src/jalview/schemabinding/version2/Tree.java

   1 /*\r
   2  * This class was automatically generated with\r
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 0.9.6</a>, using an XML\r
   4  * Schema.\r
   5  * $Id$\r
   6  */\r
   7 \r
   8 package jalview.schemabinding.version2;\r
   9 \r
  10 //---------------------------------/\r
  11 //- Imported classes and packages -/\r
  12 //---------------------------------/\r
  13 \r
  14 import org.exolab.castor.xml.*;\r
  15 \r
  16 /**\r
  17  * Class Tree.\r
  18  *\r
  19  * @version $Revision$ $Date$\r
  20  */\r
  21 public class Tree\r
  22     implements java.io.Serializable\r
  23 {\r
  24 \r
  25   //--------------------------/\r
  26   //- Class/Member Variables -/\r
  27   //--------------------------/\r
  28 \r
  29   /**\r
  30    * Field _width\r
  31    */\r
  32   private int _width;\r
  33 \r
  34   /**\r
  35    * keeps track of state for field: _width\r
  36    */\r
  37   private boolean _has_width;\r
  38 \r
  39   /**\r
  40    * Field _height\r
  41    */\r
  42   private int _height;\r
  43 \r
  44   /**\r
  45    * keeps track of state for field: _height\r
  46    */\r
  47   private boolean _has_height;\r
  48 \r
  49   /**\r
  50    * Field _xpos\r
  51    */\r
  52   private int _xpos;\r
  53 \r
  54   /**\r
  55    * keeps track of state for field: _xpos\r
  56    */\r
  57   private boolean _has_xpos;\r
  58 \r
  59   /**\r
  60    * Field _ypos\r
  61    */\r
  62   private int _ypos;\r
  63 \r
  64   /**\r
  65    * keeps track of state for field: _ypos\r
  66    */\r
  67   private boolean _has_ypos;\r
  68 \r
  69   /**\r
  70    * Field _fontName\r
  71    */\r
  72   private java.lang.String _fontName;\r
  73 \r
  74   /**\r
  75    * Field _fontSize\r
  76    */\r
  77   private int _fontSize;\r
  78 \r
  79   /**\r
  80    * keeps track of state for field: _fontSize\r
  81    */\r
  82   private boolean _has_fontSize;\r
  83 \r
  84   /**\r
  85    * Field _fontStyle\r
  86    */\r
  87   private int _fontStyle;\r
  88 \r
  89   /**\r
  90    * keeps track of state for field: _fontStyle\r
  91    */\r
  92   private boolean _has_fontStyle;\r
  93 \r
  94   /**\r
  95    * Field _threshold\r
  96    */\r
  97   private float _threshold;\r
  98 \r
  99   /**\r
 100    * keeps track of state for field: _threshold\r
 101    */\r
 102   private boolean _has_threshold;\r
 103 \r
 104   /**\r
 105    * Field _showBootstrap\r
 106    */\r
 107   private boolean _showBootstrap;\r
 108 \r
 109   /**\r
 110    * keeps track of state for field: _showBootstrap\r
 111    */\r
 112   private boolean _has_showBootstrap;\r
 113 \r
 114   /**\r
 115    * Field _showDistances\r
 116    */\r
 117   private boolean _showDistances;\r
 118 \r
 119   /**\r
 120    * keeps track of state for field: _showDistances\r
 121    */\r
 122   private boolean _has_showDistances;\r
 123 \r
 124   /**\r
 125    * Field _markUnlinked\r
 126    */\r
 127   private boolean _markUnlinked;\r
 128 \r
 129   /**\r
 130    * keeps track of state for field: _markUnlinked\r
 131    */\r
 132   private boolean _has_markUnlinked;\r
 133 \r
 134   /**\r
 135    * Field _fitToWindow\r
 136    */\r
 137   private boolean _fitToWindow;\r
 138 \r
 139   /**\r
 140    * keeps track of state for field: _fitToWindow\r
 141    */\r
 142   private boolean _has_fitToWindow;\r
 143 \r
 144   /**\r
 145    * Field _currentTree\r
 146    */\r
 147   private boolean _currentTree;\r
 148 \r
 149   /**\r
 150    * keeps track of state for field: _currentTree\r
 151    */\r
