src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java

   1 /*\r
   2  * This class was automatically generated with \r
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 0.9.6</a>, using an XML\r
   4  * Schema.\r
   5  * $Id$\r
   6  */\r
   7 \r
   8 package jalview.schemabinding.version2;\r
   9 \r
  10   //---------------------------------/\r
  11  //- Imported classes and packages -/\r
  12 //---------------------------------/\r
  13 \r
  14 import java.io.IOException;\r
  15 import java.io.Reader;\r
  16 import java.io.Serializable;\r
  17 import java.io.Writer;\r
  18 import java.util.Enumeration;\r
  19 import java.util.Vector;\r
  20 import org.exolab.castor.xml.MarshalException;\r
  21 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  22 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  23 import org.exolab.castor.xml.ValidationException;\r
  24 import org.xml.sax.ContentHandler;\r
  25 \r
  26 /**\r
  27  * Class Viewport.\r
  28  * \r
  29  * @version $Revision$ $Date$\r
  30  */\r
  31 public class Viewport implements java.io.Serializable {\r
  32 \r
  33 \r
  34       //--------------------------/\r
  35      //- Class/Member Variables -/\r
  36     //--------------------------/\r
  37 \r
  38     /**\r
  39      * Field _conservationSelected\r
  40      */\r
  41     private boolean _conservationSelected;\r
  42 \r
  43     /**\r
  44      * keeps track of state for field: _conservationSelected\r
  45      */\r
  46     private boolean _has_conservationSelected;\r
  47 \r
  48     /**\r
  49      * Field _pidSelected\r
  50      */\r
  51     private boolean _pidSelected;\r
  52 \r
  53     /**\r
  54      * keeps track of state for field: _pidSelected\r
  55      */\r
  56     private boolean _has_pidSelected;\r
  57 \r
  58     /**\r
  59      * Field _bgColour\r
  60      */\r
  61     private java.lang.String _bgColour;\r
  62 \r
  63     /**\r
  64      * Field _consThreshold\r
  65      */\r
  66     private int _consThreshold;\r
  67 \r
  68     /**\r
  69      * keeps track of state for field: _consThreshold\r
  70      */\r
  71     private boolean _has_consThreshold;\r
  72 \r
  73     /**\r
  74      * Field _pidThreshold\r
  75      */\r
  76     private int _pidThreshold;\r
  77 \r
  78     /**\r
  79      * keeps track of state for field: _pidThreshold\r
  80      */\r
  81     private boolean _has_pidThreshold;\r
  82 \r
  83     /**\r
  84      * Field _title\r
  85      */\r
  86     private java.lang.String _title;\r
  87 \r
  88     /**\r
  89      * Field _showFullId\r
  90      */\r
  91     private boolean _showFullId;\r
  92 \r
  93     /**\r
  94      * keeps track of state for field: _showFullId\r
  95      */\r
  96     private boolean _has_showFullId;\r
  97 \r
  98     /**\r
  99      * Field _showText\r
 100      */\r
 101     private boolean _showText;\r
 102 \r
 103     /**\r
 104      * keeps track of state for field: _showText\r
 105      */\r
 106     private boolean _has_showText;\r
 107 \r
 108     /**\r
 109      * Field _showColourText\r
 110      */\r
 111     private boolean _showColourText;\r
 112 \r
 113     /**\r
 114      * keeps track of state for field: _showColourText\r
 115      */\r
 116     private boolean _has_showColourText;\r
 117 \r
 118     /**\r
 119      * Field _showBoxes\r
 120      */\r
 121     private boolean _showBoxes;\r
 122 \r
 123     /**\r
 124      * keeps track of state for field: _showBoxes\r
 125      */\r
 126     private boolean _has_showBoxes;\r
 127 \r
 128     /**\r
 129      * Field _wrapAlignment\r
 130      */\r
 131     private boolean _wrapAlignment;\r
 132 \r
 133     /**\r
 134      * keeps track of state for field: _wrapAlignment\r
 135      */\r
 136     private boolean _has_wrapAlignment;\r
 137 \r
 138     /**\r
 139      * Field _renderGaps\r
 140      */\r
 141     private boolean _renderGaps;\r
 142 \r
 143     /**\r
 144      * keeps track of state for field: _renderGaps\r
 145      */\r
 146     private boolean _has_renderGaps;\r
 147 \r
 148     /**\r
 149      * Field _showSequenceFeatures\r
 150      */\r
 151     private boolean _showSequenceFeatures;\r
 152 \r
 153     /**\r
 154      * keeps track of state for field: _showSequenceFeatures\r
 155      */\r
 156     private boolean _has_showSequenceFeatures;\r
 157 \r
 158     /**\r
 159      * Field _showAnnotation\r
 160      */\r
 161     private boolean _showAnnotation;\r
 162 \r
 163     /**\r
 164      * keeps track of state for field: _showAnnotation\r
 165      */\r
 166     private boolean _has_showAnnotation;\r
 167 \r
 168     /**\r
 169      * Field _showConservation\r
 170      */\r
 171     private boolean _showConservation;\r
 172 \r
 173     /**\r
 174      * keeps track of state for field: _showConservation\r
 175      */\r
 176     private boolean _has_showConservation;\r
 177 \r
 178     /**\r
 179      * Field _showQuality\r
 180      */\r
 181     private boolean _showQuality;\r
 182 \r
 183     /**\r
 184      * keeps track of state for field: _showQuality\r
 185      */\r
 186     private boolean _has_showQuality;\r
 187 \r
 188     /**\r
 189      * Field _showIdentity\r
 190      */\r
 191     private boolean _showIdentity;\r
 192 \r
 193     /**\r
 194      * keeps track of state for field: _showIdentity\r
 195      */\r
 196     private boolean _has_showIdentity;\r
 197 \r
 198     /**\r
 199      * Field _xpos\r
 200      */\r
 201     private int _xpos;\r
 202 \r
 203     /**\r
 204      * keeps track of state for field: _xpos\r
 205      */\r
 206     private boolean _has_xpos;\r
 207 \r
 208     /**\r
 209      * Field _ypos\r
 210      */\r
 211     private int _ypos;\r
 212 \r
 213     /**\r
 214      * keeps track of state for field: _ypos\r
 215      */\r
 216     private boolean _has_ypos;\r
 217 \r
 218     /**\r
 219      * Field _width\r
 220      */\r
 221     private int _width;\r
