src/jalview/json/binding/biojson/v1/AlignmentPojo.java

   1 package jalview.json.binding.biojson.v1;
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   3
   4 import java.util.ArrayList;
   5 import java.util.HashMap;
   6 import java.util.List;
   7 import java.util.Map;
   8
   9 import com.github.reinert.jjschema.Attributes;
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  11 @Attributes(title="BioJSON", description="A specification for the representation and exchange of bioinformatics data")
  12 public class AlignmentPojo
  13 {
  14   @Attributes(required = true, description = "Serial version identifier for <b>BioJSON</b> schema")
  15   private String svid = "1.0";
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  17   @Attributes(
  18     required = true,
  19     minItems = 1,
  20             description = "An array of Sequences which makes up the Alignment")
  21   private List<SequencePojo> seqs = new ArrayList<SequencePojo>();
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  23   @Attributes(
  24     required = false,
  25     minItems = 0,
  26     exclusiveMaximum = true,
  27     description = "Alignment annotations stores symbols and graphs usually rendered </br>"
  28             + "below the alignment and often reflect properties of the alignment </br>as a whole.")
  29   private List<AlignmentAnnotationPojo> alignAnnotation = new ArrayList<AlignmentAnnotationPojo>();
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  31   @Attributes(
  32     required = false,
  33     minItems = 0,
  34     description = "A sequence group is a rectangular region of an alignment <br>bounded by startRes and endRes positions in the alignment <br>coordinate system for a set of sequences")
  35   private List<SequenceGrpPojo> seqGroups = new ArrayList<SequenceGrpPojo>();
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  37   @Attributes(
  38     required = false,
  39     minItems = 0,
  40     description = "Sequence features are properties of the individual sequences, <br>they do not change with the alignment, but are shown mapped<br> on to specific residues within the alignment")
  41   private List<SequenceFeaturesPojo> seqFeatures = new ArrayList<SequenceFeaturesPojo>();
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  43   @Attributes(
  44     required = false,
  45     enums = { "None", "User Defined", "Clustal", "Zappo", "Taylor",
  46         "Nucleotide", "Pyrimidine", "Purine", "Turn", "Helix", "Strand",
  47         "Buried", "Hydro", "T-Coffee Scores", "RNA Interaction type",
  48         "Blosum62", "RNA Helices", "% Identity" },
  49     description = "The <a href=\"#colourScheme\">Colour Scheme</a> applied to the alignment")
  50   private String colourScheme;
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  52   @Attributes(
  53         required = true,
  54         maxItems = 0, description = "AppSettings stores key=value pairs of custom application specific <br>"
  55                                           + "settings (i.e visualisation settings, etc) for different applications<br>"
  56                                           + "that consume or generate BioJSON")
  57   Map<String, Object> appSettings = new HashMap<String, Object>();
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  59   public AlignmentPojo()
  60   {
  61   }
  62
  63   public List<SequencePojo> getSeqs()
  64   {
  65     return seqs;
  66   }
  67
  68   public void setSeqs(ArrayList<SequencePojo> seqs)
  69   {
  70     this.seqs = seqs;
  71   }
  72
  73   public Map<String, Object> getAppSettings()
  74   {
  75     return appSettings;
  76   }
  77
  78   public void setAppSettings(Map<String, Object> appSettings)
  79   {
  80     this.appSettings = appSettings;
  81   }
  82
  83   public List<AlignmentAnnotationPojo> getAlignAnnotation()
  84   {
  85     return alignAnnotation;
  86   }
  87
  88   public void setAlignAnnotation(
  89           List<AlignmentAnnotationPojo> alignAnnotation)
  90   {
  91     this.alignAnnotation = alignAnnotation;
  92   }
  93
  94   public List<SequenceGrpPojo> getSeqGroups()
  95   {
  96     return seqGroups;
  97   }
  98
  99   public void setSeqGroups(List<SequenceGrpPojo> seqGroups)
 100   {
 101     this.seqGroups = seqGroups;
 102   }
 103
 104   public List<SequenceFeaturesPojo> getSeqFeatures()
 105   {
 106     return seqFeatures;
 107   }
 108
 109   public void setSeqFeatures(List<SequenceFeaturesPojo> seqFeatures)
 110   {
 111     this.seqFeatures = seqFeatures;
 112   }
 113
 114   public String getSvid()
 115   {
 116     return svid;
 117   }
 118
 119   public void setGlobalColorScheme(String globalColorScheme)
 120   {
 121     this.appSettings.put("globalColorScheme", globalColorScheme);
 122   }
 123
 124   public String getColourScheme()
 125   {
 126     return colourScheme;
 127   }
 128
 129   public void setColourScheme(String colourScheme)
 130   {
 131     this.colourScheme = colourScheme;
 132   }
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 134 }