src/jalview/schemabinding/version2/JGroup.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4.1)\r
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  * \r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  * \r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.schemabinding.version2;\r
  20 \r
  21   //---------------------------------/\r
  22  //- Imported classes and packages -/\r
  23 //---------------------------------/\r
  24 \r
  25 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  26 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  27 \r
  28 /**\r
  29  * Class JGroup.\r
  30  * \r
  31  * @version $Revision$ $Date$\r
  32  */\r
  33 public class JGroup implements java.io.Serializable {\r
  34 \r
  35 \r
  36       //--------------------------/\r
  37      //- Class/Member Variables -/\r
  38     //--------------------------/\r
  39 \r
  40     /**\r
  41      * Field _start.\r
  42      */\r
  43     private int _start;\r
  44 \r
  45     /**\r
  46      * keeps track of state for field: _start\r
  47      */\r
  48     private boolean _has_start;\r
  49 \r
  50     /**\r
  51      * Field _end.\r
  52      */\r
  53     private int _end;\r
  54 \r
  55     /**\r
  56      * keeps track of state for field: _end\r
  57      */\r
  58     private boolean _has_end;\r
  59 \r
  60     /**\r
  61      * Field _name.\r
  62      */\r
  63     private java.lang.String _name;\r
  64 \r
  65     /**\r
  66      * Field _colour.\r
  67      */\r
  68     private java.lang.String _colour;\r
  69 \r
  70     /**\r
  71      * Field _consThreshold.\r
  72      */\r
  73     private int _consThreshold;\r
  74 \r
  75     /**\r
  76      * keeps track of state for field: _consThreshold\r
  77      */\r
  78     private boolean _has_consThreshold;\r
  79 \r
  80     /**\r
  81      * Field _pidThreshold.\r
  82      */\r
  83     private int _pidThreshold;\r
  84 \r
  85     /**\r
  86      * keeps track of state for field: _pidThreshold\r
  87      */\r
  88     private boolean _has_pidThreshold;\r
  89 \r
  90     /**\r
  91      * Field _outlineColour.\r
  92      */\r
  93     private int _outlineColour;\r
  94 \r
  95     /**\r
  96      * keeps track of state for field: _outlineColour\r
  97      */\r
  98     private boolean _has_outlineColour;\r
  99 \r
 100     /**\r
 101      * Field _displayBoxes.\r
 102      */\r
 103     private boolean _displayBoxes;\r
 104 \r
 105     /**\r
 106      * keeps track of state for field: _displayBoxes\r
 107      */\r
 108     private boolean _has_displayBoxes;\r
 109 \r
 110     /**\r
 111      * Field _displayText.\r
 112      */\r
 113     private boolean _displayText;\r
 114 \r
 115     /**\r
 116      * keeps track of state for field: _displayText\r
 117      */\r
 118     private boolean _has_displayText;\r
 119 \r
 120     /**\r
 121      * Field _colourText.\r
 122      */\r
 123     private boolean _colourText;\r
 124 \r
 125     /**\r
 126      * keeps track of state for field: _colourText\r
 127      */\r
 128     private boolean _has_colourText;\r
 129 \r
 130     /**\r
 131      * Field _textCol1.\r
 132      */\r
 133     private int _textCol1;\r
 134 \r
 135     /**\r
 136      * keeps track of state for field: _textCol1\r
 137      */\r
 138     private boolean _has_textCol1;\r
 139 \r
 140     /**\r
 141      * Field _textCol2.\r
 142      */\r
 143     private int _textCol2;\r
 144 \r
 145     /**\r
 146      * keeps track of state for field: _textCol2\r
 147      */\r
 148     private boolean _has_textCol2;\r
 149 \r
 150     /**\r
 151      * Field _textColThreshold.\r
 152      */\r
 153     private int _textColThreshold;\r
 154 \r
 155     /**\r
 156      * keeps track of state for field: _textColThreshold\r
 157      */\r
 158     private boolean _has_textColThreshold;\r
 159 \r
 160     /**\r
 161      * Field _showUnconserved.\r
 162      */\r
