src/jalview/json/binding/biojson/v1/AnnotationPojo.java

   1 /*
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  16  *
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  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.json.binding.biojson.v1;
  22
  23 import com.github.reinert.jjschema.Attributes;
  24
  25 public class AnnotationPojo
  26 {
  27   @Attributes(
  28     required = false,
  29     description = "Display character for the given annotation")
  30   private String displayCharacter;
  31
  32   @Attributes(
  33     required = false,
  34     description = "Description for the annotation")
  35   private String description;
  36
  37   @Attributes(
  38     required = true,
  39     enums =
  40     { "E", "H", "\u0000", ")", "(" },
  41     description = "Determines what is rendered for the secondary </br>structure <ul><li>’E’ - indicates Beta Sheet/Strand <li>’H’ - indicates alpha helix </li><li> ‘\\u0000’ - indicates blank</li></ul></br>For RNA Helix (only shown when working with</br> nucleotide sequences): <ul><li> ‘(’ - indicates bases pair with columns upstream</br> (to right) </li><li> ’(’ - indicate region pairs with bases to the left</li></ul>")
  42   private char secondaryStructure;
  43
  44   @Attributes(required = false, description = "Value of the annotation")
  45   private float value;
  46
  47   @Attributes(
  48     required = false,
  49     description = "Colour of the annotation position in hex string.")
  50   private String colour;
  51
  52   public String getDisplayCharacter()
  53   {
  54     return displayCharacter;
  55   }
  56
  57   public void setDisplayCharacter(String displayCharacter)
  58   {
  59     this.displayCharacter = displayCharacter;
  60   }
  61
  62   public String getDescription()
  63   {
  64     return description;
  65   }
  66
  67   public void setDescription(String description)
  68   {
  69     this.description = description;
  70   }
  71
  72   public char getSecondaryStructure()
  73   {
  74     return secondaryStructure;
  75   }
  76
  77   public void setSecondaryStructure(char secondaryStructure)
  78   {
  79     this.secondaryStructure = secondaryStructure;
  80   }
  81
  82   public float getValue()
  83   {
  84     return value;
  85   }
  86
  87   public void setValue(float value)
  88   {
  89     this.value = value;
  90   }
  91
  92   public String getColour()
  93   {
  94     return colour;
  95   }
  96
  97   public void setColour(String colour)
  98   {
  99     this.colour = colour;
 100   }
 101
 102 }