src/jalview/schemabinding/version2/JGroup.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.schemabinding.version2;
  20
  21 //---------------------------------/
  22 //- Imported classes and packages -/
  23 //---------------------------------/
  24
  25 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  26 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  27
  28 /**
  29  * Class JGroup.
  30  *
  31  * @version $Revision$ $Date$
  32  */
  33 public class JGroup implements java.io.Serializable
  34 {
  35
  36   // --------------------------/
  37   // - Class/Member Variables -/
  38   // --------------------------/
  39
  40   /**
  41    * Field _start.
  42    */
  43   private int _start;
  44
  45   /**
  46    * keeps track of state for field: _start
  47    */
  48   private boolean _has_start;
  49
  50   /**
  51    * Field _end.
  52    */
  53   private int _end;
  54
  55   /**
  56    * keeps track of state for field: _end
  57    */
  58   private boolean _has_end;
  59
  60   /**
  61    * Field _name.
  62    */
  63   private java.lang.String _name;
  64
  65   /**
  66    * Field _colour.
  67    */
  68   private java.lang.String _colour;
  69
  70   /**
  71    * Field _consThreshold.
  72    */
  73   private int _consThreshold;
  74
  75   /**
  76    * keeps track of state for field: _consThreshold
  77    */
  78   private boolean _has_consThreshold;
  79
  80   /**
  81    * Field _pidThreshold.
  82    */
  83   private int _pidThreshold;
  84
  85   /**
  86    * keeps track of state for field: _pidThreshold
  87    */
  88   private boolean _has_pidThreshold;
  89
  90   /**
  91    * Field _outlineColour.
  92    */
  93   private int _outlineColour;
  94
  95   /**
  96    * keeps track of state for field: _outlineColour
  97    */
  98   private boolean _has_outlineColour;
  99
 100   /**
 101    * Field _displayBoxes.
 102    */
 103   private boolean _displayBoxes;
 104
 105   /**
 106    * keeps track of state for field: _displayBoxes
 107    */
 108   private boolean _has_displayBoxes;
 109
 110   /**
 111    * Field _displayText.
 112    */
 113   private boolean _displayText;
 114
 115   /**
 116    * keeps track of state for field: _displayText
 117    */
 118   private boolean _has_displayText;
 119
 120   /**
 121    * Field _colourText.
 122    */
 123   private boolean _colourText;
 124
 125   /**
 126    * keeps track of state for field: _colourText
 127    */
 128   private boolean _has_colourText;
 129
 130   /**
 131    * Field _textCol1.
 132    */
 133   private int _textCol1;
 134
 135   /**
 136    * keeps track of state for field: _textCol1
 137    */
 138   private boolean _has_textCol1;
 139
 140   /**
 141    * Field _textCol2.
 142    */
 143   private int _textCol2;
 144
 145   /**
 146    * keeps track of state for field: _textCol2
 147    */
 148   private boolean _has_textCol2;
 149
 150   /**
 151    * Field _textColThreshold.
 152    */
 153   private int _textColThreshold;
 154
 155   /**
 156    * keeps track of state for field: _textColThreshold
 157    */
 158   private boolean _has_textColThreshold;
 159
 160   /**
 161    * Field _showUnconserved.
 162    */
 163   private boolean _showUnconserved;
 164
 165   /**
 166    * keeps track of state for field: _showUnconserved
 167    */
 168   private boolean _has_showUnconserved;
 169
 170   /**
 171    * Field _ignoreGapsinConsensus.
 172    */
 173   private boolean _ignoreGapsinConsensus = true;
 174
 175   /**
 176    * keeps track of state for field: _ignoreGapsinConsensus
 177    */
 178   private boolean _has_ignoreGapsinConsensus;
 179
 180   /**
 181    * Field _showConsensusHistogram.
 182    */
 183   private boolean _showConsensusHistogram = true;
 184
 185   /**
 186    * keeps track of state for field: _showConsensusHistogram
 187    */
 188   private boolean _has_showConsensusHistogram;
 189
 190   /**
 191    * Field _showSequenceLogo.
 192    */
 193   private boolean _showSequenceLogo = false;
 194
 195   /**
 196    * keeps track of state for field: _showSequenceLogo
 197    */
 198   private boolean _has_showSequenceLogo;
 199
 200   /**
 201    * Field _normaliseSequenceLogo.
