src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.renderer;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.analysis.CodingUtils;
  25 import jalview.analysis.Rna;
  26 import jalview.analysis.StructureFrequency;
  27 import jalview.api.AlignViewportI;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  29 import jalview.datamodel.Annotation;
  30 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  31 import jalview.datamodel.ProfilesI;
  32 import jalview.renderer.api.AnnotationRendererFactoryI;
  33 import jalview.renderer.api.AnnotationRowRendererI;
  34 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  35 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;
  36 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  37 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  38 import jalview.util.Platform;
  39
  40 import java.awt.BasicStroke;
  41 import java.awt.Color;
  42 import java.awt.Font;
  43 import java.awt.FontMetrics;
  44 import java.awt.Graphics;
  45 import java.awt.Graphics2D;
  46 import java.awt.Image;
  47 import java.awt.font.LineMetrics;
  48 import java.awt.geom.AffineTransform;
  49 import java.awt.image.ImageObserver;
  50 import java.util.BitSet;
  51 import java.util.Hashtable;
  52
  53 public class AnnotationRenderer
  54 {
  55   private static final int UPPER_TO_LOWER = 'a' - 'A'; // 32
  56
  57   private static final int CHAR_A = 'A'; // 65
  58
  59   private static final int CHAR_Z = 'Z'; // 90
  60
  61   /**
  62    * flag indicating if timing and redraw parameter info should be output
  63    */
  64   private final boolean debugRedraw;
  65
  66   private int charWidth, endRes, charHeight;
  67
  68   private boolean validCharWidth, hasHiddenColumns;
  69
  70   private FontMetrics fm;
  71
  72   private final boolean MAC = Platform.isAMac();
  73
  74   boolean av_renderHistogram = true, av_renderProfile = true,
  75           av_normaliseProfile = false;
  76
  77   ResidueShaderI profcolour = null;
  78
  79   private ColumnSelection columnSelection;
  80
  81   private ProfilesI hconsensus;
  82
  83   private Hashtable[] complementConsensus;
  84
  85   private Hashtable[] hStrucConsensus;
  86
  87   private boolean av_ignoreGapsConsensus;
  88
  89   /**
  90    * attributes set from AwtRenderPanelI
  91    */
  92   /**
  93    * old image used when data is currently being calculated and cannot be
  94    * rendered
  95    */
  96   private Image fadedImage;
  97
  98   /**
  99    * panel being rendered into
 100    */
 101   private ImageObserver annotationPanel;
 102
 103   /**
 104    * width of image to render in panel
 105    */
 106   private int imgWidth;
 107
 108   /**
 109    * offset to beginning of visible area
 110    */
 111   private int sOffset;
 112
 113   /**
 114    * offset to end of visible area
 115    */
 116   private int visHeight;
 117
 118   /**
 119    * indicate if the renderer should only render the visible portion of the
 120    * annotation given the current view settings
 121    */
 122   private boolean useClip = true;
 123
 124   /**
 125    * master flag indicating if renderer should ever try to clip. not enabled for
 126    * jalview 2.8.1
 127    */
 128   private boolean canClip = false;
 129
 130   public AnnotationRenderer()
 131   {
 132     this(false);
 133   }
 134
 135   /**
 136    * Create a new annotation Renderer
 137    *
 138    * @param debugRedraw
 139    *          flag indicating if timing and redraw parameter info should be
 140    *          output
 141    */
 142   public AnnotationRenderer(boolean debugRedraw)
 143   {
 144     this.debugRedraw = debugRedraw;
 145   }
 146
 147   /**
 148    * Remove any references and resources when this object is no longer required
 149    */
 150   public void dispose()
 151   {
 152     hconsensus = null;
 153     complementConsensus = null;
 154     hStrucConsensus = null;
 155     fadedImage = null;
 156     annotationPanel = null;
 157     rendererFactoryI = null;
 158   }
 159
 160   void drawStemAnnot(Graphics g, Annotation[] row_annotations, int lastSSX,
 161           int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
 162           boolean validRes, boolean validEnd)
 163   {
 164     g.setColor(STEM_COLOUR);
 165     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
 166     int x1 = lastSSX;
 167     int x2 = (x * charWidth);
 168
 169     char dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ' '
 170             : row_annotations[column - 1].secondaryStructure;
 171
 172     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
 173             || dc != row_annotations[sCol - 1].secondaryStructure;
 174     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
 175             || row_annotations[column] == null
 176             || dc != row_annotations[column].secondaryStructure;
 177
 178     if (column > 0 && Rna.isClosingParenthesis(dc))
 179     {
 180       if (diffupstream)
 181       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 182       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 183       {
 184         /*
 185          * if new annotation with a closing base pair half of the stem,
 186          * display a backward arrow
 187          */
 188         g.fillPolygon(new int[] { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX },
 189                 new int[] { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,
 190                     y + 8 + iconOffset }, 3);
 191         x1 += 5;
 192       }
 193       if (diffdownstream)
 194       {
 195         x2 -= 1;
 196       }
 197     }
 198     else
 199     {
 200       // display a forward arrow
 201       if (diffdownstream)
 202       {
 203         /*
 204          * if annotation ending with an opeing base pair half of the stem,
 205          * display a forward arrow
 206          */
 207         g.fillPolygon(new int[] { x2 - 5, x2 - 5, x2 }, new int[] {
 208             y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset }, 3);
 209         x2 -= 5;
 210       }
 211       if (diffupstream)
 212       {
 213         x1 += 1;
 214       }
 215     }
 216     // draw arrow body
 217     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 218   }
 219
 220   void drawNotCanonicalAnnot(Graphics g, Color nonCanColor,
 221           Annotation[] row_annotations, int lastSSX, int x, int y,
 222           int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
 223           boolean validEnd)
 224   {
 225     // System.out.println(nonCanColor);
 226
 227     g.setColor(nonCanColor);
 228     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
 229     int x1 = lastSSX;
 230     int x2 = (x * charWidth);
 231
 232     String dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ""
 233             : row_annotations[column - 1].displayCharacter;
 234