 163     private boolean _showUnconserved;\r
 164 \r
 165     /**\r
 166      * keeps track of state for field: _showUnconserved\r
 167      */\r
 168     private boolean _has_showUnconserved;\r
 169 \r
 170     /**\r
 171      * Field _seqList.\r
 172      */\r
 173     private java.util.Vector _seqList;\r
 174 \r
 175 \r
 176       //----------------/\r
 177      //- Constructors -/\r
 178     //----------------/\r
 179 \r
 180     public JGroup() {\r
 181         super();\r
 182         this._seqList = new java.util.Vector();\r
 183     }\r
 184 \r
 185 \r
 186       //-----------/\r
 187      //- Methods -/\r
 188     //-----------/\r
 189 \r
 190     /**\r
 191      * \r
 192      * \r
 193      * @param vSeq\r
 194      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 195      * given is outside the bounds of the collection\r
 196      */\r
 197     public void addSeq(\r
 198             final java.lang.String vSeq)\r
 199     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 200         this._seqList.addElement(vSeq);\r
 201     }\r
 202 \r
 203     /**\r
 204      * \r
 205      * \r
 206      * @param index\r
 207      * @param vSeq\r
 208      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 209      * given is outside the bounds of the collection\r
 210      */\r
 211     public void addSeq(\r
 212             final int index,\r
 213             final java.lang.String vSeq)\r
 214     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 215         this._seqList.add(index, vSeq);\r
 216     }\r
 217 \r
 218     /**\r
 219      */\r
 220     public void deleteColourText(\r
 221     ) {\r
 222         this._has_colourText= false;\r
 223     }\r
 224 \r
 225     /**\r
 226      */\r
 227     public void deleteConsThreshold(\r
 228     ) {\r
 229         this._has_consThreshold= false;\r
 230     }\r
 231 \r
 232     /**\r
 233      */\r
 234     public void deleteDisplayBoxes(\r
 235     ) {\r
 236         this._has_displayBoxes= false;\r
 237     }\r
 238 \r
 239     /**\r
 240      */\r
 241     public void deleteDisplayText(\r
 242     ) {\r
 243         this._has_displayText= false;\r
 244     }\r
 245 \r
 246     /**\r
 247      */\r
 248     public void deleteEnd(\r
 249     ) {\r
 250         this._has_end= false;\r
 251     }\r
 252 \r
 253     /**\r
 254      */\r
 255     public void deleteOutlineColour(\r
 256     ) {\r
 257         this._has_outlineColour= false;\r
 258     }\r
 259 \r
 260     /**\r
 261      */\r
 262     public void deletePidThreshold(\r
 263     ) {\r
 264         this._has_pidThreshold= false;\r
 265     }\r
 266 \r
 267     /**\r
 268      */\r
 269     public void deleteShowUnconserved(\r
 270     ) {\r
 271         this._has_showUnconserved= false;\r
 272     }\r
 273 \r
 274     /**\r
 275      */\r
 276     public void deleteStart(\r
 277     ) {\r
 278         this._has_start= false;\r
 279     }\r
 280 \r
 281     /**\r
 282      */\r
 283     public void deleteTextCol1(\r
 284     ) {\r
 285         this._has_textCol1= false;\r
 286     }\r
 287 \r
 288     /**\r
 289      */\r
 290     public void deleteTextCol2(\r
 291     ) {\r
 292         this._has_textCol2= false;\r
 293     }\r
 294 \r
 295     /**\r
 296      */\r
 297     public void deleteTextColThreshold(\r
 298     ) {\r
 299         this._has_textColThreshold= false;\r
 300     }\r
 301 \r
 302     /**\r
 303      * Method enumerateSeq.\r
 304      * \r
 305      * @return an Enumeration over all java.lang.String elements\r
 306      */\r
 307     public java.util.Enumeration enumerateSeq(\r
 308     ) {\r
 309         return this._seqList.elements();\r
 310     }\r
 311 \r
 312     /**\r
 313      * Returns the value of field 'colour'.\r
 314      * \r
 315      * @return the value of field 'Colour'.\r
 316      */\r
 317     public java.lang.String getColour(\r
 318     ) {\r
 319         return this._colour;\r
