src/jalview/schemabinding/version2/JSeq.java

   1 /*\r
   2  * This class was automatically generated with\r
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 0.9.6</a>, using an XML\r
   4  * Schema.\r
   5  * $Id$\r
   6  */\r
   7 \r
   8 package jalview.schemabinding.version2;\r
   9 \r
  10 //---------------------------------/\r
  11 //- Imported classes and packages -/\r
  12 //---------------------------------/\r
  13 \r
  14 import java.util.*;\r
  15 \r
  16 import org.exolab.castor.xml.*;\r
  17 \r
  18 /**\r
  19  * Class JSeq.\r
  20  *\r
  21  * @version $Revision$ $Date$\r
  22  */\r
  23 public class JSeq\r
  24     implements java.io.Serializable\r
  25 {\r
  26 \r
  27   //--------------------------/\r
  28   //- Class/Member Variables -/\r
  29   //--------------------------/\r
  30 \r
  31   /**\r
  32    * Field _colour\r
  33    */\r
  34   private int _colour;\r
  35 \r
  36   /**\r
  37    * keeps track of state for field: _colour\r
  38    */\r
  39   private boolean _has_colour;\r
  40 \r
  41   /**\r
  42    * Field _start\r
  43    */\r
  44   private int _start;\r
  45 \r
  46   /**\r
  47    * keeps track of state for field: _start\r
  48    */\r
  49   private boolean _has_start;\r
  50 \r
  51   /**\r
  52    * Field _end\r
  53    */\r
  54   private int _end;\r
  55 \r
  56   /**\r
  57    * keeps track of state for field: _end\r
  58    */\r
  59   private boolean _has_end;\r
  60 \r
  61   /**\r
  62    * Field _id\r
  63    */\r
  64   private int _id;\r
  65 \r
  66   /**\r
  67    * keeps track of state for field: _id\r
  68    */\r
  69   private boolean _has_id;\r
  70 \r
  71   /**\r
  72    * Field _hidden\r
  73    */\r
  74   private boolean _hidden;\r
  75 \r
  76   /**\r
  77    * keeps track of state for field: _hidden\r
  78    */\r
  79   private boolean _has_hidden;\r
  80 \r
  81   /**\r
  82    * Field _featuresList\r
  83    */\r
  84   private java.util.Vector _featuresList;\r
  85 \r
  86   /**\r
  87    * Field _pdbidsList\r
  88    */\r
  89   private java.util.Vector _pdbidsList;\r
  90 \r
  91   /**\r
  92    * Field _hiddenSequencesList\r
  93    */\r
  94   private java.util.Vector _hiddenSequencesList;\r
  95 \r
  96   //----------------/\r
  97   //- Constructors -/\r
  98   //----------------/\r
  99 \r
 100   public JSeq()\r
 101   {\r
 102     super();\r
 103     _featuresList = new Vector();\r
 104     _pdbidsList = new Vector();\r
 105     _hiddenSequencesList = new Vector();\r
 106   } //-- jalview.schemabinding.version2.JSeq()\r
 107 \r
 108   //-----------/\r
 109   //- Methods -/\r
 110   //-----------/\r
 111 \r
 112   /**\r
 113    * Method addFeatures\r
 114    *\r
 115    *\r
 116    *\r
 117    * @param vFeatures\r
 118    */\r
 119   public void addFeatures(jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)\r
 120       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 121   {\r
 122     _featuresList.addElement(vFeatures);\r
 123   } //-- void addFeatures(jalview.schemabinding.version2.Features)\r
 124 \r
 125   /**\r
 126    * Method addFeatures\r
 127    *\r
 128    *\r
 129    *\r
 130    * @param index\r
 131    * @param vFeatures\r
 132    */\r
 133   public void addFeatures(int index,\r
 134                           jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)\r
 135       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 136   {\r
 137     _featuresList.insertElementAt(vFeatures, index);\r
 138   } //-- void addFeatures(int, jalview.schemabinding.version2.Features)\r
 139 \r
 140   /**\r
 141    * Method addHiddenSequences\r
 142    *\r
 143    *\r
 144    *\r
 145    * @param vHiddenSequences\r
 146    */\r
 147   public void addHiddenSequences(int vHiddenSequences)\r
 148       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 149   {\r
 150     _hiddenSequencesList.addElement(new java.lang.Integer(vHiddenSequences));\r
 151   } //-- void addHiddenSequences(int)\r
 152 \r
 153   /**\r
 154    * Method addHiddenSequences\r
