src/jalview/io/NewickFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 // NewickFile.java
  22 // Tree I/O
  23 // http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/newick_doc.html
  24 // TODO: Implement Basic NHX tag parsing and preservation
  25 // TODO: http://evolution.genetics.wustl.edu/eddy/forester/NHX.html
  26 // TODO: Extended SequenceNodeI to hold parsed NHX strings
  27 package jalview.io;
  28
  29 import java.util.Locale;
  30
  31 import jalview.datamodel.BinaryNode;
  32 import jalview.datamodel.SequenceNode;
  33 import jalview.util.MessageManager;
  34
  35 import java.io.BufferedReader;
  36 import java.io.File;
  37 import java.io.FileReader;
  38 import java.io.IOException;
  39 import java.util.StringTokenizer;
  40
  41 import com.stevesoft.pat.Regex;
  42
  43 /**
  44  * Parse a new hanpshire style tree Caveats: NHX files are NOT supported and the
  45  * tree distances and topology are unreliable when they are parsed. TODO: on
  46  * this: NHX codes are appended in comments beginning with &&NHX. The codes are
  47  * given below (from http://www.phylosoft.org/forester/NHX.html): Element Type
  48  * Description Corresponding phyloXML element (parent element in parentheses) no
  49  * tag string name of this node/clade (MUST BE FIRST, IF ASSIGNED)
  50  * <name>(<clade>) : decimal branch length to parent node (MUST BE SECOND, IF
  51  * ASSIGNED) <branch_length>(<clade>) :GN= string gene name <name>(<sequence>)
  52  * :AC= string sequence accession <accession>(<sequence>) :ND= string node
  53  * identifier - if this is being used, it has to be unique within each phylogeny
  54  * <node_id>(<clade>) :B= decimal confidence value for parent branch
  55  * <confidence>(<clade>) :D= 'T', 'F', or '?' 'T' if this node represents a
  56  * duplication event - 'F' if this node represents a speciation event, '?' if
  57  * this node represents an unknown event (D= tag should be replaced by Ev= tag)
  58  * n/a :Ev=duplications>speciations>gene losses>event type>duplication type int
  59  * int int string string event (replaces the =D tag), number of duplication,
  60  * speciation, and gene loss events, type of event (transfer, fusion, root,
  61  * unknown, other, speciation_duplication_loss, unassigned) <events>(<clade>)
  62  * :E= string EC number at this node <annotation>(<sequence>) :Fu= string
  63  * function at this node <annotation>(<sequence>)
  64  * :DS=protein-length>from>to>support>name>from>... int int int double string
  65  * int ... domain structure at this node <domain_architecture>(<sequence>) :S=
  66  * string species name of the species/phylum at this node <taxonomy>(<clade>)
  67  * :T= integer taxonomy ID of the species/phylum at this node <id>(<taxonomy>)
  68  * :W= integer width of parent branch <width>(<clade>) :C=rrr.ggg.bbb
  69  * integer.integer.integer color of parent branch <color>(<clade>) :Co= 'Y' or
  70  * 'N' collapse this node when drawing the tree (default is not to collapse) n/a
  71  * :XB= string custom data associated with a branch <property>(<clade>) :XN=
  72  * string custom data associated with a node <property>(<clade>) :O= integer
  73  * orthologous to this external node n/a :SN= integer subtree neighbors n/a :SO=
  74  * integer super orthologous (no duplications on paths) to this external node
  75  * n/a
  76  *
  77  * @author Jim Procter
  78  * @version $Revision$
  79  */
  80 public class NewickFile extends FileParse
  81 {
  82   SequenceNode root;
  83
  84   private boolean HasBootstrap = false;
  85
  86   private boolean HasDistances = false;
  87
  88   private boolean RootHasDistance = false;
  89
  90   // File IO Flags
  91   boolean ReplaceUnderscores = false;
  92
  93   boolean printRootInfo = true;
  94
  95   private Regex[] NodeSafeName = new Regex[] {
  96       new Regex().perlCode("m/[\\[,:'()]/"), // test for
  97       // requiring
  98       // quotes
  99       new Regex().perlCode("s/'/''/"), // escaping quote
 100       // characters
 101       new Regex().perlCode("s/\\/w/_/") // unqoted whitespace
 102       // transformation
 103   };
 104
 105   char QuoteChar = '\'';
 106
 107   /**
 108    * Creates a new NewickFile object.
