src/jalview/schemabinding/version2/Tree.java

   1 /*\r
   2  * This class was automatically generated with \r
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
   4  * Schema.\r
   5  * $Id$\r
   6  */\r
   7 \r
   8 package jalview.schemabinding.version2;\r
   9 \r
  10   //---------------------------------/\r
  11  //- Imported classes and packages -/\r
  12 //---------------------------------/\r
  13 \r
  14 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  15 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  16 \r
  17 /**\r
  18  * Class Tree.\r
  19  * \r
  20  * @version $Revision$ $Date$\r
  21  */\r
  22 public class Tree implements java.io.Serializable {\r
  23 \r
  24 \r
  25       //--------------------------/\r
  26      //- Class/Member Variables -/\r
  27     //--------------------------/\r
  28 \r
  29     /**\r
  30      * Field _width.\r
  31      */\r
  32     private int _width;\r
  33 \r
  34     /**\r
  35      * keeps track of state for field: _width\r
  36      */\r
  37     private boolean _has_width;\r
  38 \r
  39     /**\r
  40      * Field _height.\r
  41      */\r
  42     private int _height;\r
  43 \r
  44     /**\r
  45      * keeps track of state for field: _height\r
  46      */\r
  47     private boolean _has_height;\r
  48 \r
  49     /**\r
  50      * Field _xpos.\r
  51      */\r
  52     private int _xpos;\r
  53 \r
  54     /**\r
  55      * keeps track of state for field: _xpos\r
  56      */\r
  57     private boolean _has_xpos;\r
  58 \r
  59     /**\r
  60      * Field _ypos.\r
  61      */\r
  62     private int _ypos;\r
  63 \r
  64     /**\r
  65      * keeps track of state for field: _ypos\r
  66      */\r
  67     private boolean _has_ypos;\r
  68 \r
  69     /**\r
  70      * Field _fontName.\r
  71      */\r
  72     private java.lang.String _fontName;\r
  73 \r
  74     /**\r
  75      * Field _fontSize.\r
  76      */\r
  77     private int _fontSize;\r
  78 \r
  79     /**\r
  80      * keeps track of state for field: _fontSize\r
  81      */\r
  82     private boolean _has_fontSize;\r
  83 \r
  84     /**\r
  85      * Field _fontStyle.\r
  86      */\r
  87     private int _fontStyle;\r
  88 \r
  89     /**\r
  90      * keeps track of state for field: _fontStyle\r
  91      */\r
  92     private boolean _has_fontStyle;\r
  93 \r
  94     /**\r
  95      * Field _threshold.\r
  96      */\r
  97     private float _threshold;\r
  98 \r
  99     /**\r
 100      * keeps track of state for field: _threshold\r
 101      */\r
 102     private boolean _has_threshold;\r
 103 \r
 104     /**\r
 105      * Field _showBootstrap.\r
 106      */\r
 107     private boolean _showBootstrap;\r
 108 \r
 109     /**\r
 110      * keeps track of state for field: _showBootstrap\r
 111      */\r
 112     private boolean _has_showBootstrap;\r
 113 \r
 114     /**\r
 115      * Field _showDistances.\r
 116      */\r
 117     private boolean _showDistances;\r
 118 \r
 119     /**\r
 120      * keeps track of state for field: _showDistances\r
 121      */\r
 122     private boolean _has_showDistances;\r
 123 \r
 124     /**\r
 125      * Field _markUnlinked.\r
 126      */\r
 127     private boolean _markUnlinked;\r
 128 \r
 129     /**\r
 130      * keeps track of state for field: _markUnlinked\r
 131      */\r
 132     private boolean _has_markUnlinked;\r
 133 \r
 134     /**\r
 135      * Field _fitToWindow.\r
 136      */\r
 137     private boolean _fitToWindow;\r
 138 \r
 139     /**\r
 140      * keeps track of state for field: _fitToWindow\r
 141      */\r
 142     private boolean _has_fitToWindow;\r
 143 \r
 144     /**\r
 145      * Field _currentTree.\r
 146      */\r
 147     private boolean _currentTree;\r
 148 \r
 149     /**\r
