src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)\r
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  * \r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  * \r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.schemabinding.version2;\r
  20 \r
  21 // ---------------------------------/\r
  22 // - Imported classes and packages -/\r
  23 // ---------------------------------/\r
  24 \r
  25 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  26 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  27 \r
  28 /**\r
  29  * Class Viewport.\r
  30  * \r
  31  * @version $Revision$ $Date$\r
  32  */\r
  33 public class Viewport implements java.io.Serializable\r
  34 {\r
  35 \r
  36   // --------------------------/\r
  37   // - Class/Member Variables -/\r
  38   // --------------------------/\r
  39 \r
  40   /**\r
  41    * Field _conservationSelected.\r
  42    */\r
  43   private boolean _conservationSelected;\r
  44 \r
  45   /**\r
  46    * keeps track of state for field: _conservationSelected\r
  47    */\r
  48   private boolean _has_conservationSelected;\r
  49 \r
  50   /**\r
  51    * Field _pidSelected.\r
  52    */\r
  53   private boolean _pidSelected;\r
  54 \r
  55   /**\r
  56    * keeps track of state for field: _pidSelected\r
  57    */\r
  58   private boolean _has_pidSelected;\r
  59 \r
  60   /**\r
  61    * Field _bgColour.\r
  62    */\r
  63   private java.lang.String _bgColour;\r
  64 \r
  65   /**\r
  66    * Field _consThreshold.\r
  67    */\r
  68   private int _consThreshold;\r
  69 \r
  70   /**\r
  71    * keeps track of state for field: _consThreshold\r
  72    */\r
  73   private boolean _has_consThreshold;\r
  74 \r
  75   /**\r
  76    * Field _pidThreshold.\r
  77    */\r
  78   private int _pidThreshold;\r
  79 \r
  80   /**\r
  81    * keeps track of state for field: _pidThreshold\r
  82    */\r
  83   private boolean _has_pidThreshold;\r
  84 \r
  85   /**\r
  86    * Field _title.\r
  87    */\r
  88   private java.lang.String _title;\r
  89 \r
  90   /**\r
  91    * Field _showFullId.\r
  92    */\r
  93   private boolean _showFullId;\r
  94 \r
  95   /**\r
  96    * keeps track of state for field: _showFullId\r
  97    */\r
  98   private boolean _has_showFullId;\r
  99 \r
 100   /**\r
 101    * Field _rightAlignIds.\r
 102    */\r
 103   private boolean _rightAlignIds;\r
 104 \r
 105   /**\r
 106    * keeps track of state for field: _rightAlignIds\r
 107    */\r
 108   private boolean _has_rightAlignIds;\r
 109 \r
 110   /**\r
 111    * Field _showText.\r
 112    */\r
 113   private boolean _showText;\r
 114 \r
 115   /**\r
 116    * keeps track of state for field: _showText\r
 117    */\r
 118   private boolean _has_showText;\r
 119 \r
 120   /**\r
 121    * Field _showColourText.\r
 122    */\r
 123   private boolean _showColourText;\r
 124 \r
 125   /**\r
 126    * keeps track of state for field: _showColourText\r
 127    */\r
 128   private boolean _has_showColourText;\r
 129 \r
 130   /**\r
 131    * Field _showBoxes.\r
 132    */\r
 133   private boolean _showBoxes;\r
 134 \r
 135   /**\r
 136    * keeps track of state for field: _showBoxes\r
 137    */\r
 138   private boolean _has_showBoxes;\r
 139 \r
 140   /**\r
 141    * Field _wrapAlignment.\r
 142    */\r
 143   private boolean _wrapAlignment;\r
 144 \r
 145   /**\r
 146    * keeps track of state for field: _wrapAlignment\r
 147    */\r
 148   private boolean _has_wrapAlignment;\r
 149 \r
 150   /**\r
 151    * Field _renderGaps.\r
 152    */\r
 153   private boolean _renderGaps;\r
 154 \r
 155   /**\r
 156    * keeps track of state for field: _renderGaps\r
 157    */\r
 158   private boolean _has_renderGaps;\r
 159 \r
 160   /**\r
 161    * Field _showSequenceFeatures.\r
 162    */\r
 163   private boolean _showSequenceFeatures;\r
 164 \r
 165   /**\r
 166    * keeps track of state for field: _showSequenceFeatures\r
 167    */\r
 168   private boolean _has_showSequenceFeatures;\r
 169 \r
 170   /**\r
 171    * Field _showAnnotation.\r
 172    */\r
 173   private boolean _showAnnotation;\r
 174 \r
 175   /**\r
 176    * keeps track of state for field: _showAnnotation\r
 177    */\r
 178   private boolean _has_showAnnotation;\r
 179 \r
 180   /**\r
 181    * Field _xpos.\r
 182    */\r
 183   private int _xpos;\r
 184 \r
 185   /**\r
 186    * keeps track of state for field: _xpos\r
 187    */\r
 188   private boolean _has_xpos;\r
 189 \r
 190   /**\r
 191    * Field _ypos.\r
 192    */\r
 193   private int _ypos;\r
 194 \r
 195   /**\r
 196    * keeps track of state for field: _ypos\r
 197    */\r
 198   private boolean _has_ypos;\r
 199 \r
 200   /**\r
 201    * Field _width.\r
 202    */\r
 203   private int _width;\r
 204 \r
 205   /**\r
 206    * keeps track of state for field: _width\r
 207    */\r
 208   private boolean _has_width;\r
 209 \r
 210   /**\r
 211    * Field _height.\r
 212    */\r
 213   private int _height;\r
 214 \r
 215   /**\r
 216    * keeps track of state for field: _height\r
 217    */\r
 218   private boolean _has_height;\r
 219 \r
 220   /**\r
 221    * Field _startRes.\r
 222    */\r
 223   private int _startRes;\r
 224 \r
 225   /**\r
 226    * keeps track of state for field: _startRes\r
 227    */\r
 228   private boolean _has_startRes;\r
 229 \r
 230   /**\r
 231    * Field _startSeq.\r
 232    */\r
 233   private int _startSeq;\r
 234 \r
 235   /**\r
 236    * keeps track of state for field: _startSeq\r
 237    */\r
 238   private boolean _has_startSeq;\r
 239 \r
 240   /**\r
 241    * Field _fontName.\r
 242    */\r
 243   private java.lang.String _fontName;\r
 244 \r
 245   /**\r
 246    * Field _fontSize.\r
 247    */\r
 248   private int _fontSize;\r
 249 \r
 250   /**\r
 251    * keeps track of state for field: _fontSize\r
 252    */\r
 253   private boolean _has_fontSize;\r
 254 \r
 255   /**\r
 256    * Field _fontStyle.\r
 257    */\r
 258   private int _fontStyle;\r
 259 \r
 260   /**\r
 261    * keeps track of state for field: _fontStyle\r
 262    */\r
 263   private boolean _has_fontStyle;\r
 264 \r
 265   /**\r
