src/jalview/renderer/ContactGeometry.java

   1 package jalview.renderer;
   2
   3 import java.util.Iterator;
   4
   5 import jalview.datamodel.ContactListI;
   6
   7 public class ContactGeometry
   8 {
   9   final int pixels_step;
  10
  11   final double contacts_per_pixel;
  12
  13   final int contact_height;
  14
  15   public ContactGeometry(ContactListI contacts, int graphHeight)
  16   {
  17     contact_height = contacts.getContactHeight();
  18     // fractional number of contacts covering each pixel
  19     contacts_per_pixel = ((double) contact_height) / ((double) graphHeight);
  20
  21     if (contacts_per_pixel >= 1)
  22     {
  23       // many contacts rendered per pixel
  24       pixels_step = 1;
  25     }
  26     else
  27     {
  28       // pixel height for each contact
  29       pixels_step = (int) Math
  30               .ceil(((double) graphHeight) / (double) contact_height);
  31     }
  32   }
  33
  34   public class contactInterval
  35   {
  36     public contactInterval(int cStart, int cEnd, int pStart, int pEnd)
  37     {
  38       this.cStart = cStart;
  39       this.cEnd = cEnd;
  40       this.pStart = pStart;
  41       this.pEnd = pEnd;
  42     }
  43
  44     // range on contact list
  45     public final int cStart;
  46
  47     public final int cEnd;
  48
  49     // range in pixels
  50     public final int pStart;
  51
  52     public final int pEnd;
  53   }
  54
  55   /**
  56    *
  57    * @param pStart
  58    * @param pEnd
  59    * @return range for
  60    */
  61   public contactInterval mapFor(int pStart, int pEnd)
  62   {
  63     int cStart = (int) Math.floor(pStart * contacts_per_pixel);
  64     contactInterval ci = new contactInterval(cStart,
  65             (int) Math.min(contact_height,
  66                     Math.ceil(
  67                             cStart + (pEnd - pStart) * contacts_per_pixel)),
  68             pStart, pEnd);
  69
  70     return ci;
  71   }
  72
  73   public Iterator<contactInterval> iterateOverContactIntervals(
  74           int graphHeight)
  75   {
  76     // NOT YET IMPLEMENTED
  77     return null;
  78     // int cstart = 0, cend;
  79     //
  80     // for (int ht = y2,
  81     // eht = y2 - graphHeight; ht >= eht; ht -= pixels_step)
  82     // {
  83     // cstart = (int) Math.floor(((double) y2 - ht) * contacts_per_pixel);
  84     // cend = (int) Math.min(contact_height,
  85     // Math.ceil(cstart + contacts_per_pixel * pixels_step));
  86     //
  87     // return new Iterator<contactIntervals>() {
  88     //
  89     // @Override
  90     // public boolean hasNext()
  91     // {
  92     // // TODO Auto-generated method stub
  93     // return false;
  94     // }
  95     //
  96     // @Override
  97     // public contactIntervals next()
  98     // {
  99     // // TODO Auto-generated method stub
 100     // return null;
 101     // }
 102     //
 103     // }
 104   }
 105 }