src/jalview/json/binding/biojson/v1/SequenceFeaturesPojo.java

   1 package jalview.json.binding.biojson.v1;
   2
   3 import java.util.Map;
   4 import java.util.Vector;
   5
   6 import com.github.reinert.jjschema.Attributes;
   7
   8 public class SequenceFeaturesPojo
   9 {
  10   @Attributes(
  11     required = true,
  12     description = "Start residue position for the sequence feature")
  13   private int xStart;
  14
  15   @Attributes(
  16     required = true,
  17     description = "End residue position for the sequence feature")
  18   private int xEnd;
  19
  20   @Attributes(
  21     required = true,
  22     minItems = 1,
  23     maxItems = 2147483647,
  24     description = "Reference to the sequence in the alignment<br> (more like a foreign key)")
  25   private String sequenceRef;
  26
  27   @Attributes(
  28     required = true,
  29     description = "The name or type of the SequenceFeature")
  30   private String type;
  31
  32   @Attributes(required = false, description = "Score")
  33   private Float score;
  34
  35   @Attributes(required = false, description = "Description for the feature")
  36   private String description;
  37
  38   @Attributes(
  39     required = false,
  40     description = "Additional metadata for the feature")
  41   private Map<String, Object> otherDetails;
  42
  43   @Attributes(required = false, description = "Fill colour")
  44   private String fillColor;
  45
  46   @Attributes(required = true, description = "Feature group")
  47   private String featureGroup;
  48
  49   @Attributes(
  50     required = false,
  51     description = "URL links associated to the feature")
  52   private Vector<String> links;
  53
  54   public SequenceFeaturesPojo()
  55   {
  56   }
  57
  58   public SequenceFeaturesPojo(String sequenceRef)
  59   {
  60     this.sequenceRef = sequenceRef;
  61   }
  62
  63   public String getFillColor()
  64   {
  65     return "#" + fillColor;
  66   }
  67
  68   public void setFillColor(String fillColor)
  69   {
  70     this.fillColor = fillColor;
  71   }
  72
  73   public int getXstart()
  74   {
  75     return xStart;
  76   }
  77
  78   public void setXstart(int xStart)
  79   {
  80     this.xStart = xStart;
  81   }
  82
  83   public int getXend()
  84   {
  85     return xEnd;
  86   }
  87
  88   public void setXend(int xend)
  89   {
  90     this.xEnd = xend;
  91   }
  92
  93   public String getType()
  94   {
  95     return type;
  96   }
  97
  98   public void setType(String type)
  99   {
 100     this.type = type;
 101   }
 102
 103   public Float getScore()
 104   {
 105     return score;
 106   }
 107
 108   public void setScore(Float score)
 109   {
 110     this.score = score;
 111   }
 112
 113   public String getDescription()
 114   {
 115     return description;
 116   }
 117
 118   public void setDescription(String description)
 119   {
 120     this.description = description;
 121   }
 122
 123   public Map<String, Object> getOtherDetails()
 124   {
 125     return otherDetails;
 126   }
 127
 128   public void setOtherDetails(Map<String, Object> otherDetails)
 129   {
 130     this.otherDetails = otherDetails;
 131   }
 132
 133   public Vector<String> getLinks()
 134   {
 135     return links;
 136   }
 137
 138   public void setLinks(Vector<String> links)
 139   {
 140     this.links = links;
 141   }
 142
 143   public String getFeatureGroup()
 144   {
 145     return featureGroup;
 146   }
 147
 148   public void setFeatureGroup(String featureGroup)
 149   {
 150     this.featureGroup = featureGroup;
 151   }
 152
 153   public String getSequenceRef()
 154   {
 155     return sequenceRef;
 156   }
 157
 158   public void setSequenceRef(String sequenceRef)
 159   {
 160     this.sequenceRef = sequenceRef;
 161   }
 162
 163 }