src/jalview/json/binding/biojson/v1/AlignmentPojo.java

   1 package jalview.json.binding.biojson.v1;
   2
   3
   4 import java.util.ArrayList;
   5 import java.util.HashMap;
   6 import java.util.List;
   7 import java.util.Map;
   8
   9 import com.github.reinert.jjschema.Attributes;
  10
  11 @Attributes(title="BioJSON", description="A specification for the representation and exchange of bioinformatics data")
  12 public class AlignmentPojo
  13 {
  14   @Attributes(required = true, description = "Serial version identifier for <b>BioJSON</b> schema")
  15   private String svid = "1.0";
  16
  17   @Attributes(
  18     required = true,
  19     minItems = 1,
  20             description = "An array of Sequences which makes up the Alignment")
  21   private List<SequencePojo> seqs = new ArrayList<SequencePojo>();
  22
  23   @Attributes(
  24     required = false,
  25     minItems = 0,
  26     maxItems = 2147483647,
  27     exclusiveMaximum = true,
  28     description = "Alignment annotations stores symbols and graphs usually rendered </br>below the alignment.")
  29   private List<AlignmentAnnotationPojo> alignAnnotation = new ArrayList<AlignmentAnnotationPojo>();
  30
  31   @Attributes(
  32     required = false,
  33     minItems = 0,
  34     maxItems = 2147483647,
  35     description = "A sequence group is a region of an alignment which could <br>span across multiple columns and rows. These can be treated as<br> a sub-alignments.")
  36   private List<SequenceGrpPojo> seqGroups = new ArrayList<SequenceGrpPojo>();
  37
  38   @Attributes(
  39     required = false,
  40     minItems = 0,
  41     maxItems = 2147483647,
  42     description = "Sequence features are associated with sequences rather than <br>alignments. A sequence feature can span across multiple <br>sequences in an alignment. They indicate features generated <br>by the same analysis process or retrieved from the same database <br>(such as Uniprot features).")
  43   private List<SequenceFeaturesPojo> seqFeatures = new ArrayList<SequenceFeaturesPojo>();
  44
  45   @Attributes(
  46     required = false,
  47     enums = { "None", "User Defined", "Clustal", "Zappo", "Taylor",
  48         "Nucleotide", "Pyrimidine", "Purine", "Turn", "Helix", "Strand",
  49         "Buried", "Hydro", "T-Coffee Scores", "RNA Interaction type",
  50         "Blosum62", "RNA Helices", "% Identity" },
  51     description = "The <a href=\"colour_schemes.html\">Colour Scheme</a> applied to the alignment")
  52   private String colourScheme;
  53
  54   @Attributes(required = true, maxItems = 1, description = "This is an array of key=value pairs for storing custom application <br>specific settings")
  55   Map<String, Object> appSettings = new HashMap<String, Object>();
  56
  57   public AlignmentPojo()
  58   {
  59   }
  60
  61   public List<SequencePojo> getSeqs()
  62   {
  63     return seqs;
  64   }
  65
  66   public void setSeqs(ArrayList<SequencePojo> seqs)
  67   {
  68     this.seqs = seqs;
  69   }
  70
  71   public Map<String, Object> getAppSettings()
  72   {
  73     return appSettings;
  74   }
  75
  76   public void setAppSettings(Map<String, Object> appSettings)
  77   {
  78     this.appSettings = appSettings;
  79   }
  80
  81   public List<AlignmentAnnotationPojo> getAlignAnnotation()
  82   {
  83     return alignAnnotation;
  84   }
  85
  86   public void setAlignAnnotation(
  87           List<AlignmentAnnotationPojo> alignAnnotation)
  88   {
  89     this.alignAnnotation = alignAnnotation;
  90   }
  91
  92   public List<SequenceGrpPojo> getSeqGroups()
  93   {
  94     return seqGroups;
  95   }
  96
  97   public void setSeqGroups(List<SequenceGrpPojo> seqGroups)
  98   {
  99     this.seqGroups = seqGroups;
 100   }
 101
 102   public List<SequenceFeaturesPojo> getSeqFeatures()
 103   {
 104     return seqFeatures;
 105   }
 106
 107   public void setSeqFeatures(List<SequenceFeaturesPojo> seqFeatures)
 108   {
 109     this.seqFeatures = seqFeatures;
 110   }
 111
 112   public String getSvid()
 113   {
 114     return svid;
 115   }
 116
 117   public void setGlobalColorScheme(String globalColorScheme)
 118   {
 119     this.appSettings.put("globalColorScheme", globalColorScheme);
 120   }
 121
 122   public String getColourScheme()
 123   {
 124     return colourScheme;
 125   }
 126
 127   public void setColourScheme(String colourScheme)
 128   {
 129     this.colourScheme = colourScheme;
 130   }
 131
 132 }