src/jalview/jbappletgui/GAlignFrame.java

   1 /********************\r
   2  * 2004 Jalview Reengineered\r
   3  * Barton Group\r
   4  * Dundee University\r
   5  *\r
   6  * AM Waterhouse\r
   7  *******************/\r
   8 \r
   9 package jalview.jbappletgui;\r
  10 \r
  11 import java.awt.event.*;\r
  12 import java.awt.*;\r
  13 \r
  14 public class GAlignFrame extends Frame\r
  15 {\r
  16   protected MenuBar alignFrameMenuBar = new MenuBar();\r
  17   protected Menu fileMenu = new Menu();\r
  18   protected MenuItem closeMenuItem = new MenuItem();\r
  19   protected Menu editMenu = new Menu();\r
  20   protected Menu viewMenu = new Menu();\r
  21   protected Menu colourMenu = new Menu();\r
  22   protected Menu calculateMenu = new Menu();\r
  23   protected MenuItem selectAllSequenceMenuItem = new MenuItem();\r
  24   protected MenuItem deselectAllSequenceMenuItem = new MenuItem();\r
  25   protected MenuItem invertSequenceMenuItem = new MenuItem();\r
  26   protected MenuItem remove2LeftMenuItem = new MenuItem();\r
  27   protected MenuItem remove2RightMenuItem = new MenuItem();\r
  28   protected MenuItem removeGappedColumnMenuItem = new MenuItem();\r
  29   protected MenuItem removeAllGapsMenuItem = new MenuItem();\r
  30   protected CheckboxMenuItem viewBoxesMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
  31   protected CheckboxMenuItem viewTextMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
  32   protected MenuItem sortPairwiseMenuItem = new MenuItem();\r
  33   protected MenuItem sortIDMenuItem = new MenuItem();\r
  34   protected MenuItem sortGroupMenuItem = new MenuItem();\r
  35   protected MenuItem removeRedundancyMenuItem = new MenuItem();\r
  36   protected MenuItem pairwiseAlignmentMenuItem = new MenuItem();\r
  37   protected MenuItem PCAMenuItem = new MenuItem();\r
  38   protected MenuItem averageDistanceTreeMenuItem = new MenuItem();\r
  39   protected MenuItem neighbourTreeMenuItem = new MenuItem();\r
  40   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
  41   public Label statusBar = new Label();\r
  42   protected Menu outputTextboxMenu = new Menu();\r
  43   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();\r
  44   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();\r
  45   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();\r
  46   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();\r
  47   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();\r
  48   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();\r
  49   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();\r
  50   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();\r
  51   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();\r
  52   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();\r
  53   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();\r
  54   MenuItem njTreeBlosumMenuItem = new MenuItem();\r
  55   MenuItem avDistanceTreeBlosumMenuItem = new MenuItem();\r
  56   protected CheckboxMenuItem annotationPanelMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
  57   protected CheckboxMenuItem colourTextMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
  58   MenuItem overviewMenuItem = new MenuItem();\r
  59   protected MenuItem undoMenuItem = new MenuItem();\r
  60   protected MenuItem redoMenuItem = new MenuItem();\r
  61   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
  62   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();\r
  63   protected CheckboxMenuItem wrapMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
  64   protected CheckboxMenuItem renderGapsMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
  65   MenuItem findMenuItem = new MenuItem();\r
  66   Menu searchMenu = new Menu();\r
  67   protected CheckboxMenuItem abovePIDThreshold = new CheckboxMenuItem();\r
  68   protected MenuItem nucleotideColour = new MenuItem();\r
  69   MenuItem deleteGroups = new MenuItem();\r
  70   MenuItem delete = new MenuItem();\r
  71   MenuItem copy = new MenuItem();\r
  72   MenuItem cut = new MenuItem();\r
  73   Menu Menu1 = new Menu();\r
  74   MenuItem pasteNew = new MenuItem();\r
  75   MenuItem pasteThis = new MenuItem();\r
  76   protected CheckboxMenuItem applyToAllGroups = new CheckboxMenuItem();\r
  77   protected MenuItem font = new MenuItem();\r
  78   protected CheckboxMenuItem fullSeqId = new CheckboxMenuItem();\r
  79   protected CheckboxMenuItem scaleAbove = new CheckboxMenuItem();\r
  80   protected CheckboxMenuItem scaleLeft = new CheckboxMenuItem();\r
  81   protected CheckboxMenuItem scaleRight = new CheckboxMenuItem();\r
  82   MenuItem modifyPID = new MenuItem();\r
  83   MenuItem modifyConservation = new MenuItem();\r
  84   protected Menu sortByTreeMenu = new Menu();\r
