src/jalview/schemabinding/version2/JSeq.java

   1 /*\r
   2  * This class was automatically generated with \r
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 0.9.6</a>, using an XML\r
   4  * Schema.\r
   5  * $Id$\r
   6  */\r
   7 \r
   8 package jalview.schemabinding.version2;\r
   9 \r
  10   //---------------------------------/\r
  11  //- Imported classes and packages -/\r
  12 //---------------------------------/\r
  13 \r
  14 import java.io.IOException;\r
  15 import java.io.Reader;\r
  16 import java.io.Serializable;\r
  17 import java.io.Writer;\r
  18 import java.util.Enumeration;\r
  19 import java.util.Vector;\r
  20 import org.exolab.castor.xml.MarshalException;\r
  21 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  22 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  23 import org.exolab.castor.xml.ValidationException;\r
  24 import org.xml.sax.ContentHandler;\r
  25 \r
  26 /**\r
  27  * Class JSeq.\r
  28  * \r
  29  * @version $Revision$ $Date$\r
  30  */\r
  31 public class JSeq implements java.io.Serializable {\r
  32 \r
  33 \r
  34       //--------------------------/\r
  35      //- Class/Member Variables -/\r
  36     //--------------------------/\r
  37 \r
  38     /**\r
  39      * Field _colour\r
  40      */\r
  41     private int _colour;\r
  42 \r
  43     /**\r
  44      * keeps track of state for field: _colour\r
  45      */\r
  46     private boolean _has_colour;\r
  47 \r
  48     /**\r
  49      * Field _start\r
  50      */\r
  51     private int _start;\r
  52 \r
  53     /**\r
  54      * keeps track of state for field: _start\r
  55      */\r
  56     private boolean _has_start;\r
  57 \r
  58     /**\r
  59      * Field _end\r
  60      */\r
  61     private int _end;\r
  62 \r
  63     /**\r
  64      * keeps track of state for field: _end\r
  65      */\r
  66     private boolean _has_end;\r
  67 \r
  68     /**\r
  69      * Field _id\r
  70      */\r
  71     private int _id;\r
  72 \r
  73     /**\r
  74      * keeps track of state for field: _id\r
  75      */\r
  76     private boolean _has_id;\r
  77 \r
  78     /**\r
  79      * Field _hidden\r
  80      */\r
  81     private boolean _hidden;\r
  82 \r
  83     /**\r
  84      * keeps track of state for field: _hidden\r
  85      */\r
  86     private boolean _has_hidden;\r
  87 \r
  88     /**\r
  89      * Field _featuresList\r
  90      */\r
  91     private java.util.Vector _featuresList;\r
  92 \r
  93     /**\r
  94      * Field _pdbidsList\r
  95      */\r
  96     private java.util.Vector _pdbidsList;\r
  97 \r
  98     /**\r
  99      * Field _hiddenSequencesList\r
 100      */\r
 101     private java.util.Vector _hiddenSequencesList;\r
 102 \r
 103 \r
 104       //----------------/\r
 105      //- Constructors -/\r
 106     //----------------/\r
 107 \r
 108     public JSeq() {\r
 109         super();\r
 110         _featuresList = new Vector();\r
 111         _pdbidsList = new Vector();\r
 112         _hiddenSequencesList = new Vector();\r
 113     } //-- jalview.schemabinding.version2.JSeq()\r
 114 \r
 115 \r
 116       //-----------/\r
 117      //- Methods -/\r
 118     //-----------/\r
 119 \r
 120     /**\r
 121      * Method addFeatures\r
 122      * \r
 123      * \r
 124      * \r
 125      * @param vFeatures\r
 126      */\r
 127     public void addFeatures(jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)\r
 128         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 129     {\r
 130         _featuresList.addElement(vFeatures);\r
 131     } //-- void addFeatures(jalview.schemabinding.version2.Features) \r
 132 \r
 133     /**\r
 134      * Method addFeatures\r
 135      * \r
 136      * \r
 137      * \r
 138      * @param index\r
 139      * @param vFeatures\r
 140      */\r
 141     public void addFeatures(int index, jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)\r
 142         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 143     {\r
 144         _featuresList.insertElementAt(vFeatures, index);\r
 145     } //-- void addFeatures(int, jalview.schemabinding.version2.Features) \r
 146 \r
 147     /**\r
 148      * Method addHiddenSequences\r
 149      * \r
 150      * \r
 151      * \r
 152      * @param vHiddenSequences\r
