src/jalview/schemabinding/version2/JGroup.java

   1 /*\r
   2  * This class was automatically generated with\r
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 0.9.6</a>, using an XML\r
   4  * Schema.\r
   5  * $Id$\r
   6  */\r
   7 \r
   8 package jalview.schemabinding.version2;\r
   9 \r
  10 //---------------------------------/\r
  11 //- Imported classes and packages -/\r
  12 //---------------------------------/\r
  13 \r
  14 import java.util.*;\r
  15 \r
  16 import org.exolab.castor.xml.*;\r
  17 \r
  18 /**\r
  19  * Class JGroup.\r
  20  *\r
  21  * @version $Revision$ $Date$\r
  22  */\r
  23 public class JGroup\r
  24     implements java.io.Serializable\r
  25 {\r
  26 \r
  27   //--------------------------/\r
  28   //- Class/Member Variables -/\r
  29   //--------------------------/\r
  30 \r
  31   /**\r
  32    * Field _start\r
  33    */\r
  34   private int _start;\r
  35 \r
  36   /**\r
  37    * keeps track of state for field: _start\r
  38    */\r
  39   private boolean _has_start;\r
  40 \r
  41   /**\r
  42    * Field _end\r
  43    */\r
  44   private int _end;\r
  45 \r
  46   /**\r
  47    * keeps track of state for field: _end\r
  48    */\r
  49   private boolean _has_end;\r
  50 \r
  51   /**\r
  52    * Field _name\r
  53    */\r
  54   private java.lang.String _name;\r
  55 \r
  56   /**\r
  57    * Field _colour\r
  58    */\r
  59   private java.lang.String _colour;\r
  60 \r
  61   /**\r
  62    * Field _consThreshold\r
  63    */\r
  64   private int _consThreshold;\r
  65 \r
  66   /**\r
  67    * keeps track of state for field: _consThreshold\r
  68    */\r
  69   private boolean _has_consThreshold;\r
  70 \r
  71   /**\r
  72    * Field _pidThreshold\r
  73    */\r
  74   private int _pidThreshold;\r
  75 \r
  76   /**\r
  77    * keeps track of state for field: _pidThreshold\r
  78    */\r
  79   private boolean _has_pidThreshold;\r
  80 \r
  81   /**\r
  82    * Field _outlineColour\r
  83    */\r
  84   private int _outlineColour;\r
  85 \r
  86   /**\r
  87    * keeps track of state for field: _outlineColour\r
  88    */\r
  89   private boolean _has_outlineColour;\r
  90 \r
  91   /**\r
  92    * Field _displayBoxes\r
  93    */\r
  94   private boolean _displayBoxes;\r
  95 \r
  96   /**\r
  97    * keeps track of state for field: _displayBoxes\r
  98    */\r
  99   private boolean _has_displayBoxes;\r
 100 \r
 101   /**\r
 102    * Field _displayText\r
 103    */\r
 104   private boolean _displayText;\r
 105 \r
 106   /**\r
 107    * keeps track of state for field: _displayText\r
 108    */\r
 109   private boolean _has_displayText;\r
 110 \r
 111   /**\r
 112    * Field _colourText\r
 113    */\r
 114   private boolean _colourText;\r
 115 \r
 116   /**\r
 117    * keeps track of state for field: _colourText\r
 118    */\r
 119   private boolean _has_colourText;\r
 120 \r
 121   /**\r
 122    * Field _textCol1\r
 123    */\r
 124   private int _textCol1;\r
 125 \r
 126   /**\r
 127    * keeps track of state for field: _textCol1\r
 128    */\r
 129   private boolean _has_textCol1;\r
 130 \r
 131   /**\r
 132    * Field _textCol2\r
 133    */\r
 134   private int _textCol2;\r
 135 \r
 136   /**\r
 137    * keeps track of state for field: _textCol2\r
 138    */\r
 139   private boolean _has_textCol2;\r
 140 \r
 141   /**\r
 142    * Field _textColThreshold\r
 143    */\r
