src/jalview/io/vamsas/Dbref.java

   1 package jalview.io.vamsas;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.DBRefEntry;\r
   4 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
   5 import uk.ac.vamsas.objects.core.DbRef;\r
   6 import uk.ac.vamsas.objects.core.Map;\r
   7 import uk.ac.vamsas.objects.core.Sequence;\r
   8 import jalview.io.VamsasAppDatastore;\r
   9 \r
  10 public class Dbref extends Rangetype\r
  11 {\r
  12   jalview.datamodel.SequenceI sq = null;\r
  13   uk.ac.vamsas.objects.core.Sequence sequence = null;\r
  14   DbRef dbref = null;\r
  15   DBRefEntry dbentry=null;\r
  16   public Dbref(VamsasAppDatastore datastore, DBRefEntry dbentry, jalview.datamodel.SequenceI sq2, uk.ac.vamsas.objects.core.Sequence sequence2)\r
  17   {\r
  18     super(datastore);\r
  19     dbref = (DbRef) getjv2vObj(dbentry);\r
  20     sq = sq2;\r
  21     sequence = sequence2;\r
  22     this.dbentry = dbentry;\r
  23     if (dbref==null)\r
  24     {\r
  25       add();\r
  26     } else {\r
  27       if (dbref.isUpdated())\r
  28       {\r
  29         conflict();\r
  30       } else {\r
  31         update();\r
  32       }\r
  33         \r
  34     }\r
  35     \r
  36   }\r
  37 \r
  38   public Dbref(VamsasAppDatastore datastore, DbRef ref, Sequence vdseq, SequenceI dsseq)\r
  39   {\r
  40     super(datastore);\r
  41     dbref = ref;\r
  42     sequence = vdseq;\r
  43     sq = dsseq;\r
  44     dbentry = (jalview.datamodel.DBRefEntry) getvObj2jv(dbref);\r
  45     if (dbentry == null)\r
  46     {\r
  47       addFromDocument();\r
  48     } else {\r
  49       if (dbref.isUpdated())\r
  50       {\r
  51         update();\r
  52       }\r
  53     }\r
  54   }\r
  55 \r
  56   private void update()\r
  57   {\r
  58     // TODO: verify and update dbrefs in vamsas document\r
  59     // there will be trouble when a dataset sequence is modified to\r
  60     // contain more residues than were originally referenced - we must\r
  61     // then make a number of dataset sequence entries - this info is already stored \r
  62     jalview.bin.Cache.log.debug("TODO verify update of dataset sequence database references.");\r
  63   }\r
  64 \r
  65   private void conflict()\r
  66   {\r
  67     jalview.bin.Cache.log.debug("Conflict in dbentry update for "+dbref.getAccessionId()+dbref.getSource()+" "+dbref.getVorbaId());\r
  68     // TODO Auto-generated method stub\r
  69     \r
  70   }\r
  71   private void addFromDocument()\r
  72   {\r
  73     // add new dbref\r
  74     sq.addDBRef(dbentry = new jalview.datamodel.DBRefEntry\r
  75             (\r
  76                     dbref.getSource().toString(),\r
  77                  dbref.getVersion().toString(),\r
  78                  dbref.getAccessionId().toString()));\r
  79     if (dbref.getMapCount()>0)\r
  80     {\r
  81       // TODO: Jalview ignores all the other maps\r
  82       if (dbref.getMapCount()>1)\r
  83       {\r
  84         jalview.bin.Cache.log.debug("Ignoring additional mappings on DbRef: "+dbentry.getSource()+":"+dbentry.getAccessionId());\r
  85       }\r
  86       jalview.datamodel.Mapping mp = new jalview.datamodel.Mapping(parsemapType(dbref.getMap(0)));\r
  87       dbentry.setMap(mp);\r
  88     }\r
  89     // TODO: jalview ignores links and properties because it doesn't know what to do with them.\r
  90     \r
  91     bindjvvobj(dbentry, dbref);\r
  92   }\r
  93   private void add()\r
  94   {\r
  95     DbRef dbref = new DbRef();\r
  96     bindjvvobj(dbentry, dbref);\r
  97     dbref.setAccessionId(dbentry.getAccessionId());\r
  98     dbref.setSource(dbentry.getSource());\r
  99     dbref.setVersion(dbentry.getVersion());\r
 100     if (dbentry.getMap()!=null)\r
 101     {\r
 102       jalview.datamodel.Mapping mp = dbentry.getMap();\r
 103       if (mp.getMap()!=null)\r
 104       {\r
 105         Map vMap = new Map();\r
 106         initMapType(vMap, mp.getMap(), true);\r
 107         dbref.addMap(vMap);\r
 108       } else {\r
 109         jalview.bin.Cache.log.debug("Ignoring mapless DbRef.Map "+dbentry.getSrcAccString());\r
 110       }\r
 111     }\r
 112     sequence.addDbRef(dbref);\r
 113   }\r
 114 \r
 115 }\r