src/jalview/io/WSWUBlastClient.java

   1 package jalview.io;\r
   2 \r
   3 import org.apache.axis.client.*;\r
   4 import javax.xml.namespace.QName;\r
   5 import java.util.*;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import jalview.gui.*;\r
   8 import javax.swing.*;\r
   9 import java.util.*;\r
  10 import java.awt.*;\r
  11 \r
  12 public class WSWUBlastClient\r
  13 {\r
  14   JInternalFrame outputFrame = new JInternalFrame();\r
  15   CutAndPasteTransfer output = new CutAndPasteTransfer(false);\r
  16   int jobsRunning = 0;\r
  17 \r
  18   public WSWUBlastClient(AlignmentI al, ArrayList ids)\r
  19   {\r
  20 \r
  21     output.formatForOutput();\r
  22     outputFrame.setContentPane(output);\r
  23     output.setText("To display sequence features an exact Uniprot id with 100% sequence identity match must be entered."\r
  24                 +"\nIn order to display these features, try changing the names of your sequences to the ids suggested below.");\r
  25     Desktop.addInternalFrame(outputFrame, "BLASTing for unidentified sequences ", 800,300);\r
  26 \r
  27     for(int i=0; i<ids.size(); i++)\r
  28     {\r
  29      SequenceI sequence =  al.findName( ids.get(i).toString() );\r
  30      StringBuffer nonGapped = new StringBuffer();\r
  31       for (int n = 0; n < sequence.getSequence().length(); n++)\r
  32       {\r
  33         if (!jalview.util.Comparison.isGap(sequence.getCharAt(n)))\r
  34           nonGapped.append(sequence.getCharAt(n));\r
  35       }\r
  36 \r
  37      BlastThread thread = new BlastThread(ids.get(i).toString(),  nonGapped.toString());\r
  38      thread.start();\r
  39      jobsRunning ++;\r
  40      }\r
  41      ImageTwirler thread = new ImageTwirler();\r
  42      thread.start();\r
  43   }\r
  44 \r
  45   class ImageTwirler extends Thread\r
  46   {\r
  47     ImageIcon [] imageIcon;\r
  48     int imageIndex = 0;\r
  49     public ImageTwirler()\r
  50     {\r
  51       imageIcon = new ImageIcon[9];\r
  52       for(int i=0; i<9; i++)\r
  53       {\r
  54         java.net.URL url = getClass().getResource("/images/dna" + (i+1) + ".gif");\r
  55         if (url != null)\r
  56           imageIcon[i] = new ImageIcon(url);\r
  57       }\r
  58     }\r
  59 \r
  60     public void run()\r
  61     {\r
  62       while(jobsRunning>0)\r
  63       {\r
  64         try{\r
  65           Thread.sleep(100);\r
  66           imageIndex++;\r
  67           imageIndex %=9;\r
  68           outputFrame.setFrameIcon( imageIcon[imageIndex]);\r
  69           outputFrame.setTitle("BLASTing for unidentified sequences - "+jobsRunning+" jobs running.");\r
  70 \r
  71         }catch(Exception ex){}\r
  72 \r
  73       }\r
  74     }\r
  75   }\r
  76 \r
  77 \r
  78 \r
  79 \r
  80   class BlastThread extends Thread\r
  81   {\r
  82     String sequence;\r
  83     String seqid;\r
  84     String jobid;\r
  85     boolean jobComplete = false;\r
  86 \r
  87     BlastThread(String id, String sequence)\r
  88     {\r
  89       this.sequence = sequence;\r
  90       seqid = id;\r
  91     }\r
  92 \r
  93     public void run()\r
  94     {\r
  95       StartJob();\r
  96 \r
  97       while (!jobComplete)\r
  98       {\r
  99         try\r
 100         {\r
 101           Call call = (Call)new Service().createCall();\r
 102           call.setTargetEndpointAddress(new java.net.URL(\r
 103               "http://www.ebi.ac.uk/cgi-bin/webservices/WSWUBlast"));\r
 104           call.setOperationName(new QName("WSWUBlast", "polljob"));\r
 105           String result = (String) call.invoke(new Object[]\r
 106                                                {jobid, "xml"});\r
 107           if(result.indexOf("JOB PENDING")==-1 && result.indexOf("JOB RUNNING")==-1)\r
 108           {\r
 109                 parseResult(seqid, result);\r
 110                 jobComplete = true;\r
 111                 jobsRunning --;\r
 112           }\r
 113           Thread.sleep(5000);\r
 114           System.out.println("I'm alive "+seqid+" "+jobid);\r
 115         }\r
 116         catch (Exception ex)\r
 117         {}\r
 118       }\r
 119     }\r
 120 \r
 121     void StartJob()\r
 122     {\r
 123       HashMap params = new HashMap();\r
 124       params.put("database", "uniprot");\r
 125       params.put("sensitivity", "low");\r
 126       params.put("sort", "totalscore");\r
 127       params.put("matrix", "pam10");\r
 128       params.put("program", "blastp");\r
 129       params.put("alignments", "5");\r
 130       params.put("outformat", "xml");\r
 131       params.put("searchtype", "1");\r
 132       byte[] seqbytes = sequence.getBytes();\r
 133 \r
 134       try\r
 135       {\r
 136         Call call = (Call)new Service().createCall();\r
 137         call.setTargetEndpointAddress(new java.net.URL(\r
 138             "http://www.ebi.ac.uk/cgi-bin/webservices/WSWUBlast"));\r
 139         call.setOperationName(new QName("WSWUBlast", "doWUBlast"));\r
 140         String result = (String) call.invoke(new Object[]\r
 141                                              {params, seqbytes});\r
 142         jobid = result;\r
 143         System.out.println(jobid);\r
 144 \r
 145       }\r
 146       catch (Exception exp)\r
 147       {\r
 148         System.err.println("ERROR:\n" + exp.toString());\r
 149         exp.printStackTrace();\r
 150       }\r
 151     }\r
 152   }\r
 153 \r
 154     void parseResult(String id1, String res)\r
 155     {\r
 156       StringTokenizer st = new StringTokenizer(res, "\n");\r
 157       String data;\r
 158       String id2;\r
 159       int maxFound = 90;\r
 160       StringBuffer buffer = new StringBuffer("\n\n"+id1+" :");\r
 161 \r
 162       while( st.hasMoreTokens() )\r
 163       {\r
 164         data = st.nextToken();\r
 165 \r
 166         if(data.indexOf("database=\"uniprot\" id=")>-1)\r
 167         {\r
 168           int index =  data.indexOf("database=\"uniprot\" id=")+ 23;\r
 169           id2 = data.substring( index, data.indexOf("\"", index) );\r
 170           while( data.indexOf("</alignment>")==-1)\r
 171           {\r
 172             data = st.nextToken();\r
 173             if(data.indexOf("<identity>")>-1)\r
 174             {\r
 175               int value = Integer.parseInt( data.substring(data.indexOf("<identity>")+10, data.indexOf("</identity>")));\r
 176               if(value>=maxFound)\r
 177               {\r
 178                 maxFound = value;\r
 179                 buffer.append(" "+ id2 + " " + value+"%; ");\r
 180               }\r
 181             }\r
 182           }\r
 183 \r
 184         }\r
 185 \r
 186 \r
 187       }\r
 188 \r
 189       output.setText(output.getText()+buffer.toString());\r
 190     }\r
 191 \r
 192 }\r