 153      */\r
 154     public void addHiddenSequences(int vHiddenSequences)\r
 155         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 156     {\r
 157         _hiddenSequencesList.addElement(new java.lang.Integer(vHiddenSequences));\r
 158     } //-- void addHiddenSequences(int) \r
 159 \r
 160     /**\r
 161      * Method addHiddenSequences\r
 162      * \r
 163      * \r
 164      * \r
 165      * @param index\r
 166      * @param vHiddenSequences\r
 167      */\r
 168     public void addHiddenSequences(int index, int vHiddenSequences)\r
 169         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 170     {\r
 171         _hiddenSequencesList.insertElementAt(new java.lang.Integer(vHiddenSequences), index);\r
 172     } //-- void addHiddenSequences(int, int) \r
 173 \r
 174     /**\r
 175      * Method addPdbids\r
 176      * \r
 177      * \r
 178      * \r
 179      * @param vPdbids\r
 180      */\r
 181     public void addPdbids(jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)\r
 182         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 183     {\r
 184         _pdbidsList.addElement(vPdbids);\r
 185     } //-- void addPdbids(jalview.schemabinding.version2.Pdbids) \r
 186 \r
 187     /**\r
 188      * Method addPdbids\r
 189      * \r
 190      * \r
 191      * \r
 192      * @param index\r
 193      * @param vPdbids\r
 194      */\r
 195     public void addPdbids(int index, jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)\r
 196         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 197     {\r
 198         _pdbidsList.insertElementAt(vPdbids, index);\r
 199     } //-- void addPdbids(int, jalview.schemabinding.version2.Pdbids) \r
 200 \r
 201     /**\r
 202      * Method deleteColour\r
 203      * \r
 204      */\r
 205     public void deleteColour()\r
 206     {\r
 207         this._has_colour= false;\r
 208     } //-- void deleteColour() \r
 209 \r
 210     /**\r
 211      * Method deleteEnd\r
 212      * \r
 213      */\r
 214     public void deleteEnd()\r
 215     {\r
 216         this._has_end= false;\r
 217     } //-- void deleteEnd() \r
 218 \r
 219     /**\r
 220      * Method deleteHidden\r
 221      * \r
 222      */\r
 223     public void deleteHidden()\r
 224     {\r
 225         this._has_hidden= false;\r
 226     } //-- void deleteHidden() \r
 227 \r
 228     /**\r
 229      * Method deleteId\r
 230      * \r
 231      */\r
 232     public void deleteId()\r
 233     {\r
 234         this._has_id= false;\r
 235     } //-- void deleteId() \r
 236 \r
 237     /**\r
 238      * Method deleteStart\r
 239      * \r
 240      */\r
 241     public void deleteStart()\r
 242     {\r
 243         this._has_start= false;\r
 244     } //-- void deleteStart() \r
 245 \r
 246     /**\r
 247      * Method enumerateFeatures\r
 248      * \r
 249      * \r
 250      * \r
 251      * @return Enumeration\r
 252      */\r
 253     public java.util.Enumeration enumerateFeatures()\r
 254     {\r
 255         return _featuresList.elements();\r
 256     } //-- java.util.Enumeration enumerateFeatures() \r
 257 \r
 258     /**\r
 259      * Method enumerateHiddenSequences\r
 260      * \r
 261      * \r
 262      * \r
 263      * @return Enumeration\r
 264      */\r
 265     public java.util.Enumeration enumerateHiddenSequences()\r
 266     {\r
 267         return _hiddenSequencesList.elements();\r
 268     } //-- java.util.Enumeration enumerateHiddenSequences() \r
 269 \r
 270     /**\r
 271      * Method enumeratePdbids\r
 272      * \r
 273      * \r
 274      * \r
 275      * @return Enumeration\r
 276      */\r
 277     public java.util.Enumeration enumeratePdbids()\r
 278     {\r
 279         return _pdbidsList.elements();\r
 280     } //-- java.util.Enumeration enumeratePdbids() \r
 281 \r
 282     /**\r
 283      * Returns the value of field 'colour'.\r
 284      * \r
 285      * @return int\r
 286      * @return the value of field 'colour'.\r
 287      */\r
 288     public int getColour()\r
 289     {\r
 290         return this._colour;\r
 291     } //-- int getColour() \r
 292 \r
 293     /**\r
 294      * Returns the value of field 'end'.\r
 295      * \r
 296      * @return int\r
 297      * @return the value of field 'end'.\r
 298      */\r
