src/jalview/schemabinding/version2/JGroup.java

   1 /*\r
   2  * This class was automatically generated with \r
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
   4  * Schema.\r
   5  * $Id$\r
   6  */\r
   7 \r
   8 package jalview.schemabinding.version2;\r
   9 \r
  10   //---------------------------------/\r
  11  //- Imported classes and packages -/\r
  12 //---------------------------------/\r
  13 \r
  14 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  15 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  16 \r
  17 /**\r
  18  * Class JGroup.\r
  19  * \r
  20  * @version $Revision$ $Date$\r
  21  */\r
  22 public class JGroup implements java.io.Serializable {\r
  23 \r
  24 \r
  25       //--------------------------/\r
  26      //- Class/Member Variables -/\r
  27     //--------------------------/\r
  28 \r
  29     /**\r
  30      * Field _start.\r
  31      */\r
  32     private int _start;\r
  33 \r
  34     /**\r
  35      * keeps track of state for field: _start\r
  36      */\r
  37     private boolean _has_start;\r
  38 \r
  39     /**\r
  40      * Field _end.\r
  41      */\r
  42     private int _end;\r
  43 \r
  44     /**\r
  45      * keeps track of state for field: _end\r
  46      */\r
  47     private boolean _has_end;\r
  48 \r
  49     /**\r
  50      * Field _name.\r
  51      */\r
  52     private java.lang.String _name;\r
  53 \r
  54     /**\r
  55      * Field _colour.\r
  56      */\r
  57     private java.lang.String _colour;\r
  58 \r
  59     /**\r
  60      * Field _consThreshold.\r
  61      */\r
  62     private int _consThreshold;\r
  63 \r
  64     /**\r
  65      * keeps track of state for field: _consThreshold\r
  66      */\r
  67     private boolean _has_consThreshold;\r
  68 \r
  69     /**\r
  70      * Field _pidThreshold.\r
  71      */\r
  72     private int _pidThreshold;\r
  73 \r
  74     /**\r
  75      * keeps track of state for field: _pidThreshold\r
  76      */\r
  77     private boolean _has_pidThreshold;\r
  78 \r
  79     /**\r
  80      * Field _outlineColour.\r
  81      */\r
  82     private int _outlineColour;\r
  83 \r
  84     /**\r
  85      * keeps track of state for field: _outlineColour\r
  86      */\r
  87     private boolean _has_outlineColour;\r
  88 \r
  89     /**\r
  90      * Field _displayBoxes.\r
  91      */\r
  92     private boolean _displayBoxes;\r
  93 \r
  94     /**\r
  95      * keeps track of state for field: _displayBoxes\r
  96      */\r
  97     private boolean _has_displayBoxes;\r
  98 \r
  99     /**\r
 100      * Field _displayText.\r
 101      */\r
 102     private boolean _displayText;\r
 103 \r
 104     /**\r
 105      * keeps track of state for field: _displayText\r
 106      */\r
 107     private boolean _has_displayText;\r
 108 \r
 109     /**\r
 110      * Field _colourText.\r
 111      */\r
 112     private boolean _colourText;\r
 113 \r
 114     /**\r
 115      * keeps track of state for field: _colourText\r
 116      */\r
 117     private boolean _has_colourText;\r
 118 \r
 119     /**\r
 120      * Field _textCol1.\r
 121      */\r
 122     private int _textCol1;\r
 123 \r
 124     /**\r
 125      * keeps track of state for field: _textCol1\r
 126      */\r
 127     private boolean _has_textCol1;\r
 128 \r
 129     /**\r
 130      * Field _textCol2.\r
 131      */\r
 132     private int _textCol2;\r
 133 \r
 134     /**\r
 135      * keeps track of state for field: _textCol2\r
 136      */\r
 137     private boolean _has_textCol2;\r
 138 \r
 139     /**\r
 140      * Field _textColThreshold.\r
 141      */\r
 142     private int _textColThreshold;\r
 143 \r
 144     /**\r
 145      * keeps track of state for field: _textColThreshold\r
 146      */\r
 147     private boolean _has_textColThreshold;\r
 148 \r
 149     /**\r
 150      * Field _showUnconserved.\r
 151      */\r
 152     private boolean _showUnconserved;\r
