src/jalview/schemabinding/version2/Annotation.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)\r
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  * \r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  * \r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.schemabinding.version2;\r
  20 \r
  21 // ---------------------------------/\r
  22 // - Imported classes and packages -/\r
  23 // ---------------------------------/\r
  24 \r
  25 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  26 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  27 \r
  28 /**\r
  29  * Class Annotation.\r
  30  * \r
  31  * @version $Revision$ $Date$\r
  32  */\r
  33 public class Annotation implements java.io.Serializable\r
  34 {\r
  35 \r
  36   // --------------------------/\r
  37   // - Class/Member Variables -/\r
  38   // --------------------------/\r
  39 \r
  40   /**\r
  41    * Field _graph.\r
  42    */\r
  43   private boolean _graph;\r
  44 \r
  45   /**\r
  46    * keeps track of state for field: _graph\r
  47    */\r
  48   private boolean _has_graph;\r
  49 \r
  50   /**\r
  51    * Field _graphType.\r
  52    */\r
  53   private int _graphType;\r
  54 \r
  55   /**\r
  56    * keeps track of state for field: _graphType\r
  57    */\r
  58   private boolean _has_graphType;\r
  59 \r
  60   /**\r
  61    * Field _sequenceRef.\r
  62    */\r
  63   private java.lang.String _sequenceRef;\r
  64 \r
  65   /**\r
  66    * Field _graphColour.\r
  67    */\r
  68   private int _graphColour;\r
  69 \r
  70   /**\r
  71    * keeps track of state for field: _graphColour\r
  72    */\r
  73   private boolean _has_graphColour;\r
  74 \r
  75   /**\r
  76    * Field _graphGroup.\r
  77    */\r
  78   private int _graphGroup;\r
  79 \r
  80   /**\r
  81    * keeps track of state for field: _graphGroup\r
  82    */\r
  83   private boolean _has_graphGroup;\r
  84 \r
  85   /**\r
  86    * Field _id.\r
  87    */\r
  88   private java.lang.String _id;\r
  89 \r
  90   /**\r
  91    * Field _scoreOnly.\r
  92    */\r
  93   private boolean _scoreOnly = false;\r
  94 \r
  95   /**\r
  96    * keeps track of state for field: _scoreOnly\r
  97    */\r
  98   private boolean _has_scoreOnly;\r
  99 \r
 100   /**\r
 101    * Field _score.\r
 102    */\r
 103   private double _score;\r
 104 \r
 105   /**\r
 106    * keeps track of state for field: _score\r
 107    */\r
 108   private boolean _has_score;\r
 109 \r
 110   /**\r
 111    * Field _visible.\r
 112    */\r
 113   private boolean _visible;\r
 114 \r
 115   /**\r
 116    * keeps track of state for field: _visible\r
 117    */\r
 118   private boolean _has_visible;\r
 119 \r
 120   /**\r
 121    * Field _annotationElementList.\r
 122    */\r
 123   private java.util.Vector _annotationElementList;\r
 124 \r
 125   /**\r
 126    * Field _label.\r
 127    */\r
 128   private java.lang.String _label;\r
 129 \r
 130   /**\r
 131    * Field _description.\r
 132    */\r
 133   private java.lang.String _description;\r
 134 \r
 135   /**\r
 136    * Field _thresholdLine.\r
 137    */\r
 138   private jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine _thresholdLine;\r
 139 \r
 140   // ----------------/\r
 141   // - Constructors -/\r
 142   // ----------------/\r
 143 \r
 144   public Annotation()\r
 145   {\r
 146     super();\r
 147     this._annotationElementList = new java.util.Vector();\r
 148   }\r
 149 \r
 150   // -----------/\r
 151   // - Methods -/\r
 152   // -----------/\r
 153 \r
 154   /**\r
 155    * \r
 156    * \r
 157    * @param vAnnotationElement\r
 158    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 159    *                 if the index given is outside the bounds of the collection\r
 160    */\r
 161   public void addAnnotationElement(\r
 162           final jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement vAnnotationElement)\r
 163           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 164   {\r