 144   private int _textColThreshold;\r
 145 \r
 146   /**\r
 147    * keeps track of state for field: _textColThreshold\r
 148    */\r
 149   private boolean _has_textColThreshold;\r
 150 \r
 151   /**\r
 152    * Field _seqList\r
 153    */\r
 154   private java.util.Vector _seqList;\r
 155 \r
 156   //----------------/\r
 157   //- Constructors -/\r
 158   //----------------/\r
 159 \r
 160   public JGroup()\r
 161   {\r
 162     super();\r
 163     _seqList = new Vector();\r
 164   } //-- jalview.schemabinding.version2.JGroup()\r
 165 \r
 166   //-----------/\r
 167   //- Methods -/\r
 168   //-----------/\r
 169 \r
 170   /**\r
 171    * Method addSeq\r
 172    *\r
 173    *\r
 174    *\r
 175    * @param vSeq\r
 176    */\r
 177   public void addSeq(int vSeq)\r
 178       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 179   {\r
 180     _seqList.addElement(new java.lang.Integer(vSeq));\r
 181   } //-- void addSeq(int)\r
 182 \r
 183   /**\r
 184    * Method addSeq\r
 185    *\r
 186    *\r
 187    *\r
 188    * @param index\r
 189    * @param vSeq\r
 190    */\r
 191   public void addSeq(int index, int vSeq)\r
 192       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 193   {\r
 194     _seqList.insertElementAt(new java.lang.Integer(vSeq), index);\r
 195   } //-- void addSeq(int, int)\r
 196 \r
 197   /**\r
 198    * Method deleteColourText\r
 199    *\r
 200    */\r
 201   public void deleteColourText()\r
 202   {\r
 203     this._has_colourText = false;\r
 204   } //-- void deleteColourText()\r
 205 \r
 206   /**\r
 207    * Method deleteConsThreshold\r
 208    *\r
 209    */\r
 210   public void deleteConsThreshold()\r
 211   {\r
 212     this._has_consThreshold = false;\r
 213   } //-- void deleteConsThreshold()\r
 214 \r
 215   /**\r
 216    * Method deleteDisplayBoxes\r
 217    *\r
 218    */\r
 219   public void deleteDisplayBoxes()\r
 220   {\r
 221     this._has_displayBoxes = false;\r
 222   } //-- void deleteDisplayBoxes()\r
 223 \r
 224   /**\r
 225    * Method deleteDisplayText\r
 226    *\r
 227    */\r
 228   public void deleteDisplayText()\r
 229   {\r
 230     this._has_displayText = false;\r
 231   } //-- void deleteDisplayText()\r
 232 \r
 233   /**\r
 234    * Method deleteEnd\r
 235    *\r
 236    */\r
 237   public void deleteEnd()\r
 238   {\r
 239     this._has_end = false;\r
 240   } //-- void deleteEnd()\r
 241 \r
 242   /**\r
 243    * Method deleteOutlineColour\r
 244    *\r
 245    */\r
 246   public void deleteOutlineColour()\r
 247   {\r
 248     this._has_outlineColour = false;\r
 249   } //-- void deleteOutlineColour()\r
 250 \r
 251   /**\r
 252    * Method deletePidThreshold\r
 253    *\r
 254    */\r
 255   public void deletePidThreshold()\r
 256   {\r
 257     this._has_pidThreshold = false;\r
 258   } //-- void deletePidThreshold()\r
 259 \r
 260   /**\r
 261    * Method deleteStart\r
 262    *\r
 263    */\r
 264   public void deleteStart()\r
 265   {\r
 266     this._has_start = false;\r
 267   } //-- void deleteStart()\r
 268 \r
 269   /**\r
 270    * Method deleteTextCol1\r
 271    *\r
 272    */\r
 273   public void deleteTextCol1()\r
 274   {\r
 275     this._has_textCol1 = false;\r
 276   } //-- void deleteTextCol1()\r
 277 \r
 278   /**\r
 279    * Method deleteTextCol2\r
 280    *\r
 281    */\r
 282   public void deleteTextCol2()\r
 283   {\r
