src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.renderer;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.analysis.CodingUtils;
  25 import jalview.analysis.Rna;
  26 import jalview.analysis.StructureFrequency;
  27 import jalview.api.AlignViewportI;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  29 import jalview.datamodel.Annotation;
  30 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  31 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  32 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  33
  34 import java.awt.BasicStroke;
  35 import java.awt.Color;
  36 import java.awt.Font;
  37 import java.awt.FontMetrics;
  38 import java.awt.Graphics;
  39 import java.awt.Graphics2D;
  40 import java.awt.Image;
  41 import java.awt.font.LineMetrics;
  42 import java.awt.geom.AffineTransform;
  43 import java.awt.image.ImageObserver;
  44 import java.util.BitSet;
  45 import java.util.Hashtable;
  46
  47 public class AnnotationRenderer
  48 {
  49   private static final int UPPER_TO_LOWER = 'a' - 'A'; // 32
  50
  51   private static final int CHAR_A = 'A'; // 65
  52
  53   private static final int CHAR_Z = 'Z'; // 90
  54
  55   /**
  56    * flag indicating if timing and redraw parameter info should be output
  57    */
  58   private final boolean debugRedraw;
  59
  60   public AnnotationRenderer()
  61   {
  62     this(false);
  63   }
  64
  65   /**
  66    * Create a new annotation Renderer
  67    *
  68    * @param debugRedraw
  69    *          flag indicating if timing and redraw parameter info should be
  70    *          output
  71    */
  72   public AnnotationRenderer(boolean debugRedraw)
  73   {
  74     this.debugRedraw = debugRedraw;
  75   }
  76
  77   void drawStemAnnot(Graphics g, Annotation[] row_annotations,
  78           int lastSSX, int x, int y, int iconOffset, int startRes,
  79           int column, boolean validRes, boolean validEnd)
  80   {
  81     g.setColor(STEM_COLOUR);
  82     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
  83     int x1 = lastSSX;
  84     int x2 = (x * charWidth);
  85
  86     char dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ' '
  87             : row_annotations[column - 1].secondaryStructure;
  88
  89     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
  90             || dc != row_annotations[sCol - 1].secondaryStructure;
  91     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
  92             || row_annotations[column] == null
  93             || dc != row_annotations[column].secondaryStructure;
  94
  95     if (column > 0 && Rna.isClosingParenthesis(dc))
  96     {
  97       if (diffupstream)
  98       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
  99       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 100       {
 101         /*
 102          * if new annotation with a closing base pair half of the stem,
 103          * display a backward arrow
 104          */
 105         g.fillPolygon(new int[] { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX },
 106                 new int[] { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,
 107                     y + 8 + iconOffset }, 3);
 108         x1 += 5;
 109       }
 110       if (diffdownstream)
 111       {
 112         x2 -= 1;
 113       }
 114     }
 115     else
 116     {
 117       // display a forward arrow
 118       if (diffdownstream)
 119       {
 120         /*
 121          * if annotation ending with an opeing base pair half of the stem,
 122          * display a forward arrow
 123          */
 124         g.fillPolygon(new int[] { x2 - 5, x2 - 5, x2 }, new int[] {
 125             y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset }, 3);
 126         x2 -= 5;
 127       }
 128       if (diffupstream)
 129       {
 130         x1 += 1;
 131       }
 132     }
 133     // draw arrow body
 134     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 135   }
 136
 137   private int charWidth, endRes, charHeight;
 138
 139   private boolean validCharWidth, hasHiddenColumns;
 140
 141   private FontMetrics fm;
 142
 143   private final boolean MAC = jalview.util.Platform.isAMac();
 144
 145   boolean av_renderHistogram = true, av_renderProfile = true,
 146           av_normaliseProfile = false;
 147
 148   ColourSchemeI profcolour = null;
 149
 150   private ColumnSelection columnSelection;
 151
 152   private Hashtable[] hconsensus;
 153
 154   private Hashtable[] complementConsensus;
 155
 156   private Hashtable[] hStrucConsensus;
 157
 158   private boolean av_ignoreGapsConsensus;
 159
 160   /**
 161    * attributes set from AwtRenderPanelI
 162    */
 163   /**
 164    * old image used when data is currently being calculated and cannot be
 165    * rendered
 166    */
 167   private Image fadedImage;
 168
 169   /**
 170    * panel being rendered into
 171    */
 172   private ImageObserver annotationPanel;
 173
 174   /**
 175    * width of image to render in panel
 176    */
 177   private int imgWidth;
 178
 179   /**
 180    * offset to beginning of visible area
 181    */
 182   private int sOffset;
 183
 184   /**
 185    * offset to end of visible area
 186    */
 187   private int visHeight;
 188
 189   /**
 190    * indicate if the renderer should only render the visible portion of the
 191    * annotation given the current view settings
 192    */
 193   private boolean useClip = true;
 194
 195   /**
 196    * master flag indicating if renderer should ever try to clip. not enabled for
 197    * jalview 2.8.1
 198    */
 199   private boolean canClip = false;
 200
 201   void drawNotCanonicalAnnot(Graphics g, Color nonCanColor,
 202           Annotation[] row_annotations, int lastSSX, int x, int y,
 203           int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
 204           boolean validEnd)
 205   {
 206     // System.out.println(nonCanColor);
 207
 208     g.setColor(nonCanColor);
 209     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
 210     int x1 = lastSSX;
 211     int x2 = (x * charWidth);
 212
 213     String dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ""
 214             : row_annotations[column - 1].displayCharacter;
 215
 216     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
 217             || !dc.equals(row_annotations[sCol - 1].displayCharacter);
 218     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
