src/jalview/schemabinding/version2/JGroup.java

   1 /*
   2  * This class was automatically generated with
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
   4  * Schema.
   5  * $Id$
   6  */
   7
   8 package jalview.schemabinding.version2;
   9
  10   //---------------------------------/
  11  //- Imported classes and packages -/
  12 //---------------------------------/
  13
  14 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  15 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  16
  17 /**
  18  * Class JGroup.
  19  *
  20  * @version $Revision$ $Date$
  21  */
  22 public class JGroup implements java.io.Serializable {
  23
  24
  25       //--------------------------/
  26      //- Class/Member Variables -/
  27     //--------------------------/
  28
  29     /**
  30      * Field _start.
  31      */
  32     private int _start;
  33
  34     /**
  35      * keeps track of state for field: _start
  36      */
  37     private boolean _has_start;
  38
  39     /**
  40      * Field _end.
  41      */
  42     private int _end;
  43
  44     /**
  45      * keeps track of state for field: _end
  46      */
  47     private boolean _has_end;
  48
  49     /**
  50      * Field _name.
  51      */
  52     private java.lang.String _name;
  53
  54     /**
  55      * Field _colour.
  56      */
  57     private java.lang.String _colour;
  58
  59     /**
  60      * Field _consThreshold.
  61      */
  62     private int _consThreshold;
  63
  64     /**
  65      * keeps track of state for field: _consThreshold
  66      */
  67     private boolean _has_consThreshold;
  68
  69     /**
  70      * Field _pidThreshold.
  71      */
  72     private int _pidThreshold;
  73
  74     /**
  75      * keeps track of state for field: _pidThreshold
  76      */
  77     private boolean _has_pidThreshold;
  78
  79     /**
  80      * Field _outlineColour.
  81      */
  82     private int _outlineColour;
  83
  84     /**
  85      * keeps track of state for field: _outlineColour
  86      */
  87     private boolean _has_outlineColour;
  88
  89     /**
  90      * Field _displayBoxes.
  91      */
  92     private boolean _displayBoxes;
  93
  94     /**
  95      * keeps track of state for field: _displayBoxes
  96      */
  97     private boolean _has_displayBoxes;
  98
  99     /**
 100      * Field _displayText.
 101      */
 102     private boolean _displayText;
 103
 104     /**
 105      * keeps track of state for field: _displayText
 106      */
 107     private boolean _has_displayText;
 108
 109     /**
 110      * Field _colourText.
 111      */
 112     private boolean _colourText;
 113
 114     /**
 115      * keeps track of state for field: _colourText
 116      */
 117     private boolean _has_colourText;
 118
 119     /**
 120      * Field _textCol1.
 121      */
 122     private int _textCol1;
 123
 124     /**
 125      * keeps track of state for field: _textCol1
 126      */
 127     private boolean _has_textCol1;
 128
 129     /**
 130      * Field _textCol2.
 131      */
 132     private int _textCol2;
 133
 134     /**
 135      * keeps track of state for field: _textCol2
 136      */
 137     private boolean _has_textCol2;
 138
 139     /**
 140      * Field _textColThreshold.
 141      */
 142     private int _textColThreshold;
 143
 144     /**
 145      * keeps track of state for field: _textColThreshold
 146      */
 147     private boolean _has_textColThreshold;
 148
 149     /**
 150      * Field _showUnconserved.
 151      */
 152     private boolean _showUnconserved;
 153
 154     /**
 155      * keeps track of state for field: _showUnconserved
 156      */
 157     private boolean _has_showUnconserved;
 158
 159     /**
 160      * Field _ignoreGapsinConsensus.
 161      */
 162     private boolean _ignoreGapsinConsensus = true;
 163
 164     /**
 165      * keeps track of state for field: _ignoreGapsinConsensus
 166      */
 167     private boolean _has_ignoreGapsinConsensus;
 168
 169     /**
 170      * Field _showConsensusHistogram.
 171      */
 172     private boolean _showConsensusHistogram = true;
 173
 174     /**
 175      * keeps track of state for field: _showConsensusHistogram
 176      */
 177     private boolean _has_showConsensusHistogram;
 178
 179     /**
 180      * Field _showSequenceLogo.
 181      */
 182     private boolean _showSequenceLogo = false;
 183
 184     /**
 185      * keeps track of state for field: _showSequenceLogo
 186      */
 187     private boolean _has_showSequenceLogo;
 188
 189     /**
 190      * Field _normaliseSequenceLogo.