 150      * keeps track of state for field: _currentTree\r
 151      */\r
 152     private boolean _has_currentTree;\r
 153 \r
 154     /**\r
 155      * Field _title.\r
 156      */\r
 157     private java.lang.String _title;\r
 158 \r
 159     /**\r
 160      * Field _newick.\r
 161      */\r
 162     private java.lang.String _newick;\r
 163 \r
 164 \r
 165       //----------------/\r
 166      //- Constructors -/\r
 167     //----------------/\r
 168 \r
 169     public Tree() {\r
 170         super();\r
 171     }\r
 172 \r
 173 \r
 174       //-----------/\r
 175      //- Methods -/\r
 176     //-----------/\r
 177 \r
 178     /**\r
 179      */\r
 180     public void deleteCurrentTree(\r
 181     ) {\r
 182         this._has_currentTree= false;\r
 183     }\r
 184 \r
 185     /**\r
 186      */\r
 187     public void deleteFitToWindow(\r
 188     ) {\r
 189         this._has_fitToWindow= false;\r
 190     }\r
 191 \r
 192     /**\r
 193      */\r
 194     public void deleteFontSize(\r
 195     ) {\r
 196         this._has_fontSize= false;\r
 197     }\r
 198 \r
 199     /**\r
 200      */\r
 201     public void deleteFontStyle(\r
 202     ) {\r
 203         this._has_fontStyle= false;\r
 204     }\r
 205 \r
 206     /**\r
 207      */\r
 208     public void deleteHeight(\r
 209     ) {\r
 210         this._has_height= false;\r
 211     }\r
 212 \r
 213     /**\r
 214      */\r
 215     public void deleteMarkUnlinked(\r
 216     ) {\r
 217         this._has_markUnlinked= false;\r
 218     }\r
 219 \r
 220     /**\r
 221      */\r
 222     public void deleteShowBootstrap(\r
 223     ) {\r
 224         this._has_showBootstrap= false;\r
 225     }\r
 226 \r
 227     /**\r
 228      */\r
 229     public void deleteShowDistances(\r
 230     ) {\r
 231         this._has_showDistances= false;\r
 232     }\r
 233 \r
 234     /**\r
 235      */\r
 236     public void deleteThreshold(\r
 237     ) {\r
 238         this._has_threshold= false;\r
 239     }\r
 240 \r
 241     /**\r
 242      */\r
 243     public void deleteWidth(\r
 244     ) {\r
 245         this._has_width= false;\r
 246     }\r
 247 \r
 248     /**\r
 249      */\r
 250     public void deleteXpos(\r
 251     ) {\r
 252         this._has_xpos= false;\r
 253     }\r
 254 \r
 255     /**\r
 256      */\r
 257     public void deleteYpos(\r
 258     ) {\r
 259         this._has_ypos= false;\r
 260     }\r
 261 \r
 262     /**\r
 263      * Returns the value of field 'currentTree'.\r
 264      * \r
 265      * @return the value of field 'CurrentTree'.\r
 266      */\r
 267     public boolean getCurrentTree(\r
 268     ) {\r
 269         return this._currentTree;\r
 270     }\r
 271 \r
 272     /**\r
 273      * Returns the value of field 'fitToWindow'.\r
 274      * \r
 275      * @return the value of field 'FitToWindow'.\r
 276      */\r
 277     public boolean getFitToWindow(\r
 278     ) {\r
 279         return this._fitToWindow;\r
 280     }\r
 281 \r
 282     /**\r
 283      * Returns the value of field 'fontName'.\r
 284      * \r
 285      * @return the value of field 'FontName'.\r
 286      */\r
 287     public java.lang.String getFontName(\r
 288     ) {\r
 289         return this._fontName;\r
 290     }\r
 291 \r
 292     /**\r
 293      * Returns the value of field 'fontSize'.\r
 294      * \r
 295      * @return the value of field 'FontSize'.\r
 296      */\r
 297     public int getFontSize(\r
 298     ) {\r
 299         return this._fontSize;\r
 300     }\r
 301 \r
 302     /**\r
 303      * Returns the value of field 'fontStyle'.\r
 304      * \r
 305      * @return the value of field 'FontStyle'.\r
 306      */\r
 307     public int getFontStyle(\r
 308     ) {\r
 309         return this._fontStyle;\r
 310     }\r
 311 \r
 312     /**\r
