src/jalview/io/WSWUBlastClient.java

   1 package jalview.io;\r
   2 \r
   3 import org.apache.axis.client.*;\r
   4 import javax.xml.namespace.QName;\r
   5 import java.util.*;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import jalview.gui.*;\r
   8 import javax.swing.*;\r
   9 \r
  10 public class WSWUBlastClient\r
  11 {\r
  12   CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false);\r
  13 \r
  14   public WSWUBlastClient(AlignmentI al, ArrayList ids)\r
  15   {\r
  16     JInternalFrame frame = new JInternalFrame();\r
  17     cap.formatForOutput();\r
  18     frame.setContentPane(cap);\r
  19     cap.setText("To display sequence features an exact Uniprot id with 100% sequence identity match must be entered."\r
  20                 +"\nIn order to display these features, try changing the names of your sequences to the ids suggested below.");\r
  21     Desktop.addInternalFrame(frame, "BLASTing for unidentified sequences ", 800,300);\r
  22 \r
  23     for(int i=0; i<ids.size(); i++)\r
  24     {\r
  25      SequenceI sequence =  al.findName( ids.get(i).toString() );\r
  26      StringBuffer nonGapped = new StringBuffer();\r
  27       for (int n = 0; n < sequence.getSequence().length(); n++)\r
  28       {\r
  29         if (!jalview.util.Comparison.isGap(sequence.getCharAt(n)))\r
  30           nonGapped.append(sequence.getCharAt(n));\r
  31       }\r
  32 \r
  33      BlastThread thread = new BlastThread(ids.get(i).toString(),  nonGapped.toString());\r
  34      thread.start();\r
  35      }\r
  36 \r
  37   }\r
  38 \r
  39   class BlastThread extends Thread\r
  40   {\r
  41     String sequence;\r
  42     String id;\r
  43     BlastThread(String id, String sequence)\r
  44     {\r
  45       this.sequence = sequence;\r
  46       this.id = id;\r
  47     }\r
  48 \r
  49     public void run()\r
  50     {\r
  51       FindUniprotIDFromUnknownSequence(id, sequence);\r
  52     }\r
  53   }\r
  54 \r
  55   public void FindUniprotIDFromUnknownSequence (String id, String s)\r
  56   {\r
  57         HashMap params = new HashMap();\r
  58         params.put("database", "uniprot");\r
  59         params.put("sensitivity","low");\r
  60         params.put("sort","totalscore");\r
  61         params.put("matrix","pam10");\r
  62         params.put("program","blastp");\r
  63         params.put("alignments","5");\r
  64         params.put("outformat","xml");\r
  65         byte[] sequence = s.getBytes();\r
  66 \r
  67         try {\r
  68             Call call = (Call) new Service().createCall();\r
  69             call.setTargetEndpointAddress (new java.net.URL("http://www.ebi.ac.uk/cgi-bin/webservices/WSWUBlast"));\r
  70             call.setOperationName(new QName("WSWUBlast", "doWUBlast"));\r
  71 \r
  72             String result = (String) call.invoke(new Object[] {params,sequence});\r
  73             parseResult(id, result);\r
  74             }\r
  75         catch (Exception exp) {\r
  76              System.err.println ("ERROR:\n" + exp.toString());\r
  77             exp.printStackTrace();\r
  78         }\r
  79     }\r
  80 \r
  81     void parseResult(String id1, String res)\r
  82     {\r
  83       StringTokenizer st = new StringTokenizer(res, "\n");\r
  84       String data;\r
  85       String id2;\r
  86       int maxFound = 90;\r
  87       StringBuffer buffer = new StringBuffer("\n\n"+id1+" :");\r
  88 \r
  89       while( st.hasMoreTokens() )\r
  90       {\r
  91         data = st.nextToken();\r
  92 \r
  93         if(data.indexOf("database=\"uniprot\" id=")>-1)\r
  94         {\r
  95           int index =  data.indexOf("database=\"uniprot\" id=")+ 23;\r
  96           id2 = data.substring( index, data.indexOf("\"", index) );\r
  97           while( data.indexOf("</alignment>")==-1)\r
  98           {\r
  99             data = st.nextToken();\r
 100             if(data.indexOf("<identity>")>-1)\r
 101             {\r
 102               int value = Integer.parseInt( data.substring(data.indexOf("<identity>")+10, data.indexOf("</identity>")));\r
 103               if(value>=maxFound)\r
 104               {\r
 105                 maxFound = value;\r
 106                 buffer.append(" "+ id2 + " " + value+"%; ");\r
 107               }\r
 108             }\r
 109           }\r
 110 \r
 111         }\r
 112 \r
 113 \r
 114       }\r
 115 \r
 116       cap.setText(cap.getText()+buffer.toString());\r
 117     }\r
 118 \r
 119 }\r