 153 \r
 154     /**\r
 155      * keeps track of state for field: _showUnconserved\r
 156      */\r
 157     private boolean _has_showUnconserved;\r
 158 \r
 159     /**\r
 160      * Field _seqList.\r
 161      */\r
 162     private java.util.Vector _seqList;\r
 163 \r
 164 \r
 165       //----------------/\r
 166      //- Constructors -/\r
 167     //----------------/\r
 168 \r
 169     public JGroup() {\r
 170         super();\r
 171         this._seqList = new java.util.Vector();\r
 172     }\r
 173 \r
 174 \r
 175       //-----------/\r
 176      //- Methods -/\r
 177     //-----------/\r
 178 \r
 179     /**\r
 180      * \r
 181      * \r
 182      * @param vSeq\r
 183      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 184      * given is outside the bounds of the collection\r
 185      */\r
 186     public void addSeq(\r
 187             final java.lang.String vSeq)\r
 188     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 189         this._seqList.addElement(vSeq);\r
 190     }\r
 191 \r
 192     /**\r
 193      * \r
 194      * \r
 195      * @param index\r
 196      * @param vSeq\r
 197      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 198      * given is outside the bounds of the collection\r
 199      */\r
 200     public void addSeq(\r
 201             final int index,\r
 202             final java.lang.String vSeq)\r
 203     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 204         this._seqList.add(index, vSeq);\r
 205     }\r
 206 \r
 207     /**\r
 208      */\r
 209     public void deleteColourText(\r
 210     ) {\r
 211         this._has_colourText= false;\r
 212     }\r
 213 \r
 214     /**\r
 215      */\r
 216     public void deleteConsThreshold(\r
 217     ) {\r
 218         this._has_consThreshold= false;\r
 219     }\r
 220 \r
 221     /**\r
 222      */\r
 223     public void deleteDisplayBoxes(\r
 224     ) {\r
 225         this._has_displayBoxes= false;\r
 226     }\r
 227 \r
 228     /**\r
 229      */\r
 230     public void deleteDisplayText(\r
 231     ) {\r
 232         this._has_displayText= false;\r
 233     }\r
 234 \r
 235     /**\r
 236      */\r
 237     public void deleteEnd(\r
 238     ) {\r
 239         this._has_end= false;\r
 240     }\r
 241 \r
 242     /**\r
 243      */\r
 244     public void deleteOutlineColour(\r
 245     ) {\r
 246         this._has_outlineColour= false;\r
 247     }\r
 248 \r
 249     /**\r
 250      */\r
 251     public void deletePidThreshold(\r
 252     ) {\r
 253         this._has_pidThreshold= false;\r
 254     }\r
 255 \r
 256     /**\r
 257      */\r
 258     public void deleteShowUnconserved(\r
 259     ) {\r
 260         this._has_showUnconserved= false;\r
 261     }\r
 262 \r
 263     /**\r
 264      */\r
 265     public void deleteStart(\r
 266     ) {\r
 267         this._has_start= false;\r
 268     }\r
 269 \r
 270     /**\r
 271      */\r
 272     public void deleteTextCol1(\r
 273     ) {\r
 274         this._has_textCol1= false;\r
 275     }\r
 276 \r
 277     /**\r
 278      */\r
 279     public void deleteTextCol2(\r
 280     ) {\r
 281         this._has_textCol2= false;\r
 282     }\r
 283 \r
 284     /**\r
 285      */\r
 286     public void deleteTextColThreshold(\r
 287     ) {\r
 288         this._has_textColThreshold= false;\r
 289     }\r
 290 \r
 291     /**\r
 292      * Method enumerateSeq.\r
 293      * \r
 294      * @return an Enumeration over all java.lang.String elements\r
 295      */\r
 296     public java.util.Enumeration enumerateSeq(\r
 297     ) {\r
 298         return this._seqList.elements();\r
 299     }\r
 300 \r
 301     /**\r
 302      * Returns the value of field 'colour'.\r
 303      * \r
 304      * @return the value of field 'Colour'.\r
 305      */\r
 306     public java.lang.String getColour(\r
 307     ) {\r
 308         return this._colour;\r
 309     }\r
