src/jalview/io/PContactPredictionFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.datamodel.ContactMatrix;
  24 import jalview.datamodel.SequenceI;
  25
  26 import java.io.IOException;
  27 import java.util.ArrayList;
  28 import java.util.BitSet;
  29 import java.util.HashMap;
  30 import java.util.List;
  31 import java.util.Map;
  32
  33 /**
  34  * A file parser for contact prediction files.
  35  *
  36  * An example file is the following
  37  *
  38  * <pre>
  39  *
  40  * </pre>
  41  *
  42  *
  43  * @author jim procter
  44  *
  45  */
  46 public class PContactPredictionFile extends AlignFile
  47 {
  48   protected static final String CONTACT_PREDICTION = "CONTACT_PREDICTION";
  49
  50   public PContactPredictionFile(String inFile,
  51           DataSourceType fileSourceType) throws IOException
  52   {
  53     super(inFile, fileSourceType);
  54
  55   }
  56
  57   public PContactPredictionFile(FileParse source) throws IOException
  58   {
  59     super(source);
  60   }
  61
  62   Integer fWidth;
  63
  64   List<ContactMatrix> models = new ArrayList<ContactMatrix>();
  65
  66   public List<ContactMatrix> getContactMatrices()
  67   {
  68     return models;
  69   }
  70
  71   /*
  72    * RaptorX pattern:
  73    * for a contact prediction
  74    * Target sequence
  75    * alignment for target sequence
  76    * contact matrix for sequence
  77    * models generated that fit matrix
  78    */
  79
  80   /*
  81    * TODO: create annotation rows from contact matrices.
  82    * (non-Javadoc)
  83    * @see jalview.io.AlignFile#parse()
  84    */
  85   @Override
  86   public void parse() throws IOException
  87   {
  88     String line;
  89     /*
  90      * stash any header lines if we've been given a CASP-RR file
  91      */
  92     Map<String, String> header = new HashMap<String, String>();
  93     ContactMatrix cm = null;
  94
  95     while ((line = nextLine()) != null)
  96     {
  97       int left, right;
  98       double strength = Float.NaN;
  99       String parts[] = line.split("\\s+");
 100
 101       // check for header tokens in parts[0]
 102
 103       // others - stash details
 104       // MODEL - start a new matrix
 105       // skip comments ?
 106
 107       if (parts.length == 3) // and all are integers
 108       {
 109
 110         if (cm == null)
 111         {
 112           cm = new ContactMatrix(true)
 113           {
 114             @Override
 115             public String getType()
 116             {
 117               return CONTACT_PREDICTION;
 118             }
 119
 120             @Override
 121             public int getHeight()
 122             {
 123               // TODO Auto-generated method stub
 124               // return maximum contact height
 125               return 0;
 126             }
 127
 128             @Override
 129             public int getWidth()
 130             {
 131               // TODO Auto-generated method stub
 132               // return total number of residues with contacts
 133               return 0;
 134             }
 135           };
 136           models.add(cm);
 137         }
 138
 139         try
 140         {
 141           left = Integer.parseInt(parts[0]);
 142           right = Integer.parseInt(parts[1]);
 143           strength = Double.parseDouble(parts[2]);
 144         } catch (Exception x)
 145         {
 146           error = true;
 147           errormessage = "Couldn't process line: " + x.getLocalizedMessage()
 148                   + "\n" + line;
 149           return;
 150         }
 151         cm.addContact(left, right, (float) strength);
 152       }
 153     }
 154     // TODO COMPLETE
 155     throw (new Error("Not Implemented yet."));
 156   }
 157
 158   @Override
 159   public String print(SequenceI[] sqs, boolean jvsuffix)
 160   {
 161     // TODO Auto-generated method stub
 162     return "Not valid.";
 163   }
 164 }