 152   private boolean _has_currentTree;\r
 153 \r
 154   /**\r
 155    * Field _title\r
 156    */\r
 157   private java.lang.String _title;\r
 158 \r
 159   /**\r
 160    * Field _newick\r
 161    */\r
 162   private java.lang.String _newick;\r
 163 \r
 164   //----------------/\r
 165   //- Constructors -/\r
 166   //----------------/\r
 167 \r
 168   public Tree()\r
 169   {\r
 170     super();\r
 171   } //-- jalview.schemabinding.version2.Tree()\r
 172 \r
 173   //-----------/\r
 174   //- Methods -/\r
 175   //-----------/\r
 176 \r
 177   /**\r
 178    * Method deleteCurrentTree\r
 179    *\r
 180    */\r
 181   public void deleteCurrentTree()\r
 182   {\r
 183     this._has_currentTree = false;\r
 184   } //-- void deleteCurrentTree()\r
 185 \r
 186   /**\r
 187    * Method deleteFitToWindow\r
 188    *\r
 189    */\r
 190   public void deleteFitToWindow()\r
 191   {\r
 192     this._has_fitToWindow = false;\r
 193   } //-- void deleteFitToWindow()\r
 194 \r
 195   /**\r
 196    * Method deleteFontSize\r
 197    *\r
 198    */\r
 199   public void deleteFontSize()\r
 200   {\r
 201     this._has_fontSize = false;\r
 202   } //-- void deleteFontSize()\r
 203 \r
 204   /**\r
 205    * Method deleteFontStyle\r
 206    *\r
 207    */\r
 208   public void deleteFontStyle()\r
 209   {\r
 210     this._has_fontStyle = false;\r
 211   } //-- void deleteFontStyle()\r
 212 \r
 213   /**\r
 214    * Method deleteHeight\r
 215    *\r
 216    */\r
 217   public void deleteHeight()\r
 218   {\r
 219     this._has_height = false;\r
 220   } //-- void deleteHeight()\r
 221 \r
 222   /**\r
 223    * Method deleteMarkUnlinked\r
 224    *\r
 225    */\r
 226   public void deleteMarkUnlinked()\r
 227   {\r
 228     this._has_markUnlinked = false;\r
 229   } //-- void deleteMarkUnlinked()\r
 230 \r
 231   /**\r
 232    * Method deleteShowBootstrap\r
 233    *\r
 234    */\r
 235   public void deleteShowBootstrap()\r
 236   {\r
 237     this._has_showBootstrap = false;\r
 238   } //-- void deleteShowBootstrap()\r
 239 \r
 240   /**\r
 241    * Method deleteShowDistances\r
 242    *\r
 243    */\r
 244   public void deleteShowDistances()\r
 245   {\r
 246     this._has_showDistances = false;\r
 247   } //-- void deleteShowDistances()\r
 248 \r
 249   /**\r
 250    * Method deleteThreshold\r
 251    *\r
 252    */\r
 253   public void deleteThreshold()\r
 254   {\r
 255     this._has_threshold = false;\r
 256   } //-- void deleteThreshold()\r
 257 \r
 258   /**\r
 259    * Method deleteWidth\r
 260    *\r
 261    */\r
 262   public void deleteWidth()\r
 263   {\r
 264     this._has_width = false;\r
 265   } //-- void deleteWidth()\r
 266 \r
 267   /**\r
 268    * Method deleteXpos\r
 269    *\r
 270    */\r
 271   public void deleteXpos()\r
 272   {\r
 273     this._has_xpos = false;\r
 274   } //-- void deleteXpos()\r
 275 \r
 276   /**\r
 277    * Method deleteYpos\r
 278    *\r
 279    */\r
 280   public void deleteYpos()\r
 281   {\r
 282     this._has_ypos = false;\r
 283   } //-- void deleteYpos()\r
 284 \r
 285   /**\r
 286    * Returns the value of field 'currentTree'.\r
 287    *\r
 288    * @return boolean\r
 289    * @return the value of field 'currentTree'.\r
 290    */\r
 291   public boolean getCurrentTree()\r
 292   {\r
 293     return this._currentTree;\r
 294   } //-- boolean getCurrentTree()\r
 295 \r
 296   /**\r
 297    * Returns the value of field 'fitToWindow'.\r
 298    *\r
 299    * @return boolean\r
 300    * @return the value of field 'fitToWindow'.\r
 301    */\r