 313      * Returns the value of field 'height'.\r
 314      * \r
 315      * @return the value of field 'Height'.\r
 316      */\r
 317     public int getHeight(\r
 318     ) {\r
 319         return this._height;\r
 320     }\r
 321 \r
 322     /**\r
 323      * Returns the value of field 'markUnlinked'.\r
 324      * \r
 325      * @return the value of field 'MarkUnlinked'.\r
 326      */\r
 327     public boolean getMarkUnlinked(\r
 328     ) {\r
 329         return this._markUnlinked;\r
 330     }\r
 331 \r
 332     /**\r
 333      * Returns the value of field 'newick'.\r
 334      * \r
 335      * @return the value of field 'Newick'.\r
 336      */\r
 337     public java.lang.String getNewick(\r
 338     ) {\r
 339         return this._newick;\r
 340     }\r
 341 \r
 342     /**\r
 343      * Returns the value of field 'showBootstrap'.\r
 344      * \r
 345      * @return the value of field 'ShowBootstrap'.\r
 346      */\r
 347     public boolean getShowBootstrap(\r
 348     ) {\r
 349         return this._showBootstrap;\r
 350     }\r
 351 \r
 352     /**\r
 353      * Returns the value of field 'showDistances'.\r
 354      * \r
 355      * @return the value of field 'ShowDistances'.\r
 356      */\r
 357     public boolean getShowDistances(\r
 358     ) {\r
 359         return this._showDistances;\r
 360     }\r
 361 \r
 362     /**\r
 363      * Returns the value of field 'threshold'.\r
 364      * \r
 365      * @return the value of field 'Threshold'.\r
 366      */\r
 367     public float getThreshold(\r
 368     ) {\r
 369         return this._threshold;\r
 370     }\r
 371 \r
 372     /**\r
 373      * Returns the value of field 'title'.\r
 374      * \r
 375      * @return the value of field 'Title'.\r
 376      */\r
 377     public java.lang.String getTitle(\r
 378     ) {\r
 379         return this._title;\r
 380     }\r
 381 \r
 382     /**\r
 383      * Returns the value of field 'width'.\r
 384      * \r
 385      * @return the value of field 'Width'.\r
 386      */\r
 387     public int getWidth(\r
 388     ) {\r
 389         return this._width;\r
 390     }\r
 391 \r
 392     /**\r
 393      * Returns the value of field 'xpos'.\r
 394      * \r
 395      * @return the value of field 'Xpos'.\r
 396      */\r
 397     public int getXpos(\r
 398     ) {\r
 399         return this._xpos;\r
 400     }\r
 401 \r
 402     /**\r
 403      * Returns the value of field 'ypos'.\r
 404      * \r
 405      * @return the value of field 'Ypos'.\r
 406      */\r
 407     public int getYpos(\r
 408     ) {\r
 409         return this._ypos;\r
 410     }\r
 411 \r
 412     /**\r
 413      * Method hasCurrentTree.\r
 414      * \r
 415      * @return true if at least one CurrentTree has been added\r
 416      */\r
 417     public boolean hasCurrentTree(\r
 418     ) {\r
 419         return this._has_currentTree;\r
 420     }\r
 421 \r
 422     /**\r
 423      * Method hasFitToWindow.\r
 424      * \r
 425      * @return true if at least one FitToWindow has been added\r
 426      */\r
 427     public boolean hasFitToWindow(\r
 428     ) {\r
 429         return this._has_fitToWindow;\r
 430     }\r
 431 \r
 432     /**\r
 433      * Method hasFontSize.\r
 434      * \r
 435      * @return true if at least one FontSize has been added\r
 436      */\r
 437     public boolean hasFontSize(\r
 438     ) {\r
 439         return this._has_fontSize;\r
 440     }\r
 441 \r
 442     /**\r
 443      * Method hasFontStyle.\r
 444      * \r
 445      * @return true if at least one FontStyle has been added\r
 446      */\r
 447     public boolean hasFontStyle(\r
 448     ) {\r
 449         return this._has_fontStyle;\r
 450     }\r
 451 \r
 452     /**\r
 453      * Method hasHeight.\r
 454      * \r