 155    *\r
 156    *\r
 157    *\r
 158    * @param index\r
 159    * @param vHiddenSequences\r
 160    */\r
 161   public void addHiddenSequences(int index, int vHiddenSequences)\r
 162       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 163   {\r
 164     _hiddenSequencesList.insertElementAt(new java.lang.Integer(vHiddenSequences),\r
 165                                          index);\r
 166   } //-- void addHiddenSequences(int, int)\r
 167 \r
 168   /**\r
 169    * Method addPdbids\r
 170    *\r
 171    *\r
 172    *\r
 173    * @param vPdbids\r
 174    */\r
 175   public void addPdbids(jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)\r
 176       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 177   {\r
 178     _pdbidsList.addElement(vPdbids);\r
 179   } //-- void addPdbids(jalview.schemabinding.version2.Pdbids)\r
 180 \r
 181   /**\r
 182    * Method addPdbids\r
 183    *\r
 184    *\r
 185    *\r
 186    * @param index\r
 187    * @param vPdbids\r
 188    */\r
 189   public void addPdbids(int index,\r
 190                         jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)\r
 191       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 192   {\r
 193     _pdbidsList.insertElementAt(vPdbids, index);\r
 194   } //-- void addPdbids(int, jalview.schemabinding.version2.Pdbids)\r
 195 \r
 196   /**\r
 197    * Method deleteColour\r
 198    *\r
 199    */\r
 200   public void deleteColour()\r
 201   {\r
 202     this._has_colour = false;\r
 203   } //-- void deleteColour()\r
 204 \r
 205   /**\r
 206    * Method deleteEnd\r
 207    *\r
 208    */\r
 209   public void deleteEnd()\r
 210   {\r
 211     this._has_end = false;\r
 212   } //-- void deleteEnd()\r
 213 \r
 214   /**\r
 215    * Method deleteHidden\r
 216    *\r
 217    */\r
 218   public void deleteHidden()\r
 219   {\r
 220     this._has_hidden = false;\r
 221   } //-- void deleteHidden()\r
 222 \r
 223   /**\r
 224    * Method deleteId\r
 225    *\r
 226    */\r
 227   public void deleteId()\r
 228   {\r
 229     this._has_id = false;\r
 230   } //-- void deleteId()\r
 231 \r
 232   /**\r
 233    * Method deleteStart\r
 234    *\r
 235    */\r
 236   public void deleteStart()\r
 237   {\r
 238     this._has_start = false;\r
 239   } //-- void deleteStart()\r
 240 \r
 241   /**\r
 242    * Method enumerateFeatures\r
 243    *\r
 244    *\r
 245    *\r
 246    * @return Enumeration\r
 247    */\r
 248   public java.util.Enumeration enumerateFeatures()\r
 249   {\r
 250     return _featuresList.elements();\r
 251   } //-- java.util.Enumeration enumerateFeatures()\r
 252 \r
 253   /**\r
 254    * Method enumerateHiddenSequences\r
 255    *\r
 256    *\r
 257    *\r
 258    * @return Enumeration\r
 259    */\r
 260   public java.util.Enumeration enumerateHiddenSequences()\r
 261   {\r
 262     return _hiddenSequencesList.elements();\r
 263   } //-- java.util.Enumeration enumerateHiddenSequences()\r
 264 \r
 265   /**\r
 266    * Method enumeratePdbids\r
 267    *\r
 268    *\r
 269    *\r
 270    * @return Enumeration\r
 271    */\r
 272   public java.util.Enumeration enumeratePdbids()\r
 273   {\r
 274     return _pdbidsList.elements();\r
 275   } //-- java.util.Enumeration enumeratePdbids()\r
 276 \r
 277   /**\r
 278    * Returns the value of field 'colour'.\r
 279    *\r
 280    * @return int\r
 281    * @return the value of field 'colour'.\r
 282    */\r
 283   public int getColour()\r
 284   {\r
 285     return this._colour;\r
 286   } //-- int getColour()\r
 287 \r
 288   /**\r
 289    * Returns the value of field 'end'.\r
 290    *\r
 291    * @return int\r
 292    * @return the value of field 'end'.\r
 293    */\r
 294   public int getEnd()\r
 295   {\r
 296     return this._end;\r
 297   } //-- int getEnd()\r
 298 \r
 299   /**\r
 300    * Method getFeatures\r
 301    *\r
 302    *\r
 303    *\r
 304    * @param index\r
 305    * @return Features\r
 306    */\r
 307   public jalview.schemabinding.version2.Features getFeatures(int index)\r