 302   public boolean getFitToWindow()\r
 303   {\r
 304     return this._fitToWindow;\r
 305   } //-- boolean getFitToWindow()\r
 306 \r
 307   /**\r
 308    * Returns the value of field 'fontName'.\r
 309    *\r
 310    * @return String\r
 311    * @return the value of field 'fontName'.\r
 312    */\r
 313   public java.lang.String getFontName()\r
 314   {\r
 315     return this._fontName;\r
 316   } //-- java.lang.String getFontName()\r
 317 \r
 318   /**\r
 319    * Returns the value of field 'fontSize'.\r
 320    *\r
 321    * @return int\r
 322    * @return the value of field 'fontSize'.\r
 323    */\r
 324   public int getFontSize()\r
 325   {\r
 326     return this._fontSize;\r
 327   } //-- int getFontSize()\r
 328 \r
 329   /**\r
 330    * Returns the value of field 'fontStyle'.\r
 331    *\r
 332    * @return int\r
 333    * @return the value of field 'fontStyle'.\r
 334    */\r
 335   public int getFontStyle()\r
 336   {\r
 337     return this._fontStyle;\r
 338   } //-- int getFontStyle()\r
 339 \r
 340   /**\r
 341    * Returns the value of field 'height'.\r
 342    *\r
 343    * @return int\r
 344    * @return the value of field 'height'.\r
 345    */\r
 346   public int getHeight()\r
 347   {\r
 348     return this._height;\r
 349   } //-- int getHeight()\r
 350 \r
 351   /**\r
 352    * Returns the value of field 'markUnlinked'.\r
 353    *\r
 354    * @return boolean\r
 355    * @return the value of field 'markUnlinked'.\r
 356    */\r
 357   public boolean getMarkUnlinked()\r
 358   {\r
 359     return this._markUnlinked;\r
 360   } //-- boolean getMarkUnlinked()\r
 361 \r
 362   /**\r
 363    * Returns the value of field 'newick'.\r
 364    *\r
 365    * @return String\r
 366    * @return the value of field 'newick'.\r
 367    */\r
 368   public java.lang.String getNewick()\r
 369   {\r
 370     return this._newick;\r
 371   } //-- java.lang.String getNewick()\r
 372 \r
 373   /**\r
 374    * Returns the value of field 'showBootstrap'.\r
 375    *\r
 376    * @return boolean\r
 377    * @return the value of field 'showBootstrap'.\r
 378    */\r
 379   public boolean getShowBootstrap()\r
 380   {\r
 381     return this._showBootstrap;\r
 382   } //-- boolean getShowBootstrap()\r
 383 \r
 384   /**\r
 385    * Returns the value of field 'showDistances'.\r
 386    *\r
 387    * @return boolean\r
 388    * @return the value of field 'showDistances'.\r
 389    */\r
 390   public boolean getShowDistances()\r
 391   {\r
 392     return this._showDistances;\r
 393   } //-- boolean getShowDistances()\r
 394 \r
 395   /**\r
 396    * Returns the value of field 'threshold'.\r
 397    *\r
 398    * @return float\r
 399    * @return the value of field 'threshold'.\r
 400    */\r
 401   public float getThreshold()\r
 402   {\r
 403     return this._threshold;\r
 404   } //-- float getThreshold()\r
 405 \r
 406   /**\r
 407    * Returns the value of field 'title'.\r
 408    *\r
 409    * @return String\r
 410    * @return the value of field 'title'.\r
 411    */\r
 412   public java.lang.String getTitle()\r
 413   {\r
 414     return this._title;\r
 415   } //-- java.lang.String getTitle()\r
 416 \r
 417   /**\r
 418    * Returns the value of field 'width'.\r
 419    *\r
 420    * @return int\r
 421    * @return the value of field 'width'.\r
 422    */\r
 423   public int getWidth()\r
 424   {\r
 425     return this._width;\r
 426   } //-- int getWidth()\r
 427 \r
 428   /**\r
 429    * Returns the value of field 'xpos'.\r
 430    *\r
 431    * @return int\r
 432    * @return the value of field 'xpos'.\r