 222 \r
 223     /**\r
 224      * keeps track of state for field: _width\r
 225      */\r
 226     private boolean _has_width;\r
 227 \r
 228     /**\r
 229      * Field _height\r
 230      */\r
 231     private int _height;\r
 232 \r
 233     /**\r
 234      * keeps track of state for field: _height\r
 235      */\r
 236     private boolean _has_height;\r
 237 \r
 238     /**\r
 239      * Field _startRes\r
 240      */\r
 241     private int _startRes;\r
 242 \r
 243     /**\r
 244      * keeps track of state for field: _startRes\r
 245      */\r
 246     private boolean _has_startRes;\r
 247 \r
 248     /**\r
 249      * Field _startSeq\r
 250      */\r
 251     private int _startSeq;\r
 252 \r
 253     /**\r
 254      * keeps track of state for field: _startSeq\r
 255      */\r
 256     private boolean _has_startSeq;\r
 257 \r
 258     /**\r
 259      * Field _fontName\r
 260      */\r
 261     private java.lang.String _fontName;\r
 262 \r
 263     /**\r
 264      * Field _fontSize\r
 265      */\r
 266     private int _fontSize;\r
 267 \r
 268     /**\r
 269      * keeps track of state for field: _fontSize\r
 270      */\r
 271     private boolean _has_fontSize;\r
 272 \r
 273     /**\r
 274      * Field _fontStyle\r
 275      */\r
 276     private int _fontStyle;\r
 277 \r
 278     /**\r
 279      * keeps track of state for field: _fontStyle\r
 280      */\r
 281     private boolean _has_fontStyle;\r
 282 \r
 283     /**\r
 284      * Field _annotationColours\r
 285      */\r
 286     private jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours _annotationColours;\r
 287 \r
 288     /**\r
 289      * Field _hiddenColumnsList\r
 290      */\r
 291     private java.util.Vector _hiddenColumnsList;\r
 292 \r
 293 \r
 294       //----------------/\r
 295      //- Constructors -/\r
 296     //----------------/\r
 297 \r
 298     public Viewport() {\r
 299         super();\r
 300         _hiddenColumnsList = new Vector();\r
 301     } //-- jalview.schemabinding.version2.Viewport()\r
 302 \r
 303 \r
 304       //-----------/\r
 305      //- Methods -/\r
 306     //-----------/\r
 307 \r
 308     /**\r
 309      * Method addHiddenColumns\r
 310      * \r
 311      * \r
 312      * \r
 313      * @param vHiddenColumns\r
 314      */\r
 315     public void addHiddenColumns(jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
 316         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 317     {\r
 318         _hiddenColumnsList.addElement(vHiddenColumns);\r
 319     } //-- void addHiddenColumns(jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) \r
 320 \r
 321     /**\r
 322      * Method addHiddenColumns\r
 323      * \r
 324      * \r
 325      * \r
 326      * @param index\r
 327      * @param vHiddenColumns\r
 328      */\r
 329     public void addHiddenColumns(int index, jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
 330         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 331     {\r
 332         _hiddenColumnsList.insertElementAt(vHiddenColumns, index);\r
 333     } //-- void addHiddenColumns(int, jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) \r
 334 \r
 335     /**\r
 336      * Method deleteConsThreshold\r
 337      * \r
 338      */\r
 339     public void deleteConsThreshold()\r
 340     {\r
 341         this._has_consThreshold= false;\r
 342     } //-- void deleteConsThreshold() \r
 343 \r
 344     /**\r
 345      * Method deleteConservationSelected\r
 346      * \r
 347      */\r
 348     public void deleteConservationSelected()\r
 349     {\r
 350         this._has_conservationSelected= false;\r
 351     } //-- void deleteConservationSelected() \r
 352 \r
 353     /**\r
 354      * Method deleteFontSize\r
 355      * \r
 356      */\r
 357     public void deleteFontSize()\r
 358     {\r
 359         this._has_fontSize= false;\r
 360     } //-- void deleteFontSize() \r
 361 \r
 362     /**\r
 363      * Method deleteFontStyle\r
 364      * \r
 365      */\r
 366     public void deleteFontStyle()\r
 367     {\r
 368         this._has_fontStyle= false;\r
 369     } //-- void deleteFontStyle() \r
 370 \r
 371     /**\r
 372      * Method deleteHeight\r
 373      * \r
 374      */\r
 375     public void deleteHeight()\r
 376     {\r
 377         this._has_height= false;\r
 378     } //-- void deleteHeight() \r
 379 \r
 380     /**\r
 381      * Method deletePidSelected\r
 382      * \r
 383      */\r
 384     public void deletePidSelected()\r
 385     {\r
 386         this._has_pidSelected= false;\r
 387     } //-- void deletePidSelected() \r
 388 \r
 389     /**\r
 390      * Method deletePidThreshold\r
 391      * \r
 392      */\r
 393     public void deletePidThreshold()\r
 394     {\r
 395         this._has_pidThreshold= false;\r
 396     } //-- void deletePidThreshold() \r
 397 \r
 398     /**\r
 399      * Method deleteRenderGaps\r
 400      * \r
 401      */\r
 402     public void deleteRenderGaps()\r
 403     {\r
 404         this._has_renderGaps= false;\r
 405     } //-- void deleteRenderGaps() \r
 406 \r
 407     /**\r
 408      * Method deleteShowAnnotation\r
 409      * \r
 410      */\r
 411     public void deleteShowAnnotation()\r
 412     {\r
 413         this._has_showAnnotation= false;\r
 414     } //-- void deleteShowAnnotation() \r
 415 \r
 416     /**\r
 417      * Method deleteShowBoxes\r
 418      * \r
 419      */\r
 420     public void deleteShowBoxes()\r
 421     {\r
 422         this._has_showBoxes= false;\r
 423     } //-- void deleteShowBoxes() \r
 424 \r
 425     /**\r
 426      * Method deleteShowColourText\r
 427      * \r
 428      */\r
 429     public void deleteShowColourText()\r
 430     {\r
 431         this._has_showColourText= false;\r
 432     } //-- void deleteShowColourText() \r
 433 \r
 434     /**\r
 435      * Method deleteShowConservation\r
 436      * \r
 437      */\r