 320     }\r
 321 \r
 322     /**\r
 323      * Returns the value of field 'colourText'.\r
 324      * \r
 325      * @return the value of field 'ColourText'.\r
 326      */\r
 327     public boolean getColourText(\r
 328     ) {\r
 329         return this._colourText;\r
 330     }\r
 331 \r
 332     /**\r
 333      * Returns the value of field 'consThreshold'.\r
 334      * \r
 335      * @return the value of field 'ConsThreshold'.\r
 336      */\r
 337     public int getConsThreshold(\r
 338     ) {\r
 339         return this._consThreshold;\r
 340     }\r
 341 \r
 342     /**\r
 343      * Returns the value of field 'displayBoxes'.\r
 344      * \r
 345      * @return the value of field 'DisplayBoxes'.\r
 346      */\r
 347     public boolean getDisplayBoxes(\r
 348     ) {\r
 349         return this._displayBoxes;\r
 350     }\r
 351 \r
 352     /**\r
 353      * Returns the value of field 'displayText'.\r
 354      * \r
 355      * @return the value of field 'DisplayText'.\r
 356      */\r
 357     public boolean getDisplayText(\r
 358     ) {\r
 359         return this._displayText;\r
 360     }\r
 361 \r
 362     /**\r
 363      * Returns the value of field 'end'.\r
 364      * \r
 365      * @return the value of field 'End'.\r
 366      */\r
 367     public int getEnd(\r
 368     ) {\r
 369         return this._end;\r
 370     }\r
 371 \r
 372     /**\r
 373      * Returns the value of field 'name'.\r
 374      * \r
 375      * @return the value of field 'Name'.\r
 376      */\r
 377     public java.lang.String getName(\r
 378     ) {\r
 379         return this._name;\r
 380     }\r
 381 \r
 382     /**\r
 383      * Returns the value of field 'outlineColour'.\r
 384      * \r
 385      * @return the value of field 'OutlineColour'.\r
 386      */\r
 387     public int getOutlineColour(\r
 388     ) {\r
 389         return this._outlineColour;\r
 390     }\r
 391 \r
 392     /**\r
 393      * Returns the value of field 'pidThreshold'.\r
 394      * \r
 395      * @return the value of field 'PidThreshold'.\r
 396      */\r
 397     public int getPidThreshold(\r
 398     ) {\r
 399         return this._pidThreshold;\r
 400     }\r
 401 \r
 402     /**\r
 403      * Method getSeq.\r
 404      * \r
 405      * @param index\r
 406      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 407      * given is outside the bounds of the collection\r
 408      * @return the value of the java.lang.String at the given index\r
 409      */\r
 410     public java.lang.String getSeq(\r
 411             final int index)\r
 412     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 413         // check bounds for index\r
 414         if (index < 0 || index >= this._seqList.size()) {\r
 415             throw new IndexOutOfBoundsException("getSeq: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._seqList.size() - 1) + "]");\r
 416         }\r
 417         \r
 418         return (java.lang.String) _seqList.get(index);\r
 419     }\r
 420 \r
 421     /**\r
 422      * Method getSeq.Returns the contents of the collection in an\r
 423      * Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents are\r
 424      * changing in another thread, we pass a 0-length Array of the\r
 425      * correct type into the API call.  This way we <i>know</i>\r
 426      * that the Array returned is of exactly the correct length.\r
 427      * \r
 428      * @return this collection as an Array\r
 429      */\r
 430     public java.lang.String[] getSeq(\r
 431     ) {\r
 432         java.lang.String[] array = new java.lang.String[0];\r
 433         return (java.lang.String[]) this._seqList.toArray(array);\r
 434     }\r
 435 \r
 436     /**\r
 437      * Method getSeqCount.\r
 438      * \r
 439      * @return the size of this collection\r
 440      */\r
 441     public int getSeqCount(\r
 442     ) {\r
 443         return this._seqList.size();\r