  85   Menu sort = new Menu();\r
  86   Menu calculate = new Menu();\r
  87   MenuItem inputText = new MenuItem();\r
  88   Menu helpMenu = new Menu();\r
  89   MenuItem documentation = new MenuItem();\r
  90   MenuItem about = new MenuItem();\r
  91   public GAlignFrame()\r
  92   {\r
  93     try\r
  94     {\r
  95       jbInit();\r
  96       setMenuBar(alignFrameMenuBar);\r
  97 \r
  98       MenuItem item;\r
  99       // dynamically fill save as menu with available formats\r
 100       for (int i = 0; i < jalview.io.FormatAdapter.formats.size(); i++) {\r
 101         item = new MenuItem((String) jalview.io.FormatAdapter.formats.elementAt(i));\r
 102         item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 103         {\r
 104           public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 105           {\r
 106             saveAs_actionPerformed(e);\r
 107           }\r
 108         });\r
 109 \r
 110         item = new MenuItem((String) jalview.io.FormatAdapter.formats.elementAt(i));\r
 111         item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 112         {\r
 113           public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 114           {\r
 115             outputText_actionPerformed(e);\r
 116           }\r
 117         });\r
 118 \r
 119         outputTextboxMenu.add( item );\r
 120       }\r
 121 \r
 122     }\r
 123     catch(Exception e)\r
 124     {\r
 125       e.printStackTrace();\r
 126     }\r
 127 \r
 128   }\r
 129   private void jbInit() throws Exception\r
 130   {\r
 131     fileMenu.setLabel("File");\r
 132     closeMenuItem.setLabel("Close");\r
 133     closeMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 134     {\r
 135       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 136       {\r
 137         closeMenuItem_actionPerformed(e);\r
 138       }\r
 139     });\r
 140     editMenu.setLabel("Edit");\r
 141     viewMenu.setLabel("View");\r
 142     colourMenu.setLabel("Colour");\r
 143     calculateMenu.setLabel("Calculate");\r
 144     selectAllSequenceMenuItem.setLabel("Select all");\r
 145     selectAllSequenceMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 146     {\r
 147       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 148       {\r
 149         selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(e);\r
 150       }\r
 151     });\r
 152     deselectAllSequenceMenuItem.setLabel("Deselect All");\r
 153     deselectAllSequenceMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 154     {\r
 155       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 156       {\r
 157         deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(e);\r
 158       }\r
 159     });\r
 160     invertSequenceMenuItem.setLabel("Invert Selection");\r
 161     invertSequenceMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 162     {\r
 163       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 164       {\r
 165         invertSequenceMenuItem_actionPerformed(e);\r
 166       }\r
 167     });\r
 168     remove2LeftMenuItem.setLabel("Remove Left");\r
 169     remove2LeftMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 170     {\r
 171       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 172       {\r
 173         remove2LeftMenuItem_actionPerformed(e);\r
 174       }\r
 175     });\r
 176     remove2RightMenuItem.setLabel("Remove Right");\r
 177     remove2RightMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 178     {\r
 179       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 180       {\r
 181         remove2RightMenuItem_actionPerformed(e);\r
 182       }\r
 183     });\r
 184     removeGappedColumnMenuItem.setLabel("Remove Empty Columns");\r
 185     removeGappedColumnMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 186     {\r
 187       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 188       {\r
 189         removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed(e);\r
 190       }\r
 191     });\r
 192     removeAllGapsMenuItem.setLabel("Remove All Gaps");\r
 193     removeAllGapsMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 194     {\r
 195       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 196       {\r
 197         removeAllGapsMenuItem_actionPerformed(e);\r
 198       }\r
 199     });\r
 200     viewBoxesMenuItem.setLabel("Boxes");\r
 201     viewBoxesMenuItem.setState(true);\r
 202     viewBoxesMenuItem.addItemListener(new java.awt.event.ItemListener()\r
 203     {\r
 204       public void itemStateChanged(ItemEvent e)\r
 205       {\r
 206         viewBoxesMenuItem_actionPerformed(null);\r
 207       }\r
 208     });\r
 209     viewTextMenuItem.setLabel("Text");\r
 210     viewTextMenuItem.setState(true);\r
 211     viewTextMenuItem.addItemListener(new java.awt.event.ItemListener()\r
