src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4.1)\r
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  * \r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  * \r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.schemabinding.version2;\r
  20 \r
  21   //---------------------------------/\r
  22  //- Imported classes and packages -/\r
  23 //---------------------------------/\r
  24 \r
  25 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  26 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  27 \r
  28 /**\r
  29  * Class Viewport.\r
  30  * \r
  31  * @version $Revision$ $Date$\r
  32  */\r
  33 public class Viewport implements java.io.Serializable {\r
  34 \r
  35 \r
  36       //--------------------------/\r
  37      //- Class/Member Variables -/\r
  38     //--------------------------/\r
  39 \r
  40     /**\r
  41      * Field _conservationSelected.\r
  42      */\r
  43     private boolean _conservationSelected;\r
  44 \r
  45     /**\r
  46      * keeps track of state for field: _conservationSelected\r
  47      */\r
  48     private boolean _has_conservationSelected;\r
  49 \r
  50     /**\r
  51      * Field _pidSelected.\r
  52      */\r
  53     private boolean _pidSelected;\r
  54 \r
  55     /**\r
  56      * keeps track of state for field: _pidSelected\r
  57      */\r
  58     private boolean _has_pidSelected;\r
  59 \r
  60     /**\r
  61      * Field _bgColour.\r
  62      */\r
  63     private java.lang.String _bgColour;\r
  64 \r
  65     /**\r
  66      * Field _consThreshold.\r
  67      */\r
  68     private int _consThreshold;\r
  69 \r
  70     /**\r
  71      * keeps track of state for field: _consThreshold\r
  72      */\r
  73     private boolean _has_consThreshold;\r
  74 \r
  75     /**\r
  76      * Field _pidThreshold.\r
  77      */\r
  78     private int _pidThreshold;\r
  79 \r
  80     /**\r
  81      * keeps track of state for field: _pidThreshold\r
  82      */\r
  83     private boolean _has_pidThreshold;\r
  84 \r
  85     /**\r
  86      * Field _title.\r
  87      */\r
  88     private java.lang.String _title;\r
  89 \r
  90     /**\r
  91      * Field _showFullId.\r
  92      */\r
  93     private boolean _showFullId;\r
  94 \r
  95     /**\r
  96      * keeps track of state for field: _showFullId\r
  97      */\r
  98     private boolean _has_showFullId;\r
  99 \r
 100     /**\r
 101      * Field _rightAlignIds.\r
 102      */\r
 103     private boolean _rightAlignIds;\r
 104 \r
 105     /**\r
 106      * keeps track of state for field: _rightAlignIds\r
 107      */\r
 108     private boolean _has_rightAlignIds;\r
 109 \r
 110     /**\r
 111      * Field _showText.\r
 112      */\r
 113     private boolean _showText;\r
 114 \r
 115     /**\r
 116      * keeps track of state for field: _showText\r
 117      */\r
 118     private boolean _has_showText;\r
 119 \r
 120     /**\r
 121      * Field _showColourText.\r
 122      */\r
 123     private boolean _showColourText;\r
 124 \r
 125     /**\r
 126      * keeps track of state for field: _showColourText\r
 127      */\r
 128     private boolean _has_showColourText;\r
 129 \r
 130     /**\r
 131      * Field _showUnconserved.\r
 132      */\r
 133     private boolean _showUnconserved = false;\r
 134 \r
 135     /**\r
 136      * keeps track of state for field: _showUnconserved\r
 137      */\r
 138     private boolean _has_showUnconserved;\r
 139 \r
 140     /**\r
 141      * Field _showBoxes.\r
 142      */\r
 143     private boolean _showBoxes;\r
 144 \r
 145     /**\r
 146      * keeps track of state for field: _showBoxes\r
 147      */\r
 148     private boolean _has_showBoxes;\r
 149 \r
 150     /**\r
 151      * Field _wrapAlignment.\r
 152      */\r
 153     private boolean _wrapAlignment;\r
 154 \r
 155     /**\r
 156      * keeps track of state for field: _wrapAlignment\r
 157      */\r
 158     private boolean _has_wrapAlignment;\r
 159 \r
 160     /**\r
 161      * Field _renderGaps.\r
 162      */\r
 163     private boolean _renderGaps;\r
 164 \r
 165     /**\r
 166      * keeps track of state for field: _renderGaps\r
 167      */\r
 168     private boolean _has_renderGaps;\r
 169 \r
 170     /**\r
 171      * Field _showSequenceFeatures.\r
 172      */\r
 173     private boolean _showSequenceFeatures;\r
 174 \r
 175     /**\r
 176      * keeps track of state for field: _showSequenceFeatures\r
 177      */\r
 178     private boolean _has_showSequenceFeatures;\r
 179 \r
 180     /**\r
 181      * Field _showNPfeatureTooltip.\r
 182      */\r
 183     private boolean _showNPfeatureTooltip;\r
 184 \r
 185     /**\r
 186      * keeps track of state for field: _showNPfeatureTooltip\r
 187      */\r
 188     private boolean _has_showNPfeatureTooltip;\r
 189 \r
 190     /**\r
 191      * Field _showDbRefTooltip.\r
 192      */\r
 193     private boolean _showDbRefTooltip;\r
 194 \r
 195     /**\r
 196      * keeps track of state for field: _showDbRefTooltip\r
 197      */\r
 198     private boolean _has_showDbRefTooltip;\r
 199 \r
 200     /**\r
 201      * Field _followHighlight.\r
 202      */\r
 203     private boolean _followHighlight = true;\r
 204 \r
 205     /**\r
 206      * keeps track of state for field: _followHighlight\r
 207      */\r
 208     private boolean _has_followHighlight;\r
 209 \r
 210     /**\r
 211      * Field _followSelection.\r
 212      */\r
 213     private boolean _followSelection = true;\r
 214 \r
 215     /**\r
 216      * keeps track of state for field: _followSelection\r
 217      */\r
 218     private boolean _has_followSelection;\r
 219 \r
 220     /**\r
 221      * Field _showAnnotation.\r
 222      */\r
 223     private boolean _showAnnotation;\r
 224 \r
 225     /**\r
 226      * keeps track of state for field: _showAnnotation\r
 227      */\r
 228     private boolean _has_showAnnotation;\r
 229 \r
 230     /**\r
 231      * Field _centreColumnLabels.\r
 232      */\r
 233     private boolean _centreColumnLabels = false;\r
 234 \r
 235     /**\r
 236      * keeps track of state for field: _centreColumnLabels\r
 237      */\r
 238     private boolean _has_centreColumnLabels;\r
 239 \r
 240     /**\r
 241      * Field _showGroupConservation.\r
 242      */\r
 243     private boolean _showGroupConservation = false;\r
 244 \r
 245     /**\r
 246      * keeps track of state for field: _showGroupConservation\r
 247      */\r
 248     private boolean _has_showGroupConservation;\r
 249 \r
 250     /**\r
 251      * Field _showGroupConsensus.\r
 252      */\r
 253     private boolean _showGroupConsensus = false;\r
 254 \r
 255     /**\r
 256      * keeps track of state for field: _showGroupConsensus\r
 257      */\r
 258     private boolean _has_showGroupConsensus;\r
 259 \r
 260     /**\r
 261      * Field _showConsensusHistogram.\r
 262      */\r
 263     private boolean _showConsensusHistogram = true;\r
 264 \r
 265     /**\r
 266      * keeps track of state for field: _showConsensusHistogram\r
 267      */\r
 268     private boolean _has_showConsensusHistogram;\r
 269 \r
 270     /**\r
 271      * Field _showSequenceLogo.\r
 272      */\r
 273     private boolean _showSequenceLogo = false;\r
 274 \r
 275     /**\r
 276      * keeps track of state for field: _showSequenceLogo\r
 277      */\r
 278     private boolean _has_showSequenceLogo;\r
 279 \r
 280     /**\r
 281      * Field _ignoreGapsinConsensus.\r
 282      */\r
 283     private boolean _ignoreGapsinConsensus = true;\r
 284 \r
 285     /**\r
 286      * keeps track of state for field: _ignoreGapsinConsensus\r
 287      */\r
 288     private boolean _has_ignoreGapsinConsensus;\r
 289 \r
 290     /**\r
 291      * Field _xpos.\r
 292      */\r
 293     private int _xpos;\r
 294 \r
 295     /**\r
 296      * keeps track of state for field: _xpos\r
 297      */\r
 298     private boolean _has_xpos;\r
 299 \r
 300     /**\r
 301      * Field _ypos.\r
 302      */\r
 303     private int _ypos;\r
 304 \r
 305     /**\r
 306      * keeps track of state for field: _ypos\r
 307      */\r
 308     private boolean _has_ypos;\r
 309 \r
 310     /**\r
 311      * Field _width.\r
 312      */\r
 313     private int _width;\r
 314 \r
 315     /**\r
 316      * keeps track of state for field: _width\r
 317      */\r
 318     private boolean _has_width;\r
 319 \r
 320     /**\r
 321      * Field _height.\r
 322      */\r
 323     private int _height;\r
 324 \r
 325     /**\r
 326      * keeps track of state for field: _height\r
 327      */\r
 328     private boolean _has_height;\r
 329 \r
 330     /**\r
 331      * Field _startRes.\r
 332      */\r
 333     private int _startRes;\r
 334 \r
 335     /**\r
 336      * keeps track of state for field: _startRes\r
 337      */\r
 338     private boolean _has_startRes;\r
 339 \r
 340     /**\r
 341      * Field _startSeq.\r
 342      */\r
 343     private int _startSeq;\r
 344 \r
 345     /**\r
 346      * keeps track of state for field: _startSeq\r
 347      */\r