 310 \r
 311     /**\r
 312      * Returns the value of field 'colourText'.\r
 313      * \r
 314      * @return the value of field 'ColourText'.\r
 315      */\r
 316     public boolean getColourText(\r
 317     ) {\r
 318         return this._colourText;\r
 319     }\r
 320 \r
 321     /**\r
 322      * Returns the value of field 'consThreshold'.\r
 323      * \r
 324      * @return the value of field 'ConsThreshold'.\r
 325      */\r
 326     public int getConsThreshold(\r
 327     ) {\r
 328         return this._consThreshold;\r
 329     }\r
 330 \r
 331     /**\r
 332      * Returns the value of field 'displayBoxes'.\r
 333      * \r
 334      * @return the value of field 'DisplayBoxes'.\r
 335      */\r
 336     public boolean getDisplayBoxes(\r
 337     ) {\r
 338         return this._displayBoxes;\r
 339     }\r
 340 \r
 341     /**\r
 342      * Returns the value of field 'displayText'.\r
 343      * \r
 344      * @return the value of field 'DisplayText'.\r
 345      */\r
 346     public boolean getDisplayText(\r
 347     ) {\r
 348         return this._displayText;\r
 349     }\r
 350 \r
 351     /**\r
 352      * Returns the value of field 'end'.\r
 353      * \r
 354      * @return the value of field 'End'.\r
 355      */\r
 356     public int getEnd(\r
 357     ) {\r
 358         return this._end;\r
 359     }\r
 360 \r
 361     /**\r
 362      * Returns the value of field 'name'.\r
 363      * \r
 364      * @return the value of field 'Name'.\r
 365      */\r
 366     public java.lang.String getName(\r
 367     ) {\r
 368         return this._name;\r
 369     }\r
 370 \r
 371     /**\r
 372      * Returns the value of field 'outlineColour'.\r
 373      * \r
 374      * @return the value of field 'OutlineColour'.\r
 375      */\r
 376     public int getOutlineColour(\r
 377     ) {\r
 378         return this._outlineColour;\r
 379     }\r
 380 \r
 381     /**\r
 382      * Returns the value of field 'pidThreshold'.\r
 383      * \r
 384      * @return the value of field 'PidThreshold'.\r
 385      */\r
 386     public int getPidThreshold(\r
 387     ) {\r
 388         return this._pidThreshold;\r
 389     }\r
 390 \r
 391     /**\r
 392      * Method getSeq.\r
 393      * \r
 394      * @param index\r
 395      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 396      * given is outside the bounds of the collection\r
 397      * @return the value of the java.lang.String at the given index\r
 398      */\r
 399     public java.lang.String getSeq(\r
 400             final int index)\r
 401     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 402         // check bounds for index\r
 403         if (index < 0 || index >= this._seqList.size()) {\r
 404             throw new IndexOutOfBoundsException("getSeq: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._seqList.size() - 1) + "]");\r
 405         }\r
 406         \r
 407         return (java.lang.String) _seqList.get(index);\r
 408     }\r
 409 \r
 410     /**\r
 411      * Method getSeq.Returns the contents of the collection in an\r
 412      * Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents are\r
 413      * changing in another thread, we pass a 0-length Array of the\r
 414      * correct type into the API call.  This way we <i>know</i>\r
 415      * that the Array returned is of exactly the correct length.\r
 416      * \r
 417      * @return this collection as an Array\r
 418      */\r
 419     public java.lang.String[] getSeq(\r
 420     ) {\r
 421         java.lang.String[] array = new java.lang.String[0];\r
 422         return (java.lang.String[]) this._seqList.toArray(array);\r
 423     }\r
 424 \r
 425     /**\r
 426      * Method getSeqCount.\r
 427      * \r
 428      * @return the size of this collection\r
 429      */\r
 430     public int getSeqCount(\r
 431     ) {\r
 432         return this._seqList.size();\r
 433     }\r
