src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java

   1 /*
   2  * This class was automatically generated with
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
   4  * Schema.
   5  * $Id$
   6  */
   7
   8 package jalview.schemabinding.version2;
   9
  10   //---------------------------------/
  11  //- Imported classes and packages -/
  12 //---------------------------------/
  13
  14 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  15 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  16
  17 /**
  18  * Class Viewport.
  19  *
  20  * @version $Revision$ $Date$
  21  */
  22 public class Viewport implements java.io.Serializable {
  23
  24
  25       //--------------------------/
  26      //- Class/Member Variables -/
  27     //--------------------------/
  28
  29     /**
  30      * Field _conservationSelected.
  31      */
  32     private boolean _conservationSelected;
  33
  34     /**
  35      * keeps track of state for field: _conservationSelected
  36      */
  37     private boolean _has_conservationSelected;
  38
  39     /**
  40      * Field _pidSelected.
  41      */
  42     private boolean _pidSelected;
  43
  44     /**
  45      * keeps track of state for field: _pidSelected
  46      */
  47     private boolean _has_pidSelected;
  48
  49     /**
  50      * Field _bgColour.
  51      */
  52     private java.lang.String _bgColour;
  53
  54     /**
  55      * Field _consThreshold.
  56      */
  57     private int _consThreshold;
  58
  59     /**
  60      * keeps track of state for field: _consThreshold
  61      */
  62     private boolean _has_consThreshold;
  63
  64     /**
  65      * Field _pidThreshold.
  66      */
  67     private int _pidThreshold;
  68
  69     /**
  70      * keeps track of state for field: _pidThreshold
  71      */
  72     private boolean _has_pidThreshold;
  73
  74     /**
  75      * Field _title.
  76      */
  77     private java.lang.String _title;
  78
  79     /**
  80      * Field _showFullId.
  81      */
  82     private boolean _showFullId;
  83
  84     /**
  85      * keeps track of state for field: _showFullId
  86      */
  87     private boolean _has_showFullId;
  88
  89     /**
  90      * Field _rightAlignIds.
  91      */
  92     private boolean _rightAlignIds;
  93
  94     /**
  95      * keeps track of state for field: _rightAlignIds
  96      */
  97     private boolean _has_rightAlignIds;
  98
  99     /**
 100      * Field _showText.
 101      */
 102     private boolean _showText;
 103
 104     /**
 105      * keeps track of state for field: _showText
 106      */
 107     private boolean _has_showText;
 108
 109     /**
 110      * Field _showColourText.
 111      */
 112     private boolean _showColourText;
 113
 114     /**
 115      * keeps track of state for field: _showColourText
 116      */
 117     private boolean _has_showColourText;
 118
 119     /**
 120      * Field _showUnconserved.
 121      */
 122     private boolean _showUnconserved = false;
 123
 124     /**
 125      * keeps track of state for field: _showUnconserved
 126      */
 127     private boolean _has_showUnconserved;
 128
 129     /**
 130      * Field _showBoxes.
 131      */
 132     private boolean _showBoxes;
 133
 134     /**
 135      * keeps track of state for field: _showBoxes
 136      */
 137     private boolean _has_showBoxes;
 138
 139     /**
 140      * Field _wrapAlignment.
 141      */
 142     private boolean _wrapAlignment;
 143
 144     /**
 145      * keeps track of state for field: _wrapAlignment
 146      */
 147     private boolean _has_wrapAlignment;
 148
 149     /**
 150      * Field _renderGaps.
 151      */
 152     private boolean _renderGaps;
 153
 154     /**
 155      * keeps track of state for field: _renderGaps
 156      */
 157     private boolean _has_renderGaps;
 158
 159     /**
 160      * Field _showSequenceFeatures.
 161      */
 162     private boolean _showSequenceFeatures;
 163
 164     /**
 165      * keeps track of state for field: _showSequenceFeatures
 166      */
 167     private boolean _has_showSequenceFeatures;
 168
 169     /**
 170      * Field _showNPfeatureTooltip.
 171      */
 172     private boolean _showNPfeatureTooltip;
 173
 174     /**
 175      * keeps track of state for field: _showNPfeatureTooltip
 176      */
 177     private boolean _has_showNPfeatureTooltip;
 178
 179     /**
 180      * Field _showDbRefTooltip.
 181      */
 182     private boolean _showDbRefTooltip;
 183
 184     /**
 185      * keeps track of state for field: _showDbRefTooltip
 186      */
 187     private boolean _has_showDbRefTooltip;
 188
 189     /**
 190      * Field _followHighlight.
 191      */
 192     private boolean _followHighlight = true;
 193
 194     /**
 195      * keeps track of state for field: _followHighlight
 196      */
 197     private boolean _has_followHighlight;
 198
 199     /**
 200      * Field _followSelection.
 201      */
 202     private boolean _followSelection = true;
 203
 204     /**
 205      * keeps track of state for field: _followSelection
 206      */
 207     private boolean _has_followSelection;
 208
 209     /**
 210      * Field _showAnnotation.
 211      */
 212     private boolean _showAnnotation;
 213
 214     /**
 215      * keeps track of state for field: _showAnnotation
 216      */
 217     private boolean _has_showAnnotation;
 218
 219     /**
 220      * Field _centreColumnLabels.
 221      */
 222     private boolean _centreColumnLabels = false;
 223
 224     /**
 225      * keeps track of state for field: _centreColumnLabels
 226      */
 227     private boolean _has_centreColumnLabels;
 228
 229     /**
 230      * Field _showGroupConservation.
 231      */
 232     private boolean _showGroupConservation = false;
 233
 234     /**
 235      * keeps track of state for field: _showGroupConservation
 236      */
 237     private boolean _has_showGroupConservation;
 238
 239     /**
 240      * Field _showGroupConsensus.
 241      */
 242     private boolean _showGroupConsensus = false;
 243
 244     /**
 245      * keeps track of state for field: _showGroupConsensus
 246      */
 247     private boolean _has_showGroupConsensus;
 248
 249     /**
 250      * Field _showConsensusHistogram.
 251      */
 252     private boolean _showConsensusHistogram = true;
 253
 254     /**
 255      * keeps track of state for field: _showConsensusHistogram
 256      */
 257     private boolean _has_showConsensusHistogram;
 258
 259     /**
 260      * Field _showSequenceLogo.
 261      */
 262     private boolean _showSequenceLogo = false;
 263
 264     /**
 265      * keeps track of state for field: _showSequenceLogo
 266      */
 267     private boolean _has_showSequenceLogo;
 268
 269     /**
 270      * Field _ignoreGapsinConsensus.
 271      */
 272     private boolean _ignoreGapsinConsensus = true;
 273
 274     /**
 275      * keeps track of state for field: _ignoreGapsinConsensus
 276      */
 277     private boolean _has_ignoreGapsinConsensus;
 278
 279     /**
 280      * Field _startRes.
 281      */
 282     private int _startRes;
 283
 284     /**
 285      * keeps track of state for field: _startRes
 286      */
 287     private boolean _has_startRes;
 288
 289     /**
 290      * Field _startSeq.
 291      */
 292     private int _startSeq;
 293
 294     /**
 295      * keeps track of state for field: _startSeq
 296      */
 297     private boolean _has_startSeq;
 298
 299     /**
 300      * Field _fontName.
 301      */
 302     private java.lang.String _fontName;
 303
 304     /**
 305      * Field _fontSize.
 306      */
 307     private int _fontSize;
 308
 309     /**
 310      * keeps track of state for field: _fontSize
 311      */
 312     private boolean _has_fontSize;
 313
 314     /**
 315      * Field _fontStyle.
 316      */
 317     private int _fontStyle;
 318
 319     /**
 320      * keeps track of state for field: _fontStyle
 321      */
 322     private boolean _has_fontStyle;
 323
 324     /**
 325      * Field _viewName.
 326      */
 327     private java.lang.String _viewName;
 328
 329     /**
 330      * Field _sequenceSetId.
 331      */
 332     private java.lang.String _sequenceSetId;
 333
 334     /**
 335      * Field _gatheredViews.
 336      */
 337     private boolean _gatheredViews;
 338
 339     /**
 340      * keeps track of state for field: _gatheredViews
 341      */
 342     private boolean _has_gatheredViews;
 343
 344     /**
 345      * Field _textCol1.
