src/jalview/schemabinding/version2/JGroup.java

   1 /*
   2  * This class was automatically generated with
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
   4  * Schema.
   5  * $Id$
   6  */
   7
   8 package jalview.schemabinding.version2;
   9
  10 //---------------------------------/
  11 //- Imported classes and packages -/
  12 //---------------------------------/
  13
  14 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  15 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  16
  17 /**
  18  * Class JGroup.
  19  *
  20  * @version $Revision$ $Date$
  21  */
  22 public class JGroup implements java.io.Serializable
  23 {
  24
  25   // --------------------------/
  26   // - Class/Member Variables -/
  27   // --------------------------/
  28
  29   /**
  30    * Field _start.
  31    */
  32   private int _start;
  33
  34   /**
  35    * keeps track of state for field: _start
  36    */
  37   private boolean _has_start;
  38
  39   /**
  40    * Field _end.
  41    */
  42   private int _end;
  43
  44   /**
  45    * keeps track of state for field: _end
  46    */
  47   private boolean _has_end;
  48
  49   /**
  50    * Field _name.
  51    */
  52   private java.lang.String _name;
  53
  54   /**
  55    * Field _colour.
  56    */
  57   private java.lang.String _colour;
  58
  59   /**
  60    * Field _consThreshold.
  61    */
  62   private int _consThreshold;
  63
  64   /**
  65    * keeps track of state for field: _consThreshold
  66    */
  67   private boolean _has_consThreshold;
  68
  69   /**
  70    * Field _pidThreshold.
  71    */
  72   private int _pidThreshold;
  73
  74   /**
  75    * keeps track of state for field: _pidThreshold
  76    */
  77   private boolean _has_pidThreshold;
  78
  79   /**
  80    * Field _outlineColour.
  81    */
  82   private int _outlineColour;
  83
  84   /**
  85    * keeps track of state for field: _outlineColour
  86    */
  87   private boolean _has_outlineColour;
  88
  89   /**
  90    * Field _displayBoxes.
  91    */
  92   private boolean _displayBoxes;
  93
  94   /**
  95    * keeps track of state for field: _displayBoxes
  96    */
  97   private boolean _has_displayBoxes;
  98
  99   /**
 100    * Field _displayText.
 101    */
 102   private boolean _displayText;
 103
 104   /**
 105    * keeps track of state for field: _displayText
 106    */
 107   private boolean _has_displayText;
 108
 109   /**
 110    * Field _colourText.
 111    */
 112   private boolean _colourText;
 113
 114   /**
 115    * keeps track of state for field: _colourText
 116    */
 117   private boolean _has_colourText;
 118
 119   /**
 120    * Field _textCol1.
 121    */
 122   private int _textCol1;
 123
 124   /**
 125    * keeps track of state for field: _textCol1
 126    */
 127   private boolean _has_textCol1;
 128
 129   /**
 130    * Field _textCol2.
 131    */
 132   private int _textCol2;
 133
 134   /**
 135    * keeps track of state for field: _textCol2
 136    */
 137   private boolean _has_textCol2;
 138
 139   /**
 140    * Field _textColThreshold.
 141    */
 142   private int _textColThreshold;
 143
 144   /**
 145    * keeps track of state for field: _textColThreshold
 146    */
 147   private boolean _has_textColThreshold;
 148
 149   /**
 150    * Field _showUnconserved.
 151    */
 152   private boolean _showUnconserved;
 153
 154   /**
 155    * keeps track of state for field: _showUnconserved
 156    */
 157   private boolean _has_showUnconserved;
 158
 159   /**
 160    * Field _ignoreGapsinConsensus.
 161    */
 162   private boolean _ignoreGapsinConsensus = true;
 163
 164   /**
 165    * keeps track of state for field: _ignoreGapsinConsensus
 166    */
 167   private boolean _has_ignoreGapsinConsensus;
 168
 169   /**
 170    * Field _showConsensusHistogram.
 171    */
 172   private boolean _showConsensusHistogram = true;
 173
 174   /**
 175    * keeps track of state for field: _showConsensusHistogram
 176    */
 177   private boolean _has_showConsensusHistogram;
 178
 179   /**
 180    * Field _showSequenceLogo.