 434 \r
 435     /**\r
 436      * Returns the value of field 'showUnconserved'.\r
 437      * \r
 438      * @return the value of field 'ShowUnconserved'.\r
 439      */\r
 440     public boolean getShowUnconserved(\r
 441     ) {\r
 442         return this._showUnconserved;\r
 443     }\r
 444 \r
 445     /**\r
 446      * Returns the value of field 'start'.\r
 447      * \r
 448      * @return the value of field 'Start'.\r
 449      */\r
 450     public int getStart(\r
 451     ) {\r
 452         return this._start;\r
 453     }\r
 454 \r
 455     /**\r
 456      * Returns the value of field 'textCol1'.\r
 457      * \r
 458      * @return the value of field 'TextCol1'.\r
 459      */\r
 460     public int getTextCol1(\r
 461     ) {\r
 462         return this._textCol1;\r
 463     }\r
 464 \r
 465     /**\r
 466      * Returns the value of field 'textCol2'.\r
 467      * \r
 468      * @return the value of field 'TextCol2'.\r
 469      */\r
 470     public int getTextCol2(\r
 471     ) {\r
 472         return this._textCol2;\r
 473     }\r
 474 \r
 475     /**\r
 476      * Returns the value of field 'textColThreshold'.\r
 477      * \r
 478      * @return the value of field 'TextColThreshold'.\r
 479      */\r
 480     public int getTextColThreshold(\r
 481     ) {\r
 482         return this._textColThreshold;\r
 483     }\r
 484 \r
 485     /**\r
 486      * Method hasColourText.\r
 487      * \r
 488      * @return true if at least one ColourText has been added\r
 489      */\r
 490     public boolean hasColourText(\r
 491     ) {\r
 492         return this._has_colourText;\r
 493     }\r
 494 \r
 495     /**\r
 496      * Method hasConsThreshold.\r
 497      * \r
 498      * @return true if at least one ConsThreshold has been added\r
 499      */\r
 500     public boolean hasConsThreshold(\r
 501     ) {\r
 502         return this._has_consThreshold;\r
 503     }\r
 504 \r
 505     /**\r
 506      * Method hasDisplayBoxes.\r
 507      * \r
 508      * @return true if at least one DisplayBoxes has been added\r
 509      */\r
 510     public boolean hasDisplayBoxes(\r
 511     ) {\r
 512         return this._has_displayBoxes;\r
 513     }\r
 514 \r
 515     /**\r
 516      * Method hasDisplayText.\r
 517      * \r
 518      * @return true if at least one DisplayText has been added\r
 519      */\r
 520     public boolean hasDisplayText(\r
 521     ) {\r
 522         return this._has_displayText;\r
 523     }\r
 524 \r
 525     /**\r
 526      * Method hasEnd.\r
 527      * \r
 528      * @return true if at least one End has been added\r
 529      */\r
 530     public boolean hasEnd(\r
 531     ) {\r
 532         return this._has_end;\r
 533     }\r
 534 \r
 535     /**\r
 536      * Method hasOutlineColour.\r
 537      * \r
 538      * @return true if at least one OutlineColour has been added\r
 539      */\r
 540     public boolean hasOutlineColour(\r
 541     ) {\r
 542         return this._has_outlineColour;\r
 543     }\r
 544 \r
 545     /**\r
 546      * Method hasPidThreshold.\r
 547      * \r
 548      * @return true if at least one PidThreshold has been added\r
 549      */\r
 550     public boolean hasPidThreshold(\r
 551     ) {\r
 552         return this._has_pidThreshold;\r
 553     }\r
 554 \r
 555     /**\r
 556      * Method hasShowUnconserved.\r
 557      * \r
 558      * @return true if at least one ShowUnconserved has been added\r
 559      */\r
 560     public boolean hasShowUnconserved(\r
 561     ) {\r
 562         return this._has_showUnconserved;\r
 563     }\r
 564 \r
 565     /**\r
 566      * Method hasStart.\r
 567      * \r
 568      * @return true if at least one Start has been added\r
 569      */\r
 570     public boolean hasStart(\r
 571     ) {\r
 572         return this._has_start;\r
 573     }\r
 574 \r
 575     /**\r
 576      * Method hasTextCol1.\r
 577      * \r