 165     this._annotationElementList.addElement(vAnnotationElement);\r
 166   }\r
 167 \r
 168   /**\r
 169    * \r
 170    * \r
 171    * @param index\r
 172    * @param vAnnotationElement\r
 173    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 174    *                 if the index given is outside the bounds of the collection\r
 175    */\r
 176   public void addAnnotationElement(\r
 177           final int index,\r
 178           final jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement vAnnotationElement)\r
 179           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 180   {\r
 181     this._annotationElementList.add(index, vAnnotationElement);\r
 182   }\r
 183 \r
 184   /**\r
 185    */\r
 186   public void deleteGraph()\r
 187   {\r
 188     this._has_graph = false;\r
 189   }\r
 190 \r
 191   /**\r
 192    */\r
 193   public void deleteGraphColour()\r
 194   {\r
 195     this._has_graphColour = false;\r
 196   }\r
 197 \r
 198   /**\r
 199    */\r
 200   public void deleteGraphGroup()\r
 201   {\r
 202     this._has_graphGroup = false;\r
 203   }\r
 204 \r
 205   /**\r
 206    */\r
 207   public void deleteGraphType()\r
 208   {\r
 209     this._has_graphType = false;\r
 210   }\r
 211 \r
 212   /**\r
 213    */\r
 214   public void deleteScore()\r
 215   {\r
 216     this._has_score = false;\r
 217   }\r
 218 \r
 219   /**\r
 220    */\r
 221   public void deleteScoreOnly()\r
 222   {\r
 223     this._has_scoreOnly = false;\r
 224   }\r
 225 \r
 226   /**\r
 227    */\r
 228   public void deleteVisible()\r
 229   {\r
 230     this._has_visible = false;\r
 231   }\r
 232 \r
 233   /**\r
 234    * Method enumerateAnnotationElement.\r
 235    * \r
 236    * @return an Enumeration over all\r
 237    *         jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement elements\r
 238    */\r
 239   public java.util.Enumeration enumerateAnnotationElement()\r
 240   {\r
 241     return this._annotationElementList.elements();\r
 242   }\r
 243 \r
 244   /**\r
 245    * Method getAnnotationElement.\r
 246    * \r
 247    * @param index\r
 248    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 249    *                 if the index given is outside the bounds of the collection\r
 250    * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement\r
 251    *         at the given index\r
 252    */\r
 253   public jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement getAnnotationElement(\r
 254           final int index) throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 255   {\r
 256     // check bounds for index\r
 257     if (index < 0 || index >= this._annotationElementList.size())\r
 258     {\r
 259       throw new IndexOutOfBoundsException(\r
 260               "getAnnotationElement: Index value '" + index\r
 261                       + "' not in range [0.."\r
 262                       + (this._annotationElementList.size() - 1) + "]");\r
 263     }\r
 264 \r
 265     return (jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement) _annotationElementList\r
 266             .get(index);\r
 267   }\r
 268 \r
 269   /**\r
 270    * Method getAnnotationElement.Returns the contents of the collection in an\r
 271    * Array.\r
 272    * <p>\r
 273    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,\r
 274    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we\r
 275    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.\r
 276    * \r
 277    * @return this collection as an Array\r
 278    */\r
 279   public jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement[] getAnnotationElement()\r
 280   {\r
 281     jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement[] array = new jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement[0];\r
 282     return (jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement[]) this._annotationElementList\r
 283             .toArray(array);\r