 212     {\r
 213       public void itemStateChanged(ItemEvent e)\r
 214       {\r
 215         viewTextMenuItem_actionPerformed(null);\r
 216       }\r
 217     });\r
 218     sortPairwiseMenuItem.setLabel("Pairwise Identity");\r
 219     sortPairwiseMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 220     {\r
 221       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 222       {\r
 223         sortPairwiseMenuItem_actionPerformed(e);\r
 224       }\r
 225     });\r
 226     sortIDMenuItem.setLabel("ID");\r
 227     sortIDMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 228     {\r
 229       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 230       {\r
 231         sortIDMenuItem_actionPerformed(e);\r
 232       }\r
 233     });\r
 234     sortGroupMenuItem.setLabel("Group");\r
 235     sortGroupMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 236     {\r
 237       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 238       {\r
 239         sortGroupMenuItem_actionPerformed(e);\r
 240       }\r
 241     });\r
 242     removeRedundancyMenuItem.setLabel("Remove Redundancy...");\r
 243     removeRedundancyMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 244     {\r
 245       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 246       {\r
 247         removeRedundancyMenuItem_actionPerformed(e);\r
 248       }\r
 249     });\r
 250     pairwiseAlignmentMenuItem.setLabel("Pairwise Alignments...");\r
 251     pairwiseAlignmentMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 252     {\r
 253       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 254       {\r
 255         pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed(e);\r
 256       }\r
 257     });\r
 258     PCAMenuItem.setLabel("Principal Component Analysis...");\r
 259     PCAMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 260     {\r
 261       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 262       {\r
 263         PCAMenuItem_actionPerformed(e);\r
 264       }\r
 265     });\r
 266     averageDistanceTreeMenuItem.setLabel("Average Distance Using % Identity...");\r
 267     averageDistanceTreeMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 268     {\r
 269       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 270       {\r
 271         averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed(e);\r
 272       }\r
 273     });\r
 274     neighbourTreeMenuItem.setLabel("Neighbour Joining Using % Identity...");\r
 275     neighbourTreeMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 276     {\r
 277       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 278       {\r
 279         neighbourTreeMenuItem_actionPerformed(e);\r
 280       }\r
 281     });\r
 282     alignFrameMenuBar.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));\r
 283     statusBar.setBackground(Color.white);\r
 284     statusBar.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));\r
 285     statusBar.setText("Status bar");\r
 286     outputTextboxMenu.setLabel("Output to Textbox");\r
 287     clustalColour.setLabel("Clustalx");\r
 288 \r
 289     clustalColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 290     {\r
 291       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 292       {\r
 293         clustalColour_actionPerformed(e);\r
 294       }\r
 295     });\r
 296     zappoColour.setLabel("Zappo");\r
 297     zappoColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 298     {\r
 299       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 300       {\r
 301         zappoColour_actionPerformed(e);\r
 302       }\r
 303     });\r
 304     taylorColour.setLabel("Taylor");\r
 305     taylorColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 306     {\r
 307       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 308       {\r
 309         taylorColour_actionPerformed(e);\r
 310       }\r
 311     });\r
 312     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");\r
 313     hydrophobicityColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 314     {\r
 315       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 316       {\r
 317         hydrophobicityColour_actionPerformed(e);\r
 318       }\r
 319     });\r
 320     helixColour.setLabel("Helix Propensity");\r
 321     helixColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 322     {\r
 323       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 324       {\r
 325         helixColour_actionPerformed(e);\r
 326       }\r
 327     });\r
 328     strandColour.setLabel("Strand Propensity");\r
 329     strandColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 330     {\r
 331       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 332       {\r