 438     public void deleteShowConservation()\r
 439     {\r
 440         this._has_showConservation= false;\r
 441     } //-- void deleteShowConservation() \r
 442 \r
 443     /**\r
 444      * Method deleteShowFullId\r
 445      * \r
 446      */\r
 447     public void deleteShowFullId()\r
 448     {\r
 449         this._has_showFullId= false;\r
 450     } //-- void deleteShowFullId() \r
 451 \r
 452     /**\r
 453      * Method deleteShowIdentity\r
 454      * \r
 455      */\r
 456     public void deleteShowIdentity()\r
 457     {\r
 458         this._has_showIdentity= false;\r
 459     } //-- void deleteShowIdentity() \r
 460 \r
 461     /**\r
 462      * Method deleteShowQuality\r
 463      * \r
 464      */\r
 465     public void deleteShowQuality()\r
 466     {\r
 467         this._has_showQuality= false;\r
 468     } //-- void deleteShowQuality() \r
 469 \r
 470     /**\r
 471      * Method deleteShowSequenceFeatures\r
 472      * \r
 473      */\r
 474     public void deleteShowSequenceFeatures()\r
 475     {\r
 476         this._has_showSequenceFeatures= false;\r
 477     } //-- void deleteShowSequenceFeatures() \r
 478 \r
 479     /**\r
 480      * Method deleteShowText\r
 481      * \r
 482      */\r
 483     public void deleteShowText()\r
 484     {\r
 485         this._has_showText= false;\r
 486     } //-- void deleteShowText() \r
 487 \r
 488     /**\r
 489      * Method deleteStartRes\r
 490      * \r
 491      */\r
 492     public void deleteStartRes()\r
 493     {\r
 494         this._has_startRes= false;\r
 495     } //-- void deleteStartRes() \r
 496 \r
 497     /**\r
 498      * Method deleteStartSeq\r
 499      * \r
 500      */\r
 501     public void deleteStartSeq()\r
 502     {\r
 503         this._has_startSeq= false;\r
 504     } //-- void deleteStartSeq() \r
 505 \r
 506     /**\r
 507      * Method deleteWidth\r
 508      * \r
 509      */\r
 510     public void deleteWidth()\r
 511     {\r
 512         this._has_width= false;\r
 513     } //-- void deleteWidth() \r
 514 \r
 515     /**\r
 516      * Method deleteWrapAlignment\r
 517      * \r
 518      */\r
 519     public void deleteWrapAlignment()\r
 520     {\r
 521         this._has_wrapAlignment= false;\r
 522     } //-- void deleteWrapAlignment() \r
 523 \r
 524     /**\r
 525      * Method deleteXpos\r
 526      * \r
 527      */\r
 528     public void deleteXpos()\r
 529     {\r
 530         this._has_xpos= false;\r
 531     } //-- void deleteXpos() \r
 532 \r
 533     /**\r
 534      * Method deleteYpos\r
 535      * \r
 536      */\r
 537     public void deleteYpos()\r
 538     {\r
 539         this._has_ypos= false;\r
 540     } //-- void deleteYpos() \r
 541 \r
 542     /**\r
 543      * Method enumerateHiddenColumns\r
 544      * \r
 545      * \r
 546      * \r
 547      * @return Enumeration\r
 548      */\r
 549     public java.util.Enumeration enumerateHiddenColumns()\r
 550     {\r
 551         return _hiddenColumnsList.elements();\r
 552     } //-- java.util.Enumeration enumerateHiddenColumns() \r
 553 \r
 554     /**\r
 555      * Returns the value of field 'annotationColours'.\r
 556      * \r
 557      * @return AnnotationColours\r
 558      * @return the value of field 'annotationColours'.\r
 559      */\r
 560     public jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours getAnnotationColours()\r
 561     {\r
 562         return this._annotationColours;\r
 563     } //-- jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours getAnnotationColours() \r
 564 \r
 565     /**\r
 566      * Returns the value of field 'bgColour'.\r
 567      * \r
 568      * @return String\r
 569      * @return the value of field 'bgColour'.\r
 570      */\r
 571     public java.lang.String getBgColour()\r
 572     {\r
 573         return this._bgColour;\r
 574     } //-- java.lang.String getBgColour() \r
 575 \r
 576     /**\r
 577      * Returns the value of field 'consThreshold'.\r
 578      * \r
 579      * @return int\r
 580      * @return the value of field 'consThreshold'.\r
 581      */\r
 582     public int getConsThreshold()\r
 583     {\r
 584         return this._consThreshold;\r
 585     } //-- int getConsThreshold() \r
 586 \r
 587     /**\r
 588      * Returns the value of field 'conservationSelected'.\r
 589      * \r
 590      * @return boolean\r
 591      * @return the value of field 'conservationSelected'.\r
 592      */\r
 593     public boolean getConservationSelected()\r
 594     {\r
 595         return this._conservationSelected;\r
 596     } //-- boolean getConservationSelected() \r
 597 \r
 598     /**\r
 599      * Returns the value of field 'fontName'.\r
 600      * \r
 601      * @return String\r
 602      * @return the value of field 'fontName'.\r
 603      */\r
 604     public java.lang.String getFontName()\r
 605     {\r
 606         return this._fontName;\r
 607     } //-- java.lang.String getFontName() \r
 608 \r
 609     /**\r
 610      * Returns the value of field 'fontSize'.\r
 611      * \r
 612      * @return int\r
 613      * @return the value of field 'fontSize'.\r
 614      */\r
 615     public int getFontSize()\r
 616     {\r
 617         return this._fontSize;\r
 618     } //-- int getFontSize() \r
 619 \r
 620     /**\r
 621      * Returns the value of field 'fontStyle'.\r
 622      * \r
 623      * @return int\r
 624      * @return the value of field 'fontStyle'.\r
 625      */\r
 626     public int getFontStyle()\r
 627     {\r
 628         return this._fontStyle;\r
 629     } //-- int getFontStyle() \r
 630 \r
 631     /**\r
 632      * Returns the value of field 'height'.\r
 633      * \r
 634      * @return int\r
 635      * @return the value of field 'height'.\r
 636      */\r
 637     public int getHeight()\r
 638     {\r
 639         return this._height;\r
 640     } //-- int getHeight() \r
 641 \r
 642     /**\r
 643      * Method getHiddenColumns\r
 644      * \r