 284   }\r
 285 \r
 286   /**\r
 287    * Method getAnnotationElementCount.\r
 288    * \r
 289    * @return the size of this collection\r
 290    */\r
 291   public int getAnnotationElementCount()\r
 292   {\r
 293     return this._annotationElementList.size();\r
 294   }\r
 295 \r
 296   /**\r
 297    * Returns the value of field 'description'.\r
 298    * \r
 299    * @return the value of field 'Description'.\r
 300    */\r
 301   public java.lang.String getDescription()\r
 302   {\r
 303     return this._description;\r
 304   }\r
 305 \r
 306   /**\r
 307    * Returns the value of field 'graph'.\r
 308    * \r
 309    * @return the value of field 'Graph'.\r
 310    */\r
 311   public boolean getGraph()\r
 312   {\r
 313     return this._graph;\r
 314   }\r
 315 \r
 316   /**\r
 317    * Returns the value of field 'graphColour'.\r
 318    * \r
 319    * @return the value of field 'GraphColour'.\r
 320    */\r
 321   public int getGraphColour()\r
 322   {\r
 323     return this._graphColour;\r
 324   }\r
 325 \r
 326   /**\r
 327    * Returns the value of field 'graphGroup'.\r
 328    * \r
 329    * @return the value of field 'GraphGroup'.\r
 330    */\r
 331   public int getGraphGroup()\r
 332   {\r
 333     return this._graphGroup;\r
 334   }\r
 335 \r
 336   /**\r
 337    * Returns the value of field 'graphType'.\r
 338    * \r
 339    * @return the value of field 'GraphType'.\r
 340    */\r
 341   public int getGraphType()\r
 342   {\r
 343     return this._graphType;\r
 344   }\r
 345 \r
 346   /**\r
 347    * Returns the value of field 'id'.\r
 348    * \r
 349    * @return the value of field 'Id'.\r
 350    */\r
 351   public java.lang.String getId()\r
 352   {\r
 353     return this._id;\r
 354   }\r
 355 \r
 356   /**\r
 357    * Returns the value of field 'label'.\r
 358    * \r
 359    * @return the value of field 'Label'.\r
 360    */\r
 361   public java.lang.String getLabel()\r
 362   {\r
 363     return this._label;\r
 364   }\r
 365 \r
 366   /**\r
 367    * Returns the value of field 'score'.\r
 368    * \r
 369    * @return the value of field 'Score'.\r
 370    */\r
 371   public double getScore()\r
 372   {\r
 373     return this._score;\r
 374   }\r
 375 \r
 376   /**\r
 377    * Returns the value of field 'scoreOnly'.\r
 378    * \r
 379    * @return the value of field 'ScoreOnly'.\r
 380    */\r
 381   public boolean getScoreOnly()\r
 382   {\r
 383     return this._scoreOnly;\r
 384   }\r
 385 \r
 386   /**\r
 387    * Returns the value of field 'sequenceRef'.\r
 388    * \r
 389    * @return the value of field 'SequenceRef'.\r
 390    */\r
 391   public java.lang.String getSequenceRef()\r
 392   {\r
 393     return this._sequenceRef;\r
 394   }\r
 395 \r
 396   /**\r
 397    * Returns the value of field 'thresholdLine'.\r
 398    * \r
 399    * @return the value of field 'ThresholdLine'.\r
 400    */\r
 401   public jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine getThresholdLine()\r
 402   {\r
 403     return this._thresholdLine;\r
 404   }\r
 405 \r
 406   /**\r
 407    * Returns the value of field 'visible'.\r
 408    * \r
 409    * @return the value of field 'Visible'.\r
 410    */\r
 411   public boolean getVisible()\r
 412   {\r
 413     return this._visible;\r
 414   }\r
 415 \r
 416   /**\r
 417    * Method hasGraph.\r
 418    * \r
 419    * @return true if at least one Graph has been added\r
 420    */\r
 421   public boolean hasGraph()\r
 422   {\r
 423     return this._has_graph;\r
 424   }\r
 425 \r
 426   /**\r
 427    * Method hasGraphColour.\r
 428    * \r
 429    * @return true if at least one GraphColour has been added\r
 430    */\r
 431   public boolean hasGraphColour()\r
 432   {\r
 433     return this._has_graphColour;\r
 434   }\r
 435 \r
 436   /**\r
 437    * Method hasGraphGroup.\r
 438    * \r
 439    * @return true if at least one GraphGroup has been added\r
 440    */\r
 441   public boolean hasGraphGroup()\r
