src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationDescriptor.java

   1 /*\r
   2  * This class was automatically generated with\r
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 0.9.6</a>, using an XML\r
   4  * Schema.\r
   5  * $Id$\r
   6  */\r
   7 \r
   8 package jalview.schemabinding.version2;\r
   9 \r
  10 //---------------------------------/\r
  11 //- Imported classes and packages -/\r
  12 //---------------------------------/\r
  13 \r
  14 import org.exolab.castor.xml.validators.*;\r
  15 \r
  16 /**\r
  17  * Class AnnotationDescriptor.\r
  18  *\r
  19  * @version $Revision$ $Date$\r
  20  */\r
  21 public class AnnotationDescriptor\r
  22     extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl\r
  23 {\r
  24 \r
  25   //--------------------------/\r
  26   //- Class/Member Variables -/\r
  27   //--------------------------/\r
  28 \r
  29   /**\r
  30    * Field nsPrefix\r
  31    */\r
  32   private java.lang.String nsPrefix;\r
  33 \r
  34   /**\r
  35    * Field nsURI\r
  36    */\r
  37   private java.lang.String nsURI;\r
  38 \r
  39   /**\r
  40    * Field xmlName\r
  41    */\r
  42   private java.lang.String xmlName;\r
  43 \r
  44   /**\r
  45    * Field identity\r
  46    */\r
  47   private org.exolab.castor.xml.XMLFieldDescriptor identity;\r
  48 \r
  49   //----------------/\r
  50   //- Constructors -/\r
  51   //----------------/\r
  52 \r
  53   public AnnotationDescriptor()\r
  54   {\r
  55     super();\r
  56     nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";\r
  57     xmlName = "Annotation";\r
  58 \r
  59     //-- set grouping compositor\r
  60     setCompositorAsSequence();\r
  61     org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;\r
  62     org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler handler = null;\r
  63     org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;\r
  64     //-- initialize attribute descriptors\r
  65 \r
  66     //-- _graph\r
  67     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.\r
  68         Boolean.TYPE, "_graph", "graph",\r
  69         org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
  70     handler = (new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
  71     {\r
  72       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
  73           throws IllegalStateException\r
  74       {\r
  75         Annotation target = (Annotation) object;\r
  76         if (!target.hasGraph())\r
  77         {\r
  78           return null;\r
  79         }\r
  80         return (target.getGraph() ? java.lang.Boolean.TRUE :\r
  81                 java.lang.Boolean.FALSE);\r
  82       }\r
  83 \r
  84       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
  85           throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
  86       {\r
  87         try\r
  88         {\r
  89           Annotation target = (Annotation) object;\r
  90           // ignore null values for non optional primitives\r
  91           if (value == null)\r
  92           {\r
  93             return;\r
  94           }\r
  95 \r
  96           target.setGraph( ( (java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
  97         }\r
  98         catch (java.lang.Exception ex)\r
  99         {\r
 100           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 101         }\r
 102       }\r
 103 \r
 104       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 105       {\r
 106         return null;\r
 107       }\r
 108     });\r
 109     desc.setHandler(handler);\r
 110     desc.setRequired(true);\r
 111     addFieldDescriptor(desc);\r
 112 \r
 113     //-- validation code for: _graph\r
 114     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 115     fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
 116     { //-- local scope\r
 117       BooleanValidator typeValidator = new BooleanValidator();\r
 118       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 119     }\r
 120     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 121     //-- _graphType\r
 122     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.\r
 123         Integer.TYPE, "_graphType", "graphType",\r
 124         org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 125     handler = (new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 126     {\r
 127       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 128           throws IllegalStateException\r
 129       {\r
 130         Annotation target = (Annotation) object;\r
 131         if (!target.hasGraphType())\r
 132         {\r
 133           return null;\r
 134         }\r
 135         return new java.lang.Integer(target.getGraphType());\r
 136       }\r
 137 \r
 138       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 139           throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 140       {\r
 141         try\r
 142         {\r
 143           Annotation target = (Annotation) object;\r
 144           // if null, use delete method for optional primitives\r
 145           if (value == null)\r
 146           {\r
 147             target.deleteGraphType();\r
 148             return;\r
 149           }\r
 150           target.setGraphType( ( (java.lang.Integer) value).intValue());\r
 151         }\r
 152         catch (java.lang.Exception ex)\r
 153         {\r
 154           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 155         }\r
 156       }\r
 157 \r
 158       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 159       {\r
 160         return null;\r
 161       }\r
 162     });\r
 163     desc.setHandler(handler);\r
 164     addFieldDescriptor(desc);\r
 165 \r
 166     //-- validation code for: _graphType\r
 167     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 168     { //-- local scope\r
 169       IntegerValidator typeValidator = new IntegerValidator();\r