 284     this._has_textCol2 = false;\r
 285   } //-- void deleteTextCol2()\r
 286 \r
 287   /**\r
 288    * Method deleteTextColThreshold\r
 289    *\r
 290    */\r
 291   public void deleteTextColThreshold()\r
 292   {\r
 293     this._has_textColThreshold = false;\r
 294   } //-- void deleteTextColThreshold()\r
 295 \r
 296   /**\r
 297    * Method enumerateSeq\r
 298    *\r
 299    *\r
 300    *\r
 301    * @return Enumeration\r
 302    */\r
 303   public java.util.Enumeration enumerateSeq()\r
 304   {\r
 305     return _seqList.elements();\r
 306   } //-- java.util.Enumeration enumerateSeq()\r
 307 \r
 308   /**\r
 309    * Returns the value of field 'colour'.\r
 310    *\r
 311    * @return String\r
 312    * @return the value of field 'colour'.\r
 313    */\r
 314   public java.lang.String getColour()\r
 315   {\r
 316     return this._colour;\r
 317   } //-- java.lang.String getColour()\r
 318 \r
 319   /**\r
 320    * Returns the value of field 'colourText'.\r
 321    *\r
 322    * @return boolean\r
 323    * @return the value of field 'colourText'.\r
 324    */\r
 325   public boolean getColourText()\r
 326   {\r
 327     return this._colourText;\r
 328   } //-- boolean getColourText()\r
 329 \r
 330   /**\r
 331    * Returns the value of field 'consThreshold'.\r
 332    *\r
 333    * @return int\r
 334    * @return the value of field 'consThreshold'.\r
 335    */\r
 336   public int getConsThreshold()\r
 337   {\r
 338     return this._consThreshold;\r
 339   } //-- int getConsThreshold()\r
 340 \r
 341   /**\r
 342    * Returns the value of field 'displayBoxes'.\r
 343    *\r
 344    * @return boolean\r
 345    * @return the value of field 'displayBoxes'.\r
 346    */\r
 347   public boolean getDisplayBoxes()\r
 348   {\r
 349     return this._displayBoxes;\r
 350   } //-- boolean getDisplayBoxes()\r
 351 \r
 352   /**\r
 353    * Returns the value of field 'displayText'.\r
 354    *\r
 355    * @return boolean\r
 356    * @return the value of field 'displayText'.\r
 357    */\r
 358   public boolean getDisplayText()\r
 359   {\r
 360     return this._displayText;\r
 361   } //-- boolean getDisplayText()\r
 362 \r
 363   /**\r
 364    * Returns the value of field 'end'.\r
 365    *\r
 366    * @return int\r
 367    * @return the value of field 'end'.\r
 368    */\r
 369   public int getEnd()\r
 370   {\r
 371     return this._end;\r
 372   } //-- int getEnd()\r
 373 \r
 374   /**\r
 375    * Returns the value of field 'name'.\r
 376    *\r
 377    * @return String\r
 378    * @return the value of field 'name'.\r
 379    */\r
 380   public java.lang.String getName()\r
 381   {\r
 382     return this._name;\r
 383   } //-- java.lang.String getName()\r
 384 \r
 385   /**\r
 386    * Returns the value of field 'outlineColour'.\r
 387    *\r
 388    * @return int\r
 389    * @return the value of field 'outlineColour'.\r
 390    */\r
 391   public int getOutlineColour()\r
 392   {\r
 393     return this._outlineColour;\r
 394   } //-- int getOutlineColour()\r
 395 \r
 396   /**\r
 397    * Returns the value of field 'pidThreshold'.\r
 398    *\r
 399    * @return int\r
 400    * @return the value of field 'pidThreshold'.\r
 401    */\r
 402   public int getPidThreshold()\r
 403   {\r
 404     return this._pidThreshold;\r
 405   } //-- int getPidThreshold()\r
 406 \r
 407   /**\r
 408    * Method getSeq\r
 409    *\r
 410    *\r
