src/jalview/io/MSFfile.java

   1 package jalview.io;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import jalview.util.*;\r
   5 \r
   6 import java.io.*;\r
   7 import java.util.*;\r
   8 \r
   9 public class MSFfile extends AlignFile {\r
  10 \r
  11   public MSFfile()\r
  12   {}\r
  13 \r
  14   public MSFfile(String inStr) {\r
  15     super(inStr);\r
  16   }\r
  17 \r
  18   public MSFfile(String inFile, String type) throws IOException {\r
  19     super(inFile,type);\r
  20   }\r
  21 \r
  22   public void parse() {\r
  23 \r
  24     int       i       = 0;\r
  25     boolean   seqFlag = false;\r
  26     String    key     = new String();\r
  27     Vector    headers = new Vector();\r
  28     Hashtable seqhash = new Hashtable();\r
  29     String    line;\r
  30 \r
  31     try {\r
  32     while ((line = nextLine()) != null) {\r
  33 \r
  34       StringTokenizer str = new StringTokenizer(line);\r
  35 \r
  36       while (str.hasMoreTokens()) {\r
  37 \r
  38         String inStr = str.nextToken();\r
  39 \r
  40         //If line has header information add to the headers vector\r
  41         if (inStr.indexOf("Name:") != -1) {\r
  42           key = str.nextToken();\r
  43           headers.addElement(key);\r
  44         }\r
  45 \r
  46         //if line has // set SeqFlag to 1 so we know sequences are coming\r
  47         if (inStr.indexOf("//") != -1) {\r
  48           seqFlag = true;\r
  49         }\r
  50 \r
  51         //Process lines as sequence lines if seqFlag is set\r
  52         if (( inStr.indexOf("//") == -1) && (seqFlag == true)) {\r
  53           //seqeunce id is the first field\r
  54           key = inStr;\r
  55           StringBuffer tempseq;\r
  56 \r
  57           //Get sequence from hash if it exists\r
  58           if (seqhash.containsKey(key)) {\r
  59             tempseq = (StringBuffer)seqhash.get(key);\r
  60           } else {\r
  61             tempseq = new StringBuffer();\r
  62             seqhash.put(key,tempseq);\r
  63           }\r
  64 \r
  65           //loop through the rest of the words\r
  66           while (str.hasMoreTokens()) {\r
  67             //append the word to the sequence\r
  68             tempseq.append(str.nextToken());\r
  69           }\r
  70         }\r
  71       }\r
  72     }\r
  73     } catch (IOException e) {\r
  74       System.err.println("Exception parsing MSFFile " + e);\r
  75       e.printStackTrace();\r
  76     }\r
  77 \r
  78     this.noSeqs = headers.size();\r
  79 \r
  80     //Add sequences to the hash\r
  81     for (i = 0; i < headers.size(); i++ ) {\r
  82 \r
  83       if ( seqhash.get(headers.elementAt(i)) != null) {\r
  84         String head =  headers.elementAt(i).toString();\r
  85         String seq  =  seqhash.get(head).toString();\r
  86 \r
  87         int start = 1;\r
  88         int end = seq.length();\r
  89 \r
  90         if (maxLength <  head.length() ) {\r
  91           maxLength =  head.length();\r
  92         }\r
  93 \r
  94         if (head.indexOf("/") > 0 ) {\r
  95 \r
  96           StringTokenizer st = new StringTokenizer(head,"/");\r
  97 \r
  98           if (st.countTokens() == 2) {\r
  99 \r
 100             head = st.nextToken();\r
 101             String tmp = st.nextToken();\r
 102             st = new StringTokenizer(tmp,"-");\r
 103             if (st.countTokens() == 2) {\r
 104               start = Integer.valueOf(st.nextToken()).intValue();\r
 105               end = Integer.valueOf(st.nextToken()).intValue();\r
 106             }\r
 107           }\r
 108         }\r
 109 \r
 110         Sequence newSeq = new Sequence(head,seq,start,end);\r
 111 \r
 112         seqs.addElement(newSeq);\r
 113 \r
 114       } else {\r
 115         System.err.println("MSFFile Parser: Can't find sequence for " + headers.elementAt(i));\r
 116       }\r
 117     }\r
 118 \r
 119   }\r
 120 \r
