Save graph threshold and annotation colours
[jalview.git] / src / jalview / schemabinding / version2 / AnnotationDescriptor.java
1 /*\r
2  * This class was automatically generated with \r
3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 0.9.6</a>, using an XML\r
4  * Schema.\r
5  * $Id$\r
6  */\r
7 \r
8 package jalview.schemabinding.version2;\r
9 \r
10   //---------------------------------/\r
11  //- Imported classes and packages -/\r
12 //---------------------------------/\r
13 \r
14 import org.exolab.castor.mapping.AccessMode;\r
15 import org.exolab.castor.xml.TypeValidator;\r
16 import org.exolab.castor.xml.XMLFieldDescriptor;\r
17 import org.exolab.castor.xml.validators.*;\r
18 \r
19 /**\r
20  * Class AnnotationDescriptor.\r
21  * \r
22  * @version $Revision$ $Date$\r
23  */\r
24 public class AnnotationDescriptor extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl {\r
25 \r
26 \r
27       //--------------------------/\r
28      //- Class/Member Variables -/\r
29     //--------------------------/\r
30 \r
31     /**\r
32      * Field nsPrefix\r
33      */\r
34     private java.lang.String nsPrefix;\r
35 \r
36     /**\r
37      * Field nsURI\r
38      */\r
39     private java.lang.String nsURI;\r
40 \r
41     /**\r
42      * Field xmlName\r
43      */\r
44     private java.lang.String xmlName;\r
45 \r
46     /**\r
47      * Field identity\r
48      */\r
49     private org.exolab.castor.xml.XMLFieldDescriptor identity;\r
50 \r
51 \r
52       //----------------/\r
53      //- Constructors -/\r
54     //----------------/\r
55 \r
56     public AnnotationDescriptor() {\r
57         super();\r
58         nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";\r
59         xmlName = "Annotation";\r
60         \r
61         //-- set grouping compositor\r
62         setCompositorAsSequence();\r
63         org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;\r
64         org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler              handler        = null;\r
65         org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;\r
66         //-- initialize attribute descriptors\r
67         \r
68         //-- _graph\r
69         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_graph", "graph", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
70         handler = (new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
71             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
72                 throws IllegalStateException\r
73             {\r
74                 Annotation target = (Annotation) object;\r
75                 if(!target.hasGraph())\r
76                     return null;\r
77                 return (target.getGraph() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
78             }\r
79             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
80                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
81             {\r
82                 try {\r
83                     Annotation target = (Annotation) object;\r
84                     // ignore null values for non optional primitives\r
85                     if (value == null) return;\r
86                     \r
87                     target.setGraph( ((java.lang.Boolean)value).booleanValue());\r
88                 }\r
89                 catch (java.lang.Exception ex) {\r
90                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
91                 }\r
92             }\r
93             public java.lang.Object newInstance( java.lang.Object parent ) {\r
94                 return null;\r
95             }\r
96         } );\r
97         desc.setHandler(handler);\r
98         desc.setRequired(true);\r
99         addFieldDescriptor(desc);\r
100         \r
101         //-- validation code for: _graph\r
102         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
103         fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
104         { //-- local scope\r
105             BooleanValidator typeValidator = new BooleanValidator();\r
106             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
107         }\r
108         desc.setValidator(fieldValidator);\r
109         //-- _graphType\r
110         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_graphType", "graphType", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
111         handler = (new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
112             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
113                 throws IllegalStateException\r
114             {\r
115                 Annotation target = (Annotation) object;\r
116                 if(!target.hasGraphType())\r
117                     return null;\r
118                 return new java.lang.Integer(target.getGraphType());\r
119             }\r
120             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
121                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
122             {\r
123                 try {\r
124                     Annotation target = (Annotation) object;\r
125                     // if null, use delete method for optional primitives \r
126                     if (value == null) {\r
127                         target.deleteGraphType();\r
128                         return;\r
129                     }\r
130                     target.setGraphType( ((java.lang.Integer)value).intValue());\r
131                 }\r
132                 catch (java.lang.Exception ex) {\r
133                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
134                 }\r
135             }\r
136             public java.lang.Object newInstance( java.lang.Object parent ) {\r
137                 return null;\r
138             }\r
139         } );\r
140         desc.setHandler(handler);\r
141         addFieldDescriptor(desc);\r
142         \r
143         //-- validation code for: _graphType\r
144         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
145         { //-- local scope\r
146             IntegerValidator typeValidator= new IntegerValidator();\r
147             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
148         }\r
149         desc.setValidator(fieldValidator);\r
150         //-- initialize element descriptors\r
151         \r
152         //-- _annotationElementList\r
153         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement.class, "_annotationElementList", "annotationElement", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
154         handler = (new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
155             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
156                 throws IllegalStateException\r
157             {\r
158                 Annotation target = (Annotation) object;\r
159                 return target.getAnnotationElement();\r
160             }\r
161             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
162                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
163             {\r
164                 try {\r
165                     Annotation target = (Annotation) object;\r
166                     target.addAnnotationElement( (jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement) value);\r
167                 }\r
168                 catch (java.lang.Exception ex) {\r
169                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
170                 }\r
171             }\r
172             public java.lang.Object newInstance( java.lang.Object parent ) {\r
173                 return new jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement();\r
174             }\r
175         } );\r
176         desc.setHandler(handler);\r
177         desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
178         desc.setRequired(true);\r
179         desc.setMultivalued(true);\r
180         addFieldDescriptor(desc);\r
181         \r
182         //-- validation code for: _annotationElementList\r
183         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
184         fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
185         { //-- local scope\r
186         }\r
187         desc.setValidator(fieldValidator);\r
188         //-- _label\r
189         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_label", "label", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