 266    * Field _viewName.\r
 267    */\r
 268   private java.lang.String _viewName;\r
 269 \r
 270   /**\r
 271    * Field _sequenceSetId.\r
 272    */\r
 273   private java.lang.String _sequenceSetId;\r
 274 \r
 275   /**\r
 276    * Field _gatheredViews.\r
 277    */\r
 278   private boolean _gatheredViews;\r
 279 \r
 280   /**\r
 281    * keeps track of state for field: _gatheredViews\r
 282    */\r
 283   private boolean _has_gatheredViews;\r
 284 \r
 285   /**\r
 286    * Field _textCol1.\r
 287    */\r
 288   private int _textCol1;\r
 289 \r
 290   /**\r
 291    * keeps track of state for field: _textCol1\r
 292    */\r
 293   private boolean _has_textCol1;\r
 294 \r
 295   /**\r
 296    * Field _textCol2.\r
 297    */\r
 298   private int _textCol2;\r
 299 \r
 300   /**\r
 301    * keeps track of state for field: _textCol2\r
 302    */\r
 303   private boolean _has_textCol2;\r
 304 \r
 305   /**\r
 306    * Field _textColThreshold.\r
 307    */\r
 308   private int _textColThreshold;\r
 309 \r
 310   /**\r
 311    * keeps track of state for field: _textColThreshold\r
 312    */\r
 313   private boolean _has_textColThreshold;\r
 314 \r
 315   /**\r
 316    * Field _annotationColours.\r
 317    */\r
 318   private jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours _annotationColours;\r
 319 \r
 320   /**\r
 321    * Field _hiddenColumnsList.\r
 322    */\r
 323   private java.util.Vector _hiddenColumnsList;\r
 324 \r
 325   // ----------------/\r
 326   // - Constructors -/\r
 327   // ----------------/\r
 328 \r
 329   public Viewport()\r
 330   {\r
 331     super();\r
 332     this._hiddenColumnsList = new java.util.Vector();\r
 333   }\r
 334 \r
 335   // -----------/\r
 336   // - Methods -/\r
 337   // -----------/\r
 338 \r
 339   /**\r
 340    * \r
 341    * \r
 342    * @param vHiddenColumns\r
 343    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 344    *                 if the index given is outside the bounds of the collection\r
 345    */\r
 346   public void addHiddenColumns(\r
 347           final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
 348           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 349   {\r
 350     this._hiddenColumnsList.addElement(vHiddenColumns);\r
 351   }\r
 352 \r
 353   /**\r
 354    * \r
 355    * \r
 356    * @param index\r
 357    * @param vHiddenColumns\r
 358    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 359    *                 if the index given is outside the bounds of the collection\r
 360    */\r
 361   public void addHiddenColumns(final int index,\r
 362           final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
 363           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 364   {\r
 365     this._hiddenColumnsList.add(index, vHiddenColumns);\r
 366   }\r
 367 \r
 368   /**\r
 369    */\r
 370   public void deleteConsThreshold()\r
 371   {\r
 372     this._has_consThreshold = false;\r
 373   }\r
 374 \r
 375   /**\r
 376    */\r
 377   public void deleteConservationSelected()\r
 378   {\r
 379     this._has_conservationSelected = false;\r
 380   }\r
 381 \r
 382   /**\r
 383    */\r
 384   public void deleteFontSize()\r
 385   {\r
 386     this._has_fontSize = false;\r
 387   }\r
 388 \r
 389   /**\r
 390    */\r
 391   public void deleteFontStyle()\r
 392   {\r
 393     this._has_fontStyle = false;\r
 394   }\r
 395 \r
 396   /**\r
 397    */\r
 398   public void deleteGatheredViews()\r
 399   {\r
 400     this._has_gatheredViews = false;\r
 401   }\r
 402 \r
 403   /**\r
 404    */\r
 405   public void deleteHeight()\r
 406   {\r
 407     this._has_height = false;\r
 408   }\r
 409 \r
 410   /**\r
 411    */\r
 412   public void deletePidSelected()\r
 413   {\r
 414     this._has_pidSelected = false;\r
 415   }\r
 416 \r
 417   /**\r
 418    */\r
 419   public void deletePidThreshold()\r
 420   {\r
 421     this._has_pidThreshold = false;\r
 422   }\r
 423 \r
 424   /**\r
 425    */\r
 426   public void deleteRenderGaps()\r
 427   {\r
 428     this._has_renderGaps = false;\r
 429   }\r
 430 \r
 431   /**\r
 432    */\r
 433   public void deleteRightAlignIds()\r
 434   {\r
 435     this._has_rightAlignIds = false;\r
 436   }\r
 437 \r
 438   /**\r
 439    */\r
 440   public void deleteShowAnnotation()\r
 441   {\r
 442     this._has_showAnnotation = false;\r
 443   }\r
 444 \r
 445   /**\r
 446    */\r
 447   public void deleteShowBoxes()\r
 448   {\r
 449     this._has_showBoxes = false;\r
 450   }\r
 451 \r
 452   /**\r
 453    */\r
 454   public void deleteShowColourText()\r
 455   {\r
 456     this._has_showColourText = false;\r
 457   }\r
 458 \r
 459   /**\r
 460    */\r
 461   public void deleteShowFullId()\r
 462   {\r
 463     this._has_showFullId = false;\r
 464   }\r
 465 \r
 466   /**\r
 467    */\r
 468   public void deleteShowSequenceFeatures()\r
 469   {\r
 470     this._has_showSequenceFeatures = false;\r
 471   }\r
 472 \r
 473   /**\r
 474    */\r
 475   public void deleteShowText()\r
 476   {\r
 477     this._has_showText = false;\r
 478   }\r
 479 \r
 480   /**\r
 481    */\r
 482   public void deleteStartRes()\r
 483   {\r
 484     this._has_startRes = false;\r
 485   }\r
 486 \r
 487   /**\r
 488    */\r
 489   public void deleteStartSeq()\r
 490   {\r
 491     this._has_startSeq = false;\r
 492   }\r
 493 \r
 494   /**\r
 495    */\r
 496   public void deleteTextCol1()\r
 497   {\r
 498     this._has_textCol1 = false;\r
 499   }\r
 500 \r
 501   /**\r
 502    */\r
 503   public void deleteTextCol2()\r
 504   {\r
 505     this._has_textCol2 = false;\r
 506   }\r
 507 \r
 508   /**\r
 509    */\r
 510   public void deleteTextColThreshold()\r
 511   {\r
 512     this._has_textColThreshold = false;\r
 513   }\r
 514 \r
 515   /**\r
 516    */\r
 517   public void deleteWidth()\r
 518   {\r
 519     this._has_width = false;\r
 520   }\r
 521 \r
 522   /**\r
 523    */\r
 524   public void deleteWrapAlignment()\r
 525   {\r
 526     this._has_wrapAlignment = false;\r
 527   }\r
 528 \r
 529   /**\r
 530    */\r
 531   public void deleteXpos()\r
 532   {\r
 533     this._has_xpos = false;\r