 433    */\r
 434   public int getXpos()\r
 435   {\r
 436     return this._xpos;\r
 437   } //-- int getXpos()\r
 438 \r
 439   /**\r
 440    * Returns the value of field 'ypos'.\r
 441    *\r
 442    * @return int\r
 443    * @return the value of field 'ypos'.\r
 444    */\r
 445   public int getYpos()\r
 446   {\r
 447     return this._ypos;\r
 448   } //-- int getYpos()\r
 449 \r
 450   /**\r
 451    * Method hasCurrentTree\r
 452    *\r
 453    *\r
 454    *\r
 455    * @return boolean\r
 456    */\r
 457   public boolean hasCurrentTree()\r
 458   {\r
 459     return this._has_currentTree;\r
 460   } //-- boolean hasCurrentTree()\r
 461 \r
 462   /**\r
 463    * Method hasFitToWindow\r
 464    *\r
 465    *\r
 466    *\r
 467    * @return boolean\r
 468    */\r
 469   public boolean hasFitToWindow()\r
 470   {\r
 471     return this._has_fitToWindow;\r
 472   } //-- boolean hasFitToWindow()\r
 473 \r
 474   /**\r
 475    * Method hasFontSize\r
 476    *\r
 477    *\r
 478    *\r
 479    * @return boolean\r
 480    */\r
 481   public boolean hasFontSize()\r
 482   {\r
 483     return this._has_fontSize;\r
 484   } //-- boolean hasFontSize()\r
 485 \r
 486   /**\r
 487    * Method hasFontStyle\r
 488    *\r
 489    *\r
 490    *\r
 491    * @return boolean\r
 492    */\r
 493   public boolean hasFontStyle()\r
 494   {\r
 495     return this._has_fontStyle;\r
 496   } //-- boolean hasFontStyle()\r
 497 \r
 498   /**\r
 499    * Method hasHeight\r
 500    *\r
 501    *\r
 502    *\r
 503    * @return boolean\r
 504    */\r
 505   public boolean hasHeight()\r
 506   {\r
 507     return this._has_height;\r
 508   } //-- boolean hasHeight()\r
 509 \r
 510   /**\r
 511    * Method hasMarkUnlinked\r
 512    *\r
 513    *\r
 514    *\r
 515    * @return boolean\r
 516    */\r
 517   public boolean hasMarkUnlinked()\r
 518   {\r
 519     return this._has_markUnlinked;\r
 520   } //-- boolean hasMarkUnlinked()\r
 521 \r
 522   /**\r
 523    * Method hasShowBootstrap\r
 524    *\r
 525    *\r
 526    *\r
 527    * @return boolean\r
 528    */\r
 529   public boolean hasShowBootstrap()\r
 530   {\r
 531     return this._has_showBootstrap;\r
 532   } //-- boolean hasShowBootstrap()\r
 533 \r
 534   /**\r
 535    * Method hasShowDistances\r
 536    *\r
 537    *\r
 538    *\r
 539    * @return boolean\r
 540    */\r
 541   public boolean hasShowDistances()\r
 542   {\r
 543     return this._has_showDistances;\r
 544   } //-- boolean hasShowDistances()\r
 545 \r
 546   /**\r
 547    * Method hasThreshold\r
 548    *\r
 549    *\r
 550    *\r
 551    * @return boolean\r
 552    */\r
 553   public boolean hasThreshold()\r
 554   {\r
 555     return this._has_threshold;\r
 556   } //-- boolean hasThreshold()\r
 557 \r
 558   /**\r
 559    * Method hasWidth\r
 560    *\r
 561    *\r
 562    *\r
 563    * @return boolean\r
 564    */\r
 565   public boolean hasWidth()\r
 566   {\r
 567     return this._has_width;\r
 568   } //-- boolean hasWidth()\r
 569 \r
 570   /**\r
 571    * Method hasXpos\r
 572    *\r
 573    *\r
 574    *\r
 575    * @return boolean\r
 576    */\r
 577   public boolean hasXpos()\r
 578   {\r
 579     return this._has_xpos;\r
 580   } //-- boolean hasXpos()\r
 581 \r
 582   /**\r
 583    * Method hasYpos\r
 584    *\r
 585    *\r
 586    *\r
 587    * @return boolean\r
 588    */\r
 589   public boolean hasYpos()\r
 590   {\r
 591     return this._has_ypos;\r
 592   } //-- boolean hasYpos()\r
 593 \r
 594   /**\r
 595    * Method isValid\r
 596    *\r
 597    *\r
 598    *\r