 308       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 309   {\r
 310     //-- check bounds for index\r
 311     if ( (index < 0) || (index > _featuresList.size()))\r
 312     {\r
 313       throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 314     }\r
 315 \r
 316     return (jalview.schemabinding.version2.Features) _featuresList.elementAt(\r
 317         index);\r
 318   } //-- jalview.schemabinding.version2.Features getFeatures(int)\r
 319 \r
 320   /**\r
 321    * Method getFeatures\r
 322    *\r
 323    *\r
 324    *\r
 325    * @return Features\r
 326    */\r
 327   public jalview.schemabinding.version2.Features[] getFeatures()\r
 328   {\r
 329     int size = _featuresList.size();\r
 330     jalview.schemabinding.version2.Features[] mArray = new jalview.\r
 331         schemabinding.version2.Features[size];\r
 332     for (int index = 0; index < size; index++)\r
 333     {\r
 334       mArray[index] = (jalview.schemabinding.version2.Features) _featuresList.\r
 335           elementAt(index);\r
 336     }\r
 337     return mArray;\r
 338   } //-- jalview.schemabinding.version2.Features[] getFeatures()\r
 339 \r
 340   /**\r
 341    * Method getFeaturesCount\r
 342    *\r
 343    *\r
 344    *\r
 345    * @return int\r
 346    */\r
 347   public int getFeaturesCount()\r
 348   {\r
 349     return _featuresList.size();\r
 350   } //-- int getFeaturesCount()\r
 351 \r
 352   /**\r
 353    * Returns the value of field 'hidden'.\r
 354    *\r
 355    * @return boolean\r
 356    * @return the value of field 'hidden'.\r
 357    */\r
 358   public boolean getHidden()\r
 359   {\r
 360     return this._hidden;\r
 361   } //-- boolean getHidden()\r
 362 \r
 363   /**\r
 364    * Method getHiddenSequences\r
 365    *\r
 366    *\r
 367    *\r
 368    * @param index\r
 369    * @return int\r
 370    */\r
 371   public int getHiddenSequences(int index)\r
 372       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 373   {\r
 374     //-- check bounds for index\r
 375     if ( (index < 0) || (index > _hiddenSequencesList.size()))\r
 376     {\r
 377       throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 378     }\r
 379 \r
 380     return ( (java.lang.Integer) _hiddenSequencesList.elementAt(index)).\r
 381         intValue();\r
 382   } //-- int getHiddenSequences(int)\r
 383 \r
 384   /**\r
 385    * Method getHiddenSequences\r
 386    *\r
 387    *\r
 388    *\r
 389    * @return int\r
 390    */\r
 391   public int[] getHiddenSequences()\r
 392   {\r
 393     int size = _hiddenSequencesList.size();\r
 394     int[] mArray = new int[size];\r
 395     for (int index = 0; index < size; index++)\r
 396     {\r
 397       mArray[index] = ( (java.lang.Integer) _hiddenSequencesList.elementAt(\r
 398           index)).intValue();\r
 399     }\r
 400     return mArray;\r
 401   } //-- int[] getHiddenSequences()\r
 402 \r
 403   /**\r
 404    * Method getHiddenSequencesCount\r
 405    *\r
 406    *\r
 407    *\r
 408    * @return int\r
 409    */\r
 410   public int getHiddenSequencesCount()\r
 411   {\r
 412     return _hiddenSequencesList.size();\r
 413   } //-- int getHiddenSequencesCount()\r
 414 \r
 415   /**\r
 416    * Returns the value of field 'id'.\r
 417    *\r
 418    * @return int\r
 419    * @return the value of field 'id'.\r
 420    */\r
 421   public int getId()\r
 422   {\r
 423     return this._id;\r
 424   } //-- int getId()\r
 425 \r
 426   /**\r
 427    * Method getPdbids\r
 428    *\r
 429    *\r
 430    *\r
 431    * @param index\r
 432    * @return Pdbids\r
 433    */\r
 434   public jalview.schemabinding.version2.Pdbids getPdbids(int index)\r
 435       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 436   {\r
 437     //-- check bounds for index\r
 438     if ( (index < 0) || (index > _pdbidsList.size()))\r
 439     {\r
 440       throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 441     }\r
 442 \r
 443     return (jalview.schemabinding.version2.Pdbids) _pdbidsList.elementAt(index);\r