 202    */
 203   private boolean _normaliseSequenceLogo = false;
 204
 205   /**
 206    * keeps track of state for field: _normaliseSequenceLogo
 207    */
 208   private boolean _has_normaliseSequenceLogo;
 209
 210   /**
 211    * Optional sequence group ID (only needs to be unique for this alignment)
 212    *
 213    */
 214   private java.lang.String _id;
 215
 216   /**
 217    * Field _seqList.
 218    */
 219   private java.util.Vector _seqList;
 220
 221   // ----------------/
 222   // - Constructors -/
 223   // ----------------/
 224
 225   public JGroup()
 226   {
 227     super();
 228     this._seqList = new java.util.Vector();
 229   }
 230
 231   // -----------/
 232   // - Methods -/
 233   // -----------/
 234
 235   /**
 236    *
 237    *
 238    * @param vSeq
 239    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 240    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 241    */
 242   public void addSeq(final java.lang.String vSeq)
 243           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 244   {
 245     this._seqList.addElement(vSeq);
 246   }
 247
 248   /**
 249    *
 250    *
 251    * @param index
 252    * @param vSeq
 253    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 254    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 255    */
 256   public void addSeq(final int index, final java.lang.String vSeq)
 257           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 258   {
 259     this._seqList.add(index, vSeq);
 260   }
 261
 262   /**
 263      */
 264   public void deleteColourText()
 265   {
 266     this._has_colourText = false;
 267   }
 268
 269   /**
 270      */
 271   public void deleteConsThreshold()
 272   {
 273     this._has_consThreshold = false;
 274   }
 275
 276   /**
 277      */
 278   public void deleteDisplayBoxes()
 279   {
 280     this._has_displayBoxes = false;
 281   }
 282
 283   /**
 284      */
 285   public void deleteDisplayText()
 286   {
 287     this._has_displayText = false;
 288   }
 289
 290   /**
 291      */
 292   public void deleteEnd()
 293   {
 294     this._has_end = false;
 295   }
 296
 297   /**
 298      */
 299   public void deleteIgnoreGapsinConsensus()
 300   {
 301     this._has_ignoreGapsinConsensus = false;
 302   }
 303
 304   /**
 305      */
 306   public void deleteNormaliseSequenceLogo()
 307   {
 308     this._has_normaliseSequenceLogo = false;
 309   }
 310
 311   /**
 312      */
 313   public void deleteOutlineColour()
 314   {
 315     this._has_outlineColour = false;
 316   }
 317
 318   /**
 319      */
 320   public void deletePidThreshold()
 321   {
 322     this._has_pidThreshold = false;
 323   }
 324
 325   /**
 326      */
 327   public void deleteShowConsensusHistogram()
 328   {
 329     this._has_showConsensusHistogram = false;
 330   }
 331
 332   /**
 333      */
 334   public void deleteShowSequenceLogo()
 335   {
 336     this._has_showSequenceLogo = false;
 337   }
 338
 339   /**
 340      */
 341   public void deleteShowUnconserved()
 342   {
 343     this._has_showUnconserved = false;
 344   }
 345
 346   /**
 347      */
 348   public void deleteStart()
 349   {
 350     this._has_start = false;
 351   }
 352
 353   /**
 354      */
 355   public void deleteTextCol1()
 356   {
 357     this._has_textCol1 = false;
 358   }
 359
 360   /**
 361      */
 362   public void deleteTextCol2()
 363   {
 364     this._has_textCol2 = false;
 365   }
 366
 367   /**
 368      */
 369   public void deleteTextColThreshold()
 370   {
 371     this._has_textColThreshold = false;
 372   }
 373
 374   /**
 375    * Method enumerateSeq.
 376    *
 377    * @return an Enumeration over all java.lang.String elements
 378    */
 379   public java.util.Enumeration enumerateSeq()
 380   {
 381     return this._seqList.elements();
 382   }
 383
 384   /**
 385    * Returns the value of field 'colour'.
 386    *
 387    * @return the value of field 'Colour'.
 388    */
 389   public java.lang.String getColour()
 390   {
 391     return this._colour;
 392   }
 393
 394   /**
 395    * Returns the value of field 'colourText'.
 396    *
 397    * @return the value of field 'ColourText'.