 299     public int getEnd()\r
 300     {\r
 301         return this._end;\r
 302     } //-- int getEnd() \r
 303 \r
 304     /**\r
 305      * Method getFeatures\r
 306      * \r
 307      * \r
 308      * \r
 309      * @param index\r
 310      * @return Features\r
 311      */\r
 312     public jalview.schemabinding.version2.Features getFeatures(int index)\r
 313         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 314     {\r
 315         //-- check bounds for index\r
 316         if ((index < 0) || (index > _featuresList.size())) {\r
 317             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 318         }\r
 319         \r
 320         return (jalview.schemabinding.version2.Features) _featuresList.elementAt(index);\r
 321     } //-- jalview.schemabinding.version2.Features getFeatures(int) \r
 322 \r
 323     /**\r
 324      * Method getFeatures\r
 325      * \r
 326      * \r
 327      * \r
 328      * @return Features\r
 329      */\r
 330     public jalview.schemabinding.version2.Features[] getFeatures()\r
 331     {\r
 332         int size = _featuresList.size();\r
 333         jalview.schemabinding.version2.Features[] mArray = new jalview.schemabinding.version2.Features[size];\r
 334         for (int index = 0; index < size; index++) {\r
 335             mArray[index] = (jalview.schemabinding.version2.Features) _featuresList.elementAt(index);\r
 336         }\r
 337         return mArray;\r
 338     } //-- jalview.schemabinding.version2.Features[] getFeatures() \r
 339 \r
 340     /**\r
 341      * Method getFeaturesCount\r
 342      * \r
 343      * \r
 344      * \r
 345      * @return int\r
 346      */\r
 347     public int getFeaturesCount()\r
 348     {\r
 349         return _featuresList.size();\r
 350     } //-- int getFeaturesCount() \r
 351 \r
 352     /**\r
 353      * Returns the value of field 'hidden'.\r
 354      * \r
 355      * @return boolean\r
 356      * @return the value of field 'hidden'.\r
 357      */\r
 358     public boolean getHidden()\r
 359     {\r
 360         return this._hidden;\r
 361     } //-- boolean getHidden() \r
 362 \r
 363     /**\r
 364      * Method getHiddenSequences\r
 365      * \r
 366      * \r
 367      * \r
 368      * @param index\r
 369      * @return int\r
 370      */\r
 371     public int getHiddenSequences(int index)\r
 372         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 373     {\r
 374         //-- check bounds for index\r
 375         if ((index < 0) || (index > _hiddenSequencesList.size())) {\r
 376             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 377         }\r
 378         \r
 379         return ((java.lang.Integer)_hiddenSequencesList.elementAt(index)).intValue();\r
 380     } //-- int getHiddenSequences(int) \r
 381 \r
 382     /**\r
 383      * Method getHiddenSequences\r
 384      * \r
 385      * \r
 386      * \r
 387      * @return int\r
 388      */\r
 389     public int[] getHiddenSequences()\r
 390     {\r
 391         int size = _hiddenSequencesList.size();\r
 392         int[] mArray = new int[size];\r
 393         for (int index = 0; index < size; index++) {\r
 394             mArray[index] = ((java.lang.Integer)_hiddenSequencesList.elementAt(index)).intValue();\r
 395         }\r
 396         return mArray;\r
 397     } //-- int[] getHiddenSequences() \r
 398 \r
 399     /**\r
 400      * Method getHiddenSequencesCount\r
 401      * \r
 402      * \r
 403      * \r
 404      * @return int\r
 405      */\r
 406     public int getHiddenSequencesCount()\r
 407     {\r
 408         return _hiddenSequencesList.size();\r
 409     } //-- int getHiddenSequencesCount() \r
 410 \r
 411     /**\r
 412      * Returns the value of field 'id'.\r
 413      * \r
 414      * @return int\r
 415      * @return the value of field 'id'.\r
 416      */\r
 417     public int getId()\r
 418     {\r
 419         return this._id;\r
 420     } //-- int getId() \r
 421 \r
 422     /**\r
 423      * Method getPdbids\r
 424      * \r
 425      * \r
 426      * \r
 427      * @param index\r
 428      * @return Pdbids\r
 429      */\r
 430     public jalview.schemabinding.version2.Pdbids getPdbids(int index)\r
 431         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 432     {\r