 181    */
 182   private boolean _showSequenceLogo = false;
 183
 184   /**
 185    * keeps track of state for field: _showSequenceLogo
 186    */
 187   private boolean _has_showSequenceLogo;
 188
 189   /**
 190    * Field _normaliseSequenceLogo.
 191    */
 192   private boolean _normaliseSequenceLogo = false;
 193
 194   /**
 195    * keeps track of state for field: _normaliseSequenceLogo
 196    */
 197   private boolean _has_normaliseSequenceLogo;
 198
 199   /**
 200    * Optional sequence group ID (only needs to be unique for this alignment)
 201    *
 202    */
 203   private java.lang.String _id;
 204
 205   /**
 206    * Field _seqList.
 207    */
 208   private java.util.Vector _seqList;
 209
 210   // ----------------/
 211   // - Constructors -/
 212   // ----------------/
 213
 214   public JGroup()
 215   {
 216     super();
 217     this._seqList = new java.util.Vector();
 218   }
 219
 220   // -----------/
 221   // - Methods -/
 222   // -----------/
 223
 224   /**
 225    *
 226    *
 227    * @param vSeq
 228    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 229    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 230    */
 231   public void addSeq(final java.lang.String vSeq)
 232           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 233   {
 234     this._seqList.addElement(vSeq);
 235   }
 236
 237   /**
 238    *
 239    *
 240    * @param index
 241    * @param vSeq
 242    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 243    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 244    */
 245   public void addSeq(final int index, final java.lang.String vSeq)
 246           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 247   {
 248     this._seqList.add(index, vSeq);
 249   }
 250
 251   /**
 252      */
 253   public void deleteColourText()
 254   {
 255     this._has_colourText = false;
 256   }
 257
 258   /**
 259      */
 260   public void deleteConsThreshold()
 261   {
 262     this._has_consThreshold = false;
 263   }
 264
 265   /**
 266      */
 267   public void deleteDisplayBoxes()
 268   {
 269     this._has_displayBoxes = false;
 270   }
 271
 272   /**
 273      */
 274   public void deleteDisplayText()
 275   {
 276     this._has_displayText = false;
 277   }
 278
 279   /**
 280      */
 281   public void deleteEnd()
 282   {
 283     this._has_end = false;
 284   }
 285
 286   /**
 287      */
 288   public void deleteIgnoreGapsinConsensus()
 289   {
 290     this._has_ignoreGapsinConsensus = false;
 291   }
 292
 293   /**
 294      */
 295   public void deleteNormaliseSequenceLogo()
 296   {
 297     this._has_normaliseSequenceLogo = false;
 298   }
 299
 300   /**
 301      */
 302   public void deleteOutlineColour()
 303   {
 304     this._has_outlineColour = false;
 305   }
 306
 307   /**
 308      */
 309   public void deletePidThreshold()
 310   {
 311     this._has_pidThreshold = false;
 312   }
 313
 314   /**
 315      */
 316   public void deleteShowConsensusHistogram()
 317   {
 318     this._has_showConsensusHistogram = false;
 319   }
 320
 321   /**
 322      */
 323   public void deleteShowSequenceLogo()
 324   {
 325     this._has_showSequenceLogo = false;
 326   }
 327
 328   /**
 329      */
 330   public void deleteShowUnconserved()
 331   {
 332     this._has_showUnconserved = false;
 333   }
 334
 335   /**
 336      */
 337   public void deleteStart()
 338   {
 339     this._has_start = false;
 340   }
 341
 342   /**
 343      */
 344   public void deleteTextCol1()
 345   {
 346     this._has_textCol1 = false;
 347   }
 348
 349   /**
 350      */
 351   public void deleteTextCol2()
 352   {
 353     this._has_textCol2 = false;
 354   }
 355
 356   /**
 357      */
 358   public void deleteTextColThreshold()
 359   {
 360     this._has_textColThreshold = false;
 361   }
 362
 363   /**
 364    * Method enumerateSeq.
 365    *
 366    * @return an Enumeration over all java.lang.String elements
 367    */
 368   public java.util.Enumeration enumerateSeq()
 369   {
 370     return this._seqList.elements();
 371   }
 372
 373   /**
 374    * Returns the value of field 'colour'.
 375    *
 376    * @return the value of field 'Colour'.
 377    */
 378   public java.lang.String getColour()
 379   {
 380     return this._colour;
 381   }
 382
 383   /**
 384    * Returns the value of field 'colourText'.