 333         strandColour_actionPerformed(e);\r
 334       }\r
 335     });\r
 336     turnColour.setLabel("Turn Propensity");\r
 337     turnColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 338     {\r
 339       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 340       {\r
 341         turnColour_actionPerformed(e);\r
 342       }\r
 343     });\r
 344     buriedColour.setLabel("Buried Index");\r
 345     buriedColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 346     {\r
 347       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 348       {\r
 349         buriedColour_actionPerformed(e);\r
 350       }\r
 351     });\r
 352     userDefinedColour.setLabel("User Defined...");\r
 353     userDefinedColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 354     {\r
 355       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 356       {\r
 357         userDefinedColour_actionPerformed(e);\r
 358       }\r
 359     });\r
 360     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");\r
 361     PIDColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 362     {\r
 363       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 364       {\r
 365         PIDColour_actionPerformed(e);\r
 366       }\r
 367     });\r
 368     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62 Score");\r
 369     BLOSUM62Colour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 370     {\r
 371       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 372       {\r
 373         BLOSUM62Colour_actionPerformed(e);\r
 374       }\r
 375     });\r
 376     avDistanceTreeBlosumMenuItem.setLabel("Average Distance using BLOSUM62...");\r
 377     avDistanceTreeBlosumMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 378     {\r
 379       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 380       {\r
 381         avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed(e);\r
 382       }\r
 383     });\r
 384     njTreeBlosumMenuItem.setLabel("Neighbour Joining using BLOSUM62...");\r
 385     njTreeBlosumMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 386     {\r
 387       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 388       {\r
 389         njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed(e);\r
 390       }\r
 391     });\r
 392     annotationPanelMenuItem.setActionCommand("");\r
 393     annotationPanelMenuItem.setState(true);\r
 394     annotationPanelMenuItem.setLabel("Show Annotations");\r
 395     annotationPanelMenuItem.addItemListener(new java.awt.event.ItemListener()\r
 396     {\r
 397       public void itemStateChanged(ItemEvent e)\r
 398       {\r
 399         annotationPanelMenuItem_actionPerformed(null);\r
 400       }\r
 401     });\r
 402     colourTextMenuItem.setLabel("Colour Text");\r
 403     colourTextMenuItem.addItemListener(new java.awt.event.ItemListener()\r
 404     {\r
 405       public void itemStateChanged(ItemEvent e)\r
 406       {\r
 407         colourTextMenuItem_actionPerformed(null);\r
 408       }\r
 409     });\r
 410     overviewMenuItem.setLabel("Overview Window...");\r
 411     overviewMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 412     {\r
 413       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 414       {\r
 415         overviewMenuItem_actionPerformed(e);\r
 416       }\r
 417     });\r
 418     undoMenuItem.setEnabled(false);\r
 419     undoMenuItem.setLabel("Undo");\r
 420     undoMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 421     {\r
 422       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 423       {\r
 424         undoMenuItem_actionPerformed(e);\r
 425       }\r
 426     });\r
 427     redoMenuItem.setEnabled(false);\r
 428     redoMenuItem.setLabel("Redo");\r
 429     redoMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 430     {\r
 431       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 432       {\r
 433         redoMenuItem_actionPerformed(e);\r
 434       }\r
 435     });\r
 436     conservationMenuItem.setLabel("By Conservation");\r
 437     conservationMenuItem.addItemListener(new java.awt.event.ItemListener()\r
 438     {\r
 439       public void itemStateChanged(ItemEvent e)\r
 440       {\r
 441         conservationMenuItem_actionPerformed(null);\r
 442       }\r
 443     });\r
 444     noColourmenuItem.setLabel("None");\r
 445     noColourmenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 446     {\r
 447       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 448       {\r
 449         noColourmenuItem_actionPerformed(e);\r
 450       }\r
 451     });\r
 452     wrapMenuItem.setLabel("Wrap");\r
 453     wrapMenuItem.addItemListener(new java.awt.event.ItemListener()\r
 454     {\r
 455       public void itemStateChanged(ItemEvent e)\r