 455      * @return true if at least one Height has been added\r
 456      */\r
 457     public boolean hasHeight(\r
 458     ) {\r
 459         return this._has_height;\r
 460     }\r
 461 \r
 462     /**\r
 463      * Method hasMarkUnlinked.\r
 464      * \r
 465      * @return true if at least one MarkUnlinked has been added\r
 466      */\r
 467     public boolean hasMarkUnlinked(\r
 468     ) {\r
 469         return this._has_markUnlinked;\r
 470     }\r
 471 \r
 472     /**\r
 473      * Method hasShowBootstrap.\r
 474      * \r
 475      * @return true if at least one ShowBootstrap has been added\r
 476      */\r
 477     public boolean hasShowBootstrap(\r
 478     ) {\r
 479         return this._has_showBootstrap;\r
 480     }\r
 481 \r
 482     /**\r
 483      * Method hasShowDistances.\r
 484      * \r
 485      * @return true if at least one ShowDistances has been added\r
 486      */\r
 487     public boolean hasShowDistances(\r
 488     ) {\r
 489         return this._has_showDistances;\r
 490     }\r
 491 \r
 492     /**\r
 493      * Method hasThreshold.\r
 494      * \r
 495      * @return true if at least one Threshold has been added\r
 496      */\r
 497     public boolean hasThreshold(\r
 498     ) {\r
 499         return this._has_threshold;\r
 500     }\r
 501 \r
 502     /**\r
 503      * Method hasWidth.\r
 504      * \r
 505      * @return true if at least one Width has been added\r
 506      */\r
 507     public boolean hasWidth(\r
 508     ) {\r
 509         return this._has_width;\r
 510     }\r
 511 \r
 512     /**\r
 513      * Method hasXpos.\r
 514      * \r
 515      * @return true if at least one Xpos has been added\r
 516      */\r
 517     public boolean hasXpos(\r
 518     ) {\r
 519         return this._has_xpos;\r
 520     }\r
 521 \r
 522     /**\r
 523      * Method hasYpos.\r
 524      * \r
 525      * @return true if at least one Ypos has been added\r
 526      */\r
 527     public boolean hasYpos(\r
 528     ) {\r
 529         return this._has_ypos;\r
 530     }\r
 531 \r
 532     /**\r
 533      * Returns the value of field 'currentTree'.\r
 534      * \r
 535      * @return the value of field 'CurrentTree'.\r
 536      */\r
 537     public boolean isCurrentTree(\r
 538     ) {\r
 539         return this._currentTree;\r
 540     }\r
 541 \r
 542     /**\r
 543      * Returns the value of field 'fitToWindow'.\r
 544      * \r
 545      * @return the value of field 'FitToWindow'.\r
 546      */\r
 547     public boolean isFitToWindow(\r
 548     ) {\r
 549         return this._fitToWindow;\r
 550     }\r
 551 \r
 552     /**\r
 553      * Returns the value of field 'markUnlinked'.\r
 554      * \r
 555      * @return the value of field 'MarkUnlinked'.\r
 556      */\r
 557     public boolean isMarkUnlinked(\r
 558     ) {\r
 559         return this._markUnlinked;\r
 560     }\r
 561 \r
 562     /**\r
 563      * Returns the value of field 'showBootstrap'.\r
 564      * \r
 565      * @return the value of field 'ShowBootstrap'.\r
 566      */\r
 567     public boolean isShowBootstrap(\r
 568     ) {\r
 569         return this._showBootstrap;\r
 570     }\r
 571 \r
 572     /**\r
 573      * Returns the value of field 'showDistances'.\r
 574      * \r
 575      * @return the value of field 'ShowDistances'.\r
 576      */\r
 577     public boolean isShowDistances(\r
 578     ) {\r
 579         return this._showDistances;\r
 580     }\r
 581 \r
 582     /**\r
 583      * Method isValid.\r
 584      * \r
 585      * @return true if this object is valid according to the schema\r
 586      */\r
 587     public boolean isValid(\r
 588     ) {\r
 589         try {\r
 590             validate();\r
 591         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
 592             return false;\r