 191      */
 192     private boolean _normaliseSequenceLogo = false;
 193
 194     /**
 195      * keeps track of state for field: _normaliseSequenceLogo
 196      */
 197     private boolean _has_normaliseSequenceLogo;
 198
 199     /**
 200      * Optional sequence group ID (only
 201      *  needs to be
 202      *  unique for this
 203      *  alignment)
 204      *
 205      */
 206     private java.lang.String _id;
 207
 208     /**
 209      * Field _seqList.
 210      */
 211     private java.util.Vector _seqList;
 212
 213     /**
 214      * Field _annotationColours.
 215      */
 216     private jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours _annotationColours;
 217
 218
 219       //----------------/
 220      //- Constructors -/
 221     //----------------/
 222
 223     public JGroup() {
 224         super();
 225         this._seqList = new java.util.Vector();
 226     }
 227
 228
 229       //-----------/
 230      //- Methods -/
 231     //-----------/
 232
 233     /**
 234      *
 235      *
 236      * @param vSeq
 237      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 238      * given is outside the bounds of the collection
 239      */
 240     public void addSeq(
 241             final java.lang.String vSeq)
 242     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 243         this._seqList.addElement(vSeq);
 244     }
 245
 246     /**
 247      *
 248      *
 249      * @param index
 250      * @param vSeq
 251      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 252      * given is outside the bounds of the collection
 253      */
 254     public void addSeq(
 255             final int index,
 256             final java.lang.String vSeq)
 257     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 258         this._seqList.add(index, vSeq);
 259     }
 260
 261     /**
 262      */
 263     public void deleteColourText(
 264     ) {
 265         this._has_colourText= false;
 266     }
 267
 268     /**
 269      */
 270     public void deleteConsThreshold(
 271     ) {
 272         this._has_consThreshold= false;
 273     }
 274
 275     /**
 276      */
 277     public void deleteDisplayBoxes(
 278     ) {
 279         this._has_displayBoxes= false;
 280     }
 281
 282     /**
 283      */
 284     public void deleteDisplayText(
 285     ) {
 286         this._has_displayText= false;
 287     }
 288
 289     /**
 290      */
 291     public void deleteEnd(
 292     ) {
 293         this._has_end= false;
 294     }
 295
 296     /**
 297      */
 298     public void deleteIgnoreGapsinConsensus(
 299     ) {
 300         this._has_ignoreGapsinConsensus= false;
 301     }
 302
 303     /**
 304      */
 305     public void deleteNormaliseSequenceLogo(
 306     ) {
 307         this._has_normaliseSequenceLogo= false;
 308     }
 309
 310     /**
 311      */
 312     public void deleteOutlineColour(
 313     ) {
 314         this._has_outlineColour= false;
 315     }
 316
 317     /**
 318      */
 319     public void deletePidThreshold(
 320     ) {
 321         this._has_pidThreshold= false;
 322     }
 323
 324     /**
 325      */
 326     public void deleteShowConsensusHistogram(
 327     ) {
 328         this._has_showConsensusHistogram= false;
 329     }
 330
 331     /**
 332      */
 333     public void deleteShowSequenceLogo(
 334     ) {
 335         this._has_showSequenceLogo= false;
 336     }
 337
 338     /**
 339      */
 340     public void deleteShowUnconserved(
 341     ) {
 342         this._has_showUnconserved= false;
 343     }
 344
 345     /**
 346      */
 347     public void deleteStart(
 348     ) {
 349         this._has_start= false;
 350     }
 351
 352     /**
 353      */
 354     public void deleteTextCol1(
 355     ) {
 356         this._has_textCol1= false;
 357     }
 358
 359     /**
 360      */
 361     public void deleteTextCol2(
 362     ) {
 363         this._has_textCol2= false;
 364     }
 365
 366     /**
 367      */
 368     public void deleteTextColThreshold(
 369     ) {
 370         this._has_textColThreshold= false;
 371     }
 372
 373     /**
 374      * Method enumerateSeq.
 375      *
 376      * @return an Enumeration over all java.lang.String elements
 377      */
 378     public java.util.Enumeration enumerateSeq(
 379     ) {
 380         return this._seqList.elements();
 381     }
 382
 383     /**
 384      * Returns the value of field 'annotationColours'.
 385      *
 386      * @return the value of field 'AnnotationColours'.
