src/jalview/renderer/ContactMapRenderer.java

   1 /**
   2  *
   3  */
   4 package jalview.renderer;
   5
   6 import jalview.api.AlignViewportI;
   7 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
   8 import jalview.datamodel.Annotation;
   9 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  10 import jalview.datamodel.ContactListI;
  11 import jalview.datamodel.ContactRange;
  12 import jalview.renderer.api.AnnotationRowRendererI;
  13
  14 import java.awt.Color;
  15 import java.awt.Graphics;
  16
  17 /**
  18  * @author jprocter
  19  *
  20  */
  21 public class ContactMapRenderer implements AnnotationRowRendererI
  22 {
  23
  24   @Override
  25   public void renderRow(Graphics g, int charWidth, int charHeight,
  26           boolean hasHiddenColumns, AlignViewportI viewport,
  27           ColumnSelection columnSelection, AlignmentAnnotation _aa,
  28           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, float min,
  29           float max, int y)
  30   {
  31     if (sRes > aa_annotations.length)
  32     {
  33       return;
  34     }
  35     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
  36
  37     int x = 0, y2 = y;
  38
  39     g.setColor(Color.pink);
  40
  41     g.drawLine(x, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
  42
  43     int column;
  44     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
  45     while (x < eRes - sRes)
  46     {
  47       column = sRes + x;
  48       if (hasHiddenColumns)
  49       {
  50         column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(column);
  51       }
  52
  53       if (column > aaMax)
  54       {
  55         break;
  56       }
  57
  58       if (aa_annotations[column] == null)
  59       {
  60         x++;
  61         continue;
  62       }
  63       /*
  64        * {profile type, #values, total count, char1, pct1, char2, pct2...}
  65        */
  66       ContactListI contacts = viewport.getContactList(_aa, column);
  67       min = _aa.graphMin;
  68       max = _aa.graphMax;
  69       if (contacts == null)
  70       {
  71         return;
  72       }
  73
  74       // cell height to render
  75       double scale = (_aa.graphHeight < contacts.getContactHeight()) ? 1
  76               : (((double) _aa.graphHeight) / (double) contacts
  77                       .getContactHeight());
  78       int cstart, cend = -1;
  79       for (int ht = y2, eht = y2 - _aa.graphHeight; ht >= eht; ht -= scale)
  80       {
  81         cstart = cend + 1;
  82         cend = -1
  83                 + (contacts.getContactHeight() * (ht - eht) / _aa.graphHeight);
  84         // TODO show maximum colour for range - sort of done
  85         // also need a 'getMaxPosForRange(start,end)'
  86         g.setColor(getColorForRange(contacts, cstart, cend));
  87
  88         if (scale > 1)
  89         {
  90           g.fillRect(x * charWidth, ht, charWidth, 1 + (int) scale);
  91         }
  92         else
  93         {
  94           g.drawLine(x * charWidth, ht, (x + 1) * charWidth, ht);
  95         }
  96       }
  97       x++;
  98     }
  99
 100   }
 101
 102   Color minColor = Color.white, maxColor = Color.magenta;
 103
 104   float min, max;
 105
 106   Color shadeFor(float value)
 107   {
 108     return jalview.util.ColorUtils.getGraduatedColour(value, 0, minColor,
 109             max, maxColor);
 110   }
 111
 112   public Color getColorForRange(ContactListI cl, int i, int j)
 113   {
 114     ContactRange cr = cl.getRangeFor(i, j);
 115     // average for moment - probably more interested in maxIntProj though
 116     return shadeFor((float) cr.getMean());
 117   }
 118
 119 }