 346      */
 347     private int _textCol1;
 348
 349     /**
 350      * keeps track of state for field: _textCol1
 351      */
 352     private boolean _has_textCol1;
 353
 354     /**
 355      * Field _textCol2.
 356      */
 357     private int _textCol2;
 358
 359     /**
 360      * keeps track of state for field: _textCol2
 361      */
 362     private boolean _has_textCol2;
 363
 364     /**
 365      * Field _textColThreshold.
 366      */
 367     private int _textColThreshold;
 368
 369     /**
 370      * keeps track of state for field: _textColThreshold
 371      */
 372     private boolean _has_textColThreshold;
 373
 374     /**
 375      * unique id used by jalview to
 376      *  synchronize between stored and
 377      *  instantiated views
 378      *
 379      */
 380     private java.lang.String _id;
 381
 382     /**
 383      * Field _width.
 384      */
 385     private int _width;
 386
 387     /**
 388      * keeps track of state for field: _width
 389      */
 390     private boolean _has_width;
 391
 392     /**
 393      * Field _height.
 394      */
 395     private int _height;
 396
 397     /**
 398      * keeps track of state for field: _height
 399      */
 400     private boolean _has_height;
 401
 402     /**
 403      * Field _xpos.
 404      */
 405     private int _xpos;
 406
 407     /**
 408      * keeps track of state for field: _xpos
 409      */
 410     private boolean _has_xpos;
 411
 412     /**
 413      * Field _ypos.
 414      */
 415     private int _ypos;
 416
 417     /**
 418      * keeps track of state for field: _ypos
 419      */
 420     private boolean _has_ypos;
 421
 422     /**
 423      * Field _annotationColours.
 424      */
 425     private jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours _annotationColours;
 426
 427     /**
 428      * Field _hiddenColumnsList.
 429      */
 430     private java.util.Vector _hiddenColumnsList;
 431
 432     /**
 433      * Field _calcIdParamList.
 434      */
 435     private java.util.Vector _calcIdParamList;
 436
 437
 438       //----------------/
 439      //- Constructors -/
 440     //----------------/
 441
 442     public Viewport() {
 443         super();
 444         this._hiddenColumnsList = new java.util.Vector();
 445         this._calcIdParamList = new java.util.Vector();
 446     }
 447
 448
 449       //-----------/
 450      //- Methods -/
 451     //-----------/
 452
 453     /**
 454      *
 455      *
 456      * @param vCalcIdParam
 457      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 458      * given is outside the bounds of the collection
 459      */
 460     public void addCalcIdParam(
 461             final jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam vCalcIdParam)
 462     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 463         this._calcIdParamList.addElement(vCalcIdParam);
 464     }
 465
 466     /**
 467      *
 468      *
 469      * @param index
 470      * @param vCalcIdParam
 471      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 472      * given is outside the bounds of the collection
 473      */
 474     public void addCalcIdParam(
 475             final int index,
 476             final jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam vCalcIdParam)
 477     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 478         this._calcIdParamList.add(index, vCalcIdParam);
 479     }
 480
 481     /**
 482      *
 483      *
 484      * @param vHiddenColumns
 485      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 486      * given is outside the bounds of the collection
 487      */
 488     public void addHiddenColumns(
 489             final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)
 490     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 491         this._hiddenColumnsList.addElement(vHiddenColumns);
 492     }
 493
 494     /**
 495      *
 496      *
 497      * @param index
 498      * @param vHiddenColumns
 499      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 500      * given is outside the bounds of the collection
 501      */
 502     public void addHiddenColumns(
 503             final int index,
 504             final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)
 505     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 506         this._hiddenColumnsList.add(index, vHiddenColumns);
 507     }
 508
 509     /**
 510      */
 511     public void deleteCentreColumnLabels(
 512     ) {
 513         this._has_centreColumnLabels= false;
 514     }
 515
 516     /**
 517      */
 518     public void deleteConsThreshold(
 519     ) {
 520         this._has_consThreshold= false;
 521     }
 522
 523     /**
 524      */
 525     public void deleteConservationSelected(
 526     ) {
 527         this._has_conservationSelected= false;
 528     }
 529
 530     /**
 531      */
 532     public void deleteFollowHighlight(
 533     ) {
 534         this._has_followHighlight= false;
 535     }
 536
 537     /**
 538      */
 539     public void deleteFollowSelection(
 540     ) {
 541         this._has_followSelection= false;
 542     }
 543
 544     /**
 545      */
 546     public void deleteFontSize(
 547     ) {
 548         this._has_fontSize= false;
 549     }
 550
 551     /**
 552      */
 553     public void deleteFontStyle(
 554     ) {
 555         this._has_fontStyle= false;
 556     }
 557
 558     /**
 559      */
 560     public void deleteGatheredViews(
 561     ) {
 562         this._has_gatheredViews= false;
 563     }
 564
 565     /**
 566      */
 567     public void deleteHeight(
 568     ) {
 569         this._has_height= false;
 570     }
 571
 572     /**
 573      */
 574     public void deleteIgnoreGapsinConsensus(
 575     ) {
 576         this._has_ignoreGapsinConsensus= false;
 577     }
 578
 579     /**
 580      */
 581     public void deletePidSelected(
 582     ) {
 583         this._has_pidSelected= false;
 584     }
 585
 586     /**
 587      */
 588     public void deletePidThreshold(
 589     ) {
 590         this._has_pidThreshold= false;
 591     }
 592
 593     /**
 594      */
 595     public void deleteRenderGaps(
 596     ) {
 597         this._has_renderGaps= false;
 598     }
 599
 600     /**
 601      */
 602     public void deleteRightAlignIds(
 603     ) {
 604         this._has_rightAlignIds= false;
 605     }
 606
 607     /**
 608      */
 609     public void deleteShowAnnotation(
 610     ) {
 611         this._has_showAnnotation= false;
 612     }
 613
 614     /**
 615      */
 616     public void deleteShowBoxes(
 617     ) {
 618         this._has_showBoxes= false;
 619     }
 620
 621     /**
 622      */
 623     public void deleteShowColourText(
 624     ) {
 625         this._has_showColourText= false;
 626     }
 627
 628     /**
 629      */
 630     public void deleteShowConsensusHistogram(
 631     ) {
 632         this._has_showConsensusHistogram= false;
 633     }
 634
 635     /**
 636      */
 637     public void deleteShowDbRefTooltip(
 638     ) {
 639         this._has_showDbRefTooltip= false;
 640     }
 641
 642     /**
 643      */
 644     public void deleteShowFullId(
 645     ) {
 646         this._has_showFullId= false;
 647     }
 648
 649     /**
 650      */
 651     public void deleteShowGroupConsensus(
 652     ) {
 653         this._has_showGroupConsensus= false;
 654     }
 655
 656     /**
 657      */
 658     public void deleteShowGroupConservation(
 659     ) {
 660         this._has_showGroupConservation= false;
 661     }
 662
 663     /**
 664      */
 665     public void deleteShowNPfeatureTooltip(
 666     ) {
 667         this._has_showNPfeatureTooltip= false;
 668     }
 669
 670     /**
 671      */
 672     public void deleteShowSequenceFeatures(
 673     ) {
 674         this._has_showSequenceFeatures= false;
 675     }
 676
 677     /**
 678      */
 679     public void deleteShowSequenceLogo(
 680     ) {
 681         this._has_showSequenceLogo= false;
 682     }
 683
 684     /**
 685      */
 686     public void deleteShowText(
 687     ) {
 688         this._has_showText= false;
 689     }
 690
 691     /**
 692      */
 693     public void deleteShowUnconserved(
 694     ) {
 695         this._has_showUnconserved= false;
 696     }
 697
 698     /**
 699      */
 700     public void deleteStartRes(
 701     ) {
 702         this._has_startRes= false;
 703     }
 704
 705     /**
 706      */
 707     public void deleteStartSeq(
 708     ) {
 709         this._has_startSeq= false;
 710     }
 711
 712     /**
 713      */
 714     public void deleteTextCol1(
 715     ) {
 716         this._has_textCol1= false;
 717     }
 718
 719     /**
 720      */
 721     public void deleteTextCol2(
 722     ) {
 723         this._has_textCol2= false;
 724     }
 725
 726     /**
 727      */
 728     public void deleteTextColThreshold(
 729     ) {
 730         this._has_textColThreshold= false;
 731     }
 732
 733     /**
 734      */
 735     public void deleteWidth(
 736     ) {
 737         this._has_width= false;
 738     }
 739
 740     /**
 741      */
 742     public void deleteWrapAlignment(
 743     ) {
 744         this._has_wrapAlignment= false;
 745     }
 746
 747     /**
 748      */
 749     public void deleteXpos(
 750     ) {
 751         this._has_xpos= false;
 752     }
 753
 754     /**
 755      */
 756     public void deleteYpos(
 757     ) {
 758         this._has_ypos= false;
 759     }
 760
 761     /**
 762      * Method enumerateCalcIdParam.