 645      * \r
 646      * \r
 647      * @param index\r
 648      * @return HiddenColumns\r
 649      */\r
 650     public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns getHiddenColumns(int index)\r
 651         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 652     {\r
 653         //-- check bounds for index\r
 654         if ((index < 0) || (index > _hiddenColumnsList.size())) {\r
 655             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 656         }\r
 657         \r
 658         return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) _hiddenColumnsList.elementAt(index);\r
 659     } //-- jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns getHiddenColumns(int) \r
 660 \r
 661     /**\r
 662      * Method getHiddenColumns\r
 663      * \r
 664      * \r
 665      * \r
 666      * @return HiddenColumns\r
 667      */\r
 668     public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] getHiddenColumns()\r
 669     {\r
 670         int size = _hiddenColumnsList.size();\r
 671         jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] mArray = new jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[size];\r
 672         for (int index = 0; index < size; index++) {\r
 673             mArray[index] = (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) _hiddenColumnsList.elementAt(index);\r
 674         }\r
 675         return mArray;\r
 676     } //-- jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] getHiddenColumns() \r
 677 \r
 678     /**\r
 679      * Method getHiddenColumnsCount\r
 680      * \r
 681      * \r
 682      * \r
 683      * @return int\r
 684      */\r
 685     public int getHiddenColumnsCount()\r
 686     {\r
 687         return _hiddenColumnsList.size();\r
 688     } //-- int getHiddenColumnsCount() \r
 689 \r
 690     /**\r
 691      * Returns the value of field 'pidSelected'.\r
 692      * \r
 693      * @return boolean\r
 694      * @return the value of field 'pidSelected'.\r
 695      */\r
 696     public boolean getPidSelected()\r
 697     {\r
 698         return this._pidSelected;\r
 699     } //-- boolean getPidSelected() \r
 700 \r
 701     /**\r
 702      * Returns the value of field 'pidThreshold'.\r
 703      * \r
 704      * @return int\r
 705      * @return the value of field 'pidThreshold'.\r
 706      */\r
 707     public int getPidThreshold()\r
 708     {\r
 709         return this._pidThreshold;\r
 710     } //-- int getPidThreshold() \r
 711 \r
 712     /**\r
 713      * Returns the value of field 'renderGaps'.\r
 714      * \r
 715      * @return boolean\r
 716      * @return the value of field 'renderGaps'.\r
 717      */\r
 718     public boolean getRenderGaps()\r
 719     {\r
 720         return this._renderGaps;\r
 721     } //-- boolean getRenderGaps() \r
 722 \r
 723     /**\r
 724      * Returns the value of field 'showAnnotation'.\r
 725      * \r
 726      * @return boolean\r
 727      * @return the value of field 'showAnnotation'.\r
 728      */\r
 729     public boolean getShowAnnotation()\r
 730     {\r
 731         return this._showAnnotation;\r
 732     } //-- boolean getShowAnnotation() \r
 733 \r
 734     /**\r
 735      * Returns the value of field 'showBoxes'.\r
 736      * \r
 737      * @return boolean\r
 738      * @return the value of field 'showBoxes'.\r
 739      */\r
 740     public boolean getShowBoxes()\r
 741     {\r
 742         return this._showBoxes;\r
 743     } //-- boolean getShowBoxes() \r
 744 \r
 745     /**\r
 746      * Returns the value of field 'showColourText'.\r
 747      * \r
 748      * @return boolean\r
 749      * @return the value of field 'showColourText'.\r
 750      */\r
 751     public boolean getShowColourText()\r
 752     {\r
 753         return this._showColourText;\r
 754     } //-- boolean getShowColourText() \r
 755 \r
 756     /**\r
 757      * Returns the value of field 'showConservation'.\r
 758      * \r
 759      * @return boolean\r
 760      * @return the value of field 'showConservation'.\r
 761      */\r
 762     public boolean getShowConservation()\r
 763     {\r
 764         return this._showConservation;\r
 765     } //-- boolean getShowConservation() \r
 766 \r
 767     /**\r
 768      * Returns the value of field 'showFullId'.\r
 769      * \r
 770      * @return boolean\r
 771      * @return the value of field 'showFullId'.\r
 772      */\r
 773     public boolean getShowFullId()\r
 774     {\r
 775         return this._showFullId;\r
 776     } //-- boolean getShowFullId() \r
 777 \r
 778     /**\r
 779      * Returns the value of field 'showIdentity'.\r
 780      * \r
 781      * @return boolean\r
 782      * @return the value of field 'showIdentity'.\r
 783      */\r
 784     public boolean getShowIdentity()\r
 785     {\r
 786         return this._showIdentity;\r
 787     } //-- boolean getShowIdentity() \r
 788 \r
 789     /**\r
 790      * Returns the value of field 'showQuality'.\r
 791      * \r
 792      * @return boolean\r
 793      * @return the value of field 'showQuality'.\r
 794      */\r
 795     public boolean getShowQuality()\r
 796     {\r
 797         return this._showQuality;\r
 798     } //-- boolean getShowQuality() \r
 799 \r
 800     /**\r
 801      * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
 802      * \r
 803      * @return boolean\r
 804      * @return the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
 805      */\r
 806     public boolean getShowSequenceFeatures()\r
 807     {\r
 808         return this._showSequenceFeatures;\r
 809     } //-- boolean getShowSequenceFeatures() \r
 810 \r
 811     /**\r
 812      * Returns the value of field 'showText'.\r
 813      * \r
 814      * @return boolean\r
 815      * @return the value of field 'showText'.\r
 816      */\r
 817     public boolean getShowText()\r
 818     {\r
 819         return this._showText;\r
 820     } //-- boolean getShowText() \r