 534   }\r
 535 \r
 536   /**\r
 537    */\r
 538   public void deleteYpos()\r
 539   {\r
 540     this._has_ypos = false;\r
 541   }\r
 542 \r
 543   /**\r
 544    * Method enumerateHiddenColumns.\r
 545    * \r
 546    * @return an Enumeration over all\r
 547    *         jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns elements\r
 548    */\r
 549   public java.util.Enumeration enumerateHiddenColumns()\r
 550   {\r
 551     return this._hiddenColumnsList.elements();\r
 552   }\r
 553 \r
 554   /**\r
 555    * Returns the value of field 'annotationColours'.\r
 556    * \r
 557    * @return the value of field 'AnnotationColours'.\r
 558    */\r
 559   public jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours getAnnotationColours()\r
 560   {\r
 561     return this._annotationColours;\r
 562   }\r
 563 \r
 564   /**\r
 565    * Returns the value of field 'bgColour'.\r
 566    * \r
 567    * @return the value of field 'BgColour'.\r
 568    */\r
 569   public java.lang.String getBgColour()\r
 570   {\r
 571     return this._bgColour;\r
 572   }\r
 573 \r
 574   /**\r
 575    * Returns the value of field 'consThreshold'.\r
 576    * \r
 577    * @return the value of field 'ConsThreshold'.\r
 578    */\r
 579   public int getConsThreshold()\r
 580   {\r
 581     return this._consThreshold;\r
 582   }\r
 583 \r
 584   /**\r
 585    * Returns the value of field 'conservationSelected'.\r
 586    * \r
 587    * @return the value of field 'ConservationSelected'.\r
 588    */\r
 589   public boolean getConservationSelected()\r
 590   {\r
 591     return this._conservationSelected;\r
 592   }\r
 593 \r
 594   /**\r
 595    * Returns the value of field 'fontName'.\r
 596    * \r
 597    * @return the value of field 'FontName'.\r
 598    */\r
 599   public java.lang.String getFontName()\r
 600   {\r
 601     return this._fontName;\r
 602   }\r
 603 \r
 604   /**\r
 605    * Returns the value of field 'fontSize'.\r
 606    * \r
 607    * @return the value of field 'FontSize'.\r
 608    */\r
 609   public int getFontSize()\r
 610   {\r
 611     return this._fontSize;\r
 612   }\r
 613 \r
 614   /**\r
 615    * Returns the value of field 'fontStyle'.\r
 616    * \r
 617    * @return the value of field 'FontStyle'.\r
 618    */\r
 619   public int getFontStyle()\r
 620   {\r
 621     return this._fontStyle;\r
 622   }\r
 623 \r
 624   /**\r
 625    * Returns the value of field 'gatheredViews'.\r
 626    * \r
 627    * @return the value of field 'GatheredViews'.\r
 628    */\r
 629   public boolean getGatheredViews()\r
 630   {\r
 631     return this._gatheredViews;\r
 632   }\r
 633 \r
 634   /**\r
 635    * Returns the value of field 'height'.\r
 636    * \r
 637    * @return the value of field 'Height'.\r
 638    */\r
 639   public int getHeight()\r
 640   {\r
 641     return this._height;\r
 642   }\r
 643 \r
 644   /**\r
 645    * Method getHiddenColumns.\r
 646    * \r
 647    * @param index\r
 648    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 649    *                 if the index given is outside the bounds of the collection\r
 650    * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns at\r
 651    *         the given index\r
 652    */\r
 653   public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns getHiddenColumns(\r
 654           final int index) throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 655   {\r
 656     // check bounds for index\r
 657     if (index < 0 || index >= this._hiddenColumnsList.size())\r
 658     {\r
 659       throw new IndexOutOfBoundsException("getHiddenColumns: Index value '"\r
 660               + index + "' not in range [0.."\r
 661               + (this._hiddenColumnsList.size() - 1) + "]");\r
 662     }\r
 663 \r
 664     return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) _hiddenColumnsList\r
 665             .get(index);\r
 666   }\r
 667 \r
 668   /**\r
 669    * Method getHiddenColumns.Returns the contents of the collection in an Array.\r
 670    * <p>\r
 671    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,\r
 672    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we\r
 673    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.\r
 674    * \r
 675    * @return this collection as an Array\r
 676    */\r
 677   public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] getHiddenColumns()\r
 678   {\r
 679     jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] array = new jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[0];\r
 680     return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[]) this._hiddenColumnsList\r
 681             .toArray(array);\r
 682   }\r
 683 \r
 684   /**\r
 685    * Method getHiddenColumnsCount.\r
 686    * \r
 687    * @return the size of this collection\r
 688    */\r
 689   public int getHiddenColumnsCount()\r
 690   {\r
 691     return this._hiddenColumnsList.size();\r
 692   }\r
 693 \r
 694   /**\r
 695    * Returns the value of field 'pidSelected'.\r
 696    * \r
 697    * @return the value of field 'PidSelected'.\r
 698    */\r
 699   public boolean getPidSelected()\r
 700   {\r
 701     return this._pidSelected;\r
 702   }\r
 703 \r
 704   /**\r
 705    * Returns the value of field 'pidThreshold'.\r
 706    * \r
 707    * @return the value of field 'PidThreshold'.\r
 708    */\r
 709   public int getPidThreshold()\r
 710   {\r
 711     return this._pidThreshold;\r
 712   }\r
 713 \r
 714   /**\r
 715    * Returns the value of field 'renderGaps'.\r
 716    * \r
 717    * @return the value of field 'RenderGaps'.\r
 718    */\r
 719   public boolean getRenderGaps()\r
 720   {\r
 721     return this._renderGaps;\r
 722   }\r
 723 \r
 724   /**\r
 725    * Returns the value of field 'rightAlignIds'.\r
 726    * \r
 727    * @return the value of field 'RightAlignIds'.\r
 728    */\r
 729   public boolean getRightAlignIds()\r
 730   {\r
 731     return this._rightAlignIds;\r
 732   }\r
 733 \r
 734   /**\r
 735    * Returns the value of field 'sequenceSetId'.\r
 736    * \r
 737    * @return the value of field 'SequenceSetId'.\r
 738    */\r