 170       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 171     }\r
 172     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 173     //-- _sequenceRef\r
 174     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.\r
 175         String.class, "_sequenceRef", "sequenceRef",\r
 176         org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 177     desc.setImmutable(true);\r
 178     handler = (new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 179     {\r
 180       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 181           throws IllegalStateException\r
 182       {\r
 183         Annotation target = (Annotation) object;\r
 184         return target.getSequenceRef();\r
 185       }\r
 186 \r
 187       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 188           throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 189       {\r
 190         try\r
 191         {\r
 192           Annotation target = (Annotation) object;\r
 193           target.setSequenceRef( (java.lang.String) value);\r
 194         }\r
 195         catch (java.lang.Exception ex)\r
 196         {\r
 197           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 198         }\r
 199       }\r
 200 \r
 201       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 202       {\r
 203         return null;\r
 204       }\r
 205     });\r
 206     desc.setHandler(handler);\r
 207     addFieldDescriptor(desc);\r
 208 \r
 209     //-- validation code for: _sequenceRef\r
 210     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 211     { //-- local scope\r
 212       StringValidator typeValidator = new StringValidator();\r
 213       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
 214       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 215     }\r
 216     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 217     //-- _graphColour\r
 218     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.\r
 219         Integer.TYPE, "_graphColour", "graphColour",\r
 220         org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 221     handler = (new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 222     {\r
 223       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 224           throws IllegalStateException\r
 225       {\r
 226         Annotation target = (Annotation) object;\r
 227         if (!target.hasGraphColour())\r
 228         {\r
 229           return null;\r
 230         }\r
 231         return new java.lang.Integer(target.getGraphColour());\r
 232       }\r
 233 \r
 234       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 235           throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 236       {\r
 237         try\r
 238         {\r
 239           Annotation target = (Annotation) object;\r
 240           // if null, use delete method for optional primitives\r
 241           if (value == null)\r
 242           {\r
 243             target.deleteGraphColour();\r
 244             return;\r
 245           }\r
 246           target.setGraphColour( ( (java.lang.Integer) value).intValue());\r
 247         }\r
 248         catch (java.lang.Exception ex)\r
 249         {\r
 250           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 251         }\r
 252       }\r
 253 \r
 254       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 255       {\r
 256         return null;\r
 257       }\r
 258     });\r
 259     desc.setHandler(handler);\r
 260     addFieldDescriptor(desc);\r
 261 \r
 262     //-- validation code for: _graphColour\r
 263     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 264     { //-- local scope\r
 265       IntegerValidator typeValidator = new IntegerValidator();\r
 266       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 267     }\r
 268     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 269     //-- _graphGroup\r
 270     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.\r
 271         Integer.TYPE, "_graphGroup", "graphGroup",\r
 272         org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 273     handler = (new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 274     {\r
 275       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 276           throws IllegalStateException\r
 277       {\r
 278         Annotation target = (Annotation) object;\r
 279         if (!target.hasGraphGroup())\r
 280         {\r
 281           return null;\r
 282         }\r
 283         return new java.lang.Integer(target.getGraphGroup());\r
 284       }\r
 285 \r
 286       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 287           throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 288       {\r
 289         try\r
 290         {\r
 291           Annotation target = (Annotation) object;\r
 292           // if null, use delete method for optional primitives\r
 293           if (value == null)\r
 294           {\r
 295             target.deleteGraphGroup();\r
 296             return;\r
 297           }\r
 298           target.setGraphGroup( ( (java.lang.Integer) value).intValue());\r
 299         }\r
 300         catch (java.lang.Exception ex)\r
 301         {\r
 302           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 303         }\r
 304       }\r
 305 \r
 306       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 307       {\r
 308         return null;\r
 309       }\r
 310     });\r
 311     desc.setHandler(handler);\r
 312     addFieldDescriptor(desc);\r
 313 \r
 314     //-- validation code for: _graphGroup\r
 315     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 316     { //-- local scope\r
 317       IntegerValidator typeValidator = new IntegerValidator();\r
 318       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 319     }\r