 578      * @return true if at least one TextCol1 has been added\r
 579      */\r
 580     public boolean hasTextCol1(\r
 581     ) {\r
 582         return this._has_textCol1;\r
 583     }\r
 584 \r
 585     /**\r
 586      * Method hasTextCol2.\r
 587      * \r
 588      * @return true if at least one TextCol2 has been added\r
 589      */\r
 590     public boolean hasTextCol2(\r
 591     ) {\r
 592         return this._has_textCol2;\r
 593     }\r
 594 \r
 595     /**\r
 596      * Method hasTextColThreshold.\r
 597      * \r
 598      * @return true if at least one TextColThreshold has been added\r
 599      */\r
 600     public boolean hasTextColThreshold(\r
 601     ) {\r
 602         return this._has_textColThreshold;\r
 603     }\r
 604 \r
 605     /**\r
 606      * Returns the value of field 'colourText'.\r
 607      * \r
 608      * @return the value of field 'ColourText'.\r
 609      */\r
 610     public boolean isColourText(\r
 611     ) {\r
 612         return this._colourText;\r
 613     }\r
 614 \r
 615     /**\r
 616      * Returns the value of field 'displayBoxes'.\r
 617      * \r
 618      * @return the value of field 'DisplayBoxes'.\r
 619      */\r
 620     public boolean isDisplayBoxes(\r
 621     ) {\r
 622         return this._displayBoxes;\r
 623     }\r
 624 \r
 625     /**\r
 626      * Returns the value of field 'displayText'.\r
 627      * \r
 628      * @return the value of field 'DisplayText'.\r
 629      */\r
 630     public boolean isDisplayText(\r
 631     ) {\r
 632         return this._displayText;\r
 633     }\r
 634 \r
 635     /**\r
 636      * Returns the value of field 'showUnconserved'.\r
 637      * \r
 638      * @return the value of field 'ShowUnconserved'.\r
 639      */\r
 640     public boolean isShowUnconserved(\r
 641     ) {\r
 642         return this._showUnconserved;\r
 643     }\r
 644 \r
 645     /**\r
 646      * Method isValid.\r
 647      * \r
 648      * @return true if this object is valid according to the schema\r
 649      */\r
 650     public boolean isValid(\r
 651     ) {\r
 652         try {\r
 653             validate();\r
 654         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
 655             return false;\r
 656         }\r
 657         return true;\r
 658     }\r
 659 \r
 660     /**\r
 661      * \r
 662      * \r
 663      * @param out\r
 664      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
 665      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
 666      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 667      * object is an invalid instance according to the schema\r
 668      */\r
 669     public void marshal(\r
 670             final java.io.Writer out)\r
 671     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 672         Marshaller.marshal(this, out);\r
 673     }\r
 674 \r
 675     /**\r
 676      * \r
 677      * \r
 678      * @param handler\r
 679      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
 680      * marshaling\r
 681      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 682      * object is an invalid instance according to the schema\r
 683      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
 684      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
 685      */\r
 686     public void marshal(\r
 687             final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
 688     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 689         Marshaller.marshal(this, handler);\r
 690     }\r
 691 \r
 692     /**\r
 693      */\r
 694     public void removeAllSeq(\r
 695     ) {\r
 696         this._seqList.clear();\r
 697     }\r
 698 \r
 699     /**\r
 700      * Method removeSeq.\r
 701      * \r
 702      * @param vSeq\r
 703      * @return true if the object was removed from the collection.\r
 704      */\r
 705     public boolean removeSeq(\r
 706             final java.lang.String vSeq) {\r
