src/jalview/io/gff/GffHelperFactory.java

   1 package jalview.io.gff;
   2
   3
   4 /**
   5  * A factory to serve instances of GFF helper classes
   6  */
   7 public class GffHelperFactory
   8 {
   9
  10   /**
  11    * Returns a class to process the GFF line based on inspecting its column
  12    * data. This may return a general-purpose GFF2 or GFF3 helper, or a
  13    * specialisation for a flavour of GFF generated by a particular tool.
  14    *
  15    * @param gff
  16    * @return
  17    */
  18   public static GffHelperI getHelper(String[] gff)
  19   {
  20     if (gff == null || gff.length < 6)
  21     {
  22       return null;
  23     }
  24
  25     GffHelperI result = null;
  26     if (ExonerateHelper.recognises(gff))
  27     {
  28       result = new ExonerateHelper();
  29     }
  30     else if (InterProScanHelper.recognises(gff))
  31     {
  32       result = new InterProScanHelper();
  33     }
  34     else if (looksLikeGff3(gff))
  35     {
  36       result = new Gff3Helper();
  37     }
  38     else
  39     {
  40       result = new Gff2Helper();
  41     }
  42
  43     return result;
  44   }
  45
  46   /**
  47    * Heuristic rule: if column 9 seems to have Name=Value entries, assume this
  48    * is GFF3. GFF3 uses '=' as name-value separator, GFF2 uses space ' '.
  49    *
  50    * @param gff
  51    * @return
  52    */
  53   protected static boolean looksLikeGff3(String[] gff)
  54   {
  55     if (gff.length >= 9)
  56     {
  57       String attributes = gff[8].trim();
  58       int pos1 = attributes.indexOf(';');
  59       int pos2 = attributes.indexOf('=');
  60       if (pos2 != -1 && (pos1 == -1 || pos2 < pos1))
  61       {
  62         // there is an '=' before the first ';' (if any)
  63         // not foolproof as theoretically GFF2 could be like "Name Value=123;"
  64         return true;
  65       }
  66     }
  67     return false;
  68   }
  69
  70 }