 821 \r
 822     /**\r
 823      * Returns the value of field 'startRes'.\r
 824      * \r
 825      * @return int\r
 826      * @return the value of field 'startRes'.\r
 827      */\r
 828     public int getStartRes()\r
 829     {\r
 830         return this._startRes;\r
 831     } //-- int getStartRes() \r
 832 \r
 833     /**\r
 834      * Returns the value of field 'startSeq'.\r
 835      * \r
 836      * @return int\r
 837      * @return the value of field 'startSeq'.\r
 838      */\r
 839     public int getStartSeq()\r
 840     {\r
 841         return this._startSeq;\r
 842     } //-- int getStartSeq() \r
 843 \r
 844     /**\r
 845      * Returns the value of field 'title'.\r
 846      * \r
 847      * @return String\r
 848      * @return the value of field 'title'.\r
 849      */\r
 850     public java.lang.String getTitle()\r
 851     {\r
 852         return this._title;\r
 853     } //-- java.lang.String getTitle() \r
 854 \r
 855     /**\r
 856      * Returns the value of field 'width'.\r
 857      * \r
 858      * @return int\r
 859      * @return the value of field 'width'.\r
 860      */\r
 861     public int getWidth()\r
 862     {\r
 863         return this._width;\r
 864     } //-- int getWidth() \r
 865 \r
 866     /**\r
 867      * Returns the value of field 'wrapAlignment'.\r
 868      * \r
 869      * @return boolean\r
 870      * @return the value of field 'wrapAlignment'.\r
 871      */\r
 872     public boolean getWrapAlignment()\r
 873     {\r
 874         return this._wrapAlignment;\r
 875     } //-- boolean getWrapAlignment() \r
 876 \r
 877     /**\r
 878      * Returns the value of field 'xpos'.\r
 879      * \r
 880      * @return int\r
 881      * @return the value of field 'xpos'.\r
 882      */\r
 883     public int getXpos()\r
 884     {\r
 885         return this._xpos;\r
 886     } //-- int getXpos() \r
 887 \r
 888     /**\r
 889      * Returns the value of field 'ypos'.\r
 890      * \r
 891      * @return int\r
 892      * @return the value of field 'ypos'.\r
 893      */\r
 894     public int getYpos()\r
 895     {\r
 896         return this._ypos;\r
 897     } //-- int getYpos() \r
 898 \r
 899     /**\r
 900      * Method hasConsThreshold\r
 901      * \r
 902      * \r
 903      * \r
 904      * @return boolean\r
 905      */\r
 906     public boolean hasConsThreshold()\r
 907     {\r
 908         return this._has_consThreshold;\r
 909     } //-- boolean hasConsThreshold() \r
 910 \r
 911     /**\r
 912      * Method hasConservationSelected\r
 913      * \r
 914      * \r
 915      * \r
 916      * @return boolean\r
 917      */\r
 918     public boolean hasConservationSelected()\r
 919     {\r
 920         return this._has_conservationSelected;\r
 921     } //-- boolean hasConservationSelected() \r
 922 \r
 923     /**\r
 924      * Method hasFontSize\r
 925      * \r
 926      * \r
 927      * \r
 928      * @return boolean\r
 929      */\r
 930     public boolean hasFontSize()\r
 931     {\r
 932         return this._has_fontSize;\r
 933     } //-- boolean hasFontSize() \r
 934 \r
 935     /**\r
 936      * Method hasFontStyle\r
 937      * \r
 938      * \r
 939      * \r
 940      * @return boolean\r
 941      */\r
 942     public boolean hasFontStyle()\r
 943     {\r
 944         return this._has_fontStyle;\r
 945     } //-- boolean hasFontStyle() \r
 946 \r
 947     /**\r
 948      * Method hasHeight\r
 949      * \r
 950      * \r
 951      * \r
 952      * @return boolean\r
 953      */\r
 954     public boolean hasHeight()\r
 955     {\r
 956         return this._has_height;\r
 957     } //-- boolean hasHeight() \r
 958 \r
 959     /**\r
 960      * Method hasPidSelected\r
 961      * \r
 962      * \r
 963      * \r
 964      * @return boolean\r
 965      */\r
 966     public boolean hasPidSelected()\r
 967     {\r
 968         return this._has_pidSelected;\r
 969     } //-- boolean hasPidSelected() \r
 970 \r
 971     /**\r
 972      * Method hasPidThreshold\r
 973      * \r
 974      * \r
 975      * \r
 976      * @return boolean\r
 977      */\r
 978     public boolean hasPidThreshold()\r
 979     {\r
 980         return this._has_pidThreshold;\r
 981     } //-- boolean hasPidThreshold() \r
 982 \r
 983     /**\r
 984      * Method hasRenderGaps\r
 985      * \r
 986      * \r
 987      * \r
 988      * @return boolean\r
 989      */\r
 990     public boolean hasRenderGaps()\r
 991     {\r
 992         return this._has_renderGaps;\r
 993     } //-- boolean hasRenderGaps() \r
 994 \r
 995     /**\r
 996      * Method hasShowAnnotation\r
 997      * \r
 998      * \r
 999      * \r
1000      * @return boolean\r
1001      */\r
1002     public boolean hasShowAnnotation()\r
1003     {\r
1004         return this._has_showAnnotation;\r
1005     } //-- boolean hasShowAnnotation() \r
1006 \r
1007     /**\r
1008      * Method hasShowBoxes\r
1009      * \r
1010      * \r
1011      * \r
1012      * @return boolean\r
1013      */\r
1014     public boolean hasShowBoxes()\r
1015     {\r
1016         return this._has_showBoxes;\r
1017     } //-- boolean hasShowBoxes() \r
1018 \r
1019     /**\r
1020      * Method hasShowColourText\r
1021      * \r
1022      * \r
1023      * \r
1024      * @return boolean\r
1025      */\r
1026     public boolean hasShowColourText()\r
1027     {\r
1028         return this._has_showColourText;\r
1029     } //-- boolean hasShowColourText() \r
1030 \r
1031     /**\r
1032      * Method hasShowConservation\r
1033      * \r
1034      * \r
1035      * \r
1036      * @return boolean\r
1037      */\r
1038     public boolean hasShowConservation()\r
1039     {\r
1040         return this._has_showConservation;\r
1041     } //-- boolean hasShowConservation() \r
1042 \r
1043     /**\r
1044      * Method hasShowFullId\r
1045      * \r
1046      * \r
1047      * \r
1048      * @return boolean\r
1049      */\r