 707         boolean removed = _seqList.remove(vSeq);\r
 708         return removed;\r
 709     }\r
 710 \r
 711     /**\r
 712      * Method removeSeqAt.\r
 713      * \r
 714      * @param index\r
 715      * @return the element removed from the collection\r
 716      */\r
 717     public java.lang.String removeSeqAt(\r
 718             final int index) {\r
 719         java.lang.Object obj = this._seqList.remove(index);\r
 720         return (java.lang.String) obj;\r
 721     }\r
 722 \r
 723     /**\r
 724      * Sets the value of field 'colour'.\r
 725      * \r
 726      * @param colour the value of field 'colour'.\r
 727      */\r
 728     public void setColour(\r
 729             final java.lang.String colour) {\r
 730         this._colour = colour;\r
 731     }\r
 732 \r
 733     /**\r
 734      * Sets the value of field 'colourText'.\r
 735      * \r
 736      * @param colourText the value of field 'colourText'.\r
 737      */\r
 738     public void setColourText(\r
 739             final boolean colourText) {\r
 740         this._colourText = colourText;\r
 741         this._has_colourText = true;\r
 742     }\r
 743 \r
 744     /**\r
 745      * Sets the value of field 'consThreshold'.\r
 746      * \r
 747      * @param consThreshold the value of field 'consThreshold'.\r
 748      */\r
 749     public void setConsThreshold(\r
 750             final int consThreshold) {\r
 751         this._consThreshold = consThreshold;\r
 752         this._has_consThreshold = true;\r
 753     }\r
 754 \r
 755     /**\r
 756      * Sets the value of field 'displayBoxes'.\r
 757      * \r
 758      * @param displayBoxes the value of field 'displayBoxes'.\r
 759      */\r
 760     public void setDisplayBoxes(\r
 761             final boolean displayBoxes) {\r
 762         this._displayBoxes = displayBoxes;\r
 763         this._has_displayBoxes = true;\r
 764     }\r
 765 \r
 766     /**\r
 767      * Sets the value of field 'displayText'.\r
 768      * \r
 769      * @param displayText the value of field 'displayText'.\r
 770      */\r
 771     public void setDisplayText(\r
 772             final boolean displayText) {\r
 773         this._displayText = displayText;\r
 774         this._has_displayText = true;\r
 775     }\r
 776 \r
 777     /**\r
 778      * Sets the value of field 'end'.\r
 779      * \r
 780      * @param end the value of field 'end'.\r
 781      */\r
 782     public void setEnd(\r
 783             final int end) {\r
 784         this._end = end;\r
 785         this._has_end = true;\r
 786     }\r
 787 \r
 788     /**\r
 789      * Sets the value of field 'name'.\r
 790      * \r
 791      * @param name the value of field 'name'.\r
 792      */\r
 793     public void setName(\r
 794             final java.lang.String name) {\r
 795         this._name = name;\r
 796     }\r
 797 \r
 798     /**\r
 799      * Sets the value of field 'outlineColour'.\r
 800      * \r
 801      * @param outlineColour the value of field 'outlineColour'.\r
 802      */\r
 803     public void setOutlineColour(\r
 804             final int outlineColour) {\r
 805         this._outlineColour = outlineColour;\r
 806         this._has_outlineColour = true;\r
 807     }\r
 808 \r
 809     /**\r
 810      * Sets the value of field 'pidThreshold'.\r
 811      * \r
 812      * @param pidThreshold the value of field 'pidThreshold'.\r
 813      */\r
 814     public void setPidThreshold(\r
 815             final int pidThreshold) {\r
 816         this._pidThreshold = pidThreshold;\r
 817         this._has_pidThreshold = true;\r
 818     }\r
 819 \r
 820     /**\r
 821      * \r
 822      * \r
 823      * @param index\r
 824      * @param vSeq\r
 825      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 826      * given is outside the bounds of the collection\r
 827      */\r
 828     public void setSeq(\r
 829             final int index,\r