 348     private boolean _has_startSeq;\r
 349 \r
 350     /**\r
 351      * Field _fontName.\r
 352      */\r
 353     private java.lang.String _fontName;\r
 354 \r
 355     /**\r
 356      * Field _fontSize.\r
 357      */\r
 358     private int _fontSize;\r
 359 \r
 360     /**\r
 361      * keeps track of state for field: _fontSize\r
 362      */\r
 363     private boolean _has_fontSize;\r
 364 \r
 365     /**\r
 366      * Field _fontStyle.\r
 367      */\r
 368     private int _fontStyle;\r
 369 \r
 370     /**\r
 371      * keeps track of state for field: _fontStyle\r
 372      */\r
 373     private boolean _has_fontStyle;\r
 374 \r
 375     /**\r
 376      * Field _viewName.\r
 377      */\r
 378     private java.lang.String _viewName;\r
 379 \r
 380     /**\r
 381      * Field _sequenceSetId.\r
 382      */\r
 383     private java.lang.String _sequenceSetId;\r
 384 \r
 385     /**\r
 386      * Field _gatheredViews.\r
 387      */\r
 388     private boolean _gatheredViews;\r
 389 \r
 390     /**\r
 391      * keeps track of state for field: _gatheredViews\r
 392      */\r
 393     private boolean _has_gatheredViews;\r
 394 \r
 395     /**\r
 396      * Field _textCol1.\r
 397      */\r
 398     private int _textCol1;\r
 399 \r
 400     /**\r
 401      * keeps track of state for field: _textCol1\r
 402      */\r
 403     private boolean _has_textCol1;\r
 404 \r
 405     /**\r
 406      * Field _textCol2.\r
 407      */\r
 408     private int _textCol2;\r
 409 \r
 410     /**\r
 411      * keeps track of state for field: _textCol2\r
 412      */\r
 413     private boolean _has_textCol2;\r
 414 \r
 415     /**\r
 416      * Field _textColThreshold.\r
 417      */\r
 418     private int _textColThreshold;\r
 419 \r
 420     /**\r
 421      * keeps track of state for field: _textColThreshold\r
 422      */\r
 423     private boolean _has_textColThreshold;\r
 424 \r
 425     /**\r
 426      * unique id used by jalview to synchronize between stored and\r
 427      * instantiated views\r
 428      *  \r
 429      */\r
 430     private java.lang.String _id;\r
 431 \r
 432     /**\r
 433      * Field _annotationColours.\r
 434      */\r
 435     private jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours _annotationColours;\r
 436 \r
 437     /**\r
 438      * Field _hiddenColumnsList.\r
 439      */\r
 440     private java.util.Vector _hiddenColumnsList;\r
 441 \r
 442 \r
 443       //----------------/\r
 444      //- Constructors -/\r
 445     //----------------/\r
 446 \r
 447     public Viewport() {\r
 448         super();\r
 449         this._hiddenColumnsList = new java.util.Vector();\r
 450     }\r
 451 \r
 452 \r
 453       //-----------/\r
 454      //- Methods -/\r
 455     //-----------/\r
 456 \r
 457     /**\r
 458      * \r
 459      * \r
 460      * @param vHiddenColumns\r
 461      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 462      * given is outside the bounds of the collection\r
 463      */\r
 464     public void addHiddenColumns(\r
 465             final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
 466     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 467         this._hiddenColumnsList.addElement(vHiddenColumns);\r
 468     }\r
 469 \r
 470     /**\r
 471      * \r
 472      * \r
 473      * @param index\r
 474      * @param vHiddenColumns\r
 475      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 476      * given is outside the bounds of the collection\r
 477      */\r
 478     public void addHiddenColumns(\r
 479             final int index,\r
 480             final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
 481     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 482         this._hiddenColumnsList.add(index, vHiddenColumns);\r
 483     }\r
 484 \r
 485     /**\r
 486      */\r
 487     public void deleteCentreColumnLabels(\r
 488     ) {\r
 489         this._has_centreColumnLabels= false;\r
 490     }\r
 491 \r
 492     /**\r
 493      */\r
 494     public void deleteConsThreshold(\r
 495     ) {\r
 496         this._has_consThreshold= false;\r
 497     }\r
 498 \r
 499     /**\r
 500      */\r
 501     public void deleteConservationSelected(\r
 502     ) {\r
 503         this._has_conservationSelected= false;\r
 504     }\r
 505 \r
 506     /**\r
 507      */\r
 508     public void deleteFollowHighlight(\r
 509     ) {\r
 510         this._has_followHighlight= false;\r
 511     }\r
 512 \r
 513     /**\r
 514      */\r
 515     public void deleteFollowSelection(\r
 516     ) {\r
 517         this._has_followSelection= false;\r
 518     }\r
 519 \r
 520     /**\r
 521      */\r
 522     public void deleteFontSize(\r
 523     ) {\r
 524         this._has_fontSize= false;\r
 525     }\r
 526 \r
 527     /**\r
 528      */\r
 529     public void deleteFontStyle(\r
 530     ) {\r
 531         this._has_fontStyle= false;\r
 532     }\r
 533 \r
 534     /**\r
 535      */\r
 536     public void deleteGatheredViews(\r
 537     ) {\r
 538         this._has_gatheredViews= false;\r
 539     }\r
 540 \r
 541     /**\r
 542      */\r
 543     public void deleteHeight(\r
 544     ) {\r
 545         this._has_height= false;\r
 546     }\r
 547 \r
 548     /**\r
 549      */\r
 550     public void deleteIgnoreGapsinConsensus(\r
 551     ) {\r
 552         this._has_ignoreGapsinConsensus= false;\r
 553     }\r
 554 \r
 555     /**\r
 556      */\r
 557     public void deletePidSelected(\r
 558     ) {\r
 559         this._has_pidSelected= false;\r
 560     }\r
 561 \r
 562     /**\r
 563      */\r
 564     public void deletePidThreshold(\r
 565     ) {\r
 566         this._has_pidThreshold= false;\r
 567     }\r
 568 \r
 569     /**\r
 570      */\r
 571     public void deleteRenderGaps(\r
 572     ) {\r
 573         this._has_renderGaps= false;\r
 574     }\r
 575 \r
 576     /**\r
 577      */\r
 578     public void deleteRightAlignIds(\r
 579     ) {\r
 580         this._has_rightAlignIds= false;\r
 581     }\r
 582 \r
 583     /**\r
 584      */\r
 585     public void deleteShowAnnotation(\r
 586     ) {\r
 587         this._has_showAnnotation= false;\r
 588     }\r
 589 \r
 590     /**\r
 591      */\r
 592     public void deleteShowBoxes(\r
 593     ) {\r
 594         this._has_showBoxes= false;\r
 595     }\r
 596 \r
 597     /**\r
 598      */\r
 599     public void deleteShowColourText(\r
 600     ) {\r
 601         this._has_showColourText= false;\r
 602     }\r
 603 \r
 604     /**\r
 605      */\r
 606     public void deleteShowConsensusHistogram(\r
 607     ) {\r
 608         this._has_showConsensusHistogram= false;\r
 609     }\r
 610 \r
 611     /**\r
 612      */\r
 613     public void deleteShowDbRefTooltip(\r
 614     ) {\r
 615         this._has_showDbRefTooltip= false;\r
 616     }\r
 617 \r
 618     /**\r
 619      */\r
 620     public void deleteShowFullId(\r
 621     ) {\r
 622         this._has_showFullId= false;\r
 623     }\r
 624 \r
 625     /**\r
 626      */\r
 627     public void deleteShowGroupConsensus(\r
 628     ) {\r
 629         this._has_showGroupConsensus= false;\r
 630     }\r
 631 \r
 632     /**\r
 633      */\r
 634     public void deleteShowGroupConservation(\r
 635     ) {\r
 636         this._has_showGroupConservation= false;\r
 637     }\r
 638 \r
 639     /**\r
 640      */\r
 641     public void deleteShowNPfeatureTooltip(\r
 642     ) {\r
 643         this._has_showNPfeatureTooltip= false;\r
 644     }\r
 645 \r
 646     /**\r
 647      */\r
 648     public void deleteShowSequenceFeatures(\r
 649     ) {\r
 650         this._has_showSequenceFeatures= false;\r
 651     }\r
 652 \r
 653     /**\r
 654      */\r
 655     public void deleteShowSequenceLogo(\r
 656     ) {\r
 657         this._has_showSequenceLogo= false;\r
 658     }\r
 659 \r
 660     /**\r
 661      */\r
 662     public void deleteShowText(\r
 663     ) {\r
 664         this._has_showText= false;\r
 665     }\r
 666 \r
 667     /**\r
 668      */\r
 669     public void deleteShowUnconserved(\r
 670     ) {\r
 671         this._has_showUnconserved= false;\r
 672     }\r
 673 \r
 674     /**\r
 675      */\r
 676     public void deleteStartRes(\r
 677     ) {\r
 678         this._has_startRes= false;\r
 679     }\r
 680 \r
 681     /**\r
 682      */\r
 683     public void deleteStartSeq(\r
 684     ) {\r
 685         this._has_startSeq= false;\r
 686     }\r
 687 \r
 688     /**\r
 689      */\r
 690     public void deleteTextCol1(\r
 691     ) {\r
 692         this._has_textCol1= false;\r
 693     }\r
 694 \r
 695     /**\r
 696      */\r
 697     public void deleteTextCol2(\r
 698     ) {\r
 699         this._has_textCol2= false;\r
 700     }\r
 701 \r
 702     /**\r
 703      */\r
 704     public void deleteTextColThreshold(\r
 705     ) {\r
 706         this._has_textColThreshold= false;\r
 707     }\r
 708 \r
 709     /**\r
 710      */\r
 711     public void deleteWidth(\r
 712     ) {\r
 713         this._has_width= false;\r