 219             || row_annotations[column] == null
 220             || !dc.equals(row_annotations[column].displayCharacter);
 221     // System.out.println("Column "+column+" diff up: "+diffupstream+" down:"+diffdownstream);
 222     // If a closing base pair half of the stem, display a backward arrow
 223     if (column > 0 && Rna.isClosingParenthesis(dc))
 224     {
 225
 226       if (diffupstream)
 227       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 228       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 229       {
 230         g.fillPolygon(new int[] { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX },
 231                 new int[] { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,
 232                     y + 8 + iconOffset }, 3);
 233         x1 += 5;
 234       }
 235       if (diffdownstream)
 236       {
 237         x2 -= 1;
 238       }
 239     }
 240     else
 241     {
 242
 243       // display a forward arrow
 244       if (diffdownstream)
 245       {
 246         g.fillPolygon(new int[] { x2 - 5, x2 - 5, x2 }, new int[] {
 247             y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset }, 3);
 248         x2 -= 5;
 249       }
 250       if (diffupstream)
 251       {
 252         x1 += 1;
 253       }
 254     }
 255     // draw arrow body
 256     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 257   }
 258
 259   // public void updateFromAnnotationPanel(FontMetrics annotFM, AlignViewportI
 260   // av)
 261   public void updateFromAwtRenderPanel(AwtRenderPanelI annotPanel,
 262           AlignViewportI av)
 263   {
 264     fm = annotPanel.getFontMetrics();
 265     annotationPanel = annotPanel;
 266     fadedImage = annotPanel.getFadedImage();
 267     imgWidth = annotPanel.getFadedImageWidth();
 268     // visible area for rendering
 269     int[] bounds = annotPanel.getVisibleVRange();
 270     if (bounds != null)
 271     {
 272       sOffset = bounds[0];
 273       visHeight = bounds[1];
 274       if (visHeight == 0)
 275       {
 276         useClip = false;
 277       }
 278       else
 279       {
 280         useClip = canClip;
 281       }
 282     }
 283     else
 284     {
 285       useClip = false;
 286     }
 287
 288     updateFromAlignViewport(av);
 289   }
 290
 291   public void updateFromAlignViewport(AlignViewportI av)
 292   {
 293     charWidth = av.getCharWidth();
 294     endRes = av.getEndRes();
 295     charHeight = av.getCharHeight();
 296     hasHiddenColumns = av.hasHiddenColumns();
 297     validCharWidth = av.isValidCharWidth();
 298     av_renderHistogram = av.isShowConsensusHistogram();
 299     av_renderProfile = av.isShowSequenceLogo();
 300     av_normaliseProfile = av.isNormaliseSequenceLogo();
 301     profcolour = av.getGlobalColourScheme();
 302     if (profcolour == null)
 303     {
 304       // Set the default colour for sequence logo if the alignnent has no
 305       // colourscheme set
 306       profcolour = av.getAlignment().isNucleotide() ? new jalview.schemes.NucleotideColourScheme()
 307               : new jalview.schemes.ZappoColourScheme();
 308     }
 309     columnSelection = av.getColumnSelection();
 310     hconsensus = av.getSequenceConsensusHash();
 311     complementConsensus = av.getComplementConsensusHash();
 312     hStrucConsensus = av.getRnaStructureConsensusHash();
 313     av_ignoreGapsConsensus = av.isIgnoreGapsConsensus();
 314   }
 315
 316   /**
 317    * Returns profile data; the first element is the profile type, the second is
 318    * the number of distinct values, the third the total count, and the remainder
 319    * depend on the profile type.
 320    *
 321    * @param aa
 322    * @param column
 323    * @return
 324    */
 325   int[] getProfileFor(AlignmentAnnotation aa, int column)
 326   {
 327     // TODO : consider refactoring the global alignment calculation
 328     // properties/rendering attributes as a global 'alignment group' which holds
 329     // all vis settings for the alignment as a whole rather than a subset
 330     //
 331     if (aa.autoCalculated
 332             && (aa.label.startsWith("Consensus") || aa.label
 333                     .startsWith("cDNA Consensus")))
 334     {
 335       boolean forComplement = aa.label.startsWith("cDNA Consensus");
 336       if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null
 337               && aa.groupRef.isShowSequenceLogo())
 338       {
 339         // TODO? group consensus for cDNA complement
 340         return AAFrequency.extractProfile(
 341                 aa.groupRef.consensusData[column],
 342                 aa.groupRef.getIgnoreGapsConsensus());
 343       }
 344       // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data to
 345       // be stored
 346       if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null)
 347       {
 348         if (forComplement)
 349         {
 350           return AAFrequency.extractCdnaProfile(
 351                   complementConsensus[column], av_ignoreGapsConsensus);
 352         }
 353         else
 354         {
 355           return AAFrequency.extractProfile(hconsensus[column],
 356                   av_ignoreGapsConsensus);
 357         }
 358       }
 359     }
 360     else
 361     {
 362       if (aa.autoCalculated && aa.label.startsWith("StrucConsensus"))
 363       {
 364         // TODO implement group structure consensus
 365         /*
 366          * if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null &&
 367          * aa.groupRef.isShowSequenceLogo()) { //TODO check what happens for
 368          * group selections return StructureFrequency.extractProfile(
 369          * aa.groupRef.consensusData[column], aa.groupRef
 370          * .getIgnoreGapsConsensus()); }
 371          */
 372         // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data
 373         // to
 374         // be stored
 375         if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null
 376                 && hStrucConsensus != null
 377                 && hStrucConsensus.length > column)
 378         {
 379           return StructureFrequency.extractProfile(hStrucConsensus[column],
 380                   av_ignoreGapsConsensus);
 381         }
 382       }
 383     }
 384     return null;
 385   }
 386
 387   boolean rna = false;
 388
 389   /**
 390    * Render the annotation rows associated with an alignment.