 444   } //-- jalview.schemabinding.version2.Pdbids getPdbids(int)\r
 445 \r
 446   /**\r
 447    * Method getPdbids\r
 448    *\r
 449    *\r
 450    *\r
 451    * @return Pdbids\r
 452    */\r
 453   public jalview.schemabinding.version2.Pdbids[] getPdbids()\r
 454   {\r
 455     int size = _pdbidsList.size();\r
 456     jalview.schemabinding.version2.Pdbids[] mArray = new jalview.schemabinding.\r
 457         version2.Pdbids[size];\r
 458     for (int index = 0; index < size; index++)\r
 459     {\r
 460       mArray[index] = (jalview.schemabinding.version2.Pdbids) _pdbidsList.\r
 461           elementAt(index);\r
 462     }\r
 463     return mArray;\r
 464   } //-- jalview.schemabinding.version2.Pdbids[] getPdbids()\r
 465 \r
 466   /**\r
 467    * Method getPdbidsCount\r
 468    *\r
 469    *\r
 470    *\r
 471    * @return int\r
 472    */\r
 473   public int getPdbidsCount()\r
 474   {\r
 475     return _pdbidsList.size();\r
 476   } //-- int getPdbidsCount()\r
 477 \r
 478   /**\r
 479    * Returns the value of field 'start'.\r
 480    *\r
 481    * @return int\r
 482    * @return the value of field 'start'.\r
 483    */\r
 484   public int getStart()\r
 485   {\r
 486     return this._start;\r
 487   } //-- int getStart()\r
 488 \r
 489   /**\r
 490    * Method hasColour\r
 491    *\r
 492    *\r
 493    *\r
 494    * @return boolean\r
 495    */\r
 496   public boolean hasColour()\r
 497   {\r
 498     return this._has_colour;\r
 499   } //-- boolean hasColour()\r
 500 \r
 501   /**\r
 502    * Method hasEnd\r
 503    *\r
 504    *\r
 505    *\r
 506    * @return boolean\r
 507    */\r
 508   public boolean hasEnd()\r
 509   {\r
 510     return this._has_end;\r
 511   } //-- boolean hasEnd()\r
 512 \r
 513   /**\r
 514    * Method hasHidden\r
 515    *\r
 516    *\r
 517    *\r
 518    * @return boolean\r
 519    */\r
 520   public boolean hasHidden()\r
 521   {\r
 522     return this._has_hidden;\r
 523   } //-- boolean hasHidden()\r
 524 \r
 525   /**\r
 526    * Method hasId\r
 527    *\r
 528    *\r
 529    *\r
 530    * @return boolean\r
 531    */\r
 532   public boolean hasId()\r
 533   {\r
 534     return this._has_id;\r
 535   } //-- boolean hasId()\r
 536 \r
 537   /**\r
 538    * Method hasStart\r
 539    *\r
 540    *\r
 541    *\r
 542    * @return boolean\r
 543    */\r
 544   public boolean hasStart()\r
 545   {\r
 546     return this._has_start;\r
 547   } //-- boolean hasStart()\r
 548 \r
 549   /**\r
 550    * Method isValid\r
 551    *\r
 552    *\r
 553    *\r
 554    * @return boolean\r
 555    */\r
 556   public boolean isValid()\r
 557   {\r
 558     try\r
 559     {\r
 560       validate();\r
 561     }\r
 562     catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
 563     {\r
 564       return false;\r
 565     }\r
 566     return true;\r
 567   } //-- boolean isValid()\r
 568 \r
 569   /**\r
 570    * Method marshal\r
 571    *\r
 572    *\r
 573    *\r
 574    * @param out\r
 575    */\r
 576   public void marshal(java.io.Writer out)\r
 577       throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
 578       org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 579   {\r
 580 \r
 581     Marshaller.marshal(this, out);\r
 582   } //-- void marshal(java.io.Writer)\r
 583 \r
 584   /**\r
 585    * Method marshal\r
 586    *\r
 587    *\r
 588    *\r
 589    * @param handler\r
 590    */\r
 591   public void marshal(org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
 592       throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
 593       org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 594   {\r
 595 \r
 596     Marshaller.marshal(this, handler);\r
 597   } //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler)\r
 598 \r
 599   /**\r
 600    * Method removeAllFeatures\r
 601    *\r
 602    */\r
 603   public void removeAllFeatures()\r
 604   {\r
 605     _featuresList.removeAllElements();\r
 606   } //-- void removeAllFeatures()\r
 607 \r
 608   /**\r