 411    *\r
 412    * @param index\r
 413    * @return int\r
 414    */\r
 415   public int getSeq(int index)\r
 416       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 417   {\r
 418     //-- check bounds for index\r
 419     if ( (index < 0) || (index > _seqList.size()))\r
 420     {\r
 421       throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 422     }\r
 423 \r
 424     return ( (java.lang.Integer) _seqList.elementAt(index)).intValue();\r
 425   } //-- int getSeq(int)\r
 426 \r
 427   /**\r
 428    * Method getSeq\r
 429    *\r
 430    *\r
 431    *\r
 432    * @return int\r
 433    */\r
 434   public int[] getSeq()\r
 435   {\r
 436     int size = _seqList.size();\r
 437     int[] mArray = new int[size];\r
 438     for (int index = 0; index < size; index++)\r
 439     {\r
 440       mArray[index] = ( (java.lang.Integer) _seqList.elementAt(index)).intValue();\r
 441     }\r
 442     return mArray;\r
 443   } //-- int[] getSeq()\r
 444 \r
 445   /**\r
 446    * Method getSeqCount\r
 447    *\r
 448    *\r
 449    *\r
 450    * @return int\r
 451    */\r
 452   public int getSeqCount()\r
 453   {\r
 454     return _seqList.size();\r
 455   } //-- int getSeqCount()\r
 456 \r
 457   /**\r
 458    * Returns the value of field 'start'.\r
 459    *\r
 460    * @return int\r
 461    * @return the value of field 'start'.\r
 462    */\r
 463   public int getStart()\r
 464   {\r
 465     return this._start;\r
 466   } //-- int getStart()\r
 467 \r
 468   /**\r
 469    * Returns the value of field 'textCol1'.\r
 470    *\r
 471    * @return int\r
 472    * @return the value of field 'textCol1'.\r
 473    */\r
 474   public int getTextCol1()\r
 475   {\r
 476     return this._textCol1;\r
 477   } //-- int getTextCol1()\r
 478 \r
 479   /**\r
 480    * Returns the value of field 'textCol2'.\r
 481    *\r
 482    * @return int\r
 483    * @return the value of field 'textCol2'.\r
 484    */\r
 485   public int getTextCol2()\r
 486   {\r
 487     return this._textCol2;\r
 488   } //-- int getTextCol2()\r
 489 \r
 490   /**\r
 491    * Returns the value of field 'textColThreshold'.\r
 492    *\r
 493    * @return int\r
 494    * @return the value of field 'textColThreshold'.\r
 495    */\r
 496   public int getTextColThreshold()\r
 497   {\r
 498     return this._textColThreshold;\r
 499   } //-- int getTextColThreshold()\r
 500 \r
 501   /**\r
 502    * Method hasColourText\r
 503    *\r
 504    *\r
 505    *\r
 506    * @return boolean\r
 507    */\r
 508   public boolean hasColourText()\r
 509   {\r
 510     return this._has_colourText;\r
 511   } //-- boolean hasColourText()\r
 512 \r
 513   /**\r
 514    * Method hasConsThreshold\r
 515    *\r
 516    *\r
 517    *\r
 518    * @return boolean\r
 519    */\r
 520   public boolean hasConsThreshold()\r
 521   {\r
 522     return this._has_consThreshold;\r
 523   } //-- boolean hasConsThreshold()\r
 524 \r
 525   /**\r
 526    * Method hasDisplayBoxes\r
 527    *\r
 528    *\r
 529    *\r
 530    * @return boolean\r
 531    */\r
 532   public boolean hasDisplayBoxes()\r
 533   {\r
 534     return this._has_displayBoxes;\r
 535   } //-- boolean hasDisplayBoxes()\r
 536 \r
 537   /**\r
 538    * Method hasDisplayText\r
 539    *\r
 540    *\r
 541    *\r
 542    * @return boolean\r
 543    */\r
 544   public boolean hasDisplayText()\r
 545   {\r