 391    *
 392    * @param annotPanel
 393    *          container frame
 394    * @param av
 395    *          data and view settings to render
 396    * @param g
 397    *          destination for graphics
 398    * @param activeRow
 399    *          row where a mouse event occured (or -1)
 400    * @param startRes
 401    *          first column that will be drawn
 402    * @param endRes
 403    *          last column that will be drawn
 404    * @return true if the fadedImage was used for any alignment annotation rows
 405    *         currently being calculated
 406    */
 407   public boolean drawComponent(AwtRenderPanelI annotPanel,
 408           AlignViewportI av, Graphics g, int activeRow, int startRes,
 409           int endRes)
 410   {
 411     long stime = System.currentTimeMillis();
 412     boolean usedFaded = false;
 413     // NOTES:
 414     // AnnotationPanel needs to implement: ImageObserver, access to
 415     // AlignViewport
 416     updateFromAwtRenderPanel(annotPanel, av);
 417     fm = g.getFontMetrics();
 418     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 419     int temp = 0;
 420     if (aa == null)
 421     {
 422       return false;
 423     }
 424     int x = 0, y = 0;
 425     int column = 0;
 426     char lastSS;
 427     int lastSSX;
 428     int iconOffset = 0;
 429     boolean validRes = false;
 430     boolean validEnd = false;
 431     boolean labelAllCols = false;
 432     boolean centreColLabels;
 433     boolean centreColLabelsDef = av.isCentreColumnLabels();
 434     boolean scaleColLabel = false;
 435     final AlignmentAnnotation consensusAnnot = av
 436             .getAlignmentConsensusAnnotation();
 437     final AlignmentAnnotation structConsensusAnnot = av
 438             .getAlignmentStrucConsensusAnnotation();
 439     final AlignmentAnnotation complementConsensusAnnot = av
 440             .getComplementConsensusAnnotation();
 441     boolean renderHistogram = true, renderProfile = true, normaliseProfile = false, isRNA = rna;
 442
 443     BitSet graphGroupDrawn = new BitSet();
 444     int charOffset = 0; // offset for a label
 445     float fmWidth, fmScaling = 1f; // scaling for a label to fit it into a
 446     // column.
 447     Font ofont = g.getFont();
 448     // \u03B2 \u03B1
 449     // debug ints
 450     int yfrom = 0, f_i = 0, yto = 0, f_to = 0;
 451     boolean clipst = false, clipend = false;
 452     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 453     {
 454       AlignmentAnnotation row = aa[i];
 455       isRNA = row.isRNA();
 456       {
 457         // check if this is a consensus annotation row and set the display
 458         // settings appropriately
 459         // TODO: generalise this to have render styles for consensus/profile
 460         // data
 461         if (row.groupRef != null && row == row.groupRef.getConsensus())
 462         {
 463           renderHistogram = row.groupRef.isShowConsensusHistogram();
 464           renderProfile = row.groupRef.isShowSequenceLogo();
 465           normaliseProfile = row.groupRef.isNormaliseSequenceLogo();
 466         }
 467         else if (row == consensusAnnot || row == structConsensusAnnot
 468                 || row == complementConsensusAnnot)
 469         {
 470           renderHistogram = av_renderHistogram;
 471           renderProfile = av_renderProfile;
 472           normaliseProfile = av_normaliseProfile;
 473         }
 474         else
 475         {
 476           renderHistogram = true;
 477           // don't need to set render/normaliseProfile since they are not
 478           // currently used in any other annotation track renderer
 479         }
 480       }
 481       Annotation[] row_annotations = row.annotations;
 482       if (!row.visible)
 483       {
 484         continue;
 485       }
 486       centreColLabels = row.centreColLabels || centreColLabelsDef;
 487       labelAllCols = row.showAllColLabels;
 488       scaleColLabel = row.scaleColLabel;
 489       lastSS = ' ';
 490       lastSSX = 0;
 491
 492       if (!useClip
 493               || ((y - charHeight) < visHeight && (y + row.height + charHeight * 2) >= sOffset))
 494       {// if_in_visible_region
 495         if (!clipst)
 496         {
 497           clipst = true;
 498           yfrom = y;
 499           f_i = i;
 500         }
 501         yto = y;
 502         f_to = i;
 503         if (row.graph > 0)
 504         {
 505           if (row.graphGroup > -1 && graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
 506           {
 507             continue;
 508           }
 509
 510           // this is so that we draw the characters below the graph
 511           y += row.height;
 512
 513           if (row.hasText)
 514           {
 515             iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 516             y -= charHeight;
 517           }
 518         }
 519         else if (row.hasText)
 520         {
 521           iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 522
 523         }
 524         else
 525         {
 526           iconOffset = 0;
 527         }
 528
 529         if (row.autoCalculated && av.isCalculationInProgress(row))
 530         {
 531           y += charHeight;
 532           usedFaded = true;
 533           g.drawImage(fadedImage, 0, y - row.height, imgWidth, y, 0, y
 534                   - row.height, imgWidth, y, annotationPanel);
 535           g.setColor(Color.black);
 536           // g.drawString("Calculating "+aa[i].label+"....",20, y-row.height/2);
 537
 538           continue;
 539         }
 540
 541         /*
 542          * else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 543          * aa[i].label.equals("Conservation")) {
 544          *
 545          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 546          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 547          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 548          *
 549          * g.setColor(Color.black); //
 550          * g.drawString("Calculating Conservation.....",20, y-row.height/2);
 551          *
 552          * continue; } else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 553          * aa[i].label.equals("Quality")) {
 554          *
 555          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 556          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 557          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 558          * g.setColor(Color.black); // /
 559          * g.drawString("Calculating Quality....",20, y-row.height/2);
 560          *
 561          * continue; }
 562          */
 563         // first pass sets up state for drawing continuation from left-hand
 564         // column
 565         // of startRes
 566         x = (startRes == 0) ? 0 : -1;
 567         while (x < endRes - startRes)
 568         {
 569           if (hasHiddenColumns)
 570           {
 571             column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(startRes + x);