 109    *
 110    * @param inStr
 111    *          DOCUMENT ME!
 112    *
 113    * @throws IOException
 114    *           DOCUMENT ME!
 115    */
 116   public NewickFile(String inStr) throws IOException
 117   {
 118     super(inStr, DataSourceType.PASTE);
 119   }
 120
 121   /**
 122    * Creates a new NewickFile object.
 123    *
 124    * @param inFile
 125    *          DOCUMENT ME!
 126    * @param protocol
 127    *          DOCUMENT ME!
 128    *
 129    * @throws IOException
 130    *           DOCUMENT ME!
 131    */
 132   public NewickFile(String inFile, DataSourceType protocol)
 133           throws IOException
 134   {
 135     super(inFile, protocol);
 136   }
 137
 138   public NewickFile(FileParse source) throws IOException
 139   {
 140     super(source);
 141   }
 142
 143   /**
 144    * Creates a new NewickFile object.
 145    *
 146    * @param newtree
 147    *          DOCUMENT ME!
 148    */
 149   public NewickFile(SequenceNode newtree)
 150   {
 151     root = newtree;
 152   }
 153
 154   /**
 155    * Creates a new NewickFile object.
 156    *
 157    * @param newtree
 158    *          DOCUMENT ME!
 159    * @param bootstrap
 160    *          DOCUMENT ME!
 161    */
 162   public NewickFile(SequenceNode newtree, boolean bootstrap)
 163   {
 164     HasBootstrap = bootstrap;
 165     root = newtree;
 166   }
 167
 168   /**
 169    * Creates a new NewickFile object.
 170    *
 171    * @param newtree
 172    *          DOCUMENT ME!
 173    * @param bootstrap
 174    *          DOCUMENT ME!
 175    * @param distances
 176    *          DOCUMENT ME!
 177    */
 178   public NewickFile(SequenceNode newtree, boolean bootstrap,
 179           boolean distances)
 180   {
 181     root = newtree;
 182     HasBootstrap = bootstrap;
 183     HasDistances = distances;
 184   }
 185
 186   /**
 187    * Creates a new NewickFile object.
 188    *
 189    * @param newtree
 190    *          DOCUMENT ME!
 191    * @param bootstrap
 192    *          DOCUMENT ME!
 193    * @param distances
 194    *          DOCUMENT ME!
 195    * @param rootdistance
 196    *          DOCUMENT ME!
 197    */
 198   public NewickFile(SequenceNode newtree, boolean bootstrap,
 199           boolean distances, boolean rootdistance)
 200   {
 201     root = newtree;
 202     HasBootstrap = bootstrap;
 203     HasDistances = distances;
 204     RootHasDistance = rootdistance;
 205   }
 206
 207   /**
 208    * DOCUMENT ME!
 209    *
 210    * @param Error
 211    *          DOCUMENT ME!
 212    * @param Er
 213    *          DOCUMENT ME!
 214    * @param r
 215    *          DOCUMENT ME!
 216    * @param p
 217    *          DOCUMENT ME!
 218    * @param s
 219    *          DOCUMENT ME!
 220    *
 221    * @return DOCUMENT ME!
 222    */
 223   private String ErrorStringrange(String Error, String Er, int r, int p,
 224           String s)
 225   {
 226     return ((Error == null) ? "" : Error) + Er + " at position " + p + " ( "
 227             + s.substring(((p - r) < 0) ? 0 : (p - r),
 228                     ((p + r) > s.length()) ? s.length() : (p + r))
 229             + " )\n";
 230   }
 231
 232   // @tree annotations
 233   // These are set automatically by the reader
 234   public boolean HasBootstrap()
 235   {
 236     return HasBootstrap;
 237   }
 238
 239   /**
 240    * DOCUMENT ME!
 241    *
 242    * @return DOCUMENT ME!