 320     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 321     //-- _id\r
 322     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.\r
 323         String.class, "_id", "id", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 324     desc.setImmutable(true);\r
 325     handler = (new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 326     {\r
 327       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 328           throws IllegalStateException\r
 329       {\r
 330         Annotation target = (Annotation) object;\r
 331         return target.getId();\r
 332       }\r
 333 \r
 334       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 335           throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 336       {\r
 337         try\r
 338         {\r
 339           Annotation target = (Annotation) object;\r
 340           target.setId( (java.lang.String) value);\r
 341         }\r
 342         catch (java.lang.Exception ex)\r
 343         {\r
 344           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 345         }\r
 346       }\r
 347 \r
 348       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 349       {\r
 350         return null;\r
 351       }\r
 352     });\r
 353     desc.setHandler(handler);\r
 354     addFieldDescriptor(desc);\r
 355 \r
 356     //-- validation code for: _id\r
 357     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 358     { //-- local scope\r
 359       StringValidator typeValidator = new StringValidator();\r
 360       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
 361       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 362     }\r
 363     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 364     //-- initialize element descriptors\r
 365 \r
 366     //-- _annotationElementList\r
 367     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.\r
 368         schemabinding.version2.AnnotationElement.class,\r
 369         "_annotationElementList", "annotationElement",\r
 370                  org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 371     handler = (new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 372     {\r
 373       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 374           throws IllegalStateException\r
 375       {\r
 376         Annotation target = (Annotation) object;\r
 377         return target.getAnnotationElement();\r
 378       }\r
 379 \r
 380       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 381           throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 382       {\r
 383         try\r
 384         {\r
 385           Annotation target = (Annotation) object;\r
 386           target.addAnnotationElement( (jalview.schemabinding.version2.\r
 387                                         AnnotationElement) value);\r
 388         }\r
 389         catch (java.lang.Exception ex)\r
 390         {\r
 391           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 392         }\r
 393       }\r
 394 \r
 395       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 396       {\r
 397         return new jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement();\r
 398       }\r
 399     });\r
 400     desc.setHandler(handler);\r
 401     desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
 402     desc.setMultivalued(true);\r
 403     addFieldDescriptor(desc);\r
 404 \r
 405     //-- validation code for: _annotationElementList\r
 406     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 407     fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
 408     { //-- local scope\r
 409     }\r
 410     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 411     //-- _label\r
 412     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.\r
 413         String.class, "_label", "label", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 414     desc.setImmutable(true);\r
 415     handler = (new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 416     {\r
 417       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 418           throws IllegalStateException\r
 419       {\r
 420         Annotation target = (Annotation) object;\r
 421         return target.getLabel();\r
 422       }\r
 423 \r
 424       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 425           throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 426       {\r
 427         try\r
 428         {\r
 429           Annotation target = (Annotation) object;\r
 430           target.setLabel( (java.lang.String) value);\r
 431         }\r
 432         catch (java.lang.Exception ex)\r
 433         {\r
 434           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 435         }\r
 436       }\r
 437 \r
 438       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 439       {\r
 440         return null;\r
 441       }\r
 442     });\r
 443     desc.setHandler(handler);\r
 444     desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
 445     desc.setRequired(true);\r
 446     desc.setMultivalued(false);\r
 447     addFieldDescriptor(desc);\r
 448 \r
 449     //-- validation code for: _label\r
 450     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 451     fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
 452     { //-- local scope\r
 453       StringValidator typeValidator = new StringValidator();\r
 454       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
 455       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 456     }\r
 457     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 458     //-- _description\r
 459     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.\r
 460         String.class, "_description", "description",\r
 461         org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 462     desc.setImmutable(true);\r
 463     handler = (new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 464     {\r