1050     public boolean hasShowFullId()\r
1051     {\r
1052         return this._has_showFullId;\r
1053     } //-- boolean hasShowFullId() \r
1054 \r
1055     /**\r
1056      * Method hasShowIdentity\r
1057      * \r
1058      * \r
1059      * \r
1060      * @return boolean\r
1061      */\r
1062     public boolean hasShowIdentity()\r
1063     {\r
1064         return this._has_showIdentity;\r
1065     } //-- boolean hasShowIdentity() \r
1066 \r
1067     /**\r
1068      * Method hasShowQuality\r
1069      * \r
1070      * \r
1071      * \r
1072      * @return boolean\r
1073      */\r
1074     public boolean hasShowQuality()\r
1075     {\r
1076         return this._has_showQuality;\r
1077     } //-- boolean hasShowQuality() \r
1078 \r
1079     /**\r
1080      * Method hasShowSequenceFeatures\r
1081      * \r
1082      * \r
1083      * \r
1084      * @return boolean\r
1085      */\r
1086     public boolean hasShowSequenceFeatures()\r
1087     {\r
1088         return this._has_showSequenceFeatures;\r
1089     } //-- boolean hasShowSequenceFeatures() \r
1090 \r
1091     /**\r
1092      * Method hasShowText\r
1093      * \r
1094      * \r
1095      * \r
1096      * @return boolean\r
1097      */\r
1098     public boolean hasShowText()\r
1099     {\r
1100         return this._has_showText;\r
1101     } //-- boolean hasShowText() \r
1102 \r
1103     /**\r
1104      * Method hasStartRes\r
1105      * \r
1106      * \r
1107      * \r
1108      * @return boolean\r
1109      */\r
1110     public boolean hasStartRes()\r
1111     {\r
1112         return this._has_startRes;\r
1113     } //-- boolean hasStartRes() \r
1114 \r
1115     /**\r
1116      * Method hasStartSeq\r
1117      * \r
1118      * \r
1119      * \r
1120      * @return boolean\r
1121      */\r
1122     public boolean hasStartSeq()\r
1123     {\r
1124         return this._has_startSeq;\r
1125     } //-- boolean hasStartSeq() \r
1126 \r
1127     /**\r
1128      * Method hasWidth\r
1129      * \r
1130      * \r
1131      * \r
1132      * @return boolean\r
1133      */\r
1134     public boolean hasWidth()\r
1135     {\r
1136         return this._has_width;\r
1137     } //-- boolean hasWidth() \r
1138 \r
1139     /**\r
1140      * Method hasWrapAlignment\r
1141      * \r
1142      * \r
1143      * \r
1144      * @return boolean\r
1145      */\r
1146     public boolean hasWrapAlignment()\r
1147     {\r
1148         return this._has_wrapAlignment;\r
1149     } //-- boolean hasWrapAlignment() \r
1150 \r
1151     /**\r
1152      * Method hasXpos\r
1153      * \r
1154      * \r
1155      * \r
1156      * @return boolean\r
1157      */\r
1158     public boolean hasXpos()\r
1159     {\r
1160         return this._has_xpos;\r
1161     } //-- boolean hasXpos() \r
1162 \r
1163     /**\r
1164      * Method hasYpos\r
1165      * \r
1166      * \r
1167      * \r
1168      * @return boolean\r
1169      */\r
1170     public boolean hasYpos()\r
1171     {\r
1172         return this._has_ypos;\r
1173     } //-- boolean hasYpos() \r
1174 \r
1175     /**\r
1176      * Method isValid\r
1177      * \r
1178      * \r
1179      * \r
1180      * @return boolean\r
1181      */\r
1182     public boolean isValid()\r
1183     {\r
1184         try {\r
1185             validate();\r
1186         }\r
1187         catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
1188             return false;\r
1189         }\r
1190         return true;\r
1191     } //-- boolean isValid() \r
1192 \r
1193     /**\r
1194      * Method marshal\r
1195      * \r
1196      * \r
1197      * \r
1198      * @param out\r
1199      */\r
1200     public void marshal(java.io.Writer out)\r
1201         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1202     {\r
1203         \r
1204         Marshaller.marshal(this, out);\r
1205     } //-- void marshal(java.io.Writer) \r
1206 \r
1207     /**\r
1208      * Method marshal\r
1209      * \r
1210      * \r
1211      * \r
1212      * @param handler\r
1213      */\r
1214     public void marshal(org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
1215         throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1216     {\r
1217         \r
1218         Marshaller.marshal(this, handler);\r
1219     } //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler) \r
1220 \r
1221     /**\r
1222      * Method removeAllHiddenColumns\r
1223      * \r
1224      */\r
1225     public void removeAllHiddenColumns()\r
1226     {\r
1227         _hiddenColumnsList.removeAllElements();\r
1228     } //-- void removeAllHiddenColumns() \r
1229 \r
1230     /**\r
1231      * Method removeHiddenColumns\r
1232      * \r
1233      * \r
1234      * \r
1235      * @param index\r
1236      * @return HiddenColumns\r
1237      */\r
1238     public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns removeHiddenColumns(int index)\r
1239     {\r
1240         java.lang.Object obj = _hiddenColumnsList.elementAt(index);\r
1241         _hiddenColumnsList.removeElementAt(index);\r
1242         return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) obj;\r
1243     } //-- jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns removeHiddenColumns(int) \r
1244 \r
1245     /**\r
1246      * Sets the value of field 'annotationColours'.\r
1247      * \r
1248      * @param annotationColours the value of field\r
1249      * 'annotationColours'.\r
1250      */\r
1251     public void setAnnotationColours(jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours annotationColours)\r
1252     {\r
1253         this._annotationColours = annotationColours;\r
1254     } //-- void setAnnotationColours(jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours) \r
1255 \r
1256     /**\r
1257      * Sets the value of field 'bgColour'.\r
1258      * \r
1259      * @param bgColour the value of field 'bgColour'.\r
1260      */\r
1261     public void setBgColour(java.lang.String bgColour)\r
1262     {\r