 546     return this._has_displayText;\r
 547   } //-- boolean hasDisplayText()\r
 548 \r
 549   /**\r
 550    * Method hasEnd\r
 551    *\r
 552    *\r
 553    *\r
 554    * @return boolean\r
 555    */\r
 556   public boolean hasEnd()\r
 557   {\r
 558     return this._has_end;\r
 559   } //-- boolean hasEnd()\r
 560 \r
 561   /**\r
 562    * Method hasOutlineColour\r
 563    *\r
 564    *\r
 565    *\r
 566    * @return boolean\r
 567    */\r
 568   public boolean hasOutlineColour()\r
 569   {\r
 570     return this._has_outlineColour;\r
 571   } //-- boolean hasOutlineColour()\r
 572 \r
 573   /**\r
 574    * Method hasPidThreshold\r
 575    *\r
 576    *\r
 577    *\r
 578    * @return boolean\r
 579    */\r
 580   public boolean hasPidThreshold()\r
 581   {\r
 582     return this._has_pidThreshold;\r
 583   } //-- boolean hasPidThreshold()\r
 584 \r
 585   /**\r
 586    * Method hasStart\r
 587    *\r
 588    *\r
 589    *\r
 590    * @return boolean\r
 591    */\r
 592   public boolean hasStart()\r
 593   {\r
 594     return this._has_start;\r
 595   } //-- boolean hasStart()\r
 596 \r
 597   /**\r
 598    * Method hasTextCol1\r
 599    *\r
 600    *\r
 601    *\r
 602    * @return boolean\r
 603    */\r
 604   public boolean hasTextCol1()\r
 605   {\r
 606     return this._has_textCol1;\r
 607   } //-- boolean hasTextCol1()\r
 608 \r
 609   /**\r
 610    * Method hasTextCol2\r
 611    *\r
 612    *\r
 613    *\r
 614    * @return boolean\r
 615    */\r
 616   public boolean hasTextCol2()\r
 617   {\r
 618     return this._has_textCol2;\r
 619   } //-- boolean hasTextCol2()\r
 620 \r
 621   /**\r
 622    * Method hasTextColThreshold\r
 623    *\r
 624    *\r
 625    *\r
 626    * @return boolean\r
 627    */\r
 628   public boolean hasTextColThreshold()\r
 629   {\r
 630     return this._has_textColThreshold;\r
 631   } //-- boolean hasTextColThreshold()\r
 632 \r
 633   /**\r
 634    * Method isValid\r
 635    *\r
 636    *\r
 637    *\r
 638    * @return boolean\r
 639    */\r
 640   public boolean isValid()\r
 641   {\r
 642     try\r
 643     {\r
 644       validate();\r
 645     }\r
 646     catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
 647     {\r
 648       return false;\r
 649     }\r
 650     return true;\r
 651   } //-- boolean isValid()\r
 652 \r
 653   /**\r
 654    * Method marshal\r
 655    *\r
 656    *\r
 657    *\r
 658    * @param out\r
 659    */\r
 660   public void marshal(java.io.Writer out)\r
 661       throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
 662       org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 663   {\r
 664 \r
 665     Marshaller.marshal(this, out);\r
 666   } //-- void marshal(java.io.Writer)\r
 667 \r
 668   /**\r
 669    * Method marshal\r
 670    *\r
 671    *\r
 672    *\r
 673    * @param handler\r
 674    */\r
 675   public void marshal(org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
 676       throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
 677       org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 678   {\r
 679 \r
 680     Marshaller.marshal(this, handler);\r
 681   } //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler)\r
 682 \r
 683   /**\r
 684    * Method removeAllSeq\r
 685    *\r
 686    */\r
 687   public void removeAllSeq()\r
 688   {\r
 689     _seqList.removeAllElements();\r
 690   } //-- void removeAllSeq()\r