 714     }\r
 715 \r
 716     /**\r
 717      */\r
 718     public void deleteWrapAlignment(\r
 719     ) {\r
 720         this._has_wrapAlignment= false;\r
 721     }\r
 722 \r
 723     /**\r
 724      */\r
 725     public void deleteXpos(\r
 726     ) {\r
 727         this._has_xpos= false;\r
 728     }\r
 729 \r
 730     /**\r
 731      */\r
 732     public void deleteYpos(\r
 733     ) {\r
 734         this._has_ypos= false;\r
 735     }\r
 736 \r
 737     /**\r
 738      * Method enumerateHiddenColumns.\r
 739      * \r
 740      * @return an Enumeration over all\r
 741      * jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns elements\r
 742      */\r
 743     public java.util.Enumeration enumerateHiddenColumns(\r
 744     ) {\r
 745         return this._hiddenColumnsList.elements();\r
 746     }\r
 747 \r
 748     /**\r
 749      * Returns the value of field 'annotationColours'.\r
 750      * \r
 751      * @return the value of field 'AnnotationColours'.\r
 752      */\r
 753     public jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours getAnnotationColours(\r
 754     ) {\r
 755         return this._annotationColours;\r
 756     }\r
 757 \r
 758     /**\r
 759      * Returns the value of field 'bgColour'.\r
 760      * \r
 761      * @return the value of field 'BgColour'.\r
 762      */\r
 763     public java.lang.String getBgColour(\r
 764     ) {\r
 765         return this._bgColour;\r
 766     }\r
 767 \r
 768     /**\r
 769      * Returns the value of field 'centreColumnLabels'.\r
 770      * \r
 771      * @return the value of field 'CentreColumnLabels'.\r
 772      */\r
 773     public boolean getCentreColumnLabels(\r
 774     ) {\r
 775         return this._centreColumnLabels;\r
 776     }\r
 777 \r
 778     /**\r
 779      * Returns the value of field 'consThreshold'.\r
 780      * \r
 781      * @return the value of field 'ConsThreshold'.\r
 782      */\r
 783     public int getConsThreshold(\r
 784     ) {\r
 785         return this._consThreshold;\r
 786     }\r
 787 \r
 788     /**\r
 789      * Returns the value of field 'conservationSelected'.\r
 790      * \r
 791      * @return the value of field 'ConservationSelected'.\r
 792      */\r
 793     public boolean getConservationSelected(\r
 794     ) {\r
 795         return this._conservationSelected;\r
 796     }\r
 797 \r
 798     /**\r
 799      * Returns the value of field 'followHighlight'.\r
 800      * \r
 801      * @return the value of field 'FollowHighlight'.\r
 802      */\r
 803     public boolean getFollowHighlight(\r
 804     ) {\r
 805         return this._followHighlight;\r
 806     }\r
 807 \r
 808     /**\r
 809      * Returns the value of field 'followSelection'.\r
 810      * \r
 811      * @return the value of field 'FollowSelection'.\r
 812      */\r
 813     public boolean getFollowSelection(\r
 814     ) {\r
 815         return this._followSelection;\r
 816     }\r
 817 \r
 818     /**\r
 819      * Returns the value of field 'fontName'.\r
 820      * \r
 821      * @return the value of field 'FontName'.\r
 822      */\r
 823     public java.lang.String getFontName(\r
 824     ) {\r
 825         return this._fontName;\r
 826     }\r
 827 \r
 828     /**\r
 829      * Returns the value of field 'fontSize'.\r
 830      * \r
 831      * @return the value of field 'FontSize'.\r
 832      */\r
 833     public int getFontSize(\r
 834     ) {\r
 835         return this._fontSize;\r
 836     }\r
 837 \r
 838     /**\r
 839      * Returns the value of field 'fontStyle'.\r
 840      * \r
 841      * @return the value of field 'FontStyle'.\r
 842      */\r
 843     public int getFontStyle(\r
 844     ) {\r
 845         return this._fontStyle;\r
 846     }\r
 847 \r
 848     /**\r
 849      * Returns the value of field 'gatheredViews'.\r
 850      * \r
 851      * @return the value of field 'GatheredViews'.\r
 852      */\r
 853     public boolean getGatheredViews(\r
 854     ) {\r
 855         return this._gatheredViews;\r
 856     }\r
 857 \r
 858     /**\r
 859      * Returns the value of field 'height'.\r
 860      * \r
 861      * @return the value of field 'Height'.\r
 862      */\r
 863     public int getHeight(\r
 864     ) {\r
 865         return this._height;\r
 866     }\r
 867 \r
 868     /**\r
 869      * Method getHiddenColumns.\r
 870      * \r
 871      * @param index\r
 872      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 873      * given is outside the bounds of the collection\r
 874      * @return the value of the\r
 875      * jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns at the given\r
 876      * index\r
 877      */\r
 878     public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns getHiddenColumns(\r
 879             final int index)\r
 880     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 881         // check bounds for index\r
 882         if (index < 0 || index >= this._hiddenColumnsList.size()) {\r
 883             throw new IndexOutOfBoundsException("getHiddenColumns: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._hiddenColumnsList.size() - 1) + "]");\r
 884         }\r
 885         \r
 886         return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) _hiddenColumnsList.get(index);\r
 887     }\r
 888 \r
 889     /**\r
 890      * Method getHiddenColumns.Returns the contents of the\r
 891      * collection in an Array.  <p>Note:  Just in case the\r
 892      * collection contents are changing in another thread, we pass\r
 893      * a 0-length Array of the correct type into the API call. \r
 894      * This way we <i>know</i> that the Array returned is of\r
 895      * exactly the correct length.\r
 896      * \r
 897      * @return this collection as an Array\r
 898      */\r
 899     public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] getHiddenColumns(\r
 900     ) {\r
 901         jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] array = new jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[0];\r
 902         return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[]) this._hiddenColumnsList.toArray(array);\r
 903     }\r
 904 \r
 905     /**\r
 906      * Method getHiddenColumnsCount.\r
 907      * \r
 908      * @return the size of this collection\r
 909      */\r
 910     public int getHiddenColumnsCount(\r
 911     ) {\r
 912         return this._hiddenColumnsList.size();\r
 913     }\r
 914 \r
 915     /**\r
 916      * Returns the value of field 'id'. The field 'id' has the\r
 917      * following description: unique id used by jalview to\r
 918      * synchronize between stored and instantiated views\r
 919      *  \r
 920      * \r
 921      * @return the value of field 'Id'.\r
 922      */\r
 923     public java.lang.String getId(\r
 924     ) {\r
 925         return this._id;\r
 926     }\r
 927 \r
 928     /**\r
 929      * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.\r
 930      * \r
 931      * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.\r
 932      */\r
 933     public boolean getIgnoreGapsinConsensus(\r
 934     ) {\r
 935         return this._ignoreGapsinConsensus;\r
 936     }\r
 937 \r
 938     /**\r
 939      * Returns the value of field 'pidSelected'.\r
 940      * \r
 941      * @return the value of field 'PidSelected'.\r
 942      */\r
 943     public boolean getPidSelected(\r
 944     ) {\r
 945         return this._pidSelected;\r
 946     }\r
 947 \r
 948     /**\r
 949      * Returns the value of field 'pidThreshold'.\r
 950      * \r
 951      * @return the value of field 'PidThreshold'.\r
 952      */\r
 953     public int getPidThreshold(\r
 954     ) {\r
 955         return this._pidThreshold;\r
 956     }\r
 957 \r
 958     /**\r
 959      * Returns the value of field 'renderGaps'.\r
 960      * \r
 961      * @return the value of field 'RenderGaps'.\r
 962      */\r
 963     public boolean getRenderGaps(\r
 964     ) {\r
 965         return this._renderGaps;\r
 966     }\r
 967 \r
 968     /**\r
 969      * Returns the value of field 'rightAlignIds'.\r
 970      * \r
 971      * @return the value of field 'RightAlignIds'.\r
 972      */\r
 973     public boolean getRightAlignIds(\r
 974     ) {\r
 975         return this._rightAlignIds;\r
 976     }\r
 977 \r
 978     /**\r
 979      * Returns the value of field 'sequenceSetId'.\r
 980      * \r
 981      * @return the value of field 'SequenceSetId'.\r
 982      */\r
 983     public java.lang.String getSequenceSetId(\r
 984     ) {\r
 985         return this._sequenceSetId;\r
 986     }\r
 987 \r
 988     /**\r
 989      * Returns the value of field 'showAnnotation'.\r
 990      * \r
 991      * @return the value of field 'ShowAnnotation'.\r
 992      */\r
 993     public boolean getShowAnnotation(\r
 994     ) {\r
 995         return this._showAnnotation;\r
 996     }\r
 997 \r
 998     /**\r
 999      * Returns the value of field 'showBoxes'.\r
1000      * \r
1001      * @return the value of field 'ShowBoxes'.\r
