src/jalview/io/WSWUBlastClient.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  25 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  26 import jalview.datamodel.Sequence;
  27 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  28 import jalview.gui.CutAndPasteTransfer;
  29 import jalview.gui.Desktop;
  30 import jalview.gui.JvOptionPane;
  31 import jalview.util.MessageManager;
  32
  33 import java.util.ArrayList;
  34 import java.util.Enumeration;
  35 import java.util.StringTokenizer;
  36 import java.util.Vector;
  37
  38 import javax.swing.ImageIcon;
  39
  40 import uk.ac.ebi.www.Data;
  41 import uk.ac.ebi.www.InputParams;
  42 import uk.ac.ebi.www.WSFile;
  43 import uk.ac.ebi.www.WSWUBlast;
  44 import uk.ac.ebi.www.WSWUBlastService;
  45 import uk.ac.ebi.www.WSWUBlastServiceLocator;
  46
  47 /**
  48  * DOCUMENT ME!
  49  *
  50  * @author $author$
  51  * @version $Revision$
  52  */
  53 public class WSWUBlastClient
  54 {
  55   AlignmentPanel ap;
  56
  57   AlignmentI al;
  58
  59   CutAndPasteTransfer output = new CutAndPasteTransfer();
  60
  61   int jobsRunning = 0;
  62
  63   Vector suggestedIds = new Vector();
  64
  65   /**
  66    * Creates a new WSWUBlastClient object.
  67    *
  68    * @param al
  69    *          DOCUMENT ME!
  70    * @param ids
  71    *          DOCUMENT ME!
  72    */
  73   public WSWUBlastClient(AlignmentPanel ap, AlignmentI al, ArrayList ids)
  74   {
  75     this.ap = ap;
  76     this.al = al;
  77     output.setText(MessageManager
  78             .getString("label.wswublast_client_credits"));
  79
  80     Desktop.addInternalFrame(output, MessageManager
  81             .getString("label.blasting_for_unidentified_sequence"), 800,
  82             300);
  83
  84     for (int i = 0; i < ids.size(); i++)
  85     {
  86       Sequence sequence = (Sequence) ids.get(i);
  87       System.out.println(sequence.getName());
  88
  89       BlastThread thread = new BlastThread(sequence);
  90       thread.start();
  91       jobsRunning++;
  92     }
  93
  94     ImageTwirler thread = new ImageTwirler();
  95     thread.start();
  96   }
  97
  98   /**
  99    * DOCUMENT ME!
 100    *
 101    * @param id1
 102    *          DOCUMENT ME!
 103    * @param res
 104    *          DOCUMENT ME!
 105    */
 106   void parseResult(Sequence seq, String res)
 107   {
 108     StringTokenizer st = new StringTokenizer(res, "\n");
 109     String data;
 110     String id2;
 111     int maxFound = 90;
 112     StringBuffer buffer = new StringBuffer("\n\n" + seq.getName() + " :");
 113
 114     while (st.hasMoreTokens())
 115     {
 116       data = st.nextToken();
 117
 118       if (data.indexOf(">UNIPROT") > -1)
 119       {
 120         int index = data.indexOf(">UNIPROT") + 9;
 121         id2 = data.substring(index, data.indexOf(" ", index));
 122
 123         boolean identitiesFound = false;
 124         while (!identitiesFound)
 125         {
 126           data = st.nextToken();
 127
 128           if (data.indexOf("Identities") > -1)
 129           {
 130             identitiesFound = true;
 131
 132             int value = Integer.parseInt(data.substring(
 133                     data.indexOf("(") + 1, data.indexOf("%")));
 134
 135             if (value >= maxFound)
 136             {
 137               maxFound = value;
 138               buffer.append(" " + id2 + " " + value + "%; ");
 139               suggestedIds.addElement(new Object[] { seq, id2 });
 140             }
 141           }
 142         }
 143       }
 144     }
 145
 146     output.appendText(buffer.toString());
 147   }
 148
 149   void updateIds()
 150   {
 151     // This must be outside the run() body as java 1.5
 152     // will not return any value from the OptionPane to the expired thread.
 153     int reply = JvOptionPane.showConfirmDialog(Desktop.desktop,
 154             "Automatically update suggested ids?",
 155             "Auto replace sequence ids", JvOptionPane.YES_NO_OPTION);
 156
 157     if (reply == JvOptionPane.YES_OPTION)
 158     {
 159       Enumeration keys = suggestedIds.elements();
 160       while (keys.hasMoreElements())
 161       {
 162         Object[] object = (Object[]) keys.nextElement();
 163
 164         Sequence oldseq = (Sequence) object[0];
 165
 166         oldseq.setName(object[1].toString());
 167
 168         // Oldseq is actually in the dataset, we must find the
 169         // Visible seq and change its name also.