 456       {\r
 457         wrapMenuItem_actionPerformed(null);\r
 458       }\r
 459     });\r
 460     renderGapsMenuItem.setLabel("Show Gaps");\r
 461     renderGapsMenuItem.setState(true);\r
 462     renderGapsMenuItem.addItemListener(new java.awt.event.ItemListener()\r
 463     {\r
 464 \r
 465       public void itemStateChanged(ItemEvent e)\r
 466       {\r
 467 \r
 468         renderGapsMenuItem_actionPerformed(null);\r
 469       }\r
 470     });\r
 471     findMenuItem.setLabel("Find...");\r
 472     findMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 473     {\r
 474       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 475       {\r
 476         findMenuItem_actionPerformed(e);\r
 477       }\r
 478     });\r
 479     searchMenu.setLabel("Search");\r
 480 \r
 481     abovePIDThreshold.setLabel("Above Identity threshold");\r
 482     abovePIDThreshold.addItemListener(new java.awt.event.ItemListener()\r
 483     {\r
 484       public void itemStateChanged(ItemEvent e)\r
 485       {\r
 486         abovePIDThreshold_actionPerformed(null);\r
 487       }\r
 488     });\r
 489     nucleotideColour.setLabel("Nucleotide");\r
 490     nucleotideColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 491     {\r
 492       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 493       {\r
 494         nucleotideColour_actionPerformed(e);\r
 495       }\r
 496     });\r
 497     deleteGroups.setLabel("Undefine groups");\r
 498     deleteGroups.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 499     {\r
 500       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 501       {\r
 502         deleteGroups_actionPerformed(e);\r
 503       }\r
 504     });\r
 505     copy.setLabel("Copy");\r
 506     copy.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 507     {\r
 508       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 509       {\r
 510         copy_actionPerformed(e);\r
 511       }\r
 512     });\r
 513     cut.setLabel("Cut");\r
 514     cut.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 515     {\r
 516       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 517       {\r
 518         cut_actionPerformed(e);\r
 519       }\r
 520     });\r
 521     delete.setLabel("Delete");\r
 522     delete.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 523     {\r
 524       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 525       {\r
 526         delete_actionPerformed(e);\r
 527       }\r
 528     });\r
 529     Menu1.setLabel("Paste");\r
 530     pasteNew.setLabel("to new alignment");\r
 531     pasteNew.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 532     {\r
 533       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 534       {\r
 535         pasteNew_actionPerformed(e);\r
 536       }\r
 537     });\r
 538     pasteThis.setLabel("add to this alignment");\r
 539     pasteThis.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 540     {\r
 541       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 542       {\r
 543         pasteThis_actionPerformed(e);\r
 544       }\r
 545     });\r
 546     applyToAllGroups.setLabel("Apply Colour To All Groups");\r
 547     applyToAllGroups.setState(true);\r
 548     applyToAllGroups.addItemListener(new java.awt.event.ItemListener()\r
 549    {\r
 550      public void itemStateChanged(ItemEvent e)\r
 551      {\r
 552         applyToAllGroups_actionPerformed(null);\r
 553       }\r
 554     });\r
 555     font.setLabel("Font...");\r
 556     font.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 557     {\r
 558       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 559       {\r
 560         font_actionPerformed(e);\r
 561       }\r
 562     });\r
 563     fullSeqId.setLabel("Show Full Sequence ID");\r
 564     fullSeqId.setState(true);\r
 565     fullSeqId.addItemListener(new java.awt.event.ItemListener()\r
 566     {\r
 567 \r
 568       public void itemStateChanged(ItemEvent e)\r
 569       {\r
 570         fullSeqId_actionPerformed(null);\r
 571       }\r
 572     });\r
 573     scaleAbove.setLabel("Scale Above");\r
 574     scaleAbove.setState(true);\r
 575     scaleAbove.addItemListener(new java.awt.event.ItemListener()\r
 576     {\r
 577 \r
 578       public void itemStateChanged(ItemEvent e)\r
 579       {\r
 580 \r
 581         scaleAbove_actionPerformed(null);\r
 582       }\r
 583     });\r
 584     scaleLeft.setEnabled(false);\r
 585     scaleLeft.setState(true);\r
 586     scaleLeft.setLabel("Scale Left");\r
 587     scaleLeft.addItemListener(new java.awt.event.ItemListener()\r
 588     {\r
 589 \r
 590       public void itemStateChanged(ItemEvent e)\r
 591       {\r
 592 \r
 593         scaleLeft_actionPerformed(null);\r
 594       }\r
 595     });\r