 235     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
 236             || !dc.equals(row_annotations[sCol - 1].displayCharacter);
 237     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
 238             || row_annotations[column] == null
 239             || !dc.equals(row_annotations[column].displayCharacter);
 240     // System.out.println("Column "+column+" diff up: "+diffupstream+" down:"+diffdownstream);
 241     // If a closing base pair half of the stem, display a backward arrow
 242     if (column > 0 && Rna.isClosingParenthesis(dc))
 243     {
 244
 245       if (diffupstream)
 246       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 247       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 248       {
 249         g.fillPolygon(new int[] { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX },
 250                 new int[] { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,
 251                     y + 8 + iconOffset }, 3);
 252         x1 += 5;
 253       }
 254       if (diffdownstream)
 255       {
 256         x2 -= 1;
 257       }
 258     }
 259     else
 260     {
 261
 262       // display a forward arrow
 263       if (diffdownstream)
 264       {
 265         g.fillPolygon(new int[] { x2 - 5, x2 - 5, x2 }, new int[] {
 266             y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset }, 3);
 267         x2 -= 5;
 268       }
 269       if (diffupstream)
 270       {
 271         x1 += 1;
 272       }
 273     }
 274     // draw arrow body
 275     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 276   }
 277
 278   // public void updateFromAnnotationPanel(FontMetrics annotFM, AlignViewportI
 279   // av)
 280   public void updateFromAwtRenderPanel(AwtRenderPanelI annotPanel,
 281           AlignViewportI av)
 282   {
 283     fm = annotPanel.getFontMetrics();
 284     annotationPanel = annotPanel;
 285     fadedImage = annotPanel.getFadedImage();
 286     imgWidth = annotPanel.getFadedImageWidth();
 287     // visible area for rendering
 288     int[] bounds = annotPanel.getVisibleVRange();
 289     if (bounds != null)
 290     {
 291       sOffset = bounds[0];
 292       visHeight = bounds[1];
 293       if (visHeight == 0)
 294       {
 295         useClip = false;
 296       }
 297       else
 298       {
 299         useClip = canClip;
 300       }
 301     }
 302     else
 303     {
 304       useClip = false;
 305     }
 306
 307     rendererFactoryI = AnnotationRendererFactory.getRendererFactory();
 308     updateFromAlignViewport(av);
 309   }
 310
 311   public void updateFromAlignViewport(AlignViewportI av)
 312   {
 313     charWidth = av.getCharWidth();
 314     endRes = av.getEndRes();
 315     charHeight = av.getCharHeight();
 316     hasHiddenColumns = av.hasHiddenColumns();
 317     validCharWidth = av.isValidCharWidth();
 318     av_renderHistogram = av.isShowConsensusHistogram();
 319     av_renderProfile = av.isShowSequenceLogo();
 320     av_normaliseProfile = av.isNormaliseSequenceLogo();
 321     profcolour = av.getResidueShading();
 322     if (profcolour == null || profcolour.getColourScheme() == null)
 323     {
 324       /*
 325        * Use default colour for sequence logo if
 326        * the alignment has no colourscheme set
 327        * (would like to use user preference but n/a for applet)
 328        */
 329       ColourSchemeI col = av.getAlignment().isNucleotide() ? new NucleotideColourScheme()
 330               : new ZappoColourScheme();
 331       profcolour = new ResidueShader(col);
 332     }
 333     columnSelection = av.getColumnSelection();
 334     hconsensus = av.getSequenceConsensusHash();
 335     complementConsensus = av.getComplementConsensusHash();
 336     hStrucConsensus = av.getRnaStructureConsensusHash();
 337     av_ignoreGapsConsensus = av.isIgnoreGapsConsensus();
 338   }
 339
 340   /**
 341    * Returns profile data; the first element is the profile type, the second is
 342    * the number of distinct values, the third the total count, and the remainder
 343    * depend on the profile type.
 344    *
 345    * @param aa
 346    * @param column
 347    * @return
 348    */
 349   int[] getProfileFor(AlignmentAnnotation aa, int column)
 350   {
 351     // TODO : consider refactoring the global alignment calculation
 352     // properties/rendering attributes as a global 'alignment group' which holds
 353     // all vis settings for the alignment as a whole rather than a subset
 354     //
 355     if (aa.autoCalculated
 356             && (aa.label.startsWith("Consensus") || aa.label
 357                     .startsWith("cDNA Consensus")))
 358     {
 359       boolean forComplement = aa.label.startsWith("cDNA Consensus");
 360       if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null
 361               && aa.groupRef.isShowSequenceLogo())
 362       {
 363         // TODO? group consensus for cDNA complement
 364         return AAFrequency.extractProfile(
 365                 aa.groupRef.consensusData.get(column),
 366                 aa.groupRef.getIgnoreGapsConsensus());
 367       }
 368       // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data to
 369       // be stored
 370       if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null)
 371       {
 372         if (forComplement)
 373         {
 374           return AAFrequency.extractCdnaProfile(
 375                   complementConsensus[column], av_ignoreGapsConsensus);
 376         }
 377         else
 378         {
 379           return AAFrequency.extractProfile(hconsensus.get(column),
 380                   av_ignoreGapsConsensus);
 381         }
 382       }
 383     }
 384     else
 385     {
 386       if (aa.autoCalculated && aa.label.startsWith("StrucConsensus"))
 387       {
 388         // TODO implement group structure consensus
 389         /*
 390          * if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null &&
 391          * aa.groupRef.isShowSequenceLogo()) { //TODO check what happens for
 392          * group selections return StructureFrequency.extractProfile(
 393          * aa.groupRef.consensusData[column], aa.groupRef
 394          * .getIgnoreGapsConsensus()); }
 395          */
 396         // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data
 397         // to
 398         // be stored
 399         if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null
 400                 && hStrucConsensus != null
 401                 && hStrucConsensus.length > column)
 402         {
 403           return StructureFrequency.extractProfile(hStrucConsensus[column],
 404                   av_ignoreGapsConsensus);
 405         }
 406       }
 407     }
 408     return null;
 409   }
 410
 411   boolean rna = false;
 412
 413   private AnnotationRendererFactoryI rendererFactoryI;
 414
 415   /**
 416    * Render the annotation rows associated with an alignment.
