src/jalview/json/binding/biojson/v1/SequenceGrpPojo.java

   1 package jalview.json.binding.biojson.v1;
   2
   3 import java.util.ArrayList;
   4
   5 import com.github.reinert.jjschema.Attributes;
   6
   7 public class SequenceGrpPojo
   8 {
   9   @Attributes(
  10     required = false,
  11     description = "The <a href=\"#colourScheme\">Colour Scheme</a> applied to the Sequence Group")
  12   private String colourScheme;
  13
  14   @Attributes(
  15     required = true,
  16     description = "The name assigned to the seqGroup")
  17   private String groupName;
  18
  19   @Attributes(
  20     required = false,
  21     description = "Serial version identifier for the <b>seqGroup</b> object model")
  22   private String description;
  23
  24   @Attributes(
  25     required = false,
  26     description = "Determines if the seqGroup border should be visible or not")
  27   private boolean displayBoxes;
  28
  29   @Attributes(
  30     required = false,
  31     description = "Determines if the texts of the group is displayed or not")
  32   private boolean displayText;
  33
  34   @Attributes(
  35     required = false,
  36     description = "Determines if the residues text for the group is coloured")
  37   private boolean colourText;
  38
  39   @Attributes(
  40     required = false,
  41     description = "Boolean value indicating whether residues should only be shown <br/>that are different from current reference or consensus sequence")
  42   private boolean showNonconserved;
  43
  44   @Attributes(
  45     required = true,
  46     description = "The index of the group’s first residue in the alignment space")
  47   private int startRes;
  48
  49   @Attributes(
  50     required = true,
  51     description = "The index of the group’s last residue in the alignment space")
  52   private int endRes;
  53
  54   @Attributes(
  55     required = true,
  56     minItems = 1,
  57     uniqueItems = true,
  58     description = "An array of the unique id's for the sequences belonging to the group")
  59   private ArrayList<String> sequenceRefs = new ArrayList<String>();
  60
  61   public String getColourScheme()
  62   {
  63     return colourScheme;
  64   }
  65
  66   public void setColourScheme(String colourScheme)
  67   {
  68     this.colourScheme = colourScheme;
  69   }
  70
  71   public String getGroupName()
  72   {
  73     return groupName;
  74   }
  75
  76   public void setGroupName(String groupName)
  77   {
  78     this.groupName = groupName;
  79   }
  80
  81   public String getDescription()
  82   {
  83     return description;
  84   }
  85
  86   public void setDescription(String description)
  87   {
  88     this.description = description;
  89   }
  90
  91   public boolean isDisplayBoxes()
  92   {
  93     return displayBoxes;
  94   }
  95
  96   public void setDisplayBoxes(boolean displayBoxes)
  97   {
  98     this.displayBoxes = displayBoxes;
  99   }
 100
 101   public boolean isDisplayText()
 102   {
 103     return displayText;
 104   }
 105
 106   public void setDisplayText(boolean displayText)
 107   {
 108     this.displayText = displayText;
 109   }
 110
 111   public boolean isColourText()
 112   {
 113     return colourText;
 114   }
 115
 116   public void setColourText(boolean colourText)
 117   {
 118     this.colourText = colourText;
 119   }
 120
 121   public boolean isShowNonconserved()
 122   {
 123     return showNonconserved;
 124   }
 125
 126   public void setShowNonconserved(boolean showNonconserved)
 127   {
 128     this.showNonconserved = showNonconserved;
 129   }
 130
 131   public int getStartRes()
 132   {
 133     return startRes;
 134   }
 135
 136   public void setStartRes(int startRes)
 137   {
 138     this.startRes = startRes;
 139   }
 140
 141   public int getEndRes()
 142   {
 143     return endRes;
 144   }
 145
 146   public void setEndRes(int endRes)
 147   {
 148     this.endRes = endRes;
 149   }
 150
 151   public ArrayList<String> getSequenceRefs()
 152   {
 153     return sequenceRefs;
 154   }
 155
 156   public void setSequenceRefs(ArrayList<String> sequenceRefs)
 157   {
 158     this.sequenceRefs = sequenceRefs;
 159   }
 160
 161 }