 243    */
 244   public boolean HasDistances()
 245   {
 246     return HasDistances;
 247   }
 248
 249   public boolean HasRootDistance()
 250   {
 251     return RootHasDistance;
 252   }
 253
 254   /**
 255    * parse the filesource as a newick file (new hampshire and/or extended)
 256    *
 257    * @throws IOException
 258    *           with a line number and character position for badly formatted NH
 259    *           strings
 260    */
 261   public void parse() throws IOException
 262   {
 263     String nf;
 264
 265     { // fill nf with complete tree file
 266
 267       StringBuffer file = new StringBuffer();
 268
 269       while ((nf = nextLine()) != null)
 270       {
 271         file.append(nf);
 272       }
 273
 274       nf = file.toString();
 275     }
 276
 277     root = new SequenceNode();
 278
 279     BinaryNode realroot = null;
 280     BinaryNode c = root;
 281
 282     int d = -1;
 283     int cp = 0;
 284     // int flen = nf.length();
 285
 286     String Error = null;
 287     String nodename = null;
 288     String commentString2 = null; // comments after simple node props
 289
 290     double DefDistance = (float) 0.001; // @param Default distance for a node -
 291     // very very small
 292     int DefBootstrap = -1; // @param Default bootstrap for a node
 293
 294     double distance = DefDistance;
 295     int bootstrap = DefBootstrap;
 296
 297     boolean ascending = false; // flag indicating that we are leaving the
 298     // current node
 299
 300     Regex majorsyms = new Regex("[(\\['),;]");
 301
 302     int nextcp = 0;
 303     int ncp = cp;
 304     boolean parsednodename = false;
 305     while (majorsyms.searchFrom(nf, cp) && (Error == null))
 306     {
 307       int fcp = majorsyms.matchedFrom();
 308       char schar;
 309       switch (schar = nf.charAt(fcp))
 310       {
 311       case '(':
 312
 313         // ascending should not be set
 314         // New Internal node
 315         if (ascending)
 316         {
 317           Error = ErrorStringrange(Error, "Unexpected '('", 7, fcp, nf);
 318
 319           continue;
 320         }
 321         d++;
 322
 323         if (c.right() == null)
 324         {
 325           c.setRight(new SequenceNode(null, c, null, DefDistance,
 326                   DefBootstrap, false));
 327           c = (BinaryNode) c.right();
 328         }
 329         else
 330         {
 331           if (c.left() != null)
 332           {
 333             // Dummy node for polytomy - keeps c.left free for new node
 334             BinaryNode tmpn = new SequenceNode(null, c, null, 0, 0, true);
 335             tmpn.SetChildren(c.left(), c.right());
 336             c.setRight(tmpn);
 337           }
 338
 339           c.setLeft(new SequenceNode(null, c, null, DefDistance,
 340                   DefBootstrap, false));
 341           c = (BinaryNode) c.left();
 342         }
 343
 344         if (realroot == null)
 345         {
 346           realroot = c;
 347         }
 348
 349         nodename = null;
 350         distance = DefDistance;
 351         bootstrap = DefBootstrap;
 352         cp = fcp + 1;
 353
 354         break;
 355
 356       // Deal with quoted fields
 357       case '\'':
 358
 359         Regex qnodename = new Regex("'([^']|'')+'");
 360
 361         if (qnodename.searchFrom(nf, fcp))
 362         {
 363           int nl = qnodename.stringMatched().length();
 364           nodename = new String(
 365                   qnodename.stringMatched().substring(1, nl - 1));
 366           // unpack any escaped colons
 367           Regex xpandquotes = Regex.perlCode("s/''/'/");
 368           String widernodename = xpandquotes.replaceAll(nodename);
 369           nodename = widernodename;
 370           // jump to after end of quoted nodename
 371           nextcp = fcp + nl + 1;
 372           parsednodename = true;
 373         }
 374         else
 375         {
 376           Error = ErrorStringrange(Error,
 377                   "Unterminated quotes for nodename", 7, fcp, nf);
 378         }
 379
 380         break;
 381
 382       default:
 383         if (schar == ';')
 384         {
 385           if (d != -1)
 386           {
 387             Error = ErrorStringrange(Error,
 388                     "Wayward semicolon (depth=" + d + ")", 7, fcp, nf);
 389           }
 390           // cp advanced at the end of default
 391         }
 392         if (schar == '[')
 393         {
 394           // node string contains Comment or structured/extended NH format info
 395           /*
 396            * if ((fcp-cp>1 && nf.substring(cp,fcp).trim().length()>1)) { // will
 397            * process in remains System.err.println("skipped text:
 398            * '"+nf.substring(cp,fcp)+"'"); }
 399            */
 400           // verify termination.
 401           Regex comment = new Regex("]");
 402           if (comment.searchFrom(nf, fcp))
 403           {
 404             // Skip the comment field
 405             nextcp = comment.matchedFrom() + 1;
 406             warningMessage = "Tree file contained comments which may confuse input algorithm.";
 407             break;
 408
 409             // cp advanced at the end of default to nextcp, ncp is unchanged so
 410             // any node info can be read.
