src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.renderer;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.analysis.CodingUtils;
  25 import jalview.analysis.Rna;
  26 import jalview.analysis.StructureFrequency;
  27 import jalview.api.AlignViewportI;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  29 import jalview.datamodel.Annotation;
  30 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  31 import jalview.datamodel.ProfilesI;
  32 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  33 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  34 import jalview.util.Platform;
  35
  36 import java.awt.BasicStroke;
  37 import java.awt.Color;
  38 import java.awt.Font;
  39 import java.awt.FontMetrics;
  40 import java.awt.Graphics;
  41 import java.awt.Graphics2D;
  42 import java.awt.Image;
  43 import java.awt.font.LineMetrics;
  44 import java.awt.geom.AffineTransform;
  45 import java.awt.image.ImageObserver;
  46 import java.util.BitSet;
  47 import java.util.Hashtable;
  48
  49 public class AnnotationRenderer
  50 {
  51   private static final int UPPER_TO_LOWER = 'a' - 'A'; // 32
  52
  53   private static final int CHAR_A = 'A'; // 65
  54
  55   private static final int CHAR_Z = 'Z'; // 90
  56
  57   /**
  58    * flag indicating if timing and redraw parameter info should be output
  59    */
  60   private final boolean debugRedraw;
  61
  62   private int charWidth, endRes, charHeight;
  63
  64   private boolean validCharWidth, hasHiddenColumns;
  65
  66   private FontMetrics fm;
  67
  68   private final boolean MAC = Platform.isAMac();
  69
  70   boolean av_renderHistogram = true, av_renderProfile = true,
  71           av_normaliseProfile = false;
  72
  73   ColourSchemeI profcolour = null;
  74
  75   private ColumnSelection columnSelection;
  76
  77   private ProfilesI hconsensus;
  78
  79   private Hashtable[] complementConsensus;
  80
  81   private Hashtable[] hStrucConsensus;
  82
  83   private boolean av_ignoreGapsConsensus;
  84
  85   /**
  86    * attributes set from AwtRenderPanelI
  87    */
  88   /**
  89    * old image used when data is currently being calculated and cannot be
  90    * rendered
  91    */
  92   private Image fadedImage;
  93
  94   /**
  95    * panel being rendered into
  96    */
  97   private ImageObserver annotationPanel;
  98
  99   /**
 100    * width of image to render in panel
 101    */
 102   private int imgWidth;
 103
 104   /**
 105    * offset to beginning of visible area
 106    */
 107   private int sOffset;
 108
 109   /**
 110    * offset to end of visible area
 111    */
 112   private int visHeight;
 113
 114   /**
 115    * indicate if the renderer should only render the visible portion of the
 116    * annotation given the current view settings
 117    */
 118   private boolean useClip = true;
 119
 120   /**
 121    * master flag indicating if renderer should ever try to clip. not enabled for
 122    * jalview 2.8.1
 123    */
 124   private boolean canClip = false;
 125
 126   public AnnotationRenderer()
 127   {
 128     this(false);
 129   }
 130
 131   /**
 132    * Create a new annotation Renderer
 133    *
 134    * @param debugRedraw
 135    *          flag indicating if timing and redraw parameter info should be
 136    *          output
 137    */
 138   public AnnotationRenderer(boolean debugRedraw)
 139   {
 140     this.debugRedraw = debugRedraw;
 141   }
 142
 143   /**
 144    * Remove any references and resources when this object is no longer required
 145    */
 146   public void dispose()
 147   {
 148     hconsensus = null;
 149     complementConsensus = null;
 150     hStrucConsensus = null;
 151     fadedImage = null;
 152     annotationPanel = null;
 153   }
 154
 155   void drawStemAnnot(Graphics g, Annotation[] row_annotations, int lastSSX,
 156           int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
 157           boolean validRes, boolean validEnd)
 158   {
 159     g.setColor(STEM_COLOUR);
 160     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
 161     int x1 = lastSSX;
 162     int x2 = (x * charWidth);
 163
 164     char dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ' '
 165             : row_annotations[column - 1].secondaryStructure;
 166
 167     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
 168             || dc != row_annotations[sCol - 1].secondaryStructure;
 169     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
 170             || row_annotations[column] == null
 171             || dc != row_annotations[column].secondaryStructure;
 172
 173     if (column > 0 && Rna.isClosingParenthesis(dc))
 174     {
 175       if (diffupstream)
 176       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 177       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 178       {
 179         /*
 180          * if new annotation with a closing base pair half of the stem,
 181          * display a backward arrow
 182          */
 183         g.fillPolygon(new int[] { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX },
 184                 new int[] { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,
 185                     y + 8 + iconOffset }, 3);
 186         x1 += 5;
 187       }
 188       if (diffdownstream)
 189       {
 190         x2 -= 1;
 191       }
 192     }
 193     else
 194     {
 195       // display a forward arrow
 196       if (diffdownstream)
 197       {
 198         /*
 199          * if annotation ending with an opeing base pair half of the stem,
 200          * display a forward arrow
 201          */
 202         g.fillPolygon(new int[] { x2 - 5, x2 - 5, x2 }, new int[] {
 203             y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset }, 3);
 204         x2 -= 5;
 205       }
 206       if (diffupstream)
 207       {
 208         x1 += 1;
 209       }
 210     }
 211     // draw arrow body
 212     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 213   }
 214
 215   void drawNotCanonicalAnnot(Graphics g, Color nonCanColor,
 216           Annotation[] row_annotations, int lastSSX, int x, int y,
 217           int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
 218           boolean validEnd)
 219   {
 220     // System.out.println(nonCanColor);
 221
 222     g.setColor(nonCanColor);
 223     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
 224     int x1 = lastSSX;
 225     int x2 = (x * charWidth);
 226
 227     String dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ""
 228             : row_annotations[column - 1].displayCharacter;
 229