 444     }\r
 445 \r
 446     /**\r
 447      * Returns the value of field 'showUnconserved'.\r
 448      * \r
 449      * @return the value of field 'ShowUnconserved'.\r
 450      */\r
 451     public boolean getShowUnconserved(\r
 452     ) {\r
 453         return this._showUnconserved;\r
 454     }\r
 455 \r
 456     /**\r
 457      * Returns the value of field 'start'.\r
 458      * \r
 459      * @return the value of field 'Start'.\r
 460      */\r
 461     public int getStart(\r
 462     ) {\r
 463         return this._start;\r
 464     }\r
 465 \r
 466     /**\r
 467      * Returns the value of field 'textCol1'.\r
 468      * \r
 469      * @return the value of field 'TextCol1'.\r
 470      */\r
 471     public int getTextCol1(\r
 472     ) {\r
 473         return this._textCol1;\r
 474     }\r
 475 \r
 476     /**\r
 477      * Returns the value of field 'textCol2'.\r
 478      * \r
 479      * @return the value of field 'TextCol2'.\r
 480      */\r
 481     public int getTextCol2(\r
 482     ) {\r
 483         return this._textCol2;\r
 484     }\r
 485 \r
 486     /**\r
 487      * Returns the value of field 'textColThreshold'.\r
 488      * \r
 489      * @return the value of field 'TextColThreshold'.\r
 490      */\r
 491     public int getTextColThreshold(\r
 492     ) {\r
 493         return this._textColThreshold;\r
 494     }\r
 495 \r
 496     /**\r
 497      * Method hasColourText.\r
 498      * \r
 499      * @return true if at least one ColourText has been added\r
 500      */\r
 501     public boolean hasColourText(\r
 502     ) {\r
 503         return this._has_colourText;\r
 504     }\r
 505 \r
 506     /**\r
 507      * Method hasConsThreshold.\r
 508      * \r
 509      * @return true if at least one ConsThreshold has been added\r
 510      */\r
 511     public boolean hasConsThreshold(\r
 512     ) {\r
 513         return this._has_consThreshold;\r
 514     }\r
 515 \r
 516     /**\r
 517      * Method hasDisplayBoxes.\r
 518      * \r
 519      * @return true if at least one DisplayBoxes has been added\r
 520      */\r
 521     public boolean hasDisplayBoxes(\r
 522     ) {\r
 523         return this._has_displayBoxes;\r
 524     }\r
 525 \r
 526     /**\r
 527      * Method hasDisplayText.\r
 528      * \r
 529      * @return true if at least one DisplayText has been added\r
 530      */\r
 531     public boolean hasDisplayText(\r
 532     ) {\r
 533         return this._has_displayText;\r
 534     }\r
 535 \r
 536     /**\r
 537      * Method hasEnd.\r
 538      * \r
 539      * @return true if at least one End has been added\r
 540      */\r
 541     public boolean hasEnd(\r
 542     ) {\r
 543         return this._has_end;\r
 544     }\r
 545 \r
 546     /**\r
 547      * Method hasOutlineColour.\r
 548      * \r
 549      * @return true if at least one OutlineColour has been added\r
 550      */\r
 551     public boolean hasOutlineColour(\r
 552     ) {\r
 553         return this._has_outlineColour;\r
 554     }\r
 555 \r
 556     /**\r
 557      * Method hasPidThreshold.\r
 558      * \r
 559      * @return true if at least one PidThreshold has been added\r
 560      */\r
 561     public boolean hasPidThreshold(\r
 562     ) {\r
 563         return this._has_pidThreshold;\r
 564     }\r
 565 \r
 566     /**\r
 567      * Method hasShowUnconserved.\r
 568      * \r
 569      * @return true if at least one ShowUnconserved has been added\r
 570      */\r
 571     public boolean hasShowUnconserved(\r
 572     ) {\r
 573         return this._has_showUnconserved;\r
 574     }\r
 575 \r
 576     /**\r
 577      * Method hasStart.\r
 578      * \r
 579      * @return true if at least one Start has been added\r
 580      */\r
 581     public boolean hasStart(\r
 582     ) {\r
 583         return this._has_start;\r
 584     }\r
 585 \r
 586     /**\r
 587      * Method hasTextCol1.\r
 588      * \r