 411           }
 412           else
 413           {
 414             Error = ErrorStringrange(Error, "Unterminated comment", 3, fcp,
 415                     nf);
 416           }
 417         }
 418         // Parse simpler field strings
 419         String fstring = nf.substring(ncp, fcp);
 420         // remove any comments before we parse the node info
 421         // TODO: test newick file with quoted square brackets in node name (is
 422         // this allowed?)
 423         while (fstring.indexOf(']') > -1)
 424         {
 425           int cstart = fstring.indexOf('[');
 426           int cend = fstring.indexOf(']');
 427           commentString2 = fstring.substring(cstart + 1, cend);
 428           fstring = fstring.substring(0, cstart)
 429                   + fstring.substring(cend + 1);
 430
 431         }
 432         Regex uqnodename = new Regex("\\b([^' :;\\](),]+)");
 433         Regex nbootstrap = new Regex("\\s*([0-9+]+)\\s*:");
 434         Regex ndist = new Regex(":([-0-9Ee.+]+)");
 435
 436         if (!parsednodename && uqnodename.search(fstring)
 437                 && ((uqnodename.matchedFrom(1) == 0) || (fstring
 438                         .charAt(uqnodename.matchedFrom(1) - 1) != ':'))) // JBPNote
 439         // HACK!
 440         {
 441           if (nodename == null)
 442           {
 443             if (ReplaceUnderscores)
 444             {
 445               nodename = uqnodename.stringMatched(1).replace('_', ' ');
 446             }
 447             else
 448             {
 449               nodename = uqnodename.stringMatched(1);
 450             }
 451           }
 452           else
 453           {
 454             Error = ErrorStringrange(Error,
 455                     "File has broken algorithm - overwritten nodename", 10,
 456                     fcp, nf);
 457           }
 458         }
 459         // get comment bootstraps
 460
 461         if (nbootstrap.search(fstring))
 462         {
 463           if (nbootstrap.stringMatched(1)
 464                   .equals(uqnodename.stringMatched(1)))
 465           {
 466             nodename = null; // no nodename here.
 467           }
 468           if (nodename == null || nodename.length() == 0
 469                   || nbootstrap.matchedFrom(1) > (uqnodename.matchedFrom(1)
 470                           + uqnodename.stringMatched().length()))
 471           {
 472             try
 473             {
 474               bootstrap = (Integer.valueOf(nbootstrap.stringMatched(1)))
 475                       .intValue();
 476               HasBootstrap = true;
 477             } catch (Exception e)
 478             {
 479               Error = ErrorStringrange(Error, "Can't parse bootstrap value",
 480                       4, ncp + nbootstrap.matchedFrom(), nf);
 481             }
 482           }
 483         }
 484
 485         boolean nodehasdistance = false;
 486
 487         if (ndist.search(fstring))
 488         {
 489           try
 490           {
 491             distance = (Double.valueOf(ndist.stringMatched(1))).floatValue();
 492             HasDistances = true;
 493             nodehasdistance = true;
 494           } catch (Exception e)
 495           {
 496             Error = ErrorStringrange(Error,
 497                     "Can't parse node distance value", 7,
 498                     ncp + ndist.matchedFrom(), nf);
 499           }
 500         }
 501
 502         if (ascending)
 503         {
 504           // Write node info here
 505           c.setName(nodename);
 506           // Trees without distances still need a render distance
 507           c.dist = (HasDistances) ? distance : DefDistance;
 508           // be consistent for internal bootstrap defaults too
 509           c.setBootstrap((HasBootstrap) ? bootstrap : DefBootstrap);
 510           if (c == realroot)
 511           {
 512             RootHasDistance = nodehasdistance; // JBPNote This is really
 513             // UGLY!!! Ensure root node gets
 514             // its given distance
 515           }
 516           parseNHXNodeProps(c, commentString2);
 517           commentString2 = null;
 518         }
 519         else
 520         {
 521           // Find a place to put the leaf
 522           BinaryNode newnode = new SequenceNode(null, c, nodename,
 523                   (HasDistances) ? distance : DefDistance,
 524                   (HasBootstrap) ? bootstrap : DefBootstrap, false);
 525           parseNHXNodeProps(c, commentString2);
 526           commentString2 = null;
 527
 528           if (c.right() == null)
 529           {
 530             c.setRight(newnode);
 531           }
 532           else