 596     scaleRight.setEnabled(false);\r
 597     scaleRight.setState(true);\r
 598     scaleRight.setLabel("Scale Right");\r
 599     scaleRight.addItemListener(new java.awt.event.ItemListener()\r
 600     {\r
 601 \r
 602       public void itemStateChanged(ItemEvent e)\r
 603       {\r
 604 \r
 605         scaleRight_actionPerformed(null);\r
 606       }\r
 607     });\r
 608     modifyPID.setLabel("Modify Identity Threshold...");\r
 609     modifyPID.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 610     {\r
 611       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 612       {\r
 613         modifyPID_actionPerformed(e);\r
 614       }\r
 615     });\r
 616     modifyConservation.setLabel("Modify Conservation Threshold...");\r
 617     modifyConservation.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 618     {\r
 619       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 620       {\r
 621         modifyConservation_actionPerformed(e);\r
 622       }\r
 623     });\r
 624     sortByTreeMenu.setLabel("Tree Order");\r
 625     sort.setLabel("Sort");\r
 626     calculate.setLabel("Calculate Tree");\r
 627     inputText.setLabel("Input from textbox");\r
 628     inputText.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 629     {\r
 630       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 631       {\r
 632         inputText_actionPerformed(e);\r
 633       }\r
 634     });\r
 635 \r
 636     helpMenu.setLabel("Help");\r
 637     documentation.setLabel("Documentation");\r
 638     documentation.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 639     {\r
 640       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 641       {\r
 642         documentation_actionPerformed(e);\r
 643       }\r
 644     });\r
 645 \r
 646     about.setLabel("About...");\r
 647     about.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 648     {\r
 649       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 650       {\r
 651         about_actionPerformed(e);\r
 652       }\r
 653     });\r
 654 \r
 655     alignFrameMenuBar.add(fileMenu);\r
 656     alignFrameMenuBar.add(editMenu);\r
 657     alignFrameMenuBar.add(searchMenu);\r
 658     alignFrameMenuBar.add(viewMenu);\r
 659     alignFrameMenuBar.add(colourMenu);\r
 660     alignFrameMenuBar.add(calculateMenu);\r
 661     alignFrameMenuBar.add(helpMenu);\r
 662     fileMenu.add(inputText);\r
 663     fileMenu.add(outputTextboxMenu);\r
 664     fileMenu.addSeparator();\r
 665     fileMenu.add(closeMenuItem);\r
 666     editMenu.add(undoMenuItem);\r
 667     editMenu.add(redoMenuItem);\r
 668     editMenu.add(cut);\r
 669     editMenu.add(copy);\r
 670     editMenu.add(Menu1);\r
 671     editMenu.add(delete);\r
 672     editMenu.add(selectAllSequenceMenuItem);\r
 673     editMenu.add(deselectAllSequenceMenuItem);\r
 674     editMenu.add(invertSequenceMenuItem);\r
 675     editMenu.add(deleteGroups);\r
 676     editMenu.addSeparator();\r
 677     editMenu.add(remove2LeftMenuItem);\r
 678     editMenu.add(remove2RightMenuItem);\r
 679     editMenu.add(removeGappedColumnMenuItem);\r
 680     editMenu.add(removeAllGapsMenuItem);\r
 681     editMenu.add(removeRedundancyMenuItem);\r
 682     searchMenu.add(findMenuItem);\r
 683     viewMenu.add(font);\r
 684     viewMenu.add(fullSeqId);\r
 685     viewMenu.addSeparator();\r
 686     viewMenu.add(wrapMenuItem);\r
 687     viewMenu.add(scaleAbove);\r
 688     viewMenu.add(scaleLeft);\r
 689     viewMenu.add(scaleRight);\r
 690     viewMenu.addSeparator();\r
 691     viewMenu.add(viewBoxesMenuItem);\r
 692     viewMenu.add(viewTextMenuItem);\r
 693     viewMenu.add(colourTextMenuItem);\r
 694     viewMenu.add(renderGapsMenuItem);\r
 695     viewMenu.add(annotationPanelMenuItem);\r
 696     viewMenu.addSeparator();\r
 697     viewMenu.add(overviewMenuItem);\r
 698     colourMenu.add(applyToAllGroups);\r
 699     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
 700     colourMenu.addSeparator();\r
 701     colourMenu.add(clustalColour);\r
 702     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
 703     colourMenu.add(PIDColour);\r
 704     colourMenu.add(zappoColour);\r
 705     colourMenu.add(taylorColour);\r
 706     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
 707     colourMenu.add(helixColour);\r
 708     colourMenu.add(strandColour);\r
 709     colourMenu.add(turnColour);\r
 710     colourMenu.add(buriedColour);\r
 711     colourMenu.add(nucleotideColour);\r
 712     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
 713     colourMenu.addSeparator();\r
 714     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
 715     colourMenu.add(modifyConservation);\r
 716     colourMenu.add(abovePIDThreshold);\r
 717     colourMenu.add(modifyPID);\r