 609    * Method removeAllHiddenSequences\r
 610    *\r
 611    */\r
 612   public void removeAllHiddenSequences()\r
 613   {\r
 614     _hiddenSequencesList.removeAllElements();\r
 615   } //-- void removeAllHiddenSequences()\r
 616 \r
 617   /**\r
 618    * Method removeAllPdbids\r
 619    *\r
 620    */\r
 621   public void removeAllPdbids()\r
 622   {\r
 623     _pdbidsList.removeAllElements();\r
 624   } //-- void removeAllPdbids()\r
 625 \r
 626   /**\r
 627    * Method removeFeatures\r
 628    *\r
 629    *\r
 630    *\r
 631    * @param index\r
 632    * @return Features\r
 633    */\r
 634   public jalview.schemabinding.version2.Features removeFeatures(int index)\r
 635   {\r
 636     java.lang.Object obj = _featuresList.elementAt(index);\r
 637     _featuresList.removeElementAt(index);\r
 638     return (jalview.schemabinding.version2.Features) obj;\r
 639   } //-- jalview.schemabinding.version2.Features removeFeatures(int)\r
 640 \r
 641   /**\r
 642    * Method removeHiddenSequences\r
 643    *\r
 644    *\r
 645    *\r
 646    * @param index\r
 647    * @return int\r
 648    */\r
 649   public int removeHiddenSequences(int index)\r
 650   {\r
 651     java.lang.Object obj = _hiddenSequencesList.elementAt(index);\r
 652     _hiddenSequencesList.removeElementAt(index);\r
 653     return ( (java.lang.Integer) obj).intValue();\r
 654   } //-- int removeHiddenSequences(int)\r
 655 \r
 656   /**\r
 657    * Method removePdbids\r
 658    *\r
 659    *\r
 660    *\r
 661    * @param index\r
 662    * @return Pdbids\r
 663    */\r
 664   public jalview.schemabinding.version2.Pdbids removePdbids(int index)\r
 665   {\r
 666     java.lang.Object obj = _pdbidsList.elementAt(index);\r
 667     _pdbidsList.removeElementAt(index);\r
 668     return (jalview.schemabinding.version2.Pdbids) obj;\r
 669   } //-- jalview.schemabinding.version2.Pdbids removePdbids(int)\r
 670 \r
 671   /**\r
 672    * Sets the value of field 'colour'.\r
 673    *\r
 674    * @param colour the value of field 'colour'.\r
 675    */\r
 676   public void setColour(int colour)\r
 677   {\r
 678     this._colour = colour;\r
 679     this._has_colour = true;\r
 680   } //-- void setColour(int)\r
 681 \r
 682   /**\r
 683    * Sets the value of field 'end'.\r
 684    *\r
 685    * @param end the value of field 'end'.\r
 686    */\r
 687   public void setEnd(int end)\r
 688   {\r
 689     this._end = end;\r
 690     this._has_end = true;\r
 691   } //-- void setEnd(int)\r
 692 \r
 693   /**\r
 694    * Method setFeatures\r
 695    *\r
 696    *\r
 697    *\r
 698    * @param index\r
 699    * @param vFeatures\r
 700    */\r
 701   public void setFeatures(int index,\r
 702                           jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)\r
 703       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 704   {\r
 705     //-- check bounds for index\r
 706     if ( (index < 0) || (index > _featuresList.size()))\r
 707     {\r
 708       throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 709     }\r
 710     _featuresList.setElementAt(vFeatures, index);\r
 711   } //-- void setFeatures(int, jalview.schemabinding.version2.Features)\r
 712 \r
 713   /**\r
 714    * Method setFeatures\r
 715    *\r
 716    *\r
 717    *\r
 718    * @param featuresArray\r
 719    */\r
 720   public void setFeatures(jalview.schemabinding.version2.Features[]\r
 721                           featuresArray)\r
 722   {\r
 723     //-- copy array\r
 724     _featuresList.removeAllElements();\r
 725     for (int i = 0; i < featuresArray.length; i++)\r
 726     {\r
 727       _featuresList.addElement(featuresArray[i]);\r
 728     }\r
 729   } //-- void setFeatures(jalview.schemabinding.version2.Features)\r
 730 \r
 731   /**\r
 732    * Sets the value of field 'hidden'.\r
 733    *\r
 734    * @param hidden the value of field 'hidden'.\r
 735    */\r
 736   public void setHidden(boolean hidden)\r
 737   {\r
 738     this._hidden = hidden;\r
 739     this._has_hidden = true;\r