1002      */\r
1003     public boolean getShowBoxes(\r
1004     ) {\r
1005         return this._showBoxes;\r
1006     }\r
1007 \r
1008     /**\r
1009      * Returns the value of field 'showColourText'.\r
1010      * \r
1011      * @return the value of field 'ShowColourText'.\r
1012      */\r
1013     public boolean getShowColourText(\r
1014     ) {\r
1015         return this._showColourText;\r
1016     }\r
1017 \r
1018     /**\r
1019      * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.\r
1020      * \r
1021      * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.\r
1022      */\r
1023     public boolean getShowConsensusHistogram(\r
1024     ) {\r
1025         return this._showConsensusHistogram;\r
1026     }\r
1027 \r
1028     /**\r
1029      * Returns the value of field 'showDbRefTooltip'.\r
1030      * \r
1031      * @return the value of field 'ShowDbRefTooltip'.\r
1032      */\r
1033     public boolean getShowDbRefTooltip(\r
1034     ) {\r
1035         return this._showDbRefTooltip;\r
1036     }\r
1037 \r
1038     /**\r
1039      * Returns the value of field 'showFullId'.\r
1040      * \r
1041      * @return the value of field 'ShowFullId'.\r
1042      */\r
1043     public boolean getShowFullId(\r
1044     ) {\r
1045         return this._showFullId;\r
1046     }\r
1047 \r
1048     /**\r
1049      * Returns the value of field 'showGroupConsensus'.\r
1050      * \r
1051      * @return the value of field 'ShowGroupConsensus'.\r
1052      */\r
1053     public boolean getShowGroupConsensus(\r
1054     ) {\r
1055         return this._showGroupConsensus;\r
1056     }\r
1057 \r
1058     /**\r
1059      * Returns the value of field 'showGroupConservation'.\r
1060      * \r
1061      * @return the value of field 'ShowGroupConservation'.\r
1062      */\r
1063     public boolean getShowGroupConservation(\r
1064     ) {\r
1065         return this._showGroupConservation;\r
1066     }\r
1067 \r
1068     /**\r
1069      * Returns the value of field 'showNPfeatureTooltip'.\r
1070      * \r
1071      * @return the value of field 'ShowNPfeatureTooltip'.\r
1072      */\r
1073     public boolean getShowNPfeatureTooltip(\r
1074     ) {\r
1075         return this._showNPfeatureTooltip;\r
1076     }\r
1077 \r
1078     /**\r
1079      * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
1080      * \r
1081      * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.\r
1082      */\r
1083     public boolean getShowSequenceFeatures(\r
1084     ) {\r
1085         return this._showSequenceFeatures;\r
1086     }\r
1087 \r
1088     /**\r
1089      * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.\r
1090      * \r
1091      * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.\r
1092      */\r
1093     public boolean getShowSequenceLogo(\r
1094     ) {\r
1095         return this._showSequenceLogo;\r
1096     }\r
1097 \r
1098     /**\r
1099      * Returns the value of field 'showText'.\r
1100      * \r
1101      * @return the value of field 'ShowText'.\r
1102      */\r
1103     public boolean getShowText(\r
1104     ) {\r
1105         return this._showText;\r
1106     }\r
1107 \r
1108     /**\r
1109      * Returns the value of field 'showUnconserved'.\r
1110      * \r
1111      * @return the value of field 'ShowUnconserved'.\r
1112      */\r
1113     public boolean getShowUnconserved(\r
1114     ) {\r
1115         return this._showUnconserved;\r
1116     }\r
1117 \r
1118     /**\r
1119      * Returns the value of field 'startRes'.\r
1120      * \r
1121      * @return the value of field 'StartRes'.\r
1122      */\r
1123     public int getStartRes(\r
1124     ) {\r
1125         return this._startRes;\r
1126     }\r
1127 \r
1128     /**\r
1129      * Returns the value of field 'startSeq'.\r
1130      * \r
1131      * @return the value of field 'StartSeq'.\r
1132      */\r
1133     public int getStartSeq(\r
1134     ) {\r
1135         return this._startSeq;\r
1136     }\r
1137 \r
1138     /**\r
1139      * Returns the value of field 'textCol1'.\r
1140      * \r
1141      * @return the value of field 'TextCol1'.\r
1142      */\r
1143     public int getTextCol1(\r
1144     ) {\r
1145         return this._textCol1;\r
1146     }\r
1147 \r
1148     /**\r
1149      * Returns the value of field 'textCol2'.\r
1150      * \r
1151      * @return the value of field 'TextCol2'.\r
1152      */\r
1153     public int getTextCol2(\r
1154     ) {\r
1155         return this._textCol2;\r
1156     }\r
1157 \r
1158     /**\r
1159      * Returns the value of field 'textColThreshold'.\r
1160      * \r
1161      * @return the value of field 'TextColThreshold'.\r
1162      */\r
1163     public int getTextColThreshold(\r
1164     ) {\r
1165         return this._textColThreshold;\r
1166     }\r
1167 \r
1168     /**\r
1169      * Returns the value of field 'title'.\r
1170      * \r
1171      * @return the value of field 'Title'.\r
1172      */\r
1173     public java.lang.String getTitle(\r
1174     ) {\r
1175         return this._title;\r
1176     }\r
1177 \r
1178     /**\r
1179      * Returns the value of field 'viewName'.\r
1180      * \r
1181      * @return the value of field 'ViewName'.\r
1182      */\r
1183     public java.lang.String getViewName(\r
1184     ) {\r
1185         return this._viewName;\r
1186     }\r
1187 \r
1188     /**\r
1189      * Returns the value of field 'width'.\r
1190      * \r
1191      * @return the value of field 'Width'.\r
1192      */\r
1193     public int getWidth(\r
1194     ) {\r
1195         return this._width;\r
1196     }\r
1197 \r
1198     /**\r
1199      * Returns the value of field 'wrapAlignment'.\r
1200      * \r
1201      * @return the value of field 'WrapAlignment'.\r
1202      */\r
1203     public boolean getWrapAlignment(\r
1204     ) {\r
1205         return this._wrapAlignment;\r
1206     }\r
1207 \r
1208     /**\r
1209      * Returns the value of field 'xpos'.\r
1210      * \r
1211      * @return the value of field 'Xpos'.\r
1212      */\r
1213     public int getXpos(\r
1214     ) {\r
1215         return this._xpos;\r
1216     }\r
1217 \r
1218     /**\r
1219      * Returns the value of field 'ypos'.\r
1220      * \r
1221      * @return the value of field 'Ypos'.\r
1222      */\r
1223     public int getYpos(\r
1224     ) {\r
1225         return this._ypos;\r
1226     }\r
1227 \r
1228     /**\r
1229      * Method hasCentreColumnLabels.\r
1230      * \r
1231      * @return true if at least one CentreColumnLabels has been adde\r
1232      */\r
1233     public boolean hasCentreColumnLabels(\r
1234     ) {\r
1235         return this._has_centreColumnLabels;\r
1236     }\r
1237 \r
1238     /**\r
1239      * Method hasConsThreshold.\r
1240      * \r
1241      * @return true if at least one ConsThreshold has been added\r
1242      */\r
1243     public boolean hasConsThreshold(\r
1244     ) {\r
1245         return this._has_consThreshold;\r
1246     }\r
1247 \r
1248     /**\r
1249      * Method hasConservationSelected.\r
1250      * \r
1251      * @return true if at least one ConservationSelected has been\r
1252      * added\r
1253      */\r
1254     public boolean hasConservationSelected(\r
1255     ) {\r
1256         return this._has_conservationSelected;\r
1257     }\r
1258 \r
1259     /**\r
1260      * Method hasFollowHighlight.\r
1261      * \r
1262      * @return true if at least one FollowHighlight has been added\r
1263      */\r
1264     public boolean hasFollowHighlight(\r
1265     ) {\r
1266         return this._has_followHighlight;\r
1267     }\r
1268 \r
1269     /**\r
1270      * Method hasFollowSelection.\r
1271      * \r
1272      * @return true if at least one FollowSelection has been added\r
1273      */\r
1274     public boolean hasFollowSelection(\r
1275     ) {\r
1276         return this._has_followSelection;\r
1277     }\r
1278 \r
1279     /**\r
1280      * Method hasFontSize.\r
1281      * \r
1282      * @return true if at least one FontSize has been added\r
1283      */\r
1284     public boolean hasFontSize(\r
1285     ) {\r
1286         return this._has_fontSize;\r
1287     }\r
1288 \r
1289     /**\r
1290      * Method hasFontStyle.\r
1291      * \r
1292      * @return true if at least one FontStyle has been added\r
1293      */\r
1294     public boolean hasFontStyle(\r
1295     ) {\r
1296         return this._has_fontStyle;\r
1297     }\r
1298 \r
1299     /**\r
1300      * Method hasGatheredViews.\r
1301      * \r
1302      * @return true if at least one GatheredViews has been added\r
1303      */\r
1304     public boolean hasGatheredViews(\r
1305     ) {\r
1306         return this._has_gatheredViews;\r
1307     }\r
1308 \r
1309     /**\r
1310      * Method hasHeight.\r
1311      * \r
1312      * @return true if at least one Height has been added\r
1313      */\r
1314     public boolean hasHeight(\r
1315     ) {\r
1316         return this._has_height;\r
1317     }\r
1318 \r
1319     /**\r
1320      * Method hasIgnoreGapsinConsensus.\r
1321      * \r