 589      * @return true if at least one TextCol1 has been added\r
 590      */\r
 591     public boolean hasTextCol1(\r
 592     ) {\r
 593         return this._has_textCol1;\r
 594     }\r
 595 \r
 596     /**\r
 597      * Method hasTextCol2.\r
 598      * \r
 599      * @return true if at least one TextCol2 has been added\r
 600      */\r
 601     public boolean hasTextCol2(\r
 602     ) {\r
 603         return this._has_textCol2;\r
 604     }\r
 605 \r
 606     /**\r
 607      * Method hasTextColThreshold.\r
 608      * \r
 609      * @return true if at least one TextColThreshold has been added\r
 610      */\r
 611     public boolean hasTextColThreshold(\r
 612     ) {\r
 613         return this._has_textColThreshold;\r
 614     }\r
 615 \r
 616     /**\r
 617      * Returns the value of field 'colourText'.\r
 618      * \r
 619      * @return the value of field 'ColourText'.\r
 620      */\r
 621     public boolean isColourText(\r
 622     ) {\r
 623         return this._colourText;\r
 624     }\r
 625 \r
 626     /**\r
 627      * Returns the value of field 'displayBoxes'.\r
 628      * \r
 629      * @return the value of field 'DisplayBoxes'.\r
 630      */\r
 631     public boolean isDisplayBoxes(\r
 632     ) {\r
 633         return this._displayBoxes;\r
 634     }\r
 635 \r
 636     /**\r
 637      * Returns the value of field 'displayText'.\r
 638      * \r
 639      * @return the value of field 'DisplayText'.\r
 640      */\r
 641     public boolean isDisplayText(\r
 642     ) {\r
 643         return this._displayText;\r
 644     }\r
 645 \r
 646     /**\r
 647      * Returns the value of field 'showUnconserved'.\r
 648      * \r
 649      * @return the value of field 'ShowUnconserved'.\r
 650      */\r
 651     public boolean isShowUnconserved(\r
 652     ) {\r
 653         return this._showUnconserved;\r
 654     }\r
 655 \r
 656     /**\r
 657      * Method isValid.\r
 658      * \r
 659      * @return true if this object is valid according to the schema\r
 660      */\r
 661     public boolean isValid(\r
 662     ) {\r
 663         try {\r
 664             validate();\r
 665         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
 666             return false;\r
 667         }\r
 668         return true;\r
 669     }\r
 670 \r
 671     /**\r
 672      * \r
 673      * \r
 674      * @param out\r
 675      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
 676      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
 677      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 678      * object is an invalid instance according to the schema\r
 679      */\r
 680     public void marshal(\r
 681             final java.io.Writer out)\r
 682     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 683         Marshaller.marshal(this, out);\r
 684     }\r
 685 \r
 686     /**\r
 687      * \r
 688      * \r
 689      * @param handler\r
 690      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
 691      * marshaling\r
 692      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 693      * object is an invalid instance according to the schema\r
 694      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
 695      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
 696      */\r
 697     public void marshal(\r
 698             final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
 699     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 700         Marshaller.marshal(this, handler);\r
 701     }\r
 702 \r
 703     /**\r
 704      */\r
 705     public void removeAllSeq(\r
 706     ) {\r
 707         this._seqList.clear();\r
 708     }\r
 709 \r
 710     /**\r
 711      * Method removeSeq.\r
 712      * \r
 713      * @param vSeq\r
 714      * @return true if the object was removed from the collection.\r
 715      */\r
 716     public boolean removeSeq(\r
 717             final java.lang.String vSeq) {\r