 572             if (column > row_annotations.length - 1)
 573             {
 574               break;
 575             }
 576           }
 577           else
 578           {
 579             column = startRes + x;
 580           }
 581
 582           if ((row_annotations == null)
 583                   || (row_annotations.length <= column)
 584                   || (row_annotations[column] == null))
 585           {
 586             validRes = false;
 587           }
 588           else
 589           {
 590             validRes = true;
 591           }
 592           final String displayChar = validRes ? row_annotations[column].displayCharacter
 593                   : null;
 594           if (x > -1)
 595           {
 596             if (activeRow == i)
 597             {
 598               g.setColor(Color.red);
 599
 600               if (columnSelection != null)
 601               {
 602                 if (columnSelection.contains(column))
 603                 {
 604                   g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 605                 }
 606               }
 607             }
 608             if (row.getInvalidStrucPos() > x)
 609             {
 610               g.setColor(Color.orange);
 611               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 612             }
 613             else if (row.getInvalidStrucPos() == x)
 614             {
 615               g.setColor(Color.orange.darker());
 616               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 617             }
 618             if (validCharWidth && validRes && displayChar != null
 619                     && (displayChar.length() > 0))
 620             {
 621
 622               fmWidth = fm.charsWidth(displayChar.toCharArray(), 0,
 623                       displayChar.length());
 624               if (/* centreColLabels || */scaleColLabel)
 625               {
 626                 // fmWidth = fm.charsWidth(displayChar.toCharArray(), 0,
 627                 // displayChar.length());
 628                 //
 629                 // if (scaleColLabel)
 630                 // {
 631                 // justify the label and scale to fit in column
 632                 if (fmWidth > charWidth)
 633                 {
 634                   // scale only if the current font isn't already small enough
 635                   fmScaling = charWidth;
 636                   fmScaling /= fmWidth;
 637                   g.setFont(ofont.deriveFont(AffineTransform
 638                           .getScaleInstance(fmScaling, 1.0)));
 639                   // and update the label's width to reflect the scaling.
 640                   fmWidth = charWidth;
 641                 }
 642                 // }
 643               }
 644               // TODO is it ok to use width of / show all characters here?
 645               // else
 646               // {
 647               // fmWidth = fm.charWidth(displayChar.charAt(0));
 648               // }
 649               charOffset = (int) ((charWidth - fmWidth) / 2f);
 650
 651               if (row_annotations[column].colour == null)
 652               {
 653                 g.setColor(Color.black);
 654               }
 655               else
 656               {
 657                 g.setColor(row_annotations[column].colour);
 658               }
 659
 660               if (column == 0 || row.graph > 0)
 661               {
 662                 g.drawString(displayChar, (x * charWidth) + charOffset, y
 663                         + iconOffset);
 664               }
 665               else if (row_annotations[column - 1] == null
 666                       || (labelAllCols
 667                               || !displayChar
 668                                       .equals(row_annotations[column - 1].displayCharacter) || (displayChar
 669                               .length() < 2 && row_annotations[column].secondaryStructure == ' ')))
 670               {
 671                 g.drawString(displayChar, x * charWidth + charOffset, y
 672                         + iconOffset);
 673               }
 674               g.setFont(ofont);
 675             }
 676           }
 677           if (row.hasIcons)
 678           {
 679             char ss = validRes ? row_annotations[column].secondaryStructure
 680                     : '-';
 681
 682             if (ss == '(')
 683             {
 684               // distinguish between forward/backward base-pairing
 685               if (displayChar.indexOf(')') > -1)
 686               {
 687
 688                 ss = ')';
 689
 690               }
 691             }
 692             if (ss == '[')
 693             {
 694               if ((displayChar.indexOf(']') > -1))
 695               {
 696                 ss = ']';
 697
 698               }
 699             }
 700             if (ss == '{')
 701             {
 702               // distinguish between forward/backward base-pairing
 703               if (displayChar.indexOf('}') > -1)
 704               {
 705                 ss = '}';
 706
 707               }
 708             }
 709             if (ss == '<')
 710             {
 711               // distinguish between forward/backward base-pairing
 712               if (displayChar.indexOf('<') > -1)
 713               {
 714                 ss = '>';
 715
 716               }
 717             }
 718             if (isRNA && (ss >= CHAR_A) && (ss <= CHAR_Z))
 719             {
 720               // distinguish between forward/backward base-pairing
 721               int ssLowerCase = ss + UPPER_TO_LOWER;
 722               // TODO would .equals() be safer here? or charAt(0)?
 723               if (displayChar.indexOf(ssLowerCase) > -1)
 724               {
 725                 ss = (char) ssLowerCase;
 726               }
 727             }
 728
 729             if (!validRes || (ss != lastSS))
 730             {
 731
 732               if (x > -1)
 733               {
 734
 735                 int nb_annot = x - temp;
 736                 // System.out.println("\t type :"+lastSS+"\t x :"+x+"\t nbre annot :"+nb_annot);
 737                 switch (lastSS)
 738                 {
 739                 case '(': // Stem case for RNA secondary structure
 740                 case ')': // and opposite direction
 741                   drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 742                           iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 743                   temp = x;
 744                   break;
 745
 746                 case 'H':
 747                   if (!isRNA)
 748                   {
 749                     drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 750                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 751                             validEnd);
 752                     break;
 753                   }
 754                   // no break if isRNA - falls through to drawNotCanonicalAnnot!