 593         }\r
 594         return true;\r
 595     }\r
 596 \r
 597     /**\r
 598      * \r
 599      * \r
 600      * @param out\r
 601      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
 602      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
 603      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 604      * object is an invalid instance according to the schema\r
 605      */\r
 606     public void marshal(\r
 607             final java.io.Writer out)\r
 608     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 609         Marshaller.marshal(this, out);\r
 610     }\r
 611 \r
 612     /**\r
 613      * \r
 614      * \r
 615      * @param handler\r
 616      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
 617      * marshaling\r
 618      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 619      * object is an invalid instance according to the schema\r
 620      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
 621      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
 622      */\r
 623     public void marshal(\r
 624             final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
 625     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 626         Marshaller.marshal(this, handler);\r
 627     }\r
 628 \r
 629     /**\r
 630      * Sets the value of field 'currentTree'.\r
 631      * \r
 632      * @param currentTree the value of field 'currentTree'.\r
 633      */\r
 634     public void setCurrentTree(\r
 635             final boolean currentTree) {\r
 636         this._currentTree = currentTree;\r
 637         this._has_currentTree = true;\r
 638     }\r
 639 \r
 640     /**\r
 641      * Sets the value of field 'fitToWindow'.\r
 642      * \r
 643      * @param fitToWindow the value of field 'fitToWindow'.\r
 644      */\r
 645     public void setFitToWindow(\r
 646             final boolean fitToWindow) {\r
 647         this._fitToWindow = fitToWindow;\r
 648         this._has_fitToWindow = true;\r
 649     }\r
 650 \r
 651     /**\r
 652      * Sets the value of field 'fontName'.\r
 653      * \r
 654      * @param fontName the value of field 'fontName'.\r
 655      */\r
 656     public void setFontName(\r
 657             final java.lang.String fontName) {\r
 658         this._fontName = fontName;\r
 659     }\r
 660 \r
 661     /**\r
 662      * Sets the value of field 'fontSize'.\r
 663      * \r
 664      * @param fontSize the value of field 'fontSize'.\r
 665      */\r
 666     public void setFontSize(\r
 667             final int fontSize) {\r
 668         this._fontSize = fontSize;\r
 669         this._has_fontSize = true;\r
 670     }\r
 671 \r
 672     /**\r
 673      * Sets the value of field 'fontStyle'.\r
 674      * \r
 675      * @param fontStyle the value of field 'fontStyle'.\r
 676      */\r
 677     public void setFontStyle(\r
 678             final int fontStyle) {\r
 679         this._fontStyle = fontStyle;\r
 680         this._has_fontStyle = true;\r
 681     }\r
 682 \r
 683     /**\r
 684      * Sets the value of field 'height'.\r
 685      * \r
 686      * @param height the value of field 'height'.\r
 687      */\r
 688     public void setHeight(\r
 689             final int height) {\r
 690         this._height = height;\r
 691         this._has_height = true;\r
 692     }\r
 693 \r
 694     /**\r
 695      * Sets the value of field 'markUnlinked'.\r
 696      * \r
 697      * @param markUnlinked the value of field 'markUnlinked'.\r
 698      */\r
 699     public void setMarkUnlinked(\r
 700             final boolean markUnlinked) {\r
 701         this._markUnlinked = markUnlinked;\r
 702         this._has_markUnlinked = true;\r
 703     }\r
 704 \r
 705     /**\r
 706      * Sets the value of field 'newick'.\r