 442   {\r
 443     return this._has_graphGroup;\r
 444   }\r
 445 \r
 446   /**\r
 447    * Method hasGraphType.\r
 448    * \r
 449    * @return true if at least one GraphType has been added\r
 450    */\r
 451   public boolean hasGraphType()\r
 452   {\r
 453     return this._has_graphType;\r
 454   }\r
 455 \r
 456   /**\r
 457    * Method hasScore.\r
 458    * \r
 459    * @return true if at least one Score has been added\r
 460    */\r
 461   public boolean hasScore()\r
 462   {\r
 463     return this._has_score;\r
 464   }\r
 465 \r
 466   /**\r
 467    * Method hasScoreOnly.\r
 468    * \r
 469    * @return true if at least one ScoreOnly has been added\r
 470    */\r
 471   public boolean hasScoreOnly()\r
 472   {\r
 473     return this._has_scoreOnly;\r
 474   }\r
 475 \r
 476   /**\r
 477    * Method hasVisible.\r
 478    * \r
 479    * @return true if at least one Visible has been added\r
 480    */\r
 481   public boolean hasVisible()\r
 482   {\r
 483     return this._has_visible;\r
 484   }\r
 485 \r
 486   /**\r
 487    * Returns the value of field 'graph'.\r
 488    * \r
 489    * @return the value of field 'Graph'.\r
 490    */\r
 491   public boolean isGraph()\r
 492   {\r
 493     return this._graph;\r
 494   }\r
 495 \r
 496   /**\r
 497    * Returns the value of field 'scoreOnly'.\r
 498    * \r
 499    * @return the value of field 'ScoreOnly'.\r
 500    */\r
 501   public boolean isScoreOnly()\r
 502   {\r
 503     return this._scoreOnly;\r
 504   }\r
 505 \r
 506   /**\r
 507    * Method isValid.\r
 508    * \r
 509    * @return true if this object is valid according to the schema\r
 510    */\r
 511   public boolean isValid()\r
 512   {\r
 513     try\r
 514     {\r
 515       validate();\r
 516     } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
 517     {\r
 518       return false;\r
 519     }\r
 520     return true;\r
 521   }\r
 522 \r
 523   /**\r
 524    * Returns the value of field 'visible'.\r
 525    * \r
 526    * @return the value of field 'Visible'.\r
 527    */\r
 528   public boolean isVisible()\r
 529   {\r
 530     return this._visible;\r
 531   }\r
 532 \r
 533   /**\r
 534    * \r
 535    * \r
 536    * @param out\r
 537    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
 538    *                 if object is null or if any SAXException is thrown during\r
 539    *                 marshaling\r
 540    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 541    *                 if this object is an invalid instance according to the\r
 542    *                 schema\r
 543    */\r
 544   public void marshal(final java.io.Writer out)\r
 545           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
 546           org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 547   {\r
 548     Marshaller.marshal(this, out);\r
 549   }\r
 550 \r
 551   /**\r
 552    * \r
 553    * \r
 554    * @param handler\r
 555    * @throws java.io.IOException\r
 556    *                 if an IOException occurs during marshaling\r
 557    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 558    *                 if this object is an invalid instance according to the\r
 559    *                 schema\r
 560    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
 561    *                 if object is null or if any SAXException is thrown during\r
 562    *                 marshaling\r
 563    */\r
 564   public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
 565           throws java.io.IOException,\r
 566           org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
 567           org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 568   {\r
 569     Marshaller.marshal(this, handler);\r
 570   }\r
 571 \r
 572   /**\r
 573    */\r
 574   public void removeAllAnnotationElement()\r
 575   {\r
 576     this._annotationElementList.clear();\r
 577   }\r
 578 \r
 579   /**\r
 580    * Method removeAnnotationElement.\r
