src/jalview/schemabinding/version2/JSeq.java

   1 /*\r
   2  * This class was automatically generated with \r
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
   4  * Schema.\r
   5  * $Id$\r
   6  */\r
   7 \r
   8 package jalview.schemabinding.version2;\r
   9 \r
  10   //---------------------------------/\r
  11  //- Imported classes and packages -/\r
  12 //---------------------------------/\r
  13 \r
  14 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  15 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  16 \r
  17 /**\r
  18  * Class JSeq.\r
  19  * \r
  20  * @version $Revision$ $Date$\r
  21  */\r
  22 public class JSeq implements java.io.Serializable {\r
  23 \r
  24 \r
  25       //--------------------------/\r
  26      //- Class/Member Variables -/\r
  27     //--------------------------/\r
  28 \r
  29     /**\r
  30      * Field _colour.\r
  31      */\r
  32     private int _colour;\r
  33 \r
  34     /**\r
  35      * keeps track of state for field: _colour\r
  36      */\r
  37     private boolean _has_colour;\r
  38 \r
  39     /**\r
  40      * Field _start.\r
  41      */\r
  42     private int _start;\r
  43 \r
  44     /**\r
  45      * keeps track of state for field: _start\r
  46      */\r
  47     private boolean _has_start;\r
  48 \r
  49     /**\r
  50      * Field _end.\r
  51      */\r
  52     private int _end;\r
  53 \r
  54     /**\r
  55      * keeps track of state for field: _end\r
  56      */\r
  57     private boolean _has_end;\r
  58 \r
  59     /**\r
  60      * Field _id.\r
  61      */\r
  62     private int _id;\r
  63 \r
  64     /**\r
  65      * keeps track of state for field: _id\r
  66      */\r
  67     private boolean _has_id;\r
  68 \r
  69     /**\r
  70      * Field _hidden.\r
  71      */\r
  72     private boolean _hidden;\r
  73 \r
  74     /**\r
  75      * keeps track of state for field: _hidden\r
  76      */\r
  77     private boolean _has_hidden;\r
  78 \r
  79     /**\r
  80      * Field _featuresList.\r
  81      */\r
  82     private java.util.Vector _featuresList;\r
  83 \r
  84     /**\r
  85      * Field _pdbidsList.\r
  86      */\r
  87     private java.util.Vector _pdbidsList;\r
  88 \r
  89     /**\r
  90      * Field _hiddenSequencesList.\r
  91      */\r
  92     private java.util.Vector _hiddenSequencesList;\r
  93 \r
  94 \r
  95       //----------------/\r
  96      //- Constructors -/\r
  97     //----------------/\r
  98 \r
  99     public JSeq() {\r
 100         super();\r
 101         this._featuresList = new java.util.Vector();\r
 102         this._pdbidsList = new java.util.Vector();\r
 103         this._hiddenSequencesList = new java.util.Vector();\r
 104     }\r
 105 \r
 106 \r
 107       //-----------/\r
 108      //- Methods -/\r
 109     //-----------/\r
 110 \r
 111     /**\r
 112      * \r
 113      * \r
 114      * @param vFeatures\r
 115      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 116      * given is outside the bounds of the collection\r
 117      */\r
 118     public void addFeatures(\r
 119             final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)\r
 120     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 121         this._featuresList.addElement(vFeatures);\r
 122     }\r
 123 \r
 124     /**\r
 125      * \r
 126      * \r
 127      * @param index\r
 128      * @param vFeatures\r
 129      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 130      * given is outside the bounds of the collection\r
 131      */\r
 132     public void addFeatures(\r
 133             final int index,\r
 134             final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)\r
 135     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 136         this._featuresList.add(index, vFeatures);\r
 137     }\r
 138 \r
 139     /**\r
 140      * \r
 141      * \r
 142      * @param vHiddenSequences\r
 143      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 144      * given is outside the bounds of the collection\r
 145      */\r
 146     public void addHiddenSequences(\r
 147             final int vHiddenSequences)\r
 148     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 149         this._hiddenSequencesList.addElement(new java.lang.Integer(vHiddenSequences));\r
 150     }\r
 151 \r
 152     /**\r
 153      * \r
 154      * \r
 155      * @param index\r
 156      * @param vHiddenSequences\r
 157      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 158      * given is outside the bounds of the collection\r
 159      */\r