 398    */
 399   public boolean getColourText()
 400   {
 401     return this._colourText;
 402   }
 403
 404   /**
 405    * Returns the value of field 'consThreshold'.
 406    *
 407    * @return the value of field 'ConsThreshold'.
 408    */
 409   public int getConsThreshold()
 410   {
 411     return this._consThreshold;
 412   }
 413
 414   /**
 415    * Returns the value of field 'displayBoxes'.
 416    *
 417    * @return the value of field 'DisplayBoxes'.
 418    */
 419   public boolean getDisplayBoxes()
 420   {
 421     return this._displayBoxes;
 422   }
 423
 424   /**
 425    * Returns the value of field 'displayText'.
 426    *
 427    * @return the value of field 'DisplayText'.
 428    */
 429   public boolean getDisplayText()
 430   {
 431     return this._displayText;
 432   }
 433
 434   /**
 435    * Returns the value of field 'end'.
 436    *
 437    * @return the value of field 'End'.
 438    */
 439   public int getEnd()
 440   {
 441     return this._end;
 442   }
 443
 444   /**
 445    * Returns the value of field 'id'. The field 'id' has the following
 446    * description: Optional sequence group ID (only needs to be unique for this
 447    * alignment)
 448    *
 449    *
 450    * @return the value of field 'Id'.
 451    */
 452   public java.lang.String getId()
 453   {
 454     return this._id;
 455   }
 456
 457   /**
 458    * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
 459    *
 460    * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.
 461    */
 462   public boolean getIgnoreGapsinConsensus()
 463   {
 464     return this._ignoreGapsinConsensus;
 465   }
 466
 467   /**
 468    * Returns the value of field 'name'.
 469    *
 470    * @return the value of field 'Name'.
 471    */
 472   public java.lang.String getName()
 473   {
 474     return this._name;
 475   }
 476
 477   /**
 478    * Returns the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
 479    *
 480    * @return the value of field 'NormaliseSequenceLogo'.
 481    */
 482   public boolean getNormaliseSequenceLogo()
 483   {
 484     return this._normaliseSequenceLogo;
 485   }
 486
 487   /**
 488    * Returns the value of field 'outlineColour'.
 489    *
 490    * @return the value of field 'OutlineColour'.
 491    */
 492   public int getOutlineColour()
 493   {
 494     return this._outlineColour;
 495   }
 496
 497   /**
 498    * Returns the value of field 'pidThreshold'.
 499    *
 500    * @return the value of field 'PidThreshold'.
 501    */
 502   public int getPidThreshold()
 503   {
 504     return this._pidThreshold;
 505   }
 506
 507   /**
 508    * Method getSeq.
 509    *
 510    * @param index
 511    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 512    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 513    * @return the value of the java.lang.String at the given index
 514    */
 515   public java.lang.String getSeq(final int index)
 516           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 517   {
 518     // check bounds for index
 519     if (index < 0 || index >= this._seqList.size())
 520     {
 521       throw new IndexOutOfBoundsException("getSeq: Index value '" + index
 522               + "' not in range [0.." + (this._seqList.size() - 1) + "]");
 523     }
 524
 525     return (java.lang.String) _seqList.get(index);
 526   }
 527
 528   /**
 529    * Method getSeq.Returns the contents of the collection in an Array.
 530    * <p>
 531    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
 532    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
 533    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
 534    *
 535    * @return this collection as an Array
 536    */
 537   public java.lang.String[] getSeq()
 538   {
 539     java.lang.String[] array = new java.lang.String[0];
 540     return (java.lang.String[]) this._seqList.toArray(array);
 541   }
 542
 543   /**
 544    * Method getSeqCount.
 545    *
 546    * @return the size of this collection
 547    */
 548   public int getSeqCount()
 549   {
 550     return this._seqList.size();
 551   }
 552
 553   /**
 554    * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.
 555    *
 556    * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.
 557    */
 558   public boolean getShowConsensusHistogram()
 559   {
 560     return this._showConsensusHistogram;
 561   }
 562
 563   /**
 564    * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.
 565    *
 566    * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.
 567    */
 568   public boolean getShowSequenceLogo()
 569   {
 570     return this._showSequenceLogo;
 571   }
 572
 573   /**
 574    * Returns the value of field 'showUnconserved'.