 739   public java.lang.String getSequenceSetId()\r
 740   {\r
 741     return this._sequenceSetId;\r
 742   }\r
 743 \r
 744   /**\r
 745    * Returns the value of field 'showAnnotation'.\r
 746    * \r
 747    * @return the value of field 'ShowAnnotation'.\r
 748    */\r
 749   public boolean getShowAnnotation()\r
 750   {\r
 751     return this._showAnnotation;\r
 752   }\r
 753 \r
 754   /**\r
 755    * Returns the value of field 'showBoxes'.\r
 756    * \r
 757    * @return the value of field 'ShowBoxes'.\r
 758    */\r
 759   public boolean getShowBoxes()\r
 760   {\r
 761     return this._showBoxes;\r
 762   }\r
 763 \r
 764   /**\r
 765    * Returns the value of field 'showColourText'.\r
 766    * \r
 767    * @return the value of field 'ShowColourText'.\r
 768    */\r
 769   public boolean getShowColourText()\r
 770   {\r
 771     return this._showColourText;\r
 772   }\r
 773 \r
 774   /**\r
 775    * Returns the value of field 'showFullId'.\r
 776    * \r
 777    * @return the value of field 'ShowFullId'.\r
 778    */\r
 779   public boolean getShowFullId()\r
 780   {\r
 781     return this._showFullId;\r
 782   }\r
 783 \r
 784   /**\r
 785    * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
 786    * \r
 787    * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.\r
 788    */\r
 789   public boolean getShowSequenceFeatures()\r
 790   {\r
 791     return this._showSequenceFeatures;\r
 792   }\r
 793 \r
 794   /**\r
 795    * Returns the value of field 'showText'.\r
 796    * \r
 797    * @return the value of field 'ShowText'.\r
 798    */\r
 799   public boolean getShowText()\r
 800   {\r
 801     return this._showText;\r
 802   }\r
 803 \r
 804   /**\r
 805    * Returns the value of field 'startRes'.\r
 806    * \r
 807    * @return the value of field 'StartRes'.\r
 808    */\r
 809   public int getStartRes()\r
 810   {\r
 811     return this._startRes;\r
 812   }\r
 813 \r
 814   /**\r
 815    * Returns the value of field 'startSeq'.\r
 816    * \r
 817    * @return the value of field 'StartSeq'.\r
 818    */\r
 819   public int getStartSeq()\r
 820   {\r
 821     return this._startSeq;\r
 822   }\r
 823 \r
 824   /**\r
 825    * Returns the value of field 'textCol1'.\r
 826    * \r
 827    * @return the value of field 'TextCol1'.\r
 828    */\r
 829   public int getTextCol1()\r
 830   {\r
 831     return this._textCol1;\r
 832   }\r
 833 \r
 834   /**\r
 835    * Returns the value of field 'textCol2'.\r
 836    * \r
 837    * @return the value of field 'TextCol2'.\r
 838    */\r
 839   public int getTextCol2()\r
 840   {\r
 841     return this._textCol2;\r
 842   }\r
 843 \r
 844   /**\r
 845    * Returns the value of field 'textColThreshold'.\r
 846    * \r
 847    * @return the value of field 'TextColThreshold'.\r
 848    */\r
 849   public int getTextColThreshold()\r
 850   {\r
 851     return this._textColThreshold;\r
 852   }\r
 853 \r
 854   /**\r
 855    * Returns the value of field 'title'.\r
 856    * \r
 857    * @return the value of field 'Title'.\r
 858    */\r
 859   public java.lang.String getTitle()\r
 860   {\r
 861     return this._title;\r
 862   }\r
 863 \r
 864   /**\r
 865    * Returns the value of field 'viewName'.\r
 866    * \r
 867    * @return the value of field 'ViewName'.\r
 868    */\r
 869   public java.lang.String getViewName()\r
 870   {\r
 871     return this._viewName;\r
 872   }\r
 873 \r
 874   /**\r
 875    * Returns the value of field 'width'.\r
 876    * \r
 877    * @return the value of field 'Width'.\r
 878    */\r
 879   public int getWidth()\r
 880   {\r
 881     return this._width;\r
 882   }\r
 883 \r
 884   /**\r
 885    * Returns the value of field 'wrapAlignment'.\r
 886    * \r
 887    * @return the value of field 'WrapAlignment'.\r
 888    */\r
 889   public boolean getWrapAlignment()\r
 890   {\r
 891     return this._wrapAlignment;\r
 892   }\r
 893 \r
 894   /**\r
 895    * Returns the value of field 'xpos'.\r
 896    * \r
 897    * @return the value of field 'Xpos'.\r
 898    */\r
 899   public int getXpos()\r
 900   {\r
 901     return this._xpos;\r
 902   }\r
 903 \r
 904   /**\r
 905    * Returns the value of field 'ypos'.\r
 906    * \r
 907    * @return the value of field 'Ypos'.\r
 908    */\r
 909   public int getYpos()\r
 910   {\r
 911     return this._ypos;\r
 912   }\r
 913 \r
 914   /**\r
 915    * Method hasConsThreshold.\r
 916    * \r
 917    * @return true if at least one ConsThreshold has been added\r
 918    */\r
 919   public boolean hasConsThreshold()\r
 920   {\r
 921     return this._has_consThreshold;\r
 922   }\r
 923 \r
 924   /**\r
 925    * Method hasConservationSelected.\r
 926    * \r
 927    * @return true if at least one ConservationSelected has been added\r
 928    */\r
 929   public boolean hasConservationSelected()\r
 930   {\r
 931     return this._has_conservationSelected;\r
 932   }\r
 933 \r
 934   /**\r
 935    * Method hasFontSize.\r
 936    * \r
 937    * @return true if at least one FontSize has been added\r
 938    */\r
 939   public boolean hasFontSize()\r
 940   {\r
 941     return this._has_fontSize;\r
 942   }\r
 943 \r
 944   /**\r
 945    * Method hasFontStyle.\r
 946    * \r
 947    * @return true if at least one FontStyle has been added\r
 948    */\r
 949   public boolean hasFontStyle()\r
 950   {\r
 951     return this._has_fontStyle;\r
 952   }\r
 953 \r
 954   /**\r
 955    * Method hasGatheredViews.\r
 956    * \r
 957    * @return true if at least one GatheredViews has been added\r
 958    */\r
 959   public boolean hasGatheredViews()\r
 960   {\r
 961     return this._has_gatheredViews;\r
 962   }\r
 963 \r
 964   /**\r
 965    * Method hasHeight.\r
 966    * \r
 967    * @return true if at least one Height has been added\r
 968    */\r
 969   public boolean hasHeight()\r
 970   {\r
 971     return this._has_height;\r
 972   }\r
 973 \r
 974   /**\r
 975    * Method hasPidSelected.\r
 976    * \r
 977    * @return true if at least one PidSelected has been added\r
 978    */\r
 979   public boolean hasPidSelected()\r
 980   {\r
 981     return this._has_pidSelected;\r