 718         boolean removed = _seqList.remove(vSeq);\r
 719         return removed;\r
 720     }\r
 721 \r
 722     /**\r
 723      * Method removeSeqAt.\r
 724      * \r
 725      * @param index\r
 726      * @return the element removed from the collection\r
 727      */\r
 728     public java.lang.String removeSeqAt(\r
 729             final int index) {\r
 730         java.lang.Object obj = this._seqList.remove(index);\r
 731         return (java.lang.String) obj;\r
 732     }\r
 733 \r
 734     /**\r
 735      * Sets the value of field 'colour'.\r
 736      * \r
 737      * @param colour the value of field 'colour'.\r
 738      */\r
 739     public void setColour(\r
 740             final java.lang.String colour) {\r
 741         this._colour = colour;\r
 742     }\r
 743 \r
 744     /**\r
 745      * Sets the value of field 'colourText'.\r
 746      * \r
 747      * @param colourText the value of field 'colourText'.\r
 748      */\r
 749     public void setColourText(\r
 750             final boolean colourText) {\r
 751         this._colourText = colourText;\r
 752         this._has_colourText = true;\r
 753     }\r
 754 \r
 755     /**\r
 756      * Sets the value of field 'consThreshold'.\r
 757      * \r
 758      * @param consThreshold the value of field 'consThreshold'.\r
 759      */\r
 760     public void setConsThreshold(\r
 761             final int consThreshold) {\r
 762         this._consThreshold = consThreshold;\r
 763         this._has_consThreshold = true;\r
 764     }\r
 765 \r
 766     /**\r
 767      * Sets the value of field 'displayBoxes'.\r
 768      * \r
 769      * @param displayBoxes the value of field 'displayBoxes'.\r
 770      */\r
 771     public void setDisplayBoxes(\r
 772             final boolean displayBoxes) {\r
 773         this._displayBoxes = displayBoxes;\r
 774         this._has_displayBoxes = true;\r
 775     }\r
 776 \r
 777     /**\r
 778      * Sets the value of field 'displayText'.\r
 779      * \r
 780      * @param displayText the value of field 'displayText'.\r
 781      */\r
 782     public void setDisplayText(\r
 783             final boolean displayText) {\r
 784         this._displayText = displayText;\r
 785         this._has_displayText = true;\r
 786     }\r
 787 \r
 788     /**\r
 789      * Sets the value of field 'end'.\r
 790      * \r
 791      * @param end the value of field 'end'.\r
 792      */\r
 793     public void setEnd(\r
 794             final int end) {\r
 795         this._end = end;\r
 796         this._has_end = true;\r
 797     }\r
 798 \r
 799     /**\r
 800      * Sets the value of field 'name'.\r
 801      * \r
 802      * @param name the value of field 'name'.\r
 803      */\r
 804     public void setName(\r
 805             final java.lang.String name) {\r
 806         this._name = name;\r
 807     }\r
 808 \r
 809     /**\r
 810      * Sets the value of field 'outlineColour'.\r
 811      * \r
 812      * @param outlineColour the value of field 'outlineColour'.\r
 813      */\r
 814     public void setOutlineColour(\r
 815             final int outlineColour) {\r
 816         this._outlineColour = outlineColour;\r
 817         this._has_outlineColour = true;\r
 818     }\r
 819 \r
 820     /**\r
 821      * Sets the value of field 'pidThreshold'.\r
 822      * \r
 823      * @param pidThreshold the value of field 'pidThreshold'.\r
 824      */\r
 825     public void setPidThreshold(\r
 826             final int pidThreshold) {\r
 827         this._pidThreshold = pidThreshold;\r
 828         this._has_pidThreshold = true;\r
 829     }\r
 830 \r
 831     /**\r
 832      * \r
 833      * \r
 834      * @param index\r
 835      * @param vSeq\r
 836      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 837      * given is outside the bounds of the collection\r
 838      */\r
 839     public void setSeq(\r