 740   } //-- void setHidden(boolean)\r
 741 \r
 742   /**\r
 743    * Method setHiddenSequences\r
 744    *\r
 745    *\r
 746    *\r
 747    * @param index\r
 748    * @param vHiddenSequences\r
 749    */\r
 750   public void setHiddenSequences(int index, int vHiddenSequences)\r
 751       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 752   {\r
 753     //-- check bounds for index\r
 754     if ( (index < 0) || (index > _hiddenSequencesList.size()))\r
 755     {\r
 756       throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 757     }\r
 758     _hiddenSequencesList.setElementAt(new java.lang.Integer(vHiddenSequences),\r
 759                                       index);\r
 760   } //-- void setHiddenSequences(int, int)\r
 761 \r
 762   /**\r
 763    * Method setHiddenSequences\r
 764    *\r
 765    *\r
 766    *\r
 767    * @param hiddenSequencesArray\r
 768    */\r
 769   public void setHiddenSequences(int[] hiddenSequencesArray)\r
 770   {\r
 771     //-- copy array\r
 772     _hiddenSequencesList.removeAllElements();\r
 773     for (int i = 0; i < hiddenSequencesArray.length; i++)\r
 774     {\r
 775       _hiddenSequencesList.addElement(new java.lang.Integer(\r
 776           hiddenSequencesArray[i]));\r
 777     }\r
 778   } //-- void setHiddenSequences(int)\r
 779 \r
 780   /**\r
 781    * Sets the value of field 'id'.\r
 782    *\r
 783    * @param id the value of field 'id'.\r
 784    */\r
 785   public void setId(int id)\r
 786   {\r
 787     this._id = id;\r
 788     this._has_id = true;\r
 789   } //-- void setId(int)\r
 790 \r
 791   /**\r
 792    * Method setPdbids\r
 793    *\r
 794    *\r
 795    *\r
 796    * @param index\r
 797    * @param vPdbids\r
 798    */\r
 799   public void setPdbids(int index,\r
 800                         jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)\r
 801       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 802   {\r
 803     //-- check bounds for index\r
 804     if ( (index < 0) || (index > _pdbidsList.size()))\r
 805     {\r
 806       throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 807     }\r
 808     _pdbidsList.setElementAt(vPdbids, index);\r
 809   } //-- void setPdbids(int, jalview.schemabinding.version2.Pdbids)\r
 810 \r
 811   /**\r
 812    * Method setPdbids\r
 813    *\r
 814    *\r
 815    *\r
 816    * @param pdbidsArray\r
 817    */\r
 818   public void setPdbids(jalview.schemabinding.version2.Pdbids[] pdbidsArray)\r
 819   {\r
 820     //-- copy array\r
 821     _pdbidsList.removeAllElements();\r
 822     for (int i = 0; i < pdbidsArray.length; i++)\r
 823     {\r
 824       _pdbidsList.addElement(pdbidsArray[i]);\r
 825     }\r
 826   } //-- void setPdbids(jalview.schemabinding.version2.Pdbids)\r
 827 \r
 828   /**\r
 829    * Sets the value of field 'start'.\r
 830    *\r
 831    * @param start the value of field 'start'.\r
 832    */\r
 833   public void setStart(int start)\r
 834   {\r
 835     this._start = start;\r
 836     this._has_start = true;\r
 837   } //-- void setStart(int)\r
 838 \r
 839   /**\r
 840    * Method unmarshal\r
 841    *\r
 842    *\r
 843    *\r
 844    * @param reader\r
 845    * @return Object\r
 846    */\r
 847   public static java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader reader)\r
 848       throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
 849       org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 850   {\r
 851     return (jalview.schemabinding.version2.JSeq) Unmarshaller.unmarshal(jalview.\r
 852         schemabinding.version2.JSeq.class, reader);\r
 853   } //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader)\r
 854 \r
 855   /**\r
 856    * Method validate\r
 857    *\r
 858    */\r
 859   public void validate()\r
 860       throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 861   {\r
 862     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.\r
 863         Validator();\r
 864     validator.validate(this);\r
 865   } //-- void validate()\r
 866 \r
 867 }\r