 385    *
 386    * @return the value of field 'ColourText'.
 387    */
 388   public boolean getColourText()
 389   {
 390     return this._colourText;
 391   }
 392
 393   /**
 394    * Returns the value of field 'consThreshold'.
 395    *
 396    * @return the value of field 'ConsThreshold'.
 397    */
 398   public int getConsThreshold()
 399   {
 400     return this._consThreshold;
 401   }
 402
 403   /**
 404    * Returns the value of field 'displayBoxes'.
 405    *
 406    * @return the value of field 'DisplayBoxes'.
 407    */
 408   public boolean getDisplayBoxes()
 409   {
 410     return this._displayBoxes;
 411   }
 412
 413   /**
 414    * Returns the value of field 'displayText'.
 415    *
 416    * @return the value of field 'DisplayText'.
 417    */
 418   public boolean getDisplayText()
 419   {
 420     return this._displayText;
 421   }
 422
 423   /**
 424    * Returns the value of field 'end'.
 425    *
 426    * @return the value of field 'End'.
 427    */
 428   public int getEnd()
 429   {
 430     return this._end;
 431   }
 432
 433   /**
 434    * Returns the value of field 'id'. The field 'id' has the following
 435    * description: Optional sequence group ID (only needs to be unique for this
 436    * alignment)
 437    *
 438    *
 439    * @return the value of field 'Id'.
 440    */
 441   public java.lang.String getId()
 442   {
 443     return this._id;
 444   }
 445
 446   /**
 447    * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
 448    *
 449    * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.
 450    */
 451   public boolean getIgnoreGapsinConsensus()
 452   {
 453     return this._ignoreGapsinConsensus;
 454   }
 455
 456   /**
 457    * Returns the value of field 'name'.
 458    *
 459    * @return the value of field 'Name'.
 460    */
 461   public java.lang.String getName()
 462   {
 463     return this._name;
 464   }
 465
 466   /**
 467    * Returns the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
 468    *
 469    * @return the value of field 'NormaliseSequenceLogo'.
 470    */
 471   public boolean getNormaliseSequenceLogo()
 472   {
 473     return this._normaliseSequenceLogo;
 474   }
 475
 476   /**
 477    * Returns the value of field 'outlineColour'.
 478    *
 479    * @return the value of field 'OutlineColour'.
 480    */
 481   public int getOutlineColour()
 482   {
 483     return this._outlineColour;
 484   }
 485
 486   /**
 487    * Returns the value of field 'pidThreshold'.
 488    *
 489    * @return the value of field 'PidThreshold'.
 490    */
 491   public int getPidThreshold()
 492   {
 493     return this._pidThreshold;
 494   }
 495
 496   /**
 497    * Method getSeq.
 498    *
 499    * @param index
 500    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 501    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 502    * @return the value of the java.lang.String at the given index
 503    */
 504   public java.lang.String getSeq(final int index)
 505           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 506   {
 507     // check bounds for index
 508     if (index < 0 || index >= this._seqList.size())
 509     {
 510       throw new IndexOutOfBoundsException("getSeq: Index value '" + index
 511               + "' not in range [0.." + (this._seqList.size() - 1) + "]");
 512     }
 513
 514     return (java.lang.String) _seqList.get(index);
 515   }
 516
 517   /**
 518    * Method getSeq.Returns the contents of the collection in an Array.
 519    * <p>
 520    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
 521    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
 522    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
 523    *
 524    * @return this collection as an Array
 525    */
 526   public java.lang.String[] getSeq()
 527   {
 528     java.lang.String[] array = new java.lang.String[0];
 529     return (java.lang.String[]) this._seqList.toArray(array);
 530   }
 531
 532   /**
 533    * Method getSeqCount.
 534    *
 535    * @return the size of this collection
 536    */
 537   public int getSeqCount()
 538   {
 539     return this._seqList.size();
 540   }
 541
 542   /**
 543    * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.
 544    *
 545    * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.
 546    */
 547   public boolean getShowConsensusHistogram()
 548   {
 549     return this._showConsensusHistogram;
 550   }
 551
 552   /**
 553    * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.
 554    *
 555    * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.
 556    */
 557   public boolean getShowSequenceLogo()
 558   {
 559     return this._showSequenceLogo;
 560   }
 561
 562   /**
 563    * Returns the value of field 'showUnconserved'.