 433         //-- check bounds for index\r
 434         if ((index < 0) || (index > _pdbidsList.size())) {\r
 435             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 436         }\r
 437         \r
 438         return (jalview.schemabinding.version2.Pdbids) _pdbidsList.elementAt(index);\r
 439     } //-- jalview.schemabinding.version2.Pdbids getPdbids(int) \r
 440 \r
 441     /**\r
 442      * Method getPdbids\r
 443      * \r
 444      * \r
 445      * \r
 446      * @return Pdbids\r
 447      */\r
 448     public jalview.schemabinding.version2.Pdbids[] getPdbids()\r
 449     {\r
 450         int size = _pdbidsList.size();\r
 451         jalview.schemabinding.version2.Pdbids[] mArray = new jalview.schemabinding.version2.Pdbids[size];\r
 452         for (int index = 0; index < size; index++) {\r
 453             mArray[index] = (jalview.schemabinding.version2.Pdbids) _pdbidsList.elementAt(index);\r
 454         }\r
 455         return mArray;\r
 456     } //-- jalview.schemabinding.version2.Pdbids[] getPdbids() \r
 457 \r
 458     /**\r
 459      * Method getPdbidsCount\r
 460      * \r
 461      * \r
 462      * \r
 463      * @return int\r
 464      */\r
 465     public int getPdbidsCount()\r
 466     {\r
 467         return _pdbidsList.size();\r
 468     } //-- int getPdbidsCount() \r
 469 \r
 470     /**\r
 471      * Returns the value of field 'start'.\r
 472      * \r
 473      * @return int\r
 474      * @return the value of field 'start'.\r
 475      */\r
 476     public int getStart()\r
 477     {\r
 478         return this._start;\r
 479     } //-- int getStart() \r
 480 \r
 481     /**\r
 482      * Method hasColour\r
 483      * \r
 484      * \r
 485      * \r
 486      * @return boolean\r
 487      */\r
 488     public boolean hasColour()\r
 489     {\r
 490         return this._has_colour;\r
 491     } //-- boolean hasColour() \r
 492 \r
 493     /**\r
 494      * Method hasEnd\r
 495      * \r
 496      * \r
 497      * \r
 498      * @return boolean\r
 499      */\r
 500     public boolean hasEnd()\r
 501     {\r
 502         return this._has_end;\r
 503     } //-- boolean hasEnd() \r
 504 \r
 505     /**\r
 506      * Method hasHidden\r
 507      * \r
 508      * \r
 509      * \r
 510      * @return boolean\r
 511      */\r
 512     public boolean hasHidden()\r
 513     {\r
 514         return this._has_hidden;\r
 515     } //-- boolean hasHidden() \r
 516 \r
 517     /**\r
 518      * Method hasId\r
 519      * \r
 520      * \r
 521      * \r
 522      * @return boolean\r
 523      */\r
 524     public boolean hasId()\r
 525     {\r
 526         return this._has_id;\r
 527     } //-- boolean hasId() \r
 528 \r
 529     /**\r
 530      * Method hasStart\r
 531      * \r
 532      * \r
 533      * \r
 534      * @return boolean\r
 535      */\r
 536     public boolean hasStart()\r
 537     {\r
 538         return this._has_start;\r
 539     } //-- boolean hasStart() \r
 540 \r
 541     /**\r
 542      * Method isValid\r
 543      * \r
 544      * \r
 545      * \r
 546      * @return boolean\r
 547      */\r
 548     public boolean isValid()\r
 549     {\r
 550         try {\r
 551             validate();\r
 552         }\r
 553         catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
 554             return false;\r
 555         }\r
 556         return true;\r
 557     } //-- boolean isValid() \r
 558 \r
 559     /**\r
 560      * Method marshal\r
 561      * \r
 562      * \r
 563      * \r
 564      * @param out\r
 565      */\r
 566     public void marshal(java.io.Writer out)\r
 567         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 568     {\r
 569         \r
 570         Marshaller.marshal(this, out);\r
 571     } //-- void marshal(java.io.Writer) \r
 572 \r
 573     /**\r
 574      * Method marshal\r
 575      * \r
 576      * \r
 577      * \r
 578      * @param handler\r
 579      */\r
 580     public void marshal(org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
 581         throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 582     {\r
 583         \r
 584         Marshaller.marshal(this, handler);\r
 585     } //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler) \r
 586 \r
 587     /**\r