 160     public void addHiddenSequences(\r
 161             final int index,\r
 162             final int vHiddenSequences)\r
 163     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 164         this._hiddenSequencesList.add(index, new java.lang.Integer(vHiddenSequences));\r
 165     }\r
 166 \r
 167     /**\r
 168      * \r
 169      * \r
 170      * @param vPdbids\r
 171      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 172      * given is outside the bounds of the collection\r
 173      */\r
 174     public void addPdbids(\r
 175             final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)\r
 176     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 177         this._pdbidsList.addElement(vPdbids);\r
 178     }\r
 179 \r
 180     /**\r
 181      * \r
 182      * \r
 183      * @param index\r
 184      * @param vPdbids\r
 185      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 186      * given is outside the bounds of the collection\r
 187      */\r
 188     public void addPdbids(\r
 189             final int index,\r
 190             final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)\r
 191     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 192         this._pdbidsList.add(index, vPdbids);\r
 193     }\r
 194 \r
 195     /**\r
 196      */\r
 197     public void deleteColour(\r
 198     ) {\r
 199         this._has_colour= false;\r
 200     }\r
 201 \r
 202     /**\r
 203      */\r
 204     public void deleteEnd(\r
 205     ) {\r
 206         this._has_end= false;\r
 207     }\r
 208 \r
 209     /**\r
 210      */\r
 211     public void deleteHidden(\r
 212     ) {\r
 213         this._has_hidden= false;\r
 214     }\r
 215 \r
 216     /**\r
 217      */\r
 218     public void deleteId(\r
 219     ) {\r
 220         this._has_id= false;\r
 221     }\r
 222 \r
 223     /**\r
 224      */\r
 225     public void deleteStart(\r
 226     ) {\r
 227         this._has_start= false;\r
 228     }\r
 229 \r
 230     /**\r
 231      * Method enumerateFeatures.\r
 232      * \r
 233      * @return an Enumeration over all\r
 234      * jalview.schemabinding.version2.Features elements\r
 235      */\r
 236     public java.util.Enumeration enumerateFeatures(\r
 237     ) {\r
 238         return this._featuresList.elements();\r
 239     }\r
 240 \r
 241     /**\r
 242      * Method enumerateHiddenSequences.\r
 243      * \r
 244      * @return an Enumeration over all int elements\r
 245      */\r
 246     public java.util.Enumeration enumerateHiddenSequences(\r
 247     ) {\r
 248         return this._hiddenSequencesList.elements();\r
 249     }\r
 250 \r
 251     /**\r
 252      * Method enumeratePdbids.\r
 253      * \r
 254      * @return an Enumeration over all\r
 255      * jalview.schemabinding.version2.Pdbids elements\r
 256      */\r
 257     public java.util.Enumeration enumeratePdbids(\r
 258     ) {\r
 259         return this._pdbidsList.elements();\r
 260     }\r
 261 \r
 262     /**\r
 263      * Returns the value of field 'colour'.\r
 264      * \r
 265      * @return the value of field 'Colour'.\r
 266      */\r
 267     public int getColour(\r
 268     ) {\r
 269         return this._colour;\r
 270     }\r
 271 \r
 272     /**\r
 273      * Returns the value of field 'end'.\r
 274      * \r
 275      * @return the value of field 'End'.\r
 276      */\r
 277     public int getEnd(\r
 278     ) {\r
 279         return this._end;\r
 280     }\r
 281 \r
 282     /**\r
 283      * Method getFeatures.\r
 284      * \r
 285      * @param index\r
 286      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 287      * given is outside the bounds of the collection\r
 288      * @return the value of the\r
 289      * jalview.schemabinding.version2.Features at the given index\r
 290      */\r
 291     public jalview.schemabinding.version2.Features getFeatures(\r
 292             final int index)\r
 293     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 294         // check bounds for index\r
 295         if (index < 0 || index >= this._featuresList.size()) {\r
 296             throw new IndexOutOfBoundsException("getFeatures: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._featuresList.size() - 1) + "]");\r
 297         }\r
 298         \r
 299         return (jalview.schemabinding.version2.Features) _featuresList.get(index);\r
 300     }\r
 301 \r
 302     /**\r
 303      * Method getFeatures.Returns the contents of the collection in\r
 304      * an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents\r