 982   }\r
 983 \r
 984   /**\r
 985    * Method hasPidThreshold.\r
 986    * \r
 987    * @return true if at least one PidThreshold has been added\r
 988    */\r
 989   public boolean hasPidThreshold()\r
 990   {\r
 991     return this._has_pidThreshold;\r
 992   }\r
 993 \r
 994   /**\r
 995    * Method hasRenderGaps.\r
 996    * \r
 997    * @return true if at least one RenderGaps has been added\r
 998    */\r
 999   public boolean hasRenderGaps()\r
1000   {\r
1001     return this._has_renderGaps;\r
1002   }\r
1003 \r
1004   /**\r
1005    * Method hasRightAlignIds.\r
1006    * \r
1007    * @return true if at least one RightAlignIds has been added\r
1008    */\r
1009   public boolean hasRightAlignIds()\r
1010   {\r
1011     return this._has_rightAlignIds;\r
1012   }\r
1013 \r
1014   /**\r
1015    * Method hasShowAnnotation.\r
1016    * \r
1017    * @return true if at least one ShowAnnotation has been added\r
1018    */\r
1019   public boolean hasShowAnnotation()\r
1020   {\r
1021     return this._has_showAnnotation;\r
1022   }\r
1023 \r
1024   /**\r
1025    * Method hasShowBoxes.\r
1026    * \r
1027    * @return true if at least one ShowBoxes has been added\r
1028    */\r
1029   public boolean hasShowBoxes()\r
1030   {\r
1031     return this._has_showBoxes;\r
1032   }\r
1033 \r
1034   /**\r
1035    * Method hasShowColourText.\r
1036    * \r
1037    * @return true if at least one ShowColourText has been added\r
1038    */\r
1039   public boolean hasShowColourText()\r
1040   {\r
1041     return this._has_showColourText;\r
1042   }\r
1043 \r
1044   /**\r
1045    * Method hasShowFullId.\r
1046    * \r
1047    * @return true if at least one ShowFullId has been added\r
1048    */\r
1049   public boolean hasShowFullId()\r
1050   {\r
1051     return this._has_showFullId;\r
1052   }\r
1053 \r
1054   /**\r
1055    * Method hasShowSequenceFeatures.\r
1056    * \r
1057    * @return true if at least one ShowSequenceFeatures has been added\r
1058    */\r
1059   public boolean hasShowSequenceFeatures()\r
1060   {\r
1061     return this._has_showSequenceFeatures;\r
1062   }\r
1063 \r
1064   /**\r
1065    * Method hasShowText.\r
1066    * \r
1067    * @return true if at least one ShowText has been added\r
1068    */\r
1069   public boolean hasShowText()\r
1070   {\r
1071     return this._has_showText;\r
1072   }\r
1073 \r
1074   /**\r
1075    * Method hasStartRes.\r
1076    * \r
1077    * @return true if at least one StartRes has been added\r
1078    */\r
1079   public boolean hasStartRes()\r
1080   {\r
1081     return this._has_startRes;\r
1082   }\r
1083 \r
1084   /**\r
1085    * Method hasStartSeq.\r
1086    * \r
1087    * @return true if at least one StartSeq has been added\r
1088    */\r
1089   public boolean hasStartSeq()\r
1090   {\r
1091     return this._has_startSeq;\r
1092   }\r
1093 \r
1094   /**\r
1095    * Method hasTextCol1.\r
1096    * \r
1097    * @return true if at least one TextCol1 has been added\r
1098    */\r
1099   public boolean hasTextCol1()\r
1100   {\r
1101     return this._has_textCol1;\r
1102   }\r
1103 \r
1104   /**\r
1105    * Method hasTextCol2.\r
1106    * \r
1107    * @return true if at least one TextCol2 has been added\r
1108    */\r
1109   public boolean hasTextCol2()\r
1110   {\r
1111     return this._has_textCol2;\r
1112   }\r
1113 \r
1114   /**\r
1115    * Method hasTextColThreshold.\r
1116    * \r
1117    * @return true if at least one TextColThreshold has been added\r
1118    */\r
1119   public boolean hasTextColThreshold()\r
1120   {\r
1121     return this._has_textColThreshold;\r
1122   }\r
1123 \r
1124   /**\r
1125    * Method hasWidth.\r
1126    * \r
1127    * @return true if at least one Width has been added\r
1128    */\r
1129   public boolean hasWidth()\r
1130   {\r
1131     return this._has_width;\r
1132   }\r
1133 \r
1134   /**\r
1135    * Method hasWrapAlignment.\r
1136    * \r
1137    * @return true if at least one WrapAlignment has been added\r
1138    */\r
1139   public boolean hasWrapAlignment()\r
1140   {\r
1141     return this._has_wrapAlignment;\r
1142   }\r
1143 \r
1144   /**\r
1145    * Method hasXpos.\r
1146    * \r
1147    * @return true if at least one Xpos has been added\r
1148    */\r
1149   public boolean hasXpos()\r
1150   {\r
1151     return this._has_xpos;\r
1152   }\r
1153 \r
1154   /**\r
1155    * Method hasYpos.\r
1156    * \r
1157    * @return true if at least one Ypos has been added\r
1158    */\r
1159   public boolean hasYpos()\r
1160   {\r
1161     return this._has_ypos;\r
1162   }\r
1163 \r
1164   /**\r
1165    * Returns the value of field 'conservationSelected'.\r
1166    * \r
1167    * @return the value of field 'ConservationSelected'.\r
1168    */\r
1169   public boolean isConservationSelected()\r
1170   {\r
1171     return this._conservationSelected;\r
1172   }\r
1173 \r
1174   /**\r
1175    * Returns the value of field 'gatheredViews'.\r
1176    * \r
1177    * @return the value of field 'GatheredViews'.\r
1178    */\r
1179   public boolean isGatheredViews()\r
1180   {\r
1181     return this._gatheredViews;\r
1182   }\r
1183 \r
1184   /**\r
1185    * Returns the value of field 'pidSelected'.\r
1186    * \r
1187    * @return the value of field 'PidSelected'.\r
1188    */\r
1189   public boolean isPidSelected()\r
1190   {\r
1191     return this._pidSelected;\r
1192   }\r
1193 \r
1194   /**\r
1195    * Returns the value of field 'renderGaps'.\r
1196    * \r
1197    * @return the value of field 'RenderGaps'.\r
1198    */\r
1199   public boolean isRenderGaps()\r
1200   {\r
1201     return this._renderGaps;\r
1202   }\r
1203 \r
1204   /**\r
1205    * Returns the value of field 'rightAlignIds'.\r
1206    * \r
1207    * @return the value of field 'RightAlignIds'.\r
1208    */\r
1209   public boolean isRightAlignIds()\r
1210   {\r
1211     return this._rightAlignIds;\r
1212   }\r
1213 \r
1214   /**\r
1215    * Returns the value of field 'showAnnotation'.\r
1216    * \r
1217    * @return the value of field 'ShowAnnotation'.\r
1218    */\r
1219   public boolean isShowAnnotation()\r
1220   {\r
1221     return this._showAnnotation;\r