 564    *
 565    * @return the value of field 'ShowUnconserved'.
 566    */
 567   public boolean getShowUnconserved()
 568   {
 569     return this._showUnconserved;
 570   }
 571
 572   /**
 573    * Returns the value of field 'start'.
 574    *
 575    * @return the value of field 'Start'.
 576    */
 577   public int getStart()
 578   {
 579     return this._start;
 580   }
 581
 582   /**
 583    * Returns the value of field 'textCol1'.
 584    *
 585    * @return the value of field 'TextCol1'.
 586    */
 587   public int getTextCol1()
 588   {
 589     return this._textCol1;
 590   }
 591
 592   /**
 593    * Returns the value of field 'textCol2'.
 594    *
 595    * @return the value of field 'TextCol2'.
 596    */
 597   public int getTextCol2()
 598   {
 599     return this._textCol2;
 600   }
 601
 602   /**
 603    * Returns the value of field 'textColThreshold'.
 604    *
 605    * @return the value of field 'TextColThreshold'.
 606    */
 607   public int getTextColThreshold()
 608   {
 609     return this._textColThreshold;
 610   }
 611
 612   /**
 613    * Method hasColourText.
 614    *
 615    * @return true if at least one ColourText has been added
 616    */
 617   public boolean hasColourText()
 618   {
 619     return this._has_colourText;
 620   }
 621
 622   /**
 623    * Method hasConsThreshold.
 624    *
 625    * @return true if at least one ConsThreshold has been added
 626    */
 627   public boolean hasConsThreshold()
 628   {
 629     return this._has_consThreshold;
 630   }
 631
 632   /**
 633    * Method hasDisplayBoxes.
 634    *
 635    * @return true if at least one DisplayBoxes has been added
 636    */
 637   public boolean hasDisplayBoxes()
 638   {
 639     return this._has_displayBoxes;
 640   }
 641
 642   /**
 643    * Method hasDisplayText.
 644    *
 645    * @return true if at least one DisplayText has been added
 646    */
 647   public boolean hasDisplayText()
 648   {
 649     return this._has_displayText;
 650   }
 651
 652   /**
 653    * Method hasEnd.
 654    *
 655    * @return true if at least one End has been added
 656    */
 657   public boolean hasEnd()
 658   {
 659     return this._has_end;
 660   }
 661
 662   /**
 663    * Method hasIgnoreGapsinConsensus.
 664    *
 665    * @return true if at least one IgnoreGapsinConsensus has been added
 666    */
 667   public boolean hasIgnoreGapsinConsensus()
 668   {
 669     return this._has_ignoreGapsinConsensus;
 670   }
 671
 672   /**
 673    * Method hasNormaliseSequenceLogo.
 674    *
 675    * @return true if at least one NormaliseSequenceLogo has been added
 676    */
 677   public boolean hasNormaliseSequenceLogo()
 678   {
 679     return this._has_normaliseSequenceLogo;
 680   }
 681
 682   /**
 683    * Method hasOutlineColour.
 684    *
 685    * @return true if at least one OutlineColour has been added
 686    */
 687   public boolean hasOutlineColour()
 688   {
 689     return this._has_outlineColour;
 690   }
 691
 692   /**
 693    * Method hasPidThreshold.
 694    *
 695    * @return true if at least one PidThreshold has been added
 696    */
 697   public boolean hasPidThreshold()
 698   {
 699     return this._has_pidThreshold;
 700   }
 701
 702   /**
 703    * Method hasShowConsensusHistogram.
 704    *
 705    * @return true if at least one ShowConsensusHistogram has been added
 706    */
 707   public boolean hasShowConsensusHistogram()
 708   {
 709     return this._has_showConsensusHistogram;
 710   }
 711
 712   /**
 713    * Method hasShowSequenceLogo.
 714    *
 715    * @return true if at least one ShowSequenceLogo has been added
 716    */
 717   public boolean hasShowSequenceLogo()
 718   {
 719     return this._has_showSequenceLogo;
 720   }
 721
 722   /**
 723    * Method hasShowUnconserved.
 724    *
 725    * @return true if at least one ShowUnconserved has been added
 726    */
 727   public boolean hasShowUnconserved()
 728   {
 729     return this._has_showUnconserved;
 730   }
 731
 732   /**
 733    * Method hasStart.