 599    * @return boolean\r
 600    */\r
 601   public boolean isValid()\r
 602   {\r
 603     try\r
 604     {\r
 605       validate();\r
 606     }\r
 607     catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
 608     {\r
 609       return false;\r
 610     }\r
 611     return true;\r
 612   } //-- boolean isValid()\r
 613 \r
 614   /**\r
 615    * Method marshal\r
 616    *\r
 617    *\r
 618    *\r
 619    * @param out\r
 620    */\r
 621   public void marshal(java.io.Writer out)\r
 622       throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
 623       org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 624   {\r
 625 \r
 626     Marshaller.marshal(this, out);\r
 627   } //-- void marshal(java.io.Writer)\r
 628 \r
 629   /**\r
 630    * Method marshal\r
 631    *\r
 632    *\r
 633    *\r
 634    * @param handler\r
 635    */\r
 636   public void marshal(org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
 637       throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
 638       org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 639   {\r
 640 \r
 641     Marshaller.marshal(this, handler);\r
 642   } //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler)\r
 643 \r
 644   /**\r
 645    * Sets the value of field 'currentTree'.\r
 646    *\r
 647    * @param currentTree the value of field 'currentTree'.\r
 648    */\r
 649   public void setCurrentTree(boolean currentTree)\r
 650   {\r
 651     this._currentTree = currentTree;\r
 652     this._has_currentTree = true;\r
 653   } //-- void setCurrentTree(boolean)\r
 654 \r
 655   /**\r
 656    * Sets the value of field 'fitToWindow'.\r
 657    *\r
 658    * @param fitToWindow the value of field 'fitToWindow'.\r
 659    */\r
 660   public void setFitToWindow(boolean fitToWindow)\r
 661   {\r
 662     this._fitToWindow = fitToWindow;\r
 663     this._has_fitToWindow = true;\r
 664   } //-- void setFitToWindow(boolean)\r
 665 \r
 666   /**\r
 667    * Sets the value of field 'fontName'.\r
 668    *\r
 669    * @param fontName the value of field 'fontName'.\r
 670    */\r
 671   public void setFontName(java.lang.String fontName)\r
 672   {\r
 673     this._fontName = fontName;\r
 674   } //-- void setFontName(java.lang.String)\r
 675 \r
 676   /**\r
 677    * Sets the value of field 'fontSize'.\r
 678    *\r
 679    * @param fontSize the value of field 'fontSize'.\r
 680    */\r
 681   public void setFontSize(int fontSize)\r
 682   {\r
 683     this._fontSize = fontSize;\r
 684     this._has_fontSize = true;\r
 685   } //-- void setFontSize(int)\r
 686 \r
 687   /**\r
 688    * Sets the value of field 'fontStyle'.\r
 689    *\r
 690    * @param fontStyle the value of field 'fontStyle'.\r
 691    */\r
 692   public void setFontStyle(int fontStyle)\r
 693   {\r
 694     this._fontStyle = fontStyle;\r
 695     this._has_fontStyle = true;\r
 696   } //-- void setFontStyle(int)\r
 697 \r
 698   /**\r
 699    * Sets the value of field 'height'.\r
 700    *\r
 701    * @param height the value of field 'height'.\r
 702    */\r
 703   public void setHeight(int height)\r
 704   {\r
 705     this._height = height;\r
 706     this._has_height = true;\r
 707   } //-- void setHeight(int)\r
 708 \r
 709   /**\r
 710    * Sets the value of field 'markUnlinked'.\r
 711    *\r
 712    * @param markUnlinked the value of field 'markUnlinked'.\r
 713    */\r
 714   public void setMarkUnlinked(boolean markUnlinked)\r
 715   {\r
 716     this._markUnlinked = markUnlinked;\r
 717     this._has_markUnlinked = true;\r