 763      *
 764      * @return an Enumeration over all
 765      * jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam elements
 766      */
 767     public java.util.Enumeration enumerateCalcIdParam(
 768     ) {
 769         return this._calcIdParamList.elements();
 770     }
 771
 772     /**
 773      * Method enumerateHiddenColumns.
 774      *
 775      * @return an Enumeration over all
 776      * jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns elements
 777      */
 778     public java.util.Enumeration enumerateHiddenColumns(
 779     ) {
 780         return this._hiddenColumnsList.elements();
 781     }
 782
 783     /**
 784      * Returns the value of field 'annotationColours'.
 785      *
 786      * @return the value of field 'AnnotationColours'.
 787      */
 788     public jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours getAnnotationColours(
 789     ) {
 790         return this._annotationColours;
 791     }
 792
 793     /**
 794      * Returns the value of field 'bgColour'.
 795      *
 796      * @return the value of field 'BgColour'.
 797      */
 798     public java.lang.String getBgColour(
 799     ) {
 800         return this._bgColour;
 801     }
 802
 803     /**
 804      * Method getCalcIdParam.
 805      *
 806      * @param index
 807      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 808      * given is outside the bounds of the collection
 809      * @return the value of the
 810      * jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam at the given index
 811      */
 812     public jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam getCalcIdParam(
 813             final int index)
 814     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 815         // check bounds for index
 816         if (index < 0 || index >= this._calcIdParamList.size()) {
 817             throw new IndexOutOfBoundsException("getCalcIdParam: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._calcIdParamList.size() - 1) + "]");
 818         }
 819
 820         return (jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam) _calcIdParamList.get(index);
 821     }
 822
 823     /**
 824      * Method getCalcIdParam.Returns the contents of the collection
 825      * in an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents
 826      * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of
 827      * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
 828      * that the Array returned is of exactly the correct length.
 829      *
 830      * @return this collection as an Array
 831      */
 832     public jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam[] getCalcIdParam(
 833     ) {
 834         jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam[] array = new jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam[0];
 835         return (jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam[]) this._calcIdParamList.toArray(array);
 836     }
 837
 838     /**
 839      * Method getCalcIdParamCount.
 840      *
 841      * @return the size of this collection
 842      */
 843     public int getCalcIdParamCount(
 844     ) {
 845         return this._calcIdParamList.size();
 846     }
 847
 848     /**
 849      * Returns the value of field 'centreColumnLabels'.
 850      *
 851      * @return the value of field 'CentreColumnLabels'.
 852      */
 853     public boolean getCentreColumnLabels(
 854     ) {
 855         return this._centreColumnLabels;
 856     }
 857
 858     /**
 859      * Returns the value of field 'consThreshold'.
 860      *
 861      * @return the value of field 'ConsThreshold'.
 862      */
 863     public int getConsThreshold(
 864     ) {
 865         return this._consThreshold;
 866     }
 867
 868     /**
 869      * Returns the value of field 'conservationSelected'.
 870      *
 871      * @return the value of field 'ConservationSelected'.
 872      */
 873     public boolean getConservationSelected(
 874     ) {
 875         return this._conservationSelected;
 876     }
 877
 878     /**
 879      * Returns the value of field 'followHighlight'.
 880      *
 881      * @return the value of field 'FollowHighlight'.
 882      */
 883     public boolean getFollowHighlight(
 884     ) {
 885         return this._followHighlight;
 886     }
 887
 888     /**
 889      * Returns the value of field 'followSelection'.
 890      *
 891      * @return the value of field 'FollowSelection'.
 892      */
 893     public boolean getFollowSelection(
 894     ) {
 895         return this._followSelection;
 896     }
 897
 898     /**
 899      * Returns the value of field 'fontName'.
 900      *
 901      * @return the value of field 'FontName'.
 902      */
 903     public java.lang.String getFontName(
 904     ) {
 905         return this._fontName;
 906     }
 907
 908     /**
 909      * Returns the value of field 'fontSize'.
 910      *
 911      * @return the value of field 'FontSize'.
 912      */
 913     public int getFontSize(
 914     ) {
 915         return this._fontSize;
 916     }
 917
 918     /**
 919      * Returns the value of field 'fontStyle'.
 920      *
 921      * @return the value of field 'FontStyle'.
 922      */
 923     public int getFontStyle(
 924     ) {
 925         return this._fontStyle;
 926     }
 927
 928     /**
 929      * Returns the value of field 'gatheredViews'.
 930      *
 931      * @return the value of field 'GatheredViews'.
 932      */
 933     public boolean getGatheredViews(
 934     ) {
 935         return this._gatheredViews;
 936     }
 937
 938     /**
 939      * Returns the value of field 'height'.
 940      *
 941      * @return the value of field 'Height'.
 942      */
 943     public int getHeight(
 944     ) {
 945         return this._height;
 946     }
 947
 948     /**
 949      * Method getHiddenColumns.
 950      *
 951      * @param index
 952      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 953      * given is outside the bounds of the collection
 954      * @return the value of the
 955      * jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns at the given
 956      * index
 957      */
 958     public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns getHiddenColumns(
 959             final int index)
 960     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 961         // check bounds for index
 962         if (index < 0 || index >= this._hiddenColumnsList.size()) {
 963             throw new IndexOutOfBoundsException("getHiddenColumns: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._hiddenColumnsList.size() - 1) + "]");
 964         }
 965
 966         return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) _hiddenColumnsList.get(index);
 967     }
 968
 969     /**
 970      * Method getHiddenColumns.Returns the contents of the
 971      * collection in an Array.  <p>Note:  Just in case the
 972      * collection contents are changing in another thread, we pass
 973      * a 0-length Array of the correct type into the API call.
 974      * This way we <i>know</i> that the Array returned is of
 975      * exactly the correct length.
 976      *
 977      * @return this collection as an Array
 978      */
 979     public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] getHiddenColumns(
 980     ) {
 981         jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] array = new jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[0];
 982         return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[]) this._hiddenColumnsList.toArray(array);
 983     }
 984
 985     /**
 986      * Method getHiddenColumnsCount.
 987      *
 988      * @return the size of this collection
 989      */
 990     public int getHiddenColumnsCount(
 991     ) {
 992         return this._hiddenColumnsList.size();
 993     }
 994
 995     /**
 996      * Returns the value of field 'id'. The field 'id' has the
 997      * following description: unique id used by jalview to
 998      *  synchronize between stored and
 999      *  instantiated views
1000      *
1001      *
1002      * @return the value of field 'Id'.
1003      */
1004     public java.lang.String getId(
1005     ) {
1006         return this._id;
1007     }
1008
1009     /**
1010      * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
1011      *
1012      * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.
1013      */
1014     public boolean getIgnoreGapsinConsensus(
1015     ) {
1016         return this._ignoreGapsinConsensus;
1017     }
1018
1019     /**
1020      * Returns the value of field 'pidSelected'.
1021      *
1022      * @return the value of field 'PidSelected'.
1023      */
1024     public boolean getPidSelected(
1025     ) {
1026         return this._pidSelected;
1027     }
1028
1029     /**
1030      * Returns the value of field 'pidThreshold'.
1031      *
1032      * @return the value of field 'PidThreshold'.
1033      */
1034     public int getPidThreshold(
1035     ) {
1036         return this._pidThreshold;
1037     }
1038
1039     /**
1040      * Returns the value of field 'renderGaps'.
1041      *
1042      * @return the value of field 'RenderGaps'.