 830             final java.lang.String vSeq)\r
 831     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 832         // check bounds for index\r
 833         if (index < 0 || index >= this._seqList.size()) {\r
 834             throw new IndexOutOfBoundsException("setSeq: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._seqList.size() - 1) + "]");\r
 835         }\r
 836         \r
 837         this._seqList.set(index, vSeq);\r
 838     }\r
 839 \r
 840     /**\r
 841      * \r
 842      * \r
 843      * @param vSeqArray\r
 844      */\r
 845     public void setSeq(\r
 846             final java.lang.String[] vSeqArray) {\r
 847         //-- copy array\r
 848         _seqList.clear();\r
 849         \r
 850         for (int i = 0; i < vSeqArray.length; i++) {\r
 851                 this._seqList.add(vSeqArray[i]);\r
 852         }\r
 853     }\r
 854 \r
 855     /**\r
 856      * Sets the value of field 'showUnconserved'.\r
 857      * \r
 858      * @param showUnconserved the value of field 'showUnconserved'.\r
 859      */\r
 860     public void setShowUnconserved(\r
 861             final boolean showUnconserved) {\r
 862         this._showUnconserved = showUnconserved;\r
 863         this._has_showUnconserved = true;\r
 864     }\r
 865 \r
 866     /**\r
 867      * Sets the value of field 'start'.\r
 868      * \r
 869      * @param start the value of field 'start'.\r
 870      */\r
 871     public void setStart(\r
 872             final int start) {\r
 873         this._start = start;\r
 874         this._has_start = true;\r
 875     }\r
 876 \r
 877     /**\r
 878      * Sets the value of field 'textCol1'.\r
 879      * \r
 880      * @param textCol1 the value of field 'textCol1'.\r
 881      */\r
 882     public void setTextCol1(\r
 883             final int textCol1) {\r
 884         this._textCol1 = textCol1;\r
 885         this._has_textCol1 = true;\r
 886     }\r
 887 \r
 888     /**\r
 889      * Sets the value of field 'textCol2'.\r
 890      * \r
 891      * @param textCol2 the value of field 'textCol2'.\r
 892      */\r
 893     public void setTextCol2(\r
 894             final int textCol2) {\r
 895         this._textCol2 = textCol2;\r
 896         this._has_textCol2 = true;\r
 897     }\r
 898 \r
 899     /**\r
 900      * Sets the value of field 'textColThreshold'.\r
 901      * \r
 902      * @param textColThreshold the value of field 'textColThreshold'\r
 903      */\r
 904     public void setTextColThreshold(\r
 905             final int textColThreshold) {\r
 906         this._textColThreshold = textColThreshold;\r
 907         this._has_textColThreshold = true;\r
 908     }\r
 909 \r
 910     /**\r
 911      * Method unmarshal.\r
 912      * \r
 913      * @param reader\r
 914      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
 915      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
 916      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 917      * object is an invalid instance according to the schema\r
 918      * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.JGroup\r
 919      */\r
 920     public static jalview.schemabinding.version2.JGroup unmarshal(\r
 921             final java.io.Reader reader)\r
 922     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 923         return (jalview.schemabinding.version2.JGroup) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.JGroup.class, reader);\r
 924     }\r
 925 \r
 926     /**\r
 927      * \r
 928      * \r
 929      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 930      * object is an invalid instance according to the schema\r
 931      */\r
 932     public void validate(\r
 933     )\r
 934     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 935         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
 936         validator.validate(this);\r
 937     }\r
 938 \r
 939 }\r