src/jalview/io/PContactPredictionFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.datamodel.ContactMatrix;
  24 import jalview.datamodel.SequenceI;
  25
  26 import java.io.IOException;
  27 import java.util.ArrayList;
  28 import java.util.HashMap;
  29 import java.util.List;
  30 import java.util.Map;
  31
  32 /**
  33  * A file parser for contact prediction files.
  34  *
  35  * An example file is the following
  36  *
  37  * <pre>
  38  *
  39  * </pre>
  40  *
  41  *
  42  * @author jim procter
  43  *
  44  */
  45 public class PContactPredictionFile extends AlignFile
  46 {
  47   public PContactPredictionFile(String inFile, DataSourceType fileSourceType)
  48           throws IOException
  49   {
  50     super(inFile, fileSourceType);
  51
  52   }
  53
  54   public PContactPredictionFile(FileParse source) throws IOException
  55   {
  56     super(source);
  57   }
  58
  59   Integer fWidth;
  60
  61   List<ContactMatrix> models = new ArrayList<ContactMatrix>();
  62
  63   public List<ContactMatrix> getContactMatrices()
  64   {
  65     return models;
  66   }
  67
  68   /*
  69    * RaptorX pattern:
  70    * for a contact prediction
  71    * Target sequence
  72    * alignment for target sequence
  73    * contact matrix for sequence
  74    * models generated that fit matrix
  75    */
  76
  77   /*
  78    * TODO: create annotation rows from contact matrices.
  79    * (non-Javadoc)
  80    * @see jalview.io.AlignFile#parse()
  81    */
  82   @Override
  83   public void parse() throws IOException
  84   {
  85     String line;
  86     /*
  87      * stash any header lines if we've been given a CASP-RR file
  88      */
  89     Map<String, String> header = new HashMap<String, String>();
  90     ContactMatrix cm = null;
  91
  92     while ((line = nextLine()) != null)
  93     {
  94       int left, right;
  95       double strength = Float.NaN;
  96       String parts[] = line.split("\\s+");
  97
  98       // check for header tokens in parts[0]
  99
 100       // others - stash details
 101       // MODEL - start a new matrix
 102       // skip comments ?
 103
 104       if (parts.length == 3) // and all are integers
 105       {
 106
 107         if (cm == null)
 108         {
 109           cm = new ContactMatrix(true);
 110           models.add(cm);
 111         }
 112
 113         try
 114         {
 115           left = Integer.parseInt(parts[0]);
 116           right = Integer.parseInt(parts[1]);
 117           strength = Double.parseDouble(parts[2]);
 118         } catch (Exception x)
 119         {
 120           error = true;
 121           errormessage = "Couldn't process line: "
 122                   + x.getLocalizedMessage() + "\n" + line;
 123           return;
 124         }
 125         cm.addContact(left, right, (float) strength);
 126       }
 127     }
 128   }
 129
 130   @Override
 131   public String print(SequenceI[] sqs, boolean jvsuffix)
 132   {
 133     // TODO Auto-generated method stub
 134     return "Not valid.";
 135   }
 136 }