 170         for (int i = 0; i < al.getHeight(); i++)
 171         {
 172           if (al.getSequenceAt(i).getDatasetSequence() == oldseq)
 173           {
 174             al.getSequenceAt(i).setName(oldseq.getName());
 175             break;
 176           }
 177         }
 178
 179         DBRefEntry[] entries = oldseq.getDBRefs();
 180         if (entries != null)
 181         {
 182           oldseq.addDBRef(new jalview.datamodel.DBRefEntry(
 183                   jalview.datamodel.DBRefSource.UNIPROT, "0", entries[0]
 184                           .getAccessionId()));
 185         }
 186       }
 187     }
 188     ap.paintAlignment(true);
 189
 190   }
 191
 192   class ImageTwirler extends Thread
 193   {
 194     ImageIcon[] imageIcon;
 195
 196     int imageIndex = 0;
 197
 198     public ImageTwirler()
 199     {
 200       imageIcon = new ImageIcon[9];
 201
 202       for (int i = 0; i < 9; i++)
 203       {
 204         java.net.URL url = getClass().getResource(
 205                 "/images/dna" + (i + 1) + ".gif");
 206
 207         if (url != null)
 208         {
 209           imageIcon[i] = new ImageIcon(url);
 210         }
 211       }
 212     }
 213
 214     @Override
 215     public void run()
 216     {
 217       while (jobsRunning > 0)
 218       {
 219         try
 220         {
 221           Thread.sleep(100);
 222           imageIndex++;
 223           imageIndex %= 9;
 224           output.setFrameIcon(imageIcon[imageIndex]);
 225           output.setTitle(MessageManager.formatMessage(
 226                   "label.blasting_for_unidentified_sequence_jobs_running",
 227                   new String[] { Integer.valueOf(jobsRunning).toString() }));
 228         } catch (Exception ex)
 229         {
 230         }
 231       }
 232
 233       if (jobsRunning == 0)
 234       {
 235         updateIds();
 236       }
 237     }
 238   }
 239
 240   class BlastThread extends Thread
 241   {
 242     Sequence sequence;
 243
 244     String jobid;
 245
 246     boolean jobComplete = false;
 247
 248     BlastThread(Sequence sequence)
 249     {
 250       System.out.println("blasting for: " + sequence.getName());
 251       this.sequence = sequence;
 252     }
 253
 254     @Override
 255     public void run()
 256     {
 257       StartJob();
 258
 259       while (!jobComplete)
 260       {
 261         try
 262         {
 263           WSWUBlastService service = new WSWUBlastServiceLocator();
 264           WSWUBlast wublast = service.getWSWUBlast();
 265           WSFile[] results = wublast.getResults(jobid);
 266
 267           if (results != null)
 268           {
 269             String result = new String(wublast.poll(jobid, "tooloutput"));
 270             parseResult(sequence, result);
 271             jobComplete = true;
 272             jobsRunning--;
 273           }
 274           else
 275           {
 276             Thread.sleep(10000);
 277             System.out.println("WSWuBlastClient: I'm alive "
 278                     + sequence.getName() + " " + jobid); // log.debug
 279           }
 280         } catch (Exception ex)
 281         {
 282         }
 283       }
 284     }
 285
 286     void StartJob()
 287     {
 288       InputParams params = new InputParams();
 289
 290       params.setProgram("blastp");
 291       params.setDatabase("uniprot");
 292       params.setMatrix("pam10");
 293
 294       params.setNumal(5);
 295       params.setSensitivity("low");
 296       params.setSort("totalscore");
 297       params.setOutformat("txt");
 298       params.setAsync(true);
 299
 300       try
 301       {
 302         Data inputs[] = new Data[1];
 303         Data input = new Data();
 304         input.setType("sequence");
 305         input.setContent(AlignSeq.extractGaps("-. ",
 306                 sequence.getSequenceAsString()));
 307         inputs[0] = input;
 308
 309         WSWUBlastService service = new WSWUBlastServiceLocator();
 310         WSWUBlast wublast = service.getWSWUBlast();
 311         jobid = wublast.runWUBlast(params, inputs);
 312       } catch (Exception exp)
 313       {
 314         jobComplete = true;
 315         jobsRunning--;
 316         System.err.println("WSWUBlastClient error:\n" + exp.toString());
 317         exp.printStackTrace();
 318       }
 319     }
 320   }
 321 }