 718     calculateMenu.add(sort);\r
 719     calculateMenu.add(calculate);\r
 720     calculateMenu.addSeparator();\r
 721     calculateMenu.add(pairwiseAlignmentMenuItem);\r
 722     calculateMenu.add(PCAMenuItem);\r
 723     this.add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
 724     Menu1.add(pasteNew);\r
 725     Menu1.add(pasteThis);\r
 726     sort.add(sortIDMenuItem);\r
 727     sort.add(sortGroupMenuItem);\r
 728     sort.add(sortByTreeMenu);\r
 729     sort.add(sortPairwiseMenuItem);\r
 730     calculate.add(averageDistanceTreeMenuItem);\r
 731     calculate.add(neighbourTreeMenuItem);\r
 732     calculate.add(avDistanceTreeBlosumMenuItem);\r
 733     calculate.add(njTreeBlosumMenuItem);\r
 734     helpMenu.add(documentation);\r
 735     helpMenu.add(about);\r
 736   }\r
 737 \r
 738   protected void saveAs_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 739   {\r
 740 \r
 741   }\r
 742 \r
 743   protected void outputText_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 744   {\r
 745 \r
 746   }\r
 747 \r
 748   protected void htmlMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 749   {\r
 750 \r
 751   }\r
 752 \r
 753 \r
 754   protected void closeMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 755   {\r
 756 \r
 757   }\r
 758 \r
 759   protected void redoMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 760   {\r
 761 \r
 762   }\r
 763 \r
 764   protected void undoMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 765   {\r
 766 \r
 767   }\r
 768 \r
 769 \r
 770   protected void selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 771   {\r
 772 \r
 773   }\r
 774 \r
 775   protected void deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 776   {\r
 777 \r
 778   }\r
 779 \r
 780   protected void invertSequenceMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 781   {\r
 782 \r
 783   }\r
 784 \r
 785   protected void remove2LeftMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 786   {\r
 787 \r
 788   }\r
 789 \r
 790   protected void remove2RightMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 791   {\r
 792 \r
 793   }\r
 794 \r
 795   protected void removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 796   {\r
 797 \r
 798   }\r
 799 \r
 800   protected void removeAllGapsMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 801   {\r
 802 \r
 803   }\r
 804 \r
 805 \r
 806   protected void wrapMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 807   {\r
 808 \r
 809   }\r
 810 \r
 811 \r
 812   protected void viewBoxesMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 813   {\r
 814 \r
 815   }\r
 816 \r
 817   protected void viewTextMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 818   {\r
 819 \r
 820   }\r
 821 \r
 822 \r
 823   protected void colourTextMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 824   {\r
 825 \r
 826   }\r
 827 \r
 828   protected void annotationPanelMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 829   {\r
 830 \r
 831   }\r
 832 \r
 833   protected void overviewMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 834   {\r
 835 \r
 836   }\r
 837 \r
 838   protected void sortPairwiseMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 839   {\r
 840 \r
 841   }\r
 842 \r
 843   protected void sortIDMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 844   {\r
 845 \r
 846   }\r
 847 \r
 848   protected void sortGroupMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 849   {\r
 850 \r
 851   }\r
 852 \r
 853 \r
 854   protected void removeRedundancyMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 855   {\r
 856 \r
 857   }\r
 858 \r
 859   protected void pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 860   {\r
 861 \r
 862   }\r
 863 \r
 864   protected void PCAMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 865   {\r
 866 \r
 867   }\r
 868 \r
 869   protected void averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 870   {\r
 871 \r
 872   }\r
 873 \r
 874   protected void neighbourTreeMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 875   {\r
 876 \r
 877   }\r
 878 \r
 879 \r
 880   protected void njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 881   {\r
 882 \r
 883   }\r
 884 \r
 885   protected void avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 886   {\r
 887 \r
 888   }\r
 889 \r
 890 \r
 891 \r
 892   protected void clustalAlignMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 893   {\r
 894 \r
 895   }\r
 896 \r
 897 \r
 898 \r
 899 \r
 900   protected void clustalColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 901   {\r
 902 \r
 903   }\r
 904 \r
 905   protected void zappoColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 906   {\r
 907 \r
 908   }\r
 909 \r