 417    *
 418    * @param annotPanel
 419    *          container frame
 420    * @param av
 421    *          data and view settings to render
 422    * @param g
 423    *          destination for graphics
 424    * @param activeRow
 425    *          row where a mouse event occured (or -1)
 426    * @param startRes
 427    *          first column that will be drawn
 428    * @param endRes
 429    *          last column that will be drawn
 430    * @return true if the fadedImage was used for any alignment annotation rows
 431    *         currently being calculated
 432    */
 433   public boolean drawComponent(AwtRenderPanelI annotPanel,
 434           AlignViewportI av, Graphics g, int activeRow, int startRes,
 435           int endRes)
 436   {
 437     long stime = System.currentTimeMillis();
 438     boolean usedFaded = false;
 439     // NOTES:
 440     // AnnotationPanel needs to implement: ImageObserver, access to
 441     // AlignViewport
 442     updateFromAwtRenderPanel(annotPanel, av);
 443     fm = g.getFontMetrics();
 444     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 445     int temp = 0;
 446     if (aa == null)
 447     {
 448       return false;
 449     }
 450     int x = 0, y = 0;
 451     int column = 0;
 452     char lastSS;
 453     int lastSSX;
 454     int iconOffset = 0;
 455     boolean validRes = false;
 456     boolean validEnd = false;
 457     boolean labelAllCols = false;
 458     boolean centreColLabels;
 459     boolean centreColLabelsDef = av.isCentreColumnLabels();
 460     boolean scaleColLabel = false;
 461     final AlignmentAnnotation consensusAnnot = av
 462             .getAlignmentConsensusAnnotation();
 463     final AlignmentAnnotation structConsensusAnnot = av
 464             .getAlignmentStrucConsensusAnnotation();
 465     final AlignmentAnnotation complementConsensusAnnot = av
 466             .getComplementConsensusAnnotation();
 467     boolean renderHistogram = true, renderProfile = true, normaliseProfile = false, isRNA = rna;
 468
 469     BitSet graphGroupDrawn = new BitSet();
 470     int charOffset = 0; // offset for a label
 471     float fmWidth, fmScaling = 1f; // scaling for a label to fit it into a
 472     // column.
 473     Font ofont = g.getFont();
 474     // \u03B2 \u03B1
 475     // debug ints
 476     int yfrom = 0, f_i = 0, yto = 0, f_to = 0;
 477     boolean clipst = false, clipend = false;
 478     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 479     {
 480       AlignmentAnnotation row = aa[i];
 481       isRNA = row.isRNA();
 482       {
 483         // check if this is a consensus annotation row and set the display
 484         // settings appropriately
 485         // TODO: generalise this to have render styles for consensus/profile
 486         // data
 487         if (row.groupRef != null && row == row.groupRef.getConsensus())
 488         {
 489           renderHistogram = row.groupRef.isShowConsensusHistogram();
 490           renderProfile = row.groupRef.isShowSequenceLogo();
 491           normaliseProfile = row.groupRef.isNormaliseSequenceLogo();
 492         }
 493         else if (row == consensusAnnot || row == structConsensusAnnot
 494                 || row == complementConsensusAnnot)
 495         {
 496           renderHistogram = av_renderHistogram;
 497           renderProfile = av_renderProfile;
 498           normaliseProfile = av_normaliseProfile;
 499         }
 500         else
 501         {
 502           renderHistogram = true;
 503           // don't need to set render/normaliseProfile since they are not
 504           // currently used in any other annotation track renderer
 505         }
 506       }
 507       Annotation[] row_annotations = row.annotations;
 508       if (!row.visible)
 509       {
 510         continue;
 511       }
 512       centreColLabels = row.centreColLabels || centreColLabelsDef;
 513       labelAllCols = row.showAllColLabels;
 514       scaleColLabel = row.scaleColLabel;
 515       lastSS = ' ';
 516       lastSSX = 0;
 517
 518       if (!useClip
 519               || ((y - charHeight) < visHeight && (y + row.height + charHeight * 2) >= sOffset))
 520       {// if_in_visible_region
 521         if (!clipst)
 522         {
 523           clipst = true;
 524           yfrom = y;
 525           f_i = i;
 526         }
 527         yto = y;
 528         f_to = i;
 529         if (row.graph > 0)
 530         {
 531           if (row.graphGroup > -1 && graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
 532           {
 533             continue;
 534           }
 535
 536           // this is so that we draw the characters below the graph
 537           y += row.height;
 538
 539           if (row.hasText)
 540           {
 541             iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 542             y -= charHeight;
 543           }
 544         }
 545         else if (row.hasText)
 546         {
 547           iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 548
 549         }
 550         else
 551         {
 552           iconOffset = 0;
 553         }
 554
 555         if (row.autoCalculated && av.isCalculationInProgress(row))
 556         {
 557           y += charHeight;
 558           usedFaded = true;
 559           g.drawImage(fadedImage, 0, y - row.height, imgWidth, y, 0, y
 560                   - row.height, imgWidth, y, annotationPanel);
 561           g.setColor(Color.black);
 562           // g.drawString("Calculating "+aa[i].label+"....",20, y-row.height/2);
 563
 564           continue;
 565         }
 566
 567         /*
 568          * else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 569          * aa[i].label.equals("Conservation")) {
 570          *
 571          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 572          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 573          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 574          *
 575          * g.setColor(Color.black); //
 576          * g.drawString("Calculating Conservation.....",20, y-row.height/2);
 577          *
 578          * continue; } else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 579          * aa[i].label.equals("Quality")) {
 580          *
 581          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 582          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 583          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 584          * g.setColor(Color.black); // /
 585          * g.drawString("Calculating Quality....",20, y-row.height/2);
 586          *
 587          * continue; }
 588          */
 589         // first pass sets up state for drawing continuation from left-hand
 590         // column
 591         // of startRes
 592         x = (startRes == 0) ? 0 : -1;
 593         while (x < endRes - startRes)
 594         {
 595           if (hasHiddenColumns)
 596           {
 597             column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(startRes + x);
