src/jalview/schemabinding/version2/SequenceSetDescriptor.java

   1 /*\r
   2  * This class was automatically generated with \r
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 0.9.6</a>, using an XML\r
   4  * Schema.\r
   5  * $Id$\r
   6  */\r
   7 \r
   8 package jalview.schemabinding.version2;\r
   9 \r
  10   //---------------------------------/\r
  11  //- Imported classes and packages -/\r
  12 //---------------------------------/\r
  13 \r
  14 import org.exolab.castor.mapping.AccessMode;\r
  15 import org.exolab.castor.xml.TypeValidator;\r
  16 import org.exolab.castor.xml.XMLFieldDescriptor;\r
  17 import org.exolab.castor.xml.validators.*;\r
  18 \r
  19 /**\r
  20  * Class SequenceSetDescriptor.\r
  21  * \r
  22  * @version $Revision$ $Date$\r
  23  */\r
  24 public class SequenceSetDescriptor extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl {\r
  25 \r
  26 \r
  27       //--------------------------/\r
  28      //- Class/Member Variables -/\r
  29     //--------------------------/\r
  30 \r
  31     /**\r
  32      * Field nsPrefix\r
  33      */\r
  34     private java.lang.String nsPrefix;\r
  35 \r
  36     /**\r
  37      * Field nsURI\r
  38      */\r
  39     private java.lang.String nsURI;\r
  40 \r
  41     /**\r
  42      * Field xmlName\r
  43      */\r
  44     private java.lang.String xmlName;\r
  45 \r
  46     /**\r
  47      * Field identity\r
  48      */\r
  49     private org.exolab.castor.xml.XMLFieldDescriptor identity;\r
  50 \r
  51 \r
  52       //----------------/\r
  53      //- Constructors -/\r
  54     //----------------/\r
  55 \r
  56     public SequenceSetDescriptor() {\r
  57         super();\r
  58         nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";\r
  59         xmlName = "SequenceSet";\r
  60         \r
  61         //-- set grouping compositor\r
  62         setCompositorAsSequence();\r
  63         org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;\r
  64         org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler              handler        = null;\r
  65         org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;\r
  66         //-- initialize attribute descriptors\r
  67         \r
  68         //-- _gapChar\r
  69         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_gapChar", "gapChar", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
  70         desc.setImmutable(true);\r
  71         handler = (new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
  72             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
  73                 throws IllegalStateException\r
  74             {\r
  75                 SequenceSet target = (SequenceSet) object;\r
  76                 return target.getGapChar();\r
  77             }\r
  78             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
  79                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
  80             {\r
  81                 try {\r
  82                     SequenceSet target = (SequenceSet) object;\r
  83                     target.setGapChar( (java.lang.String) value);\r
  84                 }\r
  85                 catch (java.lang.Exception ex) {\r
  86                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
  87                 }\r
  88             }\r
  89             public java.lang.Object newInstance( java.lang.Object parent ) {\r
  90                 return null;\r
  91             }\r
  92         } );\r
  93         desc.setHandler(handler);\r
  94         desc.setRequired(true);\r
  95         addFieldDescriptor(desc);\r
  96         \r
  97         //-- validation code for: _gapChar\r
  98         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
  99         fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
 100         { //-- local scope\r
 101             StringValidator typeValidator = new StringValidator();\r
 102             typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
 103             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 104         }\r
 105         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 106         //-- _aligned\r
 107         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_aligned", "aligned", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 108         handler = (new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 109             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 110                 throws IllegalStateException\r
 111             {\r
 112                 SequenceSet target = (SequenceSet) object;\r
 113                 if(!target.hasAligned())\r
 114                     return null;\r
 115                 return (target.getAligned() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
 116             }\r
 117             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 118                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 119             {\r
 120                 try {\r
 121                     SequenceSet target = (SequenceSet) object;\r
 122                     // if null, use delete method for optional primitives \r
 123                     if (value == null) {\r
 124                         target.deleteAligned();\r
 125                         return;\r
 126                     }\r
 127                     target.setAligned( ((java.lang.Boolean)value).booleanValue());\r
 128                 }\r
 129                 catch (java.lang.Exception ex) {\r
 130                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 131                 }\r
 132             }\r
 133             public java.lang.Object newInstance( java.lang.Object parent ) {\r
 134                 return null;\r
 135             }\r
 136         } );\r
 137         desc.setHandler(handler);\r
 138         addFieldDescriptor(desc);\r
 139         \r
 140         //-- validation code for: _aligned\r
 141         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 142         { //-- local scope\r
 143             BooleanValidator typeValidator = new BooleanValidator();\r
 144             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 145         }\r
 146         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 147         //-- initialize element descriptors\r
 148         \r
 149         //-- _sequenceList\r