 910   protected void taylorColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 911   {\r
 912 \r
 913   }\r
 914 \r
 915 \r
 916   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 917   {\r
 918 \r
 919   }\r
 920 \r
 921   protected void helixColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 922   {\r
 923 \r
 924   }\r
 925 \r
 926   protected void strandColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 927   {\r
 928 \r
 929   }\r
 930 \r
 931   protected void turnColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 932   {\r
 933 \r
 934   }\r
 935 \r
 936   protected void buriedColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 937   {\r
 938 \r
 939   }\r
 940 \r
 941 \r
 942 \r
 943   protected void userDefinedColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 944   {\r
 945 \r
 946   }\r
 947 \r
 948   protected void PIDColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 949   {\r
 950 \r
 951   }\r
 952 \r
 953   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 954   {\r
 955 \r
 956   }\r
 957 \r
 958 \r
 959   protected void noColourmenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 960   {\r
 961 \r
 962   }\r
 963 \r
 964   protected  void conservationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 965   {\r
 966 \r
 967   }\r
 968 \r
 969 \r
 970   protected void printMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 971   {\r
 972 \r
 973   }\r
 974 \r
 975   protected void renderGapsMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 976   {\r
 977 \r
 978   }\r
 979 \r
 980   protected void findMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 981   {\r
 982 \r
 983   }\r
 984 \r
 985 \r
 986   protected void abovePIDThreshold_actionPerformed(ActionEvent e) {\r
 987 \r
 988   }\r
 989 \r
 990   public void sequenceFeatures_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)\r
 991   {\r
 992 \r
 993   }\r
 994 \r
 995   protected void nucleotideColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 996   {\r
 997 \r
 998   }\r
 999 \r
1000   protected void deleteGroups_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1001   {\r
1002 \r
1003   }\r
1004 \r
1005  protected void copy_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1006   {\r
1007 \r
1008   }\r
1009 \r
1010 \r
1011   protected void cut_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1012   {\r
1013 \r
1014   }\r
1015 \r
1016   protected void delete_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1017   {\r
1018 \r
1019   }\r
1020 \r
1021   protected void pasteNew_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1022   {\r
1023 \r
1024   }\r
1025 \r
1026   protected void pasteThis_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1027   {\r
1028 \r
1029   }\r
1030 \r
1031   protected void applyToAllGroups_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1032   {\r
1033 \r
1034   }\r
1035 \r
1036   protected void createPNG_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1037   {\r
1038 \r
1039   }\r
1040 \r
1041   protected void font_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1042   {\r
1043 \r
1044   }\r
1045 \r
1046   protected void fullSeqId_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1047   {\r
1048 \r
1049   }\r
1050 \r
1051   protected void epsFile_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1052   {\r
1053 \r
1054   }\r
1055 \r
1056   protected void LoadtreeMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e) {\r
1057 \r
1058   }\r
1059 \r
1060   protected void jpred_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1061   {\r
1062 \r
1063   }\r
1064 \r
1065   protected void scaleAbove_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1066   {\r
1067 \r
1068   }\r
1069 \r
1070   protected void scaleLeft_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1071   {\r
1072 \r
1073   }\r
1074 \r
1075   protected void scaleRight_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1076   {\r
1077 \r
1078   }\r
1079 \r
1080   protected void modifyPID_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1081   {\r
1082 \r
1083   }\r
1084 \r
1085   protected void modifyConservation_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1086   {\r
1087 \r
1088   }\r
1089 \r
1090   protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1091   {\r
1092 \r
1093   }\r
1094 \r
1095   protected void msaAlignMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e) {\r
1096 \r
1097   }\r
1098 \r
1099   protected void inputText_actionPerformed(ActionEvent e) {\r
1100 \r
1101   }\r
1102 \r
1103   protected void documentation_actionPerformed(ActionEvent e) {\r
1104 \r
1105   }\r
1106 \r
1107   protected void about_actionPerformed(ActionEvent e) {\r
1108 \r
1109   }\r
1110 \r
1111 \r
1112 }\r
1113 \r