1222   }\r
1223 \r
1224   /**\r
1225    * Returns the value of field 'showBoxes'.\r
1226    * \r
1227    * @return the value of field 'ShowBoxes'.\r
1228    */\r
1229   public boolean isShowBoxes()\r
1230   {\r
1231     return this._showBoxes;\r
1232   }\r
1233 \r
1234   /**\r
1235    * Returns the value of field 'showColourText'.\r
1236    * \r
1237    * @return the value of field 'ShowColourText'.\r
1238    */\r
1239   public boolean isShowColourText()\r
1240   {\r
1241     return this._showColourText;\r
1242   }\r
1243 \r
1244   /**\r
1245    * Returns the value of field 'showFullId'.\r
1246    * \r
1247    * @return the value of field 'ShowFullId'.\r
1248    */\r
1249   public boolean isShowFullId()\r
1250   {\r
1251     return this._showFullId;\r
1252   }\r
1253 \r
1254   /**\r
1255    * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
1256    * \r
1257    * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.\r
1258    */\r
1259   public boolean isShowSequenceFeatures()\r
1260   {\r
1261     return this._showSequenceFeatures;\r
1262   }\r
1263 \r
1264   /**\r
1265    * Returns the value of field 'showText'.\r
1266    * \r
1267    * @return the value of field 'ShowText'.\r
1268    */\r
1269   public boolean isShowText()\r
1270   {\r
1271     return this._showText;\r
1272   }\r
1273 \r
1274   /**\r
1275    * Method isValid.\r
1276    * \r
1277    * @return true if this object is valid according to the schema\r
1278    */\r
1279   public boolean isValid()\r
1280   {\r
1281     try\r
1282     {\r
1283       validate();\r
1284     } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
1285     {\r
1286       return false;\r
1287     }\r
1288     return true;\r
1289   }\r
1290 \r
1291   /**\r
1292    * Returns the value of field 'wrapAlignment'.\r
1293    * \r
1294    * @return the value of field 'WrapAlignment'.\r
1295    */\r
1296   public boolean isWrapAlignment()\r
1297   {\r
1298     return this._wrapAlignment;\r
1299   }\r
1300 \r
1301   /**\r
1302    * \r
1303    * \r
1304    * @param out\r
1305    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
1306    *                 if object is null or if any SAXException is thrown during\r
1307    *                 marshaling\r
1308    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1309    *                 if this object is an invalid instance according to the\r
1310    *                 schema\r
1311    */\r
1312   public void marshal(final java.io.Writer out)\r
1313           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
1314           org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1315   {\r
1316     Marshaller.marshal(this, out);\r
1317   }\r
1318 \r
1319   /**\r
1320    * \r
1321    * \r
1322    * @param handler\r
1323    * @throws java.io.IOException\r
1324    *                 if an IOException occurs during marshaling\r
1325    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1326    *                 if this object is an invalid instance according to the\r
1327    *                 schema\r
1328    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
1329    *                 if object is null or if any SAXException is thrown during\r
1330    *                 marshaling\r
1331    */\r
1332   public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
1333           throws java.io.IOException,\r
1334           org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
1335           org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1336   {\r
1337     Marshaller.marshal(this, handler);\r
1338   }\r
1339 \r
1340   /**\r
1341    */\r
1342   public void removeAllHiddenColumns()\r
1343   {\r
1344     this._hiddenColumnsList.clear();\r
1345   }\r
1346 \r
1347   /**\r
1348    * Method removeHiddenColumns.\r
1349    * \r
1350    * @param vHiddenColumns\r
1351    * @return true if the object was removed from the collection.\r
1352    */\r
1353   public boolean removeHiddenColumns(\r
1354           final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
1355   {\r
1356     boolean removed = _hiddenColumnsList.remove(vHiddenColumns);\r
1357     return removed;\r
1358   }\r
1359 \r
1360   /**\r
1361    * Method removeHiddenColumnsAt.\r
1362    * \r
1363    * @param index\r
1364    * @return the element removed from the collection\r
1365    */\r
1366   public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns removeHiddenColumnsAt(\r
1367           final int index)\r
1368   {\r
1369     java.lang.Object obj = this._hiddenColumnsList.remove(index);\r
1370     return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) obj;\r
1371   }\r
1372 \r
1373   /**\r
1374    * Sets the value of field 'annotationColours'.\r
1375    * \r
1376    * @param annotationColours\r
1377    *                the value of field 'annotationColours'.\r
1378    */\r
1379   public void setAnnotationColours(\r
1380           final jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours annotationColours)\r
1381   {\r
1382     this._annotationColours = annotationColours;\r
1383   }\r
1384 \r
1385   /**\r
1386    * Sets the value of field 'bgColour'.\r
1387    * \r
1388    * @param bgColour\r
1389    *                the value of field 'bgColour'.\r
1390    */\r
1391   public void setBgColour(final java.lang.String bgColour)\r
1392   {\r
1393     this._bgColour = bgColour;\r
1394   }\r
1395 \r
1396   /**\r
1397    * Sets the value of field 'consThreshold'.\r
1398    * \r
1399    * @param consThreshold\r
1400    *                the value of field 'consThreshold'.\r
1401    */\r
1402   public void setConsThreshold(final int consThreshold)\r
1403   {\r
1404     this._consThreshold = consThreshold;\r
1405     this._has_consThreshold = true;\r
1406   }\r
1407 \r
1408   /**\r
1409    * Sets the value of field 'conservationSelected'.\r
1410    * \r
1411    * @param conservationSelected\r
1412    *                the value of field 'conservationSelected'.\r
1413    */\r
1414   public void setConservationSelected(final boolean conservationSelected)\r
1415   {\r
1416     this._conservationSelected = conservationSelected;\r