 230     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
 231             || !dc.equals(row_annotations[sCol - 1].displayCharacter);
 232     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
 233             || row_annotations[column] == null
 234             || !dc.equals(row_annotations[column].displayCharacter);
 235     // System.out.println("Column "+column+" diff up: "+diffupstream+" down:"+diffdownstream);
 236     // If a closing base pair half of the stem, display a backward arrow
 237     if (column > 0 && Rna.isClosingParenthesis(dc))
 238     {
 239
 240       if (diffupstream)
 241       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 242       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 243       {
 244         g.fillPolygon(new int[] { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX },
 245                 new int[] { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,
 246                     y + 8 + iconOffset }, 3);
 247         x1 += 5;
 248       }
 249       if (diffdownstream)
 250       {
 251         x2 -= 1;
 252       }
 253     }
 254     else
 255     {
 256
 257       // display a forward arrow
 258       if (diffdownstream)
 259       {
 260         g.fillPolygon(new int[] { x2 - 5, x2 - 5, x2 }, new int[] {
 261             y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset }, 3);
 262         x2 -= 5;
 263       }
 264       if (diffupstream)
 265       {
 266         x1 += 1;
 267       }
 268     }
 269     // draw arrow body
 270     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 271   }
 272
 273   // public void updateFromAnnotationPanel(FontMetrics annotFM, AlignViewportI
 274   // av)
 275   public void updateFromAwtRenderPanel(AwtRenderPanelI annotPanel,
 276           AlignViewportI av)
 277   {
 278     fm = annotPanel.getFontMetrics();
 279     annotationPanel = annotPanel;
 280     fadedImage = annotPanel.getFadedImage();
 281     imgWidth = annotPanel.getFadedImageWidth();
 282     // visible area for rendering
 283     int[] bounds = annotPanel.getVisibleVRange();
 284     if (bounds != null)
 285     {
 286       sOffset = bounds[0];
 287       visHeight = bounds[1];
 288       if (visHeight == 0)
 289       {
 290         useClip = false;
 291       }
 292       else
 293       {
 294         useClip = canClip;
 295       }
 296     }
 297     else
 298     {
 299       useClip = false;
 300     }
 301
 302     updateFromAlignViewport(av);
 303   }
 304
 305   public void updateFromAlignViewport(AlignViewportI av)
 306   {
 307     charWidth = av.getCharWidth();
 308     endRes = av.getEndRes();
 309     charHeight = av.getCharHeight();
 310     hasHiddenColumns = av.hasHiddenColumns();
 311     validCharWidth = av.isValidCharWidth();
 312     av_renderHistogram = av.isShowConsensusHistogram();
 313     av_renderProfile = av.isShowSequenceLogo();
 314     av_normaliseProfile = av.isNormaliseSequenceLogo();
 315     profcolour = av.getGlobalColourScheme();
 316     if (profcolour == null)
 317     {
 318       // Set the default colour for sequence logo if the alignnent has no
 319       // colourscheme set
 320       profcolour = av.getAlignment().isNucleotide() ? new jalview.schemes.NucleotideColourScheme()
 321               : new jalview.schemes.ZappoColourScheme();
 322     }
 323     columnSelection = av.getColumnSelection();
 324     hconsensus = av.getSequenceConsensusHash();
 325     complementConsensus = av.getComplementConsensusHash();
 326     hStrucConsensus = av.getRnaStructureConsensusHash();
 327     av_ignoreGapsConsensus = av.isIgnoreGapsConsensus();
 328   }
 329
 330   /**
 331    * Returns profile data; the first element is the profile type, the second is
 332    * the number of distinct values, the third the total count, and the remainder
 333    * depend on the profile type.
 334    *
 335    * @param aa
 336    * @param column
 337    * @return
 338    */
 339   int[] getProfileFor(AlignmentAnnotation aa, int column)
 340   {
 341     // TODO : consider refactoring the global alignment calculation
 342     // properties/rendering attributes as a global 'alignment group' which holds
 343     // all vis settings for the alignment as a whole rather than a subset
 344     //
 345     if (aa.autoCalculated
 346             && (aa.label.startsWith("Consensus") || aa.label
 347                     .startsWith("cDNA Consensus")))
 348     {
 349       boolean forComplement = aa.label.startsWith("cDNA Consensus");
 350       if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null
 351               && aa.groupRef.isShowSequenceLogo())
 352       {
 353         // TODO? group consensus for cDNA complement
 354         return AAFrequency.extractProfile(
 355                 aa.groupRef.consensusData.get(column),
 356                 aa.groupRef.getIgnoreGapsConsensus());
 357       }
 358       // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data to
 359       // be stored
 360       if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null)
 361       {
 362         if (forComplement)
 363         {
 364           return AAFrequency.extractCdnaProfile(
 365                   complementConsensus[column], av_ignoreGapsConsensus);
 366         }
 367         else
 368         {
 369           return AAFrequency.extractProfile(hconsensus.get(column),
 370                   av_ignoreGapsConsensus);
 371         }
 372       }
 373     }
 374     else
 375     {
 376       if (aa.autoCalculated && aa.label.startsWith("StrucConsensus"))
 377       {
 378         // TODO implement group structure consensus
 379         /*
 380          * if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null &&
 381          * aa.groupRef.isShowSequenceLogo()) { //TODO check what happens for
 382          * group selections return StructureFrequency.extractProfile(
 383          * aa.groupRef.consensusData[column], aa.groupRef
 384          * .getIgnoreGapsConsensus()); }
 385          */
 386         // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data
 387         // to
 388         // be stored
 389         if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null
 390                 && hStrucConsensus != null
 391                 && hStrucConsensus.length > column)
 392         {
 393           return StructureFrequency.extractProfile(hStrucConsensus[column],
 394                   av_ignoreGapsConsensus);
 395         }
 396       }
 397     }
 398     return null;
 399   }
 400
 401   boolean rna = false;
 402
 403   /**
 404    * Render the annotation rows associated with an alignment.