 575    *
 576    * @return the value of field 'ShowUnconserved'.
 577    */
 578   public boolean getShowUnconserved()
 579   {
 580     return this._showUnconserved;
 581   }
 582
 583   /**
 584    * Returns the value of field 'start'.
 585    *
 586    * @return the value of field 'Start'.
 587    */
 588   public int getStart()
 589   {
 590     return this._start;
 591   }
 592
 593   /**
 594    * Returns the value of field 'textCol1'.
 595    *
 596    * @return the value of field 'TextCol1'.
 597    */
 598   public int getTextCol1()
 599   {
 600     return this._textCol1;
 601   }
 602
 603   /**
 604    * Returns the value of field 'textCol2'.
 605    *
 606    * @return the value of field 'TextCol2'.
 607    */
 608   public int getTextCol2()
 609   {
 610     return this._textCol2;
 611   }
 612
 613   /**
 614    * Returns the value of field 'textColThreshold'.
 615    *
 616    * @return the value of field 'TextColThreshold'.
 617    */
 618   public int getTextColThreshold()
 619   {
 620     return this._textColThreshold;
 621   }
 622
 623   /**
 624    * Method hasColourText.
 625    *
 626    * @return true if at least one ColourText has been added
 627    */
 628   public boolean hasColourText()
 629   {
 630     return this._has_colourText;
 631   }
 632
 633   /**
 634    * Method hasConsThreshold.
 635    *
 636    * @return true if at least one ConsThreshold has been added
 637    */
 638   public boolean hasConsThreshold()
 639   {
 640     return this._has_consThreshold;
 641   }
 642
 643   /**
 644    * Method hasDisplayBoxes.
 645    *
 646    * @return true if at least one DisplayBoxes has been added
 647    */
 648   public boolean hasDisplayBoxes()
 649   {
 650     return this._has_displayBoxes;
 651   }
 652
 653   /**
 654    * Method hasDisplayText.
 655    *
 656    * @return true if at least one DisplayText has been added
 657    */
 658   public boolean hasDisplayText()
 659   {
 660     return this._has_displayText;
 661   }
 662
 663   /**
 664    * Method hasEnd.
 665    *
 666    * @return true if at least one End has been added
 667    */
 668   public boolean hasEnd()
 669   {
 670     return this._has_end;
 671   }
 672
 673   /**
 674    * Method hasIgnoreGapsinConsensus.
 675    *
 676    * @return true if at least one IgnoreGapsinConsensus has been added
 677    */
 678   public boolean hasIgnoreGapsinConsensus()
 679   {
 680     return this._has_ignoreGapsinConsensus;
 681   }
 682
 683   /**
 684    * Method hasNormaliseSequenceLogo.
 685    *
 686    * @return true if at least one NormaliseSequenceLogo has been added
 687    */
 688   public boolean hasNormaliseSequenceLogo()
 689   {
 690     return this._has_normaliseSequenceLogo;
 691   }
 692
 693   /**
 694    * Method hasOutlineColour.
 695    *
 696    * @return true if at least one OutlineColour has been added
 697    */
 698   public boolean hasOutlineColour()
 699   {
 700     return this._has_outlineColour;
 701   }
 702
 703   /**
 704    * Method hasPidThreshold.
 705    *
 706    * @return true if at least one PidThreshold has been added
 707    */
 708   public boolean hasPidThreshold()
 709   {
 710     return this._has_pidThreshold;
 711   }
 712
 713   /**
 714    * Method hasShowConsensusHistogram.
 715    *
 716    * @return true if at least one ShowConsensusHistogram has been added
 717    */
 718   public boolean hasShowConsensusHistogram()
 719   {
 720     return this._has_showConsensusHistogram;
 721   }
 722
 723   /**
 724    * Method hasShowSequenceLogo.
 725    *
 726    * @return true if at least one ShowSequenceLogo has been added
 727    */
 728   public boolean hasShowSequenceLogo()
 729   {
 730     return this._has_showSequenceLogo;
 731   }
 732
 733   /**
 734    * Method hasShowUnconserved.
 735    *
 736    * @return true if at least one ShowUnconserved has been added
 737    */
 738   public boolean hasShowUnconserved()
 739   {
 740     return this._has_showUnconserved;
 741   }
 742
 743   /**
 744    * Method hasStart.