 734    *
 735    * @return true if at least one Start has been added
 736    */
 737   public boolean hasStart()
 738   {
 739     return this._has_start;
 740   }
 741
 742   /**
 743    * Method hasTextCol1.
 744    *
 745    * @return true if at least one TextCol1 has been added
 746    */
 747   public boolean hasTextCol1()
 748   {
 749     return this._has_textCol1;
 750   }
 751
 752   /**
 753    * Method hasTextCol2.
 754    *
 755    * @return true if at least one TextCol2 has been added
 756    */
 757   public boolean hasTextCol2()
 758   {
 759     return this._has_textCol2;
 760   }
 761
 762   /**
 763    * Method hasTextColThreshold.
 764    *
 765    * @return true if at least one TextColThreshold has been added
 766    */
 767   public boolean hasTextColThreshold()
 768   {
 769     return this._has_textColThreshold;
 770   }
 771
 772   /**
 773    * Returns the value of field 'colourText'.
 774    *
 775    * @return the value of field 'ColourText'.
 776    */
 777   public boolean isColourText()
 778   {
 779     return this._colourText;
 780   }
 781
 782   /**
 783    * Returns the value of field 'displayBoxes'.
 784    *
 785    * @return the value of field 'DisplayBoxes'.
 786    */
 787   public boolean isDisplayBoxes()
 788   {
 789     return this._displayBoxes;
 790   }
 791
 792   /**
 793    * Returns the value of field 'displayText'.
 794    *
 795    * @return the value of field 'DisplayText'.
 796    */
 797   public boolean isDisplayText()
 798   {
 799     return this._displayText;
 800   }
 801
 802   /**
 803    * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
 804    *
 805    * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.
 806    */
 807   public boolean isIgnoreGapsinConsensus()
 808   {
 809     return this._ignoreGapsinConsensus;
 810   }
 811
 812   /**
 813    * Returns the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
 814    *
 815    * @return the value of field 'NormaliseSequenceLogo'.
 816    */
 817   public boolean isNormaliseSequenceLogo()
 818   {
 819     return this._normaliseSequenceLogo;
 820   }
 821
 822   /**
 823    * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.
 824    *
 825    * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.
 826    */
 827   public boolean isShowConsensusHistogram()
 828   {
 829     return this._showConsensusHistogram;
 830   }
 831
 832   /**
 833    * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.
 834    *
 835    * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.
 836    */
 837   public boolean isShowSequenceLogo()
 838   {
 839     return this._showSequenceLogo;
 840   }
 841
 842   /**
 843    * Returns the value of field 'showUnconserved'.
 844    *
 845    * @return the value of field 'ShowUnconserved'.
 846    */
 847   public boolean isShowUnconserved()
 848   {
 849     return this._showUnconserved;
 850   }
 851
 852   /**
 853    * Method isValid.
 854    *
 855    * @return true if this object is valid according to the schema
 856    */
 857   public boolean isValid()
 858   {
 859     try
 860     {
 861       validate();
 862     } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
 863     {
 864       return false;
 865     }
 866     return true;
 867   }
 868
 869   /**
 870    *
 871    *
 872    * @param out
 873    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 874    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 875    *           marshaling
 876    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 877    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 878    */
 879   public void marshal(final java.io.Writer out)
 880           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 881           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 882   {
 883     Marshaller.marshal(this, out);
 884   }
 885
 886   /**
 887    *
 888    *
 889    * @param handler
 890    * @throws java.io.IOException
 891    *           if an IOException occurs during marshaling
 892    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 893    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 894    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 895    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 896    *           marshaling
 897    */
 898   public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
 899           throws java.io.IOException,
 900           org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 901           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 902   {
 903     Marshaller.marshal(this, handler);
 904   }
 905
 906   /**
 907      */
 908   public void removeAllSeq()
 909   {
 910     this._seqList.clear();
 911   }
 912
 913   /**
 914    * Method removeSeq.
 915    *
 916    * @param vSeq
 917    * @return true if the object was removed from the collection.
 918    */
 919   public boolean removeSeq(final java.lang.String vSeq)
 920   {
 921     boolean removed = _seqList.remove(vSeq);
 922     return removed;
 923   }
 924
 925   /**
 926    * Method removeSeqAt.