 405    *
 406    * @param annotPanel
 407    *          container frame
 408    * @param av
 409    *          data and view settings to render
 410    * @param g
 411    *          destination for graphics
 412    * @param activeRow
 413    *          row where a mouse event occured (or -1)
 414    * @param startRes
 415    *          first column that will be drawn
 416    * @param endRes
 417    *          last column that will be drawn
 418    * @return true if the fadedImage was used for any alignment annotation rows
 419    *         currently being calculated
 420    */
 421   public boolean drawComponent(AwtRenderPanelI annotPanel,
 422           AlignViewportI av, Graphics g, int activeRow, int startRes,
 423           int endRes)
 424   {
 425     long stime = System.currentTimeMillis();
 426     boolean usedFaded = false;
 427     // NOTES:
 428     // AnnotationPanel needs to implement: ImageObserver, access to
 429     // AlignViewport
 430     updateFromAwtRenderPanel(annotPanel, av);
 431     fm = g.getFontMetrics();
 432     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 433     int temp = 0;
 434     if (aa == null)
 435     {
 436       return false;
 437     }
 438     int x = 0, y = 0;
 439     int column = 0;
 440     char lastSS;
 441     int lastSSX;
 442     int iconOffset = 0;
 443     boolean validRes = false;
 444     boolean validEnd = false;
 445     boolean labelAllCols = false;
 446     boolean centreColLabels;
 447     boolean centreColLabelsDef = av.isCentreColumnLabels();
 448     boolean scaleColLabel = false;
 449     final AlignmentAnnotation consensusAnnot = av
 450             .getAlignmentConsensusAnnotation();
 451     final AlignmentAnnotation structConsensusAnnot = av
 452             .getAlignmentStrucConsensusAnnotation();
 453     final AlignmentAnnotation complementConsensusAnnot = av
 454             .getComplementConsensusAnnotation();
 455     boolean renderHistogram = true, renderProfile = true, normaliseProfile = false, isRNA = rna;
 456
 457     BitSet graphGroupDrawn = new BitSet();
 458     int charOffset = 0; // offset for a label
 459     float fmWidth, fmScaling = 1f; // scaling for a label to fit it into a
 460     // column.
 461     Font ofont = g.getFont();
 462     // \u03B2 \u03B1
 463     // debug ints
 464     int yfrom = 0, f_i = 0, yto = 0, f_to = 0;
 465     boolean clipst = false, clipend = false;
 466     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 467     {
 468       AlignmentAnnotation row = aa[i];
 469       isRNA = row.isRNA();
 470       {
 471         // check if this is a consensus annotation row and set the display
 472         // settings appropriately
 473         // TODO: generalise this to have render styles for consensus/profile
 474         // data
 475         if (row.groupRef != null && row == row.groupRef.getConsensus())
 476         {
 477           renderHistogram = row.groupRef.isShowConsensusHistogram();
 478           renderProfile = row.groupRef.isShowSequenceLogo();
 479           normaliseProfile = row.groupRef.isNormaliseSequenceLogo();
 480         }
 481         else if (row == consensusAnnot || row == structConsensusAnnot
 482                 || row == complementConsensusAnnot)
 483         {
 484           renderHistogram = av_renderHistogram;
 485           renderProfile = av_renderProfile;
 486           normaliseProfile = av_normaliseProfile;
 487         }
 488         else
 489         {
 490           renderHistogram = true;
 491           // don't need to set render/normaliseProfile since they are not
 492           // currently used in any other annotation track renderer
 493         }
 494       }
 495       Annotation[] row_annotations = row.annotations;
 496       if (!row.visible)
 497       {
 498         continue;
 499       }
 500       centreColLabels = row.centreColLabels || centreColLabelsDef;
 501       labelAllCols = row.showAllColLabels;
 502       scaleColLabel = row.scaleColLabel;
 503       lastSS = ' ';
 504       lastSSX = 0;
 505
 506       if (!useClip
 507               || ((y - charHeight) < visHeight && (y + row.height + charHeight * 2) >= sOffset))
 508       {// if_in_visible_region
 509         if (!clipst)
 510         {
 511           clipst = true;
 512           yfrom = y;
 513           f_i = i;
 514         }
 515         yto = y;
 516         f_to = i;
 517         if (row.graph > 0)
 518         {
 519           if (row.graphGroup > -1 && graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
 520           {
 521             continue;
 522           }
 523
 524           // this is so that we draw the characters below the graph
 525           y += row.height;
 526
 527           if (row.hasText)
 528           {
 529             iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 530             y -= charHeight;
 531           }
 532         }
 533         else if (row.hasText)
 534         {
 535           iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 536
 537         }
 538         else
 539         {
 540           iconOffset = 0;
 541         }
 542
 543         if (row.autoCalculated && av.isCalculationInProgress(row))
 544         {
 545           y += charHeight;
 546           usedFaded = true;
 547           g.drawImage(fadedImage, 0, y - row.height, imgWidth, y, 0, y
 548                   - row.height, imgWidth, y, annotationPanel);
 549           g.setColor(Color.black);
 550           // g.drawString("Calculating "+aa[i].label+"....",20, y-row.height/2);
 551
 552           continue;
 553         }
 554
 555         /*
 556          * else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 557          * aa[i].label.equals("Conservation")) {
 558          *
 559          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 560          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 561          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 562          *
 563          * g.setColor(Color.black); //
 564          * g.drawString("Calculating Conservation.....",20, y-row.height/2);
 565          *
 566          * continue; } else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 567          * aa[i].label.equals("Quality")) {
 568          *
 569          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 570          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 571          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 572          * g.setColor(Color.black); // /
 573          * g.drawString("Calculating Quality....",20, y-row.height/2);
 574          *
 575          * continue; }
 576          */
 577         // first pass sets up state for drawing continuation from left-hand
 578         // column
 579         // of startRes
 580         x = (startRes == 0) ? 0 : -1;
 581         while (x < endRes - startRes)
 582         {
 583           if (hasHiddenColumns)
 584           {
 585             column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(startRes + x);
 586             if (column > row_annotations.length - 1)
 587             {
 588               break;
 589             }
 590           }
 591           else
 592           {
 593             column = startRes + x;
 594           }
 595
 596           if ((row_annotations == null)
 597                   || (row_annotations.length <= column)
 598                   || (row_annotations[column] == null))
 599           {
 600             validRes = false;
 601           }
 602           else
 603           {
 604             validRes = true;
 605           }
 606           final String displayChar = validRes ? row_annotations[column].displayCharacter
 607                   : null;
 608           if (x > -1)
 609           {
 610             if (activeRow == i)
 611             {
 612               g.setColor(Color.red);
 613
 614               if (columnSelection != null)
 615               {
 616                 if (columnSelection.contains(column))
 617                 {
 618                   g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 619                 }
 620               }
 621             }
 622             if (row.getInvalidStrucPos() > x)
 623             {
 624               g.setColor(Color.orange);
 625               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 626             }
 627             else if (row.getInvalidStrucPos() == x)
 628             {
 629               g.setColor(Color.orange.darker());
 630               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 631             }
 632             if (validCharWidth && validRes && displayChar != null
 633                     && (displayChar.length() > 0))
 634             {
 635
 636               fmWidth = fm.charsWidth(displayChar.toCharArray(), 0,
 637                       displayChar.length());
 638               if (/* centreColLabels || */scaleColLabel)
 639               {
 640                 // fmWidth = fm.charsWidth(displayChar.toCharArray(), 0,
 641                 // displayChar.length());
 642                 //
 643                 // if (scaleColLabel)
 644                 // {
 645                 // justify the label and scale to fit in column
 646                 if (fmWidth > charWidth)
 647                 {
 648                   // scale only if the current font isn't already small enough
 649                   fmScaling = charWidth;
 650                   fmScaling /= fmWidth;
 651                   g.setFont(ofont.deriveFont(AffineTransform
 652                           .getScaleInstance(fmScaling, 1.0)));
 653                   // and update the label's width to reflect the scaling.