 840             final int index,\r
 841             final java.lang.String vSeq)\r
 842     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 843         // check bounds for index\r
 844         if (index < 0 || index >= this._seqList.size()) {\r
 845             throw new IndexOutOfBoundsException("setSeq: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._seqList.size() - 1) + "]");\r
 846         }\r
 847         \r
 848         this._seqList.set(index, vSeq);\r
 849     }\r
 850 \r
 851     /**\r
 852      * \r
 853      * \r
 854      * @param vSeqArray\r
 855      */\r
 856     public void setSeq(\r
 857             final java.lang.String[] vSeqArray) {\r
 858         //-- copy array\r
 859         _seqList.clear();\r
 860         \r
 861         for (int i = 0; i < vSeqArray.length; i++) {\r
 862                 this._seqList.add(vSeqArray[i]);\r
 863         }\r
 864     }\r
 865 \r
 866     /**\r
 867      * Sets the value of field 'showUnconserved'.\r
 868      * \r
 869      * @param showUnconserved the value of field 'showUnconserved'.\r
 870      */\r
 871     public void setShowUnconserved(\r
 872             final boolean showUnconserved) {\r
 873         this._showUnconserved = showUnconserved;\r
 874         this._has_showUnconserved = true;\r
 875     }\r
 876 \r
 877     /**\r
 878      * Sets the value of field 'start'.\r
 879      * \r
 880      * @param start the value of field 'start'.\r
 881      */\r
 882     public void setStart(\r
 883             final int start) {\r
 884         this._start = start;\r
 885         this._has_start = true;\r
 886     }\r
 887 \r
 888     /**\r
 889      * Sets the value of field 'textCol1'.\r
 890      * \r
 891      * @param textCol1 the value of field 'textCol1'.\r
 892      */\r
 893     public void setTextCol1(\r
 894             final int textCol1) {\r
 895         this._textCol1 = textCol1;\r
 896         this._has_textCol1 = true;\r
 897     }\r
 898 \r
 899     /**\r
 900      * Sets the value of field 'textCol2'.\r
 901      * \r
 902      * @param textCol2 the value of field 'textCol2'.\r
 903      */\r
 904     public void setTextCol2(\r
 905             final int textCol2) {\r
 906         this._textCol2 = textCol2;\r
 907         this._has_textCol2 = true;\r
 908     }\r
 909 \r
 910     /**\r
 911      * Sets the value of field 'textColThreshold'.\r
 912      * \r
 913      * @param textColThreshold the value of field 'textColThreshold'\r
 914      */\r
 915     public void setTextColThreshold(\r
 916             final int textColThreshold) {\r
 917         this._textColThreshold = textColThreshold;\r
 918         this._has_textColThreshold = true;\r
 919     }\r
 920 \r
 921     /**\r
 922      * Method unmarshal.\r
 923      * \r
 924      * @param reader\r
 925      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
 926      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
 927      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 928      * object is an invalid instance according to the schema\r
 929      * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.JGroup\r
 930      */\r
 931     public static jalview.schemabinding.version2.JGroup unmarshal(\r
 932             final java.io.Reader reader)\r
 933     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 934         return (jalview.schemabinding.version2.JGroup) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.JGroup.class, reader);\r
 935     }\r
 936 \r
 937     /**\r
 938      * \r
 939      * \r
 940      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 941      * object is an invalid instance according to the schema\r
 942      */\r
 943     public void validate(\r
 944     )\r
 945     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 946         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
 947         validator.validate(this);\r
 948     }\r
 949 \r
 950 }\r