1417     this._has_conservationSelected = true;\r
1418   }\r
1419 \r
1420   /**\r
1421    * Sets the value of field 'fontName'.\r
1422    * \r
1423    * @param fontName\r
1424    *                the value of field 'fontName'.\r
1425    */\r
1426   public void setFontName(final java.lang.String fontName)\r
1427   {\r
1428     this._fontName = fontName;\r
1429   }\r
1430 \r
1431   /**\r
1432    * Sets the value of field 'fontSize'.\r
1433    * \r
1434    * @param fontSize\r
1435    *                the value of field 'fontSize'.\r
1436    */\r
1437   public void setFontSize(final int fontSize)\r
1438   {\r
1439     this._fontSize = fontSize;\r
1440     this._has_fontSize = true;\r
1441   }\r
1442 \r
1443   /**\r
1444    * Sets the value of field 'fontStyle'.\r
1445    * \r
1446    * @param fontStyle\r
1447    *                the value of field 'fontStyle'.\r
1448    */\r
1449   public void setFontStyle(final int fontStyle)\r
1450   {\r
1451     this._fontStyle = fontStyle;\r
1452     this._has_fontStyle = true;\r
1453   }\r
1454 \r
1455   /**\r
1456    * Sets the value of field 'gatheredViews'.\r
1457    * \r
1458    * @param gatheredViews\r
1459    *                the value of field 'gatheredViews'.\r
1460    */\r
1461   public void setGatheredViews(final boolean gatheredViews)\r
1462   {\r
1463     this._gatheredViews = gatheredViews;\r
1464     this._has_gatheredViews = true;\r
1465   }\r
1466 \r
1467   /**\r
1468    * Sets the value of field 'height'.\r
1469    * \r
1470    * @param height\r
1471    *                the value of field 'height'.\r
1472    */\r
1473   public void setHeight(final int height)\r
1474   {\r
1475     this._height = height;\r
1476     this._has_height = true;\r
1477   }\r
1478 \r
1479   /**\r
1480    * \r
1481    * \r
1482    * @param index\r
1483    * @param vHiddenColumns\r
1484    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
1485    *                 if the index given is outside the bounds of the collection\r
1486    */\r
1487   public void setHiddenColumns(final int index,\r
1488           final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
1489           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
1490   {\r
1491     // check bounds for index\r
1492     if (index < 0 || index >= this._hiddenColumnsList.size())\r
1493     {\r
1494       throw new IndexOutOfBoundsException("setHiddenColumns: Index value '"\r
1495               + index + "' not in range [0.."\r
1496               + (this._hiddenColumnsList.size() - 1) + "]");\r
1497     }\r
1498 \r
1499     this._hiddenColumnsList.set(index, vHiddenColumns);\r
1500   }\r
1501 \r
1502   /**\r
1503    * \r
1504    * \r
1505    * @param vHiddenColumnsArray\r
1506    */\r
1507   public void setHiddenColumns(\r
1508           final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] vHiddenColumnsArray)\r
1509   {\r
1510     // -- copy array\r
1511     _hiddenColumnsList.clear();\r
1512 \r
1513     for (int i = 0; i < vHiddenColumnsArray.length; i++)\r
1514     {\r
1515       this._hiddenColumnsList.add(vHiddenColumnsArray[i]);\r
1516     }\r
1517   }\r
1518 \r
1519   /**\r
1520    * Sets the value of field 'pidSelected'.\r
1521    * \r
1522    * @param pidSelected\r
1523    *                the value of field 'pidSelected'.\r
1524    */\r
1525   public void setPidSelected(final boolean pidSelected)\r
1526   {\r
1527     this._pidSelected = pidSelected;\r
1528     this._has_pidSelected = true;\r
1529   }\r
1530 \r
1531   /**\r
1532    * Sets the value of field 'pidThreshold'.\r
1533    * \r
1534    * @param pidThreshold\r
1535    *                the value of field 'pidThreshold'.\r
1536    */\r
1537   public void setPidThreshold(final int pidThreshold)\r
1538   {\r
1539     this._pidThreshold = pidThreshold;\r
1540     this._has_pidThreshold = true;\r
1541   }\r
1542 \r
1543   /**\r
1544    * Sets the value of field 'renderGaps'.\r
1545    * \r
1546    * @param renderGaps\r
1547    *                the value of field 'renderGaps'.\r
1548    */\r
1549   public void setRenderGaps(final boolean renderGaps)\r
1550   {\r
1551     this._renderGaps = renderGaps;\r
1552     this._has_renderGaps = true;\r
1553   }\r
1554 \r
1555   /**\r
1556    * Sets the value of field 'rightAlignIds'.\r
1557    * \r
1558    * @param rightAlignIds\r
1559    *                the value of field 'rightAlignIds'.\r
1560    */\r
1561   public void setRightAlignIds(final boolean rightAlignIds)\r
1562   {\r
1563     this._rightAlignIds = rightAlignIds;\r
1564     this._has_rightAlignIds = true;\r
1565   }\r
1566 \r
1567   /**\r
1568    * Sets the value of field 'sequenceSetId'.\r
1569    * \r
1570    * @param sequenceSetId\r
1571    *                the value of field 'sequenceSetId'.\r
1572    */\r
1573   public void setSequenceSetId(final java.lang.String sequenceSetId)\r
1574   {\r
1575     this._sequenceSetId = sequenceSetId;\r
1576   }\r
1577 \r
1578   /**\r
1579    * Sets the value of field 'showAnnotation'.\r
1580    * \r
1581    * @param showAnnotation\r
1582    *                the value of field 'showAnnotation'.\r
1583    */\r
1584   public void setShowAnnotation(final boolean showAnnotation)\r
1585   {\r
1586     this._showAnnotation = showAnnotation;\r
1587     this._has_showAnnotation = true;\r
1588   }\r
1589 \r
1590   /**\r
1591    * Sets the value of field 'showBoxes'.\r
1592    * \r
1593    * @param showBoxes\r
1594    *                the value of field 'showBoxes'.\r
1595    */\r
1596   public void setShowBoxes(final boolean showBoxes)\r
1597   {\r
1598     this._showBoxes = showBoxes;\r
1599     this._has_showBoxes = true;\r
1600   }\r
1601 \r
1602   /**\r
1603    * Sets the value of field 'showColourText'.\r
1604    * \r
1605    * @param showColourText\r
1606    *                the value of field 'showColourText'.\r
1607    */\r
1608   public void setShowColourText(final boolean showColourText)\r
1609   {\r
1610     this._showColourText = showColourText;\r
1611     this._has_showColourText = true;\r
1612   }\r
1613 \r
1614   /**\r
1615    * Sets the value of field 'showFullId'.\r
1616    * \r
1617    * @param showFullId\r