 581    * \r
 582    * @param vAnnotationElement\r
 583    * @return true if the object was removed from the collection.\r
 584    */\r
 585   public boolean removeAnnotationElement(\r
 586           final jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement vAnnotationElement)\r
 587   {\r
 588     boolean removed = _annotationElementList.remove(vAnnotationElement);\r
 589     return removed;\r
 590   }\r
 591 \r
 592   /**\r
 593    * Method removeAnnotationElementAt.\r
 594    * \r
 595    * @param index\r
 596    * @return the element removed from the collection\r
 597    */\r
 598   public jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement removeAnnotationElementAt(\r
 599           final int index)\r
 600   {\r
 601     java.lang.Object obj = this._annotationElementList.remove(index);\r
 602     return (jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement) obj;\r
 603   }\r
 604 \r
 605   /**\r
 606    * \r
 607    * \r
 608    * @param index\r
 609    * @param vAnnotationElement\r
 610    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 611    *                 if the index given is outside the bounds of the collection\r
 612    */\r
 613   public void setAnnotationElement(\r
 614           final int index,\r
 615           final jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement vAnnotationElement)\r
 616           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 617   {\r
 618     // check bounds for index\r
 619     if (index < 0 || index >= this._annotationElementList.size())\r
 620     {\r
 621       throw new IndexOutOfBoundsException(\r
 622               "setAnnotationElement: Index value '" + index\r
 623                       + "' not in range [0.."\r
 624                       + (this._annotationElementList.size() - 1) + "]");\r
 625     }\r
 626 \r
 627     this._annotationElementList.set(index, vAnnotationElement);\r
 628   }\r
 629 \r
 630   /**\r
 631    * \r
 632    * \r
 633    * @param vAnnotationElementArray\r
 634    */\r
 635   public void setAnnotationElement(\r
 636           final jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement[] vAnnotationElementArray)\r
 637   {\r
 638     // -- copy array\r
 639     _annotationElementList.clear();\r
 640 \r
 641     for (int i = 0; i < vAnnotationElementArray.length; i++)\r
 642     {\r
 643       this._annotationElementList.add(vAnnotationElementArray[i]);\r
 644     }\r
 645   }\r
 646 \r
 647   /**\r
 648    * Sets the value of field 'description'.\r
 649    * \r
 650    * @param description\r
 651    *                the value of field 'description'.\r
 652    */\r
 653   public void setDescription(final java.lang.String description)\r
 654   {\r
 655     this._description = description;\r
 656   }\r
 657 \r
 658   /**\r
 659    * Sets the value of field 'graph'.\r
 660    * \r
 661    * @param graph\r
 662    *                the value of field 'graph'.\r
 663    */\r
 664   public void setGraph(final boolean graph)\r
 665   {\r
 666     this._graph = graph;\r
 667     this._has_graph = true;\r
 668   }\r
 669 \r
 670   /**\r
 671    * Sets the value of field 'graphColour'.\r
 672    * \r
 673    * @param graphColour\r
 674    *                the value of field 'graphColour'.\r
 675    */\r
 676   public void setGraphColour(final int graphColour)\r
 677   {\r
 678     this._graphColour = graphColour;\r
 679     this._has_graphColour = true;\r
 680   }\r
 681 \r
 682   /**\r
 683    * Sets the value of field 'graphGroup'.\r
 684    * \r
 685    * @param graphGroup\r
 686    *                the value of field 'graphGroup'.\r
 687    */\r
 688   public void setGraphGroup(final int graphGroup)\r
 689   {\r
 690     this._graphGroup = graphGroup;\r
 691     this._has_graphGroup = true;\r
 692   }\r
 693 \r
 694   /**\r
 695    * Sets the value of field 'graphType'.\r
 696    * \r
 697    * @param graphType\r