1043      */
1044     public boolean getRenderGaps(
1045     ) {
1046         return this._renderGaps;
1047     }
1048
1049     /**
1050      * Returns the value of field 'rightAlignIds'.
1051      *
1052      * @return the value of field 'RightAlignIds'.
1053      */
1054     public boolean getRightAlignIds(
1055     ) {
1056         return this._rightAlignIds;
1057     }
1058
1059     /**
1060      * Returns the value of field 'sequenceSetId'.
1061      *
1062      * @return the value of field 'SequenceSetId'.
1063      */
1064     public java.lang.String getSequenceSetId(
1065     ) {
1066         return this._sequenceSetId;
1067     }
1068
1069     /**
1070      * Returns the value of field 'showAnnotation'.
1071      *
1072      * @return the value of field 'ShowAnnotation'.
1073      */
1074     public boolean getShowAnnotation(
1075     ) {
1076         return this._showAnnotation;
1077     }
1078
1079     /**
1080      * Returns the value of field 'showBoxes'.
1081      *
1082      * @return the value of field 'ShowBoxes'.
1083      */
1084     public boolean getShowBoxes(
1085     ) {
1086         return this._showBoxes;
1087     }
1088
1089     /**
1090      * Returns the value of field 'showColourText'.
1091      *
1092      * @return the value of field 'ShowColourText'.
1093      */
1094     public boolean getShowColourText(
1095     ) {
1096         return this._showColourText;
1097     }
1098
1099     /**
1100      * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.
1101      *
1102      * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.
1103      */
1104     public boolean getShowConsensusHistogram(
1105     ) {
1106         return this._showConsensusHistogram;
1107     }
1108
1109     /**
1110      * Returns the value of field 'showDbRefTooltip'.
1111      *
1112      * @return the value of field 'ShowDbRefTooltip'.
1113      */
1114     public boolean getShowDbRefTooltip(
1115     ) {
1116         return this._showDbRefTooltip;
1117     }
1118
1119     /**
1120      * Returns the value of field 'showFullId'.
1121      *
1122      * @return the value of field 'ShowFullId'.
1123      */
1124     public boolean getShowFullId(
1125     ) {
1126         return this._showFullId;
1127     }
1128
1129     /**
1130      * Returns the value of field 'showGroupConsensus'.
1131      *
1132      * @return the value of field 'ShowGroupConsensus'.
1133      */
1134     public boolean getShowGroupConsensus(
1135     ) {
1136         return this._showGroupConsensus;
1137     }
1138
1139     /**
1140      * Returns the value of field 'showGroupConservation'.
1141      *
1142      * @return the value of field 'ShowGroupConservation'.
1143      */
1144     public boolean getShowGroupConservation(
1145     ) {
1146         return this._showGroupConservation;
1147     }
1148
1149     /**
1150      * Returns the value of field 'showNPfeatureTooltip'.
1151      *
1152      * @return the value of field 'ShowNPfeatureTooltip'.
1153      */
1154     public boolean getShowNPfeatureTooltip(
1155     ) {
1156         return this._showNPfeatureTooltip;
1157     }
1158
1159     /**
1160      * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.
1161      *
1162      * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.
1163      */
1164     public boolean getShowSequenceFeatures(
1165     ) {
1166         return this._showSequenceFeatures;
1167     }
1168
1169     /**
1170      * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.
1171      *
1172      * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.
1173      */
1174     public boolean getShowSequenceLogo(
1175     ) {
1176         return this._showSequenceLogo;
1177     }
1178
1179     /**
1180      * Returns the value of field 'showText'.
1181      *
1182      * @return the value of field 'ShowText'.
1183      */
1184     public boolean getShowText(
1185     ) {
1186         return this._showText;
1187     }
1188
1189     /**
1190      * Returns the value of field 'showUnconserved'.
1191      *
1192      * @return the value of field 'ShowUnconserved'.
1193      */
1194     public boolean getShowUnconserved(
1195     ) {
1196         return this._showUnconserved;
1197     }
1198
1199     /**
1200      * Returns the value of field 'startRes'.
1201      *
1202      * @return the value of field 'StartRes'.
1203      */
1204     public int getStartRes(
1205     ) {
1206         return this._startRes;
1207     }
1208
1209     /**
1210      * Returns the value of field 'startSeq'.
1211      *
1212      * @return the value of field 'StartSeq'.
1213      */
1214     public int getStartSeq(
1215     ) {
1216         return this._startSeq;
1217     }
1218
1219     /**
1220      * Returns the value of field 'textCol1'.
1221      *
1222      * @return the value of field 'TextCol1'.
1223      */
1224     public int getTextCol1(
1225     ) {
1226         return this._textCol1;
1227     }
1228
1229     /**
1230      * Returns the value of field 'textCol2'.
1231      *
1232      * @return the value of field 'TextCol2'.
1233      */
1234     public int getTextCol2(
1235     ) {
1236         return this._textCol2;
1237     }
1238
1239     /**
1240      * Returns the value of field 'textColThreshold'.
1241      *
1242      * @return the value of field 'TextColThreshold'.
1243      */
1244     public int getTextColThreshold(
1245     ) {
1246         return this._textColThreshold;
1247     }
1248
1249     /**
1250      * Returns the value of field 'title'.
1251      *
1252      * @return the value of field 'Title'.
1253      */
1254     public java.lang.String getTitle(
1255     ) {
1256         return this._title;
1257     }
1258
1259     /**
1260      * Returns the value of field 'viewName'.
1261      *
1262      * @return the value of field 'ViewName'.
1263      */
1264     public java.lang.String getViewName(
1265     ) {
1266         return this._viewName;
1267     }
1268
1269     /**
1270      * Returns the value of field 'width'.
1271      *
1272      * @return the value of field 'Width'.
1273      */
1274     public int getWidth(
1275     ) {
1276         return this._width;
1277     }
1278
1279     /**
1280      * Returns the value of field 'wrapAlignment'.
1281      *
1282      * @return the value of field 'WrapAlignment'.
1283      */
1284     public boolean getWrapAlignment(
1285     ) {
1286         return this._wrapAlignment;
1287     }
1288
1289     /**
1290      * Returns the value of field 'xpos'.
1291      *
1292      * @return the value of field 'Xpos'.
1293      */
1294     public int getXpos(
1295     ) {
1296         return this._xpos;
1297     }
1298
1299     /**
1300      * Returns the value of field 'ypos'.
1301      *
1302      * @return the value of field 'Ypos'.
1303      */
1304     public int getYpos(
1305     ) {
1306         return this._ypos;
1307     }
1308
1309     /**
1310      * Method hasCentreColumnLabels.
1311      *
1312      * @return true if at least one CentreColumnLabels has been adde
1313      */
1314     public boolean hasCentreColumnLabels(
1315     ) {
1316         return this._has_centreColumnLabels;
1317     }
1318
1319     /**
1320      * Method hasConsThreshold.
1321      *
1322      * @return true if at least one ConsThreshold has been added
1323      */
1324     public boolean hasConsThreshold(
1325     ) {
1326         return this._has_consThreshold;
1327     }
1328
1329     /**
1330      * Method hasConservationSelected.
1331      *
1332      * @return true if at least one ConservationSelected has been
1333      * added
1334      */
1335     public boolean hasConservationSelected(
1336     ) {
1337         return this._has_conservationSelected;
1338     }
1339
1340     /**
1341      * Method hasFollowHighlight.
1342      *
1343      * @return true if at least one FollowHighlight has been added
1344      */
1345     public boolean hasFollowHighlight(
1346     ) {
1347         return this._has_followHighlight;
1348     }
1349
1350     /**
1351      * Method hasFollowSelection.
1352      *
1353      * @return true if at least one FollowSelection has been added
1354      */
1355     public boolean hasFollowSelection(
1356     ) {
1357         return this._has_followSelection;
1358     }
1359
1360     /**
1361      * Method hasFontSize.
1362      *
1363      * @return true if at least one FontSize has been added
1364      */
1365     public boolean hasFontSize(
1366     ) {
1367         return this._has_fontSize;
1368     }
1369
1370     /**
1371      * Method hasFontStyle.
1372      *
1373      * @return true if at least one FontStyle has been added
1374      */
1375     public boolean hasFontStyle(
1376     ) {
1377         return this._has_fontStyle;
1378     }
1379
1380     /**
1381      * Method hasGatheredViews.