 121   public static int checkSum(String seq) {\r
 122     //String chars =  "ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZabcdefghijklmnopqrstuvwxyz.*~&@";\r
 123     int check = 0;\r
 124 \r
 125     String index =  "--------------------------------------&---*---.-----------------@ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ------ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ----@";\r
 126     index += "--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------";\r
 127 \r
 128     for(int i = 0; i < seq.length(); i++) {\r
 129       try {\r
 130         if (i <seq.length()) {\r
 131           int pos = index.indexOf(seq.substring(i,i+1));\r
 132           if (!index.substring(pos,pos+1).equals("_")) {\r
 133             check += ((i % 57) + 1) * pos;\r
 134           }\r
 135         }\r
 136       } catch (Exception e) {\r
 137         System.err.println("Exception during MSF Checksum calculation");\r
 138         e.printStackTrace();\r
 139       }\r
 140     }\r
 141     return check % 10000;\r
 142   }\r
 143 \r
 144   public static String print(SequenceI[] s) {\r
 145     StringBuffer out = new StringBuffer("PileUp\n\n");\r
 146 \r
 147     int max = 0;\r
 148     int maxid = 0;\r
 149 \r
 150     int i = 0;\r
 151     String big = "";\r
 152     while (i < s.length && s[i] != null) {\r
 153       big += s[i].getSequence();\r
 154       i++;\r
 155     }\r
 156     i = 0;\r
 157     int bigcheck = checkSum(big);\r
 158 \r
 159     out.append("   MSF: " + s[0].getSequence().length() + "   Type: P    Check:  " + bigcheck + "   ..\n\n\n");\r
 160 \r
 161     while (i < s.length && s[i] != null) {\r
 162       String seq = s[i].getSequence();\r
 163       String name =  s[i].getName()+ "/" + s[i].getStart() + "-" + s[i].getEnd();\r
 164       int check = checkSum(s[i].getSequence());\r
 165       out.append(" Name: " + name + " oo  Len:  " + s[i].getSequence().length() + "  Check:  " + check + "  Weight:  1.00\n");\r
 166       if (seq.length() > max) {\r
 167         max = seq.length();\r
 168       }\r
 169       if (name.length() > maxid) {\r
 170         maxid = name.length();\r
 171       }\r
 172       i++;\r
 173     }\r
 174 \r
 175     if (maxid < 10) {\r
 176       maxid = 10;\r
 177     }\r
 178     maxid++;\r
 179     out.append( "\n\n//\n\n");\r
 180 \r
 181     int len = 50;\r
 182 \r
 183     int nochunks =  max / len + 1;\r
 184     if (max%len == 0) {\r
 185       nochunks--;\r
 186     }\r
 187     for (i = 0; i < nochunks; i++) {\r
 188       int j = 0;\r
 189       while (j < s.length && s[j] != null) {\r
 190         String name =  s[j].getName();\r
 191         out.append( new Format("%-" + maxid + "s").form(name + "/" + s[j].getStart() + "-" + s[j].getEnd()) + " ");\r
 192         for (int k = 0; k < 5; k++) {\r
 193 \r
 194           int start = i*50 + k*10;\r
 195           int end = start + 10;\r
 196 \r
 197           if (end < s[j].getSequence().length() && start < s[j].getSequence().length() ) {\r
 198             out.append(s[j].getSequence().substring(start,end));\r
 199             if (k < 4) {\r
 200               out.append(" ");\r
 201             } else {\r
 202               out.append("\n");\r
 203             }\r
 204           } else {\r
 205             if (start < s[j].getSequence().length()) {\r
 206               out.append(s[j].getSequence().substring(start));\r
 207               out.append("\n");\r
 208             } else {\r
 209               if (k == 0) {\r
 210                 out.append("\n");\r
 211               }\r
 212             }\r
 213           }\r
 214         }\r
 215         j++;\r
 216       }\r
 217       out.append("\n");\r
 218 \r
 219     }\r
 220     return out.toString();\r
 221   }\r
 222   public String print() {\r
 223     return print(getSeqsAsArray());\r
 224   }\r
 225 }\r
 226 \r
 227 \r
 228 \r
 229 \r
 230 \r
 231 \r
 232 \r