 755                 case 'E':
 756                   if (!isRNA)
 757                   {
 758                     drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 759                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 760                             validEnd);
 761                     break;
 762                   }
 763                   // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 764
 765                 case '{':
 766                 case '}':
 767                 case '[':
 768                 case ']':
 769                 case '>':
 770                 case '<':
 771                 case 'A':
 772                 case 'a':
 773                 case 'B':
 774                 case 'b':
 775                 case 'C':
 776                 case 'c':
 777                 case 'D':
 778                 case 'd':
 779                 case 'e':
 780                 case 'F':
 781                 case 'f':
 782                 case 'G':
 783                 case 'g':
 784                 case 'h':
 785                 case 'I':
 786                 case 'i':
 787                 case 'J':
 788                 case 'j':
 789                 case 'K':
 790                 case 'k':
 791                 case 'L':
 792                 case 'l':
 793                 case 'M':
 794                 case 'm':
 795                 case 'N':
 796                 case 'n':
 797                 case 'O':
 798                 case 'o':
 799                 case 'P':
 800                 case 'p':
 801                 case 'Q':
 802                 case 'q':
 803                 case 'R':
 804                 case 'r':
 805                 case 'S':
 806                 case 's':
 807                 case 'T':
 808                 case 't':
 809                 case 'U':
 810                 case 'u':
 811                 case 'V':
 812                 case 'v':
 813                 case 'W':
 814                 case 'w':
 815                 case 'X':
 816                 case 'x':
 817                 case 'Y':
 818                 case 'y':
 819                 case 'Z':
 820                 case 'z':
 821
 822                   Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
 823                   drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations,
 824                           lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column,
 825                           validRes, validEnd);
 826                   temp = x;
 827                   break;
 828                 default:
 829                   g.setColor(Color.gray);
 830                   g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * charWidth)
 831                           - lastSSX, 2);
 832                   temp = x;
 833                   break;
 834                 }
 835               }
 836               if (validRes)
 837               {
 838                 lastSS = ss;
 839               }
 840               else
 841               {
 842                 lastSS = ' ';
 843               }
 844               if (x > -1)
 845               {
 846                 lastSSX = (x * charWidth);
 847               }
 848             }
 849           }
 850           column++;
 851           x++;
 852         }
 853         if (column >= row_annotations.length)
 854         {
 855           column = row_annotations.length - 1;
 856           validEnd = false;
 857         }
 858         else
 859         {
 860           validEnd = true;
 861         }
 862         if ((row_annotations == null) || (row_annotations.length <= column)
 863                 || (row_annotations[column] == null))
 864         {
 865           validRes = false;
 866         }
 867         else
 868         {
 869           validRes = true;
 870         }
 871         // x ++;
 872
 873         if (row.hasIcons)
 874         {
 875           switch (lastSS)
 876           {
 877
 878           case 'H':
 879             if (!isRNA)
 880             {
 881               drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 882                       startRes, column, validRes, validEnd);
 883               break;
 884             }
 885             // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 886
 887           case 'E':
 888             if (!isRNA)
 889             {
 890               drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 891                       startRes, column, validRes, validEnd);
 892               break;
 893             }
 894             // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 895
 896           case '(':
 897           case ')': // Stem case for RNA secondary structure
 898
 899             drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 900                     startRes, column, validRes, validEnd);
 901
 902             break;
 903           case '{':
 904           case '}':
 905           case '[':
 906           case ']':
 907           case '>':
 908           case '<':
 909           case 'A':
 910           case 'a':
 911           case 'B':
 912           case 'b':
 913           case 'C':
 914           case 'c':
 915           case 'D':
 916           case 'd':
 917           case 'e':
 918           case 'F':
 919           case 'f':
 920           case 'G':
 921           case 'g':
 922           case 'h':
 923           case 'I':
 924           case 'i':
 925           case 'J':
 926           case 'j':
 927           case 'K':
 928           case 'k':
 929           case 'L':
 930           case 'l':
 931           case 'M':
 932           case 'm':
 933           case 'N':
 934           case 'n':
 935           case 'O':
 936           case 'o':
 937           case 'P':
 938           case 'p':
 939           case 'Q':
 940           case 'q':
 941           case 'R':
 942           case 'r':
 943           case 'T':
 944           case 't':
 945           case 'U':
 946           case 'u':
 947           case 'V':
 948           case 'v':
 949           case 'W':
 950           case 'w':
 951           case 'X':
 952           case 'x':
 953           case 'Y':
 954           case 'y':
 955           case 'Z':
 956           case 'z':
 957             // System.out.println(lastSS);
 958             Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
 959             drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations, lastSSX,
 960                     x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 961             break;
 962           default:
 963             drawGlyphLine(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 964                     startRes, column, validRes, validEnd);