 718   } //-- void setMarkUnlinked(boolean)\r
 719 \r
 720   /**\r
 721    * Sets the value of field 'newick'.\r
 722    *\r
 723    * @param newick the value of field 'newick'.\r
 724    */\r
 725   public void setNewick(java.lang.String newick)\r
 726   {\r
 727     this._newick = newick;\r
 728   } //-- void setNewick(java.lang.String)\r
 729 \r
 730   /**\r
 731    * Sets the value of field 'showBootstrap'.\r
 732    *\r
 733    * @param showBootstrap the value of field 'showBootstrap'.\r
 734    */\r
 735   public void setShowBootstrap(boolean showBootstrap)\r
 736   {\r
 737     this._showBootstrap = showBootstrap;\r
 738     this._has_showBootstrap = true;\r
 739   } //-- void setShowBootstrap(boolean)\r
 740 \r
 741   /**\r
 742    * Sets the value of field 'showDistances'.\r
 743    *\r
 744    * @param showDistances the value of field 'showDistances'.\r
 745    */\r
 746   public void setShowDistances(boolean showDistances)\r
 747   {\r
 748     this._showDistances = showDistances;\r
 749     this._has_showDistances = true;\r
 750   } //-- void setShowDistances(boolean)\r
 751 \r
 752   /**\r
 753    * Sets the value of field 'threshold'.\r
 754    *\r
 755    * @param threshold the value of field 'threshold'.\r
 756    */\r
 757   public void setThreshold(float threshold)\r
 758   {\r
 759     this._threshold = threshold;\r
 760     this._has_threshold = true;\r
 761   } //-- void setThreshold(float)\r
 762 \r
 763   /**\r
 764    * Sets the value of field 'title'.\r
 765    *\r
 766    * @param title the value of field 'title'.\r
 767    */\r
 768   public void setTitle(java.lang.String title)\r
 769   {\r
 770     this._title = title;\r
 771   } //-- void setTitle(java.lang.String)\r
 772 \r
 773   /**\r
 774    * Sets the value of field 'width'.\r
 775    *\r
 776    * @param width the value of field 'width'.\r
 777    */\r
 778   public void setWidth(int width)\r
 779   {\r
 780     this._width = width;\r
 781     this._has_width = true;\r
 782   } //-- void setWidth(int)\r
 783 \r
 784   /**\r
 785    * Sets the value of field 'xpos'.\r
 786    *\r
 787    * @param xpos the value of field 'xpos'.\r
 788    */\r
 789   public void setXpos(int xpos)\r
 790   {\r
 791     this._xpos = xpos;\r
 792     this._has_xpos = true;\r
 793   } //-- void setXpos(int)\r
 794 \r
 795   /**\r
 796    * Sets the value of field 'ypos'.\r
 797    *\r
 798    * @param ypos the value of field 'ypos'.\r
 799    */\r
 800   public void setYpos(int ypos)\r
 801   {\r
 802     this._ypos = ypos;\r
 803     this._has_ypos = true;\r
 804   } //-- void setYpos(int)\r
 805 \r
 806   /**\r
 807    * Method unmarshal\r
 808    *\r
 809    *\r
 810    *\r
 811    * @param reader\r
 812    * @return Object\r
 813    */\r
 814   public static java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader reader)\r
 815       throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
 816       org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 817   {\r
 818     return (jalview.schemabinding.version2.Tree) Unmarshaller.unmarshal(jalview.\r
 819         schemabinding.version2.Tree.class, reader);\r
 820   } //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader)\r
 821 \r
 822   /**\r
 823    * Method validate\r
 824    *\r
 825    */\r
 826   public void validate()\r
 827       throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 828   {\r
 829     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.\r
 830         Validator();\r
 831     validator.validate(this);\r
 832   } //-- void validate()\r
 833 \r
 834 }\r