 305      * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of\r
 306      * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>\r
 307      * that the Array returned is of exactly the correct length.\r
 308      * \r
 309      * @return this collection as an Array\r
 310      */\r
 311     public jalview.schemabinding.version2.Features[] getFeatures(\r
 312     ) {\r
 313         jalview.schemabinding.version2.Features[] array = new jalview.schemabinding.version2.Features[0];\r
 314         return (jalview.schemabinding.version2.Features[]) this._featuresList.toArray(array);\r
 315     }\r
 316 \r
 317     /**\r
 318      * Method getFeaturesCount.\r
 319      * \r
 320      * @return the size of this collection\r
 321      */\r
 322     public int getFeaturesCount(\r
 323     ) {\r
 324         return this._featuresList.size();\r
 325     }\r
 326 \r
 327     /**\r
 328      * Returns the value of field 'hidden'.\r
 329      * \r
 330      * @return the value of field 'Hidden'.\r
 331      */\r
 332     public boolean getHidden(\r
 333     ) {\r
 334         return this._hidden;\r
 335     }\r
 336 \r
 337     /**\r
 338      * Method getHiddenSequences.\r
 339      * \r
 340      * @param index\r
 341      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 342      * given is outside the bounds of the collection\r
 343      * @return the value of the int at the given index\r
 344      */\r
 345     public int getHiddenSequences(\r
 346             final int index)\r
 347     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 348         // check bounds for index\r
 349         if (index < 0 || index >= this._hiddenSequencesList.size()) {\r
 350             throw new IndexOutOfBoundsException("getHiddenSequences: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._hiddenSequencesList.size() - 1) + "]");\r
 351         }\r
 352         \r
 353         return ((java.lang.Integer) _hiddenSequencesList.get(index)).intValue();\r
 354     }\r
 355 \r
 356     /**\r
 357      * Method getHiddenSequences.Returns the contents of the\r
 358      * collection in an Array.  \r
 359      * \r
 360      * @return this collection as an Array\r
 361      */\r
 362     public int[] getHiddenSequences(\r
 363     ) {\r
 364         int size = this._hiddenSequencesList.size();\r
 365         int[] array = new int[size];\r
 366         java.util.Iterator iter = _hiddenSequencesList.iterator();\r
 367         for (int index = 0; index < size; index++) {\r
 368             array[index] = ((java.lang.Integer) iter.next()).intValue();\r
 369         }\r
 370         return array;\r
 371     }\r
 372 \r
 373     /**\r
 374      * Method getHiddenSequencesCount.\r
 375      * \r
 376      * @return the size of this collection\r
 377      */\r
 378     public int getHiddenSequencesCount(\r
 379     ) {\r
 380         return this._hiddenSequencesList.size();\r
 381     }\r
 382 \r
 383     /**\r
 384      * Returns the value of field 'id'.\r
 385      * \r
 386      * @return the value of field 'Id'.\r
 387      */\r
 388     public int getId(\r
 389     ) {\r
 390         return this._id;\r
 391     }\r
 392 \r
 393     /**\r
 394      * Method getPdbids.\r
 395      * \r
 396      * @param index\r
 397      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 398      * given is outside the bounds of the collection\r
 399      * @return the value of the\r
 400      * jalview.schemabinding.version2.Pdbids at the given index\r
 401      */\r
 402     public jalview.schemabinding.version2.Pdbids getPdbids(\r
 403             final int index)\r
 404     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 405         // check bounds for index\r
 406         if (index < 0 || index >= this._pdbidsList.size()) {\r
 407             throw new IndexOutOfBoundsException("getPdbids: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._pdbidsList.size() - 1) + "]");\r
 408         }\r
 409         \r
 410         return (jalview.schemabinding.version2.Pdbids) _pdbidsList.get(index);\r
 411     }\r
 412 \r
 413     /**\r
 414      * Method getPdbids.Returns the contents of the collection in\r
 415      * an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents\r
 416      * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of\r
 417      * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>\r
 418      * that the Array returned is of exactly the correct length.\r
 419      * \r
 420      * @return this collection as an Array\r
 421      */\r
 422     public jalview.schemabinding.version2.Pdbids[] getPdbids(\r
