src/jalview/rest/FetchSequencesEndpoint.java

   1 package jalview.rest;
   2
   3 import java.util.List;
   4 import java.util.Map;
   5
   6 import javax.servlet.http.HttpServletRequest;
   7 import javax.servlet.http.HttpServletResponse;
   8
   9 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  10 import jalview.bin.Console;
  11 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  12 import jalview.datamodel.SequenceI;
  13 import jalview.gui.AlignFrame;
  14 import jalview.gui.Desktop;
  15 import jalview.gui.SequenceFetcher;
  16 import jalview.util.DBRefUtils;
  17
  18 public class FetchSequencesEndpoint extends AbstractEndpointAsync
  19 {
  20   public FetchSequencesEndpoint(API api)
  21   {
  22     super(api, path, name, parameters, description);
  23   }
  24
  25   private static final String path = "fetchsequences";
  26
  27   private static final String name = "Fetch Sequences";
  28
  29   private static final String parameters = "<resource name>/<sequence ids>";
  30
  31   private static final String description = "Fetch sequences from online resource";
  32
  33   private SequenceFetcher sf;
  34
  35   @Override
  36   protected void initialise(HttpServletRequest request,
  37           HttpServletResponse response)
  38   {
  39     if (!checkParameters(request, response, 2))
  40     {
  41       return;
  42     }
  43     String[] parameters = getEndpointPathParameters(request);
  44
  45     String dbName = parameters[0];
  46     String dbId = parameters[1];
  47
  48     setId(request, dbName + "::" + dbId);
  49     saveParameters(request);
  50
  51     if (checkStatus(request, response))
  52       return;
  53
  54     String db = DBRefUtils.getCanonicalName(dbName);
  55     Desktop desktop = Desktop.instance;
  56     sf = new SequenceFetcher(desktop, db, dbId, false);
  57     setCompletableFuture(sf.ok_actionPerformed(true, getId()));
  58   }
  59
  60   protected void processAsync(HttpServletRequest request,
  61           HttpServletResponse response, Map<String, Object> map)
  62   {
  63     // all the work being done by the SequenceFetcher!
  64     Console.warn("THIS SHOULD NOT BE RUN");
  65   }
  66
  67   @Override
  68   protected void atEnd()
  69   {
  70     sf.close_actionPerformed(null);
  71   }
  72
  73   @Override
  74   protected String finishedResponseString(HttpServletRequest request,
  75           HttpServletResponse response)
  76   {
  77     AlignFrame af = getAlignFrameFromId(request, "id");
  78     if (af == null)
  79       return null;
  80     List<AlignmentViewPanel> aps = (List<AlignmentViewPanel>) af
  81             .getAlignPanels();
  82     StringBuilder sb = new StringBuilder();
  83     for (AlignmentViewPanel ap : aps)
  84     {
  85       AlignmentI al = ap.getAlignment();
  86       if (al == null)
  87         continue;
  88       List<SequenceI> seqs = (List<SequenceI>) al.getSequences();
  89       for (SequenceI seq : seqs)
  90       {
  91         if (sb.length() > 0)
  92           sb.append(",");
  93         sb.append(seq.getName());
  94         seq.setStart(1000);
  95       }
  96     }
  97     sb.insert(0, "sequences=");
  98     sb.append("\n");
  99     return sb.toString();
 100   }
 101
 102 }