 654                   fmWidth = charWidth;
 655                 }
 656                 // }
 657               }
 658               // TODO is it ok to use width of / show all characters here?
 659               // else
 660               // {
 661               // fmWidth = fm.charWidth(displayChar.charAt(0));
 662               // }
 663               charOffset = (int) ((charWidth - fmWidth) / 2f);
 664
 665               if (row_annotations[column].colour == null)
 666               {
 667                 g.setColor(Color.black);
 668               }
 669               else
 670               {
 671                 g.setColor(row_annotations[column].colour);
 672               }
 673
 674               if (column == 0 || row.graph > 0)
 675               {
 676                 g.drawString(displayChar, (x * charWidth) + charOffset, y
 677                         + iconOffset);
 678               }
 679               else if (row_annotations[column - 1] == null
 680                       || (labelAllCols
 681                               || !displayChar
 682                                       .equals(row_annotations[column - 1].displayCharacter) || (displayChar
 683                               .length() < 2 && row_annotations[column].secondaryStructure == ' ')))
 684               {
 685                 g.drawString(displayChar, x * charWidth + charOffset, y
 686                         + iconOffset);
 687               }
 688               g.setFont(ofont);
 689             }
 690           }
 691           if (row.hasIcons)
 692           {
 693             char ss = validRes ? row_annotations[column].secondaryStructure
 694                     : '-';
 695
 696             if (ss == '(')
 697             {
 698               // distinguish between forward/backward base-pairing
 699               if (displayChar.indexOf(')') > -1)
 700               {
 701
 702                 ss = ')';
 703
 704               }
 705             }
 706             if (ss == '[')
 707             {
 708               if ((displayChar.indexOf(']') > -1))
 709               {
 710                 ss = ']';
 711
 712               }
 713             }
 714             if (ss == '{')
 715             {
 716               // distinguish between forward/backward base-pairing
 717               if (displayChar.indexOf('}') > -1)
 718               {
 719                 ss = '}';
 720
 721               }
 722             }
 723             if (ss == '<')
 724             {
 725               // distinguish between forward/backward base-pairing
 726               if (displayChar.indexOf('<') > -1)
 727               {
 728                 ss = '>';
 729
 730               }
 731             }
 732             if (isRNA && (ss >= CHAR_A) && (ss <= CHAR_Z))
 733             {
 734               // distinguish between forward/backward base-pairing
 735               int ssLowerCase = ss + UPPER_TO_LOWER;
 736               // TODO would .equals() be safer here? or charAt(0)?
 737               if (displayChar.indexOf(ssLowerCase) > -1)
 738               {
 739                 ss = (char) ssLowerCase;
 740               }
 741             }
 742
 743             if (!validRes || (ss != lastSS))
 744             {
 745
 746               if (x > -1)
 747               {
 748
 749                 int nb_annot = x - temp;
 750                 // System.out.println("\t type :"+lastSS+"\t x :"+x+"\t nbre annot :"+nb_annot);
 751                 switch (lastSS)
 752                 {
 753                 case '(': // Stem case for RNA secondary structure
 754                 case ')': // and opposite direction
 755                   drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 756                           iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 757                   temp = x;
 758                   break;
 759
 760                 case 'H':
 761                   if (!isRNA)
 762                   {
 763                     drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 764                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 765                             validEnd);
 766                     break;
 767                   }
 768                   // no break if isRNA - falls through to drawNotCanonicalAnnot!