 465       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 466           throws IllegalStateException\r
 467       {\r
 468         Annotation target = (Annotation) object;\r
 469         return target.getDescription();\r
 470       }\r
 471 \r
 472       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 473           throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 474       {\r
 475         try\r
 476         {\r
 477           Annotation target = (Annotation) object;\r
 478           target.setDescription( (java.lang.String) value);\r
 479         }\r
 480         catch (java.lang.Exception ex)\r
 481         {\r
 482           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 483         }\r
 484       }\r
 485 \r
 486       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 487       {\r
 488         return null;\r
 489       }\r
 490     });\r
 491     desc.setHandler(handler);\r
 492     desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
 493     desc.setMultivalued(false);\r
 494     addFieldDescriptor(desc);\r
 495 \r
 496     //-- validation code for: _description\r
 497     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 498     { //-- local scope\r
 499       StringValidator typeValidator = new StringValidator();\r
 500       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
 501       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 502     }\r
 503     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 504     //-- _thresholdLine\r
 505     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.\r
 506         schemabinding.version2.ThresholdLine.class, "_thresholdLine",\r
 507         "thresholdLine", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 508     handler = (new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 509     {\r
 510       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 511           throws IllegalStateException\r
 512       {\r
 513         Annotation target = (Annotation) object;\r
 514         return target.getThresholdLine();\r
 515       }\r
 516 \r
 517       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 518           throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 519       {\r
 520         try\r
 521         {\r
 522           Annotation target = (Annotation) object;\r
 523           target.setThresholdLine( (jalview.schemabinding.version2.\r
 524                                     ThresholdLine) value);\r
 525         }\r
 526         catch (java.lang.Exception ex)\r
 527         {\r
 528           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 529         }\r
 530       }\r
 531 \r
 532       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 533       {\r
 534         return new jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine();\r
 535       }\r
 536     });\r
 537     desc.setHandler(handler);\r
 538     desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
 539     desc.setMultivalued(false);\r
 540     addFieldDescriptor(desc);\r
 541 \r
 542     //-- validation code for: _thresholdLine\r
 543     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 544     { //-- local scope\r
 545     }\r
 546     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 547   } //-- jalview.schemabinding.version2.AnnotationDescriptor()\r
 548 \r
 549   //-----------/\r
 550   //- Methods -/\r
 551   //-----------/\r
 552 \r
 553   /**\r
 554    * Method getAccessMode\r
 555    *\r
 556    *\r
 557    *\r
 558    * @return AccessMode\r
 559    */\r
 560   public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
 561   {\r
 562     return null;\r
 563   } //-- org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
 564 \r
 565   /**\r
 566    * Method getExtends\r
 567    *\r
 568    *\r
 569    *\r
 570    * @return ClassDescriptor\r
 571    */\r
 572   public org.exolab.castor.mapping.ClassDescriptor getExtends()\r
 573   {\r
 574     return null;\r
 575   } //-- org.exolab.castor.mapping.ClassDescriptor getExtends()\r
 576 \r
 577   /**\r
 578    * Method getIdentity\r
 579    *\r
 580    *\r
 581    *\r
 582    * @return FieldDescriptor\r
 583    */\r
 584   public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
 585   {\r
 586     return identity;\r
 587   } //-- org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
 588 \r
 589   /**\r
 590    * Method getJavaClass\r
 591    *\r
 592    *\r
 593    *\r
 594    * @return Class\r
 595    */\r
 596   public java.lang.Class getJavaClass()\r
 597   {\r
 598     return jalview.schemabinding.version2.Annotation.class;\r
 599   } //-- java.lang.Class getJavaClass()\r
 600 \r
 601   /**\r
 602    * Method getNameSpacePrefix\r
 603    *\r
 604    *\r
 605    *\r
 606    * @return String\r
 607    */\r
 608   public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
 609   {\r
 610     return nsPrefix;\r
 611   } //-- java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
 612 \r
 613   /**\r
 614    * Method getNameSpaceURI\r
 615    *\r
 616    *\r
 617    *\r
 618    * @return String\r
 619    */\r
 620   public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
 621   {\r
 622     return nsURI;\r
 623   } //-- java.lang.String getNameSpaceURI()\r
 624 \r
 625   /**\r
 626    * Method getValidator\r
 627    *\r
 628    *\r
 629    *\r
 630    * @return TypeValidator\r
 631    */\r
 632   public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
 633   {\r
 634     return this;\r
 635   } //-- org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
 636 \r
 637   /**\r
 638    * Method getXMLName\r
 639    *\r
 640    *\r
 641    *\r
 642    * @return String\r
 643    */\r
 644   public java.lang.String getXMLName()\r
 645   {\r
 646     return xmlName;\r
 647   } //-- java.lang.String getXMLName()\r
 648 \r
 649 }\r