 533           {
 534             if (c.left() == null)
 535             {
 536               c.setLeft(newnode);
 537             }
 538             else
 539             {
 540               // Insert a dummy node for polytomy
 541               // dummy nodes have distances
 542               BinaryNode newdummy = new SequenceNode(null, c, null,
 543                       (HasDistances ? 0 : DefDistance), 0, true);
 544               newdummy.SetChildren(c.left(), newnode);
 545               c.setLeft(newdummy);
 546             }
 547           }
 548         }
 549
 550         if (ascending)
 551         {
 552           // move back up the tree from preceding closure
 553           c = c.AscendTree();
 554
 555           if ((d > -1) && (c == null))
 556           {
 557             Error = ErrorStringrange(Error,
 558                     "File broke algorithm: Lost place in tree (is there an extra ')' ?)",
 559                     7, fcp, nf);
 560           }
 561         }
 562
 563         if (nf.charAt(fcp) == ')')
 564         {
 565           d--;
 566           ascending = true;
 567         }
 568         else
 569         {
 570           if (nf.charAt(fcp) == ',')
 571           {
 572             if (ascending)
 573             {
 574               ascending = false;
 575             }
 576             else
 577             {
 578               // Just advance focus, if we need to
 579               if ((c.left() != null) && (!c.left().isLeaf()))
 580               {
 581                 c = (BinaryNode) c.left();
 582               }
 583             }
 584           }
 585         }
 586
 587         // Reset new node properties to obvious fakes
 588         nodename = null;
 589         distance = DefDistance;
 590         bootstrap = DefBootstrap;
 591         commentString2 = null;
 592         parsednodename = false;
 593       }
 594       if (nextcp == 0)
 595       {
 596         ncp = cp = fcp + 1;
 597       }
 598       else
 599       {
 600         cp = nextcp;
 601         nextcp = 0;
 602       }
 603     }
 604
 605     if (Error != null)
 606     {
 607       throw (new IOException(
 608               MessageManager.formatMessage("exception.newfile", new String[]
 609               { Error.toString() })));
 610     }
 611     if (root == null)
 612     {
 613       throw (new IOException(
 614               MessageManager.formatMessage("exception.newfile", new String[]
 615               { MessageManager.getString("label.no_tree_read_in") })));
 616     }
 617     // THe next line is failing for topali trees - not sure why yet. if
 618     // (root.right()!=null && root.isDummy())
 619     root = (SequenceNode) root.right().detach(); // remove the imaginary root.
 620
 621     if (!RootHasDistance)
 622     {
 623       root.dist = (HasDistances) ? 0 : DefDistance;
 624     }
 625   }
 626
 627   /**
 628    * parse NHX codes in comment strings and update NewickFile state flags for
 629    * distances and bootstraps, and add any additional properties onto the node.
 630    *
 631    * @param c
 632    * @param commentString
 633    * @param commentString2
 634    */
 635   private void parseNHXNodeProps(BinaryNode c, String commentString)
 636   {
 637     // TODO: store raw comment on the sequenceNode so it can be recovered when
 638     // tree is output
 639     if (commentString != null && commentString.startsWith("&&NHX"))
 640     {
 641       StringTokenizer st = new StringTokenizer(commentString.substring(5),
 642               ":");
 643       while (st.hasMoreTokens())
 644       {
 645         String tok = st.nextToken();
 646         int colpos = tok.indexOf("=");
 647
 648         if (colpos > -1)
 649         {
 650           String code = tok.substring(0, colpos);
 651           String value = tok.substring(colpos + 1);
 652           try
 653           {
 654             // parse out code/value pairs
 655             if (code.toLowerCase(Locale.ROOT).equals("b"))
 656             {
 657               int v = -1;
 658               Float iv = Float.valueOf(value);
 659               v = iv.intValue(); // jalview only does integer bootstraps
 660               // currently
 661               c.setBootstrap(v);
 662               HasBootstrap = true;
 663             }
 664             // more codes here.
 665           } catch (Exception e)
 666           {
 667             System.err.println(
 668                     "Couldn't parse code '" + code + "' = '" + value + "'");
 669             e.printStackTrace(System.err);
 670           }
 671         }
 672       }
 673     }
 674
 675   }
 676
 677   /**
 678    * DOCUMENT ME!