1322      * @return true if at least one IgnoreGapsinConsensus has been\r
1323      * added\r
1324      */\r
1325     public boolean hasIgnoreGapsinConsensus(\r
1326     ) {\r
1327         return this._has_ignoreGapsinConsensus;\r
1328     }\r
1329 \r
1330     /**\r
1331      * Method hasPidSelected.\r
1332      * \r
1333      * @return true if at least one PidSelected has been added\r
1334      */\r
1335     public boolean hasPidSelected(\r
1336     ) {\r
1337         return this._has_pidSelected;\r
1338     }\r
1339 \r
1340     /**\r
1341      * Method hasPidThreshold.\r
1342      * \r
1343      * @return true if at least one PidThreshold has been added\r
1344      */\r
1345     public boolean hasPidThreshold(\r
1346     ) {\r
1347         return this._has_pidThreshold;\r
1348     }\r
1349 \r
1350     /**\r
1351      * Method hasRenderGaps.\r
1352      * \r
1353      * @return true if at least one RenderGaps has been added\r
1354      */\r
1355     public boolean hasRenderGaps(\r
1356     ) {\r
1357         return this._has_renderGaps;\r
1358     }\r
1359 \r
1360     /**\r
1361      * Method hasRightAlignIds.\r
1362      * \r
1363      * @return true if at least one RightAlignIds has been added\r
1364      */\r
1365     public boolean hasRightAlignIds(\r
1366     ) {\r
1367         return this._has_rightAlignIds;\r
1368     }\r
1369 \r
1370     /**\r
1371      * Method hasShowAnnotation.\r
1372      * \r
1373      * @return true if at least one ShowAnnotation has been added\r
1374      */\r
1375     public boolean hasShowAnnotation(\r
1376     ) {\r
1377         return this._has_showAnnotation;\r
1378     }\r
1379 \r
1380     /**\r
1381      * Method hasShowBoxes.\r
1382      * \r
1383      * @return true if at least one ShowBoxes has been added\r
1384      */\r
1385     public boolean hasShowBoxes(\r
1386     ) {\r
1387         return this._has_showBoxes;\r
1388     }\r
1389 \r
1390     /**\r
1391      * Method hasShowColourText.\r
1392      * \r
1393      * @return true if at least one ShowColourText has been added\r
1394      */\r
1395     public boolean hasShowColourText(\r
1396     ) {\r
1397         return this._has_showColourText;\r
1398     }\r
1399 \r
1400     /**\r
1401      * Method hasShowConsensusHistogram.\r
1402      * \r
1403      * @return true if at least one ShowConsensusHistogram has been\r
1404      * added\r
1405      */\r
1406     public boolean hasShowConsensusHistogram(\r
1407     ) {\r
1408         return this._has_showConsensusHistogram;\r
1409     }\r
1410 \r
1411     /**\r
1412      * Method hasShowDbRefTooltip.\r
1413      * \r
1414      * @return true if at least one ShowDbRefTooltip has been added\r
1415      */\r
1416     public boolean hasShowDbRefTooltip(\r
1417     ) {\r
1418         return this._has_showDbRefTooltip;\r
1419     }\r
1420 \r
1421     /**\r
1422      * Method hasShowFullId.\r
1423      * \r
1424      * @return true if at least one ShowFullId has been added\r
1425      */\r
1426     public boolean hasShowFullId(\r
1427     ) {\r
1428         return this._has_showFullId;\r
1429     }\r
1430 \r
1431     /**\r
1432      * Method hasShowGroupConsensus.\r
1433      * \r
1434      * @return true if at least one ShowGroupConsensus has been adde\r
1435      */\r
1436     public boolean hasShowGroupConsensus(\r
1437     ) {\r
1438         return this._has_showGroupConsensus;\r
1439     }\r
1440 \r
1441     /**\r
1442      * Method hasShowGroupConservation.\r
1443      * \r
1444      * @return true if at least one ShowGroupConservation has been\r
1445      * added\r
1446      */\r
1447     public boolean hasShowGroupConservation(\r
1448     ) {\r
1449         return this._has_showGroupConservation;\r
1450     }\r
1451 \r
1452     /**\r
1453      * Method hasShowNPfeatureTooltip.\r
1454      * \r
1455      * @return true if at least one ShowNPfeatureTooltip has been\r
1456      * added\r
1457      */\r
1458     public boolean hasShowNPfeatureTooltip(\r
1459     ) {\r
1460         return this._has_showNPfeatureTooltip;\r
1461     }\r
1462 \r
1463     /**\r
1464      * Method hasShowSequenceFeatures.\r
1465      * \r
1466      * @return true if at least one ShowSequenceFeatures has been\r
1467      * added\r
1468      */\r
1469     public boolean hasShowSequenceFeatures(\r
1470     ) {\r
1471         return this._has_showSequenceFeatures;\r
1472     }\r
1473 \r
1474     /**\r
1475      * Method hasShowSequenceLogo.\r
1476      * \r
1477      * @return true if at least one ShowSequenceLogo has been added\r
1478      */\r
1479     public boolean hasShowSequenceLogo(\r
1480     ) {\r
1481         return this._has_showSequenceLogo;\r
1482     }\r
1483 \r
1484     /**\r
1485      * Method hasShowText.\r
1486      * \r
1487      * @return true if at least one ShowText has been added\r
1488      */\r
1489     public boolean hasShowText(\r
1490     ) {\r
1491         return this._has_showText;\r
1492     }\r
1493 \r
1494     /**\r
1495      * Method hasShowUnconserved.\r
1496      * \r
1497      * @return true if at least one ShowUnconserved has been added\r
1498      */\r
1499     public boolean hasShowUnconserved(\r
1500     ) {\r
1501         return this._has_showUnconserved;\r
1502     }\r
1503 \r
1504     /**\r
1505      * Method hasStartRes.\r
1506      * \r
1507      * @return true if at least one StartRes has been added\r
1508      */\r
1509     public boolean hasStartRes(\r
1510     ) {\r
1511         return this._has_startRes;\r
1512     }\r
1513 \r
1514     /**\r
1515      * Method hasStartSeq.\r
1516      * \r
1517      * @return true if at least one StartSeq has been added\r
1518      */\r
1519     public boolean hasStartSeq(\r
1520     ) {\r
1521         return this._has_startSeq;\r
1522     }\r
1523 \r
1524     /**\r
1525      * Method hasTextCol1.\r
1526      * \r
1527      * @return true if at least one TextCol1 has been added\r
1528      */\r
1529     public boolean hasTextCol1(\r
1530     ) {\r
1531         return this._has_textCol1;\r
1532     }\r
1533 \r
1534     /**\r
1535      * Method hasTextCol2.\r
1536      * \r
1537      * @return true if at least one TextCol2 has been added\r
1538      */\r
1539     public boolean hasTextCol2(\r
1540     ) {\r
1541         return this._has_textCol2;\r
1542     }\r
1543 \r
1544     /**\r
1545      * Method hasTextColThreshold.\r
1546      * \r
1547      * @return true if at least one TextColThreshold has been added\r
1548      */\r
1549     public boolean hasTextColThreshold(\r
1550     ) {\r
1551         return this._has_textColThreshold;\r
1552     }\r
1553 \r
1554     /**\r
1555      * Method hasWidth.\r
1556      * \r
1557      * @return true if at least one Width has been added\r
1558      */\r
1559     public boolean hasWidth(\r
1560     ) {\r
1561         return this._has_width;\r
1562     }\r
1563 \r
1564     /**\r
1565      * Method hasWrapAlignment.\r
1566      * \r
1567      * @return true if at least one WrapAlignment has been added\r
1568      */\r
1569     public boolean hasWrapAlignment(\r
1570     ) {\r
1571         return this._has_wrapAlignment;\r
1572     }\r
1573 \r
1574     /**\r
1575      * Method hasXpos.\r
1576      * \r
1577      * @return true if at least one Xpos has been added\r
1578      */\r
1579     public boolean hasXpos(\r
1580     ) {\r
1581         return this._has_xpos;\r
1582     }\r
1583 \r
1584     /**\r
1585      * Method hasYpos.\r
1586      * \r
1587      * @return true if at least one Ypos has been added\r
1588      */\r
1589     public boolean hasYpos(\r
1590     ) {\r
1591         return this._has_ypos;\r
1592     }\r
1593 \r
1594     /**\r
1595      * Returns the value of field 'centreColumnLabels'.\r
1596      * \r
1597      * @return the value of field 'CentreColumnLabels'.\r
1598      */\r
1599     public boolean isCentreColumnLabels(\r
1600     ) {\r
1601         return this._centreColumnLabels;\r
1602     }\r
1603 \r
1604     /**\r
1605      * Returns the value of field 'conservationSelected'.\r
1606      * \r
1607      * @return the value of field 'ConservationSelected'.\r
1608      */\r
1609     public boolean isConservationSelected(\r
1610     ) {\r
1611         return this._conservationSelected;\r
1612     }\r
1613 \r
1614     /**\r
1615      * Returns the value of field 'followHighlight'.\r
1616      * \r
1617      * @return the value of field 'FollowHighlight'.\r
1618      */\r
1619     public boolean isFollowHighlight(\r
1620     ) {\r
1621         return this._followHighlight;\r
1622     }\r
1623 \r
1624     /**\r
1625      * Returns the value of field 'followSelection'.\r
1626      * \r
1627      * @return the value of field 'FollowSelection'.\r
1628      */\r
1629     public boolean isFollowSelection(\r
1630     ) {\r
1631         return this._followSelection;\r
1632     }\r
1633 \r
1634     /**\r
1635      * Returns the value of field 'gatheredViews'.\r
1636      * \r
1637      * @return the value of field 'GatheredViews'.\r
1638      */\r
1639     public boolean isGatheredViews(\r