 745    *
 746    * @return true if at least one Start has been added
 747    */
 748   public boolean hasStart()
 749   {
 750     return this._has_start;
 751   }
 752
 753   /**
 754    * Method hasTextCol1.
 755    *
 756    * @return true if at least one TextCol1 has been added
 757    */
 758   public boolean hasTextCol1()
 759   {
 760     return this._has_textCol1;
 761   }
 762
 763   /**
 764    * Method hasTextCol2.
 765    *
 766    * @return true if at least one TextCol2 has been added
 767    */
 768   public boolean hasTextCol2()
 769   {
 770     return this._has_textCol2;
 771   }
 772
 773   /**
 774    * Method hasTextColThreshold.
 775    *
 776    * @return true if at least one TextColThreshold has been added
 777    */
 778   public boolean hasTextColThreshold()
 779   {
 780     return this._has_textColThreshold;
 781   }
 782
 783   /**
 784    * Returns the value of field 'colourText'.
 785    *
 786    * @return the value of field 'ColourText'.
 787    */
 788   public boolean isColourText()
 789   {
 790     return this._colourText;
 791   }
 792
 793   /**
 794    * Returns the value of field 'displayBoxes'.
 795    *
 796    * @return the value of field 'DisplayBoxes'.
 797    */
 798   public boolean isDisplayBoxes()
 799   {
 800     return this._displayBoxes;
 801   }
 802
 803   /**
 804    * Returns the value of field 'displayText'.
 805    *
 806    * @return the value of field 'DisplayText'.
 807    */
 808   public boolean isDisplayText()
 809   {
 810     return this._displayText;
 811   }
 812
 813   /**
 814    * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
 815    *
 816    * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.
 817    */
 818   public boolean isIgnoreGapsinConsensus()
 819   {
 820     return this._ignoreGapsinConsensus;
 821   }
 822
 823   /**
 824    * Returns the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
 825    *
 826    * @return the value of field 'NormaliseSequenceLogo'.
 827    */
 828   public boolean isNormaliseSequenceLogo()
 829   {
 830     return this._normaliseSequenceLogo;
 831   }
 832
 833   /**
 834    * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.
 835    *
 836    * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.
 837    */
 838   public boolean isShowConsensusHistogram()
 839   {
 840     return this._showConsensusHistogram;
 841   }
 842
 843   /**
 844    * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.
 845    *
 846    * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.
 847    */
 848   public boolean isShowSequenceLogo()
 849   {
 850     return this._showSequenceLogo;
 851   }
 852
 853   /**
 854    * Returns the value of field 'showUnconserved'.
 855    *
 856    * @return the value of field 'ShowUnconserved'.
 857    */
 858   public boolean isShowUnconserved()
 859   {
 860     return this._showUnconserved;
 861   }
 862
 863   /**
 864    * Method isValid.
 865    *
 866    * @return true if this object is valid according to the schema
 867    */
 868   public boolean isValid()
 869   {
 870     try
 871     {
 872       validate();
 873     } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
 874     {
 875       return false;
 876     }
 877     return true;
 878   }
 879
 880   /**
 881    *
 882    *
 883    * @param out
 884    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 885    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 886    *           marshaling
 887    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 888    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 889    */
 890   public void marshal(final java.io.Writer out)
 891           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 892           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 893   {
 894     Marshaller.marshal(this, out);
 895   }
 896
 897   /**
 898    *
 899    *
 900    * @param handler
 901    * @throws java.io.IOException
 902    *           if an IOException occurs during marshaling
 903    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 904    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 905    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 906    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 907    *           marshaling
 908    */
 909   public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
 910           throws java.io.IOException,
 911           org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 912           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 913   {
 914     Marshaller.marshal(this, handler);
 915   }
 916
 917   /**
 918      */
 919   public void removeAllSeq()
 920   {
 921     this._seqList.clear();
 922   }
 923
 924   /**
 925    * Method removeSeq.
 926    *
 927    * @param vSeq
 928    * @return true if the object was removed from the collection.
 929    */
 930   public boolean removeSeq(final java.lang.String vSeq)
 931   {
 932     boolean removed = _seqList.remove(vSeq);
 933     return removed;
 934   }
 935
 936   /**
 937    * Method removeSeqAt.