 387      */
 388     public jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours getAnnotationColours(
 389     ) {
 390         return this._annotationColours;
 391     }
 392
 393     /**
 394      * Returns the value of field 'colour'.
 395      *
 396      * @return the value of field 'Colour'.
 397      */
 398     public java.lang.String getColour(
 399     ) {
 400         return this._colour;
 401     }
 402
 403     /**
 404      * Returns the value of field 'colourText'.
 405      *
 406      * @return the value of field 'ColourText'.
 407      */
 408     public boolean getColourText(
 409     ) {
 410         return this._colourText;
 411     }
 412
 413     /**
 414      * Returns the value of field 'consThreshold'.
 415      *
 416      * @return the value of field 'ConsThreshold'.
 417      */
 418     public int getConsThreshold(
 419     ) {
 420         return this._consThreshold;
 421     }
 422
 423     /**
 424      * Returns the value of field 'displayBoxes'.
 425      *
 426      * @return the value of field 'DisplayBoxes'.
 427      */
 428     public boolean getDisplayBoxes(
 429     ) {
 430         return this._displayBoxes;
 431     }
 432
 433     /**
 434      * Returns the value of field 'displayText'.
 435      *
 436      * @return the value of field 'DisplayText'.
 437      */
 438     public boolean getDisplayText(
 439     ) {
 440         return this._displayText;
 441     }
 442
 443     /**
 444      * Returns the value of field 'end'.
 445      *
 446      * @return the value of field 'End'.
 447      */
 448     public int getEnd(
 449     ) {
 450         return this._end;
 451     }
 452
 453     /**
 454      * Returns the value of field 'id'. The field 'id' has the
 455      * following description: Optional sequence group ID (only
 456      *  needs to be
 457      *  unique for this
 458      *  alignment)
 459      *
 460      *
 461      * @return the value of field 'Id'.
 462      */
 463     public java.lang.String getId(
 464     ) {
 465         return this._id;
 466     }
 467
 468     /**
 469      * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
 470      *
 471      * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.
 472      */
 473     public boolean getIgnoreGapsinConsensus(
 474     ) {
 475         return this._ignoreGapsinConsensus;
 476     }
 477
 478     /**
 479      * Returns the value of field 'name'.
 480      *
 481      * @return the value of field 'Name'.
 482      */
 483     public java.lang.String getName(
 484     ) {
 485         return this._name;
 486     }
 487
 488     /**
 489      * Returns the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
 490      *
 491      * @return the value of field 'NormaliseSequenceLogo'.
 492      */
 493     public boolean getNormaliseSequenceLogo(
 494     ) {
 495         return this._normaliseSequenceLogo;
 496     }
 497
 498     /**
 499      * Returns the value of field 'outlineColour'.
 500      *
 501      * @return the value of field 'OutlineColour'.
 502      */
 503     public int getOutlineColour(
 504     ) {
 505         return this._outlineColour;
 506     }
 507
 508     /**
 509      * Returns the value of field 'pidThreshold'.
 510      *
 511      * @return the value of field 'PidThreshold'.
 512      */
 513     public int getPidThreshold(
 514     ) {
 515         return this._pidThreshold;
 516     }
 517
 518     /**
 519      * Method getSeq.
 520      *
 521      * @param index
 522      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 523      * given is outside the bounds of the collection
 524      * @return the value of the java.lang.String at the given index
 525      */
 526     public java.lang.String getSeq(
 527             final int index)
 528     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 529         // check bounds for index
 530         if (index < 0 || index >= this._seqList.size()) {
 531             throw new IndexOutOfBoundsException("getSeq: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._seqList.size() - 1) + "]");
 532         }
 533
 534         return (java.lang.String) _seqList.get(index);
 535     }
 536
 537     /**
 538      * Method getSeq.Returns the contents of the collection in an
 539      * Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents are
 540      * changing in another thread, we pass a 0-length Array of the
 541      * correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
 542      * that the Array returned is of exactly the correct length.
 543      *
 544      * @return this collection as an Array
 545      */
 546     public java.lang.String[] getSeq(
 547     ) {
 548         java.lang.String[] array = new java.lang.String[0];
 549         return (java.lang.String[]) this._seqList.toArray(array);
 550     }
 551
 552     /**
 553      * Method getSeqCount.
 554      *
 555      * @return the size of this collection
 556      */
 557     public int getSeqCount(
 558     ) {
 559         return this._seqList.size();
 560     }
 561
 562     /**
 563      * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.