 598             if (column > row_annotations.length - 1)
 599             {
 600               break;
 601             }
 602           }
 603           else
 604           {
 605             column = startRes + x;
 606           }
 607
 608           if ((row_annotations == null)
 609                   || (row_annotations.length <= column)
 610                   || (row_annotations[column] == null))
 611           {
 612             validRes = false;
 613           }
 614           else
 615           {
 616             validRes = true;
 617           }
 618           final String displayChar = validRes ? row_annotations[column].displayCharacter
 619                   : null;
 620           if (x > -1)
 621           {
 622             if (activeRow == i)
 623             {
 624               g.setColor(Color.red);
 625
 626               if (columnSelection != null)
 627               {
 628                 if (columnSelection.contains(column))
 629                 {
 630                   g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 631                 }
 632               }
 633             }
 634             if (row.getInvalidStrucPos() > x)
 635             {
 636               g.setColor(Color.orange);
 637               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 638             }
 639             else if (row.getInvalidStrucPos() == x)
 640             {
 641               g.setColor(Color.orange.darker());
 642               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 643             }
 644             if (validCharWidth && validRes && displayChar != null
 645                     && (displayChar.length() > 0))
 646             {
 647
 648               fmWidth = fm.charsWidth(displayChar.toCharArray(), 0,
 649                       displayChar.length());
 650               if (/* centreColLabels || */scaleColLabel)
 651               {
 652                 // fmWidth = fm.charsWidth(displayChar.toCharArray(), 0,
 653                 // displayChar.length());
 654                 //
 655                 // if (scaleColLabel)
 656                 // {
 657                 // justify the label and scale to fit in column
 658                 if (fmWidth > charWidth)
 659                 {
 660                   // scale only if the current font isn't already small enough
 661                   fmScaling = charWidth;
 662                   fmScaling /= fmWidth;
 663                   g.setFont(ofont.deriveFont(AffineTransform
 664                           .getScaleInstance(fmScaling, 1.0)));
 665                   // and update the label's width to reflect the scaling.
 666                   fmWidth = charWidth;
 667                 }
 668                 // }
 669               }
 670               // TODO is it ok to use width of / show all characters here?
 671               // else
 672               // {
 673               // fmWidth = fm.charWidth(displayChar.charAt(0));
 674               // }
 675               charOffset = (int) ((charWidth - fmWidth) / 2f);
 676
 677               if (row_annotations[column].colour == null)
 678               {
 679                 g.setColor(Color.black);
 680               }
 681               else
 682               {
 683                 g.setColor(row_annotations[column].colour);
 684               }
 685
 686               if (column == 0 || row.graph > 0)
 687               {
 688                 g.drawString(displayChar, (x * charWidth) + charOffset, y
 689                         + iconOffset);
 690               }
 691               else if (row_annotations[column - 1] == null
 692                       || (labelAllCols
 693                               || !displayChar
 694                                       .equals(row_annotations[column - 1].displayCharacter) || (displayChar
 695                               .length() < 2 && row_annotations[column].secondaryStructure == ' ')))
 696               {
 697                 g.drawString(displayChar, x * charWidth + charOffset, y
 698                         + iconOffset);
 699               }
 700               g.setFont(ofont);
 701             }
 702           }
 703           if (row.hasIcons)
 704           {
 705             char ss = validRes ? row_annotations[column].secondaryStructure
 706                     : '-';
 707
 708             if (ss == '(')
 709             {
 710               // distinguish between forward/backward base-pairing
 711               if (displayChar.indexOf(')') > -1)
 712               {
 713
 714                 ss = ')';
 715
 716               }
 717             }
 718             if (ss == '[')
 719             {
 720               if ((displayChar.indexOf(']') > -1))
 721               {
 722                 ss = ']';
 723
 724               }
 725             }
 726             if (ss == '{')
 727             {
 728               // distinguish between forward/backward base-pairing
 729               if (displayChar.indexOf('}') > -1)
 730               {
 731                 ss = '}';
 732
 733               }
 734             }
 735             if (ss == '<')
 736             {
 737               // distinguish between forward/backward base-pairing
 738               if (displayChar.indexOf('<') > -1)
 739               {
 740                 ss = '>';
 741
 742               }
 743             }
 744             if (isRNA && (ss >= CHAR_A) && (ss <= CHAR_Z))
 745             {
 746               // distinguish between forward/backward base-pairing
 747               int ssLowerCase = ss + UPPER_TO_LOWER;
 748               // TODO would .equals() be safer here? or charAt(0)?
 749               if (displayChar.indexOf(ssLowerCase) > -1)
 750               {
 751                 ss = (char) ssLowerCase;
 752               }
 753             }
 754
 755             if (!validRes || (ss != lastSS))
 756             {
 757
 758               if (x > -1)
 759               {
 760
 761                 int nb_annot = x - temp;
 762                 // System.out.println("\t type :"+lastSS+"\t x :"+x+"\t nbre annot :"+nb_annot);
 763                 switch (lastSS)
 764                 {
 765                 case '(': // Stem case for RNA secondary structure
 766                 case ')': // and opposite direction
 767                   drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 768                           iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 769                   temp = x;
 770                   break;
 771
 772                 case 'H':
 773                   if (!isRNA)
 774                   {
 775                     drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 776                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 777                             validEnd);
 778                     break;
 779                   }
 780                   // no break if isRNA - falls through to drawNotCanonicalAnnot!