 691 \r
 692   /**\r
 693    * Method removeSeq\r
 694    *\r
 695    *\r
 696    *\r
 697    * @param index\r
 698    * @return int\r
 699    */\r
 700   public int removeSeq(int index)\r
 701   {\r
 702     java.lang.Object obj = _seqList.elementAt(index);\r
 703     _seqList.removeElementAt(index);\r
 704     return ( (java.lang.Integer) obj).intValue();\r
 705   } //-- int removeSeq(int)\r
 706 \r
 707   /**\r
 708    * Sets the value of field 'colour'.\r
 709    *\r
 710    * @param colour the value of field 'colour'.\r
 711    */\r
 712   public void setColour(java.lang.String colour)\r
 713   {\r
 714     this._colour = colour;\r
 715   } //-- void setColour(java.lang.String)\r
 716 \r
 717   /**\r
 718    * Sets the value of field 'colourText'.\r
 719    *\r
 720    * @param colourText the value of field 'colourText'.\r
 721    */\r
 722   public void setColourText(boolean colourText)\r
 723   {\r
 724     this._colourText = colourText;\r
 725     this._has_colourText = true;\r
 726   } //-- void setColourText(boolean)\r
 727 \r
 728   /**\r
 729    * Sets the value of field 'consThreshold'.\r
 730    *\r
 731    * @param consThreshold the value of field 'consThreshold'.\r
 732    */\r
 733   public void setConsThreshold(int consThreshold)\r
 734   {\r
 735     this._consThreshold = consThreshold;\r
 736     this._has_consThreshold = true;\r
 737   } //-- void setConsThreshold(int)\r
 738 \r
 739   /**\r
 740    * Sets the value of field 'displayBoxes'.\r
 741    *\r
 742    * @param displayBoxes the value of field 'displayBoxes'.\r
 743    */\r
 744   public void setDisplayBoxes(boolean displayBoxes)\r
 745   {\r
 746     this._displayBoxes = displayBoxes;\r
 747     this._has_displayBoxes = true;\r
 748   } //-- void setDisplayBoxes(boolean)\r
 749 \r
 750   /**\r
 751    * Sets the value of field 'displayText'.\r
 752    *\r
 753    * @param displayText the value of field 'displayText'.\r
 754    */\r
 755   public void setDisplayText(boolean displayText)\r
 756   {\r
 757     this._displayText = displayText;\r
 758     this._has_displayText = true;\r
 759   } //-- void setDisplayText(boolean)\r
 760 \r
 761   /**\r
 762    * Sets the value of field 'end'.\r
 763    *\r
 764    * @param end the value of field 'end'.\r
 765    */\r
 766   public void setEnd(int end)\r
 767   {\r
 768     this._end = end;\r
 769     this._has_end = true;\r
 770   } //-- void setEnd(int)\r
 771 \r
 772   /**\r
 773    * Sets the value of field 'name'.\r
 774    *\r
 775    * @param name the value of field 'name'.\r
 776    */\r
 777   public void setName(java.lang.String name)\r
 778   {\r
 779     this._name = name;\r
 780   } //-- void setName(java.lang.String)\r
 781 \r
 782   /**\r
 783    * Sets the value of field 'outlineColour'.\r
 784    *\r
 785    * @param outlineColour the value of field 'outlineColour'.\r
 786    */\r
 787   public void setOutlineColour(int outlineColour)\r
 788   {\r
 789     this._outlineColour = outlineColour;\r
 790     this._has_outlineColour = true;\r
 791   } //-- void setOutlineColour(int)\r
 792 \r
 793   /**\r
 794    * Sets the value of field 'pidThreshold'.\r
 795    *\r
 796    * @param pidThreshold the value of field 'pidThreshold'.\r
 797    */\r
 798   public void setPidThreshold(int pidThreshold)\r
 799   {\r
 800     this._pidThreshold = pidThreshold;\r
 801     this._has_pidThreshold = true;\r