 769                 case 'E':
 770                   if (!isRNA)
 771                   {
 772                     drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 773                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 774                             validEnd);
 775                     break;
 776                   }
 777                   // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 778
 779                 case '{':
 780                 case '}':
 781                 case '[':
 782                 case ']':
 783                 case '>':
 784                 case '<':
 785                 case 'A':
 786                 case 'a':
 787                 case 'B':
 788                 case 'b':
 789                 case 'C':
 790                 case 'c':
 791                 case 'D':
 792                 case 'd':
 793                 case 'e':
 794                 case 'F':
 795                 case 'f':
 796                 case 'G':
 797                 case 'g':
 798                 case 'h':
 799                 case 'I':
 800                 case 'i':
 801                 case 'J':
 802                 case 'j':
 803                 case 'K':
 804                 case 'k':
 805                 case 'L':
 806                 case 'l':
 807                 case 'M':
 808                 case 'm':
 809                 case 'N':
 810                 case 'n':
 811                 case 'O':
 812                 case 'o':
 813                 case 'P':
 814                 case 'p':
 815                 case 'Q':
 816                 case 'q':
 817                 case 'R':
 818                 case 'r':
 819                 case 'S':
 820                 case 's':
 821                 case 'T':
 822                 case 't':
 823                 case 'U':
 824                 case 'u':
 825                 case 'V':
 826                 case 'v':
 827                 case 'W':
 828                 case 'w':
 829                 case 'X':
 830                 case 'x':
 831                 case 'Y':
 832                 case 'y':
 833                 case 'Z':
 834                 case 'z':
 835
 836                   Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
 837                   drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations,
 838                           lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column,
 839                           validRes, validEnd);
 840                   temp = x;
 841                   break;
 842                 default:
 843                   g.setColor(Color.gray);
 844                   g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * charWidth)
 845                           - lastSSX, 2);
 846                   temp = x;
 847                   break;
 848                 }
 849               }
 850               if (validRes)
 851               {
 852                 lastSS = ss;
 853               }
 854               else
 855               {
 856                 lastSS = ' ';
 857               }
 858               if (x > -1)
 859               {
 860                 lastSSX = (x * charWidth);
 861               }
 862             }
 863           }
 864           column++;
 865           x++;
 866         }
 867         if (column >= row_annotations.length)
 868         {
 869           column = row_annotations.length - 1;
 870           validEnd = false;
 871         }
 872         else
 873         {
 874           validEnd = true;
 875         }
 876         if ((row_annotations == null) || (row_annotations.length <= column)
 877                 || (row_annotations[column] == null))
 878         {
 879           validRes = false;
 880         }
 881         else
 882         {
 883           validRes = true;
 884         }
 885         // x ++;
 886
 887         if (row.hasIcons)
 888         {
 889           switch (lastSS)
 890           {
 891
 892           case 'H':
 893             if (!isRNA)
 894             {
 895               drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 896                       startRes, column, validRes, validEnd);
 897               break;
 898             }
 899             // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 900
 901           case 'E':
 902             if (!isRNA)
 903             {
 904               drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 905                       startRes, column, validRes, validEnd);
 906               break;
 907             }
 908             // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 909
 910           case '(':
 911           case ')': // Stem case for RNA secondary structure
 912
 913             drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 914                     startRes, column, validRes, validEnd);
 915
 916             break;
 917           case '{':
 918           case '}':
 919           case '[':
 920           case ']':
 921           case '>':
 922           case '<':
 923           case 'A':
 924           case 'a':
 925           case 'B':
 926           case 'b':
 927           case 'C':
 928           case 'c':
 929           case 'D':
 930           case 'd':
 931           case 'e':
 932           case 'F':
 933           case 'f':
 934           case 'G':
 935           case 'g':
 936           case 'h':
 937           case 'I':
 938           case 'i':
 939           case 'J':
 940           case 'j':
 941           case 'K':
 942           case 'k':
 943           case 'L':
 944           case 'l':
 945           case 'M':
 946           case 'm':
 947           case 'N':
 948           case 'n':
 949           case 'O':
 950           case 'o':
 951           case 'P':
 952           case 'p':
 953           case 'Q':
 954           case 'q':
 955           case 'R':
 956           case 'r':
 957           case 'T':
 958           case 't':
 959           case 'U':
 960           case 'u':
 961           case 'V':
 962           case 'v':
 963           case 'W':
 964           case 'w':
 965           case 'X':
 966           case 'x':
 967           case 'Y':
 968           case 'y':
 969           case 'Z':
 970           case 'z':
 971             // System.out.println(lastSS);
 972             Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
 973             drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations, lastSSX,
 974                     x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 975             break;
 976           default:
 977             drawGlyphLine(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 978                     startRes, column, validRes, validEnd);
 979             break;
 980           }
 981         }
 982
 983         if (row.graph > 0 && row.graphHeight > 0)
 984         {
 985           if (row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH)
 986           {
 987             if (row.graphGroup > -1 && !graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
 988             {
 989               // TODO: JAL-1291 revise rendering model so the graphGroup map is
 990               // computed efficiently for all visible labels
 991               float groupmax = -999999, groupmin = 9999999;
 992               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
 993               {
 994                 if (aa[gg].graphGroup != row.graphGroup)
 995                 {
 996                   continue;
 997                 }
 998
 999                 if (aa[gg] != row)
1000                 {
1001                   aa[gg].visible = false;
1002                 }
1003                 if (aa[gg].graphMax > groupmax)
1004                 {
1005                   groupmax = aa[gg].graphMax;
1006                 }