1640     ) {\r
1641         return this._gatheredViews;\r
1642     }\r
1643 \r
1644     /**\r
1645      * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.\r
1646      * \r
1647      * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.\r
1648      */\r
1649     public boolean isIgnoreGapsinConsensus(\r
1650     ) {\r
1651         return this._ignoreGapsinConsensus;\r
1652     }\r
1653 \r
1654     /**\r
1655      * Returns the value of field 'pidSelected'.\r
1656      * \r
1657      * @return the value of field 'PidSelected'.\r
1658      */\r
1659     public boolean isPidSelected(\r
1660     ) {\r
1661         return this._pidSelected;\r
1662     }\r
1663 \r
1664     /**\r
1665      * Returns the value of field 'renderGaps'.\r
1666      * \r
1667      * @return the value of field 'RenderGaps'.\r
1668      */\r
1669     public boolean isRenderGaps(\r
1670     ) {\r
1671         return this._renderGaps;\r
1672     }\r
1673 \r
1674     /**\r
1675      * Returns the value of field 'rightAlignIds'.\r
1676      * \r
1677      * @return the value of field 'RightAlignIds'.\r
1678      */\r
1679     public boolean isRightAlignIds(\r
1680     ) {\r
1681         return this._rightAlignIds;\r
1682     }\r
1683 \r
1684     /**\r
1685      * Returns the value of field 'showAnnotation'.\r
1686      * \r
1687      * @return the value of field 'ShowAnnotation'.\r
1688      */\r
1689     public boolean isShowAnnotation(\r
1690     ) {\r
1691         return this._showAnnotation;\r
1692     }\r
1693 \r
1694     /**\r
1695      * Returns the value of field 'showBoxes'.\r
1696      * \r
1697      * @return the value of field 'ShowBoxes'.\r
1698      */\r
1699     public boolean isShowBoxes(\r
1700     ) {\r
1701         return this._showBoxes;\r
1702     }\r
1703 \r
1704     /**\r
1705      * Returns the value of field 'showColourText'.\r
1706      * \r
1707      * @return the value of field 'ShowColourText'.\r
1708      */\r
1709     public boolean isShowColourText(\r
1710     ) {\r
1711         return this._showColourText;\r
1712     }\r
1713 \r
1714     /**\r
1715      * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.\r
1716      * \r
1717      * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.\r
1718      */\r
1719     public boolean isShowConsensusHistogram(\r
1720     ) {\r
1721         return this._showConsensusHistogram;\r
1722     }\r
1723 \r
1724     /**\r
1725      * Returns the value of field 'showDbRefTooltip'.\r
1726      * \r
1727      * @return the value of field 'ShowDbRefTooltip'.\r
1728      */\r
1729     public boolean isShowDbRefTooltip(\r
1730     ) {\r
1731         return this._showDbRefTooltip;\r
1732     }\r
1733 \r
1734     /**\r
1735      * Returns the value of field 'showFullId'.\r
1736      * \r
1737      * @return the value of field 'ShowFullId'.\r
1738      */\r
1739     public boolean isShowFullId(\r
1740     ) {\r
1741         return this._showFullId;\r
1742     }\r
1743 \r
1744     /**\r
1745      * Returns the value of field 'showGroupConsensus'.\r
1746      * \r
1747      * @return the value of field 'ShowGroupConsensus'.\r
1748      */\r
1749     public boolean isShowGroupConsensus(\r
1750     ) {\r
1751         return this._showGroupConsensus;\r
1752     }\r
1753 \r
1754     /**\r
1755      * Returns the value of field 'showGroupConservation'.\r
1756      * \r
1757      * @return the value of field 'ShowGroupConservation'.\r
1758      */\r
1759     public boolean isShowGroupConservation(\r
1760     ) {\r
1761         return this._showGroupConservation;\r
1762     }\r
1763 \r
1764     /**\r
1765      * Returns the value of field 'showNPfeatureTooltip'.\r
1766      * \r
1767      * @return the value of field 'ShowNPfeatureTooltip'.\r
1768      */\r
1769     public boolean isShowNPfeatureTooltip(\r
1770     ) {\r
1771         return this._showNPfeatureTooltip;\r
1772     }\r
1773 \r
1774     /**\r
1775      * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
1776      * \r
1777      * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.\r
1778      */\r
1779     public boolean isShowSequenceFeatures(\r
1780     ) {\r
1781         return this._showSequenceFeatures;\r
1782     }\r
1783 \r
1784     /**\r
1785      * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.\r
1786      * \r
1787      * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.\r
1788      */\r
1789     public boolean isShowSequenceLogo(\r
1790     ) {\r
1791         return this._showSequenceLogo;\r
1792     }\r
1793 \r
1794     /**\r
1795      * Returns the value of field 'showText'.\r
1796      * \r
1797      * @return the value of field 'ShowText'.\r
1798      */\r
1799     public boolean isShowText(\r
1800     ) {\r
1801         return this._showText;\r
1802     }\r
1803 \r
1804     /**\r
1805      * Returns the value of field 'showUnconserved'.\r
1806      * \r
1807      * @return the value of field 'ShowUnconserved'.\r
1808      */\r
1809     public boolean isShowUnconserved(\r
1810     ) {\r
1811         return this._showUnconserved;\r
1812     }\r
1813 \r
1814     /**\r
1815      * Method isValid.\r
1816      * \r
1817      * @return true if this object is valid according to the schema\r
1818      */\r
1819     public boolean isValid(\r
1820     ) {\r
1821         try {\r
1822             validate();\r
1823         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
1824             return false;\r
1825         }\r
1826         return true;\r
1827     }\r
1828 \r
1829     /**\r
1830      * Returns the value of field 'wrapAlignment'.\r
1831      * \r
1832      * @return the value of field 'WrapAlignment'.\r
1833      */\r
1834     public boolean isWrapAlignment(\r
1835     ) {\r
1836         return this._wrapAlignment;\r
1837     }\r
1838 \r
1839     /**\r
1840      * \r
1841      * \r
1842      * @param out\r
1843      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
1844      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
1845      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
1846      * object is an invalid instance according to the schema\r
1847      */\r
1848     public void marshal(\r
1849             final java.io.Writer out)\r
1850     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
1851         Marshaller.marshal(this, out);\r
1852     }\r
1853 \r
1854     /**\r
1855      * \r
1856      * \r
1857      * @param handler\r
1858      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
1859      * marshaling\r
1860      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
1861      * object is an invalid instance according to the schema\r
1862      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
1863      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
1864      */\r
1865     public void marshal(\r
1866             final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
1867     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
1868         Marshaller.marshal(this, handler);\r
1869     }\r
1870 \r
1871     /**\r
1872      */\r
1873     public void removeAllHiddenColumns(\r
1874     ) {\r
1875         this._hiddenColumnsList.clear();\r
1876     }\r
1877 \r
1878     /**\r
1879      * Method removeHiddenColumns.\r
1880      * \r
1881      * @param vHiddenColumns\r
1882      * @return true if the object was removed from the collection.\r
1883      */\r
1884     public boolean removeHiddenColumns(\r
1885             final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns) {\r
1886         boolean removed = _hiddenColumnsList.remove(vHiddenColumns);\r
1887         return removed;\r
1888     }\r
1889 \r
1890     /**\r
1891      * Method removeHiddenColumnsAt.\r
1892      * \r
1893      * @param index\r
1894      * @return the element removed from the collection\r
1895      */\r
1896     public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns removeHiddenColumnsAt(\r
1897             final int index) {\r
1898         java.lang.Object obj = this._hiddenColumnsList.remove(index);\r
1899         return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) obj;\r
1900     }\r
1901 \r
1902     /**\r
1903      * Sets the value of field 'annotationColours'.\r
1904      * \r
1905      * @param annotationColours the value of field\r
1906      * 'annotationColours'.\r
1907      */\r
1908     public void setAnnotationColours(\r
1909             final jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours annotationColours) {\r
1910         this._annotationColours = annotationColours;\r
1911     }\r
1912 \r
1913     /**\r
1914      * Sets the value of field 'bgColour'.\r
1915      * \r
1916      * @param bgColour the value of field 'bgColour'.\r
1917      */\r
1918     public void setBgColour(\r
1919             final java.lang.String bgColour) {\r
1920         this._bgColour = bgColour;\r
1921     }\r
1922 \r
1923     /**\r
1924      * Sets the value of field 'centreColumnLabels'.\r
1925      * \r
1926      * @param centreColumnLabels the value of field\r