1382      *
1383      * @return true if at least one GatheredViews has been added
1384      */
1385     public boolean hasGatheredViews(
1386     ) {
1387         return this._has_gatheredViews;
1388     }
1389
1390     /**
1391      * Method hasHeight.
1392      *
1393      * @return true if at least one Height has been added
1394      */
1395     public boolean hasHeight(
1396     ) {
1397         return this._has_height;
1398     }
1399
1400     /**
1401      * Method hasIgnoreGapsinConsensus.
1402      *
1403      * @return true if at least one IgnoreGapsinConsensus has been
1404      * added
1405      */
1406     public boolean hasIgnoreGapsinConsensus(
1407     ) {
1408         return this._has_ignoreGapsinConsensus;
1409     }
1410
1411     /**
1412      * Method hasPidSelected.
1413      *
1414      * @return true if at least one PidSelected has been added
1415      */
1416     public boolean hasPidSelected(
1417     ) {
1418         return this._has_pidSelected;
1419     }
1420
1421     /**
1422      * Method hasPidThreshold.
1423      *
1424      * @return true if at least one PidThreshold has been added
1425      */
1426     public boolean hasPidThreshold(
1427     ) {
1428         return this._has_pidThreshold;
1429     }
1430
1431     /**
1432      * Method hasRenderGaps.
1433      *
1434      * @return true if at least one RenderGaps has been added
1435      */
1436     public boolean hasRenderGaps(
1437     ) {
1438         return this._has_renderGaps;
1439     }
1440
1441     /**
1442      * Method hasRightAlignIds.
1443      *
1444      * @return true if at least one RightAlignIds has been added
1445      */
1446     public boolean hasRightAlignIds(
1447     ) {
1448         return this._has_rightAlignIds;
1449     }
1450
1451     /**
1452      * Method hasShowAnnotation.
1453      *
1454      * @return true if at least one ShowAnnotation has been added
1455      */
1456     public boolean hasShowAnnotation(
1457     ) {
1458         return this._has_showAnnotation;
1459     }
1460
1461     /**
1462      * Method hasShowBoxes.
1463      *
1464      * @return true if at least one ShowBoxes has been added
1465      */
1466     public boolean hasShowBoxes(
1467     ) {
1468         return this._has_showBoxes;
1469     }
1470
1471     /**
1472      * Method hasShowColourText.
1473      *
1474      * @return true if at least one ShowColourText has been added
1475      */
1476     public boolean hasShowColourText(
1477     ) {
1478         return this._has_showColourText;
1479     }
1480
1481     /**
1482      * Method hasShowConsensusHistogram.
1483      *
1484      * @return true if at least one ShowConsensusHistogram has been
1485      * added
1486      */
1487     public boolean hasShowConsensusHistogram(
1488     ) {
1489         return this._has_showConsensusHistogram;
1490     }
1491
1492     /**
1493      * Method hasShowDbRefTooltip.
1494      *
1495      * @return true if at least one ShowDbRefTooltip has been added
1496      */
1497     public boolean hasShowDbRefTooltip(
1498     ) {
1499         return this._has_showDbRefTooltip;
1500     }
1501
1502     /**
1503      * Method hasShowFullId.
1504      *
1505      * @return true if at least one ShowFullId has been added
1506      */
1507     public boolean hasShowFullId(
1508     ) {
1509         return this._has_showFullId;
1510     }
1511
1512     /**
1513      * Method hasShowGroupConsensus.
1514      *
1515      * @return true if at least one ShowGroupConsensus has been adde
1516      */
1517     public boolean hasShowGroupConsensus(
1518     ) {
1519         return this._has_showGroupConsensus;
1520     }
1521
1522     /**
1523      * Method hasShowGroupConservation.
1524      *
1525      * @return true if at least one ShowGroupConservation has been
1526      * added
1527      */
1528     public boolean hasShowGroupConservation(
1529     ) {
1530         return this._has_showGroupConservation;
1531     }
1532
1533     /**
1534      * Method hasShowNPfeatureTooltip.
1535      *
1536      * @return true if at least one ShowNPfeatureTooltip has been
1537      * added
1538      */
1539     public boolean hasShowNPfeatureTooltip(
1540     ) {
1541         return this._has_showNPfeatureTooltip;
1542     }
1543
1544     /**
1545      * Method hasShowSequenceFeatures.
1546      *
1547      * @return true if at least one ShowSequenceFeatures has been
1548      * added
1549      */
1550     public boolean hasShowSequenceFeatures(
1551     ) {
1552         return this._has_showSequenceFeatures;
1553     }
1554
1555     /**
1556      * Method hasShowSequenceLogo.
1557      *
1558      * @return true if at least one ShowSequenceLogo has been added
1559      */
1560     public boolean hasShowSequenceLogo(
1561     ) {
1562         return this._has_showSequenceLogo;
1563     }
1564
1565     /**
1566      * Method hasShowText.
1567      *
1568      * @return true if at least one ShowText has been added
1569      */
1570     public boolean hasShowText(
1571     ) {
1572         return this._has_showText;
1573     }
1574
1575     /**
1576      * Method hasShowUnconserved.
1577      *
1578      * @return true if at least one ShowUnconserved has been added
1579      */
1580     public boolean hasShowUnconserved(
1581     ) {
1582         return this._has_showUnconserved;
1583     }
1584
1585     /**
1586      * Method hasStartRes.
1587      *
1588      * @return true if at least one StartRes has been added
1589      */
1590     public boolean hasStartRes(
1591     ) {
1592         return this._has_startRes;
1593     }
1594
1595     /**
1596      * Method hasStartSeq.
1597      *
1598      * @return true if at least one StartSeq has been added
1599      */
1600     public boolean hasStartSeq(
1601     ) {
1602         return this._has_startSeq;
1603     }
1604
1605     /**
1606      * Method hasTextCol1.
1607      *
1608      * @return true if at least one TextCol1 has been added
1609      */
1610     public boolean hasTextCol1(
1611     ) {
1612         return this._has_textCol1;
1613     }
1614
1615     /**
1616      * Method hasTextCol2.
1617      *
1618      * @return true if at least one TextCol2 has been added
1619      */
1620     public boolean hasTextCol2(
1621     ) {
1622         return this._has_textCol2;
1623     }
1624
1625     /**
1626      * Method hasTextColThreshold.
1627      *
1628      * @return true if at least one TextColThreshold has been added
1629      */
1630     public boolean hasTextColThreshold(
1631     ) {
1632         return this._has_textColThreshold;
1633     }
1634
1635     /**
1636      * Method hasWidth.
1637      *
1638      * @return true if at least one Width has been added
1639      */
1640     public boolean hasWidth(
1641     ) {
1642         return this._has_width;
1643     }
1644
1645     /**
1646      * Method hasWrapAlignment.
1647      *
1648      * @return true if at least one WrapAlignment has been added
1649      */
1650     public boolean hasWrapAlignment(
1651     ) {
1652         return this._has_wrapAlignment;
1653     }
1654
1655     /**
1656      * Method hasXpos.
1657      *
1658      * @return true if at least one Xpos has been added
1659      */
1660     public boolean hasXpos(
1661     ) {
1662         return this._has_xpos;
1663     }
1664
1665     /**
1666      * Method hasYpos.
1667      *
1668      * @return true if at least one Ypos has been added
1669      */
1670     public boolean hasYpos(
1671     ) {
1672         return this._has_ypos;
1673     }
1674
1675     /**
1676      * Returns the value of field 'centreColumnLabels'.
1677      *
1678      * @return the value of field 'CentreColumnLabels'.
1679      */
1680     public boolean isCentreColumnLabels(
1681     ) {
1682         return this._centreColumnLabels;
1683     }
1684
1685     /**
1686      * Returns the value of field 'conservationSelected'.
1687      *
1688      * @return the value of field 'ConservationSelected'.
1689      */
1690     public boolean isConservationSelected(
1691     ) {
1692         return this._conservationSelected;
1693     }
1694
1695     /**
1696      * Returns the value of field 'followHighlight'.
1697      *
1698      * @return the value of field 'FollowHighlight'.
1699      */
1700     public boolean isFollowHighlight(
1701     ) {
1702         return this._followHighlight;
1703     }
1704
1705     /**
1706      * Returns the value of field 'followSelection'.