1263         this._bgColour = bgColour;\r
1264     } //-- void setBgColour(java.lang.String) \r
1265 \r
1266     /**\r
1267      * Sets the value of field 'consThreshold'.\r
1268      * \r
1269      * @param consThreshold the value of field 'consThreshold'.\r
1270      */\r
1271     public void setConsThreshold(int consThreshold)\r
1272     {\r
1273         this._consThreshold = consThreshold;\r
1274         this._has_consThreshold = true;\r
1275     } //-- void setConsThreshold(int) \r
1276 \r
1277     /**\r
1278      * Sets the value of field 'conservationSelected'.\r
1279      * \r
1280      * @param conservationSelected the value of field\r
1281      * 'conservationSelected'.\r
1282      */\r
1283     public void setConservationSelected(boolean conservationSelected)\r
1284     {\r
1285         this._conservationSelected = conservationSelected;\r
1286         this._has_conservationSelected = true;\r
1287     } //-- void setConservationSelected(boolean) \r
1288 \r
1289     /**\r
1290      * Sets the value of field 'fontName'.\r
1291      * \r
1292      * @param fontName the value of field 'fontName'.\r
1293      */\r
1294     public void setFontName(java.lang.String fontName)\r
1295     {\r
1296         this._fontName = fontName;\r
1297     } //-- void setFontName(java.lang.String) \r
1298 \r
1299     /**\r
1300      * Sets the value of field 'fontSize'.\r
1301      * \r
1302      * @param fontSize the value of field 'fontSize'.\r
1303      */\r
1304     public void setFontSize(int fontSize)\r
1305     {\r
1306         this._fontSize = fontSize;\r
1307         this._has_fontSize = true;\r
1308     } //-- void setFontSize(int) \r
1309 \r
1310     /**\r
1311      * Sets the value of field 'fontStyle'.\r
1312      * \r
1313      * @param fontStyle the value of field 'fontStyle'.\r
1314      */\r
1315     public void setFontStyle(int fontStyle)\r
1316     {\r
1317         this._fontStyle = fontStyle;\r
1318         this._has_fontStyle = true;\r
1319     } //-- void setFontStyle(int) \r
1320 \r
1321     /**\r
1322      * Sets the value of field 'height'.\r
1323      * \r
1324      * @param height the value of field 'height'.\r
1325      */\r
1326     public void setHeight(int height)\r
1327     {\r
1328         this._height = height;\r
1329         this._has_height = true;\r
1330     } //-- void setHeight(int) \r
1331 \r
1332     /**\r
1333      * Method setHiddenColumns\r
1334      * \r
1335      * \r
1336      * \r
1337      * @param index\r
1338      * @param vHiddenColumns\r
1339      */\r
1340     public void setHiddenColumns(int index, jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
1341         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
1342     {\r
1343         //-- check bounds for index\r
1344         if ((index < 0) || (index > _hiddenColumnsList.size())) {\r
1345             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
1346         }\r
1347         _hiddenColumnsList.setElementAt(vHiddenColumns, index);\r
1348     } //-- void setHiddenColumns(int, jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) \r
1349 \r
1350     /**\r
1351      * Method setHiddenColumns\r
1352      * \r
1353      * \r
1354      * \r
1355      * @param hiddenColumnsArray\r
1356      */\r
1357     public void setHiddenColumns(jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] hiddenColumnsArray)\r
1358     {\r
1359         //-- copy array\r
1360         _hiddenColumnsList.removeAllElements();\r
1361         for (int i = 0; i < hiddenColumnsArray.length; i++) {\r
1362             _hiddenColumnsList.addElement(hiddenColumnsArray[i]);\r
1363         }\r
1364     } //-- void setHiddenColumns(jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) \r
1365 \r
1366     /**\r
1367      * Sets the value of field 'pidSelected'.\r
1368      * \r
1369      * @param pidSelected the value of field 'pidSelected'.\r
1370      */\r
1371     public void setPidSelected(boolean pidSelected)\r
1372     {\r
1373         this._pidSelected = pidSelected;\r
1374         this._has_pidSelected = true;\r
1375     } //-- void setPidSelected(boolean) \r
1376 \r
1377     /**\r
1378      * Sets the value of field 'pidThreshold'.\r
1379      * \r
1380      * @param pidThreshold the value of field 'pidThreshold'.\r
1381      */\r
1382     public void setPidThreshold(int pidThreshold)\r
1383     {\r
1384         this._pidThreshold = pidThreshold;\r
1385         this._has_pidThreshold = true;\r
1386     } //-- void setPidThreshold(int) \r
1387 \r
1388     /**\r
1389      * Sets the value of field 'renderGaps'.\r
1390      * \r
1391      * @param renderGaps the value of field 'renderGaps'.\r
1392      */\r
1393     public void setRenderGaps(boolean renderGaps)\r
1394     {\r
1395         this._renderGaps = renderGaps;\r
1396         this._has_renderGaps = true;\r
1397     } //-- void setRenderGaps(boolean) \r
1398 \r
1399     /**\r
1400      * Sets the value of field 'showAnnotation'.\r
1401      * \r
1402      * @param showAnnotation the value of field 'showAnnotation'.\r
1403      */\r
1404     public void setShowAnnotation(boolean showAnnotation)\r
1405     {\r
1406         this._showAnnotation = showAnnotation;\r
1407         this._has_showAnnotation = true;\r
1408     } //-- void setShowAnnotation(boolean) \r
1409 \r
1410     /**\r
1411      * Sets the value of field 'showBoxes'.\r
1412      * \r
1413      * @param showBoxes the value of field 'showBoxes'.\r
1414      */\r
1415     public void setShowBoxes(boolean showBoxes)\r
1416     {\r
1417         this._showBoxes = showBoxes;\r
1418         this._has_showBoxes = true;\r
1419     } //-- void setShowBoxes(boolean) \r
1420 \r
1421     /**\r
1422      * Sets the value of field 'showColourText'.\r
1423      * \r
1424      * @param showColourText the value of field 'showColourText'.\r
1425      */\r
1426     public void setShowColourText(boolean showColourText)\r