 938    *
 939    * @param index
 940    * @return the element removed from the collection
 941    */
 942   public java.lang.String removeSeqAt(final int index)
 943   {
 944     java.lang.Object obj = this._seqList.remove(index);
 945     return (java.lang.String) obj;
 946   }
 947
 948   /**
 949    * Sets the value of field 'colour'.
 950    *
 951    * @param colour
 952    *          the value of field 'colour'.
 953    */
 954   public void setColour(final java.lang.String colour)
 955   {
 956     this._colour = colour;
 957   }
 958
 959   /**
 960    * Sets the value of field 'colourText'.
 961    *
 962    * @param colourText
 963    *          the value of field 'colourText'.
 964    */
 965   public void setColourText(final boolean colourText)
 966   {
 967     this._colourText = colourText;
 968     this._has_colourText = true;
 969   }
 970
 971   /**
 972    * Sets the value of field 'consThreshold'.
 973    *
 974    * @param consThreshold
 975    *          the value of field 'consThreshold'.
 976    */
 977   public void setConsThreshold(final int consThreshold)
 978   {
 979     this._consThreshold = consThreshold;
 980     this._has_consThreshold = true;
 981   }
 982
 983   /**
 984    * Sets the value of field 'displayBoxes'.
 985    *
 986    * @param displayBoxes
 987    *          the value of field 'displayBoxes'.
 988    */
 989   public void setDisplayBoxes(final boolean displayBoxes)
 990   {
 991     this._displayBoxes = displayBoxes;
 992     this._has_displayBoxes = true;
 993   }
 994
 995   /**
 996    * Sets the value of field 'displayText'.
 997    *
 998    * @param displayText
 999    *          the value of field 'displayText'.
1000    */
1001   public void setDisplayText(final boolean displayText)
1002   {
1003     this._displayText = displayText;
1004     this._has_displayText = true;
1005   }
1006
1007   /**
1008    * Sets the value of field 'end'.
1009    *
1010    * @param end
1011    *          the value of field 'end'.
1012    */
1013   public void setEnd(final int end)
1014   {
1015     this._end = end;
1016     this._has_end = true;
1017   }
1018
1019   /**
1020    * Sets the value of field 'id'. The field 'id' has the following description:
1021    * Optional sequence group ID (only needs to be unique for this alignment)
1022    *
1023    *
1024    * @param id
1025    *          the value of field 'id'.
1026    */
1027   public void setId(final java.lang.String id)
1028   {
1029     this._id = id;
1030   }
1031
1032   /**
1033    * Sets the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
1034    *
1035    * @param ignoreGapsinConsensus
1036    *          the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
1037    */
1038   public void setIgnoreGapsinConsensus(final boolean ignoreGapsinConsensus)
1039   {
1040     this._ignoreGapsinConsensus = ignoreGapsinConsensus;
1041     this._has_ignoreGapsinConsensus = true;
1042   }
1043
1044   /**
1045    * Sets the value of field 'name'.
1046    *
1047    * @param name
1048    *          the value of field 'name'.
1049    */
1050   public void setName(final java.lang.String name)
1051   {
1052     this._name = name;
1053   }
1054
1055   /**
1056    * Sets the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
1057    *
1058    * @param normaliseSequenceLogo
1059    *          the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
1060    */
1061   public void setNormaliseSequenceLogo(final boolean normaliseSequenceLogo)
1062   {
1063     this._normaliseSequenceLogo = normaliseSequenceLogo;
1064     this._has_normaliseSequenceLogo = true;
1065   }
1066
1067   /**
1068    * Sets the value of field 'outlineColour'.
1069    *
1070    * @param outlineColour
1071    *          the value of field 'outlineColour'.
1072    */
1073   public void setOutlineColour(final int outlineColour)
1074   {
1075     this._outlineColour = outlineColour;
1076     this._has_outlineColour = true;
1077   }
1078
1079   /**
1080    * Sets the value of field 'pidThreshold'.
1081    *
1082    * @param pidThreshold
1083    *          the value of field 'pidThreshold'.