 564      *
 565      * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.
 566      */
 567     public boolean getShowConsensusHistogram(
 568     ) {
 569         return this._showConsensusHistogram;
 570     }
 571
 572     /**
 573      * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.
 574      *
 575      * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.
 576      */
 577     public boolean getShowSequenceLogo(
 578     ) {
 579         return this._showSequenceLogo;
 580     }
 581
 582     /**
 583      * Returns the value of field 'showUnconserved'.
 584      *
 585      * @return the value of field 'ShowUnconserved'.
 586      */
 587     public boolean getShowUnconserved(
 588     ) {
 589         return this._showUnconserved;
 590     }
 591
 592     /**
 593      * Returns the value of field 'start'.
 594      *
 595      * @return the value of field 'Start'.
 596      */
 597     public int getStart(
 598     ) {
 599         return this._start;
 600     }
 601
 602     /**
 603      * Returns the value of field 'textCol1'.
 604      *
 605      * @return the value of field 'TextCol1'.
 606      */
 607     public int getTextCol1(
 608     ) {
 609         return this._textCol1;
 610     }
 611
 612     /**
 613      * Returns the value of field 'textCol2'.
 614      *
 615      * @return the value of field 'TextCol2'.
 616      */
 617     public int getTextCol2(
 618     ) {
 619         return this._textCol2;
 620     }
 621
 622     /**
 623      * Returns the value of field 'textColThreshold'.
 624      *
 625      * @return the value of field 'TextColThreshold'.
 626      */
 627     public int getTextColThreshold(
 628     ) {
 629         return this._textColThreshold;
 630     }
 631
 632     /**
 633      * Method hasColourText.
 634      *
 635      * @return true if at least one ColourText has been added
 636      */
 637     public boolean hasColourText(
 638     ) {
 639         return this._has_colourText;
 640     }
 641
 642     /**
 643      * Method hasConsThreshold.
 644      *
 645      * @return true if at least one ConsThreshold has been added
 646      */
 647     public boolean hasConsThreshold(
 648     ) {
 649         return this._has_consThreshold;
 650     }
 651
 652     /**
 653      * Method hasDisplayBoxes.
 654      *
 655      * @return true if at least one DisplayBoxes has been added
 656      */
 657     public boolean hasDisplayBoxes(
 658     ) {
 659         return this._has_displayBoxes;
 660     }
 661
 662     /**
 663      * Method hasDisplayText.
 664      *
 665      * @return true if at least one DisplayText has been added
 666      */
 667     public boolean hasDisplayText(
 668     ) {
 669         return this._has_displayText;
 670     }
 671
 672     /**
 673      * Method hasEnd.
 674      *
 675      * @return true if at least one End has been added
 676      */
 677     public boolean hasEnd(
 678     ) {
 679         return this._has_end;
 680     }
 681
 682     /**
 683      * Method hasIgnoreGapsinConsensus.
 684      *
 685      * @return true if at least one IgnoreGapsinConsensus has been
 686      * added
 687      */
 688     public boolean hasIgnoreGapsinConsensus(
 689     ) {
 690         return this._has_ignoreGapsinConsensus;
 691     }
 692
 693     /**
 694      * Method hasNormaliseSequenceLogo.
 695      *
 696      * @return true if at least one NormaliseSequenceLogo has been
 697      * added
 698      */
 699     public boolean hasNormaliseSequenceLogo(
 700     ) {
 701         return this._has_normaliseSequenceLogo;
 702     }
 703
 704     /**
 705      * Method hasOutlineColour.
 706      *
 707      * @return true if at least one OutlineColour has been added
 708      */
 709     public boolean hasOutlineColour(
 710     ) {
 711         return this._has_outlineColour;
 712     }
 713
 714     /**
 715      * Method hasPidThreshold.
 716      *
 717      * @return true if at least one PidThreshold has been added
 718      */
 719     public boolean hasPidThreshold(
 720     ) {
 721         return this._has_pidThreshold;
 722     }
 723
 724     /**
 725      * Method hasShowConsensusHistogram.
 726      *
 727      * @return true if at least one ShowConsensusHistogram has been
 728      * added
 729      */
 730     public boolean hasShowConsensusHistogram(
 731     ) {
 732         return this._has_showConsensusHistogram;
 733     }
 734
 735     /**
 736      * Method hasShowSequenceLogo.