190         desc.setImmutable(true);\r
191         handler = (new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
192             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
193                 throws IllegalStateException\r
194             {\r
195                 Annotation target = (Annotation) object;\r
196                 return target.getLabel();\r
197             }\r
198             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
199                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
200             {\r
201                 try {\r
202                     Annotation target = (Annotation) object;\r
203                     target.setLabel( (java.lang.String) value);\r
204                 }\r
205                 catch (java.lang.Exception ex) {\r
206                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
207                 }\r
208             }\r
209             public java.lang.Object newInstance( java.lang.Object parent ) {\r
210                 return null;\r
211             }\r
212         } );\r
213         desc.setHandler(handler);\r
214         desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
215         desc.setRequired(true);\r
216         desc.setMultivalued(false);\r
217         addFieldDescriptor(desc);\r
218         \r
219         //-- validation code for: _label\r
220         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
221         fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
222         { //-- local scope\r
223             StringValidator typeValidator = new StringValidator();\r
224             typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
225             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
226         }\r
227         desc.setValidator(fieldValidator);\r
228         //-- _description\r
229         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_description", "description", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
230         desc.setImmutable(true);\r
231         handler = (new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
232             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
233                 throws IllegalStateException\r
234             {\r
235                 Annotation target = (Annotation) object;\r
236                 return target.getDescription();\r
237             }\r
238             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
239                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
240             {\r
241                 try {\r
242                     Annotation target = (Annotation) object;\r
243                     target.setDescription( (java.lang.String) value);\r
244                 }\r
245                 catch (java.lang.Exception ex) {\r
246                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
247                 }\r
248             }\r
249             public java.lang.Object newInstance( java.lang.Object parent ) {\r
250                 return null;\r
251             }\r
252         } );\r
253         desc.setHandler(handler);\r
254         desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
255         desc.setRequired(true);\r
256         desc.setMultivalued(false);\r
257         addFieldDescriptor(desc);\r
258         \r
259         //-- validation code for: _description\r
260         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
261         fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
262         { //-- local scope\r
263             StringValidator typeValidator = new StringValidator();\r
264             typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
265             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
266         }\r
267         desc.setValidator(fieldValidator);\r
268         //-- _thresholdLine\r
269         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine.class, "_thresholdLine", "thresholdLine", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
270         handler = (new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
271             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
272                 throws IllegalStateException\r
273             {\r
274                 Annotation target = (Annotation) object;\r
275                 return target.getThresholdLine();\r
276             }\r
277             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
278                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
279             {\r
280                 try {\r
281                     Annotation target = (Annotation) object;\r
282                     target.setThresholdLine( (jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine) value);\r
283                 }\r
284                 catch (java.lang.Exception ex) {\r
285                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
286                 }\r
287             }\r
288             public java.lang.Object newInstance( java.lang.Object parent ) {\r
289                 return new jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine();\r
290             }\r
291         } );\r
292         desc.setHandler(handler);\r
293         desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
294         desc.setMultivalued(false);\r
295         addFieldDescriptor(desc);\r
296         \r
297         //-- validation code for: _thresholdLine\r
298         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
299         { //-- local scope\r
300         }\r
301         desc.setValidator(fieldValidator);\r
302     } //-- jalview.schemabinding.version2.AnnotationDescriptor()\r
303 \r
304 \r
305       //-----------/\r
306      //- Methods -/\r
307     //-----------/\r
308 \r
309     /**\r
310      * Method getAccessMode\r
311      * \r
312      * \r
313      * \r
314      * @return AccessMode\r
315      */\r
316     public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
317     {\r
318         return null;\r
319     } //-- org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode() \r
320 \r
321     /**\r
322      * Method getExtends\r
323      * \r
324      * \r
325      * \r
326      * @return ClassDescriptor\r
327      */\r
328     public org.exolab.castor.mapping.ClassDescriptor getExtends()\r
329     {\r
330         return null;\r
331     } //-- org.exolab.castor.mapping.ClassDescriptor getExtends() \r
332 \r
333     /**\r
334      * Method getIdentity\r
335      * \r
336      * \r
337      * \r
338      * @return FieldDescriptor\r
339      */\r
340     public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
341     {\r
342         return identity;\r
343     } //-- org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity() \r
344 \r
345     /**\r
346      * Method getJavaClass\r
347      * \r
348      * \r
349      * \r
350      * @return Class\r
351      */\r
352     public java.lang.Class getJavaClass()\r
353     {\r
354         return jalview.schemabinding.version2.Annotation.class;\r
355     } //-- java.lang.Class getJavaClass() \r
356 \r
357     /**\r
358      * Method getNameSpacePrefix\r
359      * \r
360      * \r
361      * \r
362      * @return String\r
363      */\r
364     public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
365     {\r
366         return nsPrefix;\r
367     } //-- java.lang.String getNameSpacePrefix() \r
368 \r
369     /**\r
370      * Method getNameSpaceURI\r
371      * \r
372      * \r
373      * \r
374      * @return String\r
375      */\r
376     public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
377     {\r
378         return nsURI;\r
379     } //-- java.lang.String getNameSpaceURI() \r
380 \r
381     /**\r
382      * Method getValidator\r
383      * \r
384      * \r
385      * \r
386      * @return TypeValidator\r
387      */\r
388     public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
389     {\r
390         return this;\r
391     } //-- org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator() \r
392 \r
393     /**\r
394      * Method getXMLName\r
395      * \r
396      * \r
397      * \r
398      * @return String\r
399      */\r
400     public java.lang.String getXMLName()\r
401     {\r
402         return xmlName;\r
403     } //-- java.lang.String getXMLName() \r
404 \r
405 }\r