1084    */
1085   public void setPidThreshold(final int pidThreshold)
1086   {
1087     this._pidThreshold = pidThreshold;
1088     this._has_pidThreshold = true;
1089   }
1090
1091   /**
1092    *
1093    *
1094    * @param index
1095    * @param vSeq
1096    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
1097    *           if the index given is outside the bounds of the collection
1098    */
1099   public void setSeq(final int index, final java.lang.String vSeq)
1100           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
1101   {
1102     // check bounds for index
1103     if (index < 0 || index >= this._seqList.size())
1104     {
1105       throw new IndexOutOfBoundsException("setSeq: Index value '" + index
1106               + "' not in range [0.." + (this._seqList.size() - 1) + "]");
1107     }
1108
1109     this._seqList.set(index, vSeq);
1110   }
1111
1112   /**
1113    *
1114    *
1115    * @param vSeqArray
1116    */
1117   public void setSeq(final java.lang.String[] vSeqArray)
1118   {
1119     // -- copy array
1120     _seqList.clear();
1121
1122     for (int i = 0; i < vSeqArray.length; i++)
1123     {
1124       this._seqList.add(vSeqArray[i]);
1125     }
1126   }
1127
1128   /**
1129    * Sets the value of field 'showConsensusHistogram'.
1130    *
1131    * @param showConsensusHistogram
1132    *          the value of field 'showConsensusHistogram'.
1133    */
1134   public void setShowConsensusHistogram(final boolean showConsensusHistogram)
1135   {
1136     this._showConsensusHistogram = showConsensusHistogram;
1137     this._has_showConsensusHistogram = true;
1138   }
1139
1140   /**
1141    * Sets the value of field 'showSequenceLogo'.
1142    *
1143    * @param showSequenceLogo
1144    *          the value of field 'showSequenceLogo'
1145    */
1146   public void setShowSequenceLogo(final boolean showSequenceLogo)
1147   {
1148     this._showSequenceLogo = showSequenceLogo;
1149     this._has_showSequenceLogo = true;
1150   }
1151
1152   /**
1153    * Sets the value of field 'showUnconserved'.
1154    *
1155    * @param showUnconserved
1156    *          the value of field 'showUnconserved'.
1157    */
1158   public void setShowUnconserved(final boolean showUnconserved)
1159   {
1160     this._showUnconserved = showUnconserved;
1161     this._has_showUnconserved = true;
1162   }
1163
1164   /**
1165    * Sets the value of field 'start'.
1166    *
1167    * @param start
1168    *          the value of field 'start'.
1169    */
1170   public void setStart(final int start)
1171   {
1172     this._start = start;
1173     this._has_start = true;
1174   }
1175
1176   /**
1177    * Sets the value of field 'textCol1'.
1178    *
1179    * @param textCol1
1180    *          the value of field 'textCol1'.
1181    */
1182   public void setTextCol1(final int textCol1)
1183   {
1184     this._textCol1 = textCol1;
1185     this._has_textCol1 = true;
1186   }
1187
1188   /**
1189    * Sets the value of field 'textCol2'.
1190    *
1191    * @param textCol2
1192    *          the value of field 'textCol2'.
1193    */
1194   public void setTextCol2(final int textCol2)
1195   {
1196     this._textCol2 = textCol2;
1197     this._has_textCol2 = true;
1198   }
1199
1200   /**
1201    * Sets the value of field 'textColThreshold'.
1202    *
1203    * @param textColThreshold
1204    *          the value of field 'textColThreshold'
1205    */
1206   public void setTextColThreshold(final int textColThreshold)
1207   {
1208     this._textColThreshold = textColThreshold;
1209     this._has_textColThreshold = true;
1210   }
1211
1212   /**
1213    * Method unmarshal.
1214    *
1215    * @param reader
1216    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
1217    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
1218    *           marshaling
1219    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1220    *           if this object is an invalid instance according to the schema
1221    * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.JGroup
1222    */
1223   public static jalview.schemabinding.version2.JGroup unmarshal(
1224           final java.io.Reader reader)
1225           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
1226           org.exolab.castor.xml.ValidationException
1227   {
1228     return (jalview.schemabinding.version2.JGroup) Unmarshaller.unmarshal(
1229             jalview.schemabinding.version2.JGroup.class, reader);
1230   }
1231
1232   /**
1233    *
1234    *
1235    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1236    *           if this object is an invalid instance according to the schema
1237    */
1238   public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1239   {
1240     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
1241     validator.validate(this);
1242   }
1243
1244 }