 965             break;
 966           }
 967         }
 968
 969         if (row.graph > 0 && row.graphHeight > 0)
 970         {
 971           if (row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH)
 972           {
 973             if (row.graphGroup > -1 && !graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
 974             {
 975               // TODO: JAL-1291 revise rendering model so the graphGroup map is
 976               // computed efficiently for all visible labels
 977               float groupmax = -999999, groupmin = 9999999;
 978               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
 979               {
 980                 if (aa[gg].graphGroup != row.graphGroup)
 981                 {
 982                   continue;
 983                 }
 984
 985                 if (aa[gg] != row)
 986                 {
 987                   aa[gg].visible = false;
 988                 }
 989                 if (aa[gg].graphMax > groupmax)
 990                 {
 991                   groupmax = aa[gg].graphMax;
 992                 }
 993                 if (aa[gg].graphMin < groupmin)
 994                 {
 995                   groupmin = aa[gg].graphMin;
 996                 }
 997               }
 998
 999               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1000               {
1001                 if (aa[gg].graphGroup == row.graphGroup)
1002                 {
1003                   drawLineGraph(g, aa[gg], aa[gg].annotations, startRes,
1004                           endRes, y, groupmin, groupmax, row.graphHeight);
1005                 }
1006               }
1007
1008               graphGroupDrawn.set(row.graphGroup);
1009             }
1010             else
1011             {
1012               drawLineGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes, y,
1013                       row.graphMin, row.graphMax, row.graphHeight);
1014             }
1015           }
1016           else if (row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH)
1017           {
1018             drawBarGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes,
1019                     row.graphMin, row.graphMax, y, renderHistogram,
1020                     renderProfile, normaliseProfile);
1021           }
1022         }
1023       }
1024       else
1025       {
1026         if (clipst && !clipend)
1027         {
1028           clipend = true;
1029         }
1030       }// end if_in_visible_region
1031       if (row.graph > 0 && row.hasText)
1032       {
1033         y += charHeight;
1034       }
1035
1036       if (row.graph == 0)
1037       {
1038         y += aa[i].height;
1039       }
1040     }
1041     if (debugRedraw)
1042     {
1043       if (canClip)
1044       {
1045         if (clipst)
1046         {
1047           System.err.println("Start clip at : " + yfrom + " (index " + f_i
1048                   + ")");
1049         }
1050         if (clipend)
1051         {
1052           System.err.println("End clip at : " + yto + " (index " + f_to
1053                   + ")");
1054         }
1055       }
1056       ;
1057       System.err.println("Annotation Rendering time:"
1058               + (System.currentTimeMillis() - stime));
1059     }
1060     ;
1061
1062     return !usedFaded;
1063   }
1064
1065   public static final Color GLYPHLINE_COLOR = Color.gray;
1066
1067   public static final Color SHEET_COLOUR = Color.green;
1068
1069   public static final Color HELIX_COLOUR = Color.red;
1070
1071   public static final Color STEM_COLOUR = Color.blue;
1072
1073   private Color sdNOTCANONICAL_COLOUR;
1074
1075   void drawGlyphLine(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX,
1076           int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
1077           boolean validRes, boolean validEnd)
1078   {
1079     g.setColor(GLYPHLINE_COLOR);
1080     g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * charWidth) - lastSSX, 2);
1081   }
1082
1083   void drawSheetAnnot(Graphics g, Annotation[] row,
1084
1085   int lastSSX, int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
1086           boolean validRes, boolean validEnd)
1087   {
1088     g.setColor(SHEET_COLOUR);
1089
1090     if (!validEnd || !validRes || row == null || row[column] == null
1091             || row[column].secondaryStructure != 'E')
1092     {
1093       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,
1094               (x * charWidth) - lastSSX - 4, 7);
1095       g.fillPolygon(new int[] { (x * charWidth) - 4, (x * charWidth) - 4,
1096           (x * charWidth) }, new int[] { y + iconOffset,
1097           y + 14 + iconOffset, y + 7 + iconOffset }, 3);
1098     }
1099     else
1100     {
1101       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,
1102               (x + 1) * charWidth - lastSSX, 7);
1103     }
1104
1105   }
1106
1107   void drawHelixAnnot(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX,
1108           int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
1109           boolean validRes, boolean validEnd)
1110   {
1111     g.setColor(HELIX_COLOUR);
1112
1113     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
1114     int x1 = lastSSX;
1115     int x2 = (x * charWidth);
1116
1117     if (MAC)
1118     {
1119       int ofs = charWidth / 2;
1120       // Off by 1 offset when drawing rects and ovals
1121       // to offscreen image on the MAC
1122       g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8, 8, 8);
1123       if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1124               || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1125       {
1126       }
1127       else
1128       {
1129         // g.setColor(Color.orange);
1130         g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1 - ofs + 1, 8,
1131                 0, 0);
1132       }
1133       if (!validRes || row[column] == null
1134               || row[column].secondaryStructure != 'H')
1135       {
1136
1137       }
1138       else
1139       {
1140         // g.setColor(Color.magenta);
1141         g.fillRoundRect(lastSSX + ofs, y + 4 + iconOffset, x2 - x1 - ofs
1142                 + 1, 8, 0, 0);
1143
1144       }
1145
1146       return;
1147     }
1148
1149     if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1150             || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1151     {
1152       g.fillArc(lastSSX, y + 4 + iconOffset, charWidth, 8, 90, 180);
1153       x1 += charWidth / 2;
1154     }
1155
1156     if (!validRes || row[column] == null
1157             || row[column].secondaryStructure != 'H')
1158     {
1159       g.fillArc((x * charWidth) - charWidth, y + 4 + iconOffset, charWidth,