 927    *
 928    * @param index
 929    * @return the element removed from the collection
 930    */
 931   public java.lang.String removeSeqAt(final int index)
 932   {
 933     java.lang.Object obj = this._seqList.remove(index);
 934     return (java.lang.String) obj;
 935   }
 936
 937   /**
 938    * Sets the value of field 'colour'.
 939    *
 940    * @param colour
 941    *          the value of field 'colour'.
 942    */
 943   public void setColour(final java.lang.String colour)
 944   {
 945     this._colour = colour;
 946   }
 947
 948   /**
 949    * Sets the value of field 'colourText'.
 950    *
 951    * @param colourText
 952    *          the value of field 'colourText'.
 953    */
 954   public void setColourText(final boolean colourText)
 955   {
 956     this._colourText = colourText;
 957     this._has_colourText = true;
 958   }
 959
 960   /**
 961    * Sets the value of field 'consThreshold'.
 962    *
 963    * @param consThreshold
 964    *          the value of field 'consThreshold'.
 965    */
 966   public void setConsThreshold(final int consThreshold)
 967   {
 968     this._consThreshold = consThreshold;
 969     this._has_consThreshold = true;
 970   }
 971
 972   /**
 973    * Sets the value of field 'displayBoxes'.
 974    *
 975    * @param displayBoxes
 976    *          the value of field 'displayBoxes'.
 977    */
 978   public void setDisplayBoxes(final boolean displayBoxes)
 979   {
 980     this._displayBoxes = displayBoxes;
 981     this._has_displayBoxes = true;
 982   }
 983
 984   /**
 985    * Sets the value of field 'displayText'.
 986    *
 987    * @param displayText
 988    *          the value of field 'displayText'.
 989    */
 990   public void setDisplayText(final boolean displayText)
 991   {
 992     this._displayText = displayText;
 993     this._has_displayText = true;
 994   }
 995
 996   /**
 997    * Sets the value of field 'end'.
 998    *
 999    * @param end
1000    *          the value of field 'end'.
1001    */
1002   public void setEnd(final int end)
1003   {
1004     this._end = end;
1005     this._has_end = true;
1006   }
1007
1008   /**
1009    * Sets the value of field 'id'. The field 'id' has the following description:
1010    * Optional sequence group ID (only needs to be unique for this alignment)
1011    *
1012    *
1013    * @param id
1014    *          the value of field 'id'.
1015    */
1016   public void setId(final java.lang.String id)
1017   {
1018     this._id = id;
1019   }
1020
1021   /**
1022    * Sets the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
1023    *
1024    * @param ignoreGapsinConsensus
1025    *          the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
1026    */
1027   public void setIgnoreGapsinConsensus(final boolean ignoreGapsinConsensus)
1028   {
1029     this._ignoreGapsinConsensus = ignoreGapsinConsensus;
1030     this._has_ignoreGapsinConsensus = true;
1031   }
1032
1033   /**
1034    * Sets the value of field 'name'.
1035    *
1036    * @param name
1037    *          the value of field 'name'.
1038    */
1039   public void setName(final java.lang.String name)
1040   {
1041     this._name = name;
1042   }
1043
1044   /**
1045    * Sets the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
1046    *
1047    * @param normaliseSequenceLogo
1048    *          the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
1049    */
1050   public void setNormaliseSequenceLogo(final boolean normaliseSequenceLogo)
1051   {
1052     this._normaliseSequenceLogo = normaliseSequenceLogo;
1053     this._has_normaliseSequenceLogo = true;
1054   }
1055
1056   /**
1057    * Sets the value of field 'outlineColour'.
1058    *
1059    * @param outlineColour
1060    *          the value of field 'outlineColour'.
1061    */
1062   public void setOutlineColour(final int outlineColour)
1063   {
1064     this._outlineColour = outlineColour;
1065     this._has_outlineColour = true;
1066   }
1067
1068   /**
1069    * Sets the value of field 'pidThreshold'.
1070    *
1071    * @param pidThreshold
1072    *          the value of field 'pidThreshold'.