 707      * \r
 708      * @param newick the value of field 'newick'.\r
 709      */\r
 710     public void setNewick(\r
 711             final java.lang.String newick) {\r
 712         this._newick = newick;\r
 713     }\r
 714 \r
 715     /**\r
 716      * Sets the value of field 'showBootstrap'.\r
 717      * \r
 718      * @param showBootstrap the value of field 'showBootstrap'.\r
 719      */\r
 720     public void setShowBootstrap(\r
 721             final boolean showBootstrap) {\r
 722         this._showBootstrap = showBootstrap;\r
 723         this._has_showBootstrap = true;\r
 724     }\r
 725 \r
 726     /**\r
 727      * Sets the value of field 'showDistances'.\r
 728      * \r
 729      * @param showDistances the value of field 'showDistances'.\r
 730      */\r
 731     public void setShowDistances(\r
 732             final boolean showDistances) {\r
 733         this._showDistances = showDistances;\r
 734         this._has_showDistances = true;\r
 735     }\r
 736 \r
 737     /**\r
 738      * Sets the value of field 'threshold'.\r
 739      * \r
 740      * @param threshold the value of field 'threshold'.\r
 741      */\r
 742     public void setThreshold(\r
 743             final float threshold) {\r
 744         this._threshold = threshold;\r
 745         this._has_threshold = true;\r
 746     }\r
 747 \r
 748     /**\r
 749      * Sets the value of field 'title'.\r
 750      * \r
 751      * @param title the value of field 'title'.\r
 752      */\r
 753     public void setTitle(\r
 754             final java.lang.String title) {\r
 755         this._title = title;\r
 756     }\r
 757 \r
 758     /**\r
 759      * Sets the value of field 'width'.\r
 760      * \r
 761      * @param width the value of field 'width'.\r
 762      */\r
 763     public void setWidth(\r
 764             final int width) {\r
 765         this._width = width;\r
 766         this._has_width = true;\r
 767     }\r
 768 \r
 769     /**\r
 770      * Sets the value of field 'xpos'.\r
 771      * \r
 772      * @param xpos the value of field 'xpos'.\r
 773      */\r
 774     public void setXpos(\r
 775             final int xpos) {\r
 776         this._xpos = xpos;\r
 777         this._has_xpos = true;\r
 778     }\r
 779 \r
 780     /**\r
 781      * Sets the value of field 'ypos'.\r
 782      * \r
 783      * @param ypos the value of field 'ypos'.\r
 784      */\r
 785     public void setYpos(\r
 786             final int ypos) {\r
 787         this._ypos = ypos;\r
 788         this._has_ypos = true;\r
 789     }\r
 790 \r
 791     /**\r
 792      * Method unmarshal.\r
 793      * \r
 794      * @param reader\r
 795      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
 796      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
 797      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 798      * object is an invalid instance according to the schema\r
 799      * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.Tree\r
 800      */\r
 801     public static jalview.schemabinding.version2.Tree unmarshal(\r
 802             final java.io.Reader reader)\r
 803     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 804         return (jalview.schemabinding.version2.Tree) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Tree.class, reader);\r
 805     }\r
 806 \r
 807     /**\r
 808      * \r
 809      * \r
 810      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 811      * object is an invalid instance according to the schema\r
 812      */\r
 813     public void validate(\r
 814     )\r
 815     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 816         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
 817         validator.validate(this);\r
 818     }\r
 819 \r
 820 }\r