src/jalview/json/binding/biojson/v1/AlignmentPojo.java

   1 package jalview.json.binding.biojson.v1;
   2
   3
   4 import java.util.ArrayList;
   5 import java.util.HashMap;
   6 import java.util.List;
   7 import java.util.Map;
   8
   9 import com.github.reinert.jjschema.Attributes;
  10
  11 @Attributes(title="BioJSON", description="A specification for the representation and exchange of bioinformatics data")
  12 public class AlignmentPojo
  13 {
  14   @Attributes(required = true, description = "Serial version identifier for <b>BioJSON</b> schema")
  15   private String svid = "1.0";
  16
  17   @Attributes(required = true, minItems = 1, maxItems = 1999999999, description = "A sequence group is a bracket of alignment residues spanning <br>across multiple columns and rows. These can be treated as a <br>sub-alignments.")
  18   private List<SequencePojo> seqs = new ArrayList<SequencePojo>();
  19
  20   @Attributes(required = false, minItems = 0, maxItems = 1999999999, exclusiveMaximum=true, description = "Alignment annotations stores symbols and graphs usually rendered </br>below the alignment.")
  21   private List<AlignmentAnnotationPojo> alignAnnotation = new ArrayList<AlignmentAnnotationPojo>();
  22
  23   @Attributes(required = false, minItems = 0, maxItems = 1999999999, description = "A sequence group is a bracket of alignment residues spanning <br>across multiple columns and rows. These can be treated as a <br>sub-alignments.")
  24   private List<SequenceGrpPojo> seqGroups = new ArrayList<SequenceGrpPojo>();
  25
  26   @Attributes(required = false, minItems = 0, maxItems = 1999999999, description = "Sequence features are associated with sequences rather than <br>alignments. A sequence feature can span across multiple <br>sequences in an alignment. They indicate features generated <br>by the same analysis process or retrieved from the same database <br>(such as Uniprot features).")
  27   private List<SequenceFeaturesPojo> seqFeatures = new ArrayList<SequenceFeaturesPojo>();
  28
  29   @Attributes(required = false, enums = { "None", "Custom", "Clustal",
  30       "Zappo", "Taylor", "Nucleotide", "Pyrimidine", "Purine", "Turn",
  31       "Strand", "Buried", "Hydro" })
  32   private String colourScheme;
  33
  34   @Attributes(required = true, maxItems = 1, description = "This is an array of key=value pairs for storing custom application <br>specific settings")
  35   Map<String, Object> appSettings = new HashMap<String, Object>();
  36
  37   public AlignmentPojo()
  38   {
  39   }
  40
  41   public List<SequencePojo> getSeqs()
  42   {
  43     return seqs;
  44   }
  45
  46   public void setSeqs(ArrayList<SequencePojo> seqs)
  47   {
  48     this.seqs = seqs;
  49   }
  50
  51   public Map<String, Object> getAppSettings()
  52   {
  53     return appSettings;
  54   }
  55
  56   public void setAppSettings(Map<String, Object> appSettings)
  57   {
  58     this.appSettings = appSettings;
  59   }
  60
  61   public List<AlignmentAnnotationPojo> getAlignAnnotation()
  62   {
  63     return alignAnnotation;
  64   }
  65
  66   public void setAlignAnnotation(
  67           List<AlignmentAnnotationPojo> alignAnnotation)
  68   {
  69     this.alignAnnotation = alignAnnotation;
  70   }
  71
  72   public List<SequenceGrpPojo> getSeqGroups()
  73   {
  74     return seqGroups;
  75   }
  76
  77   public void setSeqGroups(List<SequenceGrpPojo> seqGroups)
  78   {
  79     this.seqGroups = seqGroups;
  80   }
  81
  82   public List<SequenceFeaturesPojo> getSeqFeatures()
  83   {
  84     return seqFeatures;
  85   }
  86
  87   public void setSeqFeatures(List<SequenceFeaturesPojo> seqFeatures)
  88   {
  89     this.seqFeatures = seqFeatures;
  90   }
  91
  92   public String getSvid()
  93   {
  94     return svid;
  95   }
  96
  97   public void setGlobalColorScheme(String globalColorScheme)
  98   {
  99 //        this.appSettings.put("globalColorScheme", globalColorScheme);
 100   }
 101
 102   public String getColourScheme()
 103   {
 104     return colourScheme;
 105   }
 106
 107   public void setColourScheme(String colourScheme)
 108   {
 109     this.colourScheme = colourScheme;
 110   }
 111
 112 }