1618    *                the value of field 'showFullId'.\r
1619    */\r
1620   public void setShowFullId(final boolean showFullId)\r
1621   {\r
1622     this._showFullId = showFullId;\r
1623     this._has_showFullId = true;\r
1624   }\r
1625 \r
1626   /**\r
1627    * Sets the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
1628    * \r
1629    * @param showSequenceFeatures\r
1630    *                the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
1631    */\r
1632   public void setShowSequenceFeatures(final boolean showSequenceFeatures)\r
1633   {\r
1634     this._showSequenceFeatures = showSequenceFeatures;\r
1635     this._has_showSequenceFeatures = true;\r
1636   }\r
1637 \r
1638   /**\r
1639    * Sets the value of field 'showText'.\r
1640    * \r
1641    * @param showText\r
1642    *                the value of field 'showText'.\r
1643    */\r
1644   public void setShowText(final boolean showText)\r
1645   {\r
1646     this._showText = showText;\r
1647     this._has_showText = true;\r
1648   }\r
1649 \r
1650   /**\r
1651    * Sets the value of field 'startRes'.\r
1652    * \r
1653    * @param startRes\r
1654    *                the value of field 'startRes'.\r
1655    */\r
1656   public void setStartRes(final int startRes)\r
1657   {\r
1658     this._startRes = startRes;\r
1659     this._has_startRes = true;\r
1660   }\r
1661 \r
1662   /**\r
1663    * Sets the value of field 'startSeq'.\r
1664    * \r
1665    * @param startSeq\r
1666    *                the value of field 'startSeq'.\r
1667    */\r
1668   public void setStartSeq(final int startSeq)\r
1669   {\r
1670     this._startSeq = startSeq;\r
1671     this._has_startSeq = true;\r
1672   }\r
1673 \r
1674   /**\r
1675    * Sets the value of field 'textCol1'.\r
1676    * \r
1677    * @param textCol1\r
1678    *                the value of field 'textCol1'.\r
1679    */\r
1680   public void setTextCol1(final int textCol1)\r
1681   {\r
1682     this._textCol1 = textCol1;\r
1683     this._has_textCol1 = true;\r
1684   }\r
1685 \r
1686   /**\r
1687    * Sets the value of field 'textCol2'.\r
1688    * \r
1689    * @param textCol2\r
1690    *                the value of field 'textCol2'.\r
1691    */\r
1692   public void setTextCol2(final int textCol2)\r
1693   {\r
1694     this._textCol2 = textCol2;\r
1695     this._has_textCol2 = true;\r
1696   }\r
1697 \r
1698   /**\r
1699    * Sets the value of field 'textColThreshold'.\r
1700    * \r
1701    * @param textColThreshold\r
1702    *                the value of field 'textColThreshold'\r
1703    */\r
1704   public void setTextColThreshold(final int textColThreshold)\r
1705   {\r
1706     this._textColThreshold = textColThreshold;\r
1707     this._has_textColThreshold = true;\r
1708   }\r
1709 \r
1710   /**\r
1711    * Sets the value of field 'title'.\r
1712    * \r
1713    * @param title\r
1714    *                the value of field 'title'.\r
1715    */\r
1716   public void setTitle(final java.lang.String title)\r
1717   {\r
1718     this._title = title;\r
1719   }\r
1720 \r
1721   /**\r
1722    * Sets the value of field 'viewName'.\r
1723    * \r
1724    * @param viewName\r
1725    *                the value of field 'viewName'.\r
1726    */\r
1727   public void setViewName(final java.lang.String viewName)\r
1728   {\r
1729     this._viewName = viewName;\r
1730   }\r
1731 \r
1732   /**\r
1733    * Sets the value of field 'width'.\r
1734    * \r
1735    * @param width\r
1736    *                the value of field 'width'.\r
1737    */\r
1738   public void setWidth(final int width)\r
1739   {\r
1740     this._width = width;\r
1741     this._has_width = true;\r
1742   }\r
1743 \r
1744   /**\r
1745    * Sets the value of field 'wrapAlignment'.\r
1746    * \r
1747    * @param wrapAlignment\r
1748    *                the value of field 'wrapAlignment'.\r
1749    */\r
1750   public void setWrapAlignment(final boolean wrapAlignment)\r
1751   {\r
1752     this._wrapAlignment = wrapAlignment;\r
1753     this._has_wrapAlignment = true;\r
1754   }\r
1755 \r
1756   /**\r
1757    * Sets the value of field 'xpos'.\r
1758    * \r
1759    * @param xpos\r
1760    *                the value of field 'xpos'.\r
1761    */\r
1762   public void setXpos(final int xpos)\r
1763   {\r
1764     this._xpos = xpos;\r
1765     this._has_xpos = true;\r
1766   }\r
1767 \r
1768   /**\r
1769    * Sets the value of field 'ypos'.\r
1770    * \r
1771    * @param ypos\r
1772    *                the value of field 'ypos'.\r
1773    */\r
1774   public void setYpos(final int ypos)\r
1775   {\r
1776     this._ypos = ypos;\r
1777     this._has_ypos = true;\r
1778   }\r
1779 \r
1780   /**\r
1781    * Method unmarshal.\r
1782    * \r
1783    * @param reader\r
1784    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
1785    *                 if object is null or if any SAXException is thrown during\r
1786    *                 marshaling\r
1787    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1788    *                 if this object is an invalid instance according to the\r
1789    *                 schema\r
1790    * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.Viewport\r
1791    */\r
1792   public static jalview.schemabinding.version2.Viewport unmarshal(\r
1793           final java.io.Reader reader)\r
1794           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
1795           org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1796   {\r
1797     return (jalview.schemabinding.version2.Viewport) Unmarshaller\r
1798             .unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Viewport.class,\r
1799                     reader);\r
1800   }\r
1801 \r
1802   /**\r
1803    * \r
1804    * \r
1805    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1806    *                 if this object is an invalid instance according to the\r
1807    *                 schema\r
1808    */\r
1809   public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1810   {\r
1811     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
1812     validator.validate(this);\r
1813   }\r
1814 \r
1815 }\r