 802   } //-- void setPidThreshold(int)\r
 803 \r
 804   /**\r
 805    * Method setSeq\r
 806    *\r
 807    *\r
 808    *\r
 809    * @param index\r
 810    * @param vSeq\r
 811    */\r
 812   public void setSeq(int index, int vSeq)\r
 813       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 814   {\r
 815     //-- check bounds for index\r
 816     if ( (index < 0) || (index > _seqList.size()))\r
 817     {\r
 818       throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 819     }\r
 820     _seqList.setElementAt(new java.lang.Integer(vSeq), index);\r
 821   } //-- void setSeq(int, int)\r
 822 \r
 823   /**\r
 824    * Method setSeq\r
 825    *\r
 826    *\r
 827    *\r
 828    * @param seqArray\r
 829    */\r
 830   public void setSeq(int[] seqArray)\r
 831   {\r
 832     //-- copy array\r
 833     _seqList.removeAllElements();\r
 834     for (int i = 0; i < seqArray.length; i++)\r
 835     {\r
 836       _seqList.addElement(new java.lang.Integer(seqArray[i]));\r
 837     }\r
 838   } //-- void setSeq(int)\r
 839 \r
 840   /**\r
 841    * Sets the value of field 'start'.\r
 842    *\r
 843    * @param start the value of field 'start'.\r
 844    */\r
 845   public void setStart(int start)\r
 846   {\r
 847     this._start = start;\r
 848     this._has_start = true;\r
 849   } //-- void setStart(int)\r
 850 \r
 851   /**\r
 852    * Sets the value of field 'textCol1'.\r
 853    *\r
 854    * @param textCol1 the value of field 'textCol1'.\r
 855    */\r
 856   public void setTextCol1(int textCol1)\r
 857   {\r
 858     this._textCol1 = textCol1;\r
 859     this._has_textCol1 = true;\r
 860   } //-- void setTextCol1(int)\r
 861 \r
 862   /**\r
 863    * Sets the value of field 'textCol2'.\r
 864    *\r
 865    * @param textCol2 the value of field 'textCol2'.\r
 866    */\r
 867   public void setTextCol2(int textCol2)\r
 868   {\r
 869     this._textCol2 = textCol2;\r
 870     this._has_textCol2 = true;\r
 871   } //-- void setTextCol2(int)\r
 872 \r
 873   /**\r
 874    * Sets the value of field 'textColThreshold'.\r
 875    *\r
 876    * @param textColThreshold the value of field 'textColThreshold'\r
 877    */\r
 878   public void setTextColThreshold(int textColThreshold)\r
 879   {\r
 880     this._textColThreshold = textColThreshold;\r
 881     this._has_textColThreshold = true;\r
 882   } //-- void setTextColThreshold(int)\r
 883 \r
 884   /**\r
 885    * Method unmarshal\r
 886    *\r
 887    *\r
 888    *\r
 889    * @param reader\r
 890    * @return Object\r
 891    */\r
 892   public static java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader reader)\r
 893       throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
 894       org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 895   {\r
 896     return (jalview.schemabinding.version2.JGroup) Unmarshaller.unmarshal(\r
 897         jalview.schemabinding.version2.JGroup.class, reader);\r
 898   } //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader)\r
 899 \r
 900   /**\r
 901    * Method validate\r
 902    *\r
 903    */\r
 904   public void validate()\r
 905       throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 906   {\r
 907     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.\r
 908         Validator();\r
 909     validator.validate(this);\r
 910   } //-- void validate()\r
 911 \r
 912 }\r