  13 \r
  14   public MSFfile(String inStr) {\r
  15     super(inStr);\r
  16   }\r
  17 \r
  18   public MSFfile(String inFile, String type) throws IOException {\r
  19     super(inFile,type);\r
  20   }\r
  21 \r
  22   private static com.stevesoft.pat.Regex gapre = new com.stevesoft.pat.Regex("\\~","-");\r
  23   private static com.stevesoft.pat.Regex re2gap = new com.stevesoft.pat.Regex("["+jalview.util.Comparison.GapChars+"]","\\~");\r
  24 \r
  25   public void parse() {\r
  26     int       i       = 0;\r
  27     boolean   seqFlag = false;\r
  28     String    key     = new String();\r
  29     Vector    headers = new Vector();\r
  30     Hashtable seqhash = new Hashtable();\r
  31     String    line;\r
  32 \r
  33     try {\r
  34     while ((line = nextLine()) != null) {\r
  35 \r
  36       StringTokenizer str = new StringTokenizer(line);\r
  37 \r
  38       while (str.hasMoreTokens()) {\r
  39 \r
  40         String inStr = str.nextToken();\r
  41 \r
  42         //If line has header information add to the headers vector\r
  43         if (inStr.indexOf("Name:") != -1) {\r
  44           key = str.nextToken();\r
  45           headers.addElement(key);\r
  46         }\r
  47 \r
  48         //if line has // set SeqFlag to 1 so we know sequences are coming\r
  49         if (inStr.indexOf("//") != -1) {\r
  50           seqFlag = true;\r
  51         }\r
  52 \r
  53         //Process lines as sequence lines if seqFlag is set\r
  54         if (( inStr.indexOf("//") == -1) && (seqFlag == true)) {\r
  55           //seqeunce id is the first field\r
  56           key = inStr;\r
  57           StringBuffer tempseq;\r
  58 \r
  59           //Get sequence from hash if it exists\r
  60           if (seqhash.containsKey(key)) {\r
  61             tempseq = (StringBuffer)seqhash.get(key);\r
  62           } else {\r
  63             tempseq = new StringBuffer();\r
  64             seqhash.put(key,tempseq);\r
  65           }\r
  66 \r
  67           //loop through the rest of the words\r
  68           while (str.hasMoreTokens()) {\r
  69             //append the word to the sequence\r
  70             tempseq.append(str.nextToken());\r
  71           }\r
  72         }\r
  73       }\r
  74     }\r
  75     } catch (IOException e) {\r
  76       System.err.println("Exception parsing MSFFile " + e);\r
  77       e.printStackTrace();\r
  78     }\r
  79 \r
  80     this.noSeqs = headers.size();\r
  81 \r
  82     //Add sequences to the hash\r
  83     for (i = 0; i < headers.size(); i++ ) {\r
  84 \r
  85       if ( seqhash.get(headers.elementAt(i)) != null) {\r
  86         String head =  headers.elementAt(i).toString();\r
  87         String seq  =  seqhash.get(head).toString();\r
  88 \r
  89         int start = 1;\r
  90         int end = seq.length();\r
  91 \r
  92         if (maxLength <  head.length() ) {\r
  93           maxLength =  head.length();\r
  94         }\r
  95 \r
  96         if (head.indexOf("/") > 0 ) {\r
  97 \r
  98           StringTokenizer st = new StringTokenizer(head,"/");\r
  99 \r
 100           if (st.countTokens() == 2) {\r
 101 \r
 102             head = st.nextToken();\r
 103             String tmp = st.nextToken();\r
 104             st = new StringTokenizer(tmp,"-");\r
 105             if (st.countTokens() == 2) {\r
 106               start = Integer.valueOf(st.nextToken()).intValue();\r
 107               end = Integer.valueOf(st.nextToken()).intValue();\r
 108             }\r
 109           }\r
 110         }\r
 111         // Replace ~ with a sensible gap character\r
 112         seq = gapre.replaceAll(seq);\r
 113         Sequence newSeq = new Sequence(head,seq,start,end);\r
 114 \r
 115         seqs.addElement(newSeq);\r
 116 \r
 117       } else {\r
 118         System.err.println("MSFFile Parser: Can't find sequence for " + headers.elementAt(i));\r
 119       }\r
 120     }\r
 121 \r
 122   }\r
 123 \r