1427     {\r
1428         this._showColourText = showColourText;\r
1429         this._has_showColourText = true;\r
1430     } //-- void setShowColourText(boolean) \r
1431 \r
1432     /**\r
1433      * Sets the value of field 'showConservation'.\r
1434      * \r
1435      * @param showConservation the value of field 'showConservation'\r
1436      */\r
1437     public void setShowConservation(boolean showConservation)\r
1438     {\r
1439         this._showConservation = showConservation;\r
1440         this._has_showConservation = true;\r
1441     } //-- void setShowConservation(boolean) \r
1442 \r
1443     /**\r
1444      * Sets the value of field 'showFullId'.\r
1445      * \r
1446      * @param showFullId the value of field 'showFullId'.\r
1447      */\r
1448     public void setShowFullId(boolean showFullId)\r
1449     {\r
1450         this._showFullId = showFullId;\r
1451         this._has_showFullId = true;\r
1452     } //-- void setShowFullId(boolean) \r
1453 \r
1454     /**\r
1455      * Sets the value of field 'showIdentity'.\r
1456      * \r
1457      * @param showIdentity the value of field 'showIdentity'.\r
1458      */\r
1459     public void setShowIdentity(boolean showIdentity)\r
1460     {\r
1461         this._showIdentity = showIdentity;\r
1462         this._has_showIdentity = true;\r
1463     } //-- void setShowIdentity(boolean) \r
1464 \r
1465     /**\r
1466      * Sets the value of field 'showQuality'.\r
1467      * \r
1468      * @param showQuality the value of field 'showQuality'.\r
1469      */\r
1470     public void setShowQuality(boolean showQuality)\r
1471     {\r
1472         this._showQuality = showQuality;\r
1473         this._has_showQuality = true;\r
1474     } //-- void setShowQuality(boolean) \r
1475 \r
1476     /**\r
1477      * Sets the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
1478      * \r
1479      * @param showSequenceFeatures the value of field\r
1480      * 'showSequenceFeatures'.\r
1481      */\r
1482     public void setShowSequenceFeatures(boolean showSequenceFeatures)\r
1483     {\r
1484         this._showSequenceFeatures = showSequenceFeatures;\r
1485         this._has_showSequenceFeatures = true;\r
1486     } //-- void setShowSequenceFeatures(boolean) \r
1487 \r
1488     /**\r
1489      * Sets the value of field 'showText'.\r
1490      * \r
1491      * @param showText the value of field 'showText'.\r
1492      */\r
1493     public void setShowText(boolean showText)\r
1494     {\r
1495         this._showText = showText;\r
1496         this._has_showText = true;\r
1497     } //-- void setShowText(boolean) \r
1498 \r
1499     /**\r
1500      * Sets the value of field 'startRes'.\r
1501      * \r
1502      * @param startRes the value of field 'startRes'.\r
1503      */\r
1504     public void setStartRes(int startRes)\r
1505     {\r
1506         this._startRes = startRes;\r
1507         this._has_startRes = true;\r
1508     } //-- void setStartRes(int) \r
1509 \r
1510     /**\r
1511      * Sets the value of field 'startSeq'.\r
1512      * \r
1513      * @param startSeq the value of field 'startSeq'.\r
1514      */\r
1515     public void setStartSeq(int startSeq)\r
1516     {\r
1517         this._startSeq = startSeq;\r
1518         this._has_startSeq = true;\r
1519     } //-- void setStartSeq(int) \r
1520 \r
1521     /**\r
1522      * Sets the value of field 'title'.\r
1523      * \r
1524      * @param title the value of field 'title'.\r
1525      */\r
1526     public void setTitle(java.lang.String title)\r
1527     {\r
1528         this._title = title;\r
1529     } //-- void setTitle(java.lang.String) \r
1530 \r
1531     /**\r
1532      * Sets the value of field 'width'.\r
1533      * \r
1534      * @param width the value of field 'width'.\r
1535      */\r
1536     public void setWidth(int width)\r
1537     {\r
1538         this._width = width;\r
1539         this._has_width = true;\r
1540     } //-- void setWidth(int) \r
1541 \r
1542     /**\r
1543      * Sets the value of field 'wrapAlignment'.\r
1544      * \r
1545      * @param wrapAlignment the value of field 'wrapAlignment'.\r
1546      */\r
1547     public void setWrapAlignment(boolean wrapAlignment)\r
1548     {\r
1549         this._wrapAlignment = wrapAlignment;\r
1550         this._has_wrapAlignment = true;\r
1551     } //-- void setWrapAlignment(boolean) \r
1552 \r
1553     /**\r
1554      * Sets the value of field 'xpos'.\r
1555      * \r
1556      * @param xpos the value of field 'xpos'.\r
1557      */\r
1558     public void setXpos(int xpos)\r
1559     {\r
1560         this._xpos = xpos;\r
1561         this._has_xpos = true;\r
1562     } //-- void setXpos(int) \r
1563 \r
1564     /**\r
1565      * Sets the value of field 'ypos'.\r
1566      * \r
1567      * @param ypos the value of field 'ypos'.\r
1568      */\r
1569     public void setYpos(int ypos)\r
1570     {\r
1571         this._ypos = ypos;\r
1572         this._has_ypos = true;\r
1573     } //-- void setYpos(int) \r
1574 \r
1575     /**\r
1576      * Method unmarshal\r
1577      * \r
1578      * \r
1579      * \r
1580      * @param reader\r
1581      * @return Object\r
1582      */\r
1583     public static java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader reader)\r
1584         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1585     {\r
1586         return (jalview.schemabinding.version2.Viewport) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Viewport.class, reader);\r
1587     } //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader) \r
1588 \r
1589     /**\r
1590      * Method validate\r
1591      * \r
1592      */\r
1593     public void validate()\r
1594         throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1595     {\r
1596         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
1597         validator.validate(this);\r
1598     } //-- void validate() \r
1599 \r
1600 }\r