 737      *
 738      * @return true if at least one ShowSequenceLogo has been added
 739      */
 740     public boolean hasShowSequenceLogo(
 741     ) {
 742         return this._has_showSequenceLogo;
 743     }
 744
 745     /**
 746      * Method hasShowUnconserved.
 747      *
 748      * @return true if at least one ShowUnconserved has been added
 749      */
 750     public boolean hasShowUnconserved(
 751     ) {
 752         return this._has_showUnconserved;
 753     }
 754
 755     /**
 756      * Method hasStart.
 757      *
 758      * @return true if at least one Start has been added
 759      */
 760     public boolean hasStart(
 761     ) {
 762         return this._has_start;
 763     }
 764
 765     /**
 766      * Method hasTextCol1.
 767      *
 768      * @return true if at least one TextCol1 has been added
 769      */
 770     public boolean hasTextCol1(
 771     ) {
 772         return this._has_textCol1;
 773     }
 774
 775     /**
 776      * Method hasTextCol2.
 777      *
 778      * @return true if at least one TextCol2 has been added
 779      */
 780     public boolean hasTextCol2(
 781     ) {
 782         return this._has_textCol2;
 783     }
 784
 785     /**
 786      * Method hasTextColThreshold.
 787      *
 788      * @return true if at least one TextColThreshold has been added
 789      */
 790     public boolean hasTextColThreshold(
 791     ) {
 792         return this._has_textColThreshold;
 793     }
 794
 795     /**
 796      * Returns the value of field 'colourText'.
 797      *
 798      * @return the value of field 'ColourText'.
 799      */
 800     public boolean isColourText(
 801     ) {
 802         return this._colourText;
 803     }
 804
 805     /**
 806      * Returns the value of field 'displayBoxes'.
 807      *
 808      * @return the value of field 'DisplayBoxes'.
 809      */
 810     public boolean isDisplayBoxes(
 811     ) {
 812         return this._displayBoxes;
 813     }
 814
 815     /**
 816      * Returns the value of field 'displayText'.
 817      *
 818      * @return the value of field 'DisplayText'.
 819      */
 820     public boolean isDisplayText(
 821     ) {
 822         return this._displayText;
 823     }
 824
 825     /**
 826      * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
 827      *
 828      * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.
 829      */
 830     public boolean isIgnoreGapsinConsensus(
 831     ) {
 832         return this._ignoreGapsinConsensus;
 833     }
 834
 835     /**
 836      * Returns the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
 837      *
 838      * @return the value of field 'NormaliseSequenceLogo'.
 839      */
 840     public boolean isNormaliseSequenceLogo(
 841     ) {
 842         return this._normaliseSequenceLogo;
 843     }
 844
 845     /**
 846      * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.
 847      *
 848      * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.
 849      */
 850     public boolean isShowConsensusHistogram(
 851     ) {
 852         return this._showConsensusHistogram;
 853     }
 854
 855     /**
 856      * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.
 857      *
 858      * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.
 859      */
 860     public boolean isShowSequenceLogo(
 861     ) {
 862         return this._showSequenceLogo;
 863     }
 864
 865     /**
 866      * Returns the value of field 'showUnconserved'.
 867      *
 868      * @return the value of field 'ShowUnconserved'.
 869      */
 870     public boolean isShowUnconserved(
 871     ) {
 872         return this._showUnconserved;
 873     }
 874
 875     /**
 876      * Method isValid.
 877      *
 878      * @return true if this object is valid according to the schema
 879      */
 880     public boolean isValid(
 881     ) {
 882         try {
 883             validate();
 884         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
 885             return false;
 886         }
 887         return true;
 888     }
 889
 890     /**
 891      *
 892      *
 893      * @param out
 894      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 895      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 896      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 897      * object is an invalid instance according to the schema
 898      */
 899     public void marshal(
 900             final java.io.Writer out)
 901     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 902         Marshaller.marshal(this, out);
 903     }
 904
 905     /**
 906      *
 907      *
 908      * @param handler
 909      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
 910      * marshaling
 911      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 912      * object is an invalid instance according to the schema
 913      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 914      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 915      */
 916     public void marshal(
 917             final org.xml.sax.ContentHandler handler)
 918     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 919         Marshaller.marshal(this, handler);
 920     }
 921
 922     /**
 923      */
 924     public void removeAllSeq(
 925     ) {
 926         this._seqList.clear();
 927     }
 928
 929     /**
 930      * Method removeSeq.