1927      * 'centreColumnLabels'.\r
1928      */\r
1929     public void setCentreColumnLabels(\r
1930             final boolean centreColumnLabels) {\r
1931         this._centreColumnLabels = centreColumnLabels;\r
1932         this._has_centreColumnLabels = true;\r
1933     }\r
1934 \r
1935     /**\r
1936      * Sets the value of field 'consThreshold'.\r
1937      * \r
1938      * @param consThreshold the value of field 'consThreshold'.\r
1939      */\r
1940     public void setConsThreshold(\r
1941             final int consThreshold) {\r
1942         this._consThreshold = consThreshold;\r
1943         this._has_consThreshold = true;\r
1944     }\r
1945 \r
1946     /**\r
1947      * Sets the value of field 'conservationSelected'.\r
1948      * \r
1949      * @param conservationSelected the value of field\r
1950      * 'conservationSelected'.\r
1951      */\r
1952     public void setConservationSelected(\r
1953             final boolean conservationSelected) {\r
1954         this._conservationSelected = conservationSelected;\r
1955         this._has_conservationSelected = true;\r
1956     }\r
1957 \r
1958     /**\r
1959      * Sets the value of field 'followHighlight'.\r
1960      * \r
1961      * @param followHighlight the value of field 'followHighlight'.\r
1962      */\r
1963     public void setFollowHighlight(\r
1964             final boolean followHighlight) {\r
1965         this._followHighlight = followHighlight;\r
1966         this._has_followHighlight = true;\r
1967     }\r
1968 \r
1969     /**\r
1970      * Sets the value of field 'followSelection'.\r
1971      * \r
1972      * @param followSelection the value of field 'followSelection'.\r
1973      */\r
1974     public void setFollowSelection(\r
1975             final boolean followSelection) {\r
1976         this._followSelection = followSelection;\r
1977         this._has_followSelection = true;\r
1978     }\r
1979 \r
1980     /**\r
1981      * Sets the value of field 'fontName'.\r
1982      * \r
1983      * @param fontName the value of field 'fontName'.\r
1984      */\r
1985     public void setFontName(\r
1986             final java.lang.String fontName) {\r
1987         this._fontName = fontName;\r
1988     }\r
1989 \r
1990     /**\r
1991      * Sets the value of field 'fontSize'.\r
1992      * \r
1993      * @param fontSize the value of field 'fontSize'.\r
1994      */\r
1995     public void setFontSize(\r
1996             final int fontSize) {\r
1997         this._fontSize = fontSize;\r
1998         this._has_fontSize = true;\r
1999     }\r
2000 \r
2001     /**\r
2002      * Sets the value of field 'fontStyle'.\r
2003      * \r
2004      * @param fontStyle the value of field 'fontStyle'.\r
2005      */\r
2006     public void setFontStyle(\r
2007             final int fontStyle) {\r
2008         this._fontStyle = fontStyle;\r
2009         this._has_fontStyle = true;\r
2010     }\r
2011 \r
2012     /**\r
2013      * Sets the value of field 'gatheredViews'.\r
2014      * \r
2015      * @param gatheredViews the value of field 'gatheredViews'.\r
2016      */\r
2017     public void setGatheredViews(\r
2018             final boolean gatheredViews) {\r
2019         this._gatheredViews = gatheredViews;\r
2020         this._has_gatheredViews = true;\r
2021     }\r
2022 \r
2023     /**\r
2024      * Sets the value of field 'height'.\r
2025      * \r
2026      * @param height the value of field 'height'.\r
2027      */\r
2028     public void setHeight(\r
2029             final int height) {\r
2030         this._height = height;\r
2031         this._has_height = true;\r
2032     }\r
2033 \r
2034     /**\r
2035      * \r
2036      * \r
2037      * @param index\r
2038      * @param vHiddenColumns\r
2039      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
2040      * given is outside the bounds of the collection\r
2041      */\r
2042     public void setHiddenColumns(\r
2043             final int index,\r
2044             final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
2045     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
2046         // check bounds for index\r
2047         if (index < 0 || index >= this._hiddenColumnsList.size()) {\r
2048             throw new IndexOutOfBoundsException("setHiddenColumns: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._hiddenColumnsList.size() - 1) + "]");\r
2049         }\r
2050         \r
2051         this._hiddenColumnsList.set(index, vHiddenColumns);\r
2052     }\r
2053 \r
2054     /**\r
2055      * \r
2056      * \r
2057      * @param vHiddenColumnsArray\r
2058      */\r
2059     public void setHiddenColumns(\r
2060             final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] vHiddenColumnsArray) {\r
2061         //-- copy array\r
2062         _hiddenColumnsList.clear();\r
2063         \r
2064         for (int i = 0; i < vHiddenColumnsArray.length; i++) {\r
2065                 this._hiddenColumnsList.add(vHiddenColumnsArray[i]);\r
2066         }\r
2067     }\r
2068 \r
2069     /**\r
2070      * Sets the value of field 'id'. The field 'id' has the\r
2071      * following description: unique id used by jalview to\r
2072      * synchronize between stored and instantiated views\r
2073      *  \r
2074      * \r
2075      * @param id the value of field 'id'.\r
2076      */\r
2077     public void setId(\r
2078             final java.lang.String id) {\r
2079         this._id = id;\r
2080     }\r
2081 \r
2082     /**\r
2083      * Sets the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.\r
2084      * \r
2085      * @param ignoreGapsinConsensus the value of field\r
2086      * 'ignoreGapsinConsensus'.\r
2087      */\r
2088     public void setIgnoreGapsinConsensus(\r
2089             final boolean ignoreGapsinConsensus) {\r
2090         this._ignoreGapsinConsensus = ignoreGapsinConsensus;\r
2091         this._has_ignoreGapsinConsensus = true;\r
2092     }\r
2093 \r
2094     /**\r
2095      * Sets the value of field 'pidSelected'.\r
2096      * \r
2097      * @param pidSelected the value of field 'pidSelected'.\r
2098      */\r
2099     public void setPidSelected(\r
2100             final boolean pidSelected) {\r
2101         this._pidSelected = pidSelected;\r
2102         this._has_pidSelected = true;\r
2103     }\r
2104 \r
2105     /**\r
2106      * Sets the value of field 'pidThreshold'.\r
2107      * \r
2108      * @param pidThreshold the value of field 'pidThreshold'.\r
2109      */\r
2110     public void setPidThreshold(\r
2111             final int pidThreshold) {\r
2112         this._pidThreshold = pidThreshold;\r
2113         this._has_pidThreshold = true;\r
2114     }\r
2115 \r
2116     /**\r
2117      * Sets the value of field 'renderGaps'.\r
2118      * \r
2119      * @param renderGaps the value of field 'renderGaps'.\r
2120      */\r
2121     public void setRenderGaps(\r
2122             final boolean renderGaps) {\r
2123         this._renderGaps = renderGaps;\r
2124         this._has_renderGaps = true;\r
2125     }\r
2126 \r
2127     /**\r
2128      * Sets the value of field 'rightAlignIds'.\r
2129      * \r
2130      * @param rightAlignIds the value of field 'rightAlignIds'.\r
2131      */\r
2132     public void setRightAlignIds(\r
2133             final boolean rightAlignIds) {\r
2134         this._rightAlignIds = rightAlignIds;\r
2135         this._has_rightAlignIds = true;\r
2136     }\r
2137 \r
2138     /**\r
2139      * Sets the value of field 'sequenceSetId'.\r
2140      * \r
2141      * @param sequenceSetId the value of field 'sequenceSetId'.\r
2142      */\r
2143     public void setSequenceSetId(\r
2144             final java.lang.String sequenceSetId) {\r
2145         this._sequenceSetId = sequenceSetId;\r
2146     }\r
2147 \r
2148     /**\r
2149      * Sets the value of field 'showAnnotation'.\r
2150      * \r
2151      * @param showAnnotation the value of field 'showAnnotation'.\r
2152      */\r
2153     public void setShowAnnotation(\r
2154             final boolean showAnnotation) {\r
2155         this._showAnnotation = showAnnotation;\r
2156         this._has_showAnnotation = true;\r
2157     }\r
2158 \r
2159     /**\r
2160      * Sets the value of field 'showBoxes'.\r
2161      * \r
2162      * @param showBoxes the value of field 'showBoxes'.\r
2163      */\r
2164     public void setShowBoxes(\r
2165             final boolean showBoxes) {\r
2166         this._showBoxes = showBoxes;\r
2167         this._has_showBoxes = true;\r
2168     }\r
2169 \r
2170     /**\r
2171      * Sets the value of field 'showColourText'.\r
2172      * \r
2173      * @param showColourText the value of field 'showColourText'.\r
2174      */\r
2175     public void setShowColourText(\r
2176             final boolean showColourText) {\r
2177         this._showColourText = showColourText;\r
2178         this._has_showColourText = true;\r
2179     }\r
2180 \r
2181     /**\r
2182      * Sets the value of field 'showConsensusHistogram'.\r
2183      * \r