 423     ) {\r
 424         jalview.schemabinding.version2.Pdbids[] array = new jalview.schemabinding.version2.Pdbids[0];\r
 425         return (jalview.schemabinding.version2.Pdbids[]) this._pdbidsList.toArray(array);\r
 426     }\r
 427 \r
 428     /**\r
 429      * Method getPdbidsCount.\r
 430      * \r
 431      * @return the size of this collection\r
 432      */\r
 433     public int getPdbidsCount(\r
 434     ) {\r
 435         return this._pdbidsList.size();\r
 436     }\r
 437 \r
 438     /**\r
 439      * Returns the value of field 'start'.\r
 440      * \r
 441      * @return the value of field 'Start'.\r
 442      */\r
 443     public int getStart(\r
 444     ) {\r
 445         return this._start;\r
 446     }\r
 447 \r
 448     /**\r
 449      * Method hasColour.\r
 450      * \r
 451      * @return true if at least one Colour has been added\r
 452      */\r
 453     public boolean hasColour(\r
 454     ) {\r
 455         return this._has_colour;\r
 456     }\r
 457 \r
 458     /**\r
 459      * Method hasEnd.\r
 460      * \r
 461      * @return true if at least one End has been added\r
 462      */\r
 463     public boolean hasEnd(\r
 464     ) {\r
 465         return this._has_end;\r
 466     }\r
 467 \r
 468     /**\r
 469      * Method hasHidden.\r
 470      * \r
 471      * @return true if at least one Hidden has been added\r
 472      */\r
 473     public boolean hasHidden(\r
 474     ) {\r
 475         return this._has_hidden;\r
 476     }\r
 477 \r
 478     /**\r
 479      * Method hasId.\r
 480      * \r
 481      * @return true if at least one Id has been added\r
 482      */\r
 483     public boolean hasId(\r
 484     ) {\r
 485         return this._has_id;\r
 486     }\r
 487 \r
 488     /**\r
 489      * Method hasStart.\r
 490      * \r
 491      * @return true if at least one Start has been added\r
 492      */\r
 493     public boolean hasStart(\r
 494     ) {\r
 495         return this._has_start;\r
 496     }\r
 497 \r
 498     /**\r
 499      * Returns the value of field 'hidden'.\r
 500      * \r
 501      * @return the value of field 'Hidden'.\r
 502      */\r
 503     public boolean isHidden(\r
 504     ) {\r
 505         return this._hidden;\r
 506     }\r
 507 \r
 508     /**\r
 509      * Method isValid.\r
 510      * \r
 511      * @return true if this object is valid according to the schema\r
 512      */\r
 513     public boolean isValid(\r
 514     ) {\r
 515         try {\r
 516             validate();\r
 517         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
 518             return false;\r
 519         }\r
 520         return true;\r
 521     }\r
 522 \r
 523     /**\r
 524      * \r
 525      * \r
 526      * @param out\r
 527      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
 528      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
 529      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 530      * object is an invalid instance according to the schema\r
 531      */\r
 532     public void marshal(\r
 533             final java.io.Writer out)\r
 534     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 535         Marshaller.marshal(this, out);\r
 536     }\r
 537 \r
 538     /**\r
 539      * \r
 540      * \r
 541      * @param handler\r
 542      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
 543      * marshaling\r
 544      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 545      * object is an invalid instance according to the schema\r
 546      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
 547      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
 548      */\r
 549     public void marshal(\r
 550             final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
 551     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 552         Marshaller.marshal(this, handler);\r
 553     }\r
 554 \r
 555     /**\r
 556      */\r
 557     public void removeAllFeatures(\r
 558     ) {\r
 559         this._featuresList.clear();\r
 560     }\r
 561 \r
 562     /**\r
 563      */\r
 564     public void removeAllHiddenSequences(\r
 565     ) {\r
 566         this._hiddenSequencesList.clear();\r
 567     }\r
 568 \r
 569     /**\r
 570      */\r
 571     public void removeAllPdbids(\r
 572     ) {\r
 573         this._pdbidsList.clear();\r
 574     }\r
 575 \r
 576     /**\r
 577      * Method removeFeatures.\r
 578      * \r
 579      * @param vFeatures\r
 580      * @return true if the object was removed from the collection.\r
 581      */\r
 582     public boolean removeFeatures(\r