1707      *
1708      * @return the value of field 'FollowSelection'.
1709      */
1710     public boolean isFollowSelection(
1711     ) {
1712         return this._followSelection;
1713     }
1714
1715     /**
1716      * Returns the value of field 'gatheredViews'.
1717      *
1718      * @return the value of field 'GatheredViews'.
1719      */
1720     public boolean isGatheredViews(
1721     ) {
1722         return this._gatheredViews;
1723     }
1724
1725     /**
1726      * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
1727      *
1728      * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.
1729      */
1730     public boolean isIgnoreGapsinConsensus(
1731     ) {
1732         return this._ignoreGapsinConsensus;
1733     }
1734
1735     /**
1736      * Returns the value of field 'pidSelected'.
1737      *
1738      * @return the value of field 'PidSelected'.
1739      */
1740     public boolean isPidSelected(
1741     ) {
1742         return this._pidSelected;
1743     }
1744
1745     /**
1746      * Returns the value of field 'renderGaps'.
1747      *
1748      * @return the value of field 'RenderGaps'.
1749      */
1750     public boolean isRenderGaps(
1751     ) {
1752         return this._renderGaps;
1753     }
1754
1755     /**
1756      * Returns the value of field 'rightAlignIds'.
1757      *
1758      * @return the value of field 'RightAlignIds'.
1759      */
1760     public boolean isRightAlignIds(
1761     ) {
1762         return this._rightAlignIds;
1763     }
1764
1765     /**
1766      * Returns the value of field 'showAnnotation'.
1767      *
1768      * @return the value of field 'ShowAnnotation'.
1769      */
1770     public boolean isShowAnnotation(
1771     ) {
1772         return this._showAnnotation;
1773     }
1774
1775     /**
1776      * Returns the value of field 'showBoxes'.
1777      *
1778      * @return the value of field 'ShowBoxes'.
1779      */
1780     public boolean isShowBoxes(
1781     ) {
1782         return this._showBoxes;
1783     }
1784
1785     /**
1786      * Returns the value of field 'showColourText'.
1787      *
1788      * @return the value of field 'ShowColourText'.
1789      */
1790     public boolean isShowColourText(
1791     ) {
1792         return this._showColourText;
1793     }
1794
1795     /**
1796      * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.
1797      *
1798      * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.
1799      */
1800     public boolean isShowConsensusHistogram(
1801     ) {
1802         return this._showConsensusHistogram;
1803     }
1804
1805     /**
1806      * Returns the value of field 'showDbRefTooltip'.
1807      *
1808      * @return the value of field 'ShowDbRefTooltip'.
1809      */
1810     public boolean isShowDbRefTooltip(
1811     ) {
1812         return this._showDbRefTooltip;
1813     }
1814
1815     /**
1816      * Returns the value of field 'showFullId'.
1817      *
1818      * @return the value of field 'ShowFullId'.
1819      */
1820     public boolean isShowFullId(
1821     ) {
1822         return this._showFullId;
1823     }
1824
1825     /**
1826      * Returns the value of field 'showGroupConsensus'.
1827      *
1828      * @return the value of field 'ShowGroupConsensus'.
1829      */
1830     public boolean isShowGroupConsensus(
1831     ) {
1832         return this._showGroupConsensus;
1833     }
1834
1835     /**
1836      * Returns the value of field 'showGroupConservation'.
1837      *
1838      * @return the value of field 'ShowGroupConservation'.
1839      */
1840     public boolean isShowGroupConservation(
1841     ) {
1842         return this._showGroupConservation;
1843     }
1844
1845     /**
1846      * Returns the value of field 'showNPfeatureTooltip'.
1847      *
1848      * @return the value of field 'ShowNPfeatureTooltip'.
1849      */
1850     public boolean isShowNPfeatureTooltip(
1851     ) {
1852         return this._showNPfeatureTooltip;
1853     }
1854
1855     /**
1856      * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.
1857      *
1858      * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.
1859      */
1860     public boolean isShowSequenceFeatures(
1861     ) {
1862         return this._showSequenceFeatures;
1863     }
1864
1865     /**
1866      * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.
1867      *
1868      * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.
1869      */
1870     public boolean isShowSequenceLogo(
1871     ) {
1872         return this._showSequenceLogo;
1873     }
1874
1875     /**
1876      * Returns the value of field 'showText'.
1877      *
1878      * @return the value of field 'ShowText'.
1879      */
1880     public boolean isShowText(
1881     ) {
1882         return this._showText;
1883     }
1884
1885     /**
1886      * Returns the value of field 'showUnconserved'.
1887      *
1888      * @return the value of field 'ShowUnconserved'.
1889      */
1890     public boolean isShowUnconserved(
1891     ) {
1892         return this._showUnconserved;
1893     }
1894
1895     /**
1896      * Method isValid.
1897      *
1898      * @return true if this object is valid according to the schema
1899      */
1900     public boolean isValid(
1901     ) {
1902         try {
1903             validate();
1904         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
1905             return false;
1906         }
1907         return true;
1908     }
1909
1910     /**
1911      * Returns the value of field 'wrapAlignment'.
1912      *
1913      * @return the value of field 'WrapAlignment'.
1914      */
1915     public boolean isWrapAlignment(
1916     ) {
1917         return this._wrapAlignment;
1918     }
1919
1920     /**
1921      *
1922      *
1923      * @param out
1924      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
1925      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
1926      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
1927      * object is an invalid instance according to the schema
1928      */
1929     public void marshal(
1930             final java.io.Writer out)
1931     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
1932         Marshaller.marshal(this, out);
1933     }
1934
1935     /**
1936      *
1937      *
1938      * @param handler
1939      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
1940      * marshaling
1941      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
1942      * object is an invalid instance according to the schema
1943      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
1944      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
1945      */
1946     public void marshal(
1947             final org.xml.sax.ContentHandler handler)
1948     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
1949         Marshaller.marshal(this, handler);
1950     }
1951
1952     /**
1953      */
1954     public void removeAllCalcIdParam(
1955     ) {
1956         this._calcIdParamList.clear();
1957     }
1958
1959     /**
1960      */
1961     public void removeAllHiddenColumns(
1962     ) {
1963         this._hiddenColumnsList.clear();
1964     }
1965
1966     /**
1967      * Method removeCalcIdParam.
1968      *
1969      * @param vCalcIdParam
1970      * @return true if the object was removed from the collection.
1971      */
1972     public boolean removeCalcIdParam(
1973             final jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam vCalcIdParam) {
1974         boolean removed = _calcIdParamList.remove(vCalcIdParam);
1975         return removed;
1976     }
1977
1978     /**
1979      * Method removeCalcIdParamAt.
1980      *
1981      * @param index
1982      * @return the element removed from the collection
1983      */
1984     public jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam removeCalcIdParamAt(
1985             final int index) {
1986         java.lang.Object obj = this._calcIdParamList.remove(index);
1987         return (jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam) obj;
1988     }
1989
1990     /**
1991      * Method removeHiddenColumns.
1992      *
1993      * @param vHiddenColumns
1994      * @return true if the object was removed from the collection.
1995      */
1996     public boolean removeHiddenColumns(
1997             final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns) {
1998         boolean removed = _hiddenColumnsList.remove(vHiddenColumns);
1999         return removed;
2000     }
2001
2002     /**
2003      * Method removeHiddenColumnsAt.
2004      *
2005      * @param index
2006      * @return the element removed from the collection
2007      */
2008     public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns removeHiddenColumnsAt(
2009             final int index) {
2010         java.lang.Object obj = this._hiddenColumnsList.remove(index);
2011         return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) obj;
2012     }
2013
2014     /**
2015      * Sets the value of field 'annotationColours'.
2016      *
2017      * @param annotationColours the value of field
2018      * 'annotationColours'.
2019      */
2020     public void setAnnotationColours(
2021             final jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours annotationColours) {
2022         this._annotationColours = annotationColours;
2023     }
2024
2025     /**
2026      * Sets the value of field 'bgColour'.
2027      *
2028      * @param bgColour the value of field 'bgColour'.