 931      *
 932      * @param vSeq
 933      * @return true if the object was removed from the collection.
 934      */
 935     public boolean removeSeq(
 936             final java.lang.String vSeq) {
 937         boolean removed = _seqList.remove(vSeq);
 938         return removed;
 939     }
 940
 941     /**
 942      * Method removeSeqAt.
 943      *
 944      * @param index
 945      * @return the element removed from the collection
 946      */
 947     public java.lang.String removeSeqAt(
 948             final int index) {
 949         java.lang.Object obj = this._seqList.remove(index);
 950         return (java.lang.String) obj;
 951     }
 952
 953     /**
 954      * Sets the value of field 'annotationColours'.
 955      *
 956      * @param annotationColours the value of field
 957      * 'annotationColours'.
 958      */
 959     public void setAnnotationColours(
 960             final jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours annotationColours) {
 961         this._annotationColours = annotationColours;
 962     }
 963
 964     /**
 965      * Sets the value of field 'colour'.
 966      *
 967      * @param colour the value of field 'colour'.
 968      */
 969     public void setColour(
 970             final java.lang.String colour) {
 971         this._colour = colour;
 972     }
 973
 974     /**
 975      * Sets the value of field 'colourText'.
 976      *
 977      * @param colourText the value of field 'colourText'.
 978      */
 979     public void setColourText(
 980             final boolean colourText) {
 981         this._colourText = colourText;
 982         this._has_colourText = true;
 983     }
 984
 985     /**
 986      * Sets the value of field 'consThreshold'.
 987      *
 988      * @param consThreshold the value of field 'consThreshold'.
 989      */
 990     public void setConsThreshold(
 991             final int consThreshold) {
 992         this._consThreshold = consThreshold;
 993         this._has_consThreshold = true;
 994     }
 995
 996     /**
 997      * Sets the value of field 'displayBoxes'.
 998      *
 999      * @param displayBoxes the value of field 'displayBoxes'.
1000      */
1001     public void setDisplayBoxes(
1002             final boolean displayBoxes) {
1003         this._displayBoxes = displayBoxes;
1004         this._has_displayBoxes = true;
1005     }
1006
1007     /**
1008      * Sets the value of field 'displayText'.
1009      *
1010      * @param displayText the value of field 'displayText'.
1011      */
1012     public void setDisplayText(
1013             final boolean displayText) {
1014         this._displayText = displayText;
1015         this._has_displayText = true;
1016     }
1017
1018     /**
1019      * Sets the value of field 'end'.
1020      *
1021      * @param end the value of field 'end'.
1022      */
1023     public void setEnd(
1024             final int end) {
1025         this._end = end;
1026         this._has_end = true;
1027     }
1028
1029     /**
1030      * Sets the value of field 'id'. The field 'id' has the
1031      * following description: Optional sequence group ID (only
1032      *  needs to be
1033      *  unique for this
1034      *  alignment)
1035      *
1036      *
1037      * @param id the value of field 'id'.
1038      */
1039     public void setId(
1040             final java.lang.String id) {
1041         this._id = id;
1042     }
1043
1044     /**
1045      * Sets the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
1046      *
1047      * @param ignoreGapsinConsensus the value of field
1048      * 'ignoreGapsinConsensus'.
1049      */
1050     public void setIgnoreGapsinConsensus(
1051             final boolean ignoreGapsinConsensus) {
1052         this._ignoreGapsinConsensus = ignoreGapsinConsensus;
1053         this._has_ignoreGapsinConsensus = true;
1054     }
1055
1056     /**
1057      * Sets the value of field 'name'.
1058      *
1059      * @param name the value of field 'name'.
1060      */
1061     public void setName(
1062             final java.lang.String name) {
1063         this._name = name;
1064     }
1065
1066     /**
1067      * Sets the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
1068      *
1069      * @param normaliseSequenceLogo the value of field
1070      * 'normaliseSequenceLogo'.
1071      */
1072     public void setNormaliseSequenceLogo(
1073             final boolean normaliseSequenceLogo) {
1074         this._normaliseSequenceLogo = normaliseSequenceLogo;
1075         this._has_normaliseSequenceLogo = true;
1076     }
1077
1078     /**
1079      * Sets the value of field 'outlineColour'.
1080      *
1081      * @param outlineColour the value of field 'outlineColour'.