 124   public static int checkSum(String seq) {\r
 125     //String chars =  "ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZabcdefghijklmnopqrstuvwxyz.*~&@";\r
 126     int check = 0;\r
 127 \r
 128     String index =  "--------------------------------------&---*---.-----------------@ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ------ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ----@";\r
 129     index += "--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------";\r
 130 \r
 131     for(int i = 0; i < seq.length(); i++) {\r
 132       try {\r
 133         if (i <seq.length()) {\r
 134           int pos = index.indexOf(seq.substring(i,i+1));\r
 135           if (!index.substring(pos,pos+1).equals("_")) {\r
 136             check += ((i % 57) + 1) * pos;\r
 137           }\r
 138         }\r
 139       } catch (Exception e) {\r
 140         System.err.println("Exception during MSF Checksum calculation");\r
 141         e.printStackTrace();\r
 142       }\r
 143     }\r
 144     return check % 10000;\r
 145   }\r
 146 \r
 147   public static String print(SequenceI[] s) {\r
 148     StringBuffer out = new StringBuffer("PileUp\n\n");\r
 149 \r
 150     int max = 0;\r
 151     int maxid = 0;\r
 152 \r
 153     int i = 0;\r
 154     String big = "";\r
 155     while (i < s.length && s[i] != null) {\r
 156       big += s[i].getSequence();\r
 157       i++;\r
 158     }\r
 159     i = 0;\r
 160     int bigcheck = checkSum(big);\r
 161 \r
 162     out.append("   MSF: " + s[0].getSequence().length() + "   Type: P    Check:  " + bigcheck + "   ..\n\n\n");\r
 163 \r
 164     while (i < s.length && s[i] != null) {\r
 165       String seq = s[i].getSequence();\r
 166       String name =  s[i].getName()+ "/" + s[i].getStart() + "-" + s[i].getEnd();\r
 167       int check = checkSum(s[i].getSequence());\r
 168       out.append(" Name: " + name + " oo  Len:  " + s[i].getSequence().length() + "  Check:  " + check + "  Weight:  1.00\n");\r
 169       if (seq.length() > max) {\r
 170         max = seq.length();\r
 171       }\r
 172       if (name.length() > maxid) {\r
 173         maxid = name.length();\r
 174       }\r
 175       i++;\r
 176     }\r
 177 \r
 178     if (maxid < 10) {\r
 179       maxid = 10;\r
 180     }\r
 181     maxid++;\r
 182     out.append( "\n\n//\n\n");\r
 183 \r
 184     int len = 50;\r
 185 \r
 186     int nochunks =  max / len + 1;\r
 187     if (max%len == 0) {\r
 188       nochunks--;\r
 189     }\r
 190     for (i = 0; i < nochunks; i++) {\r
 191       int j = 0;\r
 192       while (j < s.length && s[j] != null) {\r
 193         String name =  s[j].getName();\r
 194         out.append( new Format("%-" + maxid + "s").form(name + "/" + s[j].getStart() + "-" + s[j].getEnd()) + " ");\r
 195         for (int k = 0; k < 5; k++) {\r
 196 \r
 197           int start = i*50 + k*10;\r
 198           int end = start + 10;\r
 199 \r
 200           if (end < s[j].getSequence().length() && start < s[j].getSequence().length() ) {\r
 201             out.append(re2gap.replaceAll(s[j].getSequence().substring(start,end)));\r
 202             if (k < 4) {\r
 203               // out.append(" ");\r
 204             } else {\r
 205               out.append("\n");\r
 206             }\r
 207           } else {\r
 208             if (start < s[j].getSequence().length()) {\r
 209               out.append(re2gap.replaceAll(s[j].getSequence().substring(start)));\r
 210               out.append("\n");\r
 211             } else {\r
 212               if (k == 0) {\r
 213                 out.append("\n");\r
 214               }\r
 215             }\r
 216           }\r
 217         }\r
 218         j++;\r
 219       }\r
 220       out.append("\n");\r
 221 \r
 222     }\r
 223     return out.toString();\r
 224   }\r
 225   public String print() {\r
 226     return print(getSeqsAsArray());\r
 227   }\r
 228 }\r
 229 \r
 230 \r
 231 \r
 232 \r
 233 \r
 234 \r
 235 \r