 698    *                the value of field 'graphType'.\r
 699    */\r
 700   public void setGraphType(final int graphType)\r
 701   {\r
 702     this._graphType = graphType;\r
 703     this._has_graphType = true;\r
 704   }\r
 705 \r
 706   /**\r
 707    * Sets the value of field 'id'.\r
 708    * \r
 709    * @param id\r
 710    *                the value of field 'id'.\r
 711    */\r
 712   public void setId(final java.lang.String id)\r
 713   {\r
 714     this._id = id;\r
 715   }\r
 716 \r
 717   /**\r
 718    * Sets the value of field 'label'.\r
 719    * \r
 720    * @param label\r
 721    *                the value of field 'label'.\r
 722    */\r
 723   public void setLabel(final java.lang.String label)\r
 724   {\r
 725     this._label = label;\r
 726   }\r
 727 \r
 728   /**\r
 729    * Sets the value of field 'score'.\r
 730    * \r
 731    * @param score\r
 732    *                the value of field 'score'.\r
 733    */\r
 734   public void setScore(final double score)\r
 735   {\r
 736     this._score = score;\r
 737     this._has_score = true;\r
 738   }\r
 739 \r
 740   /**\r
 741    * Sets the value of field 'scoreOnly'.\r
 742    * \r
 743    * @param scoreOnly\r
 744    *                the value of field 'scoreOnly'.\r
 745    */\r
 746   public void setScoreOnly(final boolean scoreOnly)\r
 747   {\r
 748     this._scoreOnly = scoreOnly;\r
 749     this._has_scoreOnly = true;\r
 750   }\r
 751 \r
 752   /**\r
 753    * Sets the value of field 'sequenceRef'.\r
 754    * \r
 755    * @param sequenceRef\r
 756    *                the value of field 'sequenceRef'.\r
 757    */\r
 758   public void setSequenceRef(final java.lang.String sequenceRef)\r
 759   {\r
 760     this._sequenceRef = sequenceRef;\r
 761   }\r
 762 \r
 763   /**\r
 764    * Sets the value of field 'thresholdLine'.\r
 765    * \r
 766    * @param thresholdLine\r
 767    *                the value of field 'thresholdLine'.\r
 768    */\r
 769   public void setThresholdLine(\r
 770           final jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine thresholdLine)\r
 771   {\r
 772     this._thresholdLine = thresholdLine;\r
 773   }\r
 774 \r
 775   /**\r
 776    * Sets the value of field 'visible'.\r
 777    * \r
 778    * @param visible\r
 779    *                the value of field 'visible'.\r
 780    */\r
 781   public void setVisible(final boolean visible)\r
 782   {\r
 783     this._visible = visible;\r
 784     this._has_visible = true;\r
 785   }\r
 786 \r
 787   /**\r
 788    * Method unmarshal.\r
 789    * \r
 790    * @param reader\r
 791    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
 792    *                 if object is null or if any SAXException is thrown during\r
 793    *                 marshaling\r
 794    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 795    *                 if this object is an invalid instance according to the\r
 796    *                 schema\r
 797    * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.Annotation\r
 798    */\r
 799   public static jalview.schemabinding.version2.Annotation unmarshal(\r
 800           final java.io.Reader reader)\r
 801           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
 802           org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 803   {\r
 804     return (jalview.schemabinding.version2.Annotation) Unmarshaller\r
 805             .unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Annotation.class,\r
 806                     reader);\r
 807   }\r
 808 \r
 809   /**\r
 810    * \r
 811    * \r
 812    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 813    *                 if this object is an invalid instance according to the\r
 814    *                 schema\r
 815    */\r
 816   public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 817   {\r
 818     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
 819     validator.validate(this);\r
 820   }\r
 821 \r
 822 }\r