1073    */
1074   public void setPidThreshold(final int pidThreshold)
1075   {
1076     this._pidThreshold = pidThreshold;
1077     this._has_pidThreshold = true;
1078   }
1079
1080   /**
1081    *
1082    *
1083    * @param index
1084    * @param vSeq
1085    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
1086    *           if the index given is outside the bounds of the collection
1087    */
1088   public void setSeq(final int index, final java.lang.String vSeq)
1089           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
1090   {
1091     // check bounds for index
1092     if (index < 0 || index >= this._seqList.size())
1093     {
1094       throw new IndexOutOfBoundsException("setSeq: Index value '" + index
1095               + "' not in range [0.." + (this._seqList.size() - 1) + "]");
1096     }
1097
1098     this._seqList.set(index, vSeq);
1099   }
1100
1101   /**
1102    *
1103    *
1104    * @param vSeqArray
1105    */
1106   public void setSeq(final java.lang.String[] vSeqArray)
1107   {
1108     // -- copy array
1109     _seqList.clear();
1110
1111     for (int i = 0; i < vSeqArray.length; i++)
1112     {
1113       this._seqList.add(vSeqArray[i]);
1114     }
1115   }
1116
1117   /**
1118    * Sets the value of field 'showConsensusHistogram'.
1119    *
1120    * @param showConsensusHistogram
1121    *          the value of field 'showConsensusHistogram'.
1122    */
1123   public void setShowConsensusHistogram(final boolean showConsensusHistogram)
1124   {
1125     this._showConsensusHistogram = showConsensusHistogram;
1126     this._has_showConsensusHistogram = true;
1127   }
1128
1129   /**
1130    * Sets the value of field 'showSequenceLogo'.
1131    *
1132    * @param showSequenceLogo
1133    *          the value of field 'showSequenceLogo'
1134    */
1135   public void setShowSequenceLogo(final boolean showSequenceLogo)
1136   {
1137     this._showSequenceLogo = showSequenceLogo;
1138     this._has_showSequenceLogo = true;
1139   }
1140
1141   /**
1142    * Sets the value of field 'showUnconserved'.
1143    *
1144    * @param showUnconserved
1145    *          the value of field 'showUnconserved'.
1146    */
1147   public void setShowUnconserved(final boolean showUnconserved)
1148   {
1149     this._showUnconserved = showUnconserved;
1150     this._has_showUnconserved = true;
1151   }
1152
1153   /**
1154    * Sets the value of field 'start'.
1155    *
1156    * @param start
1157    *          the value of field 'start'.
1158    */
1159   public void setStart(final int start)
1160   {
1161     this._start = start;
1162     this._has_start = true;
1163   }
1164
1165   /**
1166    * Sets the value of field 'textCol1'.
1167    *
1168    * @param textCol1
1169    *          the value of field 'textCol1'.
1170    */
1171   public void setTextCol1(final int textCol1)
1172   {
1173     this._textCol1 = textCol1;
1174     this._has_textCol1 = true;
1175   }
1176
1177   /**
1178    * Sets the value of field 'textCol2'.
1179    *
1180    * @param textCol2
1181    *          the value of field 'textCol2'.
1182    */
1183   public void setTextCol2(final int textCol2)
1184   {
1185     this._textCol2 = textCol2;
1186     this._has_textCol2 = true;
1187   }
1188
1189   /**
1190    * Sets the value of field 'textColThreshold'.
1191    *
1192    * @param textColThreshold
1193    *          the value of field 'textColThreshold'
1194    */
1195   public void setTextColThreshold(final int textColThreshold)
1196   {
1197     this._textColThreshold = textColThreshold;
1198     this._has_textColThreshold = true;
1199   }
1200
1201   /**
1202    * Method unmarshal.
1203    *
1204    * @param reader
1205    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
1206    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
1207    *           marshaling
1208    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1209    *           if this object is an invalid instance according to the schema
1210    * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.JGroup
1211    */
1212   public static jalview.schemabinding.version2.JGroup unmarshal(
1213           final java.io.Reader reader)
1214           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
1215           org.exolab.castor.xml.ValidationException
1216   {
1217     return (jalview.schemabinding.version2.JGroup) Unmarshaller.unmarshal(
1218             jalview.schemabinding.version2.JGroup.class, reader);
1219   }
1220
1221   /**
1222    *
1223    *
1224    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1225    *           if this object is an invalid instance according to the schema
1226    */
1227   public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1228   {
1229     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
1230     validator.validate(this);
1231   }
1232
1233 }