 781                 case 'E':
 782                   if (!isRNA)
 783                   {
 784                     drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 785                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 786                             validEnd);
 787                     break;
 788                   }
 789                   // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 790
 791                 case '{':
 792                 case '}':
 793                 case '[':
 794                 case ']':
 795                 case '>':
 796                 case '<':
 797                 case 'A':
 798                 case 'a':
 799                 case 'B':
 800                 case 'b':
 801                 case 'C':
 802                 case 'c':
 803                 case 'D':
 804                 case 'd':
 805                 case 'e':
 806                 case 'F':
 807                 case 'f':
 808                 case 'G':
 809                 case 'g':
 810                 case 'h':
 811                 case 'I':
 812                 case 'i':
 813                 case 'J':
 814                 case 'j':
 815                 case 'K':
 816                 case 'k':
 817                 case 'L':
 818                 case 'l':
 819                 case 'M':
 820                 case 'm':
 821                 case 'N':
 822                 case 'n':
 823                 case 'O':
 824                 case 'o':
 825                 case 'P':
 826                 case 'p':
 827                 case 'Q':
 828                 case 'q':
 829                 case 'R':
 830                 case 'r':
 831                 case 'S':
 832                 case 's':
 833                 case 'T':
 834                 case 't':
 835                 case 'U':
 836                 case 'u':
 837                 case 'V':
 838                 case 'v':
 839                 case 'W':
 840                 case 'w':
 841                 case 'X':
 842                 case 'x':
 843                 case 'Y':
 844                 case 'y':
 845                 case 'Z':
 846                 case 'z':
 847
 848                   Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
 849                   drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations,
 850                           lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column,
 851                           validRes, validEnd);
 852                   temp = x;
 853                   break;
 854                 default:
 855                   g.setColor(Color.gray);
 856                   g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * charWidth)
 857                           - lastSSX, 2);
 858                   temp = x;
 859                   break;
 860                 }
 861               }
 862               if (validRes)
 863               {
 864                 lastSS = ss;
 865               }
 866               else
 867               {
 868                 lastSS = ' ';
 869               }
 870               if (x > -1)
 871               {
 872                 lastSSX = (x * charWidth);
 873               }
 874             }
 875           }
 876           column++;
 877           x++;
 878         }
 879         if (column >= row_annotations.length)
 880         {
 881           column = row_annotations.length - 1;
 882           validEnd = false;
 883         }
 884         else
 885         {
 886           validEnd = true;
 887         }
 888         if ((row_annotations == null) || (row_annotations.length <= column)
 889                 || (row_annotations[column] == null))
 890         {
 891           validRes = false;
 892         }
 893         else
 894         {
 895           validRes = true;
 896         }
 897         // x ++;
 898
 899         if (row.hasIcons)
 900         {
 901           switch (lastSS)
 902           {
 903
 904           case 'H':
 905             if (!isRNA)
 906             {
 907               drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 908                       startRes, column, validRes, validEnd);
 909               break;
 910             }
 911             // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 912
 913           case 'E':
 914             if (!isRNA)
 915             {
 916               drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 917                       startRes, column, validRes, validEnd);
 918               break;
 919             }
 920             // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 921
 922           case '(':
 923           case ')': // Stem case for RNA secondary structure
 924
 925             drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 926                     startRes, column, validRes, validEnd);
 927
 928             break;
 929           case '{':
 930           case '}':
 931           case '[':
 932           case ']':
 933           case '>':
 934           case '<':
 935           case 'A':
 936           case 'a':
 937           case 'B':
 938           case 'b':
 939           case 'C':
 940           case 'c':
 941           case 'D':
 942           case 'd':
 943           case 'e':
 944           case 'F':
 945           case 'f':
 946           case 'G':
 947           case 'g':
 948           case 'h':
 949           case 'I':
 950           case 'i':
 951           case 'J':
 952           case 'j':
 953           case 'K':
 954           case 'k':
 955           case 'L':
 956           case 'l':
 957           case 'M':
 958           case 'm':
 959           case 'N':
 960           case 'n':
 961           case 'O':
 962           case 'o':
 963           case 'P':
 964           case 'p':
 965           case 'Q':
 966           case 'q':
 967           case 'R':
 968           case 'r':
 969           case 'T':
 970           case 't':
 971           case 'U':
 972           case 'u':
 973           case 'V':
 974           case 'v':
 975           case 'W':
 976           case 'w':
 977           case 'X':
 978           case 'x':
 979           case 'Y':
 980           case 'y':
 981           case 'Z':
 982           case 'z':
 983             // System.out.println(lastSS);
 984             Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
 985             drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations, lastSSX,
 986                     x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 987             break;
 988           default:
 989             drawGlyphLine(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 990                     startRes, column, validRes, validEnd);
 991             break;
 992           }
 993         }
 994
 995         if (row.graph > 0 && row.graphHeight > 0)
 996         {
 997           if (row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH)
 998           {
 999             if (row.graphGroup > -1 && !graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