 679    *
 680    * @return DOCUMENT ME!
 681    */
 682   public SequenceNode getTree()
 683   {
 684     return root;
 685   }
 686
 687   /**
 688    * Generate a newick format tree according to internal flags for bootstraps,
 689    * distances and root distances.
 690    *
 691    * @return new hampshire tree in a single line
 692    */
 693   public String print()
 694   {
 695     synchronized (this)
 696     {
 697       StringBuffer tf = new StringBuffer();
 698       print(tf, root);
 699
 700       return (tf.append(";").toString());
 701     }
 702   }
 703
 704   /**
 705    *
 706    *
 707    * Generate a newick format tree according to internal flags for distances and
 708    * root distances and user specificied writing of bootstraps.
 709    *
 710    * @param withbootstraps
 711    *          controls if bootstrap values are explicitly written.
 712    *
 713    * @return new hampshire tree in a single line
 714    */
 715   public String print(boolean withbootstraps)
 716   {
 717     synchronized (this)
 718     {
 719       boolean boots = this.HasBootstrap;
 720       this.HasBootstrap = withbootstraps;
 721
 722       String rv = print();
 723       this.HasBootstrap = boots;
 724
 725       return rv;
 726     }
 727   }
 728
 729   /**
 730    *
 731    * Generate newick format tree according to internal flags for writing root
 732    * node distances.
 733    *
 734    * @param withbootstraps
 735    *          explicitly write bootstrap values
 736    * @param withdists
 737    *          explicitly write distances
 738    *
 739    * @return new hampshire tree in a single line
 740    */
 741   public String print(boolean withbootstraps, boolean withdists)
 742   {
 743     synchronized (this)
 744     {
 745       boolean dists = this.HasDistances;
 746       this.HasDistances = withdists;
 747
 748       String rv = print(withbootstraps);
 749       this.HasDistances = dists;
 750
 751       return rv;
 752     }
 753   }
 754
 755   /**
 756    * Generate newick format tree according to user specified flags
 757    *
 758    * @param withbootstraps
 759    *          explicitly write bootstrap values
 760    * @param withdists
 761    *          explicitly write distances
 762    * @param printRootInfo
 763    *          explicitly write root distance
 764    *
 765    * @return new hampshire tree in a single line
 766    */
 767   public String print(boolean withbootstraps, boolean withdists,
 768           boolean printRootInfo)
 769   {
 770     synchronized (this)
 771     {
 772       boolean rootinfo = printRootInfo;
 773       this.printRootInfo = printRootInfo;
 774
 775       String rv = print(withbootstraps, withdists);
 776       this.printRootInfo = rootinfo;
 777
 778       return rv;
 779     }
 780   }
 781
 782   /**
 783    * DOCUMENT ME!
 784    *
 785    * @return DOCUMENT ME!
 786    */
 787   char getQuoteChar()
 788   {
 789     return QuoteChar;
 790   }
 791
 792   /**
 793    * DOCUMENT ME!
 794    *
 795    * @param c
 796    *          DOCUMENT ME!
 797    *
 798    * @return DOCUMENT ME!
 799    */
 800   char setQuoteChar(char c)
 801   {
 802     char old = QuoteChar;
 803     QuoteChar = c;
 804
 805     return old;
 806   }
 807
 808   /**
 809    * DOCUMENT ME!
 810    *
 811    * @param name
 812    *          DOCUMENT ME!
 813    *
 814    * @return DOCUMENT ME!
 815    */
 816   private String nodeName(String name)
 817   {
 818     if (NodeSafeName[0].search(name))
 819     {
 820       return QuoteChar + NodeSafeName[1].replaceAll(name) + QuoteChar;
 821     }
 822     else
 823     {
 824       return NodeSafeName[2].replaceAll(name);
 825     }
 826   }
 827
 828   /**
 829    * DOCUMENT ME!
 830    *
 831    * @param c
 832    *          DOCUMENT ME!
 833    *
 834    * @return DOCUMENT ME!
 835    */
 836   private String printNodeField(BinaryNode c)
 837   {
 838     return ((c.getName() == null) ? "" : nodeName(c.getName()))
 839             + ((HasBootstrap) ? ((c.getBootstrap() > -1)
 840                     ? ((c.getName() != null ? " " : "") + c.getBootstrap())
 841                     : "") : "")
 842             + ((HasDistances) ? (":" + c.dist) : "");
 843   }
 844
 845   /**
 846    * DOCUMENT ME!