1007                 if (aa[gg].graphMin < groupmin)
1008                 {
1009                   groupmin = aa[gg].graphMin;
1010                 }
1011               }
1012
1013               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1014               {
1015                 if (aa[gg].graphGroup == row.graphGroup)
1016                 {
1017                   drawLineGraph(g, aa[gg], aa[gg].annotations, startRes,
1018                           endRes, y, groupmin, groupmax, row.graphHeight);
1019                 }
1020               }
1021
1022               graphGroupDrawn.set(row.graphGroup);
1023             }
1024             else
1025             {
1026               drawLineGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes, y,
1027                       row.graphMin, row.graphMax, row.graphHeight);
1028             }
1029           }
1030           else if (row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH)
1031           {
1032             if (row.autoCalculated && row.label != null
1033                     && row.label.startsWith("Consen"))
1034             {
1035               drawProfileDensity(g, row, row_annotations, startRes, endRes,
1036                       row.graphMin, row.graphMax, y);
1037             }
1038             else
1039             {
1040             drawBarGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes,
1041                     row.graphMin, row.graphMax, y, renderHistogram,
1042                     renderProfile, normaliseProfile);
1043             }
1044           }
1045         }
1046       }
1047       else
1048       {
1049         if (clipst && !clipend)
1050         {
1051           clipend = true;
1052         }
1053       }// end if_in_visible_region
1054       if (row.graph > 0 && row.hasText)
1055       {
1056         y += charHeight;
1057       }
1058
1059       if (row.graph == 0)
1060       {
1061         y += aa[i].height;
1062       }
1063     }
1064     if (debugRedraw)
1065     {
1066       if (canClip)
1067       {
1068         if (clipst)
1069         {
1070           System.err.println("Start clip at : " + yfrom + " (index " + f_i
1071                   + ")");
1072         }
1073         if (clipend)
1074         {
1075           System.err.println("End clip at : " + yto + " (index " + f_to
1076                   + ")");
1077         }
1078       }
1079       ;
1080       System.err.println("Annotation Rendering time:"
1081               + (System.currentTimeMillis() - stime));
1082     }
1083     ;
1084
1085     return !usedFaded;
1086   }
1087
1088   public static final Color GLYPHLINE_COLOR = Color.gray;
1089
1090   public static final Color SHEET_COLOUR = Color.green;
1091
1092   public static final Color HELIX_COLOUR = Color.red;
1093
1094   public static final Color STEM_COLOUR = Color.blue;
1095
1096   private Color sdNOTCANONICAL_COLOUR;
1097
1098   void drawGlyphLine(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX, int x,
1099           int y, int iconOffset, int startRes, int column,
1100           boolean validRes, boolean validEnd)
1101   {
1102     g.setColor(GLYPHLINE_COLOR);
1103     g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * charWidth) - lastSSX, 2);
1104   }
1105
1106   void drawSheetAnnot(Graphics g, Annotation[] row,
1107
1108   int lastSSX, int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
1109           boolean validRes, boolean validEnd)
1110   {
1111     g.setColor(SHEET_COLOUR);
1112
1113     if (!validEnd || !validRes || row == null || row[column] == null
1114             || row[column].secondaryStructure != 'E')
1115     {
1116       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,
1117               (x * charWidth) - lastSSX - 4, 7);
1118       g.fillPolygon(new int[] { (x * charWidth) - 4, (x * charWidth) - 4,
1119           (x * charWidth) }, new int[] { y + iconOffset,
1120           y + 14 + iconOffset, y + 7 + iconOffset }, 3);
1121     }
1122     else
1123     {
1124       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,
1125               (x + 1) * charWidth - lastSSX, 7);
1126     }
1127
1128   }
1129
1130   void drawHelixAnnot(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX, int x,
1131           int y, int iconOffset, int startRes, int column,
1132           boolean validRes, boolean validEnd)
1133   {
1134     g.setColor(HELIX_COLOUR);
1135
1136     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
1137     int x1 = lastSSX;
1138     int x2 = (x * charWidth);
1139
1140     if (MAC)
1141     {
1142       int ofs = charWidth / 2;
1143       // Off by 1 offset when drawing rects and ovals
1144       // to offscreen image on the MAC
1145       g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8, 8, 8);
1146       if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1147               || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1148       {
1149       }
1150       else
1151       {
1152         // g.setColor(Color.orange);
1153         g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1 - ofs + 1, 8,
1154                 0, 0);
1155       }
1156       if (!validRes || row[column] == null
1157               || row[column].secondaryStructure != 'H')
1158       {
1159
1160       }
1161       else
1162       {
1163         // g.setColor(Color.magenta);
1164         g.fillRoundRect(lastSSX + ofs, y + 4 + iconOffset, x2 - x1 - ofs
1165                 + 1, 8, 0, 0);
1166
1167       }
1168
1169       return;
1170     }
1171
1172     if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1173             || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1174     {
1175       g.fillArc(lastSSX, y + 4 + iconOffset, charWidth, 8, 90, 180);
1176       x1 += charWidth / 2;
1177     }
1178
1179     if (!validRes || row[column] == null
1180             || row[column].secondaryStructure != 'H')
1181     {
1182       g.fillArc((x * charWidth) - charWidth, y + 4 + iconOffset, charWidth,
1183               8, 270, 180);
1184       x2 -= charWidth / 2;
1185     }
1186
1187     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8);
1188   }
1189
1190   void drawLineGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1191           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, int y,
1192           float min, float max, int graphHeight)
1193   {
1194     if (sRes > aa_annotations.length)
1195     {
1196       return;
1197     }
1198
1199     int x = 0;
1200
1201     // Adjustment for fastpaint to left
1202     if (eRes < endRes)
1203     {
1204       eRes++;
1205     }
1206
1207     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1208
1209     if (sRes == 0)
1210     {
1211       x++;
1212     }
1213
1214     int y1 = y, y2 = y;
1215     float range = max - min;
1216
1217     // //Draw origin
1218     if (min < 0)
1219     {
1220       y2 = y - (int) ((0 - min / range) * graphHeight);
1221     }
1222
1223     g.setColor(Color.gray);
1224     g.drawLine(x - charWidth, y2, (eRes - sRes + 1) * charWidth, y2);
1225
1226     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1227
1228     int column;
1229     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1230
1231     while (x < eRes - sRes)
1232     {
1233       column = sRes + x;
1234       if (hasHiddenColumns)
1235       {
1236         column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(column);
1237       }
1238
1239       if (column > aaMax)
1240       {
1241         break;
1242       }
1243
1244       if (aa_annotations[column] == null
1245               || aa_annotations[column - 1] == null)
1246       {
1247         x++;
1248         continue;
1249       }
1250
1251       if (aa_annotations[column].colour == null)
1252       {
1253         g.setColor(Color.black);
1254       }
1255       else