1082      */
1083     public void setOutlineColour(
1084             final int outlineColour) {
1085         this._outlineColour = outlineColour;
1086         this._has_outlineColour = true;
1087     }
1088
1089     /**
1090      * Sets the value of field 'pidThreshold'.
1091      *
1092      * @param pidThreshold the value of field 'pidThreshold'.
1093      */
1094     public void setPidThreshold(
1095             final int pidThreshold) {
1096         this._pidThreshold = pidThreshold;
1097         this._has_pidThreshold = true;
1098     }
1099
1100     /**
1101      *
1102      *
1103      * @param index
1104      * @param vSeq
1105      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
1106      * given is outside the bounds of the collection
1107      */
1108     public void setSeq(
1109             final int index,
1110             final java.lang.String vSeq)
1111     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
1112         // check bounds for index
1113         if (index < 0 || index >= this._seqList.size()) {
1114             throw new IndexOutOfBoundsException("setSeq: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._seqList.size() - 1) + "]");
1115         }
1116
1117         this._seqList.set(index, vSeq);
1118     }
1119
1120     /**
1121      *
1122      *
1123      * @param vSeqArray
1124      */
1125     public void setSeq(
1126             final java.lang.String[] vSeqArray) {
1127         //-- copy array
1128         _seqList.clear();
1129
1130         for (int i = 0; i < vSeqArray.length; i++) {
1131                 this._seqList.add(vSeqArray[i]);
1132         }
1133     }
1134
1135     /**
1136      * Sets the value of field 'showConsensusHistogram'.
1137      *
1138      * @param showConsensusHistogram the value of field
1139      * 'showConsensusHistogram'.
1140      */
1141     public void setShowConsensusHistogram(
1142             final boolean showConsensusHistogram) {
1143         this._showConsensusHistogram = showConsensusHistogram;
1144         this._has_showConsensusHistogram = true;
1145     }
1146
1147     /**
1148      * Sets the value of field 'showSequenceLogo'.
1149      *
1150      * @param showSequenceLogo the value of field 'showSequenceLogo'
1151      */
1152     public void setShowSequenceLogo(
1153             final boolean showSequenceLogo) {
1154         this._showSequenceLogo = showSequenceLogo;
1155         this._has_showSequenceLogo = true;
1156     }
1157
1158     /**
1159      * Sets the value of field 'showUnconserved'.
1160      *
1161      * @param showUnconserved the value of field 'showUnconserved'.
1162      */
1163     public void setShowUnconserved(
1164             final boolean showUnconserved) {
1165         this._showUnconserved = showUnconserved;
1166         this._has_showUnconserved = true;
1167     }
1168
1169     /**
1170      * Sets the value of field 'start'.
1171      *
1172      * @param start the value of field 'start'.
1173      */
1174     public void setStart(
1175             final int start) {
1176         this._start = start;
1177         this._has_start = true;
1178     }
1179
1180     /**
1181      * Sets the value of field 'textCol1'.
1182      *
1183      * @param textCol1 the value of field 'textCol1'.
1184      */
1185     public void setTextCol1(
1186             final int textCol1) {
1187         this._textCol1 = textCol1;
1188         this._has_textCol1 = true;
1189     }
1190
1191     /**
1192      * Sets the value of field 'textCol2'.
1193      *
1194      * @param textCol2 the value of field 'textCol2'.
1195      */
1196     public void setTextCol2(
1197             final int textCol2) {
1198         this._textCol2 = textCol2;
1199         this._has_textCol2 = true;
1200     }
1201
1202     /**
1203      * Sets the value of field 'textColThreshold'.
1204      *
1205      * @param textColThreshold the value of field 'textColThreshold'
1206      */
1207     public void setTextColThreshold(
1208             final int textColThreshold) {
1209         this._textColThreshold = textColThreshold;
1210         this._has_textColThreshold = true;
1211     }
1212
1213     /**
1214      * Method unmarshal.
1215      *
1216      * @param reader
1217      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
1218      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
1219      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
1220      * object is an invalid instance according to the schema
1221      * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.JGroup
1222      */
1223     public static jalview.schemabinding.version2.JGroup unmarshal(
1224             final java.io.Reader reader)
1225     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
1226         return (jalview.schemabinding.version2.JGroup) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.JGroup.class, reader);
1227     }
1228
1229     /**
1230      *
1231      *
1232      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
1233      * object is an invalid instance according to the schema
1234      */
1235     public void validate(
1236     )
1237     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
1238         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
1239         validator.validate(this);
1240     }
1241
1242 }