2184      * @param showConsensusHistogram the value of field\r
2185      * 'showConsensusHistogram'.\r
2186      */\r
2187     public void setShowConsensusHistogram(\r
2188             final boolean showConsensusHistogram) {\r
2189         this._showConsensusHistogram = showConsensusHistogram;\r
2190         this._has_showConsensusHistogram = true;\r
2191     }\r
2192 \r
2193     /**\r
2194      * Sets the value of field 'showDbRefTooltip'.\r
2195      * \r
2196      * @param showDbRefTooltip the value of field 'showDbRefTooltip'\r
2197      */\r
2198     public void setShowDbRefTooltip(\r
2199             final boolean showDbRefTooltip) {\r
2200         this._showDbRefTooltip = showDbRefTooltip;\r
2201         this._has_showDbRefTooltip = true;\r
2202     }\r
2203 \r
2204     /**\r
2205      * Sets the value of field 'showFullId'.\r
2206      * \r
2207      * @param showFullId the value of field 'showFullId'.\r
2208      */\r
2209     public void setShowFullId(\r
2210             final boolean showFullId) {\r
2211         this._showFullId = showFullId;\r
2212         this._has_showFullId = true;\r
2213     }\r
2214 \r
2215     /**\r
2216      * Sets the value of field 'showGroupConsensus'.\r
2217      * \r
2218      * @param showGroupConsensus the value of field\r
2219      * 'showGroupConsensus'.\r
2220      */\r
2221     public void setShowGroupConsensus(\r
2222             final boolean showGroupConsensus) {\r
2223         this._showGroupConsensus = showGroupConsensus;\r
2224         this._has_showGroupConsensus = true;\r
2225     }\r
2226 \r
2227     /**\r
2228      * Sets the value of field 'showGroupConservation'.\r
2229      * \r
2230      * @param showGroupConservation the value of field\r
2231      * 'showGroupConservation'.\r
2232      */\r
2233     public void setShowGroupConservation(\r
2234             final boolean showGroupConservation) {\r
2235         this._showGroupConservation = showGroupConservation;\r
2236         this._has_showGroupConservation = true;\r
2237     }\r
2238 \r
2239     /**\r
2240      * Sets the value of field 'showNPfeatureTooltip'.\r
2241      * \r
2242      * @param showNPfeatureTooltip the value of field\r
2243      * 'showNPfeatureTooltip'.\r
2244      */\r
2245     public void setShowNPfeatureTooltip(\r
2246             final boolean showNPfeatureTooltip) {\r
2247         this._showNPfeatureTooltip = showNPfeatureTooltip;\r
2248         this._has_showNPfeatureTooltip = true;\r
2249     }\r
2250 \r
2251     /**\r
2252      * Sets the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
2253      * \r
2254      * @param showSequenceFeatures the value of field\r
2255      * 'showSequenceFeatures'.\r
2256      */\r
2257     public void setShowSequenceFeatures(\r
2258             final boolean showSequenceFeatures) {\r
2259         this._showSequenceFeatures = showSequenceFeatures;\r
2260         this._has_showSequenceFeatures = true;\r
2261     }\r
2262 \r
2263     /**\r
2264      * Sets the value of field 'showSequenceLogo'.\r
2265      * \r
2266      * @param showSequenceLogo the value of field 'showSequenceLogo'\r
2267      */\r
2268     public void setShowSequenceLogo(\r
2269             final boolean showSequenceLogo) {\r
2270         this._showSequenceLogo = showSequenceLogo;\r
2271         this._has_showSequenceLogo = true;\r
2272     }\r
2273 \r
2274     /**\r
2275      * Sets the value of field 'showText'.\r
2276      * \r
2277      * @param showText the value of field 'showText'.\r
2278      */\r
2279     public void setShowText(\r
2280             final boolean showText) {\r
2281         this._showText = showText;\r
2282         this._has_showText = true;\r
2283     }\r
2284 \r
2285     /**\r
2286      * Sets the value of field 'showUnconserved'.\r
2287      * \r
2288      * @param showUnconserved the value of field 'showUnconserved'.\r
2289      */\r
2290     public void setShowUnconserved(\r
2291             final boolean showUnconserved) {\r
2292         this._showUnconserved = showUnconserved;\r
2293         this._has_showUnconserved = true;\r
2294     }\r
2295 \r
2296     /**\r
2297      * Sets the value of field 'startRes'.\r
2298      * \r
2299      * @param startRes the value of field 'startRes'.\r
2300      */\r
2301     public void setStartRes(\r
2302             final int startRes) {\r
2303         this._startRes = startRes;\r
2304         this._has_startRes = true;\r
2305     }\r
2306 \r
2307     /**\r
2308      * Sets the value of field 'startSeq'.\r
2309      * \r
2310      * @param startSeq the value of field 'startSeq'.\r
2311      */\r
2312     public void setStartSeq(\r
2313             final int startSeq) {\r
2314         this._startSeq = startSeq;\r
2315         this._has_startSeq = true;\r
2316     }\r
2317 \r
2318     /**\r
2319      * Sets the value of field 'textCol1'.\r
2320      * \r
2321      * @param textCol1 the value of field 'textCol1'.\r
2322      */\r
2323     public void setTextCol1(\r
2324             final int textCol1) {\r
2325         this._textCol1 = textCol1;\r
2326         this._has_textCol1 = true;\r
2327     }\r
2328 \r
2329     /**\r
2330      * Sets the value of field 'textCol2'.\r
2331      * \r
2332      * @param textCol2 the value of field 'textCol2'.\r
2333      */\r
2334     public void setTextCol2(\r
2335             final int textCol2) {\r
2336         this._textCol2 = textCol2;\r
2337         this._has_textCol2 = true;\r
2338     }\r
2339 \r
2340     /**\r
2341      * Sets the value of field 'textColThreshold'.\r
2342      * \r
2343      * @param textColThreshold the value of field 'textColThreshold'\r
2344      */\r
2345     public void setTextColThreshold(\r
2346             final int textColThreshold) {\r
2347         this._textColThreshold = textColThreshold;\r
2348         this._has_textColThreshold = true;\r
2349     }\r
2350 \r
2351     /**\r
2352      * Sets the value of field 'title'.\r
2353      * \r
2354      * @param title the value of field 'title'.\r
2355      */\r
2356     public void setTitle(\r
2357             final java.lang.String title) {\r
2358         this._title = title;\r
2359     }\r
2360 \r
2361     /**\r
2362      * Sets the value of field 'viewName'.\r
2363      * \r
2364      * @param viewName the value of field 'viewName'.\r
2365      */\r
2366     public void setViewName(\r
2367             final java.lang.String viewName) {\r
2368         this._viewName = viewName;\r
2369     }\r
2370 \r
2371     /**\r
2372      * Sets the value of field 'width'.\r
2373      * \r
2374      * @param width the value of field 'width'.\r
2375      */\r
2376     public void setWidth(\r
2377             final int width) {\r
2378         this._width = width;\r
2379         this._has_width = true;\r
2380     }\r
2381 \r
2382     /**\r
2383      * Sets the value of field 'wrapAlignment'.\r
2384      * \r
2385      * @param wrapAlignment the value of field 'wrapAlignment'.\r
2386      */\r
2387     public void setWrapAlignment(\r
2388             final boolean wrapAlignment) {\r
2389         this._wrapAlignment = wrapAlignment;\r
2390         this._has_wrapAlignment = true;\r
2391     }\r
2392 \r
2393     /**\r
2394      * Sets the value of field 'xpos'.\r
2395      * \r
2396      * @param xpos the value of field 'xpos'.\r
2397      */\r
2398     public void setXpos(\r
2399             final int xpos) {\r
2400         this._xpos = xpos;\r
2401         this._has_xpos = true;\r
2402     }\r
2403 \r
2404     /**\r
2405      * Sets the value of field 'ypos'.\r
2406      * \r
2407      * @param ypos the value of field 'ypos'.\r
2408      */\r
2409     public void setYpos(\r
2410             final int ypos) {\r
2411         this._ypos = ypos;\r
2412         this._has_ypos = true;\r
2413     }\r
2414 \r
2415     /**\r
2416      * Method unmarshal.\r
2417      * \r
2418      * @param reader\r
2419      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
2420      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
2421      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
2422      * object is an invalid instance according to the schema\r
2423      * @return the unmarshaled\r
2424      * jalview.schemabinding.version2.Viewport\r
2425      */\r
2426     public static jalview.schemabinding.version2.Viewport unmarshal(\r
2427             final java.io.Reader reader)\r
2428     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
2429         return (jalview.schemabinding.version2.Viewport) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Viewport.class, reader);\r
2430     }\r
2431 \r
2432     /**\r
2433      * \r
2434      * \r
2435      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
2436      * object is an invalid instance according to the schema\r
2437      */\r
2438     public void validate(\r
2439     )\r
2440     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
2441         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
2442         validator.validate(this);\r
2443     }\r
2444 \r
2445 }\r