1000             {
1001               // TODO: JAL-1291 revise rendering model so the graphGroup map is
1002               // computed efficiently for all visible labels
1003               float groupmax = -999999, groupmin = 9999999;
1004               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1005               {
1006                 if (aa[gg].graphGroup != row.graphGroup)
1007                 {
1008                   continue;
1009                 }
1010
1011                 if (aa[gg] != row)
1012                 {
1013                   aa[gg].visible = false;
1014                 }
1015                 if (aa[gg].graphMax > groupmax)
1016                 {
1017                   groupmax = aa[gg].graphMax;
1018                 }
1019                 if (aa[gg].graphMin < groupmin)
1020                 {
1021                   groupmin = aa[gg].graphMin;
1022                 }
1023               }
1024
1025               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1026               {
1027                 if (aa[gg].graphGroup == row.graphGroup)
1028                 {
1029                   drawLineGraph(g, aa[gg], aa[gg].annotations, startRes,
1030                           endRes, y, groupmin, groupmax, row.graphHeight);
1031                 }
1032               }
1033
1034               graphGroupDrawn.set(row.graphGroup);
1035             }
1036             else
1037             {
1038               drawLineGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes, y,
1039                       row.graphMin, row.graphMax, row.graphHeight);
1040             }
1041           }
1042           else if (row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH)
1043           {
1044             drawBarGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes,
1045                     row.graphMin, row.graphMax, y, renderHistogram,
1046                     renderProfile, normaliseProfile);
1047           }
1048           else
1049           {
1050             AnnotationRowRendererI renderer = rendererFactoryI
1051                     .getRendererFor(row);
1052             if (renderer != null)
1053             {
1054               renderer.renderRow(g, charWidth, charHeight,
1055                       hasHiddenColumns, av, columnSelection, row,
1056                       row_annotations, startRes, endRes, row.graphMin,
1057                       row.graphMax, y);
1058             }
1059             if (debugRedraw)
1060             {
1061               if (renderer == null)
1062               {
1063                 System.err.println("No renderer found for "
1064                         + row.toString());
1065               }
1066               else
1067               {
1068                 System.err.println("rendered with "
1069                         + renderer.getClass().toString());
1070               }
1071             }
1072
1073           }
1074         }
1075       }
1076       else
1077       {
1078         if (clipst && !clipend)
1079         {
1080           clipend = true;
1081         }
1082       }// end if_in_visible_region
1083       if (row.graph > 0 && row.hasText)
1084       {
1085         y += charHeight;
1086       }
1087
1088       if (row.graph == 0)
1089       {
1090         y += aa[i].height;
1091       }
1092     }
1093     if (debugRedraw)
1094     {
1095       if (canClip)
1096       {
1097         if (clipst)
1098         {
1099           System.err.println("Start clip at : " + yfrom + " (index " + f_i
1100                   + ")");
1101         }
1102         if (clipend)
1103         {
1104           System.err.println("End clip at : " + yto + " (index " + f_to
1105                   + ")");
1106         }
1107       }
1108       ;
1109       System.err.println("Annotation Rendering time:"
1110               + (System.currentTimeMillis() - stime));
1111     }
1112     ;
1113
1114     return !usedFaded;
1115   }
1116
1117   public static final Color GLYPHLINE_COLOR = Color.gray;
1118
1119   public static final Color SHEET_COLOUR = Color.green;
1120
1121   public static final Color HELIX_COLOUR = Color.red;
1122
1123   public static final Color STEM_COLOUR = Color.blue;
1124
1125   private Color sdNOTCANONICAL_COLOUR;
1126
1127   void drawGlyphLine(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX, int x,
1128           int y, int iconOffset, int startRes, int column,
1129           boolean validRes, boolean validEnd)
1130   {
1131     g.setColor(GLYPHLINE_COLOR);
1132     g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * charWidth) - lastSSX, 2);
1133   }
1134
1135   void drawSheetAnnot(Graphics g, Annotation[] row,
1136
1137   int lastSSX, int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
1138           boolean validRes, boolean validEnd)
1139   {
1140     g.setColor(SHEET_COLOUR);
1141
1142     if (!validEnd || !validRes || row == null || row[column] == null
1143             || row[column].secondaryStructure != 'E')
1144     {
1145       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,
1146               (x * charWidth) - lastSSX - 4, 7);
1147       g.fillPolygon(new int[] { (x * charWidth) - 4, (x * charWidth) - 4,
1148           (x * charWidth) }, new int[] { y + iconOffset,
1149           y + 14 + iconOffset, y + 7 + iconOffset }, 3);
1150     }
1151     else
1152     {
1153       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,
1154               (x + 1) * charWidth - lastSSX, 7);
1155     }
1156
1157   }
1158
1159   void drawHelixAnnot(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX, int x,
1160           int y, int iconOffset, int startRes, int column,
1161           boolean validRes, boolean validEnd)
1162   {
1163     g.setColor(HELIX_COLOUR);
1164
1165     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
1166     int x1 = lastSSX;
1167     int x2 = (x * charWidth);
1168
1169     if (MAC)
1170     {
1171       int ofs = charWidth / 2;
1172       // Off by 1 offset when drawing rects and ovals
1173       // to offscreen image on the MAC
1174       g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8, 8, 8);
1175       if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1176               || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1177       {
1178       }
1179       else
1180       {
1181         // g.setColor(Color.orange);
1182         g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1 - ofs + 1, 8,
1183                 0, 0);
1184       }
1185       if (!validRes || row[column] == null
1186               || row[column].secondaryStructure != 'H')
1187       {
1188
1189       }
1190       else
1191       {
1192         // g.setColor(Color.magenta);
1193         g.fillRoundRect(lastSSX + ofs, y + 4 + iconOffset, x2 - x1 - ofs
1194                 + 1, 8, 0, 0);
1195
1196       }
1197
1198       return;
1199     }
1200
1201     if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1202             || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1203     {