2029      */
2030     public void setBgColour(
2031             final java.lang.String bgColour) {
2032         this._bgColour = bgColour;
2033     }
2034
2035     /**
2036      *
2037      *
2038      * @param index
2039      * @param vCalcIdParam
2040      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
2041      * given is outside the bounds of the collection
2042      */
2043     public void setCalcIdParam(
2044             final int index,
2045             final jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam vCalcIdParam)
2046     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
2047         // check bounds for index
2048         if (index < 0 || index >= this._calcIdParamList.size()) {
2049             throw new IndexOutOfBoundsException("setCalcIdParam: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._calcIdParamList.size() - 1) + "]");
2050         }
2051
2052         this._calcIdParamList.set(index, vCalcIdParam);
2053     }
2054
2055     /**
2056      *
2057      *
2058      * @param vCalcIdParamArray
2059      */
2060     public void setCalcIdParam(
2061             final jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam[] vCalcIdParamArray) {
2062         //-- copy array
2063         _calcIdParamList.clear();
2064
2065         for (int i = 0; i < vCalcIdParamArray.length; i++) {
2066                 this._calcIdParamList.add(vCalcIdParamArray[i]);
2067         }
2068     }
2069
2070     /**
2071      * Sets the value of field 'centreColumnLabels'.
2072      *
2073      * @param centreColumnLabels the value of field
2074      * 'centreColumnLabels'.
2075      */
2076     public void setCentreColumnLabels(
2077             final boolean centreColumnLabels) {
2078         this._centreColumnLabels = centreColumnLabels;
2079         this._has_centreColumnLabels = true;
2080     }
2081
2082     /**
2083      * Sets the value of field 'consThreshold'.
2084      *
2085      * @param consThreshold the value of field 'consThreshold'.
2086      */
2087     public void setConsThreshold(
2088             final int consThreshold) {
2089         this._consThreshold = consThreshold;
2090         this._has_consThreshold = true;
2091     }
2092
2093     /**
2094      * Sets the value of field 'conservationSelected'.
2095      *
2096      * @param conservationSelected the value of field
2097      * 'conservationSelected'.
2098      */
2099     public void setConservationSelected(
2100             final boolean conservationSelected) {
2101         this._conservationSelected = conservationSelected;
2102         this._has_conservationSelected = true;
2103     }
2104
2105     /**
2106      * Sets the value of field 'followHighlight'.
2107      *
2108      * @param followHighlight the value of field 'followHighlight'.
2109      */
2110     public void setFollowHighlight(
2111             final boolean followHighlight) {
2112         this._followHighlight = followHighlight;
2113         this._has_followHighlight = true;
2114     }
2115
2116     /**
2117      * Sets the value of field 'followSelection'.
2118      *
2119      * @param followSelection the value of field 'followSelection'.
2120      */
2121     public void setFollowSelection(
2122             final boolean followSelection) {
2123         this._followSelection = followSelection;
2124         this._has_followSelection = true;
2125     }
2126
2127     /**
2128      * Sets the value of field 'fontName'.
2129      *
2130      * @param fontName the value of field 'fontName'.
2131      */
2132     public void setFontName(
2133             final java.lang.String fontName) {
2134         this._fontName = fontName;
2135     }
2136
2137     /**
2138      * Sets the value of field 'fontSize'.
2139      *
2140      * @param fontSize the value of field 'fontSize'.
2141      */
2142     public void setFontSize(
2143             final int fontSize) {
2144         this._fontSize = fontSize;
2145         this._has_fontSize = true;
2146     }
2147
2148     /**
2149      * Sets the value of field 'fontStyle'.
2150      *
2151      * @param fontStyle the value of field 'fontStyle'.
2152      */
2153     public void setFontStyle(
2154             final int fontStyle) {
2155         this._fontStyle = fontStyle;
2156         this._has_fontStyle = true;
2157     }
2158
2159     /**
2160      * Sets the value of field 'gatheredViews'.
2161      *
2162      * @param gatheredViews the value of field 'gatheredViews'.
2163      */
2164     public void setGatheredViews(
2165             final boolean gatheredViews) {
2166         this._gatheredViews = gatheredViews;
2167         this._has_gatheredViews = true;
2168     }
2169
2170     /**
2171      * Sets the value of field 'height'.
2172      *
2173      * @param height the value of field 'height'.
2174      */
2175     public void setHeight(
2176             final int height) {
2177         this._height = height;
2178         this._has_height = true;
2179     }
2180
2181     /**
2182      *
2183      *
2184      * @param index
2185      * @param vHiddenColumns
2186      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
2187      * given is outside the bounds of the collection
2188      */
2189     public void setHiddenColumns(
2190             final int index,
2191             final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)
2192     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
2193         // check bounds for index
2194         if (index < 0 || index >= this._hiddenColumnsList.size()) {
2195             throw new IndexOutOfBoundsException("setHiddenColumns: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._hiddenColumnsList.size() - 1) + "]");
2196         }
2197
2198         this._hiddenColumnsList.set(index, vHiddenColumns);
2199     }
2200
2201     /**
2202      *
2203      *
2204      * @param vHiddenColumnsArray
2205      */
2206     public void setHiddenColumns(
2207             final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] vHiddenColumnsArray) {
2208         //-- copy array
2209         _hiddenColumnsList.clear();
2210
2211         for (int i = 0; i < vHiddenColumnsArray.length; i++) {
2212                 this._hiddenColumnsList.add(vHiddenColumnsArray[i]);
2213         }
2214     }
2215
2216     /**
2217      * Sets the value of field 'id'. The field 'id' has the
2218      * following description: unique id used by jalview to
2219      *  synchronize between stored and
2220      *  instantiated views
2221      *
2222      *
2223      * @param id the value of field 'id'.
2224      */
2225     public void setId(
2226             final java.lang.String id) {
2227         this._id = id;
2228     }
2229
2230     /**
2231      * Sets the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
2232      *
2233      * @param ignoreGapsinConsensus the value of field
2234      * 'ignoreGapsinConsensus'.
2235      */
2236     public void setIgnoreGapsinConsensus(
2237             final boolean ignoreGapsinConsensus) {
2238         this._ignoreGapsinConsensus = ignoreGapsinConsensus;
2239         this._has_ignoreGapsinConsensus = true;
2240     }
2241
2242     /**
2243      * Sets the value of field 'pidSelected'.
2244      *
2245      * @param pidSelected the value of field 'pidSelected'.
2246      */
2247     public void setPidSelected(
2248             final boolean pidSelected) {
2249         this._pidSelected = pidSelected;
2250         this._has_pidSelected = true;
2251     }
2252
2253     /**
2254      * Sets the value of field 'pidThreshold'.
2255      *
2256      * @param pidThreshold the value of field 'pidThreshold'.
2257      */
2258     public void setPidThreshold(
2259             final int pidThreshold) {
2260         this._pidThreshold = pidThreshold;
2261         this._has_pidThreshold = true;
2262     }
2263
2264     /**
2265      * Sets the value of field 'renderGaps'.
2266      *
2267      * @param renderGaps the value of field 'renderGaps'.
2268      */
2269     public void setRenderGaps(
2270             final boolean renderGaps) {
2271         this._renderGaps = renderGaps;
2272         this._has_renderGaps = true;
2273     }
2274
2275     /**
2276      * Sets the value of field 'rightAlignIds'.
2277      *
2278      * @param rightAlignIds the value of field 'rightAlignIds'.
2279      */
2280     public void setRightAlignIds(
2281             final boolean rightAlignIds) {
2282         this._rightAlignIds = rightAlignIds;
2283         this._has_rightAlignIds = true;
2284     }
2285
2286     /**
2287      * Sets the value of field 'sequenceSetId'.
2288      *
2289      * @param sequenceSetId the value of field 'sequenceSetId'.
2290      */
2291     public void setSequenceSetId(
2292             final java.lang.String sequenceSetId) {
2293         this._sequenceSetId = sequenceSetId;
2294     }
2295
2296     /**
2297      * Sets the value of field 'showAnnotation'.
2298      *
2299      * @param showAnnotation the value of field 'showAnnotation'.
2300      */
2301     public void setShowAnnotation(
2302             final boolean showAnnotation) {
2303         this._showAnnotation = showAnnotation;
2304         this._has_showAnnotation = true;
2305     }
2306
2307     /**
2308      * Sets the value of field 'showBoxes'.
2309      *
2310      * @param showBoxes the value of field 'showBoxes'.