 588      * Method removeAllFeatures\r
 589      * \r
 590      */\r
 591     public void removeAllFeatures()\r
 592     {\r
 593         _featuresList.removeAllElements();\r
 594     } //-- void removeAllFeatures() \r
 595 \r
 596     /**\r
 597      * Method removeAllHiddenSequences\r
 598      * \r
 599      */\r
 600     public void removeAllHiddenSequences()\r
 601     {\r
 602         _hiddenSequencesList.removeAllElements();\r
 603     } //-- void removeAllHiddenSequences() \r
 604 \r
 605     /**\r
 606      * Method removeAllPdbids\r
 607      * \r
 608      */\r
 609     public void removeAllPdbids()\r
 610     {\r
 611         _pdbidsList.removeAllElements();\r
 612     } //-- void removeAllPdbids() \r
 613 \r
 614     /**\r
 615      * Method removeFeatures\r
 616      * \r
 617      * \r
 618      * \r
 619      * @param index\r
 620      * @return Features\r
 621      */\r
 622     public jalview.schemabinding.version2.Features removeFeatures(int index)\r
 623     {\r
 624         java.lang.Object obj = _featuresList.elementAt(index);\r
 625         _featuresList.removeElementAt(index);\r
 626         return (jalview.schemabinding.version2.Features) obj;\r
 627     } //-- jalview.schemabinding.version2.Features removeFeatures(int) \r
 628 \r
 629     /**\r
 630      * Method removeHiddenSequences\r
 631      * \r
 632      * \r
 633      * \r
 634      * @param index\r
 635      * @return int\r
 636      */\r
 637     public int removeHiddenSequences(int index)\r
 638     {\r
 639         java.lang.Object obj = _hiddenSequencesList.elementAt(index);\r
 640         _hiddenSequencesList.removeElementAt(index);\r
 641         return ((java.lang.Integer)obj).intValue();\r
 642     } //-- int removeHiddenSequences(int) \r
 643 \r
 644     /**\r
 645      * Method removePdbids\r
 646      * \r
 647      * \r
 648      * \r
 649      * @param index\r
 650      * @return Pdbids\r
 651      */\r
 652     public jalview.schemabinding.version2.Pdbids removePdbids(int index)\r
 653     {\r
 654         java.lang.Object obj = _pdbidsList.elementAt(index);\r
 655         _pdbidsList.removeElementAt(index);\r
 656         return (jalview.schemabinding.version2.Pdbids) obj;\r
 657     } //-- jalview.schemabinding.version2.Pdbids removePdbids(int) \r
 658 \r
 659     /**\r
 660      * Sets the value of field 'colour'.\r
 661      * \r
 662      * @param colour the value of field 'colour'.\r
 663      */\r
 664     public void setColour(int colour)\r
 665     {\r
 666         this._colour = colour;\r
 667         this._has_colour = true;\r
 668     } //-- void setColour(int) \r
 669 \r
 670     /**\r
 671      * Sets the value of field 'end'.\r
 672      * \r
 673      * @param end the value of field 'end'.\r
 674      */\r
 675     public void setEnd(int end)\r
 676     {\r
 677         this._end = end;\r
 678         this._has_end = true;\r
 679     } //-- void setEnd(int) \r
 680 \r
 681     /**\r
 682      * Method setFeatures\r
 683      * \r
 684      * \r
 685      * \r
 686      * @param index\r
 687      * @param vFeatures\r
 688      */\r
 689     public void setFeatures(int index, jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)\r
 690         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 691     {\r
 692         //-- check bounds for index\r
 693         if ((index < 0) || (index > _featuresList.size())) {\r
 694             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 695         }\r
 696         _featuresList.setElementAt(vFeatures, index);\r
 697     } //-- void setFeatures(int, jalview.schemabinding.version2.Features) \r
 698 \r
 699     /**\r
 700      * Method setFeatures\r
 701      * \r
 702      * \r
 703      * \r
 704      * @param featuresArray\r
 705      */\r
 706     public void setFeatures(jalview.schemabinding.version2.Features[] featuresArray)\r
 707     {\r
 708         //-- copy array\r
 709         _featuresList.removeAllElements();\r
 710         for (int i = 0; i < featuresArray.length; i++) {\r
 711             _featuresList.addElement(featuresArray[i]);\r
 712         }\r
 713     } //-- void setFeatures(jalview.schemabinding.version2.Features) \r
 714 \r
 715     /**\r
 716      * Sets the value of field 'hidden'.\r
 717      * \r