1160               8, 270, 180);
1161       x2 -= charWidth / 2;
1162     }
1163
1164     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8);
1165   }
1166
1167   void drawLineGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1168           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, int y,
1169           float min, float max, int graphHeight)
1170   {
1171     if (sRes > aa_annotations.length)
1172     {
1173       return;
1174     }
1175
1176     int x = 0;
1177
1178     // Adjustment for fastpaint to left
1179     if (eRes < endRes)
1180     {
1181       eRes++;
1182     }
1183
1184     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1185
1186     if (sRes == 0)
1187     {
1188       x++;
1189     }
1190
1191     int y1 = y, y2 = y;
1192     float range = max - min;
1193
1194     // //Draw origin
1195     if (min < 0)
1196     {
1197       y2 = y - (int) ((0 - min / range) * graphHeight);
1198     }
1199
1200     g.setColor(Color.gray);
1201     g.drawLine(x - charWidth, y2, (eRes - sRes + 1) * charWidth, y2);
1202
1203     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1204
1205     int column;
1206     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1207
1208     while (x < eRes - sRes)
1209     {
1210       column = sRes + x;
1211       if (hasHiddenColumns)
1212       {
1213         column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(column);
1214       }
1215
1216       if (column > aaMax)
1217       {
1218         break;
1219       }
1220
1221       if (aa_annotations[column] == null
1222               || aa_annotations[column - 1] == null)
1223       {
1224         x++;
1225         continue;
1226       }
1227
1228       if (aa_annotations[column].colour == null)
1229       {
1230         g.setColor(Color.black);
1231       }
1232       else
1233       {
1234         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1235       }
1236
1237       y1 = y
1238               - (int) (((aa_annotations[column - 1].value - min) / range) * graphHeight);
1239       y2 = y
1240               - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / range) * graphHeight);
1241
1242       g.drawLine(x * charWidth - charWidth / 2, y1, x * charWidth
1243               + charWidth / 2, y2);
1244       x++;
1245     }
1246
1247     if (_aa.threshold != null)
1248     {
1249       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1250       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1251       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1252               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[] { 5f, 3f }, 0f));
1253
1254       y2 = (int) (y - ((_aa.threshold.value - min) / range) * graphHeight);
1255       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1256       g2.setStroke(new BasicStroke());
1257     }
1258   }
1259
1260   void drawBarGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1261           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, float min,
1262           float max, int y, boolean renderHistogram, boolean renderProfile,
1263           boolean normaliseProfile)
1264   {
1265     if (sRes > aa_annotations.length)
1266     {
1267       return;
1268     }
1269     Font ofont = g.getFont();
1270     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1271
1272     int x = 0, y1 = y, y2 = y;
1273
1274     float range = max - min;
1275
1276     if (min < 0)
1277     {
1278       y2 = y - (int) ((0 - min / (range)) * _aa.graphHeight);
1279     }
1280
1281     g.setColor(Color.gray);
1282
1283     g.drawLine(x, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1284
1285     int column;
1286     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1287     while (x < eRes - sRes)
1288     {
1289       column = sRes + x;
1290       if (hasHiddenColumns)
1291       {
1292         column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(column);
1293       }
1294
1295       if (column > aaMax)
1296       {
1297         break;
1298       }
1299
1300       if (aa_annotations[column] == null)
1301       {
1302         x++;
1303         continue;
1304       }
1305       if (aa_annotations[column].colour == null)
1306       {
1307         g.setColor(Color.black);
1308       }
1309       else
1310       {
1311         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1312       }
1313
1314       y1 = y
1315               - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / (range)) * _aa.graphHeight);
1316
1317       if (renderHistogram)
1318       {
1319         if (y1 - y2 > 0)
1320         {
1321           g.fillRect(x * charWidth, y2, charWidth, y1 - y2);
1322         }
1323         else
1324         {
1325           g.fillRect(x * charWidth, y1, charWidth, y2 - y1);
1326         }
1327       }
1328       // draw profile if available
1329       if (renderProfile)
1330       {
1331
1332         /*
1333          * {profile type, #values, total count, char1, pct1, char2, pct2...}
1334          */
1335         int profl[] = getProfileFor(_aa, column);
1336
1337         // just try to draw the logo if profl is not null
1338         if (profl != null && profl[2] != 0)
1339         {
1340           boolean isStructureProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.STRUCTURE_PROFILE;
1341           boolean isCdnaProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.CDNA_PROFILE;
1342           float ht = normaliseProfile ? y - _aa.graphHeight : y1;
1343           double htn = normaliseProfile ? _aa.graphHeight : (y2 - y1);// aa.graphHeight;
1344           double hght;
1345           float wdth;
1346           double ht2 = 0;
1347           char[] dc;
1348
1349           /**
1350            * Render a single base for a sequence profile, a base pair for
1351            * structure profile, and a triplet for a cdna profile
1352            */
1353           dc = new char[isStructureProfile ? 2 : (isCdnaProfile ? 3 : 1)];
1354
1355           LineMetrics lm = g.getFontMetrics(ofont).getLineMetrics("Q", g);
1356           double scale = 1f / (normaliseProfile ? profl[2] : 100f);
1357           float ofontHeight = 1f / lm.getAscent();// magnify to fill box
1358           double scl = 0.0;
1359
1360           /*
1361            * Traverse the character(s)/percentage data in the array
1362            */
1363           int c = 3;
1364           int valuesProcessed = 0;
1365           // profl[1] is the number of values in the profile
1366           while (valuesProcessed < profl[1])
1367           {
1368             if (isStructureProfile)
1369             {
1370               // todo can we encode a structure pair as an int, like codons?