 150         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.Sequence.class, "_sequenceList", "Sequence", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 151         handler = (new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 152             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 153                 throws IllegalStateException\r
 154             {\r
 155                 SequenceSet target = (SequenceSet) object;\r
 156                 return target.getSequence();\r
 157             }\r
 158             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 159                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 160             {\r
 161                 try {\r
 162                     SequenceSet target = (SequenceSet) object;\r
 163                     target.addSequence( (jalview.schemabinding.version2.Sequence) value);\r
 164                 }\r
 165                 catch (java.lang.Exception ex) {\r
 166                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 167                 }\r
 168             }\r
 169             public java.lang.Object newInstance( java.lang.Object parent ) {\r
 170                 return new jalview.schemabinding.version2.Sequence();\r
 171             }\r
 172         } );\r
 173         desc.setHandler(handler);\r
 174         desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
 175         desc.setRequired(true);\r
 176         desc.setMultivalued(true);\r
 177         addFieldDescriptor(desc);\r
 178         \r
 179         //-- validation code for: _sequenceList\r
 180         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 181         fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
 182         { //-- local scope\r
 183         }\r
 184         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 185         //-- _annotationList\r
 186         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.Annotation.class, "_annotationList", "Annotation", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 187         handler = (new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 188             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 189                 throws IllegalStateException\r
 190             {\r
 191                 SequenceSet target = (SequenceSet) object;\r
 192                 return target.getAnnotation();\r
 193             }\r
 194             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 195                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 196             {\r
 197                 try {\r
 198                     SequenceSet target = (SequenceSet) object;\r
 199                     target.addAnnotation( (jalview.schemabinding.version2.Annotation) value);\r
 200                 }\r
 201                 catch (java.lang.Exception ex) {\r
 202                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 203                 }\r
 204             }\r
 205             public java.lang.Object newInstance( java.lang.Object parent ) {\r
 206                 return new jalview.schemabinding.version2.Annotation();\r
 207             }\r
 208         } );\r
 209         desc.setHandler(handler);\r
 210         desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
 211         desc.setMultivalued(true);\r
 212         addFieldDescriptor(desc);\r
 213         \r
 214         //-- validation code for: _annotationList\r
 215         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 216         fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
 217         { //-- local scope\r
 218         }\r
 219         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 220     } //-- jalview.schemabinding.version2.SequenceSetDescriptor()\r
 221 \r
 222 \r
 223       //-----------/\r
 224      //- Methods -/\r
 225     //-----------/\r
 226 \r
 227     /**\r
 228      * Method getAccessMode\r
 229      * \r
 230      * \r
 231      * \r
 232      * @return AccessMode\r
 233      */\r
 234     public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
 235     {\r
 236         return null;\r
 237     } //-- org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode() \r
 238 \r
 239     /**\r
 240      * Method getExtends\r
 241      * \r
 242      * \r
 243      * \r
 244      * @return ClassDescriptor\r
 245      */\r
 246     public org.exolab.castor.mapping.ClassDescriptor getExtends()\r
 247     {\r
 248         return null;\r
 249     } //-- org.exolab.castor.mapping.ClassDescriptor getExtends() \r
 250 \r
 251     /**\r
 252      * Method getIdentity\r
 253      * \r
 254      * \r
 255      * \r
 256      * @return FieldDescriptor\r
 257      */\r
 258     public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
 259     {\r
 260         return identity;\r
 261     } //-- org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity() \r
 262 \r
 263     /**\r
 264      * Method getJavaClass\r
 265      * \r
 266      * \r
 267      * \r
 268      * @return Class\r
 269      */\r
 270     public java.lang.Class getJavaClass()\r
 271     {\r
 272         return jalview.schemabinding.version2.SequenceSet.class;\r
 273     } //-- java.lang.Class getJavaClass() \r
 274 \r
 275     /**\r
 276      * Method getNameSpacePrefix\r
 277      * \r
 278      * \r
 279      * \r
 280      * @return String\r
 281      */\r
 282     public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
 283     {\r
 284         return nsPrefix;\r
 285     } //-- java.lang.String getNameSpacePrefix() \r
 286 \r
 287     /**\r
 288      * Method getNameSpaceURI\r
 289      * \r
 290      * \r
 291      * \r
 292      * @return String\r
 293      */\r
 294     public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
 295     {\r
 296         return nsURI;\r
 297     } //-- java.lang.String getNameSpaceURI() \r
 298 \r
 299     /**\r
 300      * Method getValidator\r
 301      * \r
 302      * \r
 303      * \r
 304      * @return TypeValidator\r
 305      */\r
 306     public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
 307     {\r
 308         return this;\r
 309     } //-- org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator() \r
 310 \r
 311     /**\r
 312      * Method getXMLName\r
 313      * \r
 314      * \r
 315      * \r
 316      * @return String\r
 317      */\r
 318     public java.lang.String getXMLName()\r
 319     {\r
 320         return xmlName;\r
 321     } //-- java.lang.String getXMLName() \r
 322 \r
 323 }\r