 847    *
 848    * @param root
 849    *          DOCUMENT ME!
 850    *
 851    * @return DOCUMENT ME!
 852    */
 853   private String printRootField(BinaryNode root)
 854   {
 855     return (printRootInfo)
 856             ? (((root.getName() == null) ? "" : nodeName(root.getName()))
 857                     + ((HasBootstrap)
 858                             ? ((root.getBootstrap() > -1)
 859                                     ? ((root.getName() != null ? " " : "")
 860                                             + +root.getBootstrap())
 861                                     : "")
 862                             : "")
 863                     + ((RootHasDistance) ? (":" + root.dist) : ""))
 864             : "";
 865   }
 866
 867   // Non recursive call deals with root node properties
 868   public void print(StringBuffer tf, SequenceNode root)
 869   {
 870     if (root != null)
 871     {
 872       if (root.isLeaf() && printRootInfo)
 873       {
 874         tf.append(printRootField(root));
 875       }
 876       else
 877       {
 878         if (root.isDummy())
 879         {
 880           _print(tf, (SequenceNode) root.right());
 881           _print(tf, (SequenceNode) root.left());
 882         }
 883         else
 884         {
 885           tf.append("(");
 886           _print(tf, (SequenceNode) root.right());
 887
 888           if (root.left() != null)
 889           {
 890             tf.append(",");
 891           }
 892
 893           _print(tf, (SequenceNode) root.left());
 894           tf.append(")" + printRootField(root));
 895         }
 896       }
 897     }
 898   }
 899
 900   // Recursive call for non-root nodes
 901   public void _print(StringBuffer tf, SequenceNode c)
 902   {
 903     if (c != null)
 904     {
 905       if (c.isLeaf())
 906       {
 907         tf.append(printNodeField(c));
 908       }
 909       else
 910       {
 911         if (c.isDummy())
 912         {
 913           _print(tf, (SequenceNode) c.left());
 914           if (c.left() != null)
 915           {
 916             tf.append(",");
 917           }
 918           _print(tf, (SequenceNode) c.right());
 919         }
 920         else
 921         {
 922           tf.append("(");
 923           _print(tf, (SequenceNode) c.right());
 924
 925           if (c.left() != null)
 926           {
 927             tf.append(",");
 928           }
 929
 930           _print(tf, (SequenceNode) c.left());
 931           tf.append(")" + printNodeField(c));
 932         }
 933       }
 934     }
 935   }
 936
 937   /**
 938    *
 939    * @param args
 940    * @j2sIgnore
 941    */
 942   public static void main(String[] args)
 943   {
 944     try
 945     {
 946       if (args == null || args.length != 1)
 947       {
 948         System.err.println(
 949                 "Takes one argument - file name of a newick tree file.");
 950         System.exit(0);
 951       }
 952
 953       File fn = new File(args[0]);
 954
 955       StringBuffer newickfile = new StringBuffer();
 956       BufferedReader treefile = new BufferedReader(new FileReader(fn));
 957       String l;
 958
 959       while ((l = treefile.readLine()) != null)
 960       {
 961         newickfile.append(l);
 962       }
 963
 964       treefile.close();
 965       System.out.println("Read file :\n");
 966
 967       NewickFile trf = new NewickFile(args[0], DataSourceType.FILE);
 968       trf.parse();
 969       System.out.println("Original file :\n");
 970
 971       Regex nonl = new Regex("\n+", "");
 972       System.out.println(nonl.replaceAll(newickfile.toString()) + "\n");
 973
 974       System.out.println("Parsed file.\n");
 975       System.out.println("Default output type for original input.\n");
 976       System.out.println(trf.print());
 977       System.out.println("Without bootstraps.\n");
 978       System.out.println(trf.print(false));
 979       System.out.println("Without distances.\n");
 980       System.out.println(trf.print(true, false));
 981       System.out.println("Without bootstraps but with distanecs.\n");
 982       System.out.println(trf.print(false, true));
 983       System.out.println("Without bootstraps or distanecs.\n");
 984       System.out.println(trf.print(false, false));
 985       System.out.println("With bootstraps and with distances.\n");
 986       System.out.println(trf.print(true, true));
 987     } catch (java.io.IOException e)
 988     {
 989       System.err.println("Exception\n" + e);
 990       e.printStackTrace();
 991     }
 992   }
 993 }