1371               dc[0] = (char) profl[c++];
1372               dc[1] = (char) profl[c++];
1373             }
1374             else if (isCdnaProfile)
1375             {
1376               dc = CodingUtils.decodeCodon(profl[c++]);
1377             }
1378             else
1379             {
1380               dc[0] = (char) profl[c++];
1381             }
1382
1383             wdth = charWidth;
1384             wdth /= fm.charsWidth(dc, 0, dc.length);
1385
1386             ht += scl;
1387             // next profl[] position is profile % for the character(s)
1388             scl = htn * scale * profl[c++];
1389             lm = ofont.getLineMetrics(dc, 0, 1, g.getFontMetrics()
1390                     .getFontRenderContext());
1391             Font font = ofont.deriveFont(AffineTransform.getScaleInstance(
1392                     wdth, scl / lm.getAscent()));
1393             g.setFont(font);
1394             lm = g.getFontMetrics().getLineMetrics(dc, 0, 1, g);
1395
1396             // Debug - render boxes around characters
1397             // g.setColor(Color.red);
1398             // g.drawRect(x*av.charWidth, (int)ht, av.charWidth,
1399             // (int)(scl));
1400             // g.setColor(profcolour.findColour(dc[0]).darker());
1401
1402             /*
1403              * Set character colour as per alignment colour scheme; use the
1404              * codon translation if a cDNA profile
1405              */
1406             Color colour = null;
1407             if (isCdnaProfile)
1408             {
1409               final String codonTranslation = ResidueProperties
1410                       .codonTranslate(new String(dc));
1411               colour = profcolour.findColour(codonTranslation.charAt(0),
1412                       column, null);
1413             }
1414             else
1415             {
1416               colour = profcolour.findColour(dc[0], column, null);
1417             }
1418             g.setColor(colour == Color.white ? Color.lightGray : colour);
1419
1420             hght = (ht + (scl - lm.getDescent() - lm.getBaselineOffsets()[lm
1421                     .getBaselineIndex()]));
1422
1423             g.drawChars(dc, 0, dc.length, x * charWidth, (int) hght);
1424             valuesProcessed++;
1425           }
1426           g.setFont(ofont);
1427         }
1428       }
1429       x++;
1430     }
1431     if (_aa.threshold != null)
1432     {
1433       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1434       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1435       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1436               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[] { 5f, 3f }, 0f));
1437
1438       y2 = (int) (y - ((_aa.threshold.value - min) / range)
1439               * _aa.graphHeight);
1440       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1441       g2.setStroke(new BasicStroke());
1442     }
1443   }
1444
1445   // used by overview window
1446   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1447           Annotation[] aa_annotations, int width, int y, int sRes, int eRes)
1448   {
1449     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1450     g.setColor(Color.white);
1451     g.fillRect(0, 0, width, y);
1452     g.setColor(new Color(0, 0, 180));
1453
1454     int x = 0, height;
1455
1456     for (int j = sRes; j < eRes; j++)
1457     {
1458       if (aa_annotations[j] != null)
1459       {
1460         if (aa_annotations[j].colour == null)
1461         {
1462           g.setColor(Color.black);
1463         }
1464         else
1465         {
1466           g.setColor(aa_annotations[j].colour);
1467         }
1468
1469         height = (int) ((aa_annotations[j].value / _aa.graphMax) * y);
1470         if (height > y)
1471         {
1472           height = y;
1473         }
1474
1475         g.fillRect(x, y - height, charWidth, height);
1476       }
1477       x += charWidth;
1478     }
1479   }
1480
1481   Color getNotCanonicalColor(char lastss)
1482   {
1483     switch (lastss)
1484     {
1485     case '{':
1486     case '}':
1487       return new Color(255, 125, 5);
1488
1489     case '[':
1490     case ']':
1491       return new Color(245, 115, 10);
1492
1493     case '>':
1494     case '<':
1495       return new Color(235, 135, 15);
1496
1497     case 'A':
1498     case 'a':
1499       return new Color(225, 105, 20);
1500
1501     case 'B':
1502     case 'b':
1503       return new Color(215, 145, 30);
1504
1505     case 'C':
1506     case 'c':
1507       return new Color(205, 95, 35);
1508
1509     case 'D':
1510     case 'd':
1511       return new Color(195, 155, 45);
1512
1513     case 'E':
1514     case 'e':
1515       return new Color(185, 85, 55);
1516
1517     case 'F':
1518     case 'f':
1519       return new Color(175, 165, 65);
1520
1521     case 'G':
1522     case 'g':
1523       return new Color(170, 75, 75);
1524
1525     case 'H':
1526     case 'h':
1527       return new Color(160, 175, 85);
1528
1529     case 'I':
1530     case 'i':
1531       return new Color(150, 65, 95);
1532
1533     case 'J':
1534     case 'j':
1535       return new Color(140, 185, 105);
1536
1537     case 'K':
1538     case 'k':
1539       return new Color(130, 55, 110);
1540
1541     case 'L':
1542     case 'l':
1543       return new Color(120, 195, 120);
1544
1545     case 'M':
1546     case 'm':
1547       return new Color(110, 45, 130);
1548
1549     case 'N':
1550     case 'n':
1551       return new Color(100, 205, 140);
1552
1553     case 'O':
1554     case 'o':
1555       return new Color(90, 35, 150);
1556
1557     case 'P':
1558     case 'p':
1559       return new Color(85, 215, 160);
1560
1561     case 'Q':
1562     case 'q':
1563       return new Color(75, 25, 170);
1564
1565     case 'R':
1566     case 'r':
1567       return new Color(65, 225, 180);
1568
1569     case 'S':
1570     case 's':
1571       return new Color(55, 15, 185);
1572
1573     case 'T':
1574     case 't':
1575       return new Color(45, 235, 195);
1576
1577     case 'U':
1578     case 'u':
1579       return new Color(35, 5, 205);
1580
1581     case 'V':
1582     case 'v':
1583       return new Color(25, 245, 215);
1584
1585     case 'W':
1586     case 'w':
1587       return new Color(15, 0, 225);
1588
1589     case 'X':
1590     case 'x':
1591       return new Color(10, 255, 235);
1592
1593     case 'Y':
1594     case 'y':
1595       return new Color(5, 150, 245);
1596
1597     case 'Z':
1598     case 'z':
1599       return new Color(0, 80, 255);
1600
1601     default:
1602       System.out.println("This is not a interaction : " + lastss);
1603       return null;
1604
1605     }
1606   }
1607 }