1204       g.fillArc(lastSSX, y + 4 + iconOffset, charWidth, 8, 90, 180);
1205       x1 += charWidth / 2;
1206     }
1207
1208     if (!validRes || row[column] == null
1209             || row[column].secondaryStructure != 'H')
1210     {
1211       g.fillArc((x * charWidth) - charWidth, y + 4 + iconOffset, charWidth,
1212               8, 270, 180);
1213       x2 -= charWidth / 2;
1214     }
1215
1216     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8);
1217   }
1218
1219   void drawLineGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1220           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, int y,
1221           float min, float max, int graphHeight)
1222   {
1223     if (sRes > aa_annotations.length)
1224     {
1225       return;
1226     }
1227
1228     int x = 0;
1229
1230     // Adjustment for fastpaint to left
1231     if (eRes < endRes)
1232     {
1233       eRes++;
1234     }
1235
1236     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1237
1238     if (sRes == 0)
1239     {
1240       x++;
1241     }
1242
1243     int y1 = y, y2 = y;
1244     float range = max - min;
1245
1246     // //Draw origin
1247     if (min < 0)
1248     {
1249       y2 = y - (int) ((0 - min / range) * graphHeight);
1250     }
1251
1252     g.setColor(Color.gray);
1253     g.drawLine(x - charWidth, y2, (eRes - sRes + 1) * charWidth, y2);
1254
1255     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1256
1257     int column;
1258     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1259
1260     while (x < eRes - sRes)
1261     {
1262       column = sRes + x;
1263       if (hasHiddenColumns)
1264       {
1265         column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(column);
1266       }
1267
1268       if (column > aaMax)
1269       {
1270         break;
1271       }
1272
1273       if (aa_annotations[column] == null
1274               || aa_annotations[column - 1] == null)
1275       {
1276         x++;
1277         continue;
1278       }
1279
1280       if (aa_annotations[column].colour == null)
1281       {
1282         g.setColor(Color.black);
1283       }
1284       else
1285       {
1286         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1287       }
1288
1289       y1 = y
1290               - (int) (((aa_annotations[column - 1].value - min) / range) * graphHeight);
1291       y2 = y
1292               - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / range) * graphHeight);
1293
1294       g.drawLine(x * charWidth - charWidth / 2, y1, x * charWidth
1295               + charWidth / 2, y2);
1296       x++;
1297     }
1298
1299     if (_aa.threshold != null)
1300     {
1301       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1302       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1303       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1304               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[] { 5f, 3f }, 0f));
1305
1306       y2 = (int) (y - ((_aa.threshold.value - min) / range) * graphHeight);
1307       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1308       g2.setStroke(new BasicStroke());
1309     }
1310   }
1311
1312   void drawBarGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1313           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, float min,
1314           float max, int y, boolean renderHistogram, boolean renderProfile,
1315           boolean normaliseProfile)
1316   {
1317     if (sRes > aa_annotations.length)
1318     {
1319       return;
1320     }
1321     Font ofont = g.getFont();
1322     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1323
1324     int x = 0, y1 = y, y2 = y;
1325
1326     float range = max - min;
1327
1328     if (min < 0)
1329     {
1330       y2 = y - (int) ((0 - min / (range)) * _aa.graphHeight);
1331     }
1332
1333     g.setColor(Color.gray);
1334
1335     g.drawLine(x, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1336
1337     int column;
1338     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1339     while (x < eRes - sRes)
1340     {
1341       column = sRes + x;
1342       if (hasHiddenColumns)
1343       {
1344         column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(column);
1345       }
1346
1347       if (column > aaMax)
1348       {
1349         break;
1350       }
1351
1352       if (aa_annotations[column] == null)
1353       {
1354         x++;
1355         continue;
1356       }
1357       if (aa_annotations[column].colour == null)
1358       {
1359         g.setColor(Color.black);
1360       }
1361       else
1362       {
1363         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1364       }
1365
1366       y1 = y
1367               - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / (range)) * _aa.graphHeight);
1368
1369       if (renderHistogram)
1370       {
1371         if (y1 - y2 > 0)
1372         {
1373           g.fillRect(x * charWidth, y2, charWidth, y1 - y2);
1374         }
1375         else
1376         {
1377           g.fillRect(x * charWidth, y1, charWidth, y2 - y1);
1378         }
1379       }
1380       // draw profile if available
1381       if (renderProfile)
1382       {
1383
1384         /*
1385          * {profile type, #values, total count, char1, pct1, char2, pct2...}
1386          */
1387         int profl[] = getProfileFor(_aa, column);
1388
1389         // just try to draw the logo if profl is not null
1390         if (profl != null && profl[2] != 0)
1391         {
1392           boolean isStructureProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.STRUCTURE_PROFILE;
1393           boolean isCdnaProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.CDNA_PROFILE;
1394           float ht = normaliseProfile ? y - _aa.graphHeight : y1;
1395           double htn = normaliseProfile ? _aa.graphHeight : (y2 - y1);// aa.graphHeight;
1396           double hght;
1397           float wdth;
1398           double ht2 = 0;
1399           char[] dc;
1400
1401           /**
1402            * Render a single base for a sequence profile, a base pair for
1403            * structure profile, and a triplet for a cdna profile
1404            */
1405           dc = new char[isStructureProfile ? 2 : (isCdnaProfile ? 3 : 1)];
1406
1407           LineMetrics lm = g.getFontMetrics(ofont).getLineMetrics("Q", g);
1408           double scale = 1f / (normaliseProfile ? profl[2] : 100f);
1409           float ofontHeight = 1f / lm.getAscent();// magnify to fill box
1410           double scl = 0.0;
1411
1412           /*
1413            * Traverse the character(s)/percentage data in the array
1414            */
1415           int c = 3;
1416           int valuesProcessed = 0;
1417           // profl[1] is the number of values in the profile
1418           while (valuesProcessed < profl[1])
1419           {
1420             if (isStructureProfile)
1421             {
1422               // todo can we encode a structure pair as an int, like codons?