 718      * @param hidden the value of field 'hidden'.\r
 719      */\r
 720     public void setHidden(boolean hidden)\r
 721     {\r
 722         this._hidden = hidden;\r
 723         this._has_hidden = true;\r
 724     } //-- void setHidden(boolean) \r
 725 \r
 726     /**\r
 727      * Method setHiddenSequences\r
 728      * \r
 729      * \r
 730      * \r
 731      * @param index\r
 732      * @param vHiddenSequences\r
 733      */\r
 734     public void setHiddenSequences(int index, int vHiddenSequences)\r
 735         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 736     {\r
 737         //-- check bounds for index\r
 738         if ((index < 0) || (index > _hiddenSequencesList.size())) {\r
 739             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 740         }\r
 741         _hiddenSequencesList.setElementAt(new java.lang.Integer(vHiddenSequences), index);\r
 742     } //-- void setHiddenSequences(int, int) \r
 743 \r
 744     /**\r
 745      * Method setHiddenSequences\r
 746      * \r
 747      * \r
 748      * \r
 749      * @param hiddenSequencesArray\r
 750      */\r
 751     public void setHiddenSequences(int[] hiddenSequencesArray)\r
 752     {\r
 753         //-- copy array\r
 754         _hiddenSequencesList.removeAllElements();\r
 755         for (int i = 0; i < hiddenSequencesArray.length; i++) {\r
 756             _hiddenSequencesList.addElement(new java.lang.Integer(hiddenSequencesArray[i]));\r
 757         }\r
 758     } //-- void setHiddenSequences(int) \r
 759 \r
 760     /**\r
 761      * Sets the value of field 'id'.\r
 762      * \r
 763      * @param id the value of field 'id'.\r
 764      */\r
 765     public void setId(int id)\r
 766     {\r
 767         this._id = id;\r
 768         this._has_id = true;\r
 769     } //-- void setId(int) \r
 770 \r
 771     /**\r
 772      * Method setPdbids\r
 773      * \r
 774      * \r
 775      * \r
 776      * @param index\r
 777      * @param vPdbids\r
 778      */\r
 779     public void setPdbids(int index, jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)\r
 780         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 781     {\r
 782         //-- check bounds for index\r
 783         if ((index < 0) || (index > _pdbidsList.size())) {\r
 784             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 785         }\r
 786         _pdbidsList.setElementAt(vPdbids, index);\r
 787     } //-- void setPdbids(int, jalview.schemabinding.version2.Pdbids) \r
 788 \r
 789     /**\r
 790      * Method setPdbids\r
 791      * \r
 792      * \r
 793      * \r
 794      * @param pdbidsArray\r
 795      */\r
 796     public void setPdbids(jalview.schemabinding.version2.Pdbids[] pdbidsArray)\r
 797     {\r
 798         //-- copy array\r
 799         _pdbidsList.removeAllElements();\r
 800         for (int i = 0; i < pdbidsArray.length; i++) {\r
 801             _pdbidsList.addElement(pdbidsArray[i]);\r
 802         }\r
 803     } //-- void setPdbids(jalview.schemabinding.version2.Pdbids) \r
 804 \r
 805     /**\r
 806      * Sets the value of field 'start'.\r
 807      * \r
 808      * @param start the value of field 'start'.\r
 809      */\r
 810     public void setStart(int start)\r
 811     {\r
 812         this._start = start;\r
 813         this._has_start = true;\r
 814     } //-- void setStart(int) \r
 815 \r
 816     /**\r
 817      * Method unmarshal\r
 818      * \r
 819      * \r
 820      * \r
 821      * @param reader\r
 822      * @return Object\r
 823      */\r
 824     public static java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader reader)\r
 825         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 826     {\r
 827         return (jalview.schemabinding.version2.JSeq) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.JSeq.class, reader);\r
 828     } //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader) \r
 829 \r
 830     /**\r
 831      * Method validate\r
 832      * \r
 833      */\r
 834     public void validate()\r
 835         throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 836     {\r
 837         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
 838         validator.validate(this);\r
 839     } //-- void validate() \r
 840 \r
 841 }\r