 583             final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures) {\r
 584         boolean removed = _featuresList.remove(vFeatures);\r
 585         return removed;\r
 586     }\r
 587 \r
 588     /**\r
 589      * Method removeFeaturesAt.\r
 590      * \r
 591      * @param index\r
 592      * @return the element removed from the collection\r
 593      */\r
 594     public jalview.schemabinding.version2.Features removeFeaturesAt(\r
 595             final int index) {\r
 596         java.lang.Object obj = this._featuresList.remove(index);\r
 597         return (jalview.schemabinding.version2.Features) obj;\r
 598     }\r
 599 \r
 600     /**\r
 601      * Method removeHiddenSequences.\r
 602      * \r
 603      * @param vHiddenSequences\r
 604      * @return true if the object was removed from the collection.\r
 605      */\r
 606     public boolean removeHiddenSequences(\r
 607             final int vHiddenSequences) {\r
 608         boolean removed = _hiddenSequencesList.remove(new java.lang.Integer(vHiddenSequences));\r
 609         return removed;\r
 610     }\r
 611 \r
 612     /**\r
 613      * Method removeHiddenSequencesAt.\r
 614      * \r
 615      * @param index\r
 616      * @return the element removed from the collection\r
 617      */\r
 618     public int removeHiddenSequencesAt(\r
 619             final int index) {\r
 620         java.lang.Object obj = this._hiddenSequencesList.remove(index);\r
 621         return ((java.lang.Integer) obj).intValue();\r
 622     }\r
 623 \r
 624     /**\r
 625      * Method removePdbids.\r
 626      * \r
 627      * @param vPdbids\r
 628      * @return true if the object was removed from the collection.\r
 629      */\r
 630     public boolean removePdbids(\r
 631             final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids) {\r
 632         boolean removed = _pdbidsList.remove(vPdbids);\r
 633         return removed;\r
 634     }\r
 635 \r
 636     /**\r
 637      * Method removePdbidsAt.\r
 638      * \r
 639      * @param index\r
 640      * @return the element removed from the collection\r
 641      */\r
 642     public jalview.schemabinding.version2.Pdbids removePdbidsAt(\r
 643             final int index) {\r
 644         java.lang.Object obj = this._pdbidsList.remove(index);\r
 645         return (jalview.schemabinding.version2.Pdbids) obj;\r
 646     }\r
 647 \r
 648     /**\r
 649      * Sets the value of field 'colour'.\r
 650      * \r
 651      * @param colour the value of field 'colour'.\r
 652      */\r
 653     public void setColour(\r
 654             final int colour) {\r
 655         this._colour = colour;\r
 656         this._has_colour = true;\r
 657     }\r
 658 \r
 659     /**\r
 660      * Sets the value of field 'end'.\r
 661      * \r
 662      * @param end the value of field 'end'.\r
 663      */\r
 664     public void setEnd(\r
 665             final int end) {\r
 666         this._end = end;\r
 667         this._has_end = true;\r
 668     }\r
 669 \r
 670     /**\r
 671      * \r
 672      * \r
 673      * @param index\r
 674      * @param vFeatures\r
 675      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 676      * given is outside the bounds of the collection\r
 677      */\r
 678     public void setFeatures(\r
 679             final int index,\r
 680             final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)\r
 681     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 682         // check bounds for index\r
 683         if (index < 0 || index >= this._featuresList.size()) {\r
 684             throw new IndexOutOfBoundsException("setFeatures: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._featuresList.size() - 1) + "]");\r
 685         }\r
 686         \r
 687         this._featuresList.set(index, vFeatures);\r
 688     }\r
 689 \r
 690     /**\r
 691      * \r
 692      * \r
 693      * @param vFeaturesArray\r
 694      */\r
 695     public void setFeatures(\r
 696             final jalview.schemabinding.version2.Features[] vFeaturesArray) {\r
 697         //-- copy array\r
 698         _featuresList.clear();\r
 699         \r
 700         for (int i = 0; i < vFeaturesArray.length; i++) {\r
 701                 this._featuresList.add(vFeaturesArray[i]);\r
 702         }\r
 703     }\r
 704 \r
 705     /**\r
 706      * Sets the value of field 'hidden'.\r
 707      * \r
 708      * @param hidden the value of field 'hidden'.\r
 709      */\r
 710     public void setHidden(\r
 711             final boolean hidden) {\r