1423               dc[0] = (char) profl[c++];
1424               dc[1] = (char) profl[c++];
1425             }
1426             else if (isCdnaProfile)
1427             {
1428               dc = CodingUtils.decodeCodon(profl[c++]);
1429             }
1430             else
1431             {
1432               dc[0] = (char) profl[c++];
1433             }
1434
1435             wdth = charWidth;
1436             wdth /= fm.charsWidth(dc, 0, dc.length);
1437
1438             ht += scl;
1439             // next profl[] position is profile % for the character(s)
1440             scl = htn * scale * profl[c++];
1441             lm = ofont.getLineMetrics(dc, 0, 1, g.getFontMetrics()
1442                     .getFontRenderContext());
1443             Font font = ofont.deriveFont(AffineTransform.getScaleInstance(
1444                     wdth, scl / lm.getAscent()));
1445             g.setFont(font);
1446             lm = g.getFontMetrics().getLineMetrics(dc, 0, 1, g);
1447
1448             // Debug - render boxes around characters
1449             // g.setColor(Color.red);
1450             // g.drawRect(x*av.charWidth, (int)ht, av.charWidth,
1451             // (int)(scl));
1452             // g.setColor(profcolour.findColour(dc[0]).darker());
1453
1454             /*
1455              * Set character colour as per alignment colour scheme; use the
1456              * codon translation if a cDNA profile
1457              */
1458             Color colour = null;
1459             if (isCdnaProfile)
1460             {
1461               final String codonTranslation = ResidueProperties
1462                       .codonTranslate(new String(dc));
1463               colour = profcolour.findColour(codonTranslation.charAt(0),
1464                       column, null);
1465             }
1466             else
1467             {
1468               colour = profcolour.findColour(dc[0], column, null);
1469             }
1470             g.setColor(colour == Color.white ? Color.lightGray : colour);
1471
1472             hght = (ht + (scl - lm.getDescent() - lm.getBaselineOffsets()[lm
1473                     .getBaselineIndex()]));
1474
1475             g.drawChars(dc, 0, dc.length, x * charWidth, (int) hght);
1476             valuesProcessed++;
1477           }
1478           g.setFont(ofont);
1479         }
1480       }
1481       x++;
1482     }
1483     if (_aa.threshold != null)
1484     {
1485       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1486       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1487       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1488               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[] { 5f, 3f }, 0f));
1489
1490       y2 = (int) (y - ((_aa.threshold.value - min) / range)
1491               * _aa.graphHeight);
1492       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1493       g2.setStroke(new BasicStroke());
1494     }
1495   }
1496
1497   // used by overview window
1498   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1499           Annotation[] aa_annotations, int width, int y, int sRes, int eRes)
1500   {
1501     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1502     g.setColor(Color.white);
1503     g.fillRect(0, 0, width, y);
1504     g.setColor(new Color(0, 0, 180));
1505
1506     int x = 0, height;
1507
1508     for (int j = sRes; j < eRes; j++)
1509     {
1510       if (aa_annotations[j] != null)
1511       {
1512         if (aa_annotations[j].colour == null)
1513         {
1514           g.setColor(Color.black);
1515         }
1516         else
1517         {
1518           g.setColor(aa_annotations[j].colour);
1519         }
1520
1521         height = (int) ((aa_annotations[j].value / _aa.graphMax) * y);
1522         if (height > y)
1523         {
1524           height = y;
1525         }
1526
1527         g.fillRect(x, y - height, charWidth, height);
1528       }
1529       x += charWidth;
1530     }
1531   }
1532
1533   Color getNotCanonicalColor(char lastss)
1534   {
1535     switch (lastss)
1536     {
1537     case '{':
1538     case '}':
1539       return new Color(255, 125, 5);
1540
1541     case '[':
1542     case ']':
1543       return new Color(245, 115, 10);
1544
1545     case '>':
1546     case '<':
1547       return new Color(235, 135, 15);
1548
1549     case 'A':
1550     case 'a':
1551       return new Color(225, 105, 20);
1552
1553     case 'B':
1554     case 'b':
1555       return new Color(215, 145, 30);
1556
1557     case 'C':
1558     case 'c':
1559       return new Color(205, 95, 35);
1560
1561     case 'D':
1562     case 'd':
1563       return new Color(195, 155, 45);
1564
1565     case 'E':
1566     case 'e':
1567       return new Color(185, 85, 55);
1568
1569     case 'F':
1570     case 'f':
1571       return new Color(175, 165, 65);
1572
1573     case 'G':
1574     case 'g':
1575       return new Color(170, 75, 75);
1576
1577     case 'H':
1578     case 'h':
1579       return new Color(160, 175, 85);
1580
1581     case 'I':
1582     case 'i':
1583       return new Color(150, 65, 95);
1584
1585     case 'J':
1586     case 'j':
1587       return new Color(140, 185, 105);
1588
1589     case 'K':
1590     case 'k':
1591       return new Color(130, 55, 110);
1592
1593     case 'L':
1594     case 'l':
1595       return new Color(120, 195, 120);
1596
1597     case 'M':
1598     case 'm':
1599       return new Color(110, 45, 130);
1600
1601     case 'N':
1602     case 'n':
1603       return new Color(100, 205, 140);
1604
1605     case 'O':
1606     case 'o':
1607       return new Color(90, 35, 150);
1608
1609     case 'P':
1610     case 'p':
1611       return new Color(85, 215, 160);
1612
1613     case 'Q':
1614     case 'q':
1615       return new Color(75, 25, 170);
1616
1617     case 'R':
1618     case 'r':
1619       return new Color(65, 225, 180);
1620
1621     case 'S':
1622     case 's':
1623       return new Color(55, 15, 185);
1624
1625     case 'T':
1626     case 't':
1627       return new Color(45, 235, 195);
1628
1629     case 'U':
1630     case 'u':
1631       return new Color(35, 5, 205);
1632
1633     case 'V':
1634     case 'v':
1635       return new Color(25, 245, 215);
1636
1637     case 'W':
1638     case 'w':
1639       return new Color(15, 0, 225);
1640
1641     case 'X':
1642     case 'x':
1643       return new Color(10, 255, 235);
1644
1645     case 'Y':
1646     case 'y':
1647       return new Color(5, 150, 245);
1648
1649     case 'Z':
1650     case 'z':
1651       return new Color(0, 80, 255);
1652
1653     default:
1654       System.out.println("This is not a interaction : " + lastss);
1655       return null;
1656
1657     }
1658   }
1659 }