2311      */
2312     public void setShowBoxes(
2313             final boolean showBoxes) {
2314         this._showBoxes = showBoxes;
2315         this._has_showBoxes = true;
2316     }
2317
2318     /**
2319      * Sets the value of field 'showColourText'.
2320      *
2321      * @param showColourText the value of field 'showColourText'.
2322      */
2323     public void setShowColourText(
2324             final boolean showColourText) {
2325         this._showColourText = showColourText;
2326         this._has_showColourText = true;
2327     }
2328
2329     /**
2330      * Sets the value of field 'showConsensusHistogram'.
2331      *
2332      * @param showConsensusHistogram the value of field
2333      * 'showConsensusHistogram'.
2334      */
2335     public void setShowConsensusHistogram(
2336             final boolean showConsensusHistogram) {
2337         this._showConsensusHistogram = showConsensusHistogram;
2338         this._has_showConsensusHistogram = true;
2339     }
2340
2341     /**
2342      * Sets the value of field 'showDbRefTooltip'.
2343      *
2344      * @param showDbRefTooltip the value of field 'showDbRefTooltip'
2345      */
2346     public void setShowDbRefTooltip(
2347             final boolean showDbRefTooltip) {
2348         this._showDbRefTooltip = showDbRefTooltip;
2349         this._has_showDbRefTooltip = true;
2350     }
2351
2352     /**
2353      * Sets the value of field 'showFullId'.
2354      *
2355      * @param showFullId the value of field 'showFullId'.
2356      */
2357     public void setShowFullId(
2358             final boolean showFullId) {
2359         this._showFullId = showFullId;
2360         this._has_showFullId = true;
2361     }
2362
2363     /**
2364      * Sets the value of field 'showGroupConsensus'.
2365      *
2366      * @param showGroupConsensus the value of field
2367      * 'showGroupConsensus'.
2368      */
2369     public void setShowGroupConsensus(
2370             final boolean showGroupConsensus) {
2371         this._showGroupConsensus = showGroupConsensus;
2372         this._has_showGroupConsensus = true;
2373     }
2374
2375     /**
2376      * Sets the value of field 'showGroupConservation'.
2377      *
2378      * @param showGroupConservation the value of field
2379      * 'showGroupConservation'.
2380      */
2381     public void setShowGroupConservation(
2382             final boolean showGroupConservation) {
2383         this._showGroupConservation = showGroupConservation;
2384         this._has_showGroupConservation = true;
2385     }
2386
2387     /**
2388      * Sets the value of field 'showNPfeatureTooltip'.
2389      *
2390      * @param showNPfeatureTooltip the value of field
2391      * 'showNPfeatureTooltip'.
2392      */
2393     public void setShowNPfeatureTooltip(
2394             final boolean showNPfeatureTooltip) {
2395         this._showNPfeatureTooltip = showNPfeatureTooltip;
2396         this._has_showNPfeatureTooltip = true;
2397     }
2398
2399     /**
2400      * Sets the value of field 'showSequenceFeatures'.
2401      *
2402      * @param showSequenceFeatures the value of field
2403      * 'showSequenceFeatures'.
2404      */
2405     public void setShowSequenceFeatures(
2406             final boolean showSequenceFeatures) {
2407         this._showSequenceFeatures = showSequenceFeatures;
2408         this._has_showSequenceFeatures = true;
2409     }
2410
2411     /**
2412      * Sets the value of field 'showSequenceLogo'.
2413      *
2414      * @param showSequenceLogo the value of field 'showSequenceLogo'
2415      */
2416     public void setShowSequenceLogo(
2417             final boolean showSequenceLogo) {
2418         this._showSequenceLogo = showSequenceLogo;
2419         this._has_showSequenceLogo = true;
2420     }
2421
2422     /**
2423      * Sets the value of field 'showText'.
2424      *
2425      * @param showText the value of field 'showText'.
2426      */
2427     public void setShowText(
2428             final boolean showText) {
2429         this._showText = showText;
2430         this._has_showText = true;
2431     }
2432
2433     /**
2434      * Sets the value of field 'showUnconserved'.
2435      *
2436      * @param showUnconserved the value of field 'showUnconserved'.
2437      */
2438     public void setShowUnconserved(
2439             final boolean showUnconserved) {
2440         this._showUnconserved = showUnconserved;
2441         this._has_showUnconserved = true;
2442     }
2443
2444     /**
2445      * Sets the value of field 'startRes'.
2446      *
2447      * @param startRes the value of field 'startRes'.
2448      */
2449     public void setStartRes(
2450             final int startRes) {
2451         this._startRes = startRes;
2452         this._has_startRes = true;
2453     }
2454
2455     /**
2456      * Sets the value of field 'startSeq'.
2457      *
2458      * @param startSeq the value of field 'startSeq'.
2459      */
2460     public void setStartSeq(
2461             final int startSeq) {
2462         this._startSeq = startSeq;
2463         this._has_startSeq = true;
2464     }
2465
2466     /**
2467      * Sets the value of field 'textCol1'.
2468      *
2469      * @param textCol1 the value of field 'textCol1'.
2470      */
2471     public void setTextCol1(
2472             final int textCol1) {
2473         this._textCol1 = textCol1;
2474         this._has_textCol1 = true;
2475     }
2476
2477     /**
2478      * Sets the value of field 'textCol2'.
2479      *
2480      * @param textCol2 the value of field 'textCol2'.
2481      */
2482     public void setTextCol2(
2483             final int textCol2) {
2484         this._textCol2 = textCol2;
2485         this._has_textCol2 = true;
2486     }
2487
2488     /**
2489      * Sets the value of field 'textColThreshold'.
2490      *
2491      * @param textColThreshold the value of field 'textColThreshold'
2492      */
2493     public void setTextColThreshold(
2494             final int textColThreshold) {
2495         this._textColThreshold = textColThreshold;
2496         this._has_textColThreshold = true;
2497     }
2498
2499     /**
2500      * Sets the value of field 'title'.
2501      *
2502      * @param title the value of field 'title'.
2503      */
2504     public void setTitle(
2505             final java.lang.String title) {
2506         this._title = title;
2507     }
2508
2509     /**
2510      * Sets the value of field 'viewName'.
2511      *
2512      * @param viewName the value of field 'viewName'.
2513      */
2514     public void setViewName(
2515             final java.lang.String viewName) {
2516         this._viewName = viewName;
2517     }
2518
2519     /**
2520      * Sets the value of field 'width'.
2521      *
2522      * @param width the value of field 'width'.
2523      */
2524     public void setWidth(
2525             final int width) {
2526         this._width = width;
2527         this._has_width = true;
2528     }
2529
2530     /**
2531      * Sets the value of field 'wrapAlignment'.
2532      *
2533      * @param wrapAlignment the value of field 'wrapAlignment'.
2534      */
2535     public void setWrapAlignment(
2536             final boolean wrapAlignment) {
2537         this._wrapAlignment = wrapAlignment;
2538         this._has_wrapAlignment = true;
2539     }
2540
2541     /**
2542      * Sets the value of field 'xpos'.
2543      *
2544      * @param xpos the value of field 'xpos'.
2545      */
2546     public void setXpos(
2547             final int xpos) {
2548         this._xpos = xpos;
2549         this._has_xpos = true;
2550     }
2551
2552     /**
2553      * Sets the value of field 'ypos'.
2554      *
2555      * @param ypos the value of field 'ypos'.
2556      */
2557     public void setYpos(
2558             final int ypos) {
2559         this._ypos = ypos;
2560         this._has_ypos = true;
2561     }
2562
2563     /**
2564      * Method unmarshal.
2565      *
2566      * @param reader
2567      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
2568      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
2569      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
2570      * object is an invalid instance according to the schema
2571      * @return the unmarshaled
2572      * jalview.schemabinding.version2.Viewport
2573      */
2574     public static jalview.schemabinding.version2.Viewport unmarshal(
2575             final java.io.Reader reader)
2576     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
2577         return (jalview.schemabinding.version2.Viewport) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Viewport.class, reader);
2578     }
2579
2580     /**
2581      *
2582      *
2583      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
2584      * object is an invalid instance according to the schema
2585      */
2586     public void validate(
2587     )
2588     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
2589         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
2590         validator.validate(this);
2591     }
2592
2593 }