 712         this._hidden = hidden;\r
 713         this._has_hidden = true;\r
 714     }\r
 715 \r
 716     /**\r
 717      * \r
 718      * \r
 719      * @param index\r
 720      * @param vHiddenSequences\r
 721      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 722      * given is outside the bounds of the collection\r
 723      */\r
 724     public void setHiddenSequences(\r
 725             final int index,\r
 726             final int vHiddenSequences)\r
 727     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 728         // check bounds for index\r
 729         if (index < 0 || index >= this._hiddenSequencesList.size()) {\r
 730             throw new IndexOutOfBoundsException("setHiddenSequences: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._hiddenSequencesList.size() - 1) + "]");\r
 731         }\r
 732         \r
 733         this._hiddenSequencesList.set(index, new java.lang.Integer(vHiddenSequences));\r
 734     }\r
 735 \r
 736     /**\r
 737      * \r
 738      * \r
 739      * @param vHiddenSequencesArray\r
 740      */\r
 741     public void setHiddenSequences(\r
 742             final int[] vHiddenSequencesArray) {\r
 743         //-- copy array\r
 744         _hiddenSequencesList.clear();\r
 745         \r
 746         for (int i = 0; i < vHiddenSequencesArray.length; i++) {\r
 747                 this._hiddenSequencesList.add(new java.lang.Integer(vHiddenSequencesArray[i]));\r
 748         }\r
 749     }\r
 750 \r
 751     /**\r
 752      * Sets the value of field 'id'.\r
 753      * \r
 754      * @param id the value of field 'id'.\r
 755      */\r
 756     public void setId(\r
 757             final int id) {\r
 758         this._id = id;\r
 759         this._has_id = true;\r
 760     }\r
 761 \r
 762     /**\r
 763      * \r
 764      * \r
 765      * @param index\r
 766      * @param vPdbids\r
 767      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 768      * given is outside the bounds of the collection\r
 769      */\r
 770     public void setPdbids(\r
 771             final int index,\r
 772             final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)\r
 773     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 774         // check bounds for index\r
 775         if (index < 0 || index >= this._pdbidsList.size()) {\r
 776             throw new IndexOutOfBoundsException("setPdbids: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._pdbidsList.size() - 1) + "]");\r
 777         }\r
 778         \r
 779         this._pdbidsList.set(index, vPdbids);\r
 780     }\r
 781 \r
 782     /**\r
 783      * \r
 784      * \r
 785      * @param vPdbidsArray\r
 786      */\r
 787     public void setPdbids(\r
 788             final jalview.schemabinding.version2.Pdbids[] vPdbidsArray) {\r
 789         //-- copy array\r
 790         _pdbidsList.clear();\r
 791         \r
 792         for (int i = 0; i < vPdbidsArray.length; i++) {\r
 793                 this._pdbidsList.add(vPdbidsArray[i]);\r
 794         }\r
 795     }\r
 796 \r
 797     /**\r
 798      * Sets the value of field 'start'.\r
 799      * \r
 800      * @param start the value of field 'start'.\r
 801      */\r
 802     public void setStart(\r
 803             final int start) {\r
 804         this._start = start;\r
 805         this._has_start = true;\r
 806     }\r
 807 \r
 808     /**\r
 809      * Method unmarshal.\r
 810      * \r
 811      * @param reader\r
 812      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
 813      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
 814      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 815      * object is an invalid instance according to the schema\r
 816      * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.JSeq\r
 817      */\r
 818     public static jalview.schemabinding.version2.JSeq unmarshal(\r
 819             final java.io.Reader reader)\r
 820     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 821         return (jalview.schemabinding.version2.JSeq) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.JSeq.class, reader);\r
 822     }\r
 823 \r
 824     /**\r
 825      * \r
 826      * \r
 827      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 828      * object is an invalid instance according to the schema\r
 829      */\r
 830     public void validate(\r
 831     )\r
 832     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 833         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
 834         validator.validate(this);\r
 835     }\r
 836 \r
 837 }\r