src/jalview/io/PIRFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.io;
  20
  21 import java.io.*;
  22 import java.util.*;
  23
  24 import jalview.datamodel.*;
  25
  26 public class PIRFile
  27     extends AlignFile
  28 {
  29   public static boolean useModellerOutput = false;
  30
  31   Vector words = new Vector(); //Stores the words in a line after splitting
  32
  33   public PIRFile()
  34   {
  35   }
  36
  37   public PIRFile(String inFile, String type)
  38       throws IOException
  39   {
  40     super(inFile, type);
  41   }
  42   public PIRFile(FileParse source) throws IOException
  43   {
  44     super(source);
  45   }
  46   public void parse()
  47       throws IOException
  48   {
  49     StringBuffer sequence;
  50     String line = null;
  51     ModellerDescription md;
  52
  53     while ( (line = nextLine()) != null)
  54     {
  55       if (line.length() == 0)
  56       {
  57         //System.out.println("blank line");
  58         continue;
  59       }
  60       if (line.indexOf("C;") == 0 || line.indexOf("#") == 0)
  61       {
  62         continue;
  63       }
  64       Sequence newSeq = parseId(line.substring(line.indexOf(";") + 1));
  65
  66       sequence = new StringBuffer();
  67
  68       newSeq.setDescription(nextLine()); // this is the title line
  69
  70       boolean starFound = false;
  71
  72       while (!starFound)
  73       {
  74         line = nextLine();
  75         sequence.append(line);
  76
  77         if (line == null)
  78         {
  79           break;
  80         }
  81
  82         if (line.indexOf("*") > -1)
  83         {
  84           starFound = true;
  85         }
  86       }
  87
  88       if (sequence.length() > 0)
  89       {
  90         sequence.setLength(sequence.length() - 1);
  91         newSeq.setSequence(sequence.toString());
  92
  93         seqs.addElement(newSeq);
  94
  95         md = new ModellerDescription(newSeq.
  96                                      getDescription());
  97         md.updateSequenceI(newSeq);
  98       }
  99     }
 100   }
 101
 102   public String print()
 103   {
 104     return print(getSeqsAsArray());
 105   }
 106
 107   public String print(SequenceI[] s)
 108   {
 109     boolean is_NA = jalview.util.Comparison.isNucleotide(s);
 110     int len = 72;
 111     StringBuffer out = new StringBuffer();
 112     int i = 0;
 113     ModellerDescription md;
 114
 115     while ( (i < s.length) && (s[i] != null))
 116     {
 117       String seq = s[i].getSequenceAsString();
 118       seq = seq + "*";
 119
 120       if (is_NA)
 121       {
 122         // modeller doesn't really do nucleotides, so we don't do anything fancy
 123         // Official tags area as follows, for now we'll use P1 and DL
 124         // Protein (complete) P1
 125         // Protein (fragment) F1
 126         // DNA (linear) Dl
 127         // DNA (circular) DC
 128         // RNA (linear) RL
 129         // RNA (circular) RC
 130         // tRNA N3
 131         // other functional RNA N1
 132
 133         out.append(">N1;" + s[i].getName() + "\n");
 134         if (s[i].getDescription() == null)
 135         {
 136           out.append(s[i].getName() + " " +
 137                      (s[i].getEnd() - s[i].getStart() + 1));
 138           out.append(is_NA ? " bases\n" : " residues\n");
 139         }
 140         else
 141         {
 142           out.append(s[i].getDescription() + "\n");
 143         }
 144       }
 145       else
 146       {
 147
 148         if (useModellerOutput)
 149         {
 150           out.append(">P1;" + s[i].getName() + "\n");
 151           md = new ModellerDescription(s[i]);
 152           out.append(md.getDescriptionLine() + "\n");
 153         }
 154         else
 155         {
 156           out.append(">P1;" + printId(s[i]) + "\n");
 157           if (s[i].getDescription() != null)
 158           {
 159             out.append(s[i].getDescription() + "\n");
 160           }
 161           else
 162           {
 163             out.append(s[i].getName() + " "
 164                        + (s[i].getEnd() - s[i].getStart() + 1)
 165                        + " residues\n");
 166           }
 167         }
 168       }
 169       int nochunks = (seq.length() / len) + 1;
 170
 171       for (int j = 0; j < nochunks; j++)
 172       {
 173         int start = j * len;
 174         int end = start + len;
 175
 176         if (end < seq.length())
 177         {
 178           out.append(seq.substring(start, end) + "\n");
 179         }
 180         else if (start < seq.length())
 181         {
 182           out.append(seq.substring(start) + "\n");
 183         }
 184       }
 185
 186       i++;
 187     }
 188
 189     return out.toString();
 190   }
 191
 192 }