1256       {
1257         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1258       }
1259
1260       y1 = y
1261               - (int) (((aa_annotations[column - 1].value - min) / range) * graphHeight);
1262       y2 = y
1263               - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / range) * graphHeight);
1264
1265       g.drawLine(x * charWidth - charWidth / 2, y1, x * charWidth
1266               + charWidth / 2, y2);
1267       x++;
1268     }
1269
1270     if (_aa.threshold != null)
1271     {
1272       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1273       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1274       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1275               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[] { 5f, 3f }, 0f));
1276
1277       y2 = (int) (y - ((_aa.threshold.value - min) / range) * graphHeight);
1278       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1279       g2.setStroke(new BasicStroke());
1280     }
1281   }
1282
1283   void drawBarGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1284           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, float min,
1285           float max, int y, boolean renderHistogram, boolean renderProfile,
1286           boolean normaliseProfile)
1287   {
1288     if (sRes > aa_annotations.length)
1289     {
1290       return;
1291     }
1292     Font ofont = g.getFont();
1293     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1294
1295     int x = 0, y1 = y, y2 = y;
1296
1297     float range = max - min;
1298
1299     if (min < 0)
1300     {
1301       y2 = y - (int) ((0 - min / (range)) * _aa.graphHeight);
1302     }
1303
1304     g.setColor(Color.gray);
1305
1306     g.drawLine(x, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1307
1308     int column;
1309     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1310     while (x < eRes - sRes)
1311     {
1312       column = sRes + x;
1313       if (hasHiddenColumns)
1314       {
1315         column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(column);
1316       }
1317
1318       if (column > aaMax)
1319       {
1320         break;
1321       }
1322
1323       if (aa_annotations[column] == null)
1324       {
1325         x++;
1326         continue;
1327       }
1328       if (aa_annotations[column].colour == null)
1329       {
1330         g.setColor(Color.black);
1331       }
1332       else
1333       {
1334         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1335       }
1336
1337       y1 = y
1338               - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / (range)) * _aa.graphHeight);
1339
1340       if (renderHistogram)
1341       {
1342         if (y1 - y2 > 0)
1343         {
1344           g.fillRect(x * charWidth, y2, charWidth, y1 - y2);
1345         }
1346         else
1347         {
1348           g.fillRect(x * charWidth, y1, charWidth, y2 - y1);
1349         }
1350       }
1351       // draw profile if available
1352       if (renderProfile)
1353       {
1354
1355         /*
1356          * {profile type, #values, total count, char1, pct1, char2, pct2...}
1357          */
1358         int profl[] = getProfileFor(_aa, column);
1359
1360         // just try to draw the logo if profl is not null
1361         if (profl != null && profl[2] != 0)
1362         {
1363           boolean isStructureProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.STRUCTURE_PROFILE;
1364           boolean isCdnaProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.CDNA_PROFILE;
1365           float ht = normaliseProfile ? y - _aa.graphHeight : y1;
1366           double htn = normaliseProfile ? _aa.graphHeight : (y2 - y1);// aa.graphHeight;
1367           double hght;
1368           float wdth;
1369           double ht2 = 0;
1370           char[] dc;
1371
1372           /**
1373            * Render a single base for a sequence profile, a base pair for
1374            * structure profile, and a triplet for a cdna profile
1375            */
1376           dc = new char[isStructureProfile ? 2 : (isCdnaProfile ? 3 : 1)];
1377
1378           LineMetrics lm = g.getFontMetrics(ofont).getLineMetrics("Q", g);
1379           double scale = 1f / (normaliseProfile ? profl[2] : 100f);
1380           float ofontHeight = 1f / lm.getAscent();// magnify to fill box
1381           double scl = 0.0;
1382
1383           /*
1384            * Traverse the character(s)/percentage data in the array
1385            */
1386           int c = 3;
1387           int valuesProcessed = 0;
1388           // profl[1] is the number of values in the profile
1389           while (valuesProcessed < profl[1])
1390           {
1391             if (isStructureProfile)
1392             {
1393               // todo can we encode a structure pair as an int, like codons?
1394               dc[0] = (char) profl[c++];
1395               dc[1] = (char) profl[c++];
1396             }
1397             else if (isCdnaProfile)
1398             {
1399               dc = CodingUtils.decodeCodon(profl[c++]);
1400             }
1401             else
1402             {
1403               dc[0] = (char) profl[c++];
1404             }
1405
1406             wdth = charWidth;
1407             wdth /= fm.charsWidth(dc, 0, dc.length);
1408
1409             ht += scl;
1410             // next profl[] position is profile % for the character(s)
1411             scl = htn * scale * profl[c++];
1412             lm = ofont.getLineMetrics(dc, 0, 1, g.getFontMetrics()
1413                     .getFontRenderContext());
1414             Font font = ofont.deriveFont(AffineTransform.getScaleInstance(
1415                     wdth, scl / lm.getAscent()));
1416             g.setFont(font);
1417             lm = g.getFontMetrics().getLineMetrics(dc, 0, 1, g);
1418
1419             // Debug - render boxes around characters
1420             // g.setColor(Color.red);
1421             // g.drawRect(x*av.charWidth, (int)ht, av.charWidth,
1422             // (int)(scl));
1423             // g.setColor(profcolour.findColour(dc[0]).darker());
1424
1425             /*
1426              * Set character colour as per alignment colour scheme; use the
1427              * codon translation if a cDNA profile
1428              */
1429             Color colour = null;
1430             if (isCdnaProfile)
1431             {
1432               final String codonTranslation = ResidueProperties
1433                       .codonTranslate(new String(dc));
1434               colour = profcolour.findColour(codonTranslation.charAt(0),
1435                       column, null);
1436             }
1437             else
1438             {
1439               colour = profcolour.findColour(dc[0], column, null);
1440             }
1441             g.setColor(colour == Color.white ? Color.lightGray : colour);
1442
1443             hght = (ht + (scl - lm.getDescent() - lm.getBaselineOffsets()[lm
1444                     .getBaselineIndex()]));
1445
1446             g.drawChars(dc, 0, dc.length, x * charWidth, (int) hght);
1447             valuesProcessed++;
1448           }
1449           g.setFont(ofont);
1450         }
1451       }
1452       x++;
1453     }
1454     if (_aa.threshold != null)
1455     {
1456       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1457       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1458       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1459               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[] { 5f, 3f }, 0f));
1460
1461       y2 = (int) (y - ((_aa.threshold.value - min) / range)
1462               * _aa.graphHeight);
1463       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1464       g2.setStroke(new BasicStroke());
1465     }
1466   }
1467
1468   // used by overview window
1469   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1470           Annotation[] aa_annotations, int width, int y, int sRes, int eRes)
1471   {
1472     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1473     g.setColor(Color.white);
1474     g.fillRect(0, 0, width, y);
1475     g.setColor(new Color(0, 0, 180));
1476
1477     int x = 0, height;
1478
1479     for (int j = sRes; j < eRes; j++)
1480     {
1481       if (aa_annotations[j] != null)
1482       {
1483         if (aa_annotations[j].colour == null)
1484         {
1485           g.setColor(Color.black);
1486         }
1487         else
1488         {
1489           g.setColor(aa_annotations[j].colour);
1490         }
1491
1492         height = (int) ((aa_annotations[j].value / _aa.graphMax) * y);
1493         if (height > y)
1494         {
1495           height = y;
1496         }
1497
1498         g.fillRect(x, y - height, charWidth, height);
1499       }
1500       x += charWidth;
1501     }
1502   }
1503
1504   Color getNotCanonicalColor(char lastss)
1505   {
1506     switch (lastss)
1507     {
1508     case '{':
1509     case '}':
1510       return new Color(255, 125, 5);
1511
1512     case '[':
1513     case ']':
1514       return new Color(245, 115, 10);
1515
1516     case '>':
1517     case '<':
1518       return new Color(235, 135, 15);
1519
1520     case 'A':
1521     case 'a':
1522       return new Color(225, 105, 20);
1523
1524     case 'B':
1525     case 'b':
1526       return new Color(215, 145, 30);
1527
1528     case 'C':
1529     case 'c':
1530       return new Color(205, 95, 35);
1531
1532     case 'D':
1533     case 'd':
1534       return new Color(195, 155, 45);
1535
1536     case 'E':
1537     case 'e':
1538       return new Color(185, 85, 55);
1539
1540     case 'F':
1541     case 'f':
1542       return new Color(175, 165, 65);
1543
1544     case 'G':
1545     case 'g':
1546       return new Color(170, 75, 75);
1547
1548     case 'H':
1549     case 'h':
1550       return new Color(160, 175, 85);
1551
1552     case 'I':
1553     case 'i':
1554       return new Color(150, 65, 95);
1555
1556     case 'J':
1557     case 'j':
1558       return new Color(140, 185, 105);
1559
1560     case 'K':
1561     case 'k':
1562       return new Color(130, 55, 110);
1563
1564     case 'L':
1565     case 'l':
1566       return new Color(120, 195, 120);
1567
1568     case 'M':
1569     case 'm':
1570       return new Color(110, 45, 130);
1571
1572     case 'N':
1573     case 'n':
1574       return new Color(100, 205, 140);
1575
1576     case 'O':
1577     case 'o':
1578       return new Color(90, 35, 150);
1579
1580     case 'P':
1581     case 'p':
1582       return new Color(85, 215, 160);
1583
1584     case 'Q':
1585     case 'q':
1586       return new Color(75, 25, 170);
1587
1588     case 'R':
1589     case 'r':
1590       return new Color(65, 225, 180);
1591
1592     case 'S':
1593     case 's':
1594       return new Color(55, 15, 185);
1595
1596     case 'T':
1597     case 't':
1598       return new Color(45, 235, 195);
1599
1600     case 'U':
1601     case 'u':
1602       return new Color(35, 5, 205);
1603
1604     case 'V':
1605     case 'v':
1606       return new Color(25, 245, 215);
1607
1608     case 'W':
1609     case 'w':
1610       return new Color(15, 0, 225);
1611
1612     case 'X':
1613     case 'x':
1614       return new Color(10, 255, 235);
1615
1616     case 'Y':
1617     case 'y':
1618       return new Color(5, 150, 245);
1619
1620     case 'Z':
1621     case 'z':
1622       return new Color(0, 80, 255);
1623
1624     default:
1625       System.out.println("This is not a interaction : " + lastss);
1626       return null;
1627
1628     }
1629   }
1630
1631   void drawProfileDensity(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1632           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, float min,
1633           float max, int y)
1634   {
1635     if (sRes > aa_annotations.length)
1636     {
1637       return;
1638     }
1639     Font ofont = g.getFont();
1640     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1641
1642     int x = 0, y2 = y;
1643
1644
1645
1646     g.setColor(Color.pink);
1647
1648     g.drawLine(x, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1649
1650     int column;
1651     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1652     while (x < eRes - sRes)
1653     {
1654       column = sRes + x;
1655       if (hasHiddenColumns)
1656       {
1657         column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(column);
1658       }
1659
1660       if (column > aaMax)
1661       {
1662         break;
1663       }
1664
1665       if (aa_annotations[column] == null)
1666       {
1667         x++;
1668         continue;
1669       }
1670       if (aa_annotations[column].colour == null)
1671       {
1672         g.setColor(Color.black);
1673       }
1674       else
1675       {
1676         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1677       }
1678
1679
1680       /*
1681        * {profile type, #values, total count, char1, pct1, char2, pct2...}
1682        */
1683       int profl[] = getProfileFor(_aa, column);
1684
1685       // just try to draw the logo if profl is not null
1686       if (profl != null && profl[2] != 0)
1687       {
1688         boolean isStructureProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.STRUCTURE_PROFILE;
1689         boolean isCdnaProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.CDNA_PROFILE;
1690         float ht = y2; // - _aa.graphHeight;
1691         char[] dc;
1692
1693         /**
1694          * Render a single base for a sequence profile, a base pair for
1695          * structure profile, and a triplet for a cdna profile
1696          */
1697         dc = new char[isStructureProfile ? 2 : (isCdnaProfile ? 3 : 1)];
1698
1699         double scale = _aa.graphHeight / (profl[1]);
1700
1701         /*
1702          * Traverse the character(s)/percentage data in the array
1703          */
1704         int c = 3;
1705         int valuesProcessed = 0;
1706         // profl[1] is the number of values in the profile
1707
1708         while (valuesProcessed < profl[1])
1709         {
1710           if (isStructureProfile)
1711           {
1712             // todo can we encode a structure pair as an int, like codons?
1713             dc[0] = (char) profl[c++];
1714             dc[1] = (char) profl[c++];
1715           }
1716           else if (isCdnaProfile)
1717           {
1718             dc = CodingUtils.decodeCodon(profl[c++]);
1719           }
1720           else
1721           {
1722             dc[0] = (char) profl[c++];
1723           }
1724
1725           ht -= scale;
1726           // next profl[] position is profile % for the character(s)
1727           // render boxes
1728           g.setColor(jalview.util.ColorUtils.getGraduatedColour(profl[c++],
1729                   0f, Color.gray, 100, Color.blue));
1730           // g.setColor(profcolour.findColour(dc[0]).darker());
1731
1732           g.fillRect(x * charWidth, (int) ht, charWidth, (int) scale);
1733           valuesProcessed++;
1734         }
1735         g.setFont(ofont);
1736       }
1737       x++;
1738
1739     }
1740
1741     // if (_aa.threshold != null)
1742     // {
1743     // g.setColor(_aa.threshold.colour);
1744     // Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1745     // g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1746     // BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[] { 5f, 3f }, 0f));
1747     //
1748     // y2 = (int) (y - ((_aa.threshold.value - min) / range)
1749     // * _aa.graphHeight);
1750     // g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1751     // g2.